4JS5A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a dt13 oligonucleotide
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
468
structure length
464
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT13 oligonucleotide
total genus 125
structure length 464
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js5A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js5A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js5A01
3TABA 4CJKA 4FM2A 1HJRA 4OKJA 4W5QA 3DLEA 1JLGA 1K6YA 4CJ5A 1FXXA 3VQ7A 4E7IA 2DFFA 3L2WA 3NE6A 2G8UA 3G0ZA 3IAYA 1RT2A 1C1CA 2OPPA 3T19A 5KRSA 4F2RA 4Z0UA 3NGZA 4GMJB 4DLEA 3L8BA 1XC9A 3O4NA 4KHNA 4Z4HA 2X6NA 2KFNA 3V1RA 3ZT0A 4DFMA 3DLBA 4CF8A 4LD0A 1ASUA 5KTQA 4DF8A 2HMIA 2BDPA 1RDDA 1UWBA 4DF4A 3OS1A 4E0DA 2HNZA 2ZE2A 5E41A 5CY4A 3O4QA 3RMAA 3VQAA 1WSEA 1O1WA 4CJ4A 3M8RA 1X9SA 2P5OA 4CK2A 2YNHA 3H08A 2B5JA 4LSNA 4CGFA 1T7PA 4J2BA 4Q0BA 3HP9A 3SYZA 3HPHA 4E1MA 3PX6A 4OKKA 1TK5A 2ITGA 3NAEA 4FJHA 2W42A 1QQCA 4C8MA 3RR8A 1GOBA 3KK1A 3OYLA 1S1VA 3ASMA 2IAJA 2DFEA 4K8XA 3HO1A 1RDCA 4IG0A 4DS4A 5JS1A 4DMNA 4RW8A 3TANA 1RNHA 1I39A 1RBSA 3HT3A 2HNDA 4O4GA 3QETA 4CGHA 4KTQA 2LSNA 4HTUA 1NK7A 4B9TA 5HRNA 5SZTA 4FK0A 2RPIA 4M42A 1C0UA 4KHYA 3C6UA 3NHGA 1TKDA 2HHWA 3AA4A 2OZMA 2YNFA 1FK9A 1VRTA 3DLKA 3RMBA 3QEPA 3PO5A 4I9QA 4FJ8A 4JS5A 3KKRA 4BE1A 1N5YA 3TAGA 2P51A 1KTQA 1LWCA 4CJRA 1REVA 1XHZA 2P1JA 1IKXA 2KQ2A 1QSYA 2KZMA 2IC3A 4CEBA 2EHGA 4G1QA 4MQ3A 4CJUA 1SL0A 4B9MA 2VG5A 1RBTA 1BL3A 3I0RA 4KB1A 2F8TA 3PV8A 3LZJA 3MXMA 4DQPA 3CM5A 3KLHA 4HUFA 3EY1A 4FJ7A 1JXBA 1W9HA 4Y1CA 3SCXA 3HJFA 4MFBA 5HRSA 1VK0A 5KGXA 4R5PA 3HYFA 3SI6A 3NF7A 3KJVA 4FJIA 4FJJA 2HW3A 3ISNC 3OYJA 3ZCMA 1VSEA 1BCMA 3V4IA 3ALYA 2ATQA 4H4OA 2HHSA 4ID1A 3AVAA 4I2PA 4DU1A 3NDKA 4BE2A 3V81A 4RW9A 3WNGA 1S9EA 3T3FA 4KRFA 3HM9A 1WN7A 2OPSA 4OGEA 3TWHA 4B8CA 4DTPA 4FZYA 3S3MA 1MU2A 3SPYA 4CJ3A 1L5UA 2PYJA 3OS2A 3DOLA 2Z1IA 1UA0A 4DSKA 1SKRA 4KV8A 4LH5A 4ELUA 4CCHA 1B9DA 1TGOA 3NF8A 2YHBA 3C94A 3IS9A 3ZSWA 5KRTA 1LAWA 1SKSA 2HB5A 2Q3SA 1J53A 3TARA 1JL1A 3PUFA 5K14A 3MEGA 3JYTA 4FJNA 4BDZA 4KREA 4DLGA 4FLTA 4FYDA 4DQQA 1ZBLA 1IKWA 3AO5A 4CEFA 4C8OA 3SUOA 4AHRA 5CYMA 1RBVA 1L3VA 2HHUA 1QTMA 3VQ8A 3BGRA 1C0MA 1LW2A 4I7FA 4OVLA 4CFDA 3JSMA 1BHLA 1VSJA 1IKVA 4M3XA 4CJFA 2HHXA 3LPUA 2IDOA 4N76A 2OPQA 2XRIA 2HNYA 4FJGA 1VSIA 2DTUA 1F21A 4KTZA 2RN2A 4CF1A 3D45A 1L3UA 1C0TA 2E6LA 1N6QA 1ZBHA 2OA8A 3KLEA 2G8KA 2BGGA 3VA0A 5C25A 4O5BA 3OJSA 1JLEA 1T8EA 2HVHA 3HXMA 3O3HA 1L3SA 5FRNA 1SL1A 4N5SA 1Q9YA 1ZYQA 3PO4A 4FK2A 2XY5A 2GUIA 3LP1A 4M3WA 2D0CA 4CHZA 4WE1A 1ZBIA 3VQ5A 4CK3A 3QEWA 3EYZA 3V1QA 3ZT2A 3V9SA 4DG1A 2VWJA 3U3YA 1WSJA 1KCFA 2FBXA 1LWEA 4B8AB 3LWMA 5I3UA 3AA2A 4M3RA 3AVNA 4BDYA 3QERA 2QKKA 3PY8A 4Z4IA 4F3TA 3K5LA 1TKZA 1XWLA 1G15A 3CYMA 3VQQA 3VQCA 1RTDA 4N41A 1EP4A 1S1TA 3OYNA 4DSFA 1WLJA 4Y1DA 4NCAA 2YHAA 2YV0X 5J2PA 3CFPA 1HYZA 3CQ8A 4C8NA 3AVMA 1D8YA 1RCHA 2D0AA 3ULDA 3WNHA 3VA3A 4OGCA 1YT3A 1LW0A 3U3GA 2FBTA 3CG7A 3T1AA 3V9ZA 4FW1A 2XO7A 1TAUA 3VQDA 3ZSZA 2OPRA 4JLHA 4AILC 4OLBA 1YTAA 4BWMA 3G10A 2XY7A 3KLFA 4KI4A 4CK1A 1CLQA 4CFBA 4FM0A 1U04A 3LAMA 2HVIA 4RW6A 1I3AA 1CZ9A 3AVBA 1Y97A 3SQ0A 4F8RA 4IDKA 1RT7A 2VG7A 4DSEA 4DTMA 1U47A 3P83D 4H4MA 1RT5A 3PX4A 1NK5A 4FJ5A 1QSSA 2A1RA 5FRMA 3IG1A 1TV6A 5KGWA 2RKIA 4E7KA 4CEAA 4DSLA 5DMRA 4F4KA 3LWLA 4DFKA 3OYKA 4QCLA 3SNNA 1NKEA 3F9KA 4M3YA 3AVLA 3B6OA 1KVAA 3LAKA 4O0IA 3I8DA 1ZBFA 4FVMA 2BE2A 3AA5X 5J1EA 4ZHRA 3L2UA 3DYAA 4M41A 4FJMA 1J54A 4PY5A 4DTNA 1NK6A 2VWKA 2YKNA 2E4LA 2B6AA 4BWJA 3OYCA 3DLHA 4EP5A 1HRHA 1JXEA 2JLEA 3HVTA 3OYFA 2PY5A 4B3OA 5CYQA 3OYEA 1C1AA 4CEOA 2Z1GA 1RILA 4HHTA 3LP3A 5HLFA 1RDBA 2KW4A 4CJSA 1KLNA 3ZT1A 3RRGA 4EZ9A 1QS4A 4PUOA 3VN5A 1VSKA 3OYBA 3RMCA 1XHXA 1BIZA 1EXQA 1Q8IA 4CEEA 4FLXA 3IRXA 1XI1A 5EU7A 4FLYA 3KTQA 2DFHA 3VQ4A 4DS5A 2FC0A 4B9SA 3V9XA 3SQ2A 4F3OA 1TL3A 3DRPA 4CFCA 3O3FA 1DTTA 4I9LA 3TAQA 1A5VA 4ZTJA 4PWDA 1RBUA 1Q9XA 2QXFA 4CJTA 4Z4FA 3A2FA 4E1NA 1IH7A 4NYNA 1NK8A 3DOKA 4LH4A 4ID5A 3OYHA 4W5NA 4AHTA 3ZT3A 3OYIA 3NH1A 4JRPA 1BI4B 3HSTB 1TKTA 2XHBA 5HROA 4ZTFA 4CJLA 3NF9A 1U4BA 1IG9A 4FLZA 5DK5A 4CEZA 1Z26A 4CJQA 2OYQA 4F2SA 3NGIA 1NJWA 3K58A 2WONA 2G8FA 3KLIA 3QEVA 4O44A 4CGIA 4DFPA 3KD5E 4K8ZA 3OYMA 1ASWA 3SUNA 1CXUA 1HQUA 2WOMA 2G8WA 1KVCA 1J9AA 3QNOA 3DM2A 3AVFA 4W5TA 2Y1IA 3EZ5A 3LP0A 2YKMA 3LPTA 3SV3A 3C6TA 5D3GA 2GV9A 2G8VA 2KFZA 5HRPA 2X6SA 3L2VA 1VSMA 2BANA 2GBZA 1ASVA 3AO1A 4M45A 3SJJA 4KFBA 3MXIA 1T05A 4N47A 3DRSA 4KPYA 4OLAA 3HL8A 1S6QA 4E7HA 4CF9A 3DLRA 2R7YA 3SPZA 4AHCA 3KK3A 4O0JA 4KHWA 4HCBA 4CHNA 3TAEA 3AO2A 1J5OA 2QK9A 2IGIA 1NOYA 1RDAA 5J2QA 1SKWA 2KTQA 3HK2A 4FXDA 4CERA 3V9WA 2D5RA 4OKEA 3LANA 3KKSA 3WNEA 4N56A 3S3NA 4Z4GA 4HCCA 4CHYA 1TK8A 3SZ2A 5T7BA 3V9UA 3OJUA 1TAQA 5CZ2A 4E19A 2G8HA 3B6PA 1NK0A 3ZT4A 3NBPA 3RTVA 1KFDA 3DMJA 1VSHA 3AVHA 4OJRA 3MAQA 1WSGA 3AO3A 4HUGA 4DTXA 3V6DA 1NJYA 2IS3A 3SQ4A 3HPOA 1B9FA 3ZSXA 1GOCA 4CIFA 4AHVA 4DWIA 1X1PA 1VSLA 1NK4A 3LALA 4DTRA 3L3UA 1HNVA 1HQEA 2E6MA 1S1UA 4O55A 1JL2A 1QE1A 2QKBA 1U45A 4AH9A 1D9DA 1YVUA 1BGXT 2ZD1A 1NK9A 4DSIA 2AJQA 1JLQA 4PA1A 3OVNA 2Z1JA 3S9HA 1NKCA 4ELTA 1Z25A 5JS2A 1VSFA 3HVRA 3TI0A 1UOCA 4IG3A 1YTUA 3AVIA 4CHQA 3SUQA 2HHQA 1S6PA 2XY8A 3AA3A 4BE0A 3MEDA 1RT3A 4GVMA 4AHSA 4UQGA 3QEIA 3AVGA 1ZBUA 4OPKA 1DLOA 4I2QA 3OY9A 3CFRA 3TR8A 3ITHA 4NCBA 2PZSA 4KHUA 5FROA 1CZBA 3KD1E 4DSJA 3OYGA 2JGUA 4C8KA 2FBYA 4J2EA 3F73A 1X9MA 3NFAA 3I0SA 4CE9A 3AVJA 3MECA 3MEEA 4Q5VA 4DTUA 4DQSA 3THVA 1B92A 1BISA 1WNSA 3BDPA 1NKBA 4CF2A 3HP6A 4FJ9A 1LAVA 1A5WA 1T03A 2Z1HA 5CZ1A 4CGDA 3QNNA 4B9UA 2F8SA 1EKEA 1JLCA 4RG8A 2XY6A 1UA1A 1WSFA 1R0AA 5HRRA 4B9VA 1RBRA 2ZQBA 4KHSA 3QIPA 4JS4A 4XIUA 4FCYA 4FJKA 4IFYA 4DTOA 1W0HA 1BIUA 4CESA 4FK4A 5KI6A 4IBNA 2X78A 4E7LA 4EZ6A 1RT6A 4FJXA 2KZZA 1KLMA 1JKHA 1FKPA 4RW7A 1HPZA 4CIEA 4HVJA 1NJZA 4FJLA 4L8RB 3CFOA 4KTWA 4B08A 3MXJA 1BQMA 3ZSVA 4CJVA 4B9NA 3E01A 4DQIA 5C24A 1X9WA 3QINA 4CHOA 1RTJA 3VQEA 4W5RA 4YFUA 3QESA 1JLFA 2VG6A 3TAPA 3DLGA 3OYDA 3P1GA 1BI4A 1GOAA 4C8LA 1LWFA 2F96A 3K2PA 3NH0A 3QLHA 3S3OA 2PYLA 1JLBA 3ZSRA 4E89A 3M8SA 3K5OA 4FW2A 4DTSA 3PX0A 1S1WA 4CEQA 4KB0A 1HYVA 5FDLA 2X74A 4CJWA 2D0BA 4FLVA 4CFAA 1QHTA 3ZSOA 4W5OA 4J2DA 1HNIA 3AVKA 2YNIA 4ELVA 1VRUA 4CGGA 3QIOA 4QAGA 3K5NA 1A5XA 4DU3A 4RW4A 3L3VA 3K5MA 1KFSA 1CXQA 1IKYA 3SV4A 3UIQA 3NF6A 5C42A 1FKOA 3M8QA 1S9GA 1C1BA 3HPGA 1IO2A 2I5JA 2P5GA 4ICLA 4EP4A 3K59A 1HYSA 1D5AA 3WNFA 3VQ6A 4J2AA 3TAMA 3D0PA 1WAFA 5HBMA 2FBVA 1BCOA 1C6VA 4QOZB 4M3TA 2DY4A 1NJXA 3DI6A 4KKOA 4TSXA 1ITGA 4CIGA 4YNQA 1L3TA 4KI6A 1S1XA 3K57A 4FZZA 4CJPA 3M8PA 4DFJA 3RR7A 2OZSA 2Y1JA 2ETJA 3O3GA 4OPJA 1DTQA 1RT1A 1WAJA 1TKXA 3TAFA 3LZIA 1WSIA 4LY7A 1U48A 3VQBA 3V1OA 1D9FA 3ZSQA 1TVRA 4GW6A 1RTIA 3KLGA 4FZXC 4Z4EA 2EX3A 3FFIA 4JRQA 1UAXA 3LP2A 4FLWA 2G8IA 1VSDA 4PQUA 3OYAA 3SQ1A 3KIOA 2YNGA 4CECA 4E7JA 4M3UA 4HUEA 4M3ZA 4DTJA 4BDPA 2HHTA 1EX4A 3AO4A 3KK2A 5I42A 3NGYA 4DU4A 5J2MA 3VQPA 4CF0A 5HP1A 3AVCA 3C95A 2O4GA 4Z4CA 1TK0A 1TL1A 1U49A 4CEDA 2HHVA 1SUQA 5SWMA 3U6FA 4CJEA 3LDSA 1EETA 4FM1A 2RF2A 1KVBA 4B9LA 4AHUA 3DRRA 3RWUA 3NCIA 3CM6A 4E3SA 2A1SA 4LSLA 4KO0A 1BQNA 1RT4A 1SV5A 1WSHA 1SL2A 1QSLA 4H8KA 1KSPA 4NCGA 4CGJA 4FLUA 1JLAA 2B4JA 4NYFA 3NH2A 3SUPA 2IOCA 1HMVA 3ZSYA 4IFVA 4DQRA 1LV5A 4IKFA 4BACA 3L2QA 2O4IA 4CHPA 1S5JA 2NUBA 3VQ9A 3RRHA 5J2NA 3AV9A 3QEXA 4KHQA 3RMDA 3QO9A 1RTHA 3P5JA 1NOZA 1KRPA 3L2RA 4KAZA 3OS0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C6SA 1FMKA 4M75G 3SHWA 1VQNT 4AM7A 3VQ7A 3QPHA 4RNGA 4E7IA 4CJ5A 1E4FT 2CGKA 3TREA 4HVWA 5LL6S 1C1CA 4BRQA 3JCMg 1S72Q 5AQPA 3I56T 4C5HA 4BVOA 1Y96B 4FL6A 3NGZA 1JO8A 1QQNA 3L8BA 1T3LA 2E2QA 3BZKA 1O75A 1UEBA 2PVDB 2KVQG 2E41A 4F17A 4FWMA 4IO9L 2K7AA 2KR3A 4M7AB 4PNOA 1W2BP 4CI0C 1H3HA 1ZSGA 2DE0X 1U8RA 3HZ6A 4CF8A 2BKDN 1NE8A 2HMIA 3OBYA 1KK7A 2BTTA 1OV3A 4RTXA 1GFCA 2E3IA 3CCQQ 3WT0A 4E0DA 1WB9A 4OF1A 2HNZA 2ZE2A 3CCLQ 4A5BA 2LTOA 2OVRB 3O4QA 4A5AA 2GTOA 4J6YA 4JJDA 4BI4A 4CZHA 1X9SA 2GTJA 2P5OA 3H08A 4M7DC 2HL3A 1WHKA 2WTUA 4F7UE 1BI2A 2NUPB 3G25A 1EWQA 1HUXA 4LF4K 2EYXA 5DM7R 3QB0A 1ZBJA 4DV2K 6AT1B 3EFOB 4J83A 5AQKA 2CP5A 2FF3B 2JMCA 3VRYA 3HO1A 1M1KU 4DS4A 4CC3A 4NO7A 4FWOA 1IJJA 4XU2A 5DM7L 2HNDA 4O4GA 2D8JA 4DR2K 1X2KA 3CJAA 4HTUA 1NK7A 2X9HA 1Q7YU 4DA4A 4H5VA 2NRRA 1E6GA 5LL6Z 1YJWA 3VEYA 2DZ9A 3NHGA 2HHWA 4JDSA 1VQ8N 2QM1A 1FK9A 2YNFA 1ILYA 2QEXT 1M1FA 3PO5A 4OMQA 2HF4A 2EGAA 4BE1A 3X26B 5AR0A 1XHZA 3CQYA 1ABQA 1K9MO 1X6BA 2K2MA 2MCNA 3MEAA 1QSYA 3VTHA 2EHGA 5LJ5f 4CJUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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