4JTKA

Crystal structure of r117q mutant of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
277
structure length
252
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLAQQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQTRGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLELHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
publication title Examining the Role of Intersubunit Contacts in Catalysis by 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 87
structure length 252
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2013-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jtkA00
2FPYA 3VE7A 3NQCA 4QNEA 4MY1A 4UMBA 1TPUA 3KOFA 2GQAA 3R12A 4IXHA 3O07A 4UTWC 3JR2A 4DQWA 1JUKA 5IBXA 1XDLA 4FF7A 3O16A 3W23A 1KM6A 1P0NA 1OYCA 2P0OA 2YW3A 1FQ0A 4FXRA 5DY3A 1M7OA 3F1QA 1QDSA 2NUXA 2VFGA 3BG9A 3S42A 2YFOA 3TQVA 2GPTA 3LCIA 2W6RA 3SZ8A 2BXVA 2PRMA 1O4UA 4RXFA 2NV2A 5CZTA 1Q6OA 3OIXA 3MYPA 2C6QA 3LBMA 1FWTA 4ZMGA 1W3TA 3L0GA 3NDOA 2NWSA 3UWQA 1Z48A 3B0PA 3CWNA 4O50A 1KBIA 1SW0A 3KRSA 4HPJA 1KM5A 2RH9A 4IUOA 3M5VA 4Z1AA 3RLUA 3W7OA 2CW6A 1SZFA 2ZYFA 2WSQA 3LHWA 1R30A 1GG0A 1H51A 1AW5A 3OA3A 4O1DA 3L68A 2QCMA 5DBUA 3HMJG 1RV8A 2CLEA 4WX2A 4XZ9A 4PC8A 4OQVA 4HNVA 1PCWA 3T4CA 3HPSA 3A21A 1VC4A 3RFAA 1LM1A 3TNOA 4GC4A 3QZEA 2DJLA 3ABQA 3ATYA 1OJXA 3UZJA 1JCLA 5FI8A 4FIRA 4LWWA 4EF8A 1SW7A 3ANYA 2Z6JA 4O0KA 1XBXA 1UBSA 5DBTA 3T40A 3OVQA 3W6YA 3GXTA 4KWWA 4CNNA 2C18A 1X1OA 3SR7A 4C1LA 4PA8A 3M9YA 3S1WA 1G7VA 4UC5A 1Z44A 1SPQA 2ZZ5A 2B0MA 1FWSA 4I7UA 1OFBA 1PHQA 2NX9A 1X7FA 3GDTA 4UTTC 1QPOA 5K2ZA 1TYGA 4RKAA 5T26A 1K7FA 1ZAJA 3BW4A 3USBA 1JQVA 3W7MA 1VJIA 3KFTA 4PEKA 5LZLA 1ONRA 1EWEA 3GX9A 2VENA 3S1UA 3E9AA 3G0UA 4UNKA 5AB3A 3LV6A 2R91A 3N34A 3L5MA 1FY6A 4WXZA 1H1YA 1H7NA 3LB0A 3C8FA 2E5DA 4BR1A 5DXYA 1DHPA 4K38A 2E5CA 4CQ9A 4AMAA 2P10A 4JD4A 3LI0A 4PTNA 1WX0A 4ZL1A 2YPIA 2QR6A 3CTLA 4HKPA 1LTDA 3STEA 7TIMA 4PODA 5A5WA 1PIIA 1RPXA 4BWLA 3PUOA 3O06A 3DI1A 1F6KA 1QPQA 3V1PA 1D9EA 1VYSX 2F84A 4LS0A 2XN1A 4HHPA 3R13A 4M6QA 3NQ7A 3WJXA 4MVAA 5FF3A 1K8XA 1VCGA 5D33A 3TAOA 3ZWSA 3C2FA 5DLCA 4FNUA 2E1DA 5E1QA 5HUOA 3EWUA 1KFBA 2QCHA 3AJXA 4W9TA 4RZ6A 1OFAA 5AYYA 3UYCA 5FEXA 4JEQA 3W86A 5LHFA 1SZEA 3C2RA 3N9SA 5HR7A 1F76A 1XUZA 5KZEA 4UIOA 3M41A 2B7NA 3M6YA 2NXIA 3VCRA 2B7OA 1IXNA 1QO2A 5FF4A 3VI2A 3MUXA 4JX6A 1G4TA 4XKYA 4XTIA 5AHEA 2VEMA 4WZHA 3EEGA 3NQVA 1ZY9A 3IIXA 4OGZA 1WXJA 4E38A 2A1YA 2A85A 2VFEA 4HSOA 3LDVA 1OFPA 1ZNNA 1TTQA 4XTDA 3FFSA 1ZCOA 2ZBTA 4ZQPA 5K9CA 3G1DA 2EF9A 4WD0A 1SO3A 2ABAA 2PC4A 3PAJA 1YDVA 1ML1A 4MUZA 3HG5A 3W22A 5LGZA 3MI2A 3PUDA 1CX9A 1GG1A 3T55A 3SJ3A 2CLHA 3KAOA 3B03A 1IIGA 3G3MA 5I3IA 5LKYA 1Q6RA 4ZQMA 1TPH1 4LVFA 1I2QA 3ABRA 3UY7A 2NXHA 3STGA 1D3GA 4HNUA 4UFMA 2OJPA 2UV8G 3E49A 3VFLA 3L0KA 2VKZG 4E0CA 5LGXA 4OHQA 4L4MA 1LOQA 3OVRA 3TH6A 1PE1A 2PCQA 3DFOA 2DZSA 2Q3RA 1A50A 5I3KA 2VEPA 3HPXA 3L5LA 2J6XA 4GE8A 4XBSA 4MFEA 1B4EA 5F2LA 3W72A 4JTGA 4N9DA 1VYPX 3PBUA 2A7PA 4N9CA 1DKWA 3TCEA 3WJYA 4ORIA 3IVSA 1FCBA 3LXBA 1WV2A 3QW3A 1WA3A 2FDSA 4DEFA 3S1XA 1EP1A 5TIMA 1BTMA 3DFQA 4O13A 1Z42A 2VELA 3NO5A 3I7QA 2ZRXA 3EKLA 3LXAA 3PSWA 2ZA1A 4POCA 4YCPA 2OCZA 4YL2A 4ADUA 2ALDA 3TW7A 4O10A 3P60A 3Q58A 2V5BA 3PG8A 2ZRYA 3IV3A 3P5ZA 5GVJA 4AWUA 3O6CA 1SR9A 4YCOA 2CWNA 5D09A 3BK0A 3CEPA 3W7HA 4MLRA 2B4GA 2LLEA 3O6YX 2GVLA 1BWLA 2IQTA 1BKSA 5HWMA 3TMLA 4LC8A 1AG1O 2QUVA 4AXKA 4UTJA 3G1HA 4YMZA 1Q45A 3DKJA 3GVGA 3CIWA 4JICA 4AVFA 4UFHA 2W79A 4O12A 1FDJA 2Y70A 4JX5A 5HMSA 3GIYA 1R47A 3YPIA 2H8XA 2OT1A 2PRLA 1VYRA 2BLEA 3QC3A 3W85A 1AMKA 4JIQA 3DFPA 4ZQRA 3QW4B 4LU0A 3M1ZA 5HWJA 1EPXA 1WOBA 3RK8A 1KA9F 3WK2A 3Q94A 1WQ5A 2ZZ6A 3MO7A 4NZFA 3GR8A 2QCFA 1OF8A 4XBKA 4KFNA 2GJLA 1JR1A 1ALDA 2VFFA 5KSWA 1KFKA 1G69A 1DL3A 1K03A 1JCYA 3NNTA 4HSNA 3SIZA 3LERA 2YR1A 3BGGA 1H7RA 2RKXA 1TRIA 3MBFA 1FDYA 5CZ0A 4QQ3A 4AB4A 3P67A 5TQLA 5AFDA 1KV5A 3L21A 2WNQA 4IQLA 3NOEA 3MJYA 3W7DA 4JTEA 2ABBA 2H8ZA 4TX9A 2YYUA 4K8EA 1YXDA 1W5QA 3FYOA 4U28A 2V30A 4ZZ9A 3UPWA 4U4MA 2HTMA 1C8VA 4TO8A 1YDNA 1MEWA 2RFGA 2JKAA 3W71A 2ZFAA 3C2VA 3FA5A 4R33A 2RDUA 4ZQCA 3DAQA 1QR7A 3L67A 3L2IA 4A22A 4LNYA 1GPWA 1SZGA 3TW6A 1LZOA 4HN4A 4IMCA 3LLDA 4NJJA 3W7NA 1EEPA 3KXQA 4AHPA 1OABA 1LOLA 5BNKA 1N55A 3W7CA 1NVMA 4O57A 1T0OA 2P1FA 4YXGA 4LY8A 3BW3A 4WJEA 5U7SA 5AC6A 3FKKA 3QQ1A 4GUGA 4NJHA 4BI7A 4JDYA 3G24A 1EWDA 3GKAA 4O8RA 1QO5A 2PRHA 2V2DA 4FNRA 1XL9A 1TTIA 3IGSA 3TE9A 3VNDA 2V0TA 3DH7A 3PM6A 3WJSA 3G22A 3W74A 3EXRA 1HO1A 2TMDA 5FEPA 1N8FA 3IIOA 3UXDA 4JTUA 2R8WA 2ZTKA 3SI9A 3DBPA 3HG2A 4UTMA 1QAPA 5C55A 4PFMA 2V81A 1GVOA 3HGOA 4HIBA 3L66A 1JJKA 5I3FA 5CPOA 2ZA2A 1C9DA 1QPNA 5A8GA 3E12A 3TKFA 1FX6A 4FNSA 4UFJA 1RQBA 3CWOX 1VHCA 2CLLA 5D2TA 2WNZA 2DZXA 1YPIA 1RQEA 5AYZA 4C1KA 4O1BA 1I2PA 5AHFA 4PL2A 3G1AA 4AF0B 3GK0A 2V5LA 3LHYA 3STCA 3W88A 1H60A 3CC1A 2NV1A 2G97A 4HPXA 3TV8A 4PH6A 3G1FA 2X2GA 3O1NA 1TPB1 4LC6A 4O1CA 1Q6LA 1DORA 5E93A 4MYXA 4I7VA 5EY5A 3FIGA 4GNJA 1PHWA 4EIVA 1B3OA 2QKFA 4GFSA 1FDZA 4B5NA 2ZTJA 1TPFA 4NNBA 3O6DA 3FS2A 1LRQA 4I9AA 3E02A 3EX1A 4UTLA 3IGUA 4JIPA 3NA8A 4EF9A 5BMXA 1VRDA 3WK3A 4PCFA 1P1XA 2TPSA 4QJ1A 3PC0A 3C6CA 4QITA 3BLEA 4NJKA 2FFCA 2CLMA 3P8IA 4BK9A 5I3JA 4IOTA 3TSMA 2ZRVA 1ZHAA 3DKLA 5D2YA 4RCXA 1I4NA 4K7YA 3H54A 3I7SA 2FQIA 3LRLA 4OBTA 1GT8A 3W3OA 3C2OA 3NQAA 5J5RA 1MXSA 3WJZA 4UTTA 3HO8A 4JYDA 4G1KA 3W2MA 1XBZA 3E96A 3UPBA 1AW1A 4FB7A 1TTPA 2JGYA 4ICNA 2FB2A 5LNVA 2WKJA 4N02A 3DENA 2H3DA 4LVGA 5EKYA 3MHGA 2ZA3A 2X1RA 4Z08A 3CEUA 1MSSA 2NWRA 1GWJA 1ME8A 4AEOA 4GXMA 3CU2A 4RK8A 5AHIA 3QQ0A 3MBDA 1H63A 1YTKA 1KTCA 1KFJA 3W87A 2C13A 1EUNA 3QRHA 1W31A 3LM7A 2HS8A 1S5WA 1L6YA 5D2VA 2CZDA 3A23A 3GAKA 3S5OA 5D02A 3NM1A 5F1UA 1F73A 1FWRA 4MY8A 2YGYA 3MHFA 3FEMA 1TV5A 3HF3A 3EWWA 8TIMA 3BGJA 1J2WA 1QOPA 1R2RA 2C16A 5EA9A 1VLWA 3WJWA 4IMEA 1LBFA 5HJLA 4KFOA 3W7GA 3HQ1A 4LUJA 1PS9A 1R2SA 2QCDA 1OG0A 3THAA 4O11A 3PB2A 4RX0A 1MEHA 3OHIA 1SUXA 3NL6A 1G4SA 4I7WA 4RR4A 1VQTA 2J9ZA 2I9EA 4RXGA 3HPZA 2VEKA 3NEVA 4Y6GA 5H91A 4DXVA 4ZQNA 4QAIA 3M5YA 2BTMA 3ABOA 1K7XA 3R5EA 5AHLA 4Y90A 1NF0A 1TV7A 1FXPA 2ISSA 2EAWA 3G8EA 2X1SA 2CLIA 2G95A 5EL1A 2CLOA 3UWVA 3P80A 3EXSA 4M6PA 2QDHA 4CNOA 2BWGA 3DZ1A 1TPVA 4TU1A 4KFPA 1QPRA 4HNTA 4CCEA 2DZWA 1K3UA 4BI5A 3OVPA 1NSJA 1LBMA 2HS6A 3KVKA 1EUAA 1F74A 3NG3A 4O15A 4E2DA 3LCGA 1MO0A 2GJNA 3LHTA 1JQXA 2A21A 2GVGA 1JRBA 1NFBA 2TYSA 4MPQA 3W7KA 1IXPA 1K7EA 3P84A 3SECA 4FNQA 1AW2A 3G1XA 3PSVA 2A4AA 1JUEA 5F2GA 4FEZA 2JKEA 4Y96A 3MYOA 3STFA 1JVNA 4CNPA 3PWAA 2Z6IA 4NXSA 2GQ8A 4RZ5A 5AHNA 5CPLA 1IGSA 1NAL1 1LLWA 2DZPA 3A22A 3M16A 1RZMA 1VS1A 2Y61A 4IPIA 4XUGA 3PUEA 1EP3A 2EKCA 4A2RA 1AK5A 1SSDA 3EX2A 3UWWA 1A5BA 4NX5A 1H1ZA 1TJPA 5CPMA 4N9EA 3FLUA 1H50A 1YDOA 3W7QA 1HTIA 1HFBA 1YYAA 3BW2A 3IRDA 3NXFA 1T99A 4WY0A 4ADSA 1TO3A 4X22A 3W1MA 2QUTA 4AHQA 3I68A 4FXSA 5FF0A 3GNNA 3Q37A 1NEYA 5F4XA 2O7QA 2FLIA 4RLIA 1ICQA 3S5NA 2ZRZA 5DY2A 3T7VA 4GUIA 2YFNA 2R94A 3N19B 3P82A 1P5BA 1M7PA 3G0SA 1R46A 4MJZA 1W5MA 3C2EA 4O14A 3W1TA 1ZAIA 3N3MA 3W1PA 1FUYA 4K37A 4M7SA 4LV9A 3GAYA 4N4PA 3HIJA 4EWND 3LCWA 3ABSA 3IIVA 2JGQA 1QOQA 1B57A 1UASA 4BI6A 4JR5A 3EB2A 4JDBA 3W7EA 3W1XA 3LV5A 5CKSA 3P74A 3GYEA 1FCUA 3DFSA 4K39A 2CZ5A 1GJPA 3DXIA 3OEXA 3NL5A 1AL7A 3NQ6A 3B4UA 3H55A 3GDMA 1WDWA 5L6UA 2WQPA 3IEBA 3NPVA 4DF2A 3NGJA 4O4WA 4CLMA 3NPXA 1U83A 2JKPA 1PL9A 1UCWA 3MI3A 6ALDA 3ATZA 4Z0JA 5G5IA 2QJIA 3O63A 5LSMA 1XFBA 2VEIA 4LUIA 1KFEA 1LOSA 4OE7A 4R53A 2DP3A 4S1FA 1Y0EA 2HSAA 4NXKA 2H6RA 1B9BA 1XKYA 4TR9A 5H2ZA 4JXCA 3DFTA 2NX3A 4ONVA 5F2MA 3W7JA 1RD5A 1P0KA 4FNTA 5D03A 3DU0A 4UR8A 1W5PA 3MP4A 1TREA 4IMFA 2AGKA 3DI0A 3W1QA 3LHZA 4O52A 1VHNA 3S9YA 1O5XA 1WBHA 4IX0A 2E5BA 1DOSA 3SY5A 3TROA 4O1AA 1VCVA 1O95A 3PY2A 4CCDA 4WOZA 1U5JA 4GJ1A 2OT0A 3TSDA 5LNSA 1FCQA 2WNNA 4O17A 3BG3A 5FEZA 5C2XA 3A5VA 2R14A 2ZZ1A 4JTLA 1SZNA 1MEIA 3U6WA 3S0CA 3NZ1A 1B4KA 1TSIA 3LGEA 2GUUA 4NT0A 4YLWA 1LP6A 3CQ0A 4K6AA 4Z0SA 2V82A 3R89A 4A2SA 3W1RA 1VZWA 4A29A 3HB9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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