The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV4 K; 4X66 K; 5LMN K; 2HHH K; 4LF4 K; 4DR7 K; 1IBL K; 4DV3 K; 1XNQ K; 4JYA K; 4LFB K; 1XNR K; 4YHH K; 4JI5 K; 4CVN E; 4JI0 K; 2UXC K; 4K0K K; 4JV5 K; 1XMQ K; 3T1Y K; 2VQE K; 4B3S K; 4DR2 K; 4B3T K; 4GKJ K; 4DV6 K; 1N32 K; 4JI7 K; 1N34 K; 4JI8 K; 5FLX O; 4B3M K; 5LMU K; 3JAM O; 4LF6 K; 1HR0 K; 4DR5 K; 4DR4 K; 3J7Y P; 2UU9 K; 4JI3 K; 1FJG K; 4DV2 K; 4DUZ K; 4LF7 K; 5BR8 K; 4DV1 K; 4X64 K; 2VQF K; 4CW7 B; 2UUA K; 4LF8 K; 1HNX K; 4DR3 K; 4DR1 K; 1IBK K; 4KHP K; 3OTO K; 3J80 O; 3T1H K; 2UUC K; 5AJ3 K; 4B3R K; 4JI4 K; 5A2Q O; 5LL6 Z; 1N33 K; 4X65 K; 4X62 K; 1HNZ K; 4LF5 K; 4DV0 K; 1IBM K; 2UXB K; 3J7A P; 2UXD K; 5IT9 O; 2F4V K; 1XMO K; 5IWA K; 4JI6 K; 3J81 O; 1HNW K; 4OX9 K; 4NXM K; 4DUY K; 4LFA K; 1J5E K; 4DV7 K; 2UUB K; 4GKK K; 4DV5 K; 4JI1 K; 2E5L K; 4V19 S; 2ZM6 K; 4NXN K; 4AQY K; 1I94 K; 1N36 K; 4LF9 K; 4DR6 K; 4YY3 K; 4LFC K; 4JI2 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FSV A; 4DLE A; 4WFB L; 4DR7 K; 1Y97 A; 3THW B; 5CR4 A; 4WCE L; 4N5S A; 4HUE A; 5AQR A; 1ASU A; 2YKN A; 4OGC A; 4QAG A; 1W9H A; 3TSQ A; 1XMQ K; 2HNY A; 4WQ4 A; 1P90 A; 4JKH A; 1C0F A; 4JD2 A; 2D0A A; 4DTS A; 4BC3 A; 3K58 A; 4K41 A; 4IEE A; 4CZL A; 1JKH A; 3LM9 A; 2GWK A; 3A5N C; 3GOI A; 3QIP A; 5JVG L; 1WUA A; 3KLI A; 1CZB A; 4BGB A; 3F73 A; 2W6K A; 3E9O A; 4XH4 A; 3OBY A; 4AIL C; 2E4L A; 3QML A; 1IG9 A; 3DXK B; 3D0P A; 2VG5 A; 4JHD B; 3O9Q A; 3HO1 A; 5BPM A; 4QS9 A; 2E6M A; 4E1J A; 3LAM A; 3SK3 A; 2KFN A; 3C0B A; 1G99 A; 4E1M A; 2YX6 A; 1JLF A; 4LF8 K; 4KHP K; 1KXP A; 4DFM A; 3J7Z O; 3T69 A; 5AJ3 K; 1LWC A; 3I0S A; 1KSP A; 3TAQ A; 2RE2 A; 2KQ2 A; 1FK9 A; 4IEI A; 2NRW A; 4HUF A; 4JAX A; 1B9F A; 3DLE A; 5AQT A; 2VWJ A; 3SBT A; 3DWL A; 1XMO K; 3VA0 A; 4NCG A; 1HQE A; 2NZT A; 3L0Q A; 4Y0W A; 1NMD A; 3M6G A; 4R5P A; 1J5E K; 4M7Y A; 1NOY A; 1DT9 A; 1VSK A; 1ZBS A; 2D0O A; 4BRP A; 4CJL A; 3UKU A; 4BG9 A; 3C6H A; 5CE3 A; 5GAD P; 4Z4G A; 1Z05 A; 3OYM A; 4LF9 K; 1QQO A; 4C8M A; 1T3V A; 4FZY A; 5HRP A; 5BPL A; 4CD1 A; 3CC4 N; 4YOV A; 4DFK A; 3HP9 A; 3T1A A; 2VGN A; 4ZTF A; 4BRA A; 3NDK A; 4BDZ A; 1DKG D; 3THY B; 4E0D A; 3ATU A; 3NGY A; 5TKY A; 1C1A A; 4YOY A; 3RMB A; 4H5W A; 3TAG A; 3CC2 N; 4DSI A; 4YOR A; 3MDQ A; 4W5Q A; 3RR7 A; 3A0I X; 4ZTJ A; 2NRX A; 1H1V A; 3CCJ N; 2F96 A; 4GV9 A; 1KVB A; 1NJW A; 4O8K A; 2F8T A; 1KAX A; 4DQQ A; 2P9S A; 3SBG A; 4IZ9 A; 1EWQ A; 5GAG P; 2F7T A; 4CHP A; 4FLW A; 4JI8 K; 1ATN A; 1S1X A; 4G1Q A; 5KRT A; 1ATR A; 5DM7 L; 2XO7 A; 4DCH A; 4J8F A; 3KHY A; 3PO4 A; 1W97 L; 4CFD A; 4CF1 A; 4CJ7 A; 3MMV A; 4M3X A; 4DV1 K; 3MN6 A; 3EY1 A; 4QOZ B; 1NJX A; 3VGM A; 4PUO A; 3QIN A; 3RWU A; 4I9Q A; 5AZI B; 1IBK K; 1NJI O; 1E3M A; 3CME N; 4RCH A; 3BF3 A; 2OA8 A; 1FKO A; 3SV4 A; 4H4M A; 3M3Z A; 3MCP A; 3T19 A; 4YOU A; 3FZK A; 4DKW A; 1U6Z A; 4CIE A; 2F9T A; 2Q36 A; 4C8N A; 4XH1 A; 1CZA N; 3DLR A; 3I0R A; 3MX5 A; 4FPB A; 4HTL A; 3SYZ A; 3JYT A; 3KTQ A; 3QO9 A; 4L3Q A; 4JI6 K; 3J81 O; 4H5N A; 3ULD A; 3A5M C; 3TTC A; 4LFA K; 4M45 A; 5EOY A; 3H3O B; 4B8A B; 1KVA A; 3FZF A; 3ZSO A; 1VQK N; 1RT6 A; 1L3V A; 3IKM A; 4PWD A; 2G8W A; 3HM9 A; 5I9E B; 4QS8 A; 1HUX A; 4AQY K; 1TK8 A; 3HK2 A; 1N36 K; 1NKB A; 2P9N A; 5CYQ A; 4JKB A; 3D7E O; 4O0I A; 4NLC A; 4CEF A; 2UYT A; 4PL8 A; 4CZE A; 2QK9 A; 4Z4E A; 5AQU A; 4JI2 K; 2Z1J A; 3IDH A; 3O1W A; 4IDH A; 3VQE A; 3S3M A; 4L8R B; 1WAF A; 1HKG A; 1X9J A; 4OLA A; 2KLA A; 3EZ5 A; 1ZC6 A; 4NYN A; 4F3O A; 3WEE B; 3NE6 A; 3VQ8 A; 4FJM A; 4UQG A; 5E26 A; 3O4Q A; 3HM8 A; 3SAH A; 4NCB A; 3Q7B A; 2ZE2 A; 3CCV N; 5GAE P; 4O5B A; 3RMA A; 2NRZ A; 2KFZ A; 4BAC A; 2FBY A; 2YNI A; 4KAZ A; 4JD2 B; 1W0H A; 3QIO A; 4HUG A; 4NO7 A; 3ZSQ A; 3CD6 N; 1L5U A; 4CHZ A; 1J53 A; 3OYB A; 4JN4 A; 4GVM A; 3S41 A; 5HRO A; 1D5A A; 4OKE A; 1V4T A; 4GNI A; 1OH7 A; 2D0B A; 2HHX A; 1WLJ A; 4B9T A; 3KKR A; 4FOE A; 3HOT A; 1NWK A; 3HVR A; 2ASP A; 5EVZ A; 4ID1 A; 1VSF A; 4I7F A; 3OS2 A; 1RT3 A; 4FOI A; 1T8E A; 2OZM A; 3HOS A; 1ASV A; 4M3T A; 3AO4 A; 3QFP A; 3TAB A; 3TU5 A; 4JS4 A; 4FK0 A; 4CJF A; 5LJW A; 1TYQ A; 2XY7 A; 3BGR A; 3BY5 A; 3BZC A; 2A1S A; 3VPZ A; 4E7H A; 3PX0 A; 2G8U A; 4FJJ A; 3EE9 A; 5F0X A; 3C6U A; 5C0Y A; 1QSL A; 3AO1 A; 5CY4 A; 4JK7 A; 1FW6 A; 2FF6 A; 1ZBH A; 2ITG A; 1IKY A; 4N76 A; 2D4W A; 4B1V A; 1ATS A; 3UKU B; 1NU0 A; 3PV8 A; 4DV4 K; 1RGI A; 3QER A; 3KLG A; 2AJQ A; 2E1Y A; 2GBZ A; 3CC7 N; 3I55 N; 3VQ9 A; 3LDQ A; 3KKS A; 3CM5 A; 4EIA A; 3PY8 A; 2ZF5 O; 1GOA A; 4CJW A; 4FZZ A; 2NRH A; 5AQJ A; 3SZ2 A; 2OTJ N; 2HBL A; 5KPZ A; 3NF8 A; 4E19 A; 2KTQ A; 1TAU A; 4DQI A; 5AQN A; 4IOA L; 4M3Z A; 1ZXO A; 2P9S B; 5CZ2 A; 3VEY A; 5AFU A; 2PYJ A; 3DM2 A; 1BL3 A; 2FBX A; 4DUZ K; 3OYI A; 3VGL A; 2YHB A; 4Z0U A; 1NK8 A; 3AA2 A; 3O4N A; 1T6D A; 4EZ6 A; 1EQY A; 4AH9 A; 3NAE A; 3D6R A; 3S9H A; 2Z1I A; 5BRH A; 3TPQ A; 4FK4 A; 1L3U A; 4ELV A; 3LP2 A; 2XY8 A; 1OVQ A; 2ZD1 A; 3DMJ A; 3RR8 A; 3P5J A; 3QB0 A; 3EYZ A; 4CHN A; 1LOT B; 1VQ8 N; 5EU7 A; 3NH2 A; 3BF1 A; 1VQP N; 1S6P A; 4K8Z A; 3VGK A; 2A40 A; 4FJL A; 1HYZ A; 5EXW A; 2Q1N A; 5M1Q A; 3V4I A; 1LV5 A; 4JKG A; 4B1X B; 3VQB A; 1SL0 A; 5HBM A; 1I39 A; 2QWR A; 3NGZ A; 3ZT2 A; 3NBP A; 4ZHR A; 3OYE A; 1FKP A; 1P8Z A; 3LPT A; 2GEL A; 2IDO A; 3V1Q A; 3AO2 A; 4IFV A; 4CHO A; 5HP1 A; 2E5L K; 5KGW A; 5M1O A; 4DTO A; 3U6F A; 5AZJ A; 1I94 K; 1NGD A; 4CEQ A; 4BRE A; 2XY6 A; 2G8H A; 4LFC K; 1HPZ A; 3VET A; 4I2P A; 3VF6 A; 1BIU A; 4M3R A; 1E4G T; 3TAE A; 4HTU A; 3A8Y A; 2F8S A; 5KQD A; 4TSX A; 2P9N B; 2KKZ A; 5CZ1 A; 5FPM A; 3DRS A; 3RSE A; 3U9Z A; 3V6D A; 2WUS A; 3CYM A; 3OVN A; 2WOM A; 4DU4 A; 2O8F A; 4FK2 A; 2P5G A; 3LP3 A; 2ITM A; 5FRM A; 4JK8 A; 4DU3 A; 3CJ7 A; 2VQE K; 3FZL A; 3WQU A; 3LDO A; 4BWJ A; 5ADX A; 3S3O A; 4H0P A; 3SLC A; 4CJQ A; 3O9S A; 3AVI A; 3ATV A; 4YOX A; 3ZX0 A; 4B3M K; 3D2F A; 1TKT A; 2HHW A; 5BRE A; 4EHT A; 5M1P A; 4HVJ A; 4IXC A; 3TI0 A; 1NK4 A; 2ZGY A; 2YCH A; 3J7Y P; 3KJV A; 4CJU A; 1BGX T; 2OAN A; 3IRX A; 4H4O A; 2VWK A; 3NF9 A; 1WSH A; 4RW6 A; 1D9D A; 1RDB A; 3VA3 A; 4X64 K; 1IKX A; 3QBX A; 4ISE A; 1NKE A; 4OJR A; 3V1O A; 1RBT A; 4M7X A; 1TUU A; 4MO5 A; 3EO3 A; 4B1Y B; 2UUA K; 1IH7 A; 4KI6 A; 4CEO A; 3OTO K; 4CJV A; 3SQ1 A; 3T1H K; 4DTM A; 3SNN A; 2KZM A; 5AQX A; 3G71 N; 4WYB A; 4JI4 K; 4BRL A; 3K9K A; 3ZT1 A; 2BTF A; 3FLC O; 3H1V X; 3HRG A; 4XIU A; 1EO1 A; 4FWS A; 1YJW N; 4BDY A; 1RDW X; 1VQL N; 2JWK A; 4AF1 A; 4FCY A; 3ID8 A; 1DTQ A; 3U3Y A; 4PY5 A; 1QHA A; 5FRN A; 5ELZ A; 3I33 A; 4QCL A; 1LCU A; 1RT4 A; 3THV A; 4J2A A; 2YNG A; 3VEW A; 3AVA A; 3OYG A; 1JLA A; 3VQ6 A; 5EY4 A; 1NKC A; 3F5T A; 5I42 A; 3RVC A; 1NLV A; 1WBB A; 2Q3S A; 4CE9 A; 4CEB A; 3TSU A; 3AAR A; 3VEV A; 3M8Q A; 3BDP A; 5C2F A; 5AR0 A; 4FLY A; 2G8I A; 1LW0 A; 1SAZ A; 1U48 A; 2HND A; 2PBD A; 4DG1 A; 2HF3 A; 1DGK N; 4B1Z A; 2UXC K; 3R3L A; 1C0U A; 5KPR A; 3T1Y K; 1LW2 A; 4DR2 K; 4KI4 A; 2QKB A; 2WBN A; 2HHT A; 4FJH A; 3ZSZ A; 4YOT A; 4AHV A; 4CJ3 A; 4BY9 C; 1JL1 A; 2HVH A; 3C95 A; 1YJ9 N; 4BE2 A; 4LF6 K; 2NRT A; 3CQX A; 4CJT A; 1Q7Y O; 3OW2 M; 1IKW A; 4DTJ A; 3CCE N; 3R9P A; 2P9K A; 2X6S A; 3M8P A; 4U7B A; 4CJS A; 5F1X A; 2VQF K; 5BN9 A; 4CZJ A; 3SMS A; 4EZ9 A; 3IAY A; 2WTU A; 3U8X A; 1KC8 O; 2G8F A; 2O8E A; 3ZX2 A; 3AVC A; 3LZI A; 1VK0 A; 3VEZ A; 3J80 O; 1KTQ A; 1VSM A; 3AVB A; 4B1W B; 4B3R K; 2GEM A; 5GIN A; 4DQP A; 4B3O A; 3ALY A; 4MLH A; 1ASW A; 4Z4F A; 4FLV A; 3ISN C; 3E1Y A; 4X62 K; 3AA3 A; 4A59 A; 4DV0 K; 3SCX A; 4CK1 A; 1KD1 O; 1RTD A; 4CIF A; 4OKJ A; 5J2N A; 4CJR A; 2PYL A; 4HCC A; 1ZBU A; 4O44 A; 4BR9 A; 3QNN A; 2KZZ A; 1T7P A; 1BOT O; 4JNE A; 4IOC L; 2IS3 A; 3DLH A; 3MN7 A; 2V52 B; 3ZET A; 4WFN L; 4DQS A; 1WSF A; 3O6W A; 1VSJ A; 2WON A; 2GWJ A; 5LJV A; 2V7Z A; 2NLX A; 2ZM6 K; 2IIR A; 5MLC Q; 5AQQ A; 5KI6 A; 3L2W A; 5KQ8 A; 3OYD A; 1XHZ A; 4Z94 A; 2QWO A; 1RTJ A; 3FGU A; 5AQY A; 1J54 A; 4KTZ A; 3TAM A; 4FJ8 A; 3V9U A; 1WSJ A; 3DLK A; 4FWO A; 3V81 A; 3KD5 E; 3D2E B; 2AA4 A; 1XNQ K; 3RTV A; 5C15 A; 4KHY A; 1NNE A; 1XNR K; 3TR8 A; 3R6M A; 4CER A; 3JS6 A; 4O5F A; 4DU1 A; 2KHO A; 4H0T B; 1X9M A; 5TKW A; 2HBM A; 4AHU A; 4B3T K; 1WAJ A; 5AQL A; 3NH1 A; 1K73 O; 4M41 A; 2QI2 A; 3RSE B; 4BRM A; 1I3A A; 3G0Z A; 4OLB A; 3QEI A; 4YDU A; 4EP4 A; 4GW6 A; 3CPW M; 1W2B M; 4Z4I A; 4MDA A; 3KK3 A; 5JS1 A; 2X6N A; 3BEX A; 5ADX H; 2YHA A; 1HR0 K; 3AA4 A; 3ZCM A; 1NK5 A; 4KPY A; 1VRU A; 4W5R A; 1VAZ A; 1RTI A; 4FJI A; 3QEW A; 3KLH A; 3MWT A; 2D5R A; 3D2F B; 2E2O A; 1VSL A; 1QZ6 A; 2HF4 A; 1SZ2 A; 4FM2 A; 1UA0 A; 1N8R O; 2CGK A; 4DTU A; 1BA0 A; 4CGG A; 2QW9 A; 1HPM A; 4Y1C A; 3CJB A; 1YF5 L; 5LL6 Z; 3NHG A; 2PAV A; 3E66 A; 3MED A; 4X65 K; 2E20 A; 1N6Q A; 3S3N A; 1C0G A; 4A5A A; 3CMA N; 1KCF A; 5KRS A; 3MEE A; 3TTD A; 4LH5 A; 4BRG A; 2B4J A; 4LC9 B; 1VHX A; 4OX9 K; 4FWR A; 4CK2 A; 3P38 A; 2UUB K; 4BRN A; 3TAR A; 3TAN A; 4BR2 A; 1RBV A; 2GV9 A; 4IO8 A; 3K9J A; 1VQ4 N; 3NF7 A; 1B9D A; 3ZEU B; 2JLE A; 2CGJ A; 2W41 A; 4GVE A; 1S9E A; 1HX1 A; 2O8D A; 1VQN N; 1KLM A; 3K5M A; 1UA1 A; 1YT3 A; 1TVR A; 1XWL A; 2RN2 A; 4IG3 A; 4WQ5 A; 2D0C A; 3MXJ A; 4YHH K; 3ITH A; 3L2V A; 4DFJ A; 4KO0 A; 3L4Q A; 3GL1 A; 3O80 A; 3VQQ A; 4KV8 A; 5HRR A; 3IS9 A; 5BN8 A; 1VSD A; 3U4L A; 4DB3 A; 1WN7 A; 1ZBI A; 2LSN A; 2X78 A; 4OPJ A; 3O9R A; 2VWB A; 3HVT A; 4A2A A; 4Z4H A; 5JVH L; 5J2M A; 3H1Q A; 3CJ9 A; 4FWL A; 1HNV A; 1YIJ N; 1U2V A; 4XH5 A; 3ZT0 A; 3SUP A; 2W42 A; 5DMR A; 4CZI A; 4EFH A; 2QA4 N; 4KFB A; 2RPI A; 5M1F A; 3P83 D; 4MQ3 A; 3HSC A; 1JLG A; 3GE1 A; 4IOX A; 4N47 A; 2RKI A; 4UY8 O; 5AQH A; 3E9P A; 1BQN A; 5C10 A; 3LWM A; 4BRH A; 4IKF A; 1GLF O; 2GUI A; 4DWI A; 4K42 A; 3VQ5 A; 4CD3 A; 4NLB A; 2QWN A; 1D4X A; 1NGC A; 1GLL O; 3VER A; 3F9M A; 4I2Q A; 1NGF A; 3A2F A; 4N41 A; 3AGR A; 3CCU N; 5J2P A; 4CHY A; 4FJK A; 3IG1 A; 2O8E B; 3P4I A; 5BRF A; 3CFP A; 2A5X A; 3ZYY X; 1IKV A; 2IAJ A; 2W6L A; 4B08 A; 1NOZ A; 1TK0 A; 4FXD A; 4OGE A; 3L6Q A; 3NVM A; 3OYL A; 1YTU A; 2HVI A; 1XQS C; 5J2Q A; 2HBK A; 5FDL A; 4BG8 A; 4FLT A; 1TK5 A; 4KRE A; 4CZF A; 4NXM K; 1KAY A; 3AVN A; 4JKC A; 4MDB A; 2ASM A; 1NJZ A; 4WE1 A; 1IV0 A; 4DF8 A; 4CJP A; 1BWF O; 4GV3 A; 2P9U A; 2ZWH A; 3SUO A; 4H5R A; 4F2S A; 1L3S A; 3C65 A; 4CIG A; 2VG7 A; 3QLH A; 4FJ7 A; 2DFE A; 4ILJ A; 1BHL A; 3P31 A; 1Q81 O; 1RBU A; 2HNZ A; 3M8R A; 3EEQ A; 3CM6 A; 2XHB A; 2EHG A; 1S9G A; 3ULE A; 3VF2 A; 1QQC A; 1VSE A; 4A5B A; 3CFR A; 2QXF A; 4CEC A; 3MAQ A; 2I7N A; 4MLE A; 4JI5 K; 2ZJR L; 2FSK A; 4AHT A; 1HJO A; 3QNO A; 2ASO A; 1A5X A; 1JLQ A; 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