The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUA K; 4DV4 K; 1XMQ K; 4KHP K; 2ZM6 K; 1N33 K; 5AJ3 K; 4DR5 K; 1HNX K; 4DUZ K; 4DV1 K; 2UUB K; 3T1H K; 4LF4 K; 3J7Y P; 5LMU K; 1I94 K; 1HNW K; 4JYA K; 1HR0 K; 4B3R K; 4LF6 K; 1IBK K; 4GKJ K; 4DV0 K; 2UU9 K; 4K0K K; 2VQE K; 4LFA K; 1XNR K; 4LFB K; 4JI6 K; 1N36 K; 5IT9 O; 4LFC K; 4X62 K; 4GKK K; 4NXN K; 3OTO K; 4AQY K; 4DR3 K; 4YY3 K; 4DR4 K; 4DV6 K; 4DUY K; 3J7A P; 4JI1 K; 4YHH K; 2VQF K; 4V19 S; 4CW7 B; 5BR8 K; 4JI8 K; 1N32 K; 4DV5 K; 5LL6 Z; 1XMO K; 4LF9 K; 2F4V K; 4JI4 K; 4X65 K; 2UXC K; 4JI3 K; 4B3S K; 4X64 K; 3J80 O; 1IBL K; 2UUC K; 3T1Y K; 4JI0 K; 4DR2 K; 5IWA K; 4OX9 K; 1HNZ K; 2E5L K; 2HHH K; 4LF8 K; 4JI5 K; 2UXB K; 4LF5 K; 5LMN K; 1IBM K; 1J5E K; 4DV2 K; 3JAM O; 1XNQ K; 4JI2 K; 4B3T K; 4DR6 K; 4JV5 K; 4JI7 K; 5A2Q O; 5FLX O; 2UXD K; 4NXM K; 4DV3 K; 1N34 K; 4DV7 K; 4DR7 K; 4DR1 K; 4LF7 K; 3J81 O; 1FJG K; 4CVN E; 4B3M K; 4X66 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Z1G A; 3AVC A; 2YNI A; 3O6W A; 5AQX A; 4F2R A; 2UUA K; 2QWO A; 2YHX A; 4JKD A; 5F0X A; 3FR0 A; 1EP4 A; 2ZM6 K; 4DR5 K; 3VF4 A; 1VQP N; 4CD1 A; 1YVN A; 2OTJ N; 4JEP A; 1J5O A; 3PUF A; 4EZ9 A; 3QML A; 3ZSR A; 4BRE A; 4B8A B; 1QSL A; 2ATQ A; 4C1N K; 3MN5 A; 1ATS A; 4BRI A; 1VQ9 N; 1FXX A; 3F73 A; 1JKH A; 1HYV A; 5E41 A; 4AIL C; 2P9S B; 1EWQ A; 1N36 K; 2F8S A; 4E1M A; 3O9Q A; 4RCH A; 4WCE L; 5BPM A; 1MU2 A; 4BRD A; 4OPJ A; 5AQN A; 4C8N A; 4CEE A; 3BP8 A; 4L8R B; 4XH5 A; 4I6M B; 3TR8 A; 4KRF A; 4DUY K; 4YHH K; 4O55 A; 4CJE A; 1X3M A; 2CH5 A; 1A5X A; 4CF2 A; 1SS6 A; 2WTU A; 1ILY A; 2F9T A; 3H3N O; 1K8K A; 3NH1 A; 1XWL A; 3SQ1 A; 2HHV A; 2B5J A; 3FZK A; 4C8M A; 3HOS A; 4EHU A; 3THY B; 1TV6 A; 5T7B A; 1TUY A; 2UUC K; 1RT2 A; 3T1Y K; 5M1P A; 4JI0 K; 2HB5 A; 4M63 C; 2W42 A; 1NJY A; 1RBV A; 3O4W A; 3ZET B; 1IG8 A; 2X78 A; 1D9D A; 2VYP A; 3DRS A; 1ZBU A; 2GUI A; 4H5N A; 1A5V A; 5FPN A; 1TKD A; 1SZ2 A; 4EHT A; 3SUP A; 4IJN A; 1NGH A; 3MWP A; 3NF9 A; 4EIA A; 3TAG A; 3U3Y A; 4LF7 K; 4KH4 A; 1WSG A; 4IXC A; 1FJG K; 4CVN E; 2A42 A; 3QIN A; 4ELU A; 3M3Z A; 5K14 A; 3BY5 A; 1BA1 A; 3VOV A; 3CM6 A; 4CJ7 A; 4NYN A; 5FRM A; 4LSL A; 5EX5 A; 3CCV N; 2OPP A; 4IEE A; 3UKU B; 3OYF A; 5DM7 L; 1DTT A; 3DXK A; 2FC0 A; 5AQY A; 3HPG A; 3AVA A; 3WNG A; 4CEQ A; 4FZY A; 4DUZ K; 3D2E A; 4CZI A; 4CZM A; 3S3N A; 5LMU K; 3ZSX A; 1NKB A; 1I94 K; 3O9R A; 2P9N B; 3SCX A; 4WQ5 C; 5HRN A; 4L3Q A; 1X3N A; 3FE1 A; 4A5A A; 2QKB A; 2FLO A; 1E3M A; 4LFA K; 3HL8 A; 2WBN A; 1NGC A; 4K41 A; 4M41 A; 1RBT A; 4FWL A; 3ZX0 A; 1J6Z A; 2O8C A; 3U9Z A; 3FFK B; 5JS2 A; 2O8E B; 2YNH A; 3WNH A; 4CJL A; 4ZHR A; 1QHA A; 1QZ6 A; 4BRA A; 5J2M A; 4CEB A; 4JI1 K; 1CZA N; 2NRW A; 2P9I A; 4FLY A; 3O3H A; 4KB1 A; 1IG9 A; 1BI4 A; 3UKR A; 5F1X A; 4BRQ A; 1RDB A; 3V6D A; 3QIC A; 2JLE A; 3KD5 E; 4JI4 K; 3AA5 X; 5KRS A; 5M1F A; 4B3O A; 1ZBL A; 1YAG A; 1JCF A; 1XC9 A; 2WUS A; 5I9E B; 2GWJ A; 1WSJ A; 1JXB A; 1RBU A; 3CFO A; 4Z0U A; 4QS8 A; 3A8Y A; 1RGI A; 1BU6 O; 3A2F A; 3C6T A; 1NGE A; 3SBT A; 5ADX H; 3KJV A; 3E01 A; 1C6V A; 4I9L A; 2A6A A; 4DQI A; 2F9W A; 4JNE A; 3OYE A; 3J8A A; 2E2N A; 3PSF A; 2HHQ A; 4C8O A; 4E7L A; 3QEI A; 4DSE A; 4CJT A; 3SJH A; 4NXM K; 3QEP A; 4WE1 A; 2QWR A; 1RBS A; 5AQS A; 4BRF A; 4IOX A; 3AVL A; 2OPQ A; 4NCB A; 1NNE A; 4A2B A; 5C15 A; 3L4Q A; 2ZGY A; 2RN2 A; 4KI4 A; 1BWF O; 4CIG A; 2VG6 A; 4HUG A; 3WXJ A; 5HBM A; 4DS5 A; 2H3G X; 3WQU A; 2HBJ A; 3V9X A; 2Q36 A; 3PV8 A; 4FWS A; 3BZK A; 3VGL A; 4A61 A; 2HMP A; 4DTM A; 1U45 A; 4PY5 A; 4ID1 A; 5C0Y A; 2VG7 A; 4DTN A; 3KLF A; 4PL7 A; 3KTQ A; 3RSE B; 3QNN A; 2PFU A; 4NCA A; 1E4G T; 2HHU A; 4CF8 A; 2HHS A; 1U47 A; 2CGK A; 4FK4 A; 5AQI A; 4CZF A; 2VQE K; 4FJ8 A; 2PBD A; 4DSK A; 3D2F B; 4J2D A; 4CD3 A; 1HUX A; 1U4B A; 2QXL A; 4AHS A; 3TAM A; 4AHC A; 1Q8I A; 4W5R A; 1NOZ A; 5JVG L; 4ZTJ A; 1C0M A; 4KAZ A; 4J2A A; 1HMV A; 4DKW A; 1IJJ A; 2Q1N A; 3D2E B; 3WNF A; 4V19 S; 3LDL A; 1BUP A; 2HNZ A; 3GBT A; 4BVP A; 3H45 C; 3HT3 A; 4CCH A; 1RTJ A; 3DLR A; 2UYT A; 3OA9 A; 1UWB A; 4LF9 K; 1LAW A; 3OYG A; 3ZEU A; 1N8R O; 4CHN A; 4O44 A; 3LDQ A; 3DYA A; 4QS9 A; 1VSK A; 1TVR A; 1ZBH A; 1VQ8 N; 3ULD A; 3CC4 N; 1K6Y A; 3LPU A; 4GNI A; 4CBW A; 3IFR A; 1SL0 A; 4BR0 A; 4W5N A; 1HJO A; 2E5L K; 3O3G A; 1O1W A; 2XY8 A; 4AHR A; 1W0H A; 3C95 A; 3DXM B; 3O80 A; 1KD1 O; 3VTI A; 4CJR A; 1N34 K; 3CCR N; 3EZW A; 4FWN A; 2KHO A; 4B9V A; 4FJH A; 2P9K B; 4IO9 L; 1NM1 A; 4FPA A; 1SAZ A; 1T6D A; 3NCI A; 3LAM A; 4B1Y B; 4CEO A; 2G8H A; 2G8K A; 3NHG A; 4DV4 K; 2O8B B; 3NH2 A; 5AQZ A; 1KAY A; 4YDU C; 1S72 N; 3TSP A; 3VEX A; 1L3S A; 1S22 A; 3NMU A; 2P5G A; 3L3V A; 5EVZ A; 4U7B A; 2KFN A; 3FZH A; 1RDC A; 3FZM A; 1GLC G; 4CZE A; 1XC3 A; 3K2P A; 3AAQ A; 1SV5 A; 5FPM A; 3OJU A; 5BRF A; 5C12 A; 1HX1 A; 3QEX A; 1S9G A; 1JLQ A; 3HPH A; 4FWM A; 2NNW A; 4FLU A; 3FGU A; 3LP1 A; 1V4T A; 5ELZ A; 3MWT A; 2IDO A; 2I7N A; 2NRV A; 3NVM A; 4H4M A; 4BG9 A; 4ISG A; 4DCH A; 4BR9 A; 1IKV A; 1RDW X; 1X1P A; 3ZT3 A; 4CJ4 A; 2A40 A; 1NGD A; 1D5A A; 2W6L A; 2YHA A; 3U8X A; 3VEV A; 1UA0 A; 1NK9 A; 1V4S A; 4QCL A; 4DV5 K; 4M42 A; 1B9D A; 1BOT O; 1QTM A; 3K5N A; 1S1V A; 1NK0 A; 4IG3 A; 4B9U A; 4KHY A; 3QIP A; 3E9P A; 1RTI A; 4X65 K; 3D7E O; 3VQ9 A; 3CCU N; 1Q86 O; 3SYZ A; 1ZBI A; 4BG8 A; 2XY7 A; 3TWH A; 1QQN A; 4NLC A; 2FF6 A; 2FXU A; 4F9O A; 3CME N; 4EP5 A; 3QLH A; 5KPR A; 2OCE A; 3C0B A; 2ZJQ L; 1RNH A; 1WLJ A; 4IZ9 A; 3V9U A; 4NLB A; 2YHB A; 5C2F A; 3JYT A; 5KGW A; 4BRO A; 4DFM A; 1S5J A; 4MO5 A; 5AQJ A; 1CZ9 A; 3SV4 A; 3VQA A; 4IEI A; 1HQE A; 3ZEU B; 2ZJR L; 3OYN A; 3H1V X; 2D0C A; 3LAL A; 1HPM A; 1ESV A; 4RG8 A; 1WAF A; 3KKS A; 3MMV A; 1SKR A; 4K25 A; 2DY4 A; 4KHU A; 5M1N A; 5AZJ A; 4KFB A; 3AO3 A; 1EKE A; 4H8K A; 4KHS A; 3EE8 A; 5AQH A; 1WN7 A; 4H0V B; 5FDL A; 4JK7 A; 1TUU A; 3SZ2 A; 2QA4 N; 1SKW A; 3TTC A; 1VSF A; 1W9H A; 4IFV A; 4ILH A; 4FWO A; 1GOA A; 3AVH A; 1Q82 O; 2P9U A; 3CG7 A; 4BC5 A; 3ZT2 A; 5CY4 A; 3WXI A; 3LZI A; 1RCH A; 4B1X B; 3AGR A; 3O9U A; 4HHT A; 4DQR A; 3S3O A; 4DTX A; 5HLF A; 3OTO K; 4AQY K; 1JLB A; 3QFU A; 1O13 A; 4F8R A; 3AO5 A; 2BH1 A; 4CIF A; 2XO7 A; 5GIO A; 3G6E N; 4NYF A; 3ENB A; 4ILJ A; 3ID8 A; 1B9F A; 4M3U A; 3EKU A; 4DSI A; 1BCM A; 4AF1 A; 3RMC A; 3WEE B; 4OPA A; 3MXJ A; 3ZX3 A; 1BGX T; 3M1F A; 1BIU A; 1JL2 A; 4DSL A; 3AO1 A; 4FJ5 A; 1BDG A; 2ZQB A; 3MEG A; 3AAP A; 5AQR A; 1RT6 A; 4JI3 K; 4OLB A; 3IRX A; 3DM2 A; 5HP1 A; 2QWL A; 4R5P A; 4RW8 A; 4AHU A; 3M5R A; 4YOT A; 3M8Q A; 1KVC A; 3AVG A; 4DTP A; 3G4S N; 3DLB A; 3PO4 A; 1VSH A; 4Z4F A; 1XQS C; 5LMN K; 2QWM A; 1NGB A; 1WNS A; 1UAX A; 3MEC A; 1T44 A; 2PYJ A; 5A2Q O; 2PZS A; 3L0Q A; 4N76 A; 1RT5 A; 3DI6 A; 1HRH A; 1KSP A; 4EZ6 A; 2KW4 A; 3RMD A; 5KQ8 A; 5F2R A; 3MXM A; 1ITG A; 1J54 A; 5KQD A; 4O8K A; 3DOK A; 4OKJ A; 4DLG A; 2B4J A; 4J8F A; 4BC2 A; 4B3M K; 1SL1 A; 4O5B A; 4JHD B; 2IOC A; 4DFK A; 3CFP A; 5AQF A; 4OPK A; 3MN7 A; 1VSJ A; 2D1K A; 3FFI A; 5BRH A; 1SKS A; 1NLV A; 4RWT A; 1KTQ A; 1MWM A; 3O1B A; 2HHW A; 1P90 A; 3VEW A; 4YOW A; 1U49 A; 1IV0 A; 3KLE A; 3CCE N; 4JK9 A; 4K43 A; 3EEQ A; 1DTQ A; 4HVJ A; 2QK9 A; 1VSI A; 4IO8 A; 1TKX A; 3AA3 A; 4JD2 B; 5GIP A; 3C7N A; 4FWR A; 4RW7 A; 3DOL A; 3TAQ A; 3ZYY X; 2D5R A; 4RW6 A; 1ASV A; 3VER A; 1JLG A; 4DTJ A; 3P38 A; 2UU9 K; 1LWE A; 3GE1 A; 5JLF A; 2AP1 A; 4K42 A; 3PLA A; 1ZBF A; 3HYF A; 4KTZ A; 4BE0 A; 4KV8 A; 2GUP A; 4GV9 A; 5EU7 A; 5CYQ A; 4CHZ A; 2R7Y A; 1HYS A; 2KTQ A; 2DPN A; 4JAX A; 3IAY A; 3AVK A; 3WNE A; 4N56 A; 3H08 A; 3OYL A; 3HPO A; 3VQQ A; 4EFH A; 4CF1 A; 1TL1 A; 2Z1I A; 2KLA A; 4BRK A; 2CGJ A; 3EZ5 A; 2XY6 A; 3TSQ A; 1BIZ A; 3JS6 A; 4CI6 A; 4FWP A; 2V51 B; 4EAH D; 4WF9 L; 3PIO L; 4JKG A; 4DSF A; 3VQD A; 3EN9 A; 3KLH A; 3UE5 A; 2BGG A; 3AO2 A; 3O9T A; 2G8U A; 2QEX N; 3BF3 A; 4WQ4 A; 4GV6 A; 2UXB K; 4W5T A; 2FF3 B; 4DV2 K; 3BF1 A; 4U67 L; 4JI7 K; 2GTD A; 4E7I A; 3KWG A; 2IVO A; 4KHW A; 1KAX A; 2FBV A; 3ATV A; 1VQ7 N; 4DR1 K; 2GX9 A; 3KWI A; 5BRE A; 1X9S A; 3GL1 A; 1OH5 A; 5ADX A; 5GAG P; 4ISF A; 3ZSY A; 4QOZ B; 3EY1 A; 1RT1 A; 4KHN A; 4HTU A; 2KQ2 A; 3CQY A; 1ATN A; 4CJK A; 3B6O A; 1VAZ A; 3L2Q A; 1Q9X A; 1BQM A; 2E1Z A; 5D3G A; 3NE6 A; 3AVN A; 5EOY A; 3ID6 A; 4HTL A; 2UUB K; 2IVN A; 3CCJ N; 3NGI A; 3G25 A; 1JCE A; 1LAV A; 1Z26 A; 4BQZ A; 1UOC A; 2A1R A; 4GKJ K; 1YTA A; 3WT0 A; 2O8F A; 3AA4 A; 4FJ9 A; 2RE2 A; 5KRT A; 3CI5 A; 2YHW A; 3C94 A; 3ZSV A; 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5M1O A; 4LFB K; 2PY5 A; 3CM5 A; 3Q7B A; 3WUH A; 4ILG B; 3ENO A; 1S1X A; 3I0R A; 3VEN A; 3AVB A; 1EXQ A; 3TAE A; 2O8D A; 4H0O A; 4BRP A; 4G1Q A; 3K5L A; 4HWI A; 5DM6 L; 3DRR A; 3LDN A; 4QS7 A; 3NDK A; 2E6L A; 2RKI A; 4FYD A; 2F96 A; 4IOA L; 1GLA G; 3IKM A; 3L6Q A; 4FO0 A; 3TAB A; 1W7A A; 2ZE2 A; 5LJV A; 5J2P A; 4CEA A; 4CF0 A; 3R1X A; 3S9H A; 5EY4 A; 4IDK A; 1WBB A; 1W2B M; 3P39 A; 3DLH A; 3DXK B; 3AY9 A; 3OS0 A; 4CGD A; 4E3S A; 3N4P A; 1CXU A; 3AVM A; 1WSE A; 2HBK A; 4H0Y B; 4A57 A; 4DTU A; 2YV0 X; 2Z1J A; 1NGI A; 3FZL A; 1OH6 A; 4LF8 K; 4B9S A; 4LF5 K; 4JLH A; 3L4I A; 3O5B A; 3AO4 A; 1XNQ K; 4H5V A; 4JK8 A; 4BDP A; 4FJM A; 4CE9 A; 3ZLJ A; 3HVR A; 3OJS A; 1EX4 A; 3WXL A; 4WFB L; 2O8C B; 2I7P A; 3LWL A; 3RWU A; 4WFA L; 3OYA A; 4AH9 A; 4BWM A; 2G8F A; 2KZZ A; 5BRD A; 1YJW N; 4CZG A; 4CGF A; 2P9I B; 4YOV A; 2Y1I A; 5DK5 A; 1P8Z A; 1XMQ K; 3HST B; 4MFB A; 2ETJ A; 3THW B; 1BI4 B; 3UKR B; 3ASM A; 4FK2 A; 2P1J A; 4ELT A; 5C10 A; 1RDA A; 4FJG A; 1OH8 A; 1KCF A; 4LF4 K; 3ZT4 A; 1K73 O; 4N5S A; 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