The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
24
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KHP K; 4DV0 K; 4JI2 K; 4B3T K; 1N36 K; 4LF7 K; 1HR0 K; 4LF6 K; 4DR5 K; 4AQY K; 4DV3 K; 4X65 K; 2UXC K; 4X64 K; 4DR7 K; 2HHH K; 5IT9 O; 4YHH K; 4DR2 K; 4JI5 K; 3JAM O; 5FLX O; 4JI4 K; 3J80 O; 4DR1 K; 2VQE K; 1IBL K; 2VQF K; 5A2Q O; 2UXB K; 4X62 K; 4LFA K; 2UUA K; 1XMO K; 4DV5 K; 2UXD K; 1N34 K; 5LL6 Z; 2ZM6 K; 4DV6 K; 2UU9 K; 2F4V K; 3T1Y K; 4LFB K; 4GKJ K; 4JI0 K; 4NXM K; 4DUY K; 1HNW K; 3J7A P; 4OX9 K; 4DV1 K; 4JI1 K; 4B3S K; 5BR8 K; 4LF8 K; 4LF9 K; 4LFC K; 4DV7 K; 4JV5 K; 4X66 K; 4V19 S; 4GKK K; 4K0K K; 3J81 O; 1XMQ K; 3OTO K; 4DR4 K; 3T1H K; 4DV2 K; 2UUC K; 4JI8 K; 4LF5 K; 1N32 K; 1IBK K; 4JI3 K; 5AJ3 K; 4DV4 K; 4DUZ K; 1N33 K; 3J7Y P; 2E5L K; 4NXN K; 4CVN E; 4B3M K; 4B3R K; 4YY3 K; 1I94 K; 1HNX K; 4JI7 K; 1HNZ K; 4LF4 K; 5LMU K; 1XNR K; 4JI6 K; 1J5E K; 1FJG K; 4CW7 B; 2UUB K; 4DR3 K; 4JYA K; 1IBM K; 5IWA K; 5LMN K; 4DR6 K; 1XNQ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E8A A; 4FL9 A; 4CJL A; 3OW2 M; 1BIS A; 4ZTJ A; 3VGK A; 1NGH A; 1S22 A; 2Q1N A; 1Z6R A; 3NVK A; 3TAR A; 2D0P A; 4DS4 A; 3O1W A; 4PKG A; 3ZLJ A; 3AGK A; 2QM1 A; 4C23 A; 3SUP A; 1T05 A; 1T03 A; 3OHR A; 3QER A; 4BC4 A; 1L3U A; 2D4W A; 1SS6 A; 4FZZ A; 4N41 A; 2NLX A; 4F4K A; 3E9L A; 3L4Q A; 1RIL A; 1WOQ A; 3DM2 A; 1QQN A; 4KTZ A; 2VG5 A; 2HHQ A; 3OYC A; 3BEX A; 2VG6 A; 1VSH A; 2VQE K; 1YUW A; 3F2K A; 2GUP A; 3WXI A; 1NGD A; 1MA9 B; 2A1S A; 1XC9 A; 4KTW A; 3DLL L; 1QE1 A; 5AZJ B; 3DJC A; 1VQ9 N; 4B08 A; 2ZWH A; 2UXD K; 5MLC Q; 5C0Y A; 2HBJ A; 2BAN A; 2HF3 A; 1DGK N; 1KAY A; 2P9U A; 3LWM A; 3MN9 A; 3VGL A; 3O80 A; 4H0O A; 3TAF A; 3A5N C; 3WQT A; 2P9P A; 3MN7 A; 2RPI A; 4OPH A; 3BZC A; 3H1Q A; 4J2D A; 4YOX A; 4M3Y A; 3ENB A; 3ISN C; 3K9J A; 3RSE A; 4BG8 A; 1IKY A; 4DQ8 A; 2CGL A; 5AZI B; 4BRL A; 4U67 L; 1SL0 A; 2QW9 A; 4F2S A; 3T3F A; 4IKF A; 3TSP A; 4CHZ A; 3EN9 A; 3AVC A; 4I2P A; 4NXN K; 4ELV A; 5ADX H; 2BGG A; 3WQU A; 3ZSY A; 4C1N I; 3FE1 A; 3AAR A; 4JAX A; 4CGF A; 4MQ3 A; 1U2V A; 3KKR A; 3DLR A; 2EHG A; 4DFM A; 4GNI A; 2IS3 A; 3GOI A; 4FJL A; 5BRD A; 4A57 A; 1A5X A; 2WFB A; 4FWL A; 4H0P A; 3KD1 E; 5J2P A; 3GBT A; 3H46 O; 1J5O A; 4GV9 A; 4I7F A; 2W42 A; 4B1X B; 3CPW M; 1RGI A; 3FFI A; 4AHC A; 1FXX A; 2VGM A; 1E4G T; 1OH7 A; 2VWJ A; 2NUB A; 2YNH A; 4ID5 A; 4AQY K; 1KD1 O; 2A6A A; 4ISE A; 1RDD A; 4FPA A; 3TPQ A; 2GX9 A; 3QEX A; 3J80 O; 1S1U A; 4DTX A; 2JGU A; 1TV6 A; 4K42 A; 3VEW A; 3DWL A; 3VEV A; 4CZG A; 4CHN A; 4JRQ A; 1XMO K; 1IG8 A; 1JCG A; 1LAV A; 4CFD A; 4CJK A; 5HRN A; 5FPE A; 3F5T A; 2G8K A; 4DV6 K; 2XY6 A; 4WFB L; 4I9Q A; 4A5A A; 1K8K A; 2DY4 A; 2I7P A; 3U4L A; 4JI1 K; 1XC3 A; 3DLE A; 3F9M A; 3S41 A; 3ZSV A; 3HOS A; 1QTM A; 2YNF A; 3D0P A; 4M63 C; 4K0K K; 3VF6 A; 4M3Z A; 3KLI A; 4WQ5 A; 3ZEU A; 4CIE A; 3NGZ A; 1ASV A; 1NGJ A; 5CYM A; 4B1W B; 3MEE A; 1B9F A; 2YX6 A; 4DLE A; 4B8C A; 3V1Q A; 2NNW A; 2VWK A; 3OYI A; 3EKU A; 1ASW A; 4OJR A; 4BQL A; 1EET A; 1RBR A; 3EY1 A; 4BRO A; 2OZM A; 3LZI A; 3IRX A; 1Z25 A; 4LF4 K; 4ISG A; 4O4G A; 1ZYQ A; 2P9I B; 2XY5 A; 4KV8 A; 2QWQ A; 2P9L A; 2HST A; 3AVG A; 2GV9 A; 3VTH A; 3C94 A; 4EP5 A; 2RN2 A; 3KLH A; 4H0T B; 1SKS A; 4Z4E A; 3HM8 A; 4M3U A; 4EZ6 A; 5F0X A; 3H6E A; 4W5O A; 3UIQ A; 3CER A; 3SUN A; 3C6A A; 4AHT A; 1TVR A; 4FLZ A; 3WNE A; 1Q7Y O; 4BRA A; 3S3M A; 3VEZ A; 4Y1D A; 5GAH P; 2BH1 A; 4CFC A; 1DT9 A; 1S6Q A; 2OPQ A; 4FOE A; 4DV3 K; 4DTR A; 3ZSW A; 4XIU A; 1QS4 A; 2HBK A; 2EX3 A; 3N4Q A; 1S9E A; 4DSI A; 4HTL A; 4FPB A; 1WB9 A; 1UOC A; 1B92 A; 4JRP A; 5TKY A; 4AHV A; 3DXM B; 3V4I A; 4BR7 A; 4IFE A; 4BR0 A; 4DG1 A; 4JN4 A; 1KFS A; 1WLJ A; 1U47 A; 5KRT A; 3A5L C; 3PSF A; 4WQ4 C; 4E7H A; 3JXU A; 3H3O B; 1TUY A; 3ZX3 A; 2QWO A; 2ZF5 O; 1JKH A; 1X9W A; 1N34 K; 3CD6 N; 2IIR A; 3AV9 A; 2QA4 N; 4CGD A; 1GOC A; 3WXL A; 3H3N O; 2CGK A; 3LM2 A; 4FJJ A; 4B3S K; 1HX1 A; 3PLA A; 3CQX A; 5ADX A; 4CFA A; 3MMV A; 4H5W A; 3SK3 A; 3AO4 A; 3T19 A; 4BE1 A; 2ETJ A; 5H1S Q; 4DTM A; 2KFN A; 5AQF A; 2NRR A; 3NMU A; 3HST B; 3HP9 A; 1LV5 A; 1YAG A; 3DMJ A; 3BDP A; 3T1H K; 4QS8 A; 3HM9 A; 3ZCM A; 4KHN A; 4FLY A; 2ATQ A; 4YOU A; 1RBV A; 1VRT A; 3WNG A; 5BRF A; 4DV4 K; 2CH5 A; 4CF8 A; 2HHW A; 3ATU A; 5EU7 A; 5BN9 A; 3QES A; 3AVF A; 2ZE2 A; 3P4I A; 3UKR B; 3K5N A; 4B3M K; 4FK4 A; 5GAE P; 5M1P A; 4YOW A; 4M3T A; 4O8U A; 2YCH A; 4CZH A; 1HQU A; 4Y1C A; 3K59 A; 5C10 A; 4Q0B A; 3TTD A; 1W0H A; 2RF2 A; 1TK8 A; 2E6M A; 4FJI A; 4M3R A; 2QXL A; 4BVO A; 1RTJ A; 1SUQ A; 5FRN A; 4CJS A; 2O8C A; 1GLC G; 1VHX A; 1J9A A; 1ESV A; 4FWP A; 3VA3 A; 4C8K A; 3QFU A; 3LAN A; 4DHY A; 2P9K B; 4LD0 A; 3M8Q A; 2NRX A; 3WEE A; 2KFZ A; 5AQW A; 4O5F A; 3LP0 A; 3HL8 A; 3HK2 A; 3KHY A; 3AA4 A; 4X64 K; 5GAD P; 2HOE A; 3O08 A; 4FYD A; 4IOA L; 2GUI A; 4BRH A; 3CFO A; 4JHD B; 1NGG A; 3ZSX A; 3HJF A; 1WBB A; 2HHX A; 3CJ9 A; 1GLF O; 3I8B A; 3OVN A; 4IDK A; 4OKE A; 3M8P A; 4C1N K; 4FJG A; 3P31 A; 1J6Z A; 2Q0U A; 3SAH A; 2O8E A; 3CCU N; 4BRQ A; 5BRE A; 4FZY A; 3G0Z A; 3UKU A; 2KZM A; 4NXM K; 1U04 A; 1D4X A; 1JLQ A; 2P9S A; 1HNW K; 4FVU A; 4BG9 A; 1F21 A; 5J2N A; 3OYJ A; 3LM9 A; 4CEC A; 2Y1I A; 1RT6 A; 3AAQ A; 3NF8 A; 4JV5 K; 1SKR A; 1RT3 A; 3QEW A; 4V19 S; 2D0C A; 2FC0 A; 1C1A A; 3NH1 A; 3VEO A; 1MWK A; 1EWQ A; 3OYB A; 4CCH A; 4FWR A; 5FPD A; 3VPZ A; 2CGJ A; 3VEY A; 4YDU A; 3CQY A; 2HNY A; 4BR4 A; 4JS4 A; 3AO3 A; 3SQ0 A; 5J2Q A; 1NWK A; 1KLM A; 1HKB A; 1NK8 A; 4KHS A; 1ZXO A; 4RW7 A; 1X9J A; 3M5R A; 4DSL A; 4F3T A; 3M8S A; 4JEP A; 3DLB A; 2BDP A; 3A2F A; 3ZT0 A; 1IO2 A; 3O4W A; 3SBG A; 4ID1 A; 2O8D A; 1ATR A; 1BHL A; 2QWN A; 4H5R A; 4WQ4 A; 5AQU A; 1ILY A; 3R6M A; 2Q0R A; 3G71 N; 1XNQ K; 1D8Y A; 3NGI A; 2BE2 A; 3K58 A; 5BPL A; 3VQP A; 3QIN A; 4FLU A; 2P9U B; 3DOL A; 1NLV A; 1X1P A; 3QIO A; 3TSQ A; 5C12 A; 1N36 K; 4DR5 K; 5EOY A; 3CI5 A; 3OYG A; 1CLQ A; 3LL3 A; 2FBT A; 3LDS A; 2P9P B; 2UXC K; 3IKM A; 4B8A B; 4BDY A; 3DRR A; 3U3G A; 2X74 A; 5DK5 A; 2V7Y A; 3RSE B; 4DR2 K; 4M3W A; 1VQ5 N; 4JI4 K; 4CZI A; 3O9U A; 4FLT A; 4ICL A; 4K43 A; 1WSJ A; 3M8R A; 5CHI A; 1Q18 A; 4PY5 A; 3O3H A; 4MDB A; 2BTF A; 3EL2 A; 4PHT X; 3WNH A; 1T44 A; 4NLB A; 2F7T A; 3E1Y A; 2G8U A; 3DLG A; 4FJ8 A; 1RBU A; 3E01 A; 3QLH A; 5LL6 Z; 2HF4 A; 4B1V A; 4GV3 A; 4BRM A; 1YJN N; 4GKJ K; 4FXD A; 3DLK A; 1C1B A; 1U2V B; 1K8A O; 4BGB A; 1GLB G; 4EAH D; 1BI4 A; 4DFK A; 5F2R A; 1X9S A; 4IBN A; 3EYZ A; 3TTC A; 3HXM A; 5E84 A; 1NG9 A; 2ASP A; 1YF5 L; 1U49 A; 3MXM A; 2IDO A; 3OYN A; 3HVR A; 1T8E A; 3QO9 A; 3CCM N; 2HMI A; 4KPY A; 2Z1H A; 3F73 A; 1MWM A; 4CEZ A; 3HPO A; 1KC8 O; 2RHK A; 4KFB A; 2O4G A; 1JLA A; 2KLA A; 3OJS A; 4DLG A; 3AO5 A; 4K8Z A; 3NHG A; 3ITH A; 4WF9 L; 4M41 A; 4QS7 A; 5LMU K; 3LPT A; 1QZ6 A; 4C8M A; 2E4L A; 4CW7 B; 3EO3 A; 4FW1 A; 2UUB K; 4DR3 K; 3I0R A; 4M42 A; 4HUG A; 2E2P A; 2B5J A; 1N6Q A; 3MEG A; 1LW0 A; 4BE2 A; 5ELZ A; 4A61 A; 5DMR A; 3JYT A; 2AA4 A; 4CED A; 3LDO A; 4KB1 A; 4H5V A; 5HL7 L; 2OYQ A; 1RT4 A; 1K8K B; 1ZBU A; 3V9U A; 3VQ5 A; 4O55 A; 5EXW A; 4CJR A; 4CHO A; 1VQ6 N; 3D45 A; 3HYF A; 1BIZ A; 3JS6 A; 1NJZ A; 3E9O A; 3MXI A; 5I3U A; 2IOC A; 2WTU A; 4DU4 A; 1S5J A; 3ZEU B; 1WSF A; 5C15 A; 1DKG D; 3MXJ A; 1NKC A; 4ILJ A; 2FF6 A; 1HYS A; 4GY2 B; 4TSX A; 2HMP A; 1W97 L; 3VQE A; 4H0Y B; 4DFP A; 4DFJ A; 2HHV A; 3SPZ A; 4J2B A; 1BDG A; 4DV5 K; 1RTH A; 3G6E N; 1OVQ A; 1HKC A; 5AQI A; 3NE6 A; 1VSM A; 2IAJ A; 3H08 A; 2F9T A; 4EFH A; 4A5B A; 4DV1 K; 1JL2 A; 2Y1J A; 3SYZ A; 3V6D A; 2IGI A; 2P9L B; 4B9S A; 4IWV A; 3KK1 A; 1ATN A; 1NKB A; 4CIF A; 4C8O A; 1JXE A; 2YHY A; 3ZT1 A; 4LH4 A; 5AQS A; 1TL3 A; 1W9H A; 2KHO A; 3I8D A; 2F9W A; 3VQ7 A; 4IOC L; 3OYK A; 4EHU A; 4CVN E; 4H4O A; 2X6N A; 1GLL O; 1NU0 A; 5AQP A; 3PIP L; 1TK5 A; 1HNZ K; 3HI0 A; 1BWF O; 3THW A; 1A5W A; 4WFN L; 4DSJ A; 2GWJ A; 1TYQ A; 4DQR A; 1HLU A; 2E88 A; 1GLA G; 3AAP A; 1FJG K; 1VSL A; 2OPR A; 4DF8 A; 3MN6 A; 3D6R A; 3TAB A; 2Q36 A; 4W5T A; 4Z4F A; 1LCU A; 4CJE A; 4FM0 A; 1SL2 A; 4OO1 J; 1BCM A; 4OKJ A; 3SAG A; 1X3N A; 5CR4 A; 1RNH A; 2Q31 A; 1NK6 A; 3FZH A; 4LSL A; 4JS5 A; 3PO4 A; 1KSP A; 4FZX C; 1KRP A; 5SZT A; 3O9R A; 1ITG A; 3VMF B; 3J7Z O; 2KZZ A; 1Q9X A; 3TAP A; 1HYZ A; 4IXC A; 4DR7 K; 3ZYY X; 3CCE N; 2W41 A; 1XHX A; 2HHH K; 4XEI A; 4NCA A; 3CJA A; 4YHH K; 2XY8 A; 3VEX A; 2JLE A; 5FPN A; 4YOR A; 2UYT A; 5CE3 A; 3CF5 L; 2HHU A; 3LAM A; 2G8I A; 4FJX A; 1IJJ A; 3QBW A; 1IBL K; 4IDH A; 2KQ2 A; 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3AVH A; 3GDQ A; 4OKK A; 4B9V A; 3VQC A; 5AQR A; 5HRR A; 3CPE A; 1HMV A; 4MO5 A; 3VN5 A; 3ZET A; 4DWI A; 4A2A A; 1FKO A; 5FLX O; 3T1A A; 1JLC A; 4DR1 K; 4CBW A; 2ZGZ A; 4YDU C; 1NMD A; 4RCH A; 2ZJQ L; 3RTV A; 3HRG A; 4GVM A; 5A2Q O; 3SJH A; 3AA2 A; 1W2B M; 2QTD A; 4FSV A; 1C0M A; 2RKI A; 3OYL A; 4DU1 A; 3MED A; 3PSI A; 5C2D A; 2XRI A; 1VQK N; 3K5M A; 3TR8 A; 1SKW A; 2OPS A; 3O3G A; 1YT3 A; 2D0O A; 3EZW A; 2E20 A; 1LAW A; 4LF8 K; 5M1O A; 3K57 A; 3EKS A; 4IFV A; 4BR9 A; 4RTF D; 3TSU A; 2O8D B; 1XMQ K; 1KAZ A; 4MDA A; 3KLE A; 1RT5 A; 5AQO A; 1LWE A; 3SV3 A; 3LAK A; 3MAQ A; 2V7Z A; 2YJE A; 5AFU H; 2P9N A; 2NRH A; 3VOV A; 2D5R A; 2DTU A; 3AVI A; 4Z94 A; 4E89 A; 4KB0 A; 5M1N A; 3B6P A; 1TAQ A; 1EKE A; 1JLB A; 4CJV A; 3LDN A; 1WAF A; 4J8F A; 4BGA A; 3OA9 A; 4H8K A; 4EHT A; 4BR5 A; 4DS5 A; 5AQG A; 3PO5 A; 5AQL A; 4OPJ A; 4QOZ B; 2HVI A; 4RG8 A; 1K73 O; 1KXP A; 3A8Y A; 1BCO A; 3WXK A; 3KJV A; 3CMA N; 4E3S A; 3LWL A; 1WNS A; 4I9L A; 1Z05 A; 1B9D A; 1L3V A; 2GTD A; 1XUP O; 2NRV A; 5AQQ A; 3OS1 A; 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