The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
24
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUC K; 4YY3 K; 4DV7 K; 5LL6 Z; 4JI4 K; 5LMU K; 2UXD K; 4LF7 K; 3J81 O; 1IBM K; 5IWA K; 4B3M K; 5LMN K; 1HNZ K; 4DR1 K; 3T1H K; 4X66 K; 2E5L K; 4DV1 K; 4LF6 K; 4LF4 K; 3J80 O; 4X65 K; 4CVN E; 5AJ3 K; 1FJG K; 4DR7 K; 4AQY K; 4JYA K; 3OTO K; 4CW7 B; 4JI3 K; 4DUY K; 1XMO K; 4JI1 K; 4JI8 K; 1HNX K; 4DR4 K; 1N34 K; 5FLX O; 4NXM K; 4JI5 K; 4NXN K; 4DV3 K; 3JAM O; 3J7Y P; 2UU9 K; 4DV5 K; 4LFB K; 4JI2 K; 4JI0 K; 4DR5 K; 3J7A P; 4DV4 K; 5IT9 O; 1I94 K; 4B3R K; 4DV6 K; 4GKK K; 1HR0 K; 1XMQ K; 4YHH K; 3T1Y K; 2UXB K; 4DUZ K; 4B3S K; 2ZM6 K; 1XNQ K; 2VQF K; 4V19 S; 1N33 K; 2UXC K; 1J5E K; 2HHH K; 4GKJ K; 4DV0 K; 4KHP K; 5BR8 K; 4LF8 K; 4JI6 K; 4OX9 K; 1XNR K; 4X62 K; 1HNW K; 4DV2 K; 4X64 K; 1N32 K; 4DR2 K; 1IBK K; 2UUB K; 1N36 K; 4LF5 K; 4LF9 K; 1IBL K; 4DR6 K; 4B3T K; 4LFA K; 5A2Q O; 4K0K K; 4DR3 K; 4JV5 K; 4LFC K; 2UUA K; 2VQE K; 4JI7 K; 2F4V K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CYM A; 3I0S A; 5M1Q A; 4FJM A; 3E01 A; 3LDQ A; 3O80 A; 4FLZ A; 3CFR A; 3V9W A; 1C6V A; 5LL6 Z; 3NCI A; 3AA5 X; 5C2F A; 1D9D A; 1O13 A; 2Z1G A; 3A5L C; 3U3G A; 4MDB A; 4ISE A; 3CQ8 A; 4O0I A; 3S41 A; 4DQS A; 3AO3 A; 3CM5 A; 4DR1 K; 3L3V A; 2E5L K; 4CZH A; 2ZJQ L; 1HUX A; 1BU6 O; 4U7B A; 1BGX T; 2CH5 A; 4FYD A; 2CH6 A; 4KTZ A; 4FJI A; 4DTR A; 4B9Q A; 2E6L A; 3IRX A; 3DXK B; 2O4G A; 4CJE A; 3M1F A; 3OTO K; 3UKU A; 1LWC A; 3TTD A; 3A8Y A; 4NXM K; 3AO5 A; 4ISF A; 3DXM B; 3VF4 A; 5KPT A; 2ATQ A; 3K5M A; 3OBW A; 5T7B A; 4B08 A; 2W40 A; 3DAW A; 1I3A A; 2ASO A; 3C7N B; 1TKZ A; 3LM2 A; 3CCR N; 4BQL A; 3DYA A; 1Q82 O; 1WSI A; 4JKE A; 4RW7 A; 5BR9 A; 3G10 A; 1U48 A; 1TL3 A; 2E1Z A; 1NJW A; 4CZG A; 4A2A A; 3WT0 A; 5DM7 L; 4IZ9 A; 4WQ5 C; 3U4L A; 3VGK A; 1D4X A; 4CK2 A; 3PSI A; 3NGY A; 1E3M A; 1XC3 A; 3SYZ A; 1IG8 A; 1V4S A; 3EEQ A; 1IKW A; 4IDH A; 3SJH A; 3HPO A; 3ZEU A; 4X64 K; 3ATV A; 4BE2 A; 4Z4I A; 2YJE A; 1WNS A; 1ZXO A; 1MDU B; 3MX5 A; 4DSE A; 5BRH A; 2ZQB A; 4CEB A; 4BRI A; 4F4K A; 1HPM A; 3L2V A; 3EO3 A; 1KVA A; 2BAN A; 4FJN A; 4IJA A; 3OYF A; 1SV5 A; 3L2W A; 3JSM A; 2O8D A; 4CHZ A; 4WE1 A; 4CEC A; 4J2D A; 1VSD A; 1GOC A; 3QIO A; 2UUA K; 3KLH A; 2J4R A; 3NGZ A; 4ISG A; 4I9Q A; 4FJH A; 4BDZ A; 1SL0 A; 2QKB A; 4G9Z A; 2GUP A; 1MA9 B; 1S1T A; 3R3L A; 3HRG A; 2O8C A; 2YHX A; 5BPM A; 1ASU A; 3TAP A; 4B1Z A; 2WOM A; 5BRE A; 5LMN K; 1Q8I A; 1RT7 A; 4YOY A; 4LF6 K; 1FK9 A; 3R1X A; 1HYV A; 2Q2R A; 4CJL A; 1GLD G; 2HBL A; 3LDO A; 3OYG A; 4JS5 A; 4FXD A; 3HPG A; 4RG8 A; 3CJ1 A; 4IKF A; 4CJ5 A; 3VGL A; 1VQ7 N; 3HM9 A; 3CCJ N; 1IKY A; 3KK3 A; 4H5V A; 3V1R A; 4DR4 K; 3OS1 A; 3F5T A; 1N6Q A; 4KRE A; 4L3Q A; 4QS7 A; 3JYT A; 4BRH A; 1KC8 O; 4LFB K; 4CIG A; 1K9M O; 4FK4 A; 1QVF M; 1RBS A; 1YTA A; 3LDS A; 3ALY A; 5I9E B; 3MCA B; 4B1V A; 2PYL A; 4Z4G A; 4FLW A; 4KHU A; 1HJR A; 5AQF A; 3MN9 A; 1FKO A; 3VER A; 1Z25 A; 1S6P A; 4WFN L; 4QOZ B; 2X74 A; 2B6A A; 4GMJ B; 4F3T A; 3TSQ A; 3BDP A; 3MDQ A; 4Y1D A; 3H46 O; 3TSU A; 4OX9 K; 1S1U A; 2YNI A; 3ZSV A; 4BRK A; 4FLV A; 3BZC A; 3A5N C; 1GLJ O; 1NK0 A; 3TPQ A; 1KQS M; 1LW0 A; 1RIL A; 2A5X A; 4DSF A; 4DTU A; 3P31 A; 4FSV A; 4YOW A; 5SWM A; 4H8K A; 4CK3 A; 1LOT B; 4Y1C A; 3WEE A; 3VA0 A; 4CCH A; 3RRG A; 4E0D A; 3OYH A; 3VEN A; 3KWG A; 4C8K A; 4KTQ A; 3TR8 A; 1EP4 A; 2BDP A; 3CFP A; 4C8L A; 1RTI A; 3R8E A; 3MWT A; 4M7X A; 1MU2 A; 3QEX A; 1K8A O; 1W9H A; 2UUC K; 2PZS A; 3TI0 A; 5HRS A; 4JI4 K; 1EWQ A; 1QHA A; 4M3R A; 5LMU K; 3WQT A; 2AA4 A; 3CCM N; 4F2R A; 3ZSX A; 3OYD A; 4J2E A; 3ENH A; 2X6S A; 3FR0 A; 3MX2 A; 4GV6 A; 3TAE A; 1JJ2 M; 3G6E N; 4FWQ A; 5DK5 A; 1YTU A; 3VTI A; 3TAF A; 1FJG K; 4W5N A; 4TSX A; 1RT5 A; 3L3U A; 1VQN N; 4AF1 A; 3BY5 A; 2D1K A; 4IO9 L; 3ZSW A; 1SKS A; 2HF4 A; 3VES A; 3NH1 A; 3O4N A; 2KZM A; 3GBT A; 5CY4 A; 4RTF D; 4FWR A; 4OLA A; 1TKX A; 1NGE A; 3GL1 A; 4DQR A; 2KKZ A; 4KHN A; 4JI0 K; 5AQK A; 1VQ4 N; 3O1B A; 1NGD A; 5BN8 A; 4CHN A; 1TUY A; 2BUP A; 5EU7 A; 1BQN A; 1R0A A; 5GAG P; 4DS5 A; 5DMR A; 3AVG A; 1BDG A; 4OPH A; 4M3T A; 2IAJ A; 4B3S K; 3CQX A; 3F2K A; 4CES A; 4HUG A; 1RDB A; 3NVM A; 4FVM A; 1HQU A; 4AHU A; 1CLQ A; 3VGM A; 3VQ4 A; 3OYB A; 5E84 A; 3VQP A; 4E19 A; 2NRR A; 3AVL A; 4F2S A; 4DFK A; 3CJB A; 1C1C A; 1XHX A; 3MAQ A; 2UXC K; 4CGG A; 1NGH A; 1XUP O; 4H4O A; 2IS3 A; 4C8O A; 3IMX A; 3O6W A; 4DF4 A; 4JKH A; 3HZ6 A; 1U47 A; 4W5O A; 1WSJ A; 4DV2 K; 2O8E B; 1NK5 A; 3QBX A; 4QAG A; 2F8S A; 2GEM A; 1NOZ A; 3ID6 A; 4B1Y B; 1IBL K; 4FW1 A; 4FZY A; 4M3Y A; 3EKU A; 4BR0 A; 3AVA A; 4GVE A; 3G25 A; 5CYM A; 2P9I A; 4E7J A; 4H0T B; 3TAQ A; 4CJU A; 3FGU A; 3QES A; 4CJF A; 4NB4 A; 4FJX A; 1NU0 A; 3SBT A; 3BZK A; 3SK3 A; 4B9U A; 3P83 D; 4C1N I; 1TKD A; 4BRD A; 5KPR A; 1VQK N; 4FWO A; 4E7H A; 1CZB A; 3HYF A; 2KZZ A; 3BEX A; 3P39 A; 3DLH A; 4PY5 A; 2VGN A; 1C0U A; 3QNO A; 4RCH A; 2EX3 A; 2OPQ A; 4CZL A; 1WSF A; 4BWJ A; 3H6E A; 1HPZ A; 4H0V B; 4DU1 A; 4IJN A; 3ZT1 A; 4IFV A; 3DLL L; 4CBX A; 2OCE A; 4BRM A; 3AAP A; 3KD5 E; 4GV9 A; 3OYK A; 3ITH A; 4B1X B; 1TL1 A; 4BRG A; 1K8K B; 2JGU A; 1QQN A; 3ENO A; 4CJ7 A; 4FVU A; 3JXU A; 4DV3 K; 1IKX A; 2RE2 A; 1HNI A; 2P51 A; 1A5V A; 3J7A P; 4BRQ A; 3TAG A; 3A2F A; 4R5P A; 1LWE A; 3OJU A; 4GKK K; 1L3U A; 4H5R A; 1S1V A; 2D0A A; 4CBW A; 1Q7Y O; 1OH7 A; 3Q7B A; 2NRT A; 4DWI A; 2QTD A; 1VQ6 N; 1XWL A; 4BAC A; 1X9W A; 4JKG A; 3KWI A; 3PIP L; 4E7K A; 1S3X A; 4JN4 A; 4KTW A; 1CXU A; 4JI6 K; 1OH5 A; 3RMC A; 1N32 K; 3K5N A; 2P1J A; 2FXU A; 3KKS A; 2HVH A; 3S3O A; 4BE0 A; 4AH9 A; 3LP0 A; 1OKJ A; 2UUB K; 4CF0 A; 3VQE A; 4CJ4 A; 2FBV A; 1F21 A; 3DOK A; 3U8X A; 1I39 A; 4CIF A; 3W0L A; 1NG9 A; 4BVO A; 4FJ9 A; 1HKC A; 1A5X A; 2JLE A; 4I2Q A; 4LFA K; 2KW4 A; 1RCH A; 4M3W A; 4K0K K; 5KGX A; 1NWK A; 3HL8 A; 1BO5 O; 3KTQ A; 4CJT A; 3M6G A; 1P8Z A; 5FPM A; 4DQI A; 4NLB A; 1VSJ A; 4KHS A; 2A42 A; 1YVN A; 5SZT A; 3OYI A; 3B8A X; 3QEI A; 4EHU A; 2D4W A; 3HM8 A; 4WF9 L; 3R6M A; 1RT3 A; 2UXD K; 4IOA L; 1RBR A; 1VK0 A; 4LF7 K; 4EZ6 A; 3NMU A; 3J81 O; 5TKY A; 2VG7 A; 5GIN A; 1GLA G; 3HOT A; 2G8U A; 1VSF A; 3T1H K; 2IOC A; 1T3V A; 2YHB A; 1RTD A; 1Z05 A; 5AQU A; 4O5B A; 3THX B; 3PX4 A; 4KRF A; 4CGH A; 3CCQ N; 4DTS A; 3LZJ A; 4CJQ A; 4JNE A; 4U67 L; 4F3O A; 4EZ9 A; 1HNX K; 2QKK A; 4YOV A; 4FO0 A; 3I56 N; 4A5B A; 3CJ9 A; 4RW6 A; 4HTL A; 3OYL A; 4AIL C; 2WUS A; 1B92 A; 4GW6 A; 4DV5 K; 3CQY A; 3QML A; 3O3F A; 4I7F A; 1BCO A; 5M1P A; 3I0R A; 2IGI A; 4BQZ A; 3FZK A; 3MN7 A; 3O5B A; 4M45 A; 2GWJ A; 3AVN A; 3ZET A; 1HR0 K; 2YI1 A; 3U3Y A; 2UYT A; 2KLA A; 1BUP A; 3PO5 A; 1YJW N; 3HXM A; 3SAF A; 3VQC A; 3KK1 A; 3BUZ B; 3LDN A; 5AQM A; 4FWK A; 1TGO A; 4CGF A; 3J8A A; 3W3D A; 3IS9 A; 3VMF B; 4KAZ A; 4YOX A; 4FJG A; 1TYQ A; 2F9T A; 3NGI A; 1VQP N; 4CHP A; 4A61 A; 3DJC A; 3K0S A; 4ILH A; 4C23 A; 1KCF A; 1KAZ A; 4YDU A; 1U04 A; 5BPN A; 1JLF A; 3PX0 A; 1MWM A; 3P4I A; 1JLQ A; 4CFC A; 3THX A; 4JLH A; 4CER A; 4E7L A; 4KB0 A; 1J9A A; 2QM1 A; 1QQM A; 2Y1J A; 5HLF A; 1VSM A; 3U6F A; 4LFC K; 5KI6 A; 1BI4 B; 3KZB A; 2QWP A; 1NKC A; 3NAE A; 1BIS A; 2ASM A; 2HMP A; 4IEE A; 4DV7 K; 3UE5 A; 2D0B A; 1TAQ A; 1GLC G; 4A57 A; 3NE6 A; 1D9F A; 4B9T A; 2O8F A; 5AQX A; 3LL3 A; 2ETJ A; 1TK5 A; 1W2B M; 2O8B B; 1JCE A; 4X66 K; 1VSL A; 5BN9 A; 4JD2 A; 4CVN E; 2P9K A; 5CZ1 A; 3PV8 A; 4PA1 A; 1NKE A; 4LH5 A; 2ZF5 O; 2P5G A; 1BQM A; 5GIP A; 4Y0W A; 4JI1 K; 4IOX A; 4FWL A; 2WON A; 4K25 A; 1NGB A; 3CI5 A; 1CZ9 A; 4GNI A; 2ZGY A; 3LP3 A; 1EO1 A; 3D6R A; 4FWN A; 2A1R A; 4JEP A; 2GWK A; 2CGL A; 2F8T A; 1LAW A; 5C12 A; 1ASV A; 4DSI A; 3ZCM A; 2XY5 A; 2P9S A; 4K42 A; 1SAZ A; 1M90 O; 4KO0 A; 2WTU A; 3C6T A; 5F2R A; 3VQD A; 5M1O A; 2FSJ A; 3JS6 A; 1N33 K; 3HI0 A; 3H3N O; 2HHH K; 4DSJ A; 4NCA A; 4M42 A; 4DV0 K; 2YKN A; 2Z1J A; 3KLI A; 3B6O A; 1BIZ A; 2IVP A; 5AZI B; 2Z1H A; 1S72 N; 2KHO A; 3CPW M; 3BF3 A; 1HNW K; 3C6U A; 2A41 A; 4YOT A; 4E3S A; 3AA4 A; 2YV0 X; 1BA0 A; 3GDQ A; 3OJS A; 3G71 N; 2HHW A; 5E41 A; 4H0Y B; 3CCL N; 3CCU N; 3MWP A; 3ZT3 A; 3HK2 A; 1QQO A; 4CI6 A; 4KI6 A; 3HTV A; 2HMI A; 4HWI A; 4IWV A; 2A6A A; 3RVC A; 1NJY A; 4EIA A; 3PUF A; 1GOA A; 1ZC6 A; 2OPS A; 5HRO A; 1Q9X A; 4KFB A; 3OYM A; 4N56 A; 1OH8 A; 4FM0 A; 2HHQ A; 3NF8 A; 3HSC A; 1NK9 A; 2JWL A; 4E1J A; 1X1P A; 3H1Q A; 2H3G X; 3ZSR A; 1NGJ A; 2NRZ A; 3DXK A; 4DLG A; 1VQ8 N; 3LM9 A; 3SJJ A; 4DV1 K; 4CFA A; 4MO5 A; 4DF8 A; 3AVF A; 3DXM A; 4CFB A; 2G8K A; 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4CJW A; 4CF9 A; 4EFH A; 1HYS A; 3CC2 N; 1Y64 A; 1KSP A; 3CCS N; 3ULE A; 4Z4H A; 4KI4 A; 1QQC A; 3THW A; 3SMP A; 5C15 A; 1WBB A; 1T05 A; 1DEJ A; 1YJ9 N; 4FJ7 A; 3VEY A; 2OTL N; 4O44 A; 3JAM O; 1UA0 A; 2DFE A; 3D2F B; 3QEV A; 3C94 A; 4I9L A; 3ZLJ A; 3KKR A; 4JI2 K; 5LJV A; 1SL2 A; 1HLU A; 1G15 A; 4CEA A; 3GOI A; 1CXQ A; 4B3R K; 1A5W A; 1NKB A; 3EZW A; 3WXM B; 3HJF A; 4CIE A; 2GX9 A; 3AGK A; 4YFU A; 1JCG A; 3T1Y K; 3RMD A; 1NMN A; 4OJR A; 3OW2 M; 4LC9 B; 3K5O A; 3GG4 A; 4ZTF A; 1XNQ K; 4IG0 A; 3G4S N; 4B9S A; 3DM2 A; 3NF6 A; 4ELT A; 1VQL N; 1DLO A; 2G8F A; 2NRV A; 4H4M A; 5AQH A; 4BWM A; 1QHT A; 4K8X A; 5J2M A; 2OYQ A; 3KHY A; 3CG7 A; 4H5T A; 1WLJ A; 3IUC A; 1Q18 A; 3VQA A; 1SL1 A; 4CGD A; 3PO4 A; 4DTX A; 3QNN A; 2G8H A; 2FBX A; 1Z26 A; 4BR2 A; 1N36 K; 1QSL A; 4IBN A; 2P9P B; 3SQ0 A; 1BCM A; 4OKE A; 3QFP A; 3P1G A; 3EE8 A; 3HBT A; 4LH4 A; 1HYZ A; 4PWD A; 2B5J A; 4YOR A; 4BDY A; 3M3Z A; 3ZSZ A; 2E6M A; 4JV5 K; 1QTM A; 5HRR A; 3NDK A; 3RWU A; 3NFA A; 4FL9 A; 3SPZ A; 1RTJ A; 4OPA A; 2NZT A; 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