The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| total genus |
24
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J7A P; 4AQY K; 4LF7 K; 1I94 K; 4DV3 K; 5BR8 K; 1IBK K; 4JI2 K; 1HNZ K; 1XMQ K; 4B3S K; 4NXM K; 1J5E K; 4DUY K; 2E5L K; 5LMN K; 4JV5 K; 2VQF K; 2UXC K; 5AJ3 K; 4DR2 K; 4DR7 K; 4V19 S; 4X66 K; 4JI5 K; 4JI4 K; 5FLX O; 3OTO K; 2UXD K; 4DR5 K; 3J80 O; 4JI6 K; 4YY3 K; 3J7Y P; 2HHH K; 1HNW K; 5A2Q O; 4JYA K; 2UUA K; 1FJG K; 1XMO K; 4LF4 K; 5IT9 O; 1HR0 K; 4K0K K; 2F4V K; 4LF6 K; 4DR3 K; 1XNQ K; 3JAM O; 1N36 K; 4JI0 K; 1N33 K; 4GKJ K; 4OX9 K; 4DR4 K; 1IBL K; 4CW7 B; 4DV2 K; 5IWA K; 4LFC K; 4KHP K; 4YHH K; 4X64 K; 4X62 K; 4LF8 K; 4B3R K; 4JI8 K; 4DV4 K; 5LMU K; 2UUB K; 4X65 K; 4DV1 K; 4GKK K; 4LFA K; 2VQE K; 4LF9 K; 4LFB K; 2UXB K; 4DUZ K; 4DV7 K; 2UUC K; 2UU9 K; 4JI7 K; 4JI1 K; 4B3M K; 1HNX K; 4DR6 K; 1N34 K; 3T1Y K; 1IBM K; 4CVN E; 4B3T K; 4DV5 K; 4LF5 K; 4JI3 K; 4NXN K; 4DV6 K; 1N32 K; 3J81 O; 5LL6 Z; 4DV0 K; 4DR1 K; 3T1H K; 2ZM6 K; 1XNR K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QVG M; 1Z05 A; 3WNF A; 4Z4E A; 3LAL A; 2DPN A; 3SPZ A; 4DHY A; 1B92 A; 1NBW A; 1NM1 A; 1XMQ K; 4C1N K; 1QSS A; 4IZ9 A; 2WC9 A; 4BRG A; 2E5L K; 4CBX A; 5BRF A; 2OPS A; 3SV4 A; 2E6M A; 1M1K O; 5FLX O; 3KLE A; 4KHU A; 3IDH A; 4K8Z A; 2YJE A; 3OYK A; 4AHT A; 2BE2 A; 4YY3 K; 4B1V A; 3AO2 A; 3E9L A; 5CZ1 A; 5SZT A; 3D0P A; 4M3Z A; 2PZS A; 2Q1N A; 3G0Z A; 5HRO A; 1NK0 A; 1LAW A; 4DR3 K; 3QNN A; 4O55 A; 1XNQ K; 5EU7 A; 5TKW A; 3S41 A; 1LWC A; 4KFB A; 4KTW A; 2RF2 A; 1YJW N; 2G8V A; 2V51 B; 3GDQ A; 4DQR A; 4DR4 K; 3SI6 A; 5EX5 A; 4FJ5 A; 4C8K A; 3KKS A; 3U3G A; 2B5J A; 3SAH A; 1QQN A; 4NLC A; 3DLR A; 4O44 A; 4LSL A; 5J2Q A; 3JYT A; 3ZET A; 1ATN A; 1SQK A; 3OYH A; 3WT0 A; 2A1R A; 3THY B; 3DI6 A; 1JCE A; 3O6W A; 1QE1 A; 5BPL A; 2O8F A; 1VSJ A; 1W9H A; 2UUB K; 3WNE A; 3H1Q A; 1VQN N; 1YVU A; 4DUZ K; 3H08 A; 4ISG A; 2UU9 K; 4B9S A; 1TKD A; 1VQL N; 3ZSQ A; 4DR6 K; 1HPM A; 5KRT A; 3M5R A; 3TAQ A; 1LWE A; 1TUU A; 1CZA N; 4CJR A; 2E4L A; 2WOM A; 3VQ8 A; 3T3F A; 3NFA A; 3SPY A; 3V4I A; 3VQ5 A; 4MDA A; 4E7L A; 3NAE A; 5J2M A; 3IMX A; 4GVM A; 4OPK A; 3PSI A; 3THY A; 3TWH A; 1YAG A; 1QS4 A; 1I39 A; 3VGK A; 1SS6 A; 1ATR A; 2KLA A; 2ZJQ L; 4KRF A; 4IWV A; 3R8E A; 4GY2 B; 3NGZ A; 1TL3 A; 4DUY K; 3EZW A; 4C8L A; 2J4R A; 3A5O C; 3F5T A; 2P9K A; 3BDP A; 3VTI A; 1JLC A; 3KLH A; 4V19 S; 4FJN A; 4X66 K; 3B6O A; 1QVF M; 5AR0 A; 1KCF A; 3C95 A; 3LAM A; 4DR5 K; 1S9E A; 1W7A A; 3NBP A; 3WNG A; 4AHC A; 3KLG A; 1BGX T; 4BGA A; 3VQ4 A; 2HHH K; 4EHT A; 3WXM B; 3JS6 A; 4FSV A; 1TYQ B; 4W5T A; 4BE2 A; 3MEC A; 3QIP A; 1NGC A; 4RWT A; 3O4W A; 1HX1 A; 4FM1 A; 4OKK A; 3QIN A; 1BU6 O; 4KHS A; 1TAU A; 3U9Z A; 5FRO A; 2PYJ A; 1NNE A; 4JRP A; 3ZSY A; 4F3T A; 1V4T A; 1EX4 A; 2DFE A; 3OBW A; 2ASP A; 1SKS A; 2HBK A; 1BO5 O; 4ZHR A; 3Q7C A; 4H5T A; 4LFC K; 1VRT A; 2RHK A; 4J2B A; 1JJ2 M; 5AQR A; 1IKV A; 3LAK A; 3HP9 A; 5BN8 A; 4DF4 A; 3L3U A; 3RMA A; 5KI6 A; 1HKG A; 4BR9 A; 3HPG A; 4FWO A; 3HL8 A; 2VWB A; 3HRG A; 4OJR A; 1S3X A; 3MWP A; 4FLV A; 2O8D B; 1EWR A; 4KHQ A; 3K9J A; 2Q3S A; 4JI3 K; 3CER A; 3VF4 A; 2A6A A; 4O4G A; 2GUI A; 5LL6 Z; 4AM6 A; 3BZC A; 3L2U A; 3SK3 A; 5AQO A; 3H3N O; 3T1H K; 2F96 A; 4CEZ A; 3I56 N; 1RTD A; 1T03 A; 2A40 A; 1C1A A; 3SQ2 A; 1J9A A; 1TV6 A; 1KXP A; 1W0H A; 3HYF A; 3MXI A; 5F0X A; 2I7N A; 1Q82 O; 1YJN N; 2G8W A; 2VG5 A; 4M3Y A; 4CZJ A; 4JS5 A; 2IVP A; 3L2V A; 5HP1 A; 1BUP A; 4CZK A; 4XIU A; 4N47 A; 3LM9 A; 2Y1J A; 3I33 A; 4CK2 A; 5GIN A; 2Z1G A; 4DQQ A; 3SUN A; 1UAX A; 4DQP A; 4E7I A; 4A57 A; 4JYA K; 3UKR B; 1W97 L; 5C2F A; 3I0R A; 3RMC A; 4LF4 K; 3OYM A; 1HPZ A; 4M3U A; 4OO1 J; 1NGE A; 3BZK A; 1NMN A; 4JKD A; 3O9T A; 3HPO A; 1VHX A; 2JGU A; 3SUP A; 3CCV N; 2LSN A; 4BG8 A; 1T3V A; 3C0B A; 4DSI A; 2Z1H A; 1ASU A; 4OLB A; 4MFB A; 3IAY A; 1QZ6 A; 3NF9 A; 4CHN A; 2P5G A; 2BAN A; 1RT6 A; 4DTR A; 4ZTJ A; 4B9N A; 4B9V A; 1LOT B; 3VN5 A; 3QEW A; 2ZF5 O; 5AZJ B; 4DU3 A; 3MCP A; 2JWK A; 5EOY A; 4MLH A; 1KLN A; 3M8P A; 3UKR A; 1GLL O; 3P31 A; 1BHL A; 3CPE A; 3TSP A; 4IOC L; 2QXL A; 1C0G A; 2NRT A; 3R9P A; 2P1J A; 1CLQ A; 3CC2 N; 2NRZ A; 4IBN A; 3LDP A; 1NJW A; 3V1O A; 1Z25 A; 3SUQ A; 4FL9 A; 5KGW A; 1VQM N; 3ZLJ A; 1KRP A; 4Q5V A; 1VQO N; 1N34 K; 2OCE A; 3RMB A; 3ATV A; 3FLC O; 4FO0 A; 4FLY A; 1L3U A; 1GOA A; 4E89 A; 1ZBS A; 1KVA A; 1MDU B; 2P51 A; 1X9S A; 1OH6 A; 2QTD A; 3SV3 A; 3CCU N; 2F9T A; 4DS4 A; 1BA0 A; 3DWL A; 5AQU A; 3OS0 A; 4FM2 A; 3MCA B; 1BL3 A; 4EZ6 A; 1NK7 A; 1R59 O; 3LWL A; 4IO8 A; 3TSQ A; 4AQY K; 3QNO A; 4FJX A; 4FLZ A; 5C0Y A; 4HHT A; 1B9D A; 4JKB A; 4QS7 A; 4DV3 K; 4I6M B; 1OVY A; 4KH6 A; 3CQ8 A; 3LP1 A; 2P9L B; 1LW0 A; 3T7Z A; 4YOV A; 4B3S K; 4DSE A; 1TKZ A; 4RG8 A; 1CXU A; 2FBT A; 4CGF A; 4B9Q A; 1TL1 A; 3LL3 A; 4ICL A; 3AO4 A; 1BQM A; 4JLH A; 4BRN A; 3OTO K; 2WTU A; 4KTZ A; 5HL7 L; 2ASM A; 4NO7 A; 4W5Q A; 3J80 O; 2VG6 A; 3DM2 A; 4JRQ A; 4FK4 A; 1BOT O; 2FBY A; 2KZM A; 2YHY A; 3I55 N; 3MX5 A; 1C0F A; 3U4L A; 1HMV A; 4WYB A; 4B9T A; 5M1O A; 1WUA A; 1SL2 A; 2CGJ A; 1NK5 A; 1NLV A; 1CXQ A; 1MA9 B; 2QWP A; 1KTQ A; 1TUY A; 2OA8 A; 3VET A; 1VSL A; 2YNG A; 2A1S A; 3V9W A; 1SL1 A; 1VQK N; 1C0U A; 4FJ8 A; 3U9D A; 3LDL A; 3D6R A; 2QWL A; 4WE1 A; 3DYA A; 3PO4 A; 1K8K B; 2A5X A; 2EX3 A; 4KPY A; 1VQ4 N; 4QAG A; 3O4Q A; 4PL7 A; 3VEV A; 2XHB A; 4CZH A; 1S6Q A; 2A3Z A; 4UQG A; 5LMU K; 4BR7 A; 1B9F A; 5JMV A; 3F2K A; 2IGI A; 4IJN A; 2OTL N; 4CZF A; 5HRP A; 3KZB A; 3NF6 A; 1Q86 O; 1K9M O; 2W40 A; 3CCJ N; 2OYQ A; 3WQT A; 3B6P A; 4CZG A; 1HKB A; 2CGL A; 1HRH A; 4BG9 A; 2X6N A; 2ZWH A; 3MK6 A; 4DV5 K; 1KAZ A; 1NKE A; 1BI4 B; 4E7H A; 1U45 A; 4JHD B; 1C1C A; 5E26 A; 1JXB A; 2PYL A; 3VF2 A; 3HST B; 5J2P A; 4FOE A; 3QER A; 4H5R A; 4AF1 A; 1XC3 A; 3PX6 A; 1YIT N; 4BRE A; 3RR7 A; 4OGE A; 5AQG A; 5JLH A; 4FW2 A; 3SJJ A; 4JI2 K; 1SKW A; 2HOE A; 3KKR A; 1Q9X A; 5JS2 A; 4FM0 A; 2VQF K; 1WLJ A; 2AJQ A; 1WSJ A; 2O8C B; 1KQS M; 2I7P A; 5AFU A; 3AGR A; 2O8F B; 3MEG A; 1TVR A; 3V6D A; 3ZSX A; 3RSE A; 4DQ8 A; 3HZ6 A; 4BR0 A; 1YHQ N; 2IDO A; 3TAF A; 4CD3 A; 3O4N A; 1RT5 A; 5AQJ A; 4M42 A; 3IUC A; 4BDZ A; 2E2Q A; 3O3F A; 4CED A; 2PBD A; 3FGU A; 1RDU A; 1JLE A; 3CJ1 A; 2OPQ A; 2A41 A; 3VEN A; 4B1X B; 1N36 K; 4RW7 A; 2O8E B; 4CJE A; 4FJG A; 3VQA A; 4KBO A; 3THW A; 2RKI A; 1R0A A; 2HMP A; 4E0D A; 3L6Q A; 5ELZ A; 5HRN A; 2QK9 A; 3E66 A; 5AZI A; 2D0C A; 2KHO A; 3BGR A; 1S22 A; 3O1B A; 4RW9 A; 3EEQ A; 3O9S A; 2ETJ A; 3VTH A; 4OKJ A; 4F8R A; 2BDP A; 2GV9 A; 4JI8 K; 4DTS A; 2D4W A; 3L0Q A; 3P1G A; 2ZGZ A; 1NG9 A; 2FLO A; 4LC9 B; 3N4P A; 3VEO A; 2P9S B; 5AQX A; 1ZBL A; 4CER A; 1YTA A; 4BRP A; 1CZB A; 2NZT A; 4UY8 O; 4E19 A; 1M90 O; 1A5W A; 3D2E B; 4CVN E; 3ZYY X; 1ZBH A; 4CF8 A; 5BRD A; 4HVJ A; 3VGL A; 3VPZ A; 4DV0 K; 2QXF A; 3T69 A; 1RBR A; 4DTX A; 4FWK A; 1IKY A; 3LP3 A; 4M3R A; 4DLG A; 2YJF A; 3L4I A; 3KK3 A; 4B9U A; 4M3T A; 3AY9 A; 4JKG B; 3PIP L; 1SV5 A; 4HWI A; 3M8R A; 3BEX A; 3G10 A; 4JV5 K; 1RT1 A; 5HRR A; 4BVP A; 4KI4 A; 3VA0 A; 4N56 A; 5FPM A; 1VSD A; 2FBX A; 2IS3 A; 2UXD K; 3ENB A; 3ZX0 A; 4XH4 A; 3O5B A; 3K2P A; 3DOL A; 1KAY A; 1IJJ A; 4FXD A; 2KKZ A; 5FPD A; 4MLE A; 3RR8 A; 1X9M A; 1BIS A; 3HOS A; 3W3D A; 1NK6 A; 3KHY A; 4K0K K; 1VQP N; 3V1R A; 2F8S A; 1J54 A; 4JK7 A; 4JD2 B; 1YI2 N; 1RTH A; 4E7K A; 2OPP A; 5EXW A; 4CEF A; 1BQN A; 4WCE L; 4AHV A; 4JEP A; 3V9X A; 1XHZ A; 2YHW A; 1XC9 A; 4FWL A; 4WQ5 C; 2IVN A; 4PA1 A; 4H5W A; 4BWM A; 3OJS A; 2GEM A; 3CFP A; 3V1Q A; 2HND A; 3C6H A; 4LF8 K; 1RGI A; 3MMV A; 1RBT A; 1DEJ A; 4FZZ A; 4BRO A; 1K73 O; 4LF9 K; 4PKG A; 4KKO A; 3OHR A; 2YV0 X; 3MN6 A; 4LD0 A; 3NVM A; 3F9M A; 2E2N A; 3A0I X; 1KC8 O; 2W6L A; 3ID8 A; 3WNH A; 5AQI A; 1UA1 A; 1WOQ A; 3WXI A; 2HHW A; 1JCF A; 4I6M A; 3RVC A; 5AQW A; 1EP4 A; 4ID1 A; 4FWM A; 4JK8 A; 2HMI A; 1X3N A; 2RPI A; 2VCP A; 5C15 A; 1OH8 A; 4EAH D; 2ZM6 K; 3CI5 A; 4DG1 A; 2P9N A; 4FLX A; 2IVO A; 2Y1I A; 3IFR A; 5BPN A; 1BA1 A; 2YX6 A; 2QA4 N; 1KSP A; 3O8M A; 4CEB A; 3TAB A; 3LZI A; 1HNV A; 2AP1 A; 1S1V A; 1S1U A; 3ITH A; 4ELU A; 1GLC G; 4ID5 A; 1J6Z A; 4NCG A; 3AVI A; 3R6M A; 3O9Q A; 3HPH A; 4JI6 K; 1U2V B; 3QB0 A; 2KFZ A; 1VSE A; 4RW6 A; 1C0T A; 5F2R A; 1ILY A; 1NJZ A; 3AA4 A; 3K58 A; 3EY1 A; 3VES A; 2P5O A; 2QM1 A; 3QEP A; 5KRS A; 3WXJ A; 3IRX A; 2UYT A; 1HQU A; 5M1Q A; 3KVG A; 3ZCM A; 4BC3 A; 4E3S A; 4CFD A; 3JAM O; 3V9Z A; 1VSF A; 3I8B A; 1RFQ A; 1QTM A; 4H0P A; 4FJH A; 3CCM N; 4WF9 L; 1BI4 A; 1O13 A; 2EHG A; 3CJC A; 1NGF A; 1TKT A; 3H6E A; 4C8M A; 4YOU A; 3FZK A; 4H0T B; 4PWD A; 2FSK A; 4ILJ A; 5KQD A; 4JS4 A; 2NRV A; 3MN9 A; 1GLJ O; 3OS2 A; 4FK0 A; 3DRP A; 2DFF A; 5M1F A; 4DFM A; 2FF3 B; 3TAN A; 2W41 A; 3KLI A; 4XEI A; 3CJA A; 4IEE A; 3CC4 N; 2YNI A; 1SUQ A; 3IG1 A; 2UUC K; 4B08 A; 5C10 A; 3L4Q A; 1XHX A; 3CJ9 A; 2YI1 A; 3AO3 A; 3ATU A; 1LCU A; 1MWM A; 4DS5 A; 5M1K A; 1UWB A; 5M1P A; 1K8A O; 3CXC M; 4ISF A; 3A5L C; 4IOX A; 1W2B M; 2XRI A; 3GBT A; 3DLE A; 4A62 A; 3AVL A; 4FWN A; 2WFB A; 4CJW A; 3J81 O; 2P9I A; 2X74 A; 4Y1C A; 3SJH A; 1JLB A; 1K8K A; 2YNF A; 4GVE A; 2VGN A; 3DRS A; 3KJV A; 3ID6 A; 4C1N I; 3CCR N; 4NLB A; 2OTJ N; 3ZET B; 1EXQ A; 3VQQ A; 1X3M A; 4K25 A; 3VQD A; 1S1W A; 3T19 A; 3LZJ A; 4NXM K; 4AH9 A; 3NH1 A; 4WQ5 A; 4M45 A; 3SQ1 A; 1VSH A; 1WNS A; 4O8K A; 1ESV A; 4Z94 A; 5KTQ A; 4FVU A; 3LPU A; 3TAP A; 2XO7 A; 1WBB A; 4FJ9 A; 3S3O A; 5D3G A; 1KLM A; 2NLX A; 2FSN A; 3A8Y A; 4TSX A; 2YKN A; 3GL1 A; 4YOW A; 2UUA K; 3U3Y A; 4BQL A; 3OS1 A; 1YJ9 N; 2P9S A; 1HYV A; 3SUO A; 3LAN A; 3OW2 M; 3QET A; 5F1X A; 4PL8 A; 2GWJ A; 1E4F T; 1ZC6 A; 2NRR A; 4IFV A; 2HHU A; 2F9W A; 4CCH A; 4H5N A; 2CH6 A; 2H3G X; 3SMS A; 4IFE A; 5BR9 A; 3CQY A; 3OJU A; 2B4J A; 3QEI A; 3VGM A; 2E8A A; 4HUE A; 4EFH A; 1V4S A; 3DMJ A; 4JN4 A; 2F8T A; 2HHV A; 3MED A; 5BRE A; 3DLG A; 1U47 A; 1T6D A; 2WUS A; 3SLC A; 4HUF A; 3O08 A; 4DTM A; 5FPN A; 5C25 A; 2O8B A; 4BE0 A; 3TR8 A; 2QWN A; 5CYQ A; 4A5B A; 3QO9 A; 3PO5 A; 1GOC A; 1VQ9 N; 4PY5 A; 1RBV A; 3JSM A; 3AA5 X; 3HM8 A; 4YDU C; 3QEX A; 5CZ2 A; 1HJO A; 3VQC A; 2D0P A; 3TTF A; 4I2P A; 4U7B A; 2FBV A; 4BC2 A; 2QWO A; 1WSI A; 1QQC A; 4KB0 A; 4OPJ A; 3ZX2 A; 3A5N C; 3DXM A; 4ELT A; 4PKH A; 3UKU B; 3HJF A; 5JLF A; 3PUF A; 3DLB A; 3OYE A; 4OKE A; 3E1Y A; 4FZX C; 2D0B A; 3AVM A; 3DXK B; 2B6A A; 2YCH A; 1Q18 A; 5AQF A; 4DSL A; 3LDN A; 4FVM A; 3DXM B; 2EWS A; 1BIU A; 2ITM A; 5C42 A; 5E41 A; 4BWJ A; 1NOZ A; 3OYB A; 1XI1 A; 3AAP A; 3THW B; 3AO1 A; 2WBN A; 5J1E A; 2PAV A; 3T1A A; 1U04 A; 3DOK A; 4G1Q A; 3C94 A; 4J2E A; 3TAE A; 1FW6 A; 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