4JXCA

X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound fe4s4 clusters
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
346
structure length
345
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPCVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
publication title X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound Fe4S4 clusters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FEFE-HYDROGENASE MATURASE
total genus 144
structure length 345
sequence length 346
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jxcA00
3NR0A 4EWND 1QO5A 4UTWC 3TJXA 3P7YA 3P61A 4N02A 2QDHA 3PULA 1K3UA 1KFKA 4L4LA 1EUNA 3CWOX 1HO1A 1TCDA 3M5ZA 4MZ8A 2QUUA 1F7BA 1QOPA 4JDBA 4WQ6A 2JKAA 1NEYA 1VRDA 5DCDA 1HUVA 3NM1A 3UWZA 2GVJA 1I8JA 1GTEA 4OT7A 1LYXA 3CTLA 4RX0A 3EWUA 4LW7A 3M6YA 1BKSA 2I14A 1S5VA 1RZMA 4Z1DA 2NUWA 3VKJA 3P80A 4FXRA 2Q8LA 3V1PA 3KVLA 5D09A 4NZFA 5FF4A 1TJRA 3STFA 3EEGA 4UMCA 4FNPA 2ISWA 1L6YA 4P61A 3TUUA 1K02A 1LRNA 1EB3A 2CLIA 4ZQMA 4CCDA 2QCCA 3PUOA 4OE7A 1BWKA 2E6AA 2WNQA 1KA9F 3C2OA 2B0MA 1J5TA 2VFHA 4JTHA 5EL1A 2J9ZA 4E38A 4AF0A 2GPTA 4NJKA 1SW3A 5G5IA 1YADA 5I3IA 1D9EA 1VHNA 2B7QA 1ML1A 4A3UA 1BEUA 1TPEA 2PRLA 4S1FA 4MIMA 1R2TA 3FJLA 3W6YA 2FPYA 2KZHA 2ZYFA 5CPLA 3THQA 1ZY9A 5F2IA 5G2WA 2BZNA 1ADOA 4I9AA 3GXNA 3WJZA 1G4SA 3LHWA 3WK0A 3KHJA 4O1DA 3ZFHA 1KFCA 4MPQA 2QUVA 4K39A 1V7YA 1VGAA 1DORA 2PRHA 4HKPA 3M5YA 5L6UA 5C55A 3DFSA 2C19A 1KFEA 3DFPA 5HINA 1MEIA 4D2JA 3W1MA 1ONRA 4RLIA 4QQ3A 3LCXA 2J9XA 5D33A 3L65A 3GLCA 5AHEA 3MO7A 1N55A 3PM6A 3CLMA 2JBMA 2B7NA 1OFQA 1X6UA 3KXQA 4JY8A 3OG3A 3PG9A 5C54A 1OFOA 3S1VA 3BLEA 4DF2A 3GDMA 3H55A 3HO8A 3IVTA 3HG4A 1V5XA 1I2NA 3NL3A 1GT8A 2G5WA 2WNZA 3A5VA 2Z2UA 1S5WA 3B05A 5CZSA 1CX9A 3E0IA 4PL2A 2VELA 1RD5A 1OX4B 3DFOA 5LKYA 1QDSA 3W75A 1SR9A 2FB2A 4CCCA 1QAPA 4MY1A 1H51A 1KBJA 2CZ5A 3DXIA 4POCA 4AHPA 1VCGA 3BO9A 1MEHA 2C16A 5DY2A 5EY5A 3HPSA 1MXSA 5G1YA 1EEPA 3RK8A 1NVMA 2A7PA 2YCEA 4LNYA 3M41A 1KW1A 3W9ZA 4ZQOA 2CU0A 1OFEA 2V2DA 5AHLA 1QPOA 3TV8A 1TPH1 2Y7EA 4O8RA 2BLEA 1VYPX 3NQ7A 2VFGA 3IVSA 5KSWA 1CW2A 4UTMA 3CWNA 2FPVA 3HMJG 5CZ0A 4UFIA 3ABSA 3UXDA 1HFBA 5BMWA 4NJJA 3P8JA 1FWNA 2ZRYA 3TC6A 3STGA 1AW2A 3BV4A 5K9CA 2ZRUA 2PCQA 5U4NA 2H3DA 1GYLA 3TX9A 3W7LA 1Q6RA 3CHVA 3NOEA 3TR2A 1TPC1 1DJNA 5E1QA 1DV7A 4AWUA 3W1NA 5C6MA 1H7WA 3LCHA 2O7QA 3LERA 5AB3A 5DXXA 3UY8A 3TQKA 3NQEA 3CB8A 3HGOA 2C14A 3HG3A 3E02A 2ZZ1A 2HS6A 1QMLA 3EX2A 4QAIA 3CQ0A 3S42A 1XCFA 4AHQA 2WSQA 4JTSA 4UFMA 3OA3A 1WQ5A 3W1AA 4LRTA 3S5ZA 4JGDA 4U28A 1R2SA 4WX2A 4GBUA 4M6VA 3EWZA 1TPWA 2GJNA 3W2LA 4UTJA 3JR2A 3KRSA 1FWTA 5LNSA 3I68A 4PL1A 3N19B 2G97A 3QMRA 3DFTA 2EKCA 4S2BA 5KZDA 3A24A 2QCGA 3W2KA 4DO5A 3LRKA 1FDJA 1MSSA 1OF8A 1SZFA 4AVFA 4Z1AA 2H8ZA 3GZ3A 3PS7A 4MVAA 1WOBA 4M7SA 2ISSA 1LZOA 3C2EA 4FX8A 3FS2A 4N9EA 4U4MA 5FEZA 3N2XA 1TYGA 1F74A 5H91A 3DENA 4QISA 3PG8A 3C6CA 3AO0A 1AW5A 1FXQA 2NZLA 2C3ZA 5AC7A 3TH6A 4QJ1A 2H6RA 1UASA 3ZS4A 1XFBA 4MJZA 4YMZA 1EWEA 3NQ2A 1FCUA 1FCQA 1GPWA 2W79A 2YFNA 3UQNA 4MY9A 2WSRA 3G3MA 2BWGA 3F4NA 4IQLA 3W7DA 1VLWA 3W2JA 3P67A 4NT0A 2E6FA 5D03A 5I3KA 3OVQA 1OF6A 2CLLA 4O53A 3P81A 4BF9A 3G3DA 4O54A 5D37A 3W7GA 2EF9A 3CC1A 3VNDA 2QCNA 3NQ8A 4K36A 1EP3A 1W5PA 4ONVA 4JS3A 1RVGA 1IF2A 1P5BA 1F5ZA 2WJZA 1F6PA 1GVSA 2Y7DA 2AAMA 1RQHA 3TFXA 5FI8A 1FY6A 4FIRA 2OT1A 1DOSA 4JDYA 1L6WA 4BI5A 3SI9A 5FF3A 2A21A 4K8HA 1K8ZA 2WSYA 1K03A 4FX7A 4HIBA 1NAL1 2XN1A 1SO6A 3QW3A 1DKWA 3LX9A 5KITA 1Q6LA 3W7HA 1ZFJA 4JX6A 1ME9A 3LI0A 3MMTA 4JTKA 1FCVA 3QYQA 3KRZA 3EX3A 1KM0A 1S3HA 5LNUA 1KTNA 1XI3A 1THFD 3DI1A 4FHAA 4NJGA 1QPQA 4HSNA 1LBLA 4CQ8A 2CWNA 1YDNA 4H3DA 3Q94A 4LWWA 2CLFA 4MYAA 1P0NA 3L5AA 2VEPA 1F73A 4AEOA 2ZTJA 3OHIA 2E5CA 1IXPA 2VEKA 5CSRA 2X2GA 3CPRA 4LVGA 3TW6A 5HUOA 1F05A 1JR1A 4UNLA 2G96A 1XDLA 3MHFA 2H8XA 5IBXC 1TIMA 4LS0A 4LV9A 4AF0B 3VFLA 3A22A 3VE9A 4DELA 3PWAA 5I3FA 3L0GA 2X1RA 2VENA 2Z0IA 2E77A 1WDWA 5AHIA 4CNPA 2Y7GA 4NJIA 1KM3A 4ZQNA 3HJZA 2VKZG 5HWMA 3GNNA 3FIGA 3FEMA 4Y96A 2QCMA 3KFTA 4NUWA 3LM7A 1J4EA 4WXYA 4HNTA 3KOFA 1FCBA 4O12A 3TAOA 4ZQPA 4MLRA 2B4GA 2DP3A 3L0NA 3EWXA 3PBYA 2GUUA 4PA8A 3RU6A 1EUAA 3IGUA 3TAKA 4KKXA 1ZAHA 2E1DA 5TIMA 1ZJIA 4AXKA 3O6DA 2GVGA 4FX6M 3CIWA 5CKSA 3TFCA 3LHUA 1IXOA 1JUEA 3QQ1A 4UXDA 4NVTA 4IUOA 2CLKA 3H53A 3IIOA 2I9EA 3DU0A 4IX2A 3IV3A 4RZ6A 3RFAA 3W86A 3BK0A 2VOMA 1H7XA 3O16A 4OV9A 4N9BA 4X22A 1WAUA 4O15A 3TXVA 1LRQA 4ZVJA 4DO4A 2PE4A 1M7PA 1U83A 1YPIA 3TKFA 4DO6A 5K7JA 1KLYA 2A7NA 4GJ1A 4JYDA 3D0CA 3G1AA 2E6DA 3PVFA 1G67A 1TTPA 1O95A 2YDAA 2A0NA 3BG3A 1TO3A 3E12A 1G4TA 3I7SA 3FA5A 5F4SA 1YPFA 3NPXA 3L67A 2ABBA 4Q33A 3M7WA 5C5YA 3PBUA 4FEZA 2UV8G 2Y88A 4DQWA 4AAJA 2ZRVA 2P0OA 1FX6A 2VEMA 1JCYA 4L4MA 3NXFA 2FFCA 5ABTA 1YDOA 3HG2A 3S1XA 4XTIA 4AMAA 3P8IA 3PAJA 1A5CA 1G7VA 3NQVA 3FKRA 4NNCA 1A53A 3N34A 4QM1A 2X30A 4H4IA 4O50A 1OFPA 1MZHA 3TW7A 5LHEA 1WYIA 3G1DA 4OV4A 4A29A 1M6JA 3RLUA 4LTSA 4RKAA 4HPJA 3UWQA 1W54A 1K7EA 3BARA 1MEWA 1TREA 3GIYA 3G8RA 4GUJA 4N9DA 2VXNA 2WV8A 2X1SA 2DZXA 3GNDA 2E09A 2Y70A 3LXAA 2JGYA 2R91A 1IXNA 1I2OA 2CZDA 3CEUA 4FNQA 4M19A 1VZWA 3QFEA 4IMGA 1NFBA 1W31A 3DGRA 2BSLA 5BW6A 2YYUA 3MYPA 3DI0A 3EX6A 1TTIA 3NL2A 3Q37A 3FYPA 1LROA 1LOQA 2GQ9A 2YPIA 1GTHA 3K30A 3ATYA 4JTTA 1FDZA 4JIPA 4XUGA 3YPIA 1YXCA 1JRCA 1I4NA 3QMSA 4Z1CA 1H62A 4YCOA 4OGZA 2YGYA 3UY7A 4FF7A 4QNEA 3TQVA 3TSMA 3WK2A 2FPTA 1FUYA 1FBAA 2Y85A 3P60A 2ZZ3A 3A5FA 3KVMA 4Y6GA 3ZWTA 2Y89A 2NX3A 5I3JA 3LCGA 5AOUA 3MI6A 1ZCOA 4ZZ9A 1XKYA 2XN2A 3LRLA 4O11A 4GUFA 3FOKA 2H3BA 4WUIA 3FKKA 4JX4A 1SZGA 4O57A 1GVQA 1JRBA 3M5VA 3UWVA 5TBOA 1N7KA 3RNDA 1RPXA 3B0VC 3C3NA 1AG1O 3BG9A 3EWYA 1CI1A 1GOXA 1LOSA 1VJIA 2JK2A 1W37A 1LP6A 2C13A 2V81A 3LHTA 1W8SA 5MHBA 3G18A 2ABAA 1XDMA 2DZWA 2CW6A 4GFSA 5K9DA 3QM3A 1SO3A 1Y0EA 3BGJA 1H7RA 1H50A 3PBVA 1KLZA 1B57A 4XQ6A 3TE9A 3WJSA 2C0AA 3QJAA 3W2MA 1C8VA 4O0KA 2B7OA 4E2BA 1OABA 3C0JA 4O16A 2V8ZA 2R14A 3SW6A 3TSBA 1Q6OA 5CSSA 1YDVA 4GWEA 3QC3A 4IPIA 5F2LA 2NV2A 4EOUA 4AWTA 4LT9A 2VC6A 2YYTA 3EX4A 1EA0A 3FFSA 5FF7A 1TTQA 1K8XA 5D2WA 2QAFA 1SFJA 3ATZA 4IMEA 4MYXA 6TIMA 1KM6A 1TV8A 4QIUA 4JX5A 3O8AA 4UUIA 5HWJA 1OFBA 5K4ZA 3W73A 5K4XA 3MP5A 2E68A 3P82A 4C1LA 3PC0A 3Q2DA 5F4WA 3N14A 3LOTA 3Q58A 4K7VA 1TPFA 1GVFA 4FNSA 3W1RA 3B0UX 1P1XA 1OG0A 1X1OA 3O05A 3MUXA 2ZA3A 1OYBA 5FEWA 3IVUA 2NX1A 1W0MA 5CPNA 2RH9A 1XL9A 1PHQA 3W1UA 1TPUA 3HGSA 3AJXA 4HNNA 3STCA 4LRSA 4NX5A 2YFOA 4XWUA 1T0OA 3DKLA 5AYXA 2CZFA 5LHFA 2A6NA 4RCXA 3B03A 4NQ1A 3MBDA 3DZ1A 1XBZA 4Y9AA 5HUPA 2QJGA 4HPXA 3UNDA 3W1XA 1VS1A 5G1TA 3W3OA 4KWVA 4O28A 1XBXA 4YLWA 3OVPA 1K8YA 3PSVA 3TA6A 4UTKA 3TC7A 2VFEA 1FQ0A 3W1TA 4ADTA 3LCIA 1HL2A 3GKFA 4MFEA 3EXRA 4GE8A 4OBTA 4TMBA 4WZHA 4NXSA 1AK5A 3N2MA 2EGZA 2NXIA 1YXYA 4R7JA 4Q32A 5D2TA 1U5JA 4R33A 1W5MA 3W87A 4I7VA 2WQPA 1PIIA 2ZDRA 3W2NA 3T78A 5AYYA 4DPQA 3TMQA 3GKAA 4WOZA 4ORIA 1VLIA 4MFDA 1ZAIA 5KZMA 3P5YA 2RDUA 4NX0A 4ADUA 2NX9A 3GR7A 1YTDA 3HF3A 3W85A 2Y62A 5G4EA 1XBVA 4JICA 3VCRA 2I1OA 5KTLA 4WY0F 1OX6A 1YYAA 2FQIA 4FXSA 1TB3A 1UCWA 1YTKA 1W3TA 1JQXA 3L21A 2V5LA 3HIJA 4PC8A 4O14A 1SQ7A 1JCJA 2EAWA 2Z1BA 2ZZ2A 2DJXA 4FIQA 1DHPA 4N6EA 3UWWA 4JNMA 4O19A 2V82A 2A5HA 3B0PA 4PTNA 1KTCA 2E6YA 4IGHA 3M47A 5DXYA 5G4WA 1QNVA 2W6RA 4TR9A 2Y6ZA 3NNTA 4JTIA 3CIXA 3C2RA 4GUGA 3NA8A 3W2UA 2Q3OA 4RZ5A 2ISVA 4MY8A 3LHZA 3DH7A 3T40A 3LCLA 1PCKA 3IGSA 3W7EA 3H54A 1S5TA 3QRHA 1Z44A 1ME8A 3L5MA 4XKYA 2OMAA 2C18A 4EIVA 3BLFA 1RQEA 4H6KA 3OVRA 4DEFA 3WK1A 3W7KA 1I2RA 3F1QA 2A85A 4JR5A 2JGQA 5KMYA 4GUHA 3HBLA 3PBWA 3LV5A 4UR7A 2HS8A 4LU0A 4WY0A 3G8EA 5AYZA 4DXVA 1LCOA 1W5QA 5DN1A 5D04C 1C29A 1P4CA 3W74A 1Q6QA 4XBKA 5BOOA 1L2UA 2NXGA 2DZPA 4K7YA 2NV1A 3HG5A 3TNOA 4K38A 1GEQA 1TRDA 4PEKA 4UTUA 2V2HA 3BW3A 2A1YA 3N73A 3T44A 1JJKA 3I7RA 2CZEA 5CZTA 3S9YA 3O63A 6ALDA 4LUJA 4DF1A 3SSJA 3PB0A 2ZRZA 3LXBA 3R13A 4X3ZA 3UYCA 4XZ9A 4ZQRA 1XXXA 3C61A 4M5PA 2LLEA 3B06A 3EKZA 1JUKA 3LHYA 5IBXA 1MO0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Y8V A;  4UTW C;  3TJX A;  3VII A;  2GDV A;  2QDH A;  1XYM A;  4HTY A;  1EYW A;  2PWD A;  4DIA A;  1HO1 A;  4MZ8 A;  2QMK A;  3T0B A;  1V3L A;  1Y5X A;  4ERA A;  5DCD A;  4V1X A;  4ZFC A;  3KCO A;  3CQI A;  2GVJ A;  3T08 A;  3UWZ A;  1JPD X;  3CTL A;  3S2N A;  4MNK A;  3WNN A;  1RZM A;  3FX4 A;  2NUW A;  5I00 A;  1R9Z A;  5FF4 A;  2YDQ A;  3EEG A;  1IGW A;  2DW7 A;  1X97 A;  4FNP A;  1KFW A;  3TUU A;  3MQT A;  4WDW A;  1EB3 A;  4CCD A;  8RUC A;  3I4K A;  3GU2 A;  1E0T A;  1FVP A;  2ZX6 A;  5C70 A;  4NAE B;  3T07 A;  2J9Z A;  4E38 A;  5M1T A;  1QRQ A;  4NJK A;  5G5I A;  1YAD A;  2C8N A;  1KBK A;  1ML1 A;  5CC5 A;  2PRL A;  5HQL A;  3GR4 A;  4TTU A;  2FPY A;  2KZH A;  1K9T A;  2BZN A;  5HAO A;  3KEH A;  3WJZ A;  1G4S A;  4DY1 A;  3WK0 A;  4HZ8 A;  2QVN A;  2C79 A;  3UU0 A;  2YLL A;  4KWO A;  1XG3 A;  4B5W A;  5E9A A;  1QBA A;  2PRH A;  5L6U A;  5C55 A;  3K2G A;  2C19 A;  1EJW C;  1J9Y A;  2XG9 A;  4DWS D;  1PZ3 A;  3WKZ A;  4D2J A;  2XM1 A;  4RLI A;  4XIS A;  4AMC A;  4IZG A;  2P3E A;  2VDI A; 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