4JYE | Genus

Total Genus 141

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	347
structure length	346
Chain Sequence	MTGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPCVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound Fe4S4 clusters. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Biotin synthetase, putative
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermotoga maritima
total genus	141
structure length	346
sequence length	347
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-03-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF04055	Radical_SAM	Radical SAM superfamily
A	PF06968	BATS	Biotin and Thiamin Synthesis associated domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4jyeA00

3LXBA 1TSIA 2NUWA 3HGOA 1Q45A 3BW3A 2Q8LA 3MP5A 3Q2DA 3CIWA 3FEMA 2GVJA 4Y90A 4O1BA 3EX2A 3GB6A 3CU2A 1CW2A 4JTTA 3N73A 4ICNA 2PURA 2CLKA 4M6VA 2B7OA 3E49A 3M7WA 2ZZ5A 4UNKA 3GR7A 3LCHA 3W7IA 4DO4A 3NQFA 3MW7A 1X1ZA 3RU6A 4NVTA 3UZJA 5EYWA 4QNEA 1TPUA 1XM3A 2CWNA 2ZZ3A 1E51A 2FPTA 1PHQA 3TW7A 1W0MA 2UV8G 4KFPA 4PH6A 2QJGA 3TNOA 3TU9A 4Y96A 1P0NA 3LCWA 1NFBA 1LDCA 3LGEA 3W7PA 1WAUA 2ZRZA 2ATSA 4JTEA 1IXQA 4MYXA 4WQ6A 1I2NA 4ZQPA 3KX6A 3G1AA 3HG4A 3WK0A 2VXNA 3NPWA 4AH7A 4O28A 3PBVA 4FXSA 3SW6A 1UUOA 4KWWA 4ADUA 1B4KA 3B04A 1VGAA 4WY0B 4JTGA 2Y7EA 4A22A 3IIZA 4DPQA 5FF0A 3R89A 1TREA 4HNTA 3O63A 3P82A 4PODA 1F6PA 4KFNA 3O6YX 2ZTJA 2ZZ1A 1P5BA 1M6JA 1QMLA 3IIPA 3GK0A 3W84A 2Z1BA 2OMAA 1AL8A 1AL7A 3S5NA 3QF0A 4UTLA 2YSWA 2H8ZA 3PF3A 3TXVA 1TPC1 3GDLA 3I6RA 3SGZA 5CPNA 4N6EA 4ZQNA 2FB2A 3JS3A 3HIJA 1VCGA 4Y6GA 1IXOA 3C61A 4BWLA 2GOUA 3NOEA 3DFSA 2C18A 3CTLA 2RKXA 1W1ZA 3FYOA 1K7EA 3NA8A 3NL2A 3LHUA 1LM1A 4CQ8A 5I3IA 2YYUA 4AF0A 5LSMA 4RLIA 1EP3A 1H7NA 4JYFA 4LC8A 4Z08A 4O18A 1SZFA 5DELA 3L21A 4Z1DA 3QPYA 3TC7A 5HMSA 1EUNA 2ZFAA 1JCXA 3L67A 1TPVA 2VFHA 4AHQA 5AFDA 4JD4A 2G5WA 4AAJA 3S9YA 1Z44A 1EEPA 3MJYA 4OHQA 3QMRA 1SO6A 2FPYA 2QKFA 4LU0A 3C4UA 2E6AA 3BW2A 1K7XA 2J88A 2RDUA 1D3GA 3DFOA 5G2IA 4IQLA 2Y7FA 2Z2UA 1W5PA 5L9FA 3G0SA 1C8VA 3DFPA 4E38A 3DKLA 2EHHA 3TMLA 4ADTA 4DF0A 3O15A 1OFBA 1TPEA 3LXCA 1H63A 2C16A 5G5IA 2R94A 1FWNA 3TK7A 3P62A 3LOTA 3BARA 3DI0A 3NPVA 3L5AA 1ZJIA 5LHFA 2A7NA 1TYGA 2ZA1A 4DPPA 1VHNA 4WUIA 3E0IA 2E6FA 3CWOX 2QCDA 3KHJA 1PIIA 3LV6A 2W0UA 2A1YA 4IWWA 3TDFA 3EX6A 3M5YA 1OFDA 1T8XA 3N19B 3NR0A 2V0TA 3W70A 2BLEA 5AHEA 4M5PA 1B3OA 4EWND 1QDSA 2QCHA 1R46A 3QMTA 3HPXA 5FI8A 4MY9A 3O07A 1LLWA 3MUXA 4S1FA 3D0CA 3ZFHA 1R47A 5DBTA 1CX9A 1C29A 2Y61A 1ZENA 5I3HA 4PEKA 3LCXA 3P7YA 3NEVA 5K4XA 4JYEA 1I2OA 1TTPA 1KV5A 3F4NA 3S6DA 4TU1A 4BI5A 4O14A 2J9XA 1H7WA 1R2RA 1UUMA 4U28A 4M7TA 3GDMA 3GZ3A 3RFAA 2V9DA 5FEWA 1A50A 1XFBA 4AWTA 5FESA 3N9SA 1M7PA 3W3OA 3NM3A 2HS8A 3LTSA 4XBKA 1R2SA 3W1TA 1JULA 2XN0A 1VYPX 4WX2A 1VRDA 4IUOA 2A6LA 1GWJA 2GQAA 3G3DA 4NX0A 1OYCA 3NQ2A 4JGDA 2QCLA 4MY1A 1VQTA 1KM6A 3EWWA 3DHDA 5T26A 3QQ0A 5F2LA 2V8ZA 3M43A 4MLRA 4UMAA 2QF7A 2YFOA 5AYZA 3STCA 1DHPA 2CW6A 3LXAA 3GDKA 4IXXA 1OX4B 3ABQA 4GUHA 2WKJA 3GXTA 1I45A 4JTKA 3FFSA 2PRHA 3LLDA 2QDGA 4UUIA 1FDJA 1PCKA 1GG1A 1P4CA 2AQWA 1P1XA 2NX1A 3HGSA 3H54A 2J9YA 4Z1BA 5LNVA 3OIXA 3WFAA 1THFD 2Y88A 4GRSA 3W7JA 3UNDA 4O53A 3R8RA 1D9EA 4NT0A 2QCGA 2DZSA 3P8JA 3OG3A 4QIUA 2ISSA 3AJXA 3DFTA 5D2TA 1TRDA 3C2FA 3W9ZA 5LZLA 1BWKA 4M6QA 4WOQA 1V7YA 2E6DA 2EPHA 3SSJA 5DXYA 4TMCA 1ZHAA 1OX5A 4BR1A 3LCLA 1QPNA 2FQIA 3NNTA 2C6QA 4K36A 4O52A 1G4SA 3CQ0A 2C14A 5CGQA 3FLUA 3B8DA 1GVFA 2FLIA 2NWRA 2QAFA 2EGZA 1IGSA 1KV8A 1WOAA 5HULA 1YTDA 3C52A 2ZA2A 3QM3A 2GJNA 1I8JA 4GUGA 1TQJA 2XFWA 3MHFA 2ZBTA 2CLOA 3IGXA 4JTLA 4IPJA 1OJXA 4JNMA 3L2IA 1OF6A 3G1XA 2YXGA 1XUUA 3LDVA 2ZCGA 2A7PA 4ZQOA 2JKAA 2D73A 5KZEA 5K9CA 4UTTA 1OFOA 2Z0IA 5CZTA 2DZWA 1XUZA 1WV2A 2YPIA 3E96A 8TIMA 4S2CA 3WK3A 1W3NA 1GYLA 1WQ5A 5D2YA 2C19A 1JRCA 1Q3NA 3G18A 5F4SA 2X2GA 5ABTA 3I65A 4ZVJA 4LC6A 3PAJA 3W2LA 4DO6A 4BWLC 3EKZA 5L6UA 3H55A 3TV8A 5G2WA 4FX6M 5FF7A 2I9EA 1KM2A 3CWNA 1GZGA 1TV5A 4FO4A 4I9AA 3IGSA 4GUFA 3DKJA 3KVMA 1G4EA 4O1DA 1L9WA 3W2MA 5CSRA 3CEPA 1SW3A 3PWAA 4RR4A 1OHLA 2NXGA 4AWSA 2Z6IA 3L66A 5U7SA 1QWGA 3W86A 3IV3A 4N02A 4UMCA 2DZTA 2ZRVA 3TJLA 1GTEA 1FDYA 2QCEA 4UTUA 3VI2A 3USBA 2Y7GA 4LVDA 1YDVA 4S2BA 2QCMA 1A5SA 1ZY9A 5EA9A 5LNUA 4FX8A 3G0XA 1S5WA 1J4EA 1TPB1 2JGQA 3EXRA 3NQ7A 2H3BA 3DFNA 3BPWA 1G4PA 3LRMA 4FNPA 4UIOA 5MHBA 4P61A 4O4WA 5CPMA 2WSRA 2YZRA 3W88A 3W87A 2ZZ7A 4LS2A 2CLHA 2F84A 3W22A 2YGYA 4LY8A 3OEXA 1UBSA 3O6CA 3G1SA 3W1MA 5K4ZA 3DXIA 2W79A 4O4VA 3UWWA 6ALDA 3A22A 3L5MA 1EP2A 5FF3A 3EEGA 4IMEA 2FTPA 5HWNA 4O10A 1FWWA 4M6PA 4RXFA 3LM7A 5DBUA 2XN2A 1V5XA 2WPBA 2GUUA 3MBFA 4IMDA 3P84A 4LTSA 3EWXA 4FNUA 3P67A 4TO8A 4UFMA 3EXTA 2OT1A 3S0CA 1Q6RA 1MO0A 4FB7A 5BNKA 5J5RA 3LTYA 5BOOA 4QITA 3G3MA 4HHPA 3NQDA 4UTJA 4O17A 2ZRYA 4NJIA 4OWGA 3N3MA 5CZJA 4UTMA 1I2QA 3GAYA 1H1ZA 5DY2A 1TJRA 4MIMA 3LCIA 3ABRA 4JTFA 5HWJA 1B57A 3L0GA 1B9BA 4LV9A 5D2WA 5D05A 5HR6A 3W7OA 1YXDA 2DZPA 2Y62A 1KFCA 1L2UA 5BMXA 5F4XA 4XBSA 3LTPA 3Q37A 1QPOA 1JJKA 3F4WA 2V2CA 2ZDRA 4JR5A 4RX0A 3PBWA 3C2VA 3NM1A 1YXCA 3HG5A 1FCVA 4GBUA 3GDRA 3QRHA 4NXKA 1TPDA 2ABBA 3W1AA 1DBTA 1SO5A 4NJGA 3QQ1A 5DCDA 2DZVA 3R5EA 3ELFA 2QUUA 3G1DA 3IIVA 4LOCA 4O54A 1WOBA 3LERA 1O94A 4E0CA 1EX5A 1YLVA 4P2VA 3M16A 4RCXA 1TRIA 3W7QA 3TQVA 1AG1O 2E5CA 4M19A 1YPIA 1K8YA 2XN1A 4DXVA 4BF9A 3E02A 1VZWA 1KTCA 3HGRA 3TX9A 5G1YA 1L6SA 3KFTA 3E9AA 1W5QA 4CNPA 1KBIA 3U6WA 4M7SA 5D02A 1XDMA 1SSDA 5E93A 3L65A 1HTIA 4A2RA 1SW0A 2C1HA 1PE1A 3M0ZA 2QAPA 2H8XA 3MYOA 3TROA 1FWTA 3LLFA 2RDTA 3GIYA 3LI0A 5K9DA 3EWUA 4MJZA 4O11A 2JGYA 5D32A 2VFIA 4H6KA 3P74A 5SWUA 1EB3A 4AWUA 2WV8A 1CI1A 4Q32A 3UY7A 1DJQA 1LRTA 3UQNA 4X22A 5DCEA 3M6YA 3ATZA 1FWRA 4TIMA 1KM4A 3R12A 3TJXA 3KVJA 3B0VC 1W3TA 1JQXA 1M7OA 2B7PA 4YCOA 4XUGA 3DU0A 1W37A 5AHFA 4K7YA 4LS1A 3EKLA 4Z0JA 3TAOA 2NV1A 1ML1A 4AEOA 1FCQA 3PVFA 5F4WA 4LNYA 4N9EA 1KTNA 3W23A 4QM1A 5AHMA 1SZNA 1NVMA 4NNBA 2CZEA 1GVSA 3NQAA 3NG3A 3C6CA 1GOXA 3Q94A 1U5JA 4UTTC 2QUVA 4CQAA 1SW7A 2C15A 5HQEA 1K8XA 4Y8FA 3ZWSA 3KVKA 4HNUA 1WX0A 1VCVA 2VENA 1YPFA 1FY6A 4EIVA 2WNZA 2ZRUA 5HNRA 2WO5A 4ZMGA 4TMBA 3T55A 1WYIA 4H4IA 1GVRA 4O50A 2NXHA 4O1AA 5LNSA 1OK4A 5DN1A 1DOSA 3IVUA 3S1VA 3UPBA 1BKSA 3DBPA 3W7LA 4HT3A 3CLMA 1PHWA 3QJAA 5I3JA 3PR2A 3MO7A 5AOUA 3U2OA 4CCEA 3TQ0A 2NX9A 2BZNA 4LVFA 2A2IA 5CZSA 2VEKA 3SI9A 1H1YA 2A0NA 3PG9A 3LBMA 3S1XA 4LRTA 4WJEA 1UCWA 1ME9A 1ZAHA 2P10A 4ZQCA 4D2JA 5K7JA 1AW2A 3QPZA 4ONVA 4ADSA 3LHTA 1LBLA 2FFCA 3LHYA 3W7GA 2J24A 4GNJA 2G97A 3WJSA 3G1YA 3TW6A 4FEZA 1KFEA 4HIBA 3LRLA 5KITA 2X30A 2A85A 3UWVA 1AW5A 1F76A 3MI2A 3B0UX 1FBAA 4U4MA 1JCJA 4R53A 5C2XA 1BWLA 2H6RA 1OX6A 4NJHA 5D2VA 2VFGA 4IX0A 1LROA 3LBCA 5TQLA 2BXVA 1KM5A 4DEFA 3LX9A 3ABSA 4UR7A 3SY5A 3A23A 2PRLA 4UNLA 3NQEA 3VE9A 4ORIA 3MHUA 3GVGA 3UXDA 3GXNA 1TMHA 3SZ8A 3BK0A 5G4WA 1EIXA 1PS9A 1BTMA 2VELA 4ML9A 2Q8ZA 1QNVA 3SGUA 5IBXA 5C54A 2NUYA 1SZEA 3LHZA 1W5MA 3L68A 5D09A 1OABA 4CNNA 3NVTA 1X1OA 3O05A 3UXAA 5C6MA 3B03A 2OCZA 3T7VA 1EWEA 3LRKA 1HO4A 4O8RA 1FQ0A 4E2DA 4RK8A 4N9BA 4PL2A 1HO1A 3NL3A 1KA9F 4PL1A 3EWYA 3PUDA 3QSRA 5KZMA 4JS3A 1PVNA 1QR7A 3MWAA 4MY8A 4J9JA 3GNNA 2CZDA 3GKAA 1HL2A 3UYCA 3G22A 2QDHA 1XBXA 1X7FA 3NL5A 3FKKA 2P1FA 3LHWA 3NZRA 4PTNA 4QAIA 2DZXA 3N14A 2YDAA 3BLEA 4O19A 1IIHA 3V75A 2H90A 4IX2A 2RHGA 4IMCA 2FIQA 4CNOA 3KAOA 3I68A 3G8RA 3DAQA 3MBDA 5E0KA 3WK1A 1JQVA 1OFAA 1HUVA 3L0KA 3S5OA 3W83A 2CLFA 4OU1A 3C56A 2H3DA 2O7SA 3G24A 3RK8A 4O12A 1Q6QA 1L6WA 3BW4A 3SJ3A 3AO0A 4NZJA 1OF8A 4I7WA 4CLMA 4DF2A 2J27A 1FWSA 3W7RA 4IMGA 3O8AA 1FX6A 1UJPA 3GR8A 4O0ZA 1YDNA 2E6YA 1NF7A 3CIXA 5CPLA 4QNWA 4RZ6A 2NXIA 1S3HA 3WK2A 1GJPA 2DZUA 3INPA 4IOTA 4UFJA 2TRSA 4UFLA 1TV7A 3MP3A 4CQ9A 1RQHA 2HSAA 3NQGA 4IPIA 4UXDA 1H62A 3FJLA 2CZ5A 1G67A 3ZWTA 1O5KA 1TPWA 5DY3A 5FF4A 3ABOA 3TSMA 1JVNA 2QUTA 2FJKA 3PUOA 1S5VA 1ICQA 4YLWA 1JUKA 4L4MA 1K02A 4OV9A 1TO3A 4GJ1A 3BG9A 1GEQA 1FXQA 1PL9A 1S5TA 4NJKA 1VR6A 2WNNA 3W76A 1J5TA 1H7OA 1SZGA 3M5XA 1RV8A 1XXXA 4K38A 3M9YA 4JY8A 1N8FA 4DBEA 3QZEA 3MI6A 3G1FA 1VC4A 1I2PA 5A5WA 1HFBA 2RDWA 1LORA 1LRNA 3EX3A 4A2SA 4C1KA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4JYEA

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