The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
132
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structure length |
132
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Chain Sequence |
DKPYVKTESGILYKDLIDGEGDPIEEGDIVYIHYQGKTTNDFRIIHSTFNSIIPPKIRAGQYDQKHIRAIYEIVIGMKKHTRRQCVVPPHLAYPNHFPSQPLLYEIDVVKVVKKDSQGKTFIEKVEQKIDQI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
|
| publication title |
Crystal structure of Plasmodium vivax FK506-binding protein 25 reveals conformational changes responsible for its noncanonical activity
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Plasmodium vivax
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| molecule tags |
Isomerase
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| total genus |
30
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| structure length |
132
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| sequence length |
132
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00254 | FKBP_C | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QPF A; 1FKH A; 4DT4 A; 2PPP A; 1N1A A; 3I6C A; 3RFW A; 3TC5 A; 1FAP A; 4FAP A; 4TYO A; 3UI4 A; 1FKS A; 1Q6H A; 1Q1C A; 2ZQU A; 1ROT A; 2LKN A; 3LUO A; 5HW7 A; 1EYM A; 4ODM A; 4QIB A; 4ODL A; 1FD9 A; 3KAI A; 1ZK6 A; 3KCE A; 1ROU A; 2M1I A; 1C9H A; 4QT3 A; 1F40 A; 3UQB A; 4J4N A; 1YW5 A; 2KGJ A; 2XP5 A; 2XPB A; 2ZQS A; 4DRK A; 1L1P A; 2RQS A; 5HUA A; 4C02 B; 5DIU A; 1Q6I A; 2IF4 A; 4LAX A; 1HXV A; 4LAY A; 3JYJ A; 2Y78 A; 2ZQV A; 3TDB A; 4DRP A; 3UQA A; 1FKR A; 3O5I A; 4DZ3 A; 4GGQ A; 4NNR A; 4R0X A; 3IHZ A; 1PIN A; 3NI6 A; 2ZR6 A; 3O5R A; 1QZ2 A; 4U85 A; 1J4I A; 5HTG A; 5D75 A; 2XP8 A; 4DRI A; 2PV2 A; 4DRM A; 2DG4 A; 2VCD A; 2MF9 A; 5J6E A; 1M5Y A; 3KZ7 A; 5HKG A; 1Y0O A; 3EY6 A; 2F2D A; 1YAT A; 2ZQT A; 2PPN A; 2PV3 A; 2MPH A; 2RUR A; 1FJD A; 3IKG A; 1JNS A; 4J4O A; 4ODO A; 1JVW A; 4W9Q A; 2FAP A; 2XP6 A; 2M2A A; 2PV1 A; 2MLX A; 1TCO C; 1D7H A; 3NTP A; 3PA7 A; 1BL4 A; 1P5Q A; 4DH0 A; 4DRJ A; 1NMV A; 2AWG A; 2LGO A; 3MDY B; 2LJ4 A; 2KI3 A; 1R9H A; 4JFJ A; 2MLY A; 2JZV A; 2M08 A; 2XP3 A; 3GPK A; 3O5M A; 2N87 A; 2DG3 A; 2ZR4 A; 1FKT A; 3O5E A; 3TCZ A; 3WH0 A; 1A7X A; 2OFN A; 3UF8 A; 3O5Q A; 2XPA A; 3PRD A; 1KT1 A; 2KE0 A; 5GPG A; 3UI5 A; 1FKD A; 2K8I A; 3O5L A; 3NRK A; 3IK8 A; 4TW7 A; 3JYM A; 3KAC A; 3O5F A; 4MSP A; 5BXJ A; 2XP9 A; 4IPX A; 2XP7 A; 2DG9 A; 1B6C A; 1D7J A; 2LPV A; 2L2S A; 4JFK A; 4BF8 A; 3O5O A; 1J4H A; 4ODN A; 4QT2 A; 5HW8 A; 1PBK A; 3B7X A; 3JXV A; 3KAD A; 3IKD A; 4ODK A; 1F8A B; 1FKG A; 4LAW A; 4ODP A; 2RSE A; 1BKF A; 1EQ3 A; 4U84 A; 3CGN A; 3VAW A; 1FKB A; 4DIP A; 1W26 A; 3O5K A; 2F4E A; 2ZR5 A; 3UI6 A; 4JFI A; 4IQ2 A; 2XP4 A; 4LAV A; 3CGM A; 4DRO A; 2KFW A; 3KAF A; 2FKE A; 3PRB A; 4U86 A; 2MLZ A; 4TW6 A; 1FKJ A; 4DRN A; 3O5D A; 3KAH A; 3ODK A; 5B8I C; 1ZCN A; 3O5J A; 1D7I A; 4FN2 A; 1FKF A; 5HWB A; 1J4R A; 4W9O A; 2KR7 A; 4IQC A; 1J6Y A; 1FKI A; 1FKK A; 2UZ5 A; 3FAP A; 4ODR A; 4DRH A; 2Q5A A; 4JYS A; 1KT0 A; 4TW8 A; 3O5G A; 4ITZ A; 4O2T A; 1NSG A; 4TX0 A; 4MGV A; 1D6O A; 3O5P A; 4JFM A; 3OOB A; 2ITK A; 2PPO A; 4G2P A; 5HT1 A; 3H9R B; 1U79 A; 2MNT A; 1NMW A; 3KAB A; 4GIV A; 2F21 A; 4TNS A; 4W9P A; 5DIT A; 1T11 A; 4DZ2 A; 1Q6U A; 2RUC A; 2VN1 A; 2RUQ A; 3RGC A; 5DIV A; 5I98 A; 2D9F A; 3UQI A; 2KO7 A; 2PBC A; 4ODQ A; 4DRQ A; 5HWC A; 2RUD A; 4G50 A; 1QPL A; 5HW6 A; 1JNT A; 4JFL A; 4N19 A; 3KAG A; 1FKL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZPW R; 2DT1 A; 3TC5 A; 1N1A A; 1Q1C A; 1ROT A; 2IUZ A; 4WIW A; 4ODL A; 3ARO A; 3BXW A; 1HKJ A; 3CHD A; 3CZ8 A; 2WM0 A; 1W1V A; 3KCE A; 2P4V A; 2M1I A; 1C9H A; 4LGX A; 3FXY A; 4LAX A; 4S3J A; 2Y78 A; 2ZQV A; 3O5I A; 2A3E A; 3IHZ A; 3O5R A; 1QZ2 A; 1J4I A; 2F23 A; 1Y0O A; 3EY6 A; 2ZQT A; 1FJD A; 2PV3 A; 1OGB A; 3IKG A; 4ODO A; 4W9Q A; 3WD2 A; 3WQV A; 1W9P A; 1TCO C; 1D7H A; 3B8S A; 5DF0 A; 1NMV A; 1X6N A; 2KI3 A; 4JFJ A; 2JZV A; 2M08 A; 2XP3 A; 3O5M A; 2ZR4 A; 1FKT A; 3O5E A; 1K9T A; 4MPK A; 1HKI A; 1KT1 A; 5GPG A; 1FKD A; 2K8I A; 3IK8 A; 3JYM A; 3KAC A; 4MNK A; 2XP9 A; 1HJV A; 2XP7 A; 4IT4 A; 4BF8 A; 3OA5 A; 3B7X A; 3GU0 A; 3JXV A; 3FY1 A; 4P8W A; 1H0G A; 4ODK A; 4R5E A; 4ODP A; 2DT0 A; 3VAW A; 2F4E A; 4JFI A; 4IQ2 A; 1E6R A; 4LAV A; 4DRN A; 5GPR A; 3O5D A; 4WK9 A; 4FN2 A; 1D7I A; 1EIB A; 1J4R A; 4ODR A; 2Q5A A; 4JYS A; 4Z2G A; 3O5G A; 4ITZ A; 1UR8 A; 3AS3 A; 3GTY X; 3O5P A; 3OOB A; 4WJX A; 3ART A; 1WB0 A; 1U79 A; 4WKF A; 4GIV A; 1NMW A; 5DIT A; 3B9A A; 4TNS A; 2RUC A; 2RUQ A; 3WIJ A; 1NWR A; 4DRQ A; 4DWS D; 4L3N A; 3QOK A; 1ZBK A; 1QPL A; 4JFL A; 1QPF A; 1SR0 A; 4DT4 A; 1LG1 A; 1O6I A; 4FAP A; 1FAP A; 3UI4 A; 1CTN A; 1ZBC A; 3LUO A; 5HW7 A; 4ODM A; 4QIB A; 1FD9 A; 4HBO A; 3KAI A; 1ROU A; 1RD6 A; 4QT3 A; 4J4N A; 2KGJ A; 2XP5 A; 4DRK A; 4ML4 A; 2RQS A; 4C02 B; 4P8V A; 1Q6I A; 1X6L A; 1LL7 A; 2ESC A; 4LAY A; 3G6L A; 3UQA A; 1LJY A; 4AY1 A; 1PIN A; 4U85 A; 2XP8 A; 4DRI A; 2PV2 A; 4HAR A; 4P8U A; 4DRM A; 3WKZ A; 5J6E A; 1XHG A; 1M5Y A; 3KZ7 A; 1YAT A; 1NH6 A; 2MPH A; 3WD4 A; 1GRJ A; 1JVW A; 1LL4 A; 2FAP A; 4UDM A; 3RM8 A; 2M2A A; 1HKM A; 3NTP A; 1BL4 A; 1P5Q A; 3AS0 A; 4MNL A; 1ZL1 A; 4HBE A; 2MLY A; 3GPK A; 2N87 A; 2DG3 A; 3TCZ A; 3WH0 A; 2OFN A; 3UF8 A; 2XPA A; 3EIP A; 3O5L A; 4Z2I A; 4L72 B; 3ARY A; 2G8Z A; 4IPX A; 2LPV A; 2L2S A; 4JFK A; 3O5O A; 1J4H A; 1PBK A; 1OWQ A; 2O92 A; 1HJX A; 1BKF A; 5GQB A; 1EQ3 A; 4DIP A; 2A3B A; 4QZV B; 2ZR5 A; 1XRV A; 4DRO A; 2XP4 A; 3CGM A; 3KAF A; 3PRB A; 4TW6 A; 1FKJ A; 3WL1 A; 3ODK A; 5B8I C; 1EDQ A; 3O5J A; 1FKF A; 4W9O A; 4NZC A; 1FKI A; 1FKK A; 3FAP A; 1W1Y A; 1NWT A; 4DRH A; 1KT0 A; 1LG2 A; 3AQU A; 4TX0 A; 2YBU A; 4JFM A; 2WLZ A; 5HT1 A; 3ALG A; 1W9V A; 4W9P A; 1E44 A; 3ARQ A; 3PR9 A; 3ARX A; 5I98 A; 1HJW A; 2PBC A; 4ODQ A; 3ALF A; 5HWC A; 3WL0 A; 3RME A; 2O9O A; 2RUD A; 5HW6 A; 3WQW A; 3AS1 A; 1FKL A; 1JCH B; 1FKH A; 2YBT A; 3I6C A; 3RFW A; 4WKH A; 4TYO A; 1Q6H A; 1EYM A; 2B5U B; 1TFV A; 2EUL A; 1GOI A; 4DWS B; 2ZQS A; 1L1P A; 5HUA A; 4URI A; 4S3K A; 2IF4 A; 1E6Z A; 1JND A; 1HXV A; 3JYJ A; 4DRP A; 3CHC A; 4DZ3 A; 1LQ0 A; 4R0X A; 4NNR A; 4WKA A; 3NI6 A; 5HTG A; 1VF8 A; 5D75 A; 4XAK A; 2DG4 A; 2WLY A; 2F2D A; 2PPN A; 1JNS A; 1UR9 A; 3ARV A; 4Z2L A; 3PA7 A; 1ZU8 A; 4DRJ A; 4DH0 A; 2AWG A; 2DSU A; 2PI6 A; 1W9U A; 3O5Q A; 2KE0 A; 1ZB5 A; 4ZPV R; 2FDM A; 3NRK A; 2B31 A; 3ARR A; 3O5F A; 4MSP A; 4NSB A; 2DG9 A; 1B6C A; 1D7J A; 1H0I A; 1E9L A; 1FKB A; 1W1P A; 5JH8 A; 4U86 A; 2MLZ A; 3KAH A; 1E15 A; 3CH9 A; 1J6Y A; 2KR7 A; 4IQC A; 1IX5 A; 2UZ5 A; 3AS2 A; 3W4R A; 2DSZ A; 4Q7N A; 1NSG A; 1GPF A; 2QF8 A; 2ITK A; 2PPO A; 4G2P A; 2MNT A; 1T11 A; 4DZ2 A; 4P8X A; 2D9F A; 1ITX A; 2KO7 A; 5DEZ A; 1NWS A; 3CHE A; 2DPE A; 3KAG A; 1E6P A; 3G6M A; 1SYT A; 2PPP A; 4MNM A; 1FKS A; 2ZQU A; 2LKN A; 3ARS A; 2A3A A; 3WD1 A; 2DSW A; 4DWS A; 4DWS C; 1ZK6 A; 2ETN A; 4W5U A; 1F40 A; 3UQB A; 4PTM A; 3ARU A; 1YW5 A; 2XPB A; 4KR0 B; 5DIU A; 1W1T A; 2A3C A; 1NWU A; 3WD0 A; 4Q22 A; 1D2K A; 4Z2K A; 3TDB A; 2G41 A; 1FKR A; 3ARW A; 4GGQ A; 3ARZ A; 2ZR6 A; 1WAW A; 1JNE A; 2VCD A; 3RM9 A; 2MF9 A; 2DT2 A; 1WNO A; 5HKG A; 2RUR A; 4J4O A; 4Z2J A; 2XP6 A; 2DT3 A; 2PV1 A; 2MLX A; 1KFW A; 1E6N A; 2AOS A; 2LGO A; 4ZS6 A; 3ARP A; 3MDY B; 2LJ4 A; 1R9H A; 3PRA A; 1ZBV A; 1FFQ A; 4MTV A; 1A7X A; 3PRD A; 3UI5 A; 4TW7 A; 2PN0 A; 5BXJ A; 4Z2H A; 1ZBW A; 5HW8 A; 4QT2 A; 4ODN A; 1LL6 A; 3KAD A; 1EHN A; 1FFR A; 3IKD A; 1F8A B; 1FKG A; 2WK2 A; 4LAW A; 2RSE A; 4U84 A; 5DO2 A; 3CGN A; 1W26 A; 3O5K A; 3UI6 A; 1GUV A; 2KFW A; 4ZPT R; 2FKE A; 1OGG A; 1ZCN A; 4KQZ A; 5HWB A; 3B9D A; 1HKK A; 4TW8 A; 4O2T A; 3RM4 A; 4MGV A; 1D6O A; 2DSV A; 2OLH A; 4IT6 A; 3H9R B; 3BMB A; 4MNJ A; 3KAB A; 2F21 A; 1Q6U A; 2VN1 A; 3RGC A; 5DIV A; 3WD3 A; 3B9E A; 5HBF A; 3UQI A; 3CHF A; 4MAV A; 4G50 A; 1JNT A; 4N19 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4ZPW R; 2DT1 A; 3TC5 A; 1N1A A; 1Q1C A; 1ROT A; 2IUZ A; 4WIW A; 4ODL A; 3ARO A; 3BXW A; 1HKJ A; 3CHD A; 3CZ8 A; 2WM0 A; 1W1V A; 3KCE A; 2M1I A; 1C9H A; 4LGX A; 3FXY A; 4LAX A; 4S3J A; 2Y78 A; 2ZQV A; 3O5I A; 2A3E A; 3IHZ A; 3O5R A; 1QZ2 A; 1J4I A; 1Y0O A; 3EY6 A; 2ZQT A; 1FJD A; 2PV3 A; 1OGB A; 3IKG A; 4ODO A; 4W9Q A; 3WD2 A; 3WQV A; 1W9P A; 1TCO C; 1D7H A; 3B8S A; 5DF0 A; 1NMV A; 1X6N A; 2KI3 A; 4JFJ A; 2JZV A; 2M08 A; 2XP3 A; 3O5M A; 2ZR4 A; 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