The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
33
|
| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFB O; 4B3M O; 3SDL A; 1XNQ O; 2UUC O; 5LMN O; 1NS1 A; 4LFC O; 1IBL O; 2HHH O; 2UUB O; 4NXN O; 4DV5 O; 1YZB A; 4GKK O; 2UXC O; 5A2Q N; 2FKX A; 4OPH A; 1HNX O; 1D2D A; 3J81 N; 5BR8 O; 1N33 O; 1IBK O; 1N36 O; 4DR3 O; 4DUZ O; 5LL6 Y; 1DK1 A; 4LFA O; 2ZM6 O; 4LF8 O; 4DV1 O; 1R6T A; 1IBM O; 4NXM O; 3F5T A; 4LF7 O; 4X64 O; 1HR0 O; 4LF4 O; 1XNR O; 2UUA O; 4JI2 O; 2UXD O; 1J5E O; 1XEQ A; 4JI3 O; 1HNZ O; 3J80 N; 1AB3 A; 2UXB O; 4DUY O; 4YHH O; 1FKA O; 1XMO O; 4JI4 O; 2Z0A A; 1N34 O; 4LF6 O; 5FLX N; 4DR5 O; 3J7A U; 4GKJ O; 1KUQ A; 4X66 O; 4B3S O; 4X65 O; 4DV3 O; 2JRI A; 5IWA O; 2LW7 A; 1FYJ A; 4X62 O; 3RT3 C; 2VQF O; 2DJV A; 4JI8 O; 4B3R O; 4KHP O; 5BY1 A; 4LF9 O; 3OTO O; 3T1Y O; 1XMQ O; 1X59 A; 2ZKO A; 4DV0 O; 4DV2 O; 1HNW O; 4K0K O; 4A5U B; 5BXZ A; 1R1B A; 2E5L O; 1N32 O; 4AQY O; 3T1H O; 4DV6 O; 4DR1 O; 2DOS A; 3JAM N; 4DR4 O; 4OPA A; 1G1X B; 4B3T O; 4YY3 O; 4JI5 O; 4DR7 O; 4JI6 O; 4JV5 O; 3M8A A; 3R66 A; 5LMU O; 1FJG O; 1A32 A; 2AGA A; 1I94 O; 5H5N A; 4JI7 O; 2UU9 O; 4JI1 O; 1F7Y A; 4DV4 O; 4JYA O; 2N74 A; 4JI0 O; 3O65 A; 2F4V O; 5IT9 N; 4LF5 O; 1AIL A; 4DR6 O; 4DV7 O; 2VQE O; 4OX9 O; 4DR2 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4B3M O; 2HKO A; 2W0F C; 1AR4 A; 2LFS A; 2Y69 B; 4DRX A; 4KUM A; 1EM1 A; 4Z1M G; 4DV5 B; 4GKK B; 3B77 A; 4JTD B; 2W0X A; 4U3J A; 1E1Q G; 3FB7 C; 4OPH A; 2JK5 C; 2ZE7 A; 1M90 W; 1S5L Z; 1AI7 A; 2QWN B; 4CZZ A; 1NBM G; 4PHZ A; 1IBK O; 3L73 H; 4J7J A; 1IBM O; 2N04 A; 2PYJ A; 3SJQ C; 3EFF K; 1WP8 A; 2DQ3 A; 4LP8 A; 4YJ3 A; 1WB7 A; 4O4L A; 4B7K A; 1GRJ A; 4AIL C; 3FKS G; 2OCC B; 4YJ3 B; 4X65 B; 1QHT A; 1YCI A; 5CA1 A; 1LNQ A; 3OFN G; 3E83 A; 1DF4 A; 2FTK A; 4X62 B; 1K34 A; 2JRI A; 1Q81 W; 4JI2 B; 5CA1 B; 1IXM A; 4O2A A; 1DLB A; 1HNW B; 3ABU A; 2R70 A; 4O2A B; 3DC5 A; 4CS2 A; 5CBF A; 4DW0 A; 1NU1 H; 4DR1 B; 5FL7 G; 3LNN A; 2KB1 A; 5H6R A; 2Q4P A; 3CMA V; 2X6B A; 1B3Q A; 2WPD G; 3MHH C; 3R66 A; 4O2B A; 3QO5 A; 2V4D A; 4JI1 O; 4O2B B; 4DK0 A; 4WFG A; 2ODM A; 2Q68 A; 4BAY A; 1TUE B; 2XAH A; 2QEX V; 3P30 A; 2Q0O C; 4R8C A; 1UJW B; 4IHJ B; 3HKC A; 1VQ5 V; 1YSC A; 3ZMS A; 2YID A; 2A06 H; 2VRZ A; 1PP9 H; 3HKC B; 4FFB A; 1TVK A; 3NR7 A; 1N0J A; 4PDL A; 2Q7H A; 4RUF A; 2WLM A; 4FFB B; 4UCR A; 5CBG A; 1F4M A; 1N33 O; 1TVK B; 2EX3 A; 3UM7 A; 2Q9L A; 3PJS K; 4DUZ O; 1YXB A; 5TIS Z; 1FD9 A; 4FM2 A; 2H94 A; 4WFF A; 4FIP C; 2HHH B; 4LF8 O; 2IJI A; 1XNR B; 2AZ2 A; 2BSK B; 1EBO A; 2P6J A; 4X64 O; 4MTF A; 1YTF D; 5LHG A; 2ZDI C; 4U7N A; 4DUY B; 1BL8 A; 3TK1 A; 1L0N H; 4RO2 A; 4TV9 A; 1D5N A; 1Q90 D; 4BW5 A; 4JI4 O; 2Z0A A; 3CME V; 5EZY A; 4X20 A; 2XOK G; 5H9C A; 4X66 O; 4MW3 A; 3EXA A; 1WAZ A; 4TV9 B; 3CCU V; 3K5M A; 1P7B A; 5LBQ A; 3AG3 C; 5EZY B; 4X20 B; 4U7O A; 4TT3 G; 4CS3 A; 5IWA O; 1AP6 A; 2EZO A; 1K5Q A; 4PDM A; 5JVD A; 4PDR A; 4QE7 A; 1S0V A; 1VQN V; 4WFH A; 1JCH A; 4P9O A; 5B1B C; 5JVD B; 3CB2 A; 1RSO B; 3CP1 A; 1RFY A; 4QJF B; 4W4K A; 2IH3 C; 2P4K A; 2V1D A; 3T4D A; 1SER A; 1TUB A; 4JI5 O; 1I5X A; 1ENV A; 1R3K C; 3EVK A; 5LMU O; 5LGT A; 1HWY A; 2GDS A; 1SES A; 2P5O A; 1GN3 A; 1OCO B; 3APQ A; 3ZMV A; 4XDJ A; 1Y6X A; 3A8T A; 2P90 A; 3JAL A; 4J9Y B; 2VQE O; 4DR2 O; 1NVP B; 4C7U A; 1XNQ O; 5H6Q A; 4MVM A; 4FLX A; 4X88 A; 4K35 A; 2WA3 A; 1N36 B; 2CTQ A; 4O4H B; 2QA4 V; 4MW8 A; 3SYO A; 3WG7 C; 3FB8 C; 4FMT A; 4UVA A; 1BT8 A; 1MAB G; 5D5P A; 2UXD B; 2Q73 A; 5EC1 C; 1AI5 A; 1QU7 A; 2YSU B; 1PM9 A; 5J2T A; 1K7D A; 1XMO B; 1PV0 A; 3D36 A; 1SA0 A; 5CA0 A; 3SYC A; 1NTK H; 4BWA A; 3OM3 B; 5J2T B; 2F23 A; 1LUW A; 3MDS A; 4JZ2 A; 5CA0 B; 3ZN1 A; 3KCY A; 1THZ A; 5C93 A; 2VQF B; 1SKV A; 4X1Y A; 3RWR D; 1EN6 A; 2DJV A; 3ETD A; 4DV0 B; 1W2B U; 4HAM A; 3UO2 A; 4D7T A; 4R7C A; 5B1B B; 3BCC H; 3ZRX A; 2E5L B; 4LNU A; 2LW1 A; 2RJZ A; 1K4C C; 4G28 B; 3AG4 B; 3CRA A; 3U10 A; 1AJP A; 1YJ9 V; 3CCL V; 3QO7 A; 3T1H O; 3OTF A; 1TGO A; 3T1C A; 2RQ6 A; 3RVY A; 4GCZ A; 4OPA A; 4JV5 O; 1JVM A; 1U97 A; 3A0B Z; 3ZRW B; 3VQW A; 4JI0 B; 5KHJ A; 3KG2 A; 5IYD O; 2N74 A; 4H13 B; 5JQG A; 4R6Z A; 2F4V O; 4N21 A; 4EFB A; 1O9G A; 1WP7 A; 1MZF A; 3RYH B; 3CEI A; 4GT1 A; 5LMN B; 2BE3 A; 3OW2 U; 4X1K A; 4UVB A; 1NS1 A; 2HG5 C; 5B1N A; 5K1P A; 1S3J A; 4X1K B; 1SET A; 1NI8 A; 4DW1 A; 4DV5 O; 4GKK O; 2UXX A; 2EUL A; 3DGE A; 3JD3 A; 4JGS A; 1IVS A; 4F4L A; 3BPZ A; 2OYQ A; 4NXM B; 1BSM A; 5LGU A; 2UUA B; 3OUS A; 1I5Y A; 2CTR A; 4JTC B; 3B09 A; 5EIB D; 3AG1 B; 1PD3 A; 2YUA A; 5A9G A; 4I7Z B; 5GW7 A; 3X2Q B; 1P7G A; 1DGS A; 4B7E A; 3OMN B; 3N2G B; 1H2N A; 2R9R B; 2ZR2 A; 2WLH A; 4X65 O; 1VQO V; 4PA6 A; 5C8Y A; 1K8A W; 4J10 A; 1PNM A; 1ZL8 B; 4CBC A; 1Y74 A; 3W7S A; 4KHP B; 1BMF G; 3K5N A; 4X62 O; 4CH5 A; 3HKB A; 3E22 B; 1Y74 B; 3JD0 A; 3ABM C; 1QVF U; 4FLU A; 4GYC B; 4PD4 F; 1HNW O; 2MW2 B; 4UCT A; 3ABT A; 1JFF A; 4QE9 A; 3RFR A; 3TET A; 4WFA V; 4DR1 O; 1VQ4 V; 4DR4 O; 2QTO A; 3G80 A; 2KG7 A; 1VQ7 V; 1KP2 A; 3ZHU A; 4Q20 A; 2RDC A; 2HEP A; 4DV4 O; 2PZS A; 3I5D A; 3DXR B; 1NT2 B; 1AP5 A; 2KG7 B; 1SQB H; 3ETG A; 1KBH A; 2E75 B; 1BHB A; 2QSA A; 1S76 D; 4DV7 B; 2PI4 A; 4GX5 A; 5LGN A; 1LUV A; 1Y76 A; 4O4I A; 3UCS C; 1QCE A; 1CXZ B; 4DR6 O; 5LA6 A; 4I50 A; 3ASN C; 5LMU B; 4CC5 A; 2D3O W; 1Y76 B; 1R3J C; 3E8H A; 5LA6 B; 1PNL A; 5LXT A; 3H1J H; 4I50 B; 3OT7 A; 1V55 B; 4NYK A; 2UXN A; 4J11 A; 3FB5 C; 1WPX A; 2B1G A; 5LXT B; 1RP3 B; 5JH7 A; 5CB4 A; 1D2D A; 3J81 N; 4DR3 B; 5L3E A; 2CTW A; 5JH7 B; 3CRM A; 2ZM6 B; 3ABL C; 1SQX H; 3FX7 A; 3PN1 A; 5GTH Z; 3JYC A; 2QM4 A; 2F66 C; 1RM1 C; 2Y0I A; 2EIJ C; 3F5T A; 2BTO A; 3IC7 A; 4ICG A; 4TUY A; 1XNR O; 2Q67 A; 5FNV A; 3BEH A; 1W59 A; 5JCO A; 3LSU A; 1N34 B; 4DUY O; 1O9H A; 4DR5 B; 1YVW A; 4NTY A; 3HR0 A; 4D6T H; 3RYI B; 2Q69 A; 1JJO A; 1ZX3 A; 4F6R A; 3FB6 C; 2CH7 A; 2LO1 A; 3E8B A; 3LDC A; 3RBZ A; 1ORQ C; 1SZX A; 1FXH A; 1WB8 A; 3P3P A; 5B1O A; 2CH7 B; 3CC2 V; 3B4S A; 2ZKO A; 3OGC C; 2D2C B; 1AR1 B; 1BS3 A; 3ABK B; 1AJN A; 4YY3 B; 4FFK A; 3CCQ V; 1SC5 B; 2XAJ A; 2UU9 B; 3JCZ A; 3NXS A; 1E1R G; 1US6 A; 3JAW A; 2ZE6 A; 1GAX A; 2CDY A; 2EIN C; 1VF6 A; 1XRE A; 3OMA B; 4RQE A; 1MA1 A; 5FPR A; 1KEC A; 3L71 H; 3ASN B; 4B3R O; 2LJ2 A; 1M57 B; 3E35 A; 3IGA C; 2ADQ B; 5IJ0 A; 1XOU A; 3ASO C; 2AW9 A; 1JPX A; 2X6A A; 3SYQ A; 1LR1 A; 2P22 C; 5LP6 A; 3CCM V; 4LC1 A; 5IJ0 B; 1Q5O A; 4CH6 A; 5LP6 B; 4JYB A; 3SPI A; 4RAI A; 4EEQ A; 1T5E A; 3CRC A; 3ABL B; 2YIB D; 3K5L A; 1N36 O; 1BCC H; 1N0N A; 2Q0A A; 1RM1 B; 2EIJ B; 4K8Z A; 1Q3E A; 4O4J B; 4RWU A; 1JOY A; 4LF4 O; 3U11 A; 2F93 B; 2QGN A; 2YIC A; 2UXD O; 3JAK B; 5KAF Z; 2A7W A; 5LHI A; 3K03 A; 3CCR V; 1XMO O; 1SS3 A; 2YC0 A; 2WSS G; 5AG2 A; 3D3Q A; 2QWR B; 2LGW A; 4JZG A; 1VF5 B; 2LW7 A; 3BAA A; 1FYJ A; 4LF9 B; 1AI6 A; 2VQF O; 1JX9 A; 3ICX A; 4FLY A; 1GN6 A; 2EIM B; 1X59 A; 4E2L A; 4DV0 O; 2PUS A; 4ZKI A; 2E5L O; 4ZI7 B; 2H3O A; 3ZJZ A; 4IL6 Z; 5IDJ A; 5HFL A; 1PPJ H; 1L0L H; 1BQZ A; 4UB6 Z; 1JQ0 A; 2VS0 A; 3W7U A; 1H2K A; 3H9V A; 5IYZ A; 4XDK A; 2VWK A; 4J41 A; 5LOV A; 1K73 W; 1YF2 A; 4JI0 O; 5IYZ B; 1PKX A; 1AIL A; 1FXK A; 2EIL C; 5LOV B; 4JAS A; 4DR4 B; 2IM9 A; 1NVP D; 1FXK B; 2OWO A; 4JYC A; 5LMN O; 2XT9 A; 1GM7 A; 2UUB O; 1K92 A; 4DV4 B; 2IW5 A; 2PTM A; 3AG2 C; 1R3I C; 3OMI B; 3CHX A; 4DR6 B; 1QNM A; 3VBB A; 4H0L B; 2ZXW C; 4H44 B; 3APO A; 1DTO A; 2L35 A; 4IGG A; 4IHJ A; 3L9D A; 1OCZ C; 1KP3 A; 2QWO B; 4HBN A; 2ZT9 B; 1Y67 A; 1AJQ A; 4NXM O; 4YIP A; 4EB6 A; 2UUA O; 4R50 A; 2JJ1 G; 3VQV A; 1M56 C; 2YIB A; 4EB6 B; 4IT5 A; 3M99 B; 1KB9 F; 2BSK A; 1V9P A; 1UFI A; 2W6I G; 2CGN A; 3CWB H; 3THO A; 1AR5 A; 2QJ1 A; 2PY5 A; 4KHP O; 5BY1 A; 3QTC A; 3A0R A; 1NR1 A; 2P67 A; 1G6U A; 4I0X B; 4UV8 A; 1B6Q A; 4IIJ A; 3BRC A; 4FLV A; 5JJE B; 4B3T B; 3K59 A; 3WB2 A; 3DSQ A; 4IIJ B; 1Y4M A; 3M8A A; 3JAR A; 3VQY A; 1NTZ H; 2H8P C; 3N2K B; 3RYF B; 3STZ C; 4JI7 O; 2EIK C; 1RSO A; 3JAR B; 1U96 A; 2EIL B; 5LYJ B; 4NKG B; 4YJ2 B; 1JA8 A; 4DV7 O; 4LFC B; 2YIA A; 5DN6 G; 1CEZ A; 1JMK C; 3SPH A; 3UQ8 A; 1KKD A; 2ZNJ A; 4LCU C; 2ILM A; 3AEI A; 3AG2 B; 1Z2G A; 2YXH A; 3BA8 A; 4J7K A; 3G6E V; 5CBH A; 4QPK A; 2QWP B; 2ZXW B; 4OXS A; 4B3R B; 1BZK A; 3W7T A; 3LSS A; 1YJN V; 4DR3 O; 1EZJ A; 1COW G; 4J9Z B; 1YI2 V; 1QLE C; 2ZM6 O; 1HR0 B; 2JEU A; 3L70 H; 3EHB B; 3T4Z A; 1J5E B; 1DF5 A; 5EBW C; 2M7W A; 1HNZ B; 3ML0 A; 1M56 B; 3SJA C; 1AB3 A; 3RYC A; 4ABM A; 4O4H A; 4LF6 B; 1OCR C; 1IXB A; 2CGO A; 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3R65 A; 3SYP A; 4B3S O; 1XHZ A; 4MTX A; 1BGY H; 4MTO A; 2IH1 C; 4UV9 A; 3ZHT A; 3ZHQ A; 3K79 A; 1XIL A; 1VMG A; 2DWE C; 2QR4 A; 2QKA A; 4LF9 O; 1KD1 W; 3N2G A; 3SR2 C; 1R1B A; 2QKS A; 1ZL8 A; 2BOB C; 5BMV A; 4AHC A; 2QM7 A; 3B8N A; 1EZV H; 5B1A C; 3E22 A; 2AHZ A; 3OUF A; 5BMV B; 5EBM C; 3E8G A; 4JYA B; 3CX5 F; 4XBF A; 2B1I A; 1K9M W; 1AVM A; 1P84 F; 1SQG A; 2PF4 E; 1NH2 B; 1KU9 A; 4U3F H; 2O57 A; 4LFB B; 5J9P C; 1GM8 A; 2UUC B; 3TCU A; 3AG7 A; 1GN4 A; 2DYS C; 3CCV V; 5FPO A; 2QM8 A; 1B04 A; 2WLL A; 2ZCE A; 2Y48 A; 4KFM A; 4JI7 B; 3DXR A; 1PL4 A; 3ZCC A; 4PA4 A; 3ETE A; 1URF A; 2WLL B; 1N4C A; 3ZRV A; 3LDE A; 4Z2W A; 3ZMU A; 3ZMT A; 4PJ0 Z; 5BR8 B; 3RVZ A; 1S5H C; 4PA7 A; 3OR7 C; 3MD0 A; 4ZIB A; 4AI8 A; 2EBO A; 2WLI B; 3Q4H B; 4J80 A; 3QVN A; 1XUQ A; 3JD1 A; 5GON A; 4JI3 B; 4WFE A; 1ZTE A; 2LFR A; 4H33 A; 5KAI Z; 2UXB B; 1E79 G; 1KKC A; 2WAM A; 3J80 N; 1KC8 W; 5GON B; 1K4D C; 5LHH A; 1OJH A; 1NR7 A; 3ETQ A; 1ZAU A; 5KA5 A; 4TWK A; 2XAF A; 5KHG A; 3JAT A; 2B5U A; 4DV3 O; 4WCE V; 1WA8 B; 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