The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
b'PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
33
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNW O; 4LF8 O; 4DV2 O; 3T1Y O; 2UUC O; 5LL6 Y; 4GKK O; 2UU9 O; 4GKJ O; 2UXC O; 1J5E O; 1R1B A; 5H5N A; 4DV0 O; 1IBM O; 4OPH A; 2JRI A; 4LF5 O; 1AB3 A; 4JI4 O; 5BR8 O; 1N32 O; 5FLX N; 4NXM O; 4NXN O; 3O65 A; 4JYA O; 4DV1 O; 4DUY O; 4AQY O; 1IBL O; 2AGA A; 5IT9 N; 4JI2 O; 2VQE O; 4A5U B; 4B3M O; 1N33 O; 4DR3 O; 3M8A A; 4DV6 O; 4LFA O; 1N34 O; 4JI1 O; 1N36 O; 1F7Y A; 4DR1 O; 1D2D A; 4LFC O; 4YY3 O; 4DR6 O; 3RT3 C; 4KHP O; 1X59 A; 1KUQ A; 1AIL A; 1XNR O; 4JV5 O; 4YHH O; 4OPA A; 1FYJ A; 4DV5 O; 3J80 N; 4DR5 O; 2ZM6 O; 4X62 O; 2ZKO A; 3JAM N; 4JI3 O; 2FKX A; 2DOS A; 1FKA O; 4JI0 O; 2UUA O; 4LF7 O; 4B3R O; 1XMO O; 4OX9 O; 1G1X B; 1R6T A; 2LW7 A; 3R66 A; 2E5L O; 5IWA O; 5LMU O; 4X66 O; 1HNX O; 4JI7 O; 1A32 A; 4DV4 O; 2N74 A; 4DR7 O; 5A2Q N; 5BXZ A; 4DV3 O; 2UXD O; 2VQF O; 2Z0A A; 3F5T A; 4JI6 O; 2DJV A; 3SDL A; 4DR2 O; 2UXB O; 4B3S O; 1HR0 O; 3J7A U; 4X64 O; 5BY1 A; 1IBK O; 2UUB O; 1XEQ A; 4LF6 O; 4DR4 O; 5LMN O; 1HNZ O; 4LFB O; 3OTO O; 3J81 N; 4LF4 O; 1XNQ O; 4X65 O; 1YZB A; 4DUZ O; 1NS1 A; 1I94 O; 1XMQ O; 1DK1 A; 4B3T O; 4DV7 O; 4LF9 O; 3T1H O; 2F4V O; 2HHH O; 4JI5 O; 1FJG O; 4K0K O; 4JI8 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LHI A; 3CME V; 3K0G A; 1OCR C; 4DV2 O; 2X6A A; 4FLU A; 2K1E A; 3N2G B; 5L3E A; 1BQZ A; 3B77 A; 4B3R B; 1KP3 A; 1FXK A; 2RN9 A; 3JAT A; 1NU1 H; 4JPR A; 1PKX A; 3CRC A; 5C93 A; 5H2F Z; 2E3C A; 4LH6 A; 4DR7 B; 4QE9 A; 3DGE A; 4WFH A; 3STZ C; 3E22 B; 3M8A A; 1Q7Y W; 5JQG B; 3JD2 A; 1K9M W; 3HB3 B; 3VQW A; 2AW9 A; 1SZX A; 4O4H A; 4BIU A; 4IIJ A; 1NT2 B; 2E76 B; 1XNQ B; 4K35 A; 1NH2 B; 3S3X A; 1SQX H; 1Y67 A; 1KU9 A; 3GVM A; 1BCC H; 4I5S A; 1WJZ A; 4J7K A; 2R9R B; 2XTA A; 1YTF B; 4X1Y A; 2DMX A; 1Q86 W; 3CCU V; 1QVF U; 1VQ4 V; 1OCO B; 1RM1 B; 2ZXW C; 4PDL A; 2W6J G; 1E79 G; 4O2B B; 4YJ2 B; 2DYR C; 1XHZ A; 3ABT A; 2Z5U A; 2R72 A; 1M5I A; 1ZL8 B; 3ZMU A; 3K3W A; 2VRZ A; 2IH3 C; 2RNB A; 4X64 O; 3QF7 A; 2EIL B; 3BPZ A; 3WB2 A; 4MVM A; 1PNK A; 1H2K A; 3RYF A; 2QEX V; 1B06 A; 4DR1 B; 4J9Y B; 3FAV B; 3AK1 A; 4YY3 B; 3SJQ C; 4KHP B; 1GH6 A; 2RCV A; 1NH2 D; 3KCX A; 3M99 B; 5FNV B; 4FLT A; 3JAK A; 1YTF D; 4LF8 O; 4JI0 B; 2UUC O; 4NKG B; 5CA0 B; 2EIM C; 3KCY A; 2JGD B; 3RYH A; 1OZ0 A; 3AG1 B; 1SRY A; 2CH7 A; 1JQ0 A; 3WU2 Z; 1SA0 B; 1QLE B; 5LHH A; 5EK0 A; 5LBQ A; 3L74 H; 4MTG A; 3ZRX A; 4NXM O; 2HEP A; 1LUV A; 3CCV V; 3HKC B; 3O9O A; 2P5O A; 3BVO A; 3G67 A; 2YXH A; 3G80 A; 4X1I B; 5IT9 N; 4JI2 O; 1LNQ A; 2RDC A; 2EUL A; 3Q4H A; 1VF5 B; 3TGU H; 3SYC A; 2A79 B; 2Q7G A; 2KSD A; 2PTM A; 5EYP A; 1FS0 G; 3SPH A; 1D2D A; 3WB1 A; 4LFC O; 2IBZ H; 1IBK B; 5LGN A; 5D5Q A; 3CCE V; 1G6U A; 5A9G A; 1SQF A; 3I56 V; 3OMI B; 4H0L B; 2EJ7 A; 3D3I A; 4PI2 A; 1NVP B; 2YIB A; 3OEE G; 4EEQ A; 5H6R A; 3C3T A; 2Q7E A; 2AHY A; 4NTX A; 1GK9 A; 4OX9 O; 3E8F A; 3ZS8 C; 1YI2 V; 2AXT Z; 1NR1 A; 2CTQ A; 1HW7 A; 1JOY A; 3AG2 C; 2HKO A; 3T4D A; 3JD0 A; 2OIG A; 3E89 A; 2C2A A; 2HJF C; 1V54 C; 1VQ7 V; 2EBO A; 1KB9 F; 3T2M A; 4FVM A; 2UXD O; 1EN5 A; 3DXR B; 4LNU B; 2OCH A; 1VP7 A; 3OD4 A; 2QKA A; 1Q6U A; 3ABU A; 1YJW V; 3QO5 A; 1JX9 A; 4R50 A; 4U3J B; 4JI1 B; 2EIN C; 4MVU A; 4O4J B; 2A9H A; 1NVP D; 1XNR B; 1GTO A; 4JV5 B; 2AHZ A; 3CEI A; 1DK1 A; 3K04 A; 1GN2 A; 1IXM A; 2F4V O; 3K5L A; 3BAB A; 1ARO P; 2QTO A; 2OCC B; 3OM3 B; 1NJI W; 4EB6 B; 2JS3 A; 1AJP A; 3PN1 A; 5JJN B; 3OUS A; 2F1M A; 2IJI A; 1J5E O; 5LA6 A; 3LNN A; 3OMA B; 4JZG A; 4DO2 A; 2UXX A; 4BR6 A; 4FFK A; 1JMK C; 1KKD A; 1Q90 D; 4NVP A; 4A5U B; 4DR3 O; 1PV0 A; 1YEW A; 1VF7 A; 3C3S A; 1T5E A; 2JVD A; 1HR0 B; 1N36 O; 2PYJ A; 3CJH B; 3BA9 A; 4XDK A; 4CC6 A; 2QKC A; 3K9A A; 2JIZ G; 1F23 A; 2ZIM A; 3QNE A; 4QGP A; 3X2Q C; 4DR5 O; 1WPB A; 1KQS U; 1BL8 A; 1TVK A; 1GKF A; 4WFF A; 3S3W A; 4LF7 O; 2ZE7 A; 3EXA A; 3EFF K; 5EC2 C; 5LGT A; 1G1X B; 2ZIN A; 1JPX A; 2WLL A; 3FFQ A; 2WLJ A; 1N0J A; 3EVK A; 3ZED A; 2PZS A; 4ZOL A; 5LOV A; 3SR2 C; 3CRA A; 1NR7 A; 2LW1 A; 2QWR B; 1KEC A; 4LWS A; 2FYU H; 4JAU A; 3SDL A; 5KAF Z; 3CS5 A; 5L3G A; 4LF6 O; 2GTA A; 4JAV A; 4ZKI A; 1NS1 A; 2OTJ V; 1XMQ O; 2CTP A; 4PDM A; 4U7N A; 4U3F H; 3RBZ A; 2Y0I A; 2B5U A; 4F6R A; 4JI8 O; 2HLD G; 4RUE A; 5B66 Z; 4X20 A; 5LP6 B; 1Q5O A; 5KMG A; 4KP4 A; 1S77 D; 5LXT A; 1XMO B; 4ASU G; 3TET A; 4GKJ O; 1ZX3 A; 2UXC O; 4DV0 O; 2DYS B; 4PA3 A; 2KQX A; 2QM4 A; 2Q7H A; 3KZI Z; 4J7Z A; 3QG5 A; 5J2U A; 4UUJ C; 5IYZ B; 2DWE C; 4AQY O; 1XMQ B; 4PDR A; 3FYE B; 2YC0 A; 4G27 B; 3VQV A; 2XAF A; 2JEU A; 3CCS V; 4X8A A; 2QJ1 A; 1XL4 A; 3N2G A; 2W0X A; 4YXW G; 4GKJ B; 3K5M A; 3A2F A; 4RUF A; 2Q5Z A; 4J41 A; 5LMN B; 2R9I A; 3OTO B; 3CXH F; 3ZHV A; 4X62 O; 1UFI A; 3UM7 A; 4X89 A; 4LF9 B; 4NYK A; 2FTK A; 2A06 H; 4YIO A; 3LDC A; 1VQN V; 1FXK C; 3ZBH A; 2HVK C; 4ICG A; 1B3Q A; 5DEC A; 3E22 A; 1P7B A; 3FX7 A; 3ZJZ A; 2UU9 B; 1U96 A; 5JQG A; 2KG7 B; 5JJJ B; 3IGA C; 1Y66 A; 3THO A; 4D7T A; 1LR1 A; 2N74 A; 4JGS A; 4PA4 A; 2VQF O; 2YXL A; 1Q8I A; 3F5T A; 1PNL A; 5CBH A; 3T4Z A; 3RW0 A; 3CC7 V; 3JYC A; 2Z3Y A; 1ENV A; 1XEQ A; 4LR3 A; 3E35 A; 2XUM A; 2XHB A; 1ZTE A; 5B5E Z; 1P7G A; 3K06 A; 3T1H O; 4O2B A; 4YJ2 A; 4K0K O; 1NI8 A; 1ZL8 A; 1WP8 A; 2IU3 A; 3W7U A; 2QWN B; 1HNX B; 2ZT9 B; 3FAV A; 4DUY O; 3U10 A; 1V55 C; 4QJF B; 1RSO B; 5FNV A; 5FL7 G; 4AIL C; 4FMT A; 1YIT V; 3K0D A; 4UV8 A; 2ZR2 A; 2EIK B; 2WA3 A; 2LGQ A; 5CA0 A; 2Y69 C; 5GTI Z; 2JGD A; 1BSM A; 3RT3 C; 1WN7 A; 1SA0 A; 1K3E A; 3QO8 A; 4KUM A; 1FYJ A; 4DV5 O; 1MZE A; 4DUY B; 3OTF A; 1EN4 A; 4C7U A; 4TV9 B; 2Q6A A; 1FJG B; 2WSS G; 4X1I A; 4I4T B; 2L35 A; 1K92 A; 1AI7 A; 2YID A; 4DK0 A; 4Z2W A; 3CCR V; 4B7K A; 2W6I G; 1VQL V; 3KKY A; 5IWA O; 3A0R A; 2RMK B; 1ZAU A; 3P3P A; 4LCU C; 5HFM A; 3LSU A; 1MSD A; 4PV1 B; 3KG2 A; 1NTZ H; 2OWO A; 2DN9 A; 2ZE5 A; 1AVM A; 2QSA A; 4DV1 B; 2WLM A; 2B9Z A; 2G38 A; 1OCZ B; 4K3A A; 5B1A B; 3K03 A; 3VQX A; 2KB1 A; 2UXB O; 1J95 A; 5E79 Z; 4YJ3 B; 1PPJ H; 3AG7 A; 5CMU A; 4DR6 B; 4X65 O; 5B1N A; 1RFY A; 4WFE A; 3DXR A; 4LNU A; 4O4L B; 2Q9L A; 2UXB B; 2WLN A; 2PGG A; 4TQD A; 5J9P C; 4LP8 A; 3W7S A; 1OV9 A; 4U3J A; 4UCU A; 4NXN O; 4O4J A; 3LUT B; 4X66 B; 3CP1 A; 1R3K C; 1CP9 A; 1S72 V; 2LQT A; 4FK5 C; 2XAJ A; 4PDV A; 3AG3 C; 3EHB B; 3L70 H; 1MSW D; 4UB8 Z; 3ASN C; 4EB6 A; 2PYL A; 4DV6 O; 4LFA O; 3BY6 A; 3OEH G; 4I55 B; 5IDJ A; 3TJT A; 4LF4 B; 2ZM6 O; 2ZNJ A; 2WLH A; 1I94 B; 4UV9 A; 3ZHR A; 5ITZ B; 4TV8 B; 2OTL V; 1HDJ A; 1HP8 A; 1MMM A; 4Q20 A; 4DV2 B; 1R3L C; 4GYC B; 2GHY A; 4DXW A; 4CH3 A; 3G6E V; 3H1I H; 2N05 A; 2JGU A; 4O4I B; 5LMU O; 1H2L A; 2LFR A; 3CJH A; 4Z1V A; 5KA6 A; 1HWY A; 1Z5W A; 3CB2 A; 3BFR A; 2HP8 A; 3RN4 A; 4CS4 A; 4DR2 O; 1YVW A; 3A0B Z; 3J7A U; 2B1I A; 4PI0 A; 1MAB G; 4I9W A; 3JAR B; 1XQ8 A; 5KA5 A; 4WF9 V; 3VOU A; 1XDC A; 1I08 A; 4MTO A; 1PNM A; 4GZR B; 3RGB A; 5E1A C; 2ZE6 A; 1WNS A; 2N04 A; 5JH7 B; 3E83 A; 1MOF A; 2Q67 A; 3ASO C; 3JD1 A; 4GKK O; 1M56 B; 2HR3 A; 1CEZ A; 3C90 A; 1IBM O; 1URF A; 3ICX A; 2XOK G; 5BR8 O; 4FZ1 A; 3JCZ A; 5IY5 B; 5JJE B; 3O65 A; 3K5N A; 4IT5 A; 1R3J C; 3WG7 B; 1IBL O; 2GBO A; 2XAS A; 3CC4 V; 4B3M O; 2XT9 A; 3FB5 C; 1H38 A; 1N4C A; 2ZDI A; 1SES A; 5LP6 A; 4PEL A; 1GO3 F; 3N2K B; 3ABM B; 4KL1 A; 5KAI Z; 4X64 B; 1H2N A; 3P3N A; 2YDE A; 3OE7 G; 3ETG A; 1H8E G; 4G2K A; 1JA8 A; 1JCH A; 2HVJ C; 5IJ9 B; 1M57 C; 4JTD B; 1WPX A; 4J9Z B; 4JI3 O; 1GM8 A; 3IAY A; 1IBL B; 3LSS A; 4HNA B; 4JAA A; 5IYZ A; 3CCM V; 3B4S A; 1YHQ V; 1K4D C; 2CAZ C; 1GAX A; 5AG2 A; 4LF8 B; 2ATK C; 4FM0 A; 3AG4 C; 2UUC B; 1ZWI C; 2NNU A; 2LFS A; 4IL6 Z; 3R66 A; 3HKD B; 3OGI B; 2YS8 A; 3DC6 A; 4P2Z A; 4PHZ A; 2DQ0 A; 3ABL B; 5B1O A; 1K34 A; 4NXM B; 2Q0O C; 5BXZ A; 2K9P A; 1VQO V; 3SYP A; 4JI2 B; 3CRM A; 5EIB D; 1QR8 A; 5HFL A; 2DE0 X; 1FAF A; 4U7O A; 4B3S O; 1ZLZ A; 5KX5 B; 2ZCE A; 5KHI A; 3QO7 A; 4FLX A; 4LFC B; 4JZ2 A; 2KG7 A; 3ZN1 A; 3A0H Z; 2AZ0 A; 4DUZ O; 3ABK B; 2HHH O; 3APQ A; 5B1B B; 5KHG A; 4OX9 B; 4B3S B; 1PM9 A; 1BT8 A; 4ZHQ B; 1QLN A; 1R1B A; 2PI5 A; 4MTF A; 2JRI A; 3D36 A; 1FFT B; 4UCO A; 2BTQ B; 5KLV H; 1WA8 B; 3UO2 A; 4I9Q A; 3LDE A; 5KHJ A; 2BSK B; 3ZRS A; 3ETE A; 2UXD B; 1FPO A; 2D2C B; 1Y6X A; 5JWP A; 3HKB B; 1RP3 B; 4L8J A; 2ITC C; 1S3J A; 5LYJ B; 1OCO C; 1DTO A; 5EBW C; 1RM1 C; 4YHH O; 4O2A B; 2X0L A; 4GT1 A; 4MTX A; 4GX5 A; 2WLI B; 5EBL C; 2XAQ A; 4CH4 A; 2F4V B; 4J11 A; 4IHJ B; 1SET A; 1SQG A; 1RSO A; 4FLZ A; 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4F6E A; 4I55 A; 4DV3 O; 1XRE A; 2Z0A A; 4AQY B; 3MHH C; 5EYP B; 2OCC C; 3FB6 C; 5D5P A; 3CXC U; 1WB8 A; 1K5S A; 5ITZ A; 1I5X A; 4TV8 A; 2Q0A A; 3E8B A; 4MW8 A; 1H2S B; 4I0X B; 5CBF A; 1XI1 A; 4JYB A; 3TXQ A; 2M6Y A; 3SPC A; 4LFB O; 3HPL C; 1OCC B; 3J81 N; 3AK2 A; 3F7Y C; 1RPR A; 3BA8 A; 4O4I A; 3RYI B; 3BAA A; 4X62 B; 4DV7 O; 4DV3 B; 3N27 A; 1EZV H; 2OYQ A; 3R65 A; 4H37 A; 2ITD C; 2QR4 A; 1S76 D; 1KC8 W; 5B3S B; 2F95 B; 1TGO A; 5H5N A; 2CGN A; 1SQV H; 1P84 F; 4KXR A; 3JAR A; 2B1G A; 4LFB B; 1DF4 A; 2BOC C; 1EN6 A; 1B04 A; 2VQF B; 3RFR A; 1OCR B; 2V7Q G; 4J7J A; 5JH7 A; 1TUE B; 3E86 A; 1N34 O; 3RVY A; 3SJB C; 1L8D A; 1VMG A; 3H01 A; 3WB0 A; 5JCO A; 1S0V A; 3OFN G; 4WCE V; 2YIC A; 1Y4M A; 1THZ A; 3G6B A; 4FPP A; 2GDS A; 3SYA A; 1JJO A; 1BS3 A; 3T1H B; 1BZK A; 4FM1 A; 1GM9 A; 2QWQ B; 4K0K B; 2QE7 G; 4NTY A; 2A0L A; 2Y48 A; 2GTS A; 1EZJ A; 1VQ6 V; 3U11 A; 4MVO A; 5IJ9 A; 4J42 A; 4MVZ A; 2QGN A; 3MAQ A; 3HKC A; 4GCZ A; 3GB7 C; 2DJV A; 2ZDI C; 4R8C A; 4HNA A; 5LP6 C; 3D8C A; 4RO2 A; 2M7W A; 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