4K25A

Crystal structure of yeast qri7 homodimer
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
374
structure length
355
Chain Sequence
YKVLAIETSCDDTCVSVLDRFSKSAAPNVLANLKDTLDSTKAHIHHQARIGPLTERALIESNAREGIDLICVTRGPGMPGSLSGGLDFAKGLAVAWNKPLIGVHHMLGHLLIPRMGTNGKVPQFPFVSLLVSGGHTTFVLSRAIDDHEILCDTIDIAVGDSLDKCGRELGFKGTMIAREMEKFINQDINDQDFALKLEMNMLSFSFSAFITALRTNLTKLGKTEIQELPEREIRSIAYQVQESVFDHIINKLKHVLKSQPEKFKNVREFVCSGGVSSNQRLRTKLETELGTLNSTSFFNFYYPPMDLCSDNSIMIGWAGIEIWESLRLVSDLDICPIRQWPLNDLLSVDGWRTDQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
pubmed doi rcsb
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protei
total genus 96
structure length 355
sequence length 374
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2013-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A01
4FWOA 2ASMA 4H0PA 2YHYA 4CBUA 5AQFA 4K41A 1WOQA 3IDHA 3FGUA 4O8KA 3U4LA 5BPMA 4QS7A 5LY3A 4BG8A 5AQUA 4BR5A 3F9MA 4CZKA 3GOIA 4YDUC 3O6WA 3MCPA 4BRDA 5AFUH 5BN8A 3BUZB 4BC5A 3DWLA 4A2AA 2V7YA 1HX1A 1QQMA 5F1XA 3LM9A 2Q36A 3O1BA 2D1KA 1CZAN 1EQYA 1BA0A 4BROA 2P9SB 4H5WA 5AQZA 5AQHA 4BR9A 3HSCA 3UE5A 1HPMA 3VF2A 4FPAA 3DXMB 4Z94A 2W40A 5BRHA 5TKYA 1ATSA 5EOYA 4FWNA 4H0VB 5F0XA 3W0LA 1NGFA 4ISEA 3QICA 3CHWA 2GELA 4JHDB 3VGLA 2FSKA 4CZFA 2YHWA 3HZ6A 4M63C 3JS6A 4CD1A 3CI5A 1RDWX 4FWQA 5AZJB 5KQDA 1E4FT 4XH5A 3FFKB 4B1YB 3G25A 2P9IA 2HOEA 3D2EB 3SLCA 5KPTA 1U2VA 1GLDG 1QQNA 5AQGA 2NLXA 2E88A 4H5RA 3M6GA 4GY2B 3WEEA 4FO0A 5KQ8A 3ZETB 1X9JA 1NGGA 3GE1A 4JN4A 1Z05A 2P9KB 5EX5A 4BRQA 3ZX2A 3J8AA 3UKUA 5BRFA 5BR9A 4BVPA 2GTDA 4IJAA 2QWNA 4CJ7A 3O8MA 4FWRA 1NGCA 1DGKN 5E26A 4RWTA 4H5NA 1NGJA 3LDOA 3D2FA 4BVOA 3HTVA 2FSJA 2BUPA 4ISFA 1R59O 3MN5A 1TYQB 3ZEUB 3CJ7A 1LCUA 3VENA 3ZX3A 5EY4A 3KHYA 4DQ8A 4K42A 5AQVA 3LL3A 4BQZA 3DXKB 4EIAA 1GLJO 4BGAA 4EHUA 5JICA 2J4RA 5FPMA 1H1VA 3H3OB 3OHRA 4H5VA 1V4TA 1Q18A 5EVZA 1HJOA 1TUUA 3KZBA 3H6EA 5JLFA 3WQUA 3RSEA 5JLHA 2F9TA 1NGEA 4BRLA 2HF3A 1T6DA 2A3ZA 2CGLA 3O4WA 5BREA 1ZBSA 3FZMA 3BF3A 3W3DA 2I7NA 3QFPA 2GWJA 1GLEG 4FSVA 4YDUA 4CZJA 1J6ZA 4IWVA 2YI1A 3MMVA 4FWSA 2ZF5O 2EWSA 4PL7A 4EAHD 3GDQA 1NGBA 2D0OA 4IXCA 5AQNA 1K8KA 1U6ZA 1ATNA 3EN9A 3GBTA 3HI0A 4WQ5C 1ATRA 4IZ9A 4C23A 4BRPA 1X3NA 2YHXA 4BG9A 2P9LA 1NLVA 2E1ZA 2BTFA 3C7NA 3CERA 4A61A 2I7PA 5EXWA 4FOIA 4IO8A 1NWKA 1RFQA 1C0FA 1C0GA 2A6AA 5AQQA 2D4WA 4NB4A 3CJ1A 4AM6A 5AR0A 2HMPA 1V4SA 4BRGA 5AQTA 2ASOA 4BRKA 3A0IX 1BDGA 4L3QA 2P9NA 1QHAA 2P9PB 1HLUA 3M1FA 1TUYA 3VGMA 4CBWA 5I9EB 3BF1A 4B1ZA 3ENOA 1GLLO 5BPNA 3MK6A 5AQMA 3WXLA 4MO5A 4FOEA 2E2PA 2P9SA 3FZFA 4PL8A 1NGAA 2E20A 1G99A 1HKCA 3H46O 4I6MB 5E84A 3VERA 3DXMA 3AAQA 4JAXA 3EO3A 3FE1A 3AAPA 4KBOA 4PKIA 5AZIB 4BR7A 1BWFO 4HWIA 3LDLA 1S22A 2A40A 4JHDA 2QWLA 3R6MA 2KHOA 3A5NC 2CGJA 4MLEA 3UKRB 3M3ZA 3EKUA 4CI6A 4RTFD 5F2RA 3FR0A 3QB0A 4DB3A 5AZJA 1YVNA 3B8AX 3ZX0A 4CBXA 3CJ9A 3EL2A 1SZ2A 1QZ6A 4BR4A 3WEEB 3CETA 2OANA 3WXJA 3BEXA 2WUSA 5AQSA 3H1QA 1XC3A 3QBWA 5AQPA 5KPRA 4JD2B 3ID8A 4LC9B 1NGHA 3H1VX 4B1VA 3VPZA 2P9KA 3FZKA 3VF6A 3IMXA 1BG3A 4H0YB 3MN9A 4WQ4C 1WUAA 3D2FB 2UYTA 2E1YA 3IFRA 4HTLA 3WT0A 3ULEA 2P9UA 3R9PA 1ZC6A 3SJHA 2FF6A 2YJEA 3L0QA 4B9QA 1GLCG 1TYQA 3ZEUA 4WQ5A 4FWPA 1KAXA 1P8ZA 3DXKA 1BU6O 3CJCA 5AQYA 4BRMA 4CZMA 3I33A 1NBWA 3MN7A 4CZIA 5AQRA 1GLFO 1GLAG 4QS8A 5CE3A 4BQLA 3A5LC 3I8BA 3LDNA 3U8XA 2FF3B 5AQKA 1MWKA 1T44A 3TPQA 4BGBA 1NGDA 1D4XA 2YCHA 1QZ5A 2DPNA 4FWMA 5AQXA 4XH1A 3VEVA 4EHTA 2IVOA 3CJAA 2QWQA 4ISGA 1MA9B 2IVNA 4K43A 1OKJA 2PBDA 4GNIA 1K8KB 2Q2RA 4CZHA 2E8AA 2ASPA 1YUWA 3MN6A 3ENHA 3WXIA 1NGIA 4FL9A 4B1WB 4MLHA 4DHYA 5LJVA 1XQSC 2P9LB 3CJBA 3GL1A 3C7NB 1NM1A 2QWRA 4PKGA 3SMPA 4BC4A 3IUCA 4FPBA 5BPLA 3QFUA 4RCHA 3KVGA 1BUPA 4M7YA 4MO4A 2QWMA 4H0OA 2AA4A 4H03B 2E2QA 2ITMA 2A5XA 2QW9A 4BRAA 2QWPA 4BRIA 1BO5O 1HUXA 5ADXH 4Y0WA 3MDQA 2E2NA 2NZTA 3AY9A 3L4IA 3H3NO 1YAGA 3FLCO 2ZGYA 2Q1NA 2P9NB 1IJJA 1NMDA 5AQOA 2NRHA 3FZHA 3HBTA 4WYBA 3VEWA 3U9DA 3O80A 2F9WA 2P9PA 3BP8A 1DKGD 4BC2A 2GUPA 3O08A 2Q0UA 3TU5A 1SQKA 3JXUA 3WXKA 1HKBA 1KXPA 2V52B 2D0PA 3GG4A 3SK3A 2FSNA 4CZGA 4B1UB 1JCGA 1XUPO 3CIPA 4K25A 4WQ4A 4B1XB 2Q31A 4I6MA 3VF4A 3WQTA 2QXLA 4BRCA 1X3MA 2CH5A 5ELZA 2P9IB 2H3GX 4NO7A 1YXQA 4PKHA 5AZIA 1U2VB 4CD3A 2QM1A 2GEMA 3VEOA 1BA1A 1DEJA 3QBXA 4H0XB 3EZWA 3D2EA 3EKSA 3VGKA 3CQXA 4FWKA 2VCPA 1RGIA 3UKRA 3VEZA 5BN9A 2YJFA 3LM2A 4BR0A 1QQOA 3C0BA 4J8FA 3UKUB 3ZETA 4BR2A 4XH4A 5FPNA 1S3XA 3S41A 1KAZA 5LJWA 3L6QA 3VETA 3QDKA 5BRDA 4BRNA 3SMSA 2GWKA 4JD2A 1KAYA 3WUHA 2QWOA 3DAWA 4M7XA 2E2OA 2PAVA 2ZWHA 4EFHA 3LDQA 3AARA 4H5TA 4BRFA 2VYPA 5AQIA 2ZGZA 1BOTO 3D7EO 5AQWA 2HF4A 2VWBA 3ULEB 3ATVA 5B8HA 2P9UB 5FPDA 1T6CA 4JNEA 3VEYA 1E4GT 1LOTB 4FWLA 4BC3A 3QMLA 5JMVA 2FLOA 3A5MC 4O5FA 1HKGA 5ADXA 3LDPA 4CZLA 3O1WA 2IIRA 3RSEB 4XEIA 4A2BA 5FPEA 3A5OC 1ZXOA 1ESVA 4A62A 5AFUA 3P4IA 3ATUA 1GLBG 3VESA 4BREA 2IVPA 2V7ZA 1Z6RA 3FZLA 3DJCA 1MDUB 5AQJA 2AP1A 2W41A 4E1JA 2V51B 1MWMA 3H45C 4AM7A 3VOVA 5KPZA 4BRHA 2FXUA 3R8EA 2A42A 1Y64A 4IJNA 2Q0RA 4CZEA 1IG8A 5AQLA 1SAZA 4QS9A 2Q97A 3UB5A 3VEXA 4H0TB 2A41A 3O5BA 3A8YA 3U9ZA 4DCHA 1JCFA 4F9OA 2CH6A 1JCEA 3HM8A 2CGKA 3CQYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JLHA 3AVLA 3T3FA 3FGUA 4CEEA 1S1XA 3U4LA 1TKXA 5LY3A 2E6MA 1UA0A 1HRHA 3P83D 4Q5VA 1LAVA 5C15A 3DM2A 3THXA 1HR0K 1IBLK 3K57A 1CZAN 4BROA 1VHXA 3KIOA 3N4PA 1U48A 2XY5A 4KTWA 3I0SA 4IG3A 3UE5A 3DXMB 3MX5A 2X78A 4Z94A 5TKYA 2UXCK 3TABA 2QKBA 3W0LA 1HNXK 3CHWA 2HVHA 4JHDB 2BH1A 4FLZA 3I55N 2HHHK 4JI1K 2YHWA 1U47A 3HK2A 5C10A 4ZTFA 2VG7A 2HHVA 4EP5A 1RDWX 3K5NA 4FWQA 1L3SA 1HNWK 1E4FT 2YNHA 1QSLA 3DLEA 4CF2A 1QQNA 5AQGA 3AVBA 1YI2N 3ZCMA 2E88A 4H5RA 3ITHA 5CHIA 4CIEA 4M45A 4W5TA 1IBMK 4PHTX 3C6TA 3ZETB 4KFBA 1X9JA 3LDSA 4DS4A 4JN4A 1Z05A 1B92A 1YTUA 5EX5A 4BRQA 4FJLA 2Y1JA 4NCBA 1XMQK 2QWNA 4CJ7A 3O8MA 4FW2A 1NGCA 5E26A 4NCGA 4KH4A 1NGJA 1UWBA 2HHQA 3RRHA 1HYSA 3JYTA 3ZX3A 5KRSA 3KHYA 3P39A 4K42A 5AQVA 1NOZA 3LL3A 4FZXC 4EIAA 2HBMA 2F7TA 4BGAA 1C0MA 5HRSA 4EHUA 3QIPA 3KLFA 4JKHA 2J4RA 1H1VA 1KLNA 1Q18A 1HJOA 5KRTA 4GMJB 1Y97A 1VSKA 1KFDA 4FLVA 3WQUA 3AVIA 3RSEA 1IV0A 5JLHA 1ASWA 1T6DA 2A3ZA 2CGLA 4WFNL 3E9PA 3FZMA 1VSHA 4B9UA 2I7NA 3QFPA 1GLEG 2KW4A 4IWVA 2YI1A 1K9MO 4FWSA 1W9HA 3THWA 3K0SA 3L4QA 3EN9A 2R7YA 1ATRA 1OVYA 4KB0A 5HROA 2YHXA 3PUFA 1FJGK 2ZM6K 3DLLL 2E1ZA 3C7NA 2BTFA 5LL6Z 3PX6A 2NUBA 4YOVA 3OYNA 4CK1A 3I8DA 1EX4A 2I7PA 4FOIA 1XWLA 4KTQA 1XNRK 1TK0A 5AQQA 4NB4A 4CK3A 4AM6A 3BDPA 4CJKA 4IFEA 5AR0A 1KSPA 3D45A 1SKSA 1V4SA 1HYVA 4BRGA 2WBNA 4BRKA 4CF0A 1N32K 3TSQA 3SJJA 1NK8A 5HL7L 5TKWA 2P9NA 2QEXN 4FJ9A 2P9PB 1HLUA 4FJGA 4C8OA 5C25A 3VGMA 4CBWA 1ZBLA 4B1ZA 4NLCA 1WAFA 2DTUA 1GLLO 4A5AA 4FZZA 3VA0A 1WB9A 2XY8A 3K5MA 1HKCA 3MCAB 5E84A 3NVKA 3EO3A 1WLJA 1WSJA 4WFBL 4KHWA 1HNIA 4G1QA 2VQFK 1K8AO 4CJPA 2A40A 4OGCA 3R6MA 4CGFA 3A5NC 1LWFA 5CZ2A 1QVGM 4B3RK 3OYAA 4CHQA 2HHXA 3CCQN 3O4QA 4RTFD 1JXBA 3KWGA 3ZX0A 4CBXA 4FJMA 4DSFA 1SZ2A 1QZ6A 4FLWA 4N76A 1JL1A 3BEXA 3ZYYX 3H1QA 5AQPA 4M3XA 4JD2B 4DQIA 1NGHA 4B1VA 1B9FA 3VPZA 1DTQA 4DS5A 4H0YB 3ZT1A 3U6FA 3O9UA 3RMDA 4CIGA 4J2EA 3T69A 3HJFA 3AO1A 2E1YA 4OX9K 4E1NA 3ULEA 3R9PA 3ZSVA 3NHGA 1CXUA 2DFFA 3ZEUA 2WC9A 3OYBA 1XC9A 1VRTA 4IOAL 3WXMB 3LAMA 3KJVA 4CZMA 1W7AA 4FJJA 4DTJA 3F2KA 3G4SN 2GV9A 1T7PA 3I8BA 1NK9A 3LDNA 1Q8IA 1REVA 1Q9YA 3V9SA 3TPQA 4N5SA 2DFHA 4O55A 1QZ5A 3K5OA 3KK1A 3CJAA 2QWQA 4ISGA 2O8DB 3CD6N 1MA9B 3AVKA 2IVNA 4B9VA 1WSEA 2PBDA 4NXMK 2E8AA 2ASPA 3SPZA 1NGIA 1GOBA 3L3UA 3NH1A 1NKCA 3KLHA 3TTFA 4JKGA 3C7NB 3EZ5A 4LH5A 3SMPA 2QXFA 5DMRA 4FPBA 1IBKK 5BPLA 1BUPA 4MO4A 3HP6A 2QWMA 4H0OA 2AA4A 1VQ9N 1DTTA 3ZSWA 5GIOA 4K8ZA 3U3YA 3MXMA 2E2QA 2A5XA 1BO5O 1HUXA 1KQSM 3LP1A 4KAZA 4DR4K 4Y0WA 1VSMA 1QTMA 3AY9A 1YAGA 2VGMA 3FLCO 2P9NB 3O3HA 1VK0A 2NRHA 2XRIA 3FZHA 3HBTA 4WYBA 3ZSYA 3CQ8A 3BP8A 4GW6A 4BDZA 3KK7A 4JKCA 3PSFA 3DOKA 5AJ3K 4CEBA 4QAGA 2D0PA 4QOZB 3SK3A 3OJSA 4KB1A 3QESA 4NYFA 1VQLN 2PYLA 3LWLA 3CIPA 3KKSA 4JEPA 4BACA 2P51A 1OH5A 4B1XB 2O8FB 3KK2A 3J7YP 4NO7A 2Z1GA 4CD3A 2GEMA 4HUFA 1DEJA 1UOCA 5FDLA 2RKIA 3EZWA 1U4BA 4JI4K 3CQXA 4FWKA 4CJ3A 1RGIA 4W5QA 5BN9A 4JI5K 4ID5A 1QQOA 4J8FA 3UKUB 4B3TK 4RW4A 2O8CA 4BR2A 5IT9O 2XY7A 1VSDA 1XI1A 4E1MA 3CM5A 4BE2A 3ISNC 3MAQA 2OZSA 3F73A 5BRDA 1RTJA 3LP2A 3QNNA 4W5NA 3OBWA 5KGWA 3SMSA 1Q7YO 3G10A 3ASMA 3EE9A 4CE9A 4EFHA 4BRFA 2P5GA 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4AQYK 3AO5A 1WBBA 3DXKB 3CPEA 1RCHA 1XNQK 3VA3A 1OH6A 5FPMA 3V9ZA 1C1CA 3OHRA 4H5VA 4KO0A 1V4TA 3KLEA 3LP3A 3H6EA 4CEQA 4OPJA 3NH0A 1T05A 3FFIA 5HLFA 4C8KA 4DV7K 4GV6A 3HPHA 2HBKA 3QEPA 4KPYA 1RBVA 3BF3A 4I7FA 5FRNA 2UXDK 3MMVA 4PQUA 2EWSA 4C8LA 3ZT3A 2D0OA 1SKRA 2ZD1A 3EE8A 4IXCA 1U6ZA 1ATNA 3AO2A 4H4OA 1EETA 2HW3A 1ILYA 5HRRA 2G8HA 4IZ9A 2ATQA 2P9LA 1YTAA 2KTQA 4AHVA 5EXWA 3DOLA 3D6RA 3BGRA 1C0FA 4KI4A 2A6AA 5EU7A 3E1YA 4M42A 2D5RA 4CHOA 4CHPA 4N56A 3TSPA 1M90O 5AQTA 3SZ2A 1BDGA 3OVNA 1QHAA 4JRPA 3QNOA 3QO9A 5I9EB 2Y1IA 3BF1A 3ENOA 4ILGB 4KREA 5BPNA 1J54A 1N36K 2ZE2A 4ZTJA 4FOEA 1TAQA 2E2PA 4CJTA 3SUQA 4DV3K 2P9SA 3FZFA 4PL8A 1NGAA 4C8MA 3L2UA 3PLAA 2VG5A 3L2RA 2O8BA 1HYZA 3TAQA 1QSYA 3FE1A 5AZIB 4PKIA 3RR7A 4HWIA 1HQEA 1S9GA 3SUNA 1HPZA 1BQNA 3UKRB 3M3ZA 4W5OA 3KD1E 3FR0A 1O13A 3QB0A 4F4KA 1YVNA 1SL2A 2X6NA 3CJ9A 4DSLA 4JV5K 3PX0A 4DLEA 3ZT2A 4CCHA 1WN7A 1RTDA 4DV4K 3BZKA 3VQ5A 4Z4GA 3WNEA 4LC9B 1RILA 1XHZA 2OTLN 4GV3A 1RDUA 1BG3A 3O4NA 3KTQA 3G0ZA 4JK7A 2X74A 4RW7A 4DQRA 4JI8K 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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