4K25A

Crystal structure of yeast qri7 homodimer
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
374
structure length
355
Chain Sequence
YKVLAIETSCDDTCVSVLDRFSKSAAPNVLANLKDTLDSTKAHIHHQARIGPLTERALIESNAREGIDLICVTRGPGMPGSLSGGLDFAKGLAVAWNKPLIGVHHMLGHLLIPRMGTNGKVPQFPFVSLLVSGGHTTFVLSRAIDDHEILCDTIDIAVGDSLDKCGRELGFKGTMIAREMEKFINQDINDQDFALKLEMNMLSFSFSAFITALRTNLTKLGKTEIQELPEREIRSIAYQVQESVFDHIINKLKHVLKSQPEKFKNVREFVCSGGVSSNQRLRTKLETELGTLNSTSFFNFYYPPMDLCSDNSIMIGWAGIEIWESLRLVSDLDICPIRQWPLNDLLSVDGWRTDQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protei
total genus 96
structure length 355
sequence length 374
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2013-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A01
5ADXH 3WQUA 5CE3A 3P4IA 4H5NA 5AZJB 1G99A 2E2NA 2D1KA 4BRAA 4EHUA 4A2BA 2NLXA 2P9LA 1Z6RA 4I6MA 4XH5A 3QB0A 1NMDA 1BA1A 4B1YB 3LM2A 2PAVA 1BUPA 3CERA 1C0FA 3MN9A 3O08A 4IZ9A 4B9QA 5EX5A 1HUXA 1RGIA 3I8BA 5BR9A 1JCEA 4BRPA 2KHOA 3GBTA 1XQSC 5AZJA 2HOEA 3VF6A 2CH5A 3MCPA 2P9SB 3ENHA 3EKSA 3R9PA 2Q0UA 3D2EB 3SK3A 1BO5O 1Y64A 4J8FA 5BPLA 4BR5A 5AFUA 3VENA 4H5VA 4JD2B 4GNIA 3VEXA 4DB3A 1TYQA 2E1ZA 5AQKA 1BA0A 3LDNA 1CZAN 3OHRA 4YDUA 1GLEG 3WUHA 3QMLA 4B1WB 5F1XA 4YDUC 4FWRA 5BN9A 4ISFA 2D0OA 2P9NB 4BROA 3MN5A 1HKGA 5AQWA 5AZIB 4BRGA 5F0XA 5LY3A 2HF4A 2CGLA 1DEJA 4BRCA 4BC4A 3SJHA 4PKHA 3J8AA 4H5WA 3CJ1A 1KXPA 3GOIA 4FWQA 1V4SA 3VGLA 3LM9A 4CZHA 4CZJA 3CJAA 3HSCA 4IO8A 4CZGA 3FZHA 5EOYA 5AQSA 3VERA 4FPAA 4XEIA 5KQDA 1GLLO 3VGKA 4M7YA 4H5RA 1SAZA 4WQ5C 1XUPO 2P9NA 3M3ZA 1NGFA 3I33A 3ZX0A 1QQOA 4JNEA 4B1VA 3UKUA 1QHAA 3A0IX 4CD1A 1TYQB 2IVOA 2A3ZA 2F9WA 4CZMA 4MO5A 5LJWA 4WQ4A 4JAXA 5AR0A 2ZWHA 3TPQA 4BR0A 3MK6A 1H1VA 3A5OC 4AM6A 2CH6A 2ZGYA 4JD2A 4BRLA 5AQGA 1QZ5A 1MDUB 3GG4A 2VWBA 2E88A 1GLCG 3IMXA 3A8YA 5ADXA 1ATRA 4BRMA 3GDQA 3UKUB 1YXQA 2E20A 2V51B 1BWFO 2ASOA 2FLOA 2YCHA 5AQNA 4M63C 4ISEA 1WOQA 5B8HA 1BDGA 2QM1A 3WXKA 4FWKA 3FZLA 3W0LA 3LDPA 3W3DA 3ZEUB 4I6MB 1ZBSA 2ASMA 4PL8A 2GWJA 5E84A 4BG9A 1R59O 3A5LC 4JN4A 3CQYA 4IWVA 3CI5A 2VYPA 5AQVA 3DWLA 3L0QA 2YHYA 5AQMA 2H3GX 2E2QA 4MLHA 2A5XA 2F9TA 4WYBA 5E26A 2BUPA 3BEXA 3HZ6A 1E4GT 3WT0A 3D2FA 3ID8A 3SLCA 5AQYA 3SMPA 5AQIA 1NGEA 2OANA 5BRFA 1NM1A 1Q18A 2HMPA 3D2EA 2Q31A 1QZ6A 2FSJA 3BF1A 4H0OA 2E1YA 3CJCA 1K8KA 2E2PA 1MWKA 3ZEUA 2ASPA 5AQZA 4Z94A 4BC2A 3VPZA 2I7NA 4B1ZA 5JICA 2DPNA 4FL9A 3CJ9A 4H03B 3U9ZA 4L3QA 4LC9B 4EIAA 3EO3A 4A61A 2Q0RA 1DGKN 4NO7A 1BOTO 2QW9A 1ZXOA 4H0TB 4A2AA 3HTVA 3QICA 1T6DA 3C7NB 3WEEB 5AZIA 4WQ5A 3B8AX 3ZX3A 2GTDA 4IXCA 1KAYA 4BR4A 3FR0A 1EQYA 3KHYA 1HX1A 3AAPA 3D2FB 2IVNA 1K8KB 3JXUA 4BR7A 1U6ZA 4BRHA 4KBOA 4CJ7A 2V7YA 2Q1NA 2W41A 3VEWA 1NGHA 3BF3A 2Q97A 3H6EA 3VESA 1ESVA 4O8KA 1ZC6A 3ATVA 1OKJA 1S3XA 1P8ZA 3DXKA 3O4WA 4FWMA 5FPNA 2FF6A 1NGBA 4NB4A 1SQKA 2A42A 3H3OB 4FWSA 4CZKA 5JLHA 2W40A 5LJVA 3WXIA 5KPZA 1SZ2A 2NRHA 4HTLA 3QFPA 5FPEA 3QBXA 2FSKA 2GEMA 3EL2A 3LL3A 1JCFA 1NWKA 2FSNA 1GLDG 3EZWA 3C7NA 1RFQA 1BU6O 5AQHA 1QQMA 4PL7A 4QS8A 3TU5A 4H0PA 3WXLA 4BREA 3CQXA 4BRDA 4MO4A 4K42A 1NGGA 2BTFA 5BRDA 1WUAA 5FPMA 3IFRA 3H46O 3IDHA 3H1VX 2P9IA 2NZTA 4BC3A 1IG8A 3DAWA 3ENOA 4HWIA 4CBXA 3O5BA 3H45C 3MDQA 2AA4A 3DXKB 1HJOA 3G25A 4BR9A 4CZEA 3H1QA 3O80A 3ULEA 4BRKA 2P9UA 2V52B 3UE5A 4CBUA 5KPTA 3FZMA 2CGJA 4CBWA 2ZGZA 3D7EO 3KZBA 4DQ8A 5BN8A 3CJBA 3F9MA 3O1WA 3RSEB 1S22A 2CGKA 2GUPA 3LDQA 3R8EA 1NGJA 5AQPA 2QWMA 1RDWX 2QWNA 3AARA 4CZFA 4FSVA 5AQQA 4FOEA 4QS9A 5EY4A 2QWOA 4FWPA 3VEOA 4IJAA 1C0GA 3VEYA 4B1XB 2QWPA 3O8MA 4CI6A 4FPBA 1NGCA 4FO0A 3ZX2A 4BR2A 3WQTA 3IUCA 2YHWA 3HM8A 4BRIA 5AQJA 3A5NC 4ISGA 2ITMA 1BG3A 3MN6A 1GLBG 4RWTA 4CZLA 2YJEA 4O5FA 5AQOA 3M1FA 3VGMA 5AQRA 3FFKB 2IIRA 4GY2B 3ULEB 2AP1A 2D4WA 3DJCA 5AQTA 5AQFA 1NGAA 3QFUA 2PBDA 4XH1A 2P9IB 3A5MC 3L4IA 4XH4A 3AAQA 2P9KB 2YI1A 4CD3A 3MMVA 4K25A 3O6WA 1MWMA 2GWKA 2A6AA 1X9JA 4BRFA 3WEEA 2EWSA 5ELZA 4BGAA 5JMVA 3AY9A 2GELA 2FF3B 3EKUA 1XC3A 4DCHA 1TUUA 4EFHA 1NLVA 3FGUA 4BRNA 1YAGA 3VF2A 3CJ7A 3KVGA 4K43A 5TKYA 1ATNA 4FWOA 1QQNA 1T44A 1D4XA 3FE1A 3U4LA 4BRQA 4A62A 2D0PA 4JHDB 1X3MA 1U2VB 2YHXA 3WXJA 2Q2RA 4H0YB 3ATUA 2Q36A 4BQLA 2A41A 1T6CA 3LDOA 5FPDA 5BPNA 2ZF5O 2QWQA 3C0BA 1LOTB 1TUYA 4FWLA 5KPRA 3L6QA 5EXWA 3VETA 3UKRA 5EVZA 1X3NA 2V7ZA 1IJJA 4C23A 4QS7A 2I7PA 3LDLA 2IVPA 2WUSA 4BVPA 5I9EB 1JCGA 3ZETA 4FWNA 1HPMA 5BREA 1KAZA 4JHDA 1Z05A 2P9PB 3BP8A 4BVOA 2P9KA 1HKCA 3CHWA 5KQ8A 3HI0A 3S41A 2YJFA 4IJNA 1DKGD 1NGDA 4RCHA 3BUZB 3VEZA 1GLAG 2QWLA 3QBWA 3DXMB 4FOIA 1U2VA 4H5TA 1ATSA 4M7XA 1HLUA 2A40A 2P9UB 4EAHD 5BPMA 5AQUA 3GL1A 2FXUA 4H0VB 5AQLA 3UKRB 2QXLA 3RSEA 3UB5A 3CIPA 3EN9A 4DHYA 3FZKA 1YUWA 1HKBA 2QWRA 3U9DA 2J4RA 4PKIA 3GE1A 3M6GA 5JLFA 1E4FT 1LCUA 4PKGA 5AQXA 4B1UB 4BG8A 4E1JA 4Y0WA 1NBWA 2P9LB 4EHTA 3VOVA 1GLJO 2VCPA 4F9OA 3ZETB 2E8AA 4H0XB 2P9SA 2P9PA 3MN7A 5F2RA 2HF3A 1YVNA 3U8XA 3HBTA 1GLFO 3QDKA 1J6ZA 3VEVA 3SMSA 3FLCO 4MLEA 2UYTA 2E2OA 3R6MA 1MA9B 5AFUH 4AM7A 1KAXA 3H3NO 3FZFA 1V4TA 4CZIA 4BC5A 3CETA 3DXMA 3JS6A 4WQ4C 3VF4A 4BGBA 1NGIA 4K41A 4RTFD 5BRHA 4BQZA 3O1BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JLQA 3QO9A 1SKWA 1BQMA 3OVNA 2E2NA 1RDCA 4A2BA 4CGFA 4KV8A 2PAVA 1BUPA 1X9WA 4CGJA 3CERA 3U3GA 4DF4A 3RR7A 4K8XA 1HNVA 4CHYA 4CJSA 1HUXA 1DLOA 4NYFA 5BR9A 1JCEA 1VQNN 1RT5A 2DFEA 4B3MK 5KGWA 3GBTA 1YITN 5AZJA 2HNZA 3VA3A 1X9SA 2X74A 3VF6A 2CH5A 3ENHA 1O13A 4CK1A 1VQ8N 1ZBLA 3HM9A 2I5JA 4J8FA 4KHNA 4OPKA 4CJ3A 1W0HA 3BY5A 1YJ9N 4B9SA 1TK0A 1FKOA 2OPRA 4JI3K 4KHSA 4GNIA 1LWCA 4Q0BA 4DB3A 1TYQA 4WCEL 4GV3A 3LDNA 3OHRA 4FJ5A 4OGEA 2FC0A 5F1XA 4YDUC 3NDKA 4K8ZA 3ZSXA 2P9NB 4BROA 3ULDA 4BDYA 3AA2A 3MN5A 5AQWA 5KRTA 4DR3K 4TSXA 2CGLA 3C6HA 1ZBFA 1BI4A 3AVJA 3D6RA 4H5WA 4C8OA 5CHIA 4BWJA 4EP4A 3LM9A 3HSCA 2UXDK 4EP5A 3VERA 1EX4A 1VSDA 4CHNA 4RW9A 1IG9A 3O4NA 1XC9A 1GLLO 3VGKA 3PX4A 4I7FA 4M7YA 4WQ5C 3MWTA 3K57A 2P9NA 2G8WA 4O5BA 4CESA 4JNEA 4B1VA 1QHAA 4GW6A 4FLZA 4CFDA 2X6NA 2PFUA 3ISNC 4WQ4A 4Y1CA 2ZWHA 1RBSA 1N36K 5SZTA 1JKHA 2ZGYA 4F2SA 3KTQA 3CPWM 1MDUB 1NKBA 4YOTA 5GINA 1WSEA 2ZJPL 2E88A 1OVQA 2P51A 3IMXA 4YOXA 3TTFA 3A8YA 4Z4HA 4PHTX 1ATRA 3TABA 3H08A 5FRMA 5CY4A 2KFNA 2ASOA 3S3MA 2YCHA 1J9AA 4IDHA 1D9DA 1P90A 4FWKA 3FZLA 3LDPA 1WB9A 2QEXN 3J7AP 2D0AA 3DM2A 4IOAL 3A5LC 3K5NA 1W97L 1XNRK 3PSIA 1XNQK 3CQYA 3F2KA 4IWVA 2VYPA 4CEDA 4JI8K 3S3NA 1S9GA 3HOSA 4MLHA 2KZMA 4JI0K 5E41A 3D2FA 3SMPA 5AQIA 5AJ3K 4JKGB 3RMAA 1RTHA 3O9SA 3THWB 4B9LA 4FJJA 3TAEA 4E3SA 1NK5A 5FROA 3NE6A 4CK2A 1UWBA 3K2PA 2YV0X 4IEEA 2XY5A 2E1YA 3CJCA 2E2PA 3BGRA 1YIJN 1I3AA 3ZEUA 2ASPA 5CZ2A 1KLMA 3CCLN 2KZZA 1WLJA 4BC2A 5SWMA 5J2MA 2VWJA 1T7PA 4LFAK 2DPNA 3E66A 3OBYA 4FL9A 2HHWA 4LC9B 3SAHA 4EIAA 2W6KA 1KFSA 1CXQA 1OH7A 1DGKN 1BOTO 2EHGA 3C6TA 2QW9A 4A57A 1ZXOA 1Q82O 3C94A 1L3VA 1SS6A 3OYEA 3WEEB 3IAYA 5HRPA 1JLAA 4BR4A 1EQYA 1RDUA 3AAPA 5M1NA 1VSIA 2P1JA 1K8KB 4M3RA 2Q1NA 2W41A 5LMNK 3VEWA 1NGHA 3HJFA 1RDDA 3VESA 4I2PA 3O4WA 4FWMA 1S1WA 4DFJA 2VG7A 1VQON 1NGBA 4NB4A 4DU3A 3MECA 1EETA 3TR8A 3KK1A 2NRHA 4AHVA 3T1YK 2BE2A 1B9FA 3LL3A 1NWKA 1S1TA 2JGUA 3WXMB 1GLDG 3MXIA 1RNHA 4CEEA 5AQHA 2PYJA 3WXLA 4FJ8A 3VQ8A 2HBLA 2BTFA 3H46O 4F2RA 4BC3A 5C24A 2YHBA 1VQ4N 3DXKB 1HJOA 3L2RA 3H1QA 3O80A 2ZD1A 3K9JA 1BL3A 1JLBA 3KJVA 2E4LA 2CGJA 5C0YA 3IG1A 3PUFA 3E9LA 3D7EO 1TK8A 3O1WA 4IBNA 2GUPA 4DTOA 4FJKA 1VQ6N 4RW7A 2QWNA 1RT1A 4QS9A 3QEXA 4FLXA 1KSPA 1C0GA 4DR7K 4B1XB 2QWPA 1WAFA 3O8MA 4WFNL 4BDZA 1D9FA 1QHTA 1R0AA 3ZX2A 4BR2A 4JV5K 1TAUA 1K6YA 1M1KO 1BIUA 2D5RA 2ITMA 1BG3A 4JKDA 1GLBG 1LWEA 3T19A 4CZLA 4CCHA 3O9QA 5GIPA 3RMDA 3FFKB 4IEIA 1ASVA 4DV2K 3J80O 3V6DA 3ZSOA 1NU0A 3QFUA 4C8KA 5FRNA 4X64K 4QCLA 3AO4A 3CFRA 2G8HA 1HMVA 1TL3A 3AY9A 4FZXC 4DCHA 1TUUA 4PUOA 3I8DA 3FGUA 4KTQA 4NLCA 3VF2A 3G6EN 1DTQA 4AHCA 1IH7A 4HCCA 4Q5VA 3S3OA 4OX9K 3VA0A 4BRQA 2D0PA 4H4OA 1X3MA 4OLAA 1KRPA 2YHXA 3WXJA 2Q2RA 4H0YB 4KTZA 5FDLA 3LDSA 4E7KA 2Q36A 2A41A 3NBPA 1T6CA 1VAZA 5FPDA 3ZSVA 2ITGA 4IOCL 3L6QA 3SUOA 3VETA 4LSNA 2ZE2A 1X3NA 4B8AB 4C23A 4LSLA 3VQQA 2O8DB 4DU1A 1VSJA 3MCAB 2I7PA 5JVGL 4DTMA 4MDAA 4LY7A 4DLGA 1HYSA 3P31A 1HPMA 5BREA 1KAZA 2X6SA 2P9PB 4KHUA 3K5OA 4JK7A 3CC4N 4BVOA 1HKCA 3CHWA 3OTOK 3HI0A 3S41A 4WF9L 3LZIA 1NGDA 1WSFA 1GLAG 1RT3A 1TKXA 1L3SA 2QWLA 1FW6A 1Q81O 3KLGA 4J2AA 5HLFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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