4K25A

Crystal structure of yeast qri7 homodimer
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
374
structure length
355
Chain Sequence
b'YKVLAIETSCDDTCVSVLDRFSKSAAPNVLANLKDTLDSTKAHIHHQARIGPLTERALIESNAREGIDLICVTRGPGMPGSLSGGLDFAKGLAVAWNKPLIGVHHMLGHLLIPRMGTNGKVPQFPFVSLLVSGGHTTFVLSRAIDDHEILCDTIDIAVGDSLDKCGRELGFKGTMIAREMEKFINQDINDQDFALKLEMNMLSFSFSAFITALRTNLTKLGKTEIQELPEREIRSIAYQVQESVFDHIINKLKHVLKSQPEKFKNVREFVCSGGVSSNQRLRTKLETELGTLNSTSFFNFYYPPMDLCSDNSIMIGWAGIEIWESLRLVSDLDICPIRQWPLNDLLSVDGWRTDQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protei
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Biosynthetic protein
total genus 96
structure length 355
sequence length 374
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2013-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A01
4O5FA 5AZJB 4BG8A 4H5WA 4XH1A 3R6MA 5AQQA 3O1BA 3DXMB 3CHWA 3CI5A 5ADXA 1JCGA 4I6MB 3VEYA 3O5BA 3U8XA 4H0TB 1KAXA 3C0BA 4BRGA 4EIAA 2VCPA 4CZLA 1T6DA 5AQNA 3EKSA 4FL9A 4C23A 2A3ZA 4CZEA 5F0XA 1NGAA 1X3MA 3SLCA 3DXKA 2V52B 2IVPA 4IO8A 4CZHA 4CZJA 4DCHA 5JLFA 3LDOA 4Z94A 2GUPA 3GOIA 4B1UB 4BRKA 2GEMA 3WEEA 5BRDA 2A40A 5BN9A 3BUZB 1U2VB 3IMXA 3VGLA 5EX5A 2YCHA 4Y0WA 2P9KB 3O80A 2E20A 3EO3A 3UE5A 1ZC6A 5AR0A 2P9SB 1YAGA 4BRMA 3ENHA 3G25A 3FGUA 1NMDA 4IWVA 3QB0A 1QZ6A 4BGBA 1BDGA 1YXQA 1EQYA 3C7NB 4ISGA 4RTFD 2P9IB 1TYQA 3L0QA 3AY9A 1E4GT 1X9JA 3QBWA 5AQMA 2HF3A 3UKUA 3VESA 1ATRA 1JCEA 4FPBA 3VF6A 4BQLA 2I7PA 1BA1A 4JAXA 4YDUC 3O4WA 5AQLA 5B8HA 3WXJA 2VWBA 3QFPA 4BGAA 2P9UB 4CZIA 1NBWA 3FFKB 1NGDA 3FZKA 1XUPO 3MN7A 5FPMA 1ATSA 3A5LC 2P9LB 4CBWA 5BRFA 4IJAA 3UKRB 1BOTO 3L4IA 1TUUA 2BUPA 3MN9A 4FOEA 1HLUA 3O1WA 3ZEUA 3WQUA 2FSJA 5EY4A 1GLAG 3VEXA 1Y64A 4BR7A 3H1QA 3M1FA 1SQKA 3OHRA 3ZETA 3VEWA 4HWIA 4B9QA 4FWNA 4QS7A 2QWNA 1GLEG 3WT0A 3CJ9A 5BPLA 4H0VB 3F9MA 4JHDA 4JNEA 5AQVA 3RSEB 1KAZA 3U4LA 2QM1A 4BRQA 2AP1A 3A0IX 1QQOA 4EHTA 4HTLA 3AAQA 1RGIA 4J8FA 3R9PA 3W3DA 1HX1A 1QHAA 1X3NA 3D2FA 5JICA 4CBUA 3JS6A 5E84A 1V4TA 4GY2B 4M7XA 3LM2A 2W41A 3BEXA 3ULEA 3P4IA 1NWKA 1ZBSA 5AQOA 3LL3A 2PAVA 5AQGA 1NGGA 2QWQA 1NGEA 4K42A 4FOIA 4LC9B 4BRIA 2GWJA 1GLBG 3LDQA 2DPNA 3HBTA 2ZF5O 4FWKA 4EFHA 4BRHA 4CI6A 1HKBA 3ZX2A 2FXUA 5AQSA 1DKGD 4B1VA 4CZGA 2VYPA 2W40A 2E1ZA 2UYTA 2ZGZA 4WQ4A 3VEZA 3H3OB 3WEEB 3ZX0A 1YVNA 4MO5A 4BR9A 3FZHA 3VF4A 4CZFA 1QZ5A 3GE1A 3I8BA 4GNIA 4PL7A 1WOQA 3VEOA 4B1ZA 1NGJA 2WUSA 2CGKA 4MLEA 2D0PA 4BRPA 3H3NO 2Q0RA 2YJFA 3H1VX 3CJ7A 4B1WB 1CZAN 3MMVA 3H45C 3KVGA 4H0YB 4IZ9A 4BC5A 4CZKA 1BUPA 2HF4A 5ADXH 4XH5A 2QW9A 1NGCA 2I7NA 1U6ZA 5FPEA 1BG3A 3UKUB 3M6GA 5AZJA 5EOYA 1GLJO 2YJEA 1HKGA 3W0LA 4BRNA 1G99A 1ZXOA 2NZTA 3AARA 4CD1A 2FSKA 4RCHA 3VEVA 4I6MA 3HM8A 4M63C 4F9OA 1DEJA 4H03B 1C0FA 1T6CA 3FR0A 3VOVA 1NLVA 1HKCA 2P9NA 3LM9A 5F2RA 3O8MA 5JLHA 5AFUA 4NO7A 3EZWA 2D0OA 1YUWA 2CGLA 2FF6A 3U9DA 2OANA 1ATNA 1KXPA 3MDQA 3I33A 2IIRA 3CJ1A 2E2QA 3VF2A 2QWMA 3KZBA 4FWPA 3ZEUB 2HMPA 3SMSA 4A2AA 4PKHA 5LJVA 3A5OC 5AQFA 3UB5A 4B1YB 1S22A 1QQMA 1XQSC 1MWKA 3S41A 3ZETB 4DB3A 3MK6A 1V4SA 3DAWA 2P9SA 4AM6A 1GLLO 5LJWA 3U9ZA 4BQZA 5LY3A 4BRCA 3GG4A 2E88A 1MDUB 2QXLA 3VGMA 3HI0A 4FWSA 4BR2A 4JHDB 3HSCA 4IJNA 3C7NA 2H3GX 3QFUA 3EKUA 1TUYA 1DGKN 2P9IA 3D2EA 1XC3A 4QS8A 4XEIA 4BRDA 3LDNA 3SMPA 2V7YA 2YHYA 2Q0UA 2IVOA 4ISFA 3D2FB 5KQDA 4K43A 1HJOA 3CJAA 1Q18A 4MLHA 3WXKA 2P9UA 1MA9B 3H46O 3HTVA 4FWQA 1QQNA 3MN6A 3HZ6A 1K8KB 4JD2A 3ZX3A 3QICA 2V7ZA 4BR5A 2P9LA 4H0OA 4CD3A 3M3ZA 3A5MC 3IUCA 1NM1A 2F9TA 3CJCA 2P9PA 5AZIA 2GELA 3UKRA 4XH4A 2Q2RA 1J6ZA 3GBTA 4CBXA 5EVZA 4H5NA 2QWLA 2AA4A 5KPZA 3QBXA 1SZ2A 1T44A 2D4WA 4BC4A 5AQTA 4DQ8A 3FZMA 5BREA 3EN9A 2IVNA 5JMVA 3WQTA 3ENOA 3IDHA 4M7YA 4YDUA 3DJCA 4JN4A 4K41A 5AQHA 3A8YA 4QS9A 5I9EB 5AQKA 3DXKB 4WQ5C 3FLCO 1HUXA 2QWRA 5EXWA 4BC2A 4O8KA 1NGBA 2KHOA 3DWLA 3O6WA 4NB4A 2V51B 1BO5O 4FO0A 5AQRA 4CJ7A 3VETA 2Q36A 3GL1A 4H0XB 5KQ8A 5AQPA 2E8AA 3B8AX 3R8EA 3QMLA 5BRHA 4AM7A 4PKIA 3VERA 2ITMA 4RWTA 2YHWA 2GTDA 1R59O 3FZFA 4E1JA 1TYQB 3CIPA 3SJHA 4BR4A 2P9NB 2YHXA 4FSVA 4BG9A 2ASMA 5AQWA 1LCUA 3DXMA 4FWMA 4BRAA 3WXIA 5BR9A 3CJBA 3JXUA 3ATUA 3QDKA 2CH5A 1SAZA 5BPMA 2ASOA 2Q31A 4EAHD 5AQIA 4BC3A 2FLOA 2NLXA 1C0GA 2A5XA 3LDLA 3MN5A 2E2NA 3VPZA 4KBOA 1BU6O 5AQYA 3VGKA 5KPTA 5KPRA 4BRLA 4MO4A 3BF3A 1MWMA 2CGJA 4EHUA 2ZWHA 1U2VA 3GDQA 3J8AA 4A2BA 5CE3A 2A42A 5FPNA 3D2EB 1GLFO 1WUAA 1S3XA 1Z05A 2P9KA 4BROA 4B1XB 3FE1A 2Q1NA 4CZMA 4BR0A 2CH6A 2YI1A 2E2PA 3TPQA 5E26A 4H5TA 5AFUH 3WUHA 3CERA 3D7EO 2Q97A 3FZLA 2GWKA 4WQ4C 4BVPA 3BF1A 2BTFA 3A5NC 1NGIA 4JD2B 5AQXA 4BREA 4WQ5A 5ELZA 4A61A 2FSNA 2J4RA 1RDWX 4PKGA 4FWRA 3SK3A 3O08A 2D1KA 4WYBA 3H6EA 4FPAA 2P9PB 2EWSA 5AZIB 3ATVA 4BVOA 2QWOA 3MCPA 3BP8A 3ULEB 2E1YA 2HOEA 3TU5A 4A62A 2A41A 5FPDA 1KAYA 3ID8A 2E2OA 4BRFA 3LDPA 1ESVA 3CQXA 1LOTB 5F1XA 1RFQA 4K25A 2FF3B 1IJJA 1GLDG 1GLCG 4H5VA 4FWLA 4DHYA 4PL8A 4H0PA 4L3QA 3VENA 3EL2A 5BPNA 1H1VA 4IXCA 1IG8A 1D4XA 5AQJA 2ASPA 3AAPA 1BWFO 1BA0A 1OKJA 2A6AA 4ISEA 1JCFA 2F9WA 3IFRA 5AQZA 3KHYA 2NRHA 5TKYA 5BN8A 1P8ZA 2QWPA 3RSEA 1K8KA 1NGHA 3CETA 2PBDA 4FWOA 3WXLA 1E4FT 1HPMA 3CQYA 3L6QA 4H5RA 1NGFA 2ZGYA 5AQUA 1Z6RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BG8A 5CHIA 3R6MA 4C8MA 3DXMB 3AGKA 3CHWA 3OYMA 3SQ2A 5ADXA 1JCGA 2ZJRL 2QKBA 2NRTA 1S1XA 3OYIA 3O5BA 2RKIA 3T1HK 3TABA 4H0TB 3C0BA 5HP1A 4Y1DA 1U48A 3CC2N 4BRGA 4BDZA 1T6DA 3ZSOA 1YITN 3HM9A 4MDBA 4CZEA 4U67L 3KK1A 1EWRA 3P5JA 1U45A 3DXKA 2IVPA 4IO8A 4DSFA 1MU2A 2HHHK 3L2RA 4Z94A 4B9VA 5JS2A 2YHAA 5BN9A 4CEDA 3VGLA 1D8YA 2YCHA 4DV7K 3O80A 3TSPA 3TWHA 4IOXA 3UE5A 5AR0A 4ILGB 2NRRA 4DF4A 4X62K 3QB0A 2VQFK 1QZ6A 2DFHA 1YXQA 4QAGA 3C7NB 1RT7A 4CGFA 1TYQA 4FXDA 4PUOA 3KKSA 2HF3A 3VN5A 3ZT3A 3VF6A 1BA1A 1SKWA 3D6RA 4YHHK 5AQLA 1ZBUA 1NK4A 3WXJA 2VWBA 3KK3A 4OJRA 4CZIA 4A59A 4N5SA 3FZKA 5GIPA 1ASVA 4HCCA 1VSMA 1QHTA 4FK4A 1ATSA 2P9LB 2B6AA 1XWLA 1L3SA 3BY5A 1BHLA 1XI1A 3QEVA 3I0RA 4CEBA 2B5JA 1ZBLA 2BUPA 2FSJA 4IFYA 1GLAG 4E3SA 1JLGA 4HUFA 2PYLA 1Y64A 4FM2A 4BR7A 5M1FA 3M1FA 1LW2A 3VQ8A 1SQKA 4NYNA 3ZETA 1K73O 4CF0A 3VEWA 4FJNA 3P1GA 1BISA 1N34K 4JHDA 3C95A 2O8BA 1OH6A 4RW4A 3KD1E 3A0IX 5J2NA 3RMCA 1VSFA 1NJXA 3NF6A 1XMQK 1X3NA 2P1JA 1JL1A 4N41A 3JS6A 2F4VK 1U47A 4M7XA 3LM2A 3BEXA 4DSKA 3P4IA 4GV3A 3E9PA 3IRXA 3LL3A 2FBVA 1BL3A 3KKRA 4K42A 4FOIA 1GLBG 1BI4A 1TVRA 3ENBA 3RR8A 3QERA 3CCRN 3D0PA 3HK2A 1REVA 4DQSA 1RILA 2FXUA 2OA8A 1LWEA 4CF2A 3OYGA 4FM1A 3AVIA 3VEZA 2UYTA 1VSEA 3H3OB 3WEEB 1YVNA 1TGOA 4BR9A 3VF4A 1T05A 1QZ5A 3QNOA 4B1ZA 5GADP 3F2KA 4DS5A 3PY8A 4LSNA 4BRPA 1YF5L 1YJWN 4B1WB 4I9LA 1CZAN 4UQGA 4IZ9A 4IO9L 1VQON 4DR6K 3ZSRA 3OYKA 3MECA 1Q9YA 2HBMA 1F21A 3PX6A 5EOYA 1QS4A 3VQ5A 1HKGA 3OYNA 3F5TA 4M45A 5GINA 2OTJN 1G99A 1RT2A 2NZTA 4RCHA 3HM8A 5IT9O 4M63C 1DEJA 4H03B 3VOVA 1NLVA 4DTUA 3LM9A 3P31A 3ITHA 4NO7A 1S6PA 4FJHA 2D0OA 1YUWA 4E19A 4LF9K 3U9DA 4YOUA 3O3HA 1KXPA 3MDQA 3HPGA 1XNQK 4PQUA 3LALA 1TL3A 3VF2A 4FWPA 3ZEUB 2HMPA 4A2AA 1ASWA 3V9WA 1IKWA 1B9DA 4B1YB 4CK3A 3OBWA 4JKDA 1JLQA 5C42A 4JI0K 3S41A 3LPUA 3SUOA 2E4LA 4AM6A 1NMNA 5K14A 5LJWA 5CYMA 2G8IA 4BRCA 4OPJA 1MDUB 4FWSA 4BR2A 4W5RA 4IJNA 3C7NA 5FRMA 1TUYA 1DGKN 1Q81O 4A5BA 4O5BA 1W2BM 2YHYA 4JI4K 4ISFA 3D2FB 3SQ0A 2QXFA 4R5PA 2VGNA 1IH7A 3O9TA 3K57A 4ID1A 2I5JA 2P9LA 4DFMA 3OJUA 1IKXA 4I7FA 4CHOA 1C6VA 1TV6A 2O8EA 2F9TA 2HVIA 4FLVA 4CJPA 5AZIA 4IOCL 4XH4A 4JI3K 4K8ZA 1HPZA 1J6ZA 5E41A 4YY3K 4CJVA 3NGIA 4FLYA 2E6LA 3O3GA 4DSEA 4H5NA 2QWLA 4DLGA 1SZ2A 2O8DB 3M8SA 3LAKA 3ALYA 4DQ8A 3F73A 3CFOA 4YFUA 2IVNA 1TKTA 3WQTA 4GKJK 2ITGA 4K41A 3QEXA 3SJJA 1RDDA 5EXWA 1NGBA 3DWLA 3O6WA 4CJKA 4DTOA 1W97L 3VETA 3E9LA 5KQ8A 3VQ6A 5BRHA 3QMLA 3CCLN 4PKIA 3VQ7A 1CZBA 3SUQA 2O8FB 5DK5A 2ITMA 4RWTA 1IKVA 1VQMN 4WFNL 4WFAL 4DV2K 4OLBA 4JS4A 2ASMA 3B6PA 1WSGA 3WXIA 5BR9A 3TAMA 4N47A 3CJBA 4FK2A 5BPMA 3SPYA 4O8UA 1NKCA 2FLOA 2NLXA 3EEQA 2F96A 2RHKA 3N4PA 4JI6K 5FROA 1QVFM 1W9HA 3MX2A 4BWMA 1LAVA 3VQCA 4DQIA 3I56N 4IFEA 5KPRA 1KCFA 4MO4A 1N32K 3TTDA 1N5YA 2X6SA 4YNQA 1E3MA 2CGJA 2EX3A 3TSUA 5C25A 2DY4A 1U2VA 3TTFA 4A2BA 2A42A 3K9JA 1GLFO 4RW8A 4BROA 3OYBA 1Z26A 2PFUA 1S9EA 2E2PA 4DV1K 5E26A 4DF8A 1HR0K 3NH2A 4Q5VA 2QK9A 4JD2B 4WQ5A 3G71N 4Z0UA 1RDWX 4PKGA 1OH7A 2BANA 1JKHA 4JI5K 4FWRA 2KW4A 4CESA 3M8RA 1IBLK 4WE1A 4JK8A 4DQQA 4DSIA 4WFBL 3ATVA 3WNFA 4CJQA 3ULEB 2E1YA 2HHVA 1KAYA 4KKOA 3ID8A 2G8UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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