4K25A

Crystal structure of yeast qri7 homodimer
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
374
structure length
355
Chain Sequence
YKVLAIETSCDDTCVSVLDRFSKSAAPNVLANLKDTLDSTKAHIHHQARIGPLTERALIESNAREGIDLICVTRGPGMPGSLSGGLDFAKGLAVAWNKPLIGVHHMLGHLLIPRMGTNGKVPQFPFVSLLVSGGHTTFVLSRAIDDHEILCDTIDIAVGDSLDKCGRELGFKGTMIAREMEKFINQDINDQDFALKLEMNMLSFSFSAFITALRTNLTKLGKTEIQELPEREIRSIAYQVQESVFDHIINKLKHVLKSQPEKFKNVREFVCSGGVSSNQRLRTKLETELGTLNSTSFFNFYYPPMDLCSDNSIMIGWAGIEIWESLRLVSDLDICPIRQWPLNDLLSVDGWRTDQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Probable tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protei
publication title Reconstitution and characterization of eukaryotic N6-threonylcarbamoylation of tRNA using a minimal enzyme system.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Biosynthetic protein
total genus 96
structure length 355
sequence length 374
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2013-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k25A01
5KPRA 1MWKA 3F9MA 2P9UB 3CJAA 5FPDA 4BR9A 1YXQA 3QBXA 3A5MC 4XH1A 4CZHA 3LDLA 4BC5A 3H1QA 3U4LA 3AAQA 4PKGA 3D2FA 1NBWA 1MA9B 3LDPA 3FZLA 2BUPA 3CJBA 3O80A 4FOEA 1LOTB 1J6ZA 1HPMA 4EAHD 4YDUC 2CGKA 4CZIA 4CZLA 4H0TB 3QMLA 3D7EO 2ASMA 3FZHA 1GLCG 2FXUA 3KZBA 4K41A 4B9QA 1T6DA 1NGFA 2QWNA 3SLCA 4PL8A 4O5FA 5KPTA 4DB3A 2A3ZA 3VEZA 1ESVA 5AQGA 1GLLO 3J8AA 3CQYA 3S41A 4Y0WA 4BGAA 2HOEA 5F2RA 2EWSA 4M7XA 1NGGA 3ZEUB 4CD1A 1BUPA 1YVNA 3IFRA 5CE3A 2AA4A 5AQLA 4PKIA 1BA0A 4DHYA 4H5VA 5ADXH 1KAYA 3UB5A 3WXJA 2FLOA 5AQRA 2QWPA 2ZWHA 3QFUA 5AQHA 2ZF5O 4BVPA 1RFQA 1S3XA 1ATNA 3U9DA 3WT0A 4BRHA 4FPAA 3ENHA 3O6WA 2QWRA 3LDOA 5AQIA 4QS9A 1G99A 2A42A 1SAZA 3A8YA 2E2QA 3R6MA 4FO0A 4B1YB 4B1XB 1C0FA 1Q18A 5KQ8A 1YUWA 3DXKB 3H3NO 1IJJA 2J4RA 4BREA 1Z6RA 4IZ9A 3UKUA 1V4SA 3VF2A 3ZX2A 4BRQA 1R59O 1NGJA 1HKGA 3VEOA 5EY4A 1TUYA 4BG9A 2IVOA 2GELA 2CH5A 4BRAA 1NGBA 1NMDA 3MDQA 2FSJA 4BQZA 1S22A 1KAXA 2ITMA 1BOTO 5BPLA 4E1JA 5AQTA 4BRDA 3FE1A 3CJ9A 3HZ6A 3MN5A 2VWBA 1JCEA 3TPQA 3HTVA 5FPNA 1CZAN 3FZKA 4C23A 1EQYA 1DEJA 1U6ZA 3WXIA 4CI6A 4BRGA 5F1XA 1E4FT 2VCPA 4BR7A 5AQXA 5LY3A 1X9JA 3GG4A 4H03B 4FWMA 1XQSC 1BDGA 3VEXA 2QWMA 1ZC6A 5KQDA 1XUPO 1DKGD 2Q0RA 1KXPA 2YHWA 4PKHA 5BN8A 4WQ5C 4FWRA 2IVNA 3VESA 1QHAA 1TUUA 3A0IX 1NGDA 4B1ZA 4CZFA 2I7PA 3BP8A 2A41A 2E2PA 1T6CA 3C7NB 1HX1A 4H5WA 2D1KA 3VGMA 1ZBSA 1NM1A 2D0PA 5AQOA 3QDKA 5ADXA 4F9OA 2NLXA 1BG3A 3ATUA 3EKSA 4A61A 3WQUA 4FPBA 2H3GX 1TYQB 4YDUA 4BRMA 3HI0A 3MMVA 2E8AA 4H5TA 3DXMA 4NO7A 4CBUA 2QWLA 3FZFA 4H0OA 5BR9A 3HM8A 1D4XA 3DWLA 4FWKA 4M63C 5AZIB 3WEEA 3VEYA 3BUZB 3UKRB 3ATVA 4CZMA 1SZ2A 1JCFA 4J8FA 4XEIA 3QICA 5BRFA 2P9UA 3FLCO 2ZGZA 4H0YB 4MLHA 1NGAA 5AQQA 3JS6A 5AZIA 1GLEG 4H0XB 4BRKA 3UKRA 1NGCA 3EZWA 1X3MA 1NGEA 2QM1A 3SMPA 4JN4A 1HKBA 3LL3A 4FWPA 1T44A 4K25A 4BRPA 4PL7A 3H1VX 4I6MB 4IO8A 4CD3A 5JLHA 4NB4A 4WYBA 3FGUA 2V7ZA 5AZJB 3ZETB 5JICA 2FF3B 3SK3A 2GWJA 2E88A 1K8KB 3O1BA 4CBWA 2E1ZA 2P9KB 3ZX3A 5BPNA 3AARA 1KAZA 2V51B 4H5NA 4I6MA 2GTDA 2WUSA 3G25A 1H1VA 3ZX0A 5E84A 3R9PA 3ZEUA 3A5LC 1BWFO 1BA1A 4RCHA 2E20A 4BC3A 3U9ZA 1RGIA 3OHRA 3ZETA 3C0BA 5AZJA 1RDWX 2V52B 3DJCA 4RWTA 1NLVA 3A5OC 4BR4A 4CZKA 3U8XA 4DQ8A 1HUXA 3LM2A 5AQMA 5AFUH 2HF3A 3CQXA 3W3DA 2YJFA 3H3OB 3VENA 2IIRA 5BRHA 4B1UB 4EHTA 1ATRA 2YJEA 5BRDA 3SJHA 2P9LB 3EO3A 5TKYA 3ID8A 3WXKA 3IMXA 1YAGA 3QBWA 1V4TA 5BN9A 3DXKA 4WQ5A 1HLUA 1DGKN 2FSKA 4BVOA 5I9EB 3VGKA 1GLAG 2OANA 4DCHA 1HJOA 3CI5A 5BREA 4MLEA 3GE1A 2Q2RA 3M3ZA 4XH4A 1QQNA 4H5RA 5AQVA 2GUPA 3R8EA 1BU6O 1U2VB 3I33A 1X3NA 3FR0A 1P8ZA 4EFHA 4EHUA 4FWOA 2Q36A 4B1VA 3P4IA 4BG8A 5B8HA 3VOVA 4KBOA 2P9SB 3WQTA 4BGBA 3IDHA 4JD2B 2GWKA 2Q97A 2QW9A 4CZEA 2F9WA 4LC9B 3VPZA 4CZGA 1U2VA 5FPMA 5EVZA 3LDNA 3W0LA 5EOYA 2YI1A 5AQPA 5AQJA 2E1YA 3CERA 3ULEB 3H46O 5AQYA 3MCPA 3VGLA 5JMVA 5JLFA 3MN7A 4JD2A 3MN9A 2FF6A 5AQFA 2ASPA 2E2NA 5EXWA 3CJ7A 3L4IA 3GL1A 5AQUA 4BR2A 3BEXA 4K42A 3CJ1A 2P9IB 4A2AA 4JAXA 3A5NC 4BRIA 4A62A 4WQ4C 4H0PA 1BO5O 3C7NA 1SQKA 1E4GT 1ZXOA 1MWMA 1WUAA 2HMPA 3CHWA 4JHDB 4IXCA 4CJ7A 4O8KA 3MK6A 1ATSA 3H45C 3WXLA 1TYQA 5AFUA 1NWKA 2D4WA 2Q1NA 3AY9A 2P9IA 3O08A 1QQMA 5LJVA 3D2FB 5ELZA 2Q31A 1MDUB 4XH5A 3ENOA 2QWQA 2ASOA 3IUCA 3O8MA 4H0VB 4JHDA 2FSNA 2UYTA 5AR0A 4FWSA 2ZGYA 3MN6A 5AQZA 3L0QA 1HKCA 3BF3A 4RTFD 4QS8A 3VF6A 3JXUA 1QZ5A 2F9TA 2A6AA 4IWVA 3HBTA 3RSEB 1Y64A 4MO4A 2W41A 3KVGA 3VEWA 3D2EB 5EX5A 3VF4A 1C0GA 2VYPA 3M6GA 4CZJA 5AQKA 3O4WA 3FFKB 4BRCA 5FPEA 4FWQA 3VEVA 3QB0A 3CIPA 3EL2A 3CETA 3RSEA 5KPZA 4HTLA 4FWNA 4FL9A 3FZMA 1GLJO 2DPNA 1K8KA 3D2EA 2P9KA 3HSCA 2CGJA 1IG8A 5AQWA 3O5BA 4BRLA 2GEMA 4GY2B 4EIAA 3AAPA 3LM9A 4B1WB 2YHYA 1GLDG 4QS7A 3UE5A 3CJCA 3UKUB 1NGIA 3DAWA 4IJNA 1QZ6A 3EKUA 3LDQA 4FOIA 1LCUA 4JNEA 3SMSA 4Z94A 2V7YA 3GOIA 3VETA 3M1FA 2KHOA 2P9PB 4HWIA 2QWOA 1QQOA 2P9LA 4A2BA 2BTFA 3TU5A 2YCHA 3GDQA 5E26A 2A40A 3H6EA 4BC2A 4M7YA 3VERA 2P9PA 4WQ4A 2NRHA 2D0OA 5LJWA 4FSVA 4ISGA 3WUHA 5AQNA 4FWLA 4ISFA 1OKJA 5BPMA 2Q0UA 5F0XA 2P9NB 4MO5A 1NGHA 4BRFA 3EN9A 3GBTA 4ISEA 2P9SA 2E2OA 3L6QA 1GLBG 4BQLA 3QFPA 1WOQA 2IVPA 2PAVA 2I7NA 4BRNA 4BROA 2P9NA 1XC3A 4AM6A 3B8AX 2A5XA 4BR5A 2QXLA 3I8BA 3ULEA 4L3QA 4AM7A 3BF1A 3DXMB 2PBDA 5AQSA 2CGLA 2AP1A 3O1WA 4BR0A 2CH6A 3KHYA 1GLFO 2W40A 4GNIA 3WEEB 1JCGA 4IJAA 2HF4A 4CBXA 1Z05A 4K43A 4BC4A 2YHXA 2NZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGHA 2XY8A 3F9MA 4CK3A 5FPDA 4B08A 1NJZA 1YXQA 4E1NA 1HNVA 2FC0A 3RMBA 1K73O 3LDLA 5C2FA 3U4LA 3PIOL 3C6UA 3KD1E 4OKJA 3PX6A 3FZLA 3CJBA 1YVUA 2IOCA 4CF9A 1J6ZA 4B3SK 2BGGA 1HPMA 4PA1A 1TL1A 4CZIA 4CZLA 3ZT2A 2ASMA 4CEBA 1GLCG 3O4NA 1L3VA 3KJVA 3OYEA 4MQ3A 4FLWA 1Q7YO 4FK4A 2WONA 3CQYA 4CJ3A 1HNXK 2ITGA 4BE2A 2EWSA 4CD1A 4DTJA 4FYDA 2AA4A 5AQLA 1ASUA 2B5JA 1QS4A 4DHYA 5FLXO 3O9SA 1NJYA 4DR3K 2ZF5O 1NG9A 4I2PA 3TWHA 2JGUA 3WT0A 4GV6A 4FZZA 3O6WA 3EY1A 5AQIA 1OH8A 3CCLN 3A8YA 3F73A 3MEDA 4CHYA 1RDDA 1QSSA 4N76A 3R6MA 4FO0A 1YI2N 4B1YB 4B1XB 3NBPA 1C0FA 1NJIO 2B4JA 4DTUA 4CF1A 1IJJA 2J4RA 2HHUA 3UKUA 3ZX2A 4B3MK 4F8RA 3MECA 2GELA 3OYHA 4DLGA 4CGGA 1S22A 4GKKK 1UWBA 3ID6A 4AILC 3T19A 4O5BA 3CJ9A 1RDAA 1JCEA 4JK9A 4LSNA 3V81A 2VGNA 2UUAK 5M1OA 4C23A 1EQYA 3G6EN 1U6ZA 4JRPA 1S9EA 1E4FT 2VCPA 4W5OA 4BR7A 1JLCA 3J7AP 5LMUK 4FWMA 2O4IA 4CJQA 4RW9A 4ELVA 1ZC6A 1NOZA 1XUPO 2Q0RA 3ZSVA 4CF2A 2YHWA 5M1NA 2XY5A 3KKSA 1QHAA 4B1ZA 2UXDK 1FW6A 3SI6A 4DKWA 1S6PA 2I7PA 3OJSA 3C7NB 1HX1A 1TKZA 1RT4A 4H5WA 1ILYA 4DR1K 1HQEA 5HRPA 1YT3A 2Y1JA 3QDKA 1QSLA 1BG3A 1NNEA 1TKTA 4CJVA 1WB9A 4BRMA 3HI0A 3KKRA 3VMFB 1RBTA 4H5TA 3DLHA 4CBUA 4RW6A 4YOTA 4B9MA 3CCJN 3DWLA 3VEYA 3ZSZA 3UKRB 3ATVA 1SKSA 1SZ2A 1EETA 1VQLN 3CC2N 3F5TA 3OYJA 4CIGA 4X66K 2P9UA 2VG5A 3FLCO 4MLHA 1NGAA 4LFCK 2O8BA 1XHXA 3JS6A 5AZIA 4C1NI 4H0XB 3LZIA 3OYGA 4YOYA 2GV9A 2NUBA 4FWPA 5CZ2A 1T44A 3IRXA 3TAPA 3ZT3A 5C10A 2F96A 3ZT4A 5JLHA 1QE1A 4NB4A 3PO4A 4WYBA 2V7ZA 2NRRA 4Z4CA 3OS2A 2E1ZA 2P9KB 5BPNA 3E9OA 3K2PA 1S1XA 3ZSOA 2WUSA 1H1VA 4DV5K 3ZEUA 1HNWK 1YIJN 1LAWA 1F21A 3EEQA 4RWTA 1JLGA 4E7KA 4DQ8A 4DMNA 1ASWA 2FBXA 1VSIA 5BRHA 1DTTA 1RT1A 3RR7A 4EHTA 1ATRA 4KTWA 2YJEA 2XRIA 3DLKA 2XY7A 4O4GA 2NNWA 3BY5A 5TKYA 3ID8A 3K5LA 2HHWA 1YAGA 2NRWA 4OJRA 3DXKA 1DGKN 1ZBFA 3VGKA 3QEIA 3V9UA 2YHAA 3P38A 3CI5A 4NXNK 3JSMA 5AQVA 3ZSWA 1ZYQA 4EHUA 3HPGA 4OKKA 4B1VA 4BG8A 1GOAA 1Z26A 3VOVA 4KBOA 1IV0A 4BGBA 4GW6A 4JD2B 3TSQA 4CZEA 2F9WA 1HPZA 4CGJA 1VQ4N 1RT3A 1HJRA 3LDNA 1KCFA 3W0LA 4CHQA 3NF6A 2G8UA 2E1YA 3MX2A 3RMDA 3H46O 1U47A 4I9QA 4NCBA 5FDLA 5JMVA 4Z4EA 3MN7A 1WSIA 5EXWA 3L2VA 3TAEA 1VQKN 3MEEA 4A2AA 3A5NC 4IFEA 5KGWA 3P83D 4PHTX 1WUAA 3RVCA 1TL3A 3J7YP 4DQRA 4CHNA 4IXCA 4CJ7A 4DUZK 3MK6A 1X9SA 4E89A 2ATQA 3WXLA 5LMNK 2Q1NA 2P9IA 2PY5A 3D2FB 3CXCM 1I3AA 3CFRA 4JI1K 4H0VB 1NJXA 4CGIA 3A2FA 1TK8A 3CFOA 5AQZA 4KTQA 3VQ4A 1YJ9N 3AO5A 3TAGA 1X9WA 3BF3A 4CVNE 4OGEA 3OS1A 4QS8A 3LPTA 3OW2M 2QKBA 1OVYA 2E4LA 1QZ5A 3JXUA 3HBTA 1Y64A 4MO4A 3AO4A 1W0HA 4AHUA 3VF4A 4GKJK 3CCSN 4B3RK 4KB1A 1C0MA 3FFKB 4O44A 1VRTA 4FWQA 1XWLA 3VEVA 3EL2A 4LF5K 4FWNA 3ZT1A 1KD1O 1OVQA 2HBKA 2O4GA 3IG1A 1VSJA 3THYA 3HSCA 3SQ4A 4LF8K 4I7FA 4KPYA 3VA0A 3LALA 4X62K 4EIAA 4CJKA 1J5EK 4IJNA 1EX4A 4X64K 4CW7B 1QZ6A 4JNEA 4N5SA 1ZBIA 3SMSA 3QESA 2P9PB 4LH5A 4HWIA 2X6SA 1QQOA 3EE9A 1VAZA 4FJ5A 4CESA 3N4QA 4H4MA 4CJ4A 3SQ1A 2P9LA 4FW2A 2P5GA 3DOLA 5E26A 2O8DB 3CM5A 3QEWA 2E6MA 1RILA 4M3RA 3L8BA 4DR2K 2W42A 4DV6K 3KWGA 1U4BA 2YHBA 4ISGA 3KLGA 4KRFA 5E41A 2G8KA 2Q0UA 3WNEA 3NMUA 4DTMA 5M1QA 1BIZA 3EN9A 3GBTA 1Q8IA 2JLEA 2W6LA 3NGYA 4CFCA 4CF0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3EKU A;  4DTP A;  1LCU A;  3THX B;  1K9M O;  4Z94 A;  2V7Y A;  1A5V A;  3GOI A;  3MAQ A;  1C1B A;  4CJ5 A;  1UOC A;  3TSP A;  3M1F A;  4DF8 A;  2KHO A;  3J80 O;  3DOK A;  2NRX A;  4JRQ A;  1VSH A;  4M45 A;  2BTF A;  4YOU A;  3HJF A;  2F7T A;  2YCH A;  3MCA B;  3TI0 A;  3J81 O;  3MX5 A;  2WOM A;  3VQP A;  4CK1 A;  1D8Y A;  3IAY A;  4K8X A;  1KLN A;  5F0X A;  4IOA L;  4MO5 A;  3KLE A;  3KTQ A;  4CGD A;  4ISE A;  2P9S A;  1VSL A;  1C1A A;  5T7B A;  1HNZ K;  5HL7 L;  3OYI A;  1GLB G;  3QFP A;  2UU9 K;  3ZSX A;  2PAV A;  3HXM A;  1JL2 A;  3K59 A;  2I7N A;  2FBT A;  3E01 A;  2P9N A;  2F8S A;  3AA4 A;  2A5X A;  2Y1I A;  4JYA K;  1L3S A;  2QXL A;  3ULE A;  4HCB A;  5J2P A;  3BF1 A;  2HHX A;  3THV A;  2O8E A;  1IKW A;  3R3L A;  2Z1G A;  2PBD A;  5AQS A;  3PLA A;  2AP1 A;  3O1W A;  1GLF O;  3WEE B;  4CBX A;  3ENB A;  4K43 A;  1WLJ A;  2O8C A;  1VSE A;  4E0D A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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