4K38A

Native ansmecpe with bound adomet and kp18cys peptide
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
369
structure length
369
Chain Sequence
PPLSLLIKPASSGCNLKCTYCFYHSLSDNRNVKSYGIMRDEVLESMVKRVLNEANGHCSFAFQGGEPTLAGLEFFEKLMELQRKHNYKNLKIYNSLQTNGTLIDESWAKFLSENKFLVGLSMDGPKEIHNLNRKDCCGLDTFSKVERAAELFKKYKVEFNILCVVTSNTARHVNKVYKYFKEKDFKFLQFINCLDPLYEEKGKYNYSLKPKDYTKFLKNLFDFWYEDFLNGNRVSIRYFDGLLETILLGKSSSCGMNGTCTCQFVVESDGSVYPCDFYVLDKWRLGNIQDMTMKELFETNKNHEFIKLSFKVHEECKKCKWFRLCKGGCRRCRDSKEDSALELNYYCQSYKEFFEYAFPRLINVANNIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of an AdoMet radical activase reveals an anaerobic solution for formylglycine posttranslational modification.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Anaerobic sulfatase-maturating enzyme
molecule tags Oxidoreductase
source organism Clostridium perfringens
total genus 135
structure length 369
sequence length 369
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.98.-:
pdb deposition date 2013-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF13186 SPASM Iron-sulfur cluster-binding domain
A PF13353 Fer4_12 4Fe-4S single cluster domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4k38A00
1OFAA 3E0IA 2Y89A 2ZRVA 4POCA 4RJEA 2NLIA 5AYZA 4CNNA 3W1NA 3DHDA 1M6JA 3FFSA 3HGSA 2V2CA 2ZQ0A 1LCOA 4JYFA 1UCWA 2VFEA 2FDSA 3EX4A 5KZEA 4AH7A 4K37A 2H8XA 4CQ9A 5F2MA 2ZZ4A 4QIUA 3O05A 1GVSA 1VJIA 5CPNA 5LKYA 3NYZA 4Z0JA 4JICA 4AXKA 3FKRA 3H54A 2B0MA 1NSJA 2NV2A 3DKJA 4K39A 3LM7A 1NF7A 1H7NA 2PRLA 3PB2A 4N6EA 3G3DA 3A24A 3W7IA 2X30A 4ADUA 5H91A 3LBCA 3R5EA 1LRTA 3FIGA 2ZZ6A 2CZFA 2GUUA 4DF0A 1IXPA 3W85A 2ZZ5A 1D9EA 3TH6A 2EF9A 1GZGA 1G4SA 4AAJA 4A3UA 3TJLA 2P10A 2Y63A 4GUJA 5G2IA 2IQTA 2VXNA 5DXYA 5FF7A 3W87A 3KHJA 3TROA 4GNJA 1YTDA 2CLMA 3LXAA 3JS3A 4RK8A 5HINA 2QAFA 3GDLA 2QCHA 4JTUA 4QQ3A 4JTTA 1GOXA 2RKXA 3LLFA 5DCDA 4M7TA 3AJXA 2RH9A 2DZWA 2ZRYA 1T99A 4ML9A 4TMCA 1G4PA 3NQDA 3GXPA 2QDHA 4C1LA 3H55A 1OFQA 5G4EA 3ABSA 1EP2A 3QMSA 1X1ZA 3W75A 3VNDA 1TQJA 4LUJA 4R7JA 3V75A 1SO4A 2V81A 3FLUA 3T78A 3W7DA 4D2JA 3LBMA 3IIPA 1EWDA 2V2DA 1LOLA 3ABOA 1HTIA 2CLKA 2TSYA 2X2GA 4CCCA 4MJMA 3IEBA 2X1TA 3LXBA 2QR6A 3T4CA 4EIVA 4MVAA 5F1UA 1P5BA 2DZVA 3SW6A 3O15A 5TIMA 3IVUA 1FDZA 4GE8A 3A22A 3GNNA 3R89A 3TE9A 3B05A 4L4MA 1R30A 5FESA 4O13A 3QRHA 4Z1DA 4N6FA 3M6YA 3EX6A 1H50A 5AC6A 1B3OA 4S2BA 4AEOA 3W7PA 3ELFA 2W6RA 4M7SA 3HG3A 4M6QA 4OV9A 4ONVA 2B7PA 4MOZA 4DQWA 5D2XA 3P7YA 3CM4A 3M1ZA 4CNPA 4JIPA 3UD6A 3USBA 4XWUA 3G3MA 5K9CA 2PRMA 4S1FA 2ATMA 4QNWA 4Q33A 4K38A 3MJYA 5BMXA 2OT1A 3MI3A 1Z48A 1K03A 3PG9A 3ZWTA 2DZSA 2QCFA 3OVRA 3QQ0A 3W2NA 5AC7A 3DBPA 3QC3A 2QCDA 3GR8A 1YYAA 4DEFA 5CSRA 4N4QA 3MW7A 3PSWA 1FWSA 3OVQA 4MY1A 3LTYA 4N2YA 4AF0A 3SECA 2Y6ZA 3AO0A 4XUGA 2JK2A 4N02A 3OA3A 4UXDA 4FNUA 5H2ZA 1JQVA 1EUNA 2A7PA 3TAKA 3IRDA 1LTDA 2QUUA 3DXIA 3LV5A 4PH6A 4M19A 4HSNA 3T44A 2FPTA 5C5YA 3GXNA 2Y88A 4FX7A 4O52A 3GKFA 3LOTA 4MJZA 2HTMA 4ZQMA 2VEPA 1XDLA 3MYOA 4PL2A 2UV8G 5FEZA 4P61A 3S5YA 1ICQA 4PEKA 3LV6A 3EEGA 4WY0A 1XI3A 1OX6A 1Q45A 4OU1A 4MFEA 4NJKA 2OMAA 3L66A 4JS3A 3CHVA 3MUXA 4LWWA 2V2HA 5D38A 4GFSA 4Y8FA 3UNDA 1DJQA 1FQ0A 1W5PA 1ZAHA 2E77A 1KFCA 1LRNA 1WV2A 2QJHA 3S1WA 2HMCA 3W3OA 1DOSA 3M0ZA 5AB3A 1F73A 3QQ1A 4JTEA 4N9CA 3HGOA 3LHZA 4YWIA 2TYSA 2JKEA 3N3MA 3W7OA 1IF2A 2J6XA 1DKWA 2NZLA 4DO4A 3L0KA 4IXXA 2A0NA 3L5MA 5AC8A 1SW7A 3I7SA 2I14A 1G69A 5AN7A 1H7WA 4O4WA 4HPJA 3UWWA 3W2JA 4NT0A 5DBUA 3W2MA 4JDBA 5HWNA 4QM1A 4UFIA 1B4EA 1O5KA 1FWNA 1WAUA 2C19A 1EWEA 4I7WA 4JIQA 3G0UA 3W1AA 4MUZA 3TA6A 5LSMA 1VH7A 4N9DA 4JX6A 5G2HA 1TJPA 5KZDA 1XBZA 2ZDRA 2Q3OA 2CLEA 5HWMA 4UNLA 3QM3A 4BI7A 3NQCA 4DO6A 3MHUA 3HJZA 1H51A 4Y90A 4DXVA 3W1RA 3KRZA 2YYUA 3IIOA 1RZMA 2GPTA 3JR2A 3W84A 2FPYA 4AHQA 1ADOA 2V5BA 2NWRA 2CLIA 3LX9A 3G18A 4OQVA 1SFJA 5I3HA 5CPOA 1I2PA 1AW2A 4FIQA 2VOMA 2ZTJA 3QW4B 4TIMA 2VEIA 3C61A 2V82A 1NVMA 1YDNA 4HPXA 3MBFA 1B57A 3NQ2A 5D33A 3TV8A 1ML1A 3S5NA 4OGZA 1QPNA 2E68A 3OIXA 3R12A 5EBUA 5HR6A 1KTNA 5HJLA 1VHCA 1QMLA 5I3KA 4XZ9A 1TPFA 1TPWA 3PBUA 3EWWA 5CZJA 1FUYA 5FI8A 1R46A 3UPBA 3C0JA 4O12A 5E0KA 2ZFAA 3EKZA 4NQ1A 2C13A 5D03A 1ME7A 4NX0A 2V9DA 1K02A 4WZHA 3S1UA 4WOQA 1XL9A 5FEWA 1OHLA 3HPXA 4NX5A 3NPXA 1K8ZA 4Z1CA 1G67A 2WV8A 4I7UA 4RZ4A 3W73A 1PV8A 3NPUA 4UUIA 1MEHA 1WYIA 4O0ZA 4FIRA 2EPHA 1Y0EA 2WO5A 5F4SA 1KM5A 2NV1A 3TW6A 1LM1A 3P5ZA 5DCEA 3FOKA 4JYEA 3NOEA 2Q3RA 3TSDA 1EX5A 2R8WA 3K30A 3NXFA 3S42A 3HF3A 1VS1A 3TSBA 2H90A 3ZR4A 3IIZA 1GVRA 3O16A 3QW3A 3N2MA 3GDTA 2XFWA 2VENA 5LZLA 3DFOA 4JTSA 4H3DA 4OBTA 2NX9A 3IVSA 3P8JA 3FA5A 2NUXA 3JRKA 2Q8LA 3UPWA 2ISSA 3BLFA 2H3BA 1L9WA 2C16A 1EIXA 1H1YA 1LOSA 1GYLA 1L2UA 1A50A 4FX6M 1G7VA 4IGHA 3PY2A 4LC8A 4O11A 1OYCA 3NL2A 1OX4A 1RR2A 4FB7A 2D73A 5D30A 3UYCA 3RLUA 4Z08A 2QCEA 1QOPA 5D02A 3W1TA 4XTIA 4FXRA 3GVGA 4I9AA 5AHLA 1XBXA 3SR7A 3TW7A 1K7EA 2WSRA 4JTGA 1OX5A 1B9BA 4Z1BA 3C52A 3Q58A 3CWNA 3LCWA 3THAA 3G0XA 5CG7A 1H7RA 1WA3A 5F2LA 3NQEA 2C14A 3TSMA 1X8FA 2R91A 2GQAA 5IBXA 2NUWA 2E6YA 3WJWA 3H53A 2TMDA 2QCLA 3NQGA 5EYWA 3S6DA 3TXVA 3LCIA 4GWEA 4MZ8A 3LXCA 3M9YA 5AOUA 2X1RA 4CCEA 3UZ5A 2R14A 1FWWA 3LCFA 5BOOA 3BARA 2Y7DA 3HGJA 4YLWA 3G1HA 2QDGA 1OYBA 4GUIA 2WSQA 1MZHA 2ISWA 4DPQA 2BWGA 1YXDA 2FQIA 3Q37A 5D04C 1QAPA 1PCKA 5AHNA 1TPVA 2BLEA 4CQ8A 2O7QA 1HL2A 3NEVA 1AW5A 2E6FA 2HS6A 1QO5A 1O5XA 4IMCA 2WKJA 1PVNA 1K3UA 4IX0A 1TPDA 3P67A 3CB8A 3FKKA 3D0CA 2DZPA 4ADSA 3IIXA 4DO5A 4Y6GA 1VYRA 2J24A 5FEXA 5D2YA 3UY8A 4MY8A 1WX0A 3G1YA 5KTLA 1ZNNA 4ORMA 5C6MA 3QEZA 4K6AA 3CLMA 1ONRA 3UXDA 1VQTA 4Y9AA 2B7QA 3QF0A 2Y61A 4U28A 1FCVA 1VCFA 3LTSA 4UMAA 1OK6A 1XUZA 4RZ5A 3IV3A 1TO3A 2XN2A 4NJIA 2NX1A 4EWND 3LHWA 1I45A 4GJ1A 4NJHA 2BXVA 1RQBA 1FCBA 3KFTA 1LOQA 2J9YA 4UTWC 4M6PA 2ZA2A 3C2RA 1Q3NA 3STFA 3PBVA 3IGUA 4MZ1A 3RFAA 1YDOA 3TJXA 4AB4A 1V7YA 2A7RA 5A5WA 1JUEA 1YLVA 3ZFHA 3BLIA 5ABTA 3N73A 1HO1A 4KFNA 2YR1A 1SZEA 2A4AA 1L6SA 1KM0A 1G6CA 3BO9A 1EB3A 1OG0A 3VFLA 4JTFA 5U7SA 2G96A 1R2SA 2VC6A 1TV5A 1SFLA 3A23A 1P0NA 4O8RA 4N4PA 1GVQA 2CU0A 2OCZA 1L6WA 5D05A 2PURA 3QPZA 3BW4A 3C8FA 1XCFA 5L6UA 3DFNA 3W88A 4UR7A 2G5WA 1PIIA 2CWNA 1JCNA 1JJKA 2A7NA 3N19B 3WK1A 3BPWA 3N2XA 1A5BA 3PBWA 4IOTA 4RCXA 5CPMA 1EUAA 4XTDA 3WJXA 2H3DA 4N9BA 1RPXA 3MMTA 4IJBA 3SGZA 4E0CA 3EX3A 3HBLA 2RDTA 4W9TA 4LVFA 3G1AA 4Y96A 3M5YA 3TC7A 4R53A 4JDYA 2QJIA 3L9CA 4RX0A 4NUWA 3TMQA 4E2DA 1QOQA 1TIMA 3L5AA 1KLZA 3L21A 3WJSA 1W5OA 3EWXA 4KFPA 3M5VA 5HQEA 3P74A 1A53A 2E5CA 3DH7A 3E96A 3LRLA 2OZ0A 4BI6A 5I3IA 3SJ3A 1ZAJA 5D37A 1I2QA 3DFSA 4DPPA 3UXAA 3C2OA 2NXIA 3W7HA 1RV8A 5J5DA 4K7VA 4GXMA 3SZ8A 2QCMA 4HNUA 2VKZG 5SWUA 2A5HA 2C3ZA 1NEYA 4WXYA 1C29A 5I3GA 1FCUA 4ZQNA 1W0MA 4PC8A 5D2WA 2Z6IA 1Q6LA 1UUOA 1BTMA 1F76A 3TQ0A 3M5XA 2A6NA 3T40A 1VCGA 4UTHA 1J2WA 1XBVA 3W71A 5FEPA 2CLOA 2NX3A 2FB3A 1X6UA 4O1CA 4C1KA 1UBSA 2EHHA 3A5VA 2FPVA 3B0PA 2CLLA 1ZAIA 4R34A 3GLCA 3MWAA 4UFLA 1YDVA 5TBOA 1X7FA 2V5LA 4UTLA 3KVKA 4FNTA 4ADTA 3W07A 2PCQA 3PUOA 3CIXA 1N7KA 3QJAA 4XBKA 3EWZA 3GAYA 3M5ZA 1S5VA 1JRCA 2QJGA 3S9YA 1W56A 4IUOA 3BV4A 3PG8A 3MI2A 1I2NA 3VI2A 4GC4A 4O18A 3NGJA 5AYYA 4O53A 1FCQA 1AMKA 4O15A 5BW6A 1IIHA 2DJXA 1I8JA 3QZEA 4FEZA 4HKPA 4RXFA 5CPLA 1RQEA 3BLEA 1VHNA 3ABRA 3ANYA 3W76A 5U4NA 4DF2A 1R2RA 4QAIA 4Z1AA 4N9EA 1K7FA 3ZS4A 1OF8A 2QUVA 2WSYA 1S3HA 5CGQA 2DP3A 1TTPA 1TSIA 4IWWA 5EPDA 1KM1A 4RKAA 1GJPA 4XKYA 2EAWA 3NG3A 3W9ZA 1K7XA 1KBIA 4IX2A 3PAJA 2X16A 2QCDB 5D2VA 3W6YA 3L0NA 2GJNA 1TPC1 3M16A 4HSOA 1GQNA 5HUOA 1KFJA 1YPIA 1CW2A 2QKFA 4AF0B 5I3JA 3HQ1A 3O6CA 3FJ6A 3RF9A 1WDWA 2DZXA 2NXHA 4YCPA 3MBDA 4UFKA 3P8IA 5AYXA 1EP1A 3BG3A 5C2XA 3B03A 3TNOA 5I3FA 2GVLA 4GUFA 1Q6QA 4AMAA 1GVFA 1JCMP 2VFFA 5HNRA 4A2RA 3WJYA 4O16A 1OYAA 4QNEA 2ZZ7A 3C3NA 3EXRA 2JKPA 1LP6A 5EMUA 2VELA 3SIZA 1TRDA 5LHFA 1CI1A 3NL5A 4WY0B 2QAPA 3P62A 3W72A 2CFFA 2OX1A 1TTJA 4ORIA 5KINA 1GG0A 4I7VA 3C6CA 3BGJA 3W2UA 5HULA 1PE1A 2X1UA 4WY0F 5FF4A 2ISVA 1SPQA 5LNVA 1KFKA 4UIOA 2Y85A 1UUMA 4ZL1A 1QPOA 3RNDA 4FHAA 1F6PA 2J9ZA 2ZA1A 2ZZ2A 2RFGA 3W1QA 2KZHA 4MZYA 3G24A 1VRDA 2E5BA 3I65A 1YTKA 3PULA 4ZQOA 2B4GA 5CZSA 3C56A 4NVTA 3KVJA 4WUIA 1KTBA 5K7JA 4QJ1A 1N8FA 4PFMA 3L68A 2ZRUA 3W7LA 4KWWA 3LDVA 3CC1A 1QPRA 3P61A 3SGUA 4LT9A 4UTKA 2ZBTA 3TMLA 3C2EA 4IMEA 3NQ8A 5BNKA 2BTMA 1BWKA 2GVGA 1LBFA 2ZZ1A 5DBTA 1VYSX 2ZA3A 1JCXA 3NAVA 4LUIA 4OT7A 4O57A 3LCGA 3S0CA 5HR7A 1W1ZA 3GYEA 2JGQA 4JX4A 3WJZA 1QWGA 1VZWA 3NVTA 5HMSA 5AFDA 2YPIA 2AGKA 1KTCA 3TU9A 3GX9A 4X2RA 1QFEA 4LV4A 3TXZA 3SFKA 3B0VC 2WNZA 3E02A 3NQFA 3NR0A 2C15A 3G22A 1H62A 3NA8A 3QPYA 1IXNA 2YFNA 4O10A 3HOJA 4IMFA 5F4XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZRV A;  3CIV A;  4CNN A;  3HGS A;  3FA3 A;  2ZQ0 A;  4GO9 A;  1UCW A;  2FDS A;  3C86 A;  5KZE A;  4BF5 A;  1CEO A;  3CQJ A;  4HB7 A;  1VJI A;  4L4O A;  3DYP A;  3B4Y A;  4UQB A;  7A3H A;  1NSJ A;  2XTK A;  2ESC A;  1H7N A;  3G3D A;  2X30 A;  3IWP A;  1FWE C;  1Z69 A;  4JFV A;  3LBC A;  2VNC A;  1QK0 A;  3LD5 A;  1LRT A;  1ELS A;  5LIX X;  3OVG A;  1DWJ M;  1IXP A;  3W85 A;  4K3Z A;  1Q4N X;  3TH6 A;  3PBG A;  2FZM A;  4JFU A;  4A3U A;  4ZST A;  3VFC A;  3USZ A;  5G2I A;  4KER A;  2IQT A;  3S2N A;  3U2C A;  3TLQ A;  3VMP A;  1JDC A;  2GGJ A;  4GNJ A;  1YTD A;  3VA8 A;  3JS3 A;  1ZB5 A;  3GDL A;  2QCH A;  4JTT A;  1GOX A;  3TN5 A;  2RKX A;  4X60 A;  1W9X A;  2DZW A;  2ZRY A;  4ML9 A;  1EKO A;  1EC7 A;  1M03 A;  5A6L A;  1FWB C;  1IEV A;  3PFR A;  4ZGY A;  4ACZ A;  3V75 A;  4MM1 A;  4D2J A;  4C6P A;  2Z2A A;  1EWD A;  2V2D A;  4S3E A;  1LOL A;  2TSY A;  2BP1 A;  2CLK A;  2X2G A;  4I5U A;  4CCC A;  4TV5 A;  3OA5 A;  1J6P A;  3IEB A;  2QR6 A;  4QJ3 B;  3MSR A;  1W17 A;  5T8G A;  3O15 A;  3QLD A; 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