The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
108
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sequence length |
532
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structure length |
532
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Chain Sequence |
YNISEMRIIGDTQKLDNELNQLLTHFKAGQLFRKTELSIIEEQIKQILGDRGYGSAKVDLYPKFNEEDHTVQINFIVDAGRRIYVRKIRFEGNDVTADSTLRREMRQQEGAWLSTSAVSLAKSRLERTGFYETVEMSMPTVKNTDDQVDIIYKIKERNTGSINFGVGYGSGSGLSYNAGITQDNFLGMGSSLGLNGSRNTDSTNVNLSYTEPYFTKDGVSLGGNIFYEDYDNSARKASAAYKRKTYGASGTLGFPVDENNSYYLGLGYTHDKLRNVEREYTREKYVNSMKFPINPQNSHYDRIQSADFDLSFGWNYNNLNRGYFPTAGSSANISGKLTLPGSDNKYYQVGTNFSGYIPLNSEHKWVIATKGGLAYTNSFGGKEVPFYQLYSAGGMGSLRGFAGGSIGPKAIYYREDGFKAPSQDVIGGNAMVNASLELIIPAPFISDKYQHNVRTSVFVDAATVWNTKWKQSKADYPNLPDFGDYKRVRASAGIALQWQSPIGPLSFSYAKPIKKYAGDEIEQFQFTVGSTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insight into the biogenesis of beta-barrel membrane proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Haemophilus ducreyi
|
| molecule keywords |
Outer membrane protein assembly factor BamA
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| total genus |
108
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| structure length |
532
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| sequence length |
532
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01103 | Bac_surface_Ag | Surface antigen |
| A | PF07244 | POTRA | Surface antigen variable number repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Porin | membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | membrane protein fhac | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | membrane protein fhac |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4BZA A; 3MC8 A; 3EFC A; 2MHJ A; 4QAY A; 4K3B A; 2X8X X; 2QDF A; 4C00 A; 2QCZ A; 4PK1 A; 4N74 A; 3Q6B A; 4C4V A; 3NJT A; 4K3C A; 2V9H A; 4XGA B; 4N75 A; 3MC9 A; 2VH2 A; 3OG5 A; 4C4V B; 2VH1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4YTP B; 2FUH B; 4FHK A; 3V62 A; 4IWP A; 3VR9 B; 2RDG A; 3URY A; 1Q9G A; 3LXF A; 3QC8 B; 4II3 B; 2YNK A; 4GF4 A; 1WM3 A; 4W9F A; 4RNA A; 4AYN A; 1EU4 A; 1L0Y B; 2K5P A; 4N75 A; 5CHV C; 4YT0 B; 2G4D B; 4KDI C; 5EE3 A; 4L23 A; 4A9A A; 5I4D A; 3MC0 B; 1K50 A; 3NVY A; 4BBN F; 2J1N A; 2WXM A; 2R4O A; 2BF8 B; 3I3T B; 3VY9 X; 1SIJ A; 2L83 A; 5DL8 A; 1PUT A; 3I57 A; 4YL8 A; 4E74 A; 1C79 A; 3QAQ A; 1KH0 A; 2BQQ A; 4GN1 A; 1BML C; 4A6Q A; 1P1A A; 2N9L A; 2RSU A; 2IWW A; 1SF0 A; 2V4I B; 2PLP A; 3LK4 2; 1G6J A; 5AFU L; 1QQR A; 2RGF A; 3TEX A; 3WU2 O; 2MHL A; 1IUE A; 3L0W B; 2H88 B; 2MBO A; 2MP2 B; 1ZKH A; 4NJ7 A; 1IP9 A; 1L4D B; 1ZHY A; 3FAH A; 2JSV X; 3TEZ A; 1SJE D; 5LNK 1; 2YEP B; 3SZV A; 2K4T A; 4LSI A; 3W1S A; 2M4N A; 3IXS A; 1KOT A; 2HTM E; 4PS7 A; 1E0Z A; 2JMM A; 1WJ4 A; 5J18 A; 2ZW1 A; 4K7W A; 3NY5 A; 1IYF A; 3VUX A; 3HW9 A; 3BYT B; 2KN4 A; 1WE7 A; 2Y0L A; 2KC2 A; 2QDF A; 1PFD A; 2B3A A; 1V9J A; 2JWU A; 3DHI C; 4DHJ D; 1RM6 C; 3U52 E; 3QHT A; 1Y56 A; 2MH7 A; 2W82 A; 4RGO S; 4G75 A; 2FIF A; 1X1M A; 1XCQ L; 2ZW0 A; 4XDC A; 5G5G A; 1SSN A; 3PRP B; 1HEZ E; 3AE6 B; 1FFV A; 2W81 C; 1YMH E; 2AEH A; 3TUO A; 2KD0 A; 3R7R A; 1N5W A; 3IT4 B; 4FUV A; 2Y3A A; 3KLS X; 4HDO A; 2J7Q B; 3CF6 E; 2LD9 A; 2F1V A; 4PS3 A; 1NEK B; 1R4N I; 3RN9 C; 1UWM A; 5AEK B; 4URK A; 1ZUD 2; 1QF6 A; 3PSE B; 1E7P B; 3NZS A; 1T0R C; 2ONQ A; 3AI5 A; 4AYM C; 3FYX A; 4QQ1 A; 3VDZ A; 4L2Y A; 4FRX A; 1SE3 A; 2N9P C; 2QTK A; 3APF A; 2LHE A; 4M8M A; 4B0M A; 5KAF O; 3MP9 A; 1U4A A; 2CJN A; 2D3B A; 4JPS A; 3BVG A; 3PO0 A; 2KFK A; 1WMH B; 1LM8 B; 5HHD G; 4MGY E; 2MBH A; 2EKI A; 3KWV A; 1QOG A; 1FPY A; 4ZRQ A; 3AE9 B; 1E7U A; 1PGA A; 3R8B A; 2MHJ A; 3W9C B; 5BO4 B; 2Y5B B; 2CU3 A; 1ZW7 A; 3E56 A; 3L08 A; 3Q2A C; 3SHQ A; 4U9C A; 1T1L A; 1OFF A; 3OAW A; 3BRZ A; 1V5T A; 5BMG A; 1NVI D; 3IG3 A; 2NBU A; 1WI0 A; 2KN5 A; 4IKG A; 1HXY D; 1WR6 E; 1FO4 A; 4UDU C; 5AUI A; 3DBL I; 4B0E A; 4WWM A; 4TKN A; 3DZM A; 2X38 A; 3DPD A; 4L1B A; 2KXP B; 3V8U A; 4HKZ E; 1DYQ A; 4RCO A; 3RNE C; 3DHG C; 2ZPN A; 1MHX A; 2KZR A; 3QA8 A; 1EO6 A; 2BWF A; 1YN3 A; 4BOZ B; 1QKZ A; 2L0F A; 2VZK D; 4KR8 A; 1SE4 A; 5C2T B; 3X23 A; 2HD5 B; 1KRH A; 4FZL A; 1WXM A; 2N9E B; 3NS8 A; 5DL6 A; 3DVG X; 4RLB A; 4DXF A; 2K6Q A; 4G11 A; 2FCS A; 2CHX A; 3C8Y A; 4LJO B; 3DOW A; 1ENF A; 3QQ8 B; 1V2Y A; 2XK5 A; 2KTR A; 2X9K A; 3L13 A; 2AQ2 B; 4O3Y A; 2ZCB A; 2XTQ A; 1NEN B; 4AZL A; 1L7Y A; 1I35 A; 1IBX B; 1WYW B; 2M0X A; 4LSE A; 4ZHP A; 2JVC A; 4GDL A; 2EMT A; 2JQR B; 1GNU A; 4W9L A; 3Q8C A; 1WF9 A; 1ZHZ A; 1ZHX A; 1RRB A; 1ZHW A; 4MH0 E; 5JHB A; 3I5J C; 3V6C B; 1JML A; 3PS6 A; 3Q3O C; 4HJG E; 3KYC D; 3RNC C; 4MM3 B; 1YQ4 B; 1D5Z C; 2GRI A; 3HOL A; 1VZ7 A; 2J0K A; 2D3A A; 3K9O B; 1GB4 A; 4GU2 A; 2WX1 A; 3NOB A; 1YQB A; 4KV2 A; 4TQ1 A; 4O49 A; 3NVV A; 3VZT X; 2QSD A; 3AA7 A; 2N0S B; 1SGH A; 3AA1 B; 5E6P A; 2F1T A; 3RFZ B; 2DYO A; 1YNT E; 2IO3 B; 4W9I A; 2XE2 A; 2O2V A; 2JXT A; 3ETR A; 2MJD A; 4WQM A; 2WXO A; 2MWS B; 3RUI B; 4ITK A; 4HRO A; 3SY9 A; 1P3Q U; 3R7Q A; 2KC0 A; 1WZ0 A; 2KVR A; 4RF1 A; 1TZO A; 1EUV B; 3PTF C; 2KFJ A; 1LXD A; 3DWM A; 4XYC A; 4IM3 A; 1IGC A; 1FIQ A; 4FOZ A; 1WM2 A; 3QK0 A; 4S0R A; 2WLB A; 3DBR I; 1J7B A; 1GFM A; 4YWG G; 4AFK A; 1IZN B; 3LK3 B; 2C7M B; 2KQS A; 2PJH A; 2GMI C; 3A1Q A; 2W80 C; 1E6E B; 3DVN V; 2BS3 B; 5TIS O; 1S1Q B; 1XLN A; 4ZRK A; 2D5G A; 2I1K A; 1WX8 A; 3SFD B; 4LNO A; 2WNM A; 1FCC C; 2KDB A; 3N9Y C; 1FNU A; 3VUW A; 4FJY A; 2WX0 A; 1MPF A; 3ONS A; 2C7H A; 4B61 A; 1TS5 A; 1G90 A; 1KFY B; 3JTY A; 1F52 A; 1NBF C; 4IL6 O; 4AOF A; 2DNF A; 3PGU A; 5JZE B; 1V80 A; 1WGY A; 2Z59 B; 4FJZ A; 3S2A A; 4DHZ B; 2R4P A; 3HK0 A; 2LFI A; 3A9J B; 4AKM A; 1WJU A; 3AE7 B; 4PR7 A; 4C4V B; 3AU4 A; 2VH1 A; 3Q8B A; 4HLE A; 2D2Q A; 3PF1 A; 3ZVV A; 3VE2 A; 3ZUN A; 5GV0 A; 1D5M C; 2XMX A; 3NG0 A; 2JPH A; 2ACZ B; 3OLM D; 2KXJ A; 4DWF A; 4AYI D; 3B2G A; 3IAM 1; 1XQQ A; 2BKR B; 4KR4 A; 1FMA D; 2ZVN A; 5JH5 C; 2SEB D; 8PRN A; 4JFB A; 5DL5 A; 4LNI A; 2KZ7 B; 2MBB B; 1Z2M A; 1SIF A; 2MP2 A; 3DA4 A; 1C4P A; 4W9J A; 3PQS A; 4C7Y A; 2X27 X; 3VY8 X; 2Z0D B; 3KUC B; 3IVF A; 3DWN A; 5EE2 A; 3UAQ A; 4AUI A; 5ADX K; 4HK2 A; 2BYT A; 2NBV B; 3NJT A; 2M19 A; 1VJK A; 1WSP A; 2ZFG A; 5GTI O; 2EEL A; 3VUY A; 5DPS A; 1WYG A; 4EFO A; 3RBH A; 4MEL A; 2GE4 A; 2LZ6 A; 1N63 A; 2LJI A; 3RT3 B; 4DDG D; 3TZG A; 1YJJ A; 3MFG A; 1JWM D; 4HRS A; 2K8H A; 4PS8 A; 3QRA A; 5DPT A; 3KW5 B; 2KDM A; 3HOE A; 1CK1 A; 2BKF A; 2WU5 B; 5DPR A; 3ABV B; 3CST A; 3M63 B; 2CHW A; 3DA3 A; 2JWZ A; 2IO2 B; 4K1R B; 5D2M B; 5E79 O; 4TSS A; 2JZ3 B; 1YN4 A; 4PYU A; 1C77 A; 1FM0 D; 7PRN A; 2I38 A; 3KYD D; 1C9F A; 4XDD A; 2UWQ A; 5DPW A; 2M0A A; 2KX3 A; 3VFK A; 1BUI C; 2J42 A; 2HDE A; 2VRR B; 1E8Y A; 2L32 A; 4RGT A; 3AA6 A; 3U7D A; 3RNF C; 4IOI E; 4XZ4 A; 4AP4 C; 1VZ8 A; 3SDL C; 3ZKJ C; 5IOI A; 2CHZ A; 2L7R A; 2FUG 1; 3I63 C; 3ZO5 B; 2GBJ A; 2V3S A; 3DBH B; 3U4E G; 2O6V D; 2MW5 A; 1L0X B; 3SZD A; 3VE1 A; 3WI4 A; 1QJ9 A; 1AAR A; 2E3T A; 2DAF A; 2Y5P A; 3NZ3 A; 4D2K A; 4KVG B; 4BKS A; 3P1M A; 4XWW A; 3ZNG C; 2KX0 A; 3C19 A; 3AEE B; 4P6V F; 3BS0 A; 4ASW C; 2KAJ A; 3QRC A; 3O0E A; 2TSS A; 1OQQ A; 5GTH O; 3NS1 A; 3ZRC A; 3EFU A; 2LRU A; 5LXI B; 2JT4 B; 4BFR A; 1L6U A; 1MHH E; 1AYF A; 1XXG A; 4JCH A; 5FVN A; 2K0L A; 2PPH A; 2MSE D; 2JYT A; 3M95 A; 4ANV A; 3VRA B; 3NSG A; 1K52 A; 2NPT B; 2MBE A; 3W1Y A; 3BII D; 1RWS A; 3QCA A; 3AEF B; 3WA0 A; 2KMA A; 4USA A; 1SEB D; 2MX2 A; 2H89 B; 3MHZ A; 1IGD A; 2L0T A; 3H6N A; 1XD3 B; 4ZRI A; 1GJZ A; 1FD6 A; 3TSS A; 3POU A; 2J0J A; 5T5F A; 1MJD A; 1F77 A; 3T0S A; 2Y7S A; 2B76 B; 3HWB A; 3EFC A; 1T0Q C; 1WZ3 A; 4XNK A; 4WIP A; 2MRP A; 5D3I B; 1THQ A; 2NCN A; 1WJN A; 1JWB D; 4BUM X; 3GE8 C; 5IKC M; 1WR1 A; 2NS5 A; 3B0A A; 3V6E B; 1LQB A; 4RM9 A; 1IBX A; 2UU7 A; 3RYT A; 3H1U A; 3V61 A; 5IYU A; 3PRM B; 4WAA A; 1MG8 A; 1TKG A; 2FCM A; 4FZM A; 3AEG B; 4W9C A; 2QHO A; 4AJY B; 2CJO A; 2ODJ A; 1NI3 A; 4KX6 B; 2N7E A; 2BPS A; 1QJP A; 4ANW A; 2ZNV C; 1HQR D; 1STE A; 2LJ5 A; 1I42 A; 4MM3 A; 3AE1 B; 5HFY A; 3RI7 C; 1C1Y B; 2V3P A; 3I9V 1; 2IZV B; 2FCQ A; 3L17 A; 4ZYS A; 1GB1 A; 4IUM B; 4WJN A; 1F0Z A; 1L2N A; 2R61 A; 4CQN A; 2M8S A; 4DK5 A; 2D11 A; 3DWG C; 3PHX B; 2YVC A; 4HXD A; 1K53 A; 3N32 A; 3EEC A; 2JRH A; 3DQV A; 3IBE A; 4C80 A; 3CWI A; 1FRR A; 3GP7 A; 3H8H A; 3H7S A; 3W1S C; 5HKH A; 3BYY B; 2MJ3 A; 3ZGZ A; 2IO1 B; 3OJ3 A; 4PYZ A; 2V9H A; 2WU2 B; 2F1C X; 3FIL B; 5BYQ A; 2DZI A; 1Q1O A; 4F4B A; 1ESF A; 2SAK A; 5BYR A; 4F8C B; 4YXD B; 5C1Z A; 2L1A A; 2WJQ A; 3MJW A; 5AZH A; 4IG7 B; 2ON8 A; 3VVW B; 5CTR C; 1IZN A; 1WGH A; 2D07 B; 3LK3 A; 2ZVO A; 4C56 C; 4AQ7 A; 4N6E B; 4RM8 A; 3RPF C; 3ZJU A; 1TS2 A; 2LVO A; 4ARC A; 3WAO A; 2HE7 A; 4IWQ A; 4A55 A; 5E6N A; 1PGX A; 1D4B A; 2J0M A; 1C4A A; 1M94 A; 3TJP A; 2XN9 C; 5EE1 A; 2PKO A; 2GLS A; 4EZL A; 5HI1 A; 1JWS D; 3PZ7 A; 1SXT A; 1VDV A; 4K7U A; 4AKR B; 3CIR B; 4NJ6 A; 2R2O A; 3AA0 B; 4RJX A; 3C5O A; 2BTE A; 4O3W A; 1FXI A; 2AXT O; 2K25 A; 1MM4 A; 1LO5 D; 3T24 A; 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