4K42A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue sf01 [(3r,4s,5r,6s,10r,11r,12r)-11-(acetyloxy)-1-(benzyloxy)-14-[formyl(methyl)amino]-5-hydroxy-4,6,10,12-tetramethyl-9-oxotetradecan-3-yl propanoate]
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 112
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k42A03
3ZX3A 1TUYA 2HMPA 1T6DA 3QBWA 2P9NA 5AQFA 3LDNA 5B8HA 4B1UB 5LJWA 3VGKA 1NWKA 4FWSA 2ZF5O 5AQRA 4MO5A 2QWNA 2V51B 5AQTA 3VOVA 3GG4A 3F9MA 3GBTA 1Q18A 2P9UB 4H0VB 1E4FT 1GLEG 3EN9A 3VEWA 5FPEA 3DAWA 5BRHA 1MWKA 2HF3A 1J6ZA 1BWFO 1GLDG 5AQJA 4JNEA 4BG9A 1HKCA 3D2EA 4H5RA 4GNIA 4HTLA 4FL9A 3W3DA 1QHAA 3DXKB 3FR0A 1D4XA 2Q97A 3LDLA 4NO7A 5E26A 2YHWA 1Z6RA 1IJJA 1SQKA 2P9PA 3D2FB 1U2VB 4BG8A 5AQUA 4BRLA 5AZIA 2P9LA 2H3GX 4IZ9A 4BR7A 4CBXA 3FFKB 4CD3A 3SK3A 2IVPA 4XH5A 5JMVA 1GLLO 3VF4A 3HBTA 2FF6A 4H5VA 3O8MA 4I6MA 1KXPA 4QS9A 5F2RA 3EKUA 5ADXA 3LM2A 2AP1A 3FZLA 3CETA 4B1VA 1QQOA 1NM1A 2Q1NA 3M3ZA 4YDUC 4PL7A 3VF6A 4JHDA 3H46O 3IUCA 4FOEA 2BTFA 2V7ZA 4EAHD 1BO5O 2I7NA 5JLFA 5AQKA 1GLFO 4M7YA 1NLVA 2A3ZA 3CERA 5AQLA 5AQNA 4K42A 2FLOA 3UKRA 3O1BA 2QWRA 2J4RA 5EVZA 3WXIA 3A5OC 4CJ7A 1U6ZA 3DWLA 4WQ5C 2A5XA 3O08A 2VYPA 1MDUB 3M6GA 5I9EB 4WQ4C 3WQUA 4AM7A 3GDQA 1ZC6A 2Q0RA 4DCHA 2UYTA 4CBWA 2ASMA 2P9KB 1G99A 5AQIA 3UKUA 1GLAG 4PL8A 1K8KA 1KAZA 4JN4A 2D1KA 2PBDA 5BPLA 3ZEUB 4F9OA 5KPRA 3TU5A 2FSNA 5AR0A 1X3NA 1RGIA 2YHYA 5JICA 3MN9A 3KZBA 4BQZA 2W41A 2P9SB 4JD2A 2GWJA 5AFUH 2GTDA 2QW9A 1NGAA 3QDKA 2V7YA 4B9QA 3EL2A 2E20A 3DXMB 3IMXA 4RTFD 2GWKA 4RWTA 1RDWX 3EKSA 1EQYA 1C0GA 2HF4A 3HTVA 4EHUA 3VEZA 3GOIA 5AQQA 3WT0A 3LDQA 3RSEB 5ELZA 1X9JA 2I7PA 4XEIA 3IDHA 3MN7A 4J8FA 1GLBG 3ZETA 1HJOA 5AZJA 1S22A 3CJ1A 1XUPO 3H45C 3U4LA 3BP8A 3JXUA 4BROA 3BEXA 5BRFA 5AQWA 2P9NB 3QFPA 2AA4A 1V4TA 1KAXA 3B8AX 2E2QA 4BRGA 1NGJA 3I8BA 5LY3A 5AQMA 4B1YB 2QWQA 2EWSA 3AAQA 3O5BA 3HM8A 4H0PA 3ID8A 5BRDA 4CZHA 4CI6A 4CZFA 4O5FA 3O4WA 4CZKA 3A5LC 4FWOA 2NRHA 2E2PA 1NGHA 3QFUA 3VF2A 2CH5A 5CE3A 4H0OA 3WUHA 4FWPA 3R9PA 2ITMA 3D2EB 2YI1A 2VWBA 1MWMA 3FLCO 4IJNA 3UE5A 1NGBA 3UB5A 1TYQB 3G25A 3H6EA 2A42A 3H1VX 2ASPA 5AFUA 2E88A 4BVPA 4L3QA 5F0XA 4M7XA 5FPDA 1NGDA 2A41A 1YAGA 2P9LB 4DB3A 3S41A 3O80A 4PKGA 1SAZA 1RFQA 1HX1A 2P9IA 4BRFA 3BUZB 3H1QA 4WYBA 1NMDA 1QZ6A 3U8XA 4A2BA 3VGMA 2ZWHA 4BRAA 2FSJA 4I6MB 1NGIA 4H5WA 3FZKA 2HOEA 3GL1A 2QM1A 4CZGA 4MLHA 4PKHA 4M63C 5AQVA 1OKJA 1QQMA 1QQNA 2QWMA 3CJ9A 3H3OB 2D0OA 4FWRA 1LOTB 5AQHA 4BREA 2YJFA 5BPNA 2YCHA 1NGFA 4PKIA 3LM9A 1LCUA 4BR4A 1T6CA 1NBWA 5KQDA 3VEVA 3ULEB 5TKYA 4BC2A 3A8YA 5KPZA 4BVOA 3CQYA 1DKGD 4ISFA 3HSCA 3C7NB 2D0PA 4BRIA 3KHYA 3MDQA 1JCEA 3FE1A 4IXCA 4B1XB 2BUPA 3FGUA 4ISEA 1GLJO 1CZAN 2WUSA 2YHXA 1Z05A 4CZMA 3ENOA 1YVNA 3HI0A 1WUAA 3UKUB 2F9TA 3VERA 3FZHA 4Z94A 4FWQA 5AQGA 1K8KB 1SZ2A 2A6AA 3JS6A 5EXWA 4FWMA 2GELA 4MO4A 3IFRA 5BREA 3CJ7A 2QWPA 2E2OA 4K43A 4MLEA 3CIPA 3VETA 1XC3A 3WEEB 4Y0WA 3AY9A 4K25A 2ZGYA 4JD2B 3L6QA 4XH1A 3MN5A 5AQOA 3VPZA 1BDGA 1NGGA 3MK6A 4IO8A 2OANA 3CHWA 4BRKA 3QMLA 3C0BA 1HLUA 4H0TB 3D7EO 3ZX0A 1X3MA 3RSEA 4A2AA 3VEOA 3O1WA 3A5NC 4KBOA 4BRHA 3FZMA 3AARA 5LJVA 3EO3A 1C0FA 3MCPA 3W0LA 5BN8A 3MN6A 1BG3A 4BGAA 4BRDA 4C23A 4BC5A 2QWLA 3ZETB 4BRQA 5BN9A 3DJCA 4RCHA 4DQ8A 1BUPA 1XQSC 4A61A 3P4IA 2CGLA 3VEXA 2P9UA 4E1JA 2VCPA 3O6WA 2E1YA 1S3XA 3ATVA 3BF1A 2KHOA 2IVNA 3EZWA 1BA1A 1V4SA 1T44A 1BOTO 3QB0A 4FO0A 4JAXA 3SMPA 4AM6A 3SMSA 4BRNA 2FXUA 3VGLA 4A62A 3ENHA 1TUUA 5BR9A 3VESA 3H3NO 2CH6A 3ATUA 3DXKA 3SJHA 3WXLA 1HKBA 1HUXA 2CGKA 5AQSA 3VENA 1YUWA 2DPNA 3TPQA 3D2FA 1U2VA 3BF3A 3QICA 1R59O 4FWLA 2NZTA 1ATRA 3OHRA 4H0XB 2P9PB 3L0QA 4BR0A 5AZIB 1TYQA 3LL3A 3R6MA 1ATSA 4HWIA 5JLHA 1QZ5A 1ZXOA 1H1VA 3J8AA 3M1FA 4BRPA 4CBUA 5EX5A 4FOIA 4O8KA 5AQPA 5KPTA 5EY4A 1DEJA 3A0IX 4EFHA 2E1ZA 4EIAA 3WQTA 2Q0UA 2P9IB 4FWKA 4BQLA 2E8AA 4CZIA 4GY2B 4JHDB 1JCGA 2NLXA 4FWNA 5AQZA 2ASOA 2Q2RA 3U9ZA 4IWVA 4ISGA 3I33A 2IIRA 1DGKN 2V52B 4DHYA 3UKRB 1NGEA 2PAVA 3U9DA 1ESVA 2Q31A 3MMVA 4B1WB 1E4GT 3WXKA 1BA0A 3ULEA 4FPBA 2FSKA 3ZX2A 2P9KA 3R8EA 2CGJA 2YJEA 1HKGA 3C7NA 4QS7A 3HZ6A 4LC9B 3CQXA 1MA9B 4CZLA 1WOQA 4CD1A 2D4WA 4BR2A 3ZEUA 5F1XA 4BGBA 4K41A 1KAYA 3VEYA 5BPMA 2Q36A 4FSVA 1NGCA 2QXLA 4XH4A 2P9SA 5KQ8A 2QWOA 4CZEA 5AQYA 3CI5A 3KVGA 3A5MC 4IJAA 4QS8A 2F9WA 2E2NA 1Y64A 5FPNA 5EOYA 4YDUA 3DXMA 3FZFA 5FPMA 4BR5A 3WEEA 2IVOA 3GE1A 2ZGZA 3CJCA 3L4IA 4B1ZA 4BRMA 4BC4A 3LDPA 1YXQA 1GLCG 1P8ZA 3SLCA 2GUPA 4BC3A 2GEMA 5ADXH 4FPAA 3CJBA 4EHTA 1ZBSA 1BU6O 5E84A 5AQXA 2W40A 3AAPA 4WQ5A 1ATNA 4H5TA 2A40A 4CZJA 4NB4A 1IG8A 3LDOA 4H03B 4H0YB 3CJAA 4BR9A 1JCFA 1HPMA 4WQ4A 4BRCA 4H5NA 5AZJB 3QBXA 2FF3B 3WXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOWA 3G71N 1HJRA 4O0JA 1B9FA 2G8FA 1XNQK 4B1UB 5LJWA 4FWSA 2HNDA 4B3TK 1RT3A 3HT3A 2V51B 4RW7A 3ID6A 1RBUA 5CR4A 1Q18A 5FRMA 5BR8K 1KFSA 1E4FT 2B5JA 5FPEA 3DAWA 3IAYA 3D0PA 1J6ZA 3CFRA 3SJJA 4L8RB 4DQRA 4ILJA 5M1OA 2FBYA 2Q97A 2YHWA 1Z6RA 3MEDA 2P9PA 1DLOA 4BG8A 4IDKA 1BI4A 2H3GX 4IZ9A 3D45A 3FFKB 3KK7A 1JKHA 5A2QO 4DU1A 2C1IA 2IVPA 4LF4K 4OLAA 4DTOA 3E1YA 4DF4A 1NKBA 3TR8A 3QEIA 1U4BA 4H5VA 4DR7K 4QS9A 1SKWA 3CCSN 3LM2A 4CFDA 3ZSVA 1OH5A 3KK3A 1C0UA 1NM1A 1ASWA 2W42A 3VF6A 1FKOA 3H46O 5MLCQ 4JK9A 1FJGK 1P90A 4WFNL 4M7YA 2PYJA 3CERA 5AQLA 3T1AA 4NXMK 4KH4A 3CC2N 1U47A 2BE2A 3WXIA 4EZ6A 3DWLA 2A5XA 1X9SA 2VYPA 2ATQA 3OYGA 5CYMA 3M6GA 1ZYQA 5I9EB 3AO1A 1JLFA 3GDQA 1C6VA 1ZC6A 3VQPA 1IBMK 1GLAG 4GV6A 1HYZA 4F9OA 2JLEA 2UUBK 3SPZA 1TK0A 5JICA 4JK8A 3KZBA 4BQZA 1VQLN 4E7IA 5GAEP 5AFUH 4ZTJA 4AQYK 1NJXA 2V7YA 3ZT4A 1DT9A 5C15A 3BZKA 5J2QA 2YNHA 2GWKA 4DFMA 1EQYA 1REVA 2HF4A 4EHUA 1RT4A 1BHLA 5AQQA 1WBDA 3RSEB 1IKVA 1W9HA 1RT7A 4DTUA 4A57A 3VA0A 4XEIA 4E3SA 1ZBHA 4C1NK 1YHQN 1QE1A 4E1NA 3QLHA 1HJOA 2NRRA 3KK1A 3T1HK 3CJ1A 4BROA 3BEXA 4JI2K 4JKFA 3T19A 3QFPA 4I2PA 2E5LK 3AVBA 1M90O 3KLFA 4CHZA 3I8BA 3OYHA 3MAQA 4ZTFA 5AQMA 4Y1DA 4B1YB 5KGWA 2UXCK 2EWSA 4EZ9A 3AAQA 3PO4A 4DU3A 1IG9A 3SQ4A 3O4WA 4CZKA 4LH5A 3A5LC 1ITGA 2NRHA 3HVRA 3G10A 3QFUA 1VSIA 1RT1A 5CE3A 3WUHA 5JS1A 3ZT1A 4DV6K 2ITMA 1K6YA 4IJNA 1MWMA 4CHNA 3SNNA 3LP0A 1WSEA 2ASPA 3AGRA 4LSNA 5FPDA 1NGDA 3ZSQA 1J53A 1SAZA 4DTPA 4YHHK 2P9IA 4LFAK 4CJWA 3IG1A 4M3WA 3OS0A 4A2BA 3P39A 2OCEA 4AHUA 1EWRA 4G1QA 4H5WA 3FZKA 3GL1A 2Y1JA 2F4VK 3K5NA 4CZGA 4QCLA 3MCAB 4MLHA 2QKBA 1BQNA 5JS2A 4FW1A 1QQNA 1C1AA 4BE1A 2BH1A 1UA0A 2D0OA 2YJFA 2XY6A 3SV3A 1NGFA 3KJVA 3C6AA 3LM9A 4BR4A 3TARA 3LP3A 1RTIA 3VEVA 3ULEB 5KPZA 3EY1A 1I94K 3MXMA 3UIQA 3CC7N 4CK2A 4F3OA 3MDQA 5EU7A 3ZSZA 4N56A 2A1RA 3FGUA 4IG0A 2YHBA 1GLJO 4DFKA 1Z05A 1YVNA 4CECA 3HO1A 3DRRA 4CEQA 1YTUA 2F9TA 3NMUA 1VSMA 3HRGA 3HPGA 2QK9A 1SZ2A 2A6AA 2KFZA 1A5XA 1SS6A 2EX3A 4PHTX 3DLEA 5KGXA 3CJ7A 2E2OA 3SBTA 4CJ3A 2VGMA 3TAQA 3OYKA 2EHGA 3MN5A 3VPZA 1RDBA 3AA4A 3AVNA 4CCHA 4WFAL 2JGUA 3RWUA 3N4QA 4BY9C 1RDAA 2HHQA 2AJQA 1QSYA 3ZX0A 1X3MA 3T1YK 1VQ8N 3F73A 2Z1IA 1VHXA 1VRUA 3V1QA 4WF9L 4KBOA 3K5LA 1R0AA 4B8CA 4MDBA 2P51A 3EO3A 2ZE2A 4CK1A 4IOXA 1S6QA 1C1BA 3LP2A 4C23A 3LAMA 1WSIA 4BRQA 3DJCA 3LAKA 4FXDA 1RBSA 3CMEN 3VEXA 1VSJA 2P9UA 4E1JA 4OJRA 3P38A 2E1YA 4W5RA 3E01A 4A59A 1EKEA 4DQPA 4PA1A 2IVNA 3QB0A 1V4SA 1BA1A 1BOTO 3SMPA 1VQMN 1HMVA 1NJIO 4KTQA 1CLQA 4ICLA 2E4LA 4UY8O 1JXBA 2PZSA 4LSLA 3VA3A 3KLIA 3H3NO 3WXLA 4AHTA 1HUXA 1YUWA 2DPNA 1ZBUA 4I9QA 1LWFA 3DRSA 4FWLA 4O44A 4H0XB 1J5EK 3L4QA 4BR0A 5IWAK 4CGDA 2HW3A 5AZIB 1TYQA 3LL3A 3R6MA 4DTJA 3AVMA 2VG5A 3VQDA 2YNFA 5J2PA 2ITGA 3N4PA 4CJRA 1ZXOA 4MQ3A 3THXB 4CBUA 1VSDA 4ID1A 3C6UA 1T03A 2JWLA 1YJNN 4FOIA 4KTZA 3OYMA 2IAJA 3VMFB 3A0IX 4FLZA 4EIAA 3PSIA 3K58A 4CJ5A 2P9IB 4FWKA 5DK5A 4JKCA 2NLXA 1NK4A 4FCYA 5J2MA 3HVTA 5AQZA 3PY8A 3WXMB 4ISGA 5C24A 4FZYA 1DGKN 4CEEA 3UKRB 1NGEA 2PAVA 3U9DA 4GVEA 3HPOA 4JV5K 3E9PA 1XMQK 1E4GT 4IO9L 2ZJPL 4OPJA 3R8EA 2QXFA 2YJEA 1HKGA 3HZ6A 4LC9B 1MA9B 4CZLA 3LANA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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