4K42A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue sf01 [(3r,4s,5r,6s,10r,11r,12r)-11-(acetyloxy)-1-(benzyloxy)-14-[formyl(methyl)amino]-5-hydroxy-4,6,10,12-tetramethyl-9-oxotetradecan-3-yl propanoate]
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 112
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k42A03
2Q2RA 3L6QA 1GLLO 2HOEA 1ZXOA 3W3DA 1SZ2A 3HZ6A 1BO5O 2V7ZA 3DXMA 1LOTB 4H0OA 1MWMA 3RSEA 1BA1A 3D2FB 3QB0A 3VERA 2A42A 5LJWA 1E4GT 4IXCA 4NB4A 4BVPA 3CJAA 4JAXA 1X9JA 5EXWA 4B1XB 3H1VX 1T44A 3CJ9A 2A5XA 3WQTA 5I9EB 2P9PA 1DGKN 3F9MA 4FWRA 2HF3A 3AAPA 2YHYA 2AA4A 4YDUC 4FOEA 3O4WA 4PL8A 2Q36A 1CZAN 2FSNA 3EO3A 5AQPA 4CBWA 5BREA 2BUPA 3GOIA 1JCGA 2CGLA 1G99A 4H5VA 3C7NA 4FWKA 4CJ7A 5EOYA 3VOVA 2F9TA 3LL3A 4BGAA 2NRHA 2NZTA 4XEIA 3GL1A 3R6MA 4J8FA 3QMLA 5EVZA 3VPZA 1MA9B 3IMXA 4FOIA 1Z05A 3BEXA 4A61A 4B1YB 4BRGA 2ASPA 5LJVA 3D2EB 1QQOA 4H03B 2P9NA 3VF2A 1XUPO 4O8KA 5AFUH 3HM8A 1ATNA 5AQHA 3FZLA 4H5NA 2V51B 3CJCA 5AZJB 3FGUA 2YI1A 5AQMA 2EWSA 4BC4A 3WXKA 2NLXA 4H0TB 1TYQA 3EN9A 4B9QA 3H46O 2QWPA 3WXLA 5E26A 5AQRA 5CE3A 4BC5A 3A5MC 1NGHA 4BRAA 5AQVA 1U2VB 5KPZA 3CJBA 1ATRA 3VGMA 3M6GA 3WEEA 4M63C 3A5NC 3OHRA 3H3OB 4BR0A 3VF6A 2QWRA 4IJAA 3FFKB 3UKRB 4ISFA 4PKHA 2Q0RA 1HJOA 1HKCA 4F9OA 1R59O 4JHDA 3DXKB 5TKYA 3VETA 2FSJA 4FWLA 3MN5A 4PKIA 4FWQA 1KAZA 3L0QA 1JCFA 5AQGA 4CD3A 2ASOA 3MN9A 5AZIB 2V7YA 5AQIA 1NM1A 5ADXH 3D7EO 3VF4A 4FWMA 3ZEUB 1KXPA 1V4TA 3H45C 4C23A 2A6AA 4CI6A 3KVGA 5E84A 4MLEA 5KPTA 1DKGD 3D2FA 2E1YA 3R9PA 4K42A 3CJ7A 3SMSA 1GLCG 2E20A 3IUCA 4ISEA 5EY4A 4QS7A 3LDLA 3LDNA 5AQFA 4CZLA 4DQ8A 3WT0A 3O1WA 2YHXA 1BUPA 1P8ZA 2GEMA 4CZIA 4FL9A 3CI5A 4BRMA 1HPMA 3TPQA 1HKBA 2P9UB 5AQTA 3WQUA 2GUPA 5AQYA 3I8BA 4CBUA 3ENHA 3KZBA 2YJEA 4BRKA 4CBXA 4CZKA 2PBDA 4JNEA 4MO5A 3SJHA 5F2RA 2E1ZA 3LM2A 4DHYA 5JLFA 4K43A 4Z94A 4A2AA 3CQYA 3UE5A 1S22A 2D0OA 5F1XA 4L3QA 2D0PA 5BN8A 1RFQA 1TUUA 2E2PA 3D2EA 1S3XA 2FF3B 3A0IX 3L4IA 3M3ZA 4FPBA 4FWPA 1QQMA 3MN6A 1BDGA 1NGDA 4WQ4C 5AZJA 1NGGA 3WXJA 2ZGYA 3ZETB 4WQ4A 4XH1A 2GELA 4BRNA 4B1UB 2QW9A 1WOQA 3G25A 1U2VA 2P9IB 2CGJA 3SK3A 1NGBA 1HX1A 5KQ8A 5LY3A 2FLOA 3O80A 4QS9A 4IJNA 3EKUA 2QXLA 2I7PA 4WYBA 3ZX2A 1NGFA 3IDHA 4BR4A 2J4RA 5KQDA 3VEZA 4NO7A 5BRFA 1DEJA 1TUYA 4B1ZA 2A40A 5AQKA 3UKRA 1E4FT 4CD1A 1K8KB 4BR5A 4ISGA 3FZMA 1Q18A 3AAQA 3DXKA 2IVPA 5BRHA 4BRDA 2PAVA 3U9DA 3HI0A 5JMVA 3TU5A 4BREA 3QFPA 2YJFA 3DWLA 5AQWA 3GBTA 5AZIA 4JD2B 4K25A 4BG8A 5AFUA 3GDQA 3VEXA 5AQSA 5BR9A 2ITMA 3ZEUA 2YHWA 4H5TA 4K41A 3VEWA 4BGBA 3MMVA 2P9LB 2HF4A 5ELZA 5FPNA 3WXIA 4M7YA 3LM9A 1Y64A 1NMDA 4I6MB 2VWBA 4FO0A 1WUAA 3O6WA 3U8XA 3A5OC 1JCEA 1BU6O 3B8AX 4FWOA 1IG8A 2FXUA 2QWMA 4CZMA 4B1WB 5BPLA 2ZF5O 2I7NA 4BG9A 3VGLA 4LC9B 4RCHA 4IWVA 3MK6A 2KHOA 1ESVA 4H0XB 3VESA 3ZX3A 4A2BA 2FSKA 4B1VA 3R8EA 3M1FA 4H0VB 4CZJA 4CZHA 1J6ZA 4H0YB 5AQQA 5AQJA 1QQNA 2P9UA 2YCHA 4JN4A 3CERA 5B8HA 1HKGA 2E2NA 2E2QA 3FR0A 4IO8A 1MDUB 3IFRA 4IZ9A 1XQSC 3ULEB 2F9WA 1ZC6A 2AP1A 4E1JA 1Z6RA 4BRHA 4HTLA 1EQYA 4GY2B 1QZ5A 3ATUA 5ADXA 2WUSA 1T6CA 4FPAA 4O5FA 3QICA 1NGIA 4XH4A 2QWQA 1D4XA 3ATVA 3FZFA 2CGKA 2Q1NA 5AQOA 4FWNA 2DPNA 3HTVA 3BF3A 3ZETA 2Q97A 3H1QA 3FLCO 3O1BA 2HMPA 2IVNA 3SLCA 1YAGA 3MN7A 2QM1A 3QDKA 1NBWA 2CH5A 3BUZB 2P9SB 1BA0A 2VYPA 2P9IA 3U9ZA 1KAXA 3QBWA 1RGIA 3CHWA 1BWFO 3DAWA 5AR0A 4WQ5C 1GLEG 3ENOA 4MLHA 2P9KB 5BPNA 2CH6A 3P4IA 4WQ5A 1HLUA 1C0GA 1GLJO 1U6ZA 3VEYA 3J8AA 3O08A 2FF6A 1K8KA 2A3ZA 1SAZA 2GWJA 1NWKA 1X3NA 3KHYA 3GG4A 4M7XA 4BROA 5EX5A 2ASMA 1QZ6A 3S41A 5FPMA 3C0BA 1MWKA 1NGCA 5AQLA 4EFHA 4JD2A 3QFUA 3UKUB 5KPRA 5F0XA 3U4LA 1GLDG 4BR7A 2H3GX 4BRIA 1GLAG 4BC2A 2P9LA 4YDUA 3FZHA 4I6MA 2VCPA 4BRCA 2E2OA 3DXMB 4BQLA 1V4SA 1IJJA 3RSEB 4A62A 3VENA 2IVOA 1NGAA 1KAYA 3A5LC 3HBTA 2A41A 4FSVA 4H5WA 5AQUA 1BG3A 2D4WA 4QS8A 1RDWX 3QBXA 4BQZA 1YVNA 3FZKA 3VGKA 1BOTO 1NGEA 4BC3A 4BRFA 2P9PB 2W41A 3UB5A 2QWOA 3VEOA 2D1KA 2QWNA 3EL2A 3CETA 5AQNA 1SQKA 3JXUA 4DCHA 3FE1A 4H5RA 2GWKA 2V52B 1NGJA 4BRLA 2BTFA 1GLBG 3ULEA 2GTDA 4CZFA 4EAHD 3C7NB 4PKGA 4BR9A 2E88A 2W40A 4GNIA 3AY9A 3O8MA 3CJ1A 1QHAA 2OANA 5BN9A 2Q0UA 5JLHA 3HSCA 4HWIA 4Y0WA 2ZGZA 4RWTA 3WUHA 2IIRA 2UYTA 4FWSA 4BVOA 3MCPA 1H1VA 3ID8A 4RTFD 3VEVA 3A8YA 5FPDA 4EHUA 2P9NB 5FPEA 3LDOA 3CQXA 3GE1A 5BRDA 4BRQA 5AQXA 4EIAA 1T6DA 4XH5A 1ZBSA 3DJCA 2P9SA 4DB3A 1TYQB 1X3MA 4AM6A 4AM7A 2QWLA 4CZEA 5AQZA 1HUXA 4BR2A 1NLVA 2E8AA 2ZWHA 4H0PA 3ZX0A 3AARA 3MDQA 2Q31A 3LDQA 4CZGA 3BF1A 1GLFO 4KBOA 3WEEB 4BRPA 4EHTA 1YUWA 2P9KA 1LCUA 3EKSA 3H6EA 3LDPA 1ATSA 3EZWA 3O5BA 4MO4A 5BPMA 3SMPA 3BP8A 3JS6A 4JHDB 1OKJA 1XC3A 4PL7A 3W0LA 3I33A 5JICA 3UKUA 3H3NO 1C0FA 3CIPA 1YXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I3UA 3L6QA 4WE1A 3P1GA 1KC8O 4CJPA 1BO5O 3NF7A 1MU2A 4IKFA 3F9KA 3AVCA 4KV8A 3MX2A 3QB0A 2A42A 4CGFA 1RTJA 4I2PA 1NJIO 4JAXA 2PZSA 5EXWA 4DQSA 1T44A 5I9EB 1ZBLA 1DGKN 4FWRA 2ZQBA 3CCMN 4YDUC 4LF5K 1S1XA 2Q36A 1KFDA 1CZAN 4CBWA 5BREA 1JLQA 3KKRA 3PV8A 1HNXK 2BGGA 4FWKA 3ZT4A 3IAYA 4NCAA 1K73O 4B3MK 4XEIA 3RMDA 5M1PA 4ILGB 1N34K 1MA9B 4FOIA 4N56A 3FFIA 2ASPA 1JLBA 2NUBA 1IKVA 1SKSA 3OS2A 3OS0A 5M1OA 1NJYA 1S1UA 3VF2A 3SNNA 4BE2A 2LSNA 3KKSA 3HM8A 4U67L 2BE2A 4H5NA 5CY4A 5M1FA 2V51B 3CJCA 2ZJQL 1EP4A 5AQMA 2EWSA 3WXKA 2NLXA 4FLVA 2QWPA 3SBGA 2VG7A 2HVHA 2FBTA 3G4SN 3OYMA 4MQ3A 4IBNA 2HHQA 3LWMA 5JS2A 4B9SA 1GOCA 1KVAA 3E9LA 1L5UA 3C6UA 3WEEA 4DSIA 2B5JA 5J2PA 3THXB 3VF6A 3VQ8A 3J81O 2Q0RA 1HJOA 4Z4IA 1TL3A 4F9OA 4JI6K 2G8FA 4KI4A 4IFYA 3LDSA 1VAZA 3MN5A 4CFCA 1VQNN 3OBWA 2WTUA 3SQ0A 4AHSA 3LP2A 4HTUA 3OYIA 4RW9A 1KD1O 2W6KA 3NF8A 4DTXA 4C23A 3I0SA 2RE2A 3KVGA 3C6TA 2O8EB 2HHSA 1JXBA 2E1YA 3SMSA 4K42A 3T1YK 2EX3A 1BIZA 4ISEA 4XJXA 5EY4A 3P31A 2NRZA 1DLOA 2P51A 3VTIA 3KTQA 4LFCK 4F2RA 1NK9A 4FL9A 1RT4A 3VQCA 1EETA 1S1WA 2KZMA 3S5TA 4BECA 3KJVA 4M3RA 4AILC 3AVNA 1XI1A 4CBXA 2PBDA 1S9GA 2C1GA 4FM0A 4OKEA 4DSJA 1S22A 5CZ2A 4L3QA 2O8DB 1RFQA 1TUUA 2E2PA 5CHIA 3TARA 1S9EA 5A2QO 3V9XA 3RTVA 2FF3B 3Q7BA 4PUOA 3V1RA 3L4IA 4FPBA 1VQON 1KSPA 4WQ4C 5HRNA 2HHHK 1NGGA 5JVGL 2ZGYA 4CJRA 4BY9C 3LPUA 3H08A 2PY5A 1NOYA 4M3TA 1Q9YA 3OYDA 3TTFA 1KLNA 4RW4A 3O80A 4KHQA 3MXIA 4LSNA 3J80O 5AJ3K 1VSMA 4AHCA 4DTRA 3V9SA 2Z1IA 3G71N 4KB0A 1HPZA 5BRFA 1TUYA 3THXA 2HHVA 1TGOA 3N4PA 5SWMA 4M3WA 2D0CA 4FW1A 4BR5A 1Q18A 2OPPA 5BRHA 5E41A 4IG0A 4BRDA 5T7BA 2B6AA 2PAVA 3U9DA 3HI0A 5JMVA 4E89A 1L3VA 1ASVA 4BREA 4GV9A 2YJFA 5AQWA 2RPIA 3CC2N 5BR9A 4YORA 3VA3A 1JL1A 4DTJA 3VEWA 2D0AA 3WXIA 4JI3K 3LM9A 1Y64A 2O8EA 4I6MB 4CJKA 3O3GA 2KQ2A 4FO0A 1WUAA 3U8XA 3KLEA 3TR8A 3A5OC 4CEBA 1IG8A 1IKYA 2QWMA 5DK5A 1BHLA 3RMBA 2I7NA 4JKAA 3V6DA 3VESA 1ESVA 2BH1A 4NCGA 1RT2A 3ZX3A 4A2BA 3TSUA 3M1FA 3K2PA 4CZJA 4JKBA 1QS4A 3O4NA 4EZ6A 1QQNA 4DWIA 2UUAK 1X1PA 4FZZA 1NOZA 4E7LA 1TAQA 3IFRA 4CHYA 4B3OA 3ULEB 4DV0K 3D45A 4JKHA 1RDUA 1U45A 3E01A 4CEAA 1SL1A 4KHSA 3TI0A 3JSMA 1T7PA 2O8DA 3ATUA 2WUSA 4XH4A 1J5OA 3DLLL 3EYZA 3RR7A 2HNYA 3HTVA 4O4GA 3QEXA 3H1QA 4FLUA 4X62K 3K9KA 1WAJA 1NK6A 3QERA 4FJLA 4IDHA 3QBWA 4CJ5A 1L3SA 1E3MA 3TSPA 3CPWM 2KFZA 1C1CA 4DU3A 1CXUA 3ENBA 1SL0A 2CH6A 3HRGA 4N76A 1VQLN 3O08A 2A3ZA 2HB5A 4OJRA 4RW8A 1SAZA 4WFBL 4OPKA 3KLHA 4BROA 2ASMA 5SZTA 4AHVA 4DV2K 5FPMA 5AQLA 1W97L 3SJJA 2JLEA 1C0UA 5FRMA 2H3GX 5D3GA 4BC2A 4YDUA 4J2DA 4I6MA 1RBUA 5GAHP 2E2OA 1IJJA 3RSEB 1U48A 1VK0A 4A62A 4QOZB 4U7BA 4OVLA 5C12A 2HHTA 2D4WA 4KAZA 4CEEA 1UAXA 2G8IA 1RDWX 2HHIA 4BQZA 4H8KA 1A5XA 1J9AA 3NMUA 3FZKA 4BC3A 4OGCA 3UB5A 1YJNN 2QWOA 4IOAL 3F2KA 1IV0A 2V52B 1NGJA 3T19A 1QSSA 2BTFA 3ULEA 1BCOA 4EAHD 4DR3K 1VQKN 4BR9A 1NK8A 1M1KO 2E88A 4YOXA 4GNIA 1ASWA 3CCJN 3VMFB 3O9TA 4JI5K 4FJJA 1D8YA 4HWIA 4OPAA 4OGEA 1NJXA 1KQSM 3NH1A 4DQPA 4M3UA 3BDPA 3ID8A 4EHUA 1VSEA 1C1BA 3VTHA 3GE1A 3DLKA 1J54A 1SKWA 3HJFA 3M8QA 1VSHA 5AQXA 1T6DA 3KWGA 4DB3A 3OYEA 4N47A 5HP1A 4CJVA 3K0SA 2ZWHA 2E8AA 1JLFA 4WCEL 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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