4K42A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue sf01 [(3r,4s,5r,6s,10r,11r,12r)-11-(acetyloxy)-1-(benzyloxy)-14-[formyl(methyl)amino]-5-hydroxy-4,6,10,12-tetramethyl-9-oxotetradecan-3-yl propanoate]
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
total genus 112
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k42A03
5F0XA 1BOTO 2A42A 3L4IA 1BU6O 2GUPA 2E88A 1X3MA 2QWOA 3A5OC 5LY3A 2YCHA 4E1JA 4BR5A 5BN9A 2Q97A 4BRHA 3DAWA 1ZC6A 3HM8A 4H0PA 1HKGA 1HUXA 1ATNA 4CBXA 3GG4A 2HF4A 4BR9A 5EVZA 4JD2B 2D4WA 4BRMA 4C23A 4B1VA 1C0GA 4IJNA 3U9DA 1U2VA 2E2QA 2FF3B 3FLCO 2F9TA 2CGKA 3QB0A 3L0QA 2OANA 3R6MA 5AQZA 3VOVA 4YDUA 2YHWA 3WQTA 3SMSA 3D2EB 4HTLA 3ZEUA 4IJAA 4QS7A 3U9ZA 4JNEA 4BRPA 3MN7A 1K8KB 4DHYA 3VEZA 2E1YA 3WEEB 2IVOA 3HBTA 4F9OA 2FSJA 3I33A 2QWPA 4EAHD 3P4IA 1ATRA 2DPNA 3VESA 4M7YA 3DXKA 4NO7A 3VETA 1QQNA 2VCPA 4BRCA 5AZJB 5LJVA 3ZX2A 1GLBG 2GEMA 4FWMA 1HJOA 4O8KA 4XH4A 2NLXA 2P9NB 3H1VX 1T44A 2YI1A 4B1WB 4B1YB 1NGJA 3ATVA 3UKRB 4QS8A 1EQYA 3MDQA 3QICA 1YXQA 4AM7A 1GLCG 5F1XA 4PL8A 1IJJA 4JAXA 3QBWA 5AQMA 5B8HA 5KQ8A 3ZETA 2KHOA 3VEWA 4BRIA 2QXLA 4EFHA 3MN9A 1V4TA 4B9QA 5BREA 2QWQA 1Y64A 1U2VB 4XH1A 1RDWX 5AQOA 3EN9A 4FPBA 2Q36A 1GLEG 3HZ6A 4PKGA 2IVPA 4FWKA 5AQLA 1WUAA 1GLAG 5I9EB 5AR0A 2HMPA 5BRFA 3ZEUB 4PL7A 1NBWA 2ZGYA 4ISEA 3R8EA 3MN5A 4IZ9A 5BRDA 3AAPA 2FLOA 3RSEA 1QQOA 1T6CA 2E8AA 3H3NO 3WEEA 1LCUA 4CZKA 4WQ5A 3GBTA 1DEJA 2PBDA 3DXKB 2CGJA 2GWKA 3H3OB 2VYPA 2I7PA 3M3ZA 4FWSA 4BRGA 3AAQA 4DB3A 3H45C 2NZTA 3O4WA 3KHYA 2P9NA 3HSCA 1MDUB 3H46O 5AQHA 2CGLA 2V7ZA 3FE1A 4BR2A 1GLJO 4B1XB 5E84A 3OHRA 1QZ6A 2CH5A 1ESVA 3KZBA 5ELZA 5EX5A 2V7YA 4WQ5C 3UKRA 5AZIA 5KPZA 3FZLA 2E20A 1NLVA 4H03B 1NWKA 3VGLA 3VENA 3C7NB 3GL1A 5BPMA 1V4SA 1NMDA 4IXCA 3ZETB 3S41A 3O8MA 1S3XA 1BG3A 2ZGZA 4BR4A 5AQWA 3SMPA 3LDQA 3CJ7A 3VEOA 4JHDA 1SQKA 5AQSA 3U4LA 1E4GT 1BO5O 2BTFA 4LC9B 3LDPA 4FO0A 4CZHA 4MLEA 2ASMA 2QWMA 4A62A 4EHUA 2D0OA 4H5TA 2Q1NA 3CJ9A 3GE1A 2V51B 3VEXA 5ADXH 2P9KB 1MWMA 1SZ2A 2NRHA 3RSEB 2GWJA 2GELA 3J8AA 1XC3A 1X3NA 5AQRA 2IVNA 3A5MC 3O1BA 3VERA 4BGAA 4CZIA 2A40A 2YJFA 4BC4A 4K42A 1D4XA 3ZX0A 4BRFA 1Z05A 3FR0A 3VEVA 4BQLA 1J6ZA 4QS9A 4H5VA 3W0LA 1ATSA 2A41A 3QMLA 3ATUA 4O5FA 4CZMA 3ID8A 4FPAA 1BWFO 4IWVA 1NM1A 3CQYA 3VF6A 5FPMA 5TKYA 5AZIB 1G99A 5ADXA 5JMVA 4H0XB 5FPEA 4H0VB 3R9PA 2V52B 1NGBA 3O1WA 1TUYA 3DJCA 3F9MA 1YAGA 4H0OA 3C7NA 2H3GX 3QFUA 5EY4A 5AQPA 5AQTA 1IG8A 2ITMA 3UKUA 3EL2A 2E1ZA 3CJ1A 3FZHA 1MA9B 1T6DA 3LM2A 4BC5A 3U8XA 3M1FA 3DXMA 4JHDB 2I7NA 3QBXA 4FWQA 4MO5A 3AY9A 3MK6A 1NGEA 3DWLA 4RTFD 5AQGA 2AA4A 5EXWA 1HKBA 4RCHA 4BQZA 1C0FA 2QW9A 1JCGA 2UYTA 4CBWA 3ENHA 2ZF5O 2P9KA 2EWSA 2QWNA 1BUPA 4WQ4C 3VF4A 2YJEA 2P9LA 4H5RA 1CZAN 3W3DA 3GOIA 4EHTA 4PKIA 3BF3A 4M63C 1BDGA 4B1UB 4WYBA 2ASPA 1KAZA 1XQSC 3O5BA 3VPZA 5BPLA 3UE5A 2Q31A 3JXUA 4H5NA 1QHAA 4A2AA 2A3ZA 4FWNA 4CZEA 4FOIA 3WT0A 5AQUA 3M6GA 3A8YA 5AQVA 3AARA 3BEXA 3FGUA 1HKCA 4A2BA 3TPQA 4J8FA 2P9SB 1HX1A 5AQQA 4CD3A 4XEIA 1NGDA 5BPNA 3WXIA 1OKJA 3VGMA 1E4FT 2Q2RA 2D1KA 3EKSA 3LL3A 5AQKA 2W41A 1KAYA 3TU5A 4BC2A 3C0BA 3HTVA 1KAXA 1P8ZA 4A61A 5BR9A 5EOYA 3UKUB 1RFQA 2FXUA 5AQJA 4BC3A 4CZJA 1NGIA 5JLHA 1U6ZA 4K41A 4BG9A 3ULEA 4AM6A 4BRLA 2P9PA 4BRNA 3WXJA 2ZWHA 3DXMB 3O6WA 5AQFA 4M7XA 3JS6A 1GLFO 2D0PA 4BR7A 1XUPO 5FPDA 5LJWA 1NGGA 1KXPA 1TYQA 1HLUA 2HOEA 3BF1A 3CIPA 2AP1A 2QWLA 4HWIA 3CJCA 4H5WA 2VWBA 1HPMA 3EO3A 3FZFA 4NB4A 2FSNA 2P9LB 2Q0UA 3LDNA 1R59O 4Z94A 5AQXA 4BGBA 3D2FB 3H1QA 4Y0WA 3CJAA 5AQYA 1DGKN 4I6MB 4EIAA 1QQMA 3WXKA 3LDOA 1NGCA 3A5NC 2YHXA 1DKGD 5JLFA 5FPNA 3EKUA 5KQDA 2E2PA 2E2NA 3MCPA 4MLHA 3SLCA 2A6AA 1LOTB 3KVGA 4BRKA 4ISFA 1NGFA 2CH6A 2Q0RA 3CI5A 2F9WA 2P9SA 4H0TB 3ZX3A 4DQ8A 2QM1A 3UB5A 4ISGA 4CD1A 3VF2A 3MN6A 3CERA 4CJ7A 3HI0A 2FF6A 1Z6RA 4CI6A 4KBOA 4BVPA 4GNIA 3SK3A 2P9UB 3B8AX 2P9IA 4YDUC 4BRDA 3A0IX 5E26A 4WQ4A 3ULEB 1QZ5A 3IDHA 4FWPA 2P9PB 4L3QA 3VGKA 1NGHA 3LM9A 5AFUH 3I8BA 4CBUA 4XH5A 2QWRA 1TYQB 3FFKB 3IMXA 2ASOA 4RWTA 2A5XA 3QFPA 3CHWA 1TUUA 2BUPA 4DCHA 5BN8A 5CE3A 2IIRA 3D7EO 3MMVA 4FWLA 3CJBA 4JD2A 3H6EA 4GY2B 4BVOA 2HF3A 2GTDA 4JN4A 3FZMA 3D2FA 1YUWA 3ENOA 3BP8A 4B1ZA 3IFRA 1WOQA 1ZXOA 4I6MA 5JICA 1S22A 1BA0A 3BUZB 4FL9A 4FOEA 3SJHA 1RGIA 4K43A 4BR0A 5AQNA 2E2OA 3D2EA 5AFUA 4IO8A 1MWKA 3WQUA 1NGAA 2PAVA 4H0YB 1GLLO 4PKHA 3WXLA 3L6QA 1K8KA 3EZWA 3O08A 4BROA 2YHYA 5AQIA 5KPRA 4FSVA 4CZGA 1GLDG 5F2RA 1SAZA 2WUSA 5KPTA 3WUHA 4CZFA 2W40A 3QDKA 3A5LC 2FSKA 3O80A 1H1VA 2P9IB 1X9JA 1ZBSA 5BRHA 1BA1A 5AZJA 2P9UA 4K25A 4BRQA 1JCEA 1Q18A 1YVNA 4FWOA 1JCFA 3VEYA 4BREA 3LDLA 4MO4A 3G25A 4BRAA 4BG8A 3CETA 3GDQA 3IUCA 2J4RA 3CQXA 3FZKA 4FWRA 4CZLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P38A 5M1NA 3KD1E 1BOTO 1EX4A 2D0BA 3A5OC 1RDDA 2HHHK 2XY6A 3TSQA 2Q97A 4JI1K 1E3MA 3TI0A 4QOZB 3SJJA 3DAWA 1ZC6A 3HM8A 1JL2A 1HUXA 4CF8A 3GG4A 4BR9A 5EVZA 3DLGA 4NYNA 4BRMA 2VWJA 4B1VA 4RG8A 1VQLN 3MCAB 2FF3B 4R5PA 1F21A 4ELTA 2BANA 1D8YA 2CGKA 3R6MA 2B5JA 3HOTA 4B9SA 3S3NA 1RNHA 1L3SA 4O0JA 3KLEA 3K5LA 4HTLA 3ZEUA 4IJAA 3JAMO 1B92A 3CF5L 3U9ZA 4JNEA 1K8KB 4IG0A 4CF0A 3VEZA 3WEEB 1TKDA 3HBTA 4F9OA 2D0CA 1IBKK 2VGNA 4CGHA 1RBUA 2OPSA 4EAHD 3AGKA 1TK5A 3DXKA 4NO7A 2HBKA 2F4VK 4W5RA 1QQNA 3F73A 3J7AP 4KH6A 1KCFA 5LJVA 2BDPA 3OYDA 3I55N 3K59A 1HJOA 4A5BA 4O8KA 4XH4A 2NLXA 1QHTA 1RTDA 1DLOA 2YI1A 3K5OA 3L4QA 3UKRB 4B3OA 4FLUA 4YNQA 4E19A 3V9XA 1B9FA 3VTIA 4CHOA 2Y1IA 2XRIA 3QIOA 1LW0A 4IDKA 4YOXA 4Z0UA 4AM7A 5F1XA 4FJ5A 1SUQA 3PLAA 4CEBA 3KD5E 3SQ4A 3CCJN 3QBWA 3U3YA 2OPRA 4B8AB 5KQ8A 4BRIA 4CJ5A 3MN9A 3NHGA 1V4TA 3LAMA 5FROA 4B9QA 1U2VB 1RDWX 3AVJA 3Q7CA 3TAPA 4A57A 4FPBA 4BE2A 3ID6A 4O5BA 5AQLA 2O8DB 5I9EB 4ID5A 4JI8K 4PL7A 4E1MA 4LF7K 4ISEA 2QKKA 3R8EA 4DSIA 3CC7N 4O8UA 1U47A 3AAPA 2FLOA 1T6CA 4KAZA 4CZKA 4FW2A 2NRXA 4WFNL 4NCBA 3PX4A 3ULDA 3HL8A 4B9NA 4CCHA 2VYPA 1J9AA 2IOCA 2YHAA 4FWSA 4FXDA 1Q8IA 3H45C 4CF2A 4B9UA 1MU2A 1BHLA 4JI3K 2P9NA 2V7ZA 1GLJO 3OHRA 4DR1K 2CH5A 5ELZA 5EX5A 1SL0A 5AZIA 3CCQN 1VSEA 3HRGA 4DR7K 4KI6A 4FM2A 4DG1A 2E20A 5HOOA 3LZIA 3C7NB 5BPMA 1UWBA 1LW2A 3MECA 4MDAA 2NRTA 3ZETB 1EWRA 4E7LA 4WF9L 1BG3A 4J2EA 4CW7B 4GV9A 2UUAK 3HOSA 4CFDA 4BR4A 5AQWA 2QA4N 4WFAL 3J81O 4FZZA 1SQKA 1RT6A 5DMRA 4LC9B 3LDPA 4FO0A 1T3VA 4MLEA 4EHUA 2QWMA 2Q1NA 3K9KA 4DV0K 3V1QA 2V51B 5ADXH 4KREA 2P9KB 2QEXN 1MWMA 4JS5A 2HW3A 3HPGA 3RSEB 2GWJA 4CESA 1YIJN 3J8AA 1XNRK 1XC3A 1IKWA 5AQRA 3PIOL 3MEDA 3OYCA 2PZSA 2ZJPL 3T69A 4DFMA 3O1BA 5LMUK 4BGAA 4CZIA 3G6EN 2A40A 4BC4A 1CXUA 3FR0A 3VEVA 1RTIA 5DM7L 1KFDA 2VG7A 3MX2A 1ASUA 1REVA 5M1OA 4CZMA 3ID8A 1BWFO 2DFEA 3QETA 4Q5VA 3TAGA 4CF9A 1ZBIA 3HSTB 3MXMA 3LP1A 4H0VB 5C42A 2V52B 3P5JA 1NGBA 4CJ3A 3L8BA 4FJGA 1VSFA 4F2RA 5C24A 3V9WA 3N4QA 5EU7A 2ITMA 1I39A 1LWCA 4M3ZA 4OKKA 4M3UA 3LM2A 1RDUA 4CEAA 1ZBHA 2I7NA 3C6UA 3AY9A 3TAEA 5AQGA 4OGEA 1T7PA 3T1YK 2QW9A 4Y1DA 1OVYA 2ZF5O 3ENHA 2EWSA 1IG9A 2P9LA 2RPIA 1M1KO 5CYQA 3DLHA 2P5GA 4OX9K 1CZAN 4N76A 1VSJA 4FCYA 1CZBA 1WAJA 3UE5A 3ITHA 1X9SA 1SKSA 4JKEA 4FOIA 4FJ8A 2HHTA 1BI4A 4JKFA 4DS5A 5AQVA 4J2BA 1XNQK 5T7BA 3AARA 1XHXA 3KK7A 2P9SB 1RILA 4DTJA 4CD3A 3VQ9A 3QERA 3RVCA 4Z4EA 2Q2RA 3CCLN 3EKSA 3K5MA 3SYZA 1IKVA 1YI2N 2O8EB 3O3HA 3C94A 1GOBA 3IAYA 4JK7A 4BC3A 3DMJA 3PIPL 3ULEA 2UUBK 4DR2K 4BRNA 3WXJA 2XY7A 2F8SA 3DXMB 1BCOA 4IKFA 2D0PA 1NJZA 4M42A 4DSKA 4JI4K 3CC4N 3CM5A 2AP1A 2W00A 3L2RA 3FZFA 4TSXA 4CEEA 1Y97A 4I9QA 3QLHA 1Q9XA 1R59O 4Z94A 3AA5X 1LWFA 3CFPA 3TTDA 1IKXA 1L3VA 4CK3A 4DTXA 4Y0WA 3CJAA 4MQ3A 1Q7YO 4I6MB 4EIAA 3VA0A 4QCLA 4E3SA 2ZQBA 1QQMA 3DI6A 4M41A 3LANA 2YHXA 4O0IA 1DKGD 4JKGB 5FPNA 4KPYA 3LAKA 2EHGA 5KQDA 2E2PA 4X65K 1LOTB 4ISFA 1TK0A 1TAQA 2CH6A 4CJVA 3CYMA 4ZTFA 1KQSM 5GINA 4CEDA 3OVNA 4EP4A 4GVMA 1Z6RA 4NXMK 1HYVA 4KBOA 2IAJA 4GNIA 2P9UB 2P9IA 4YDUC 1M90O 4BRDA 4X62K 3O3GA 1QZ5A 3L2QA 4FWPA 1I94K 3F5TA 1NGHA 3VQBA 1GOCA 3I8BA 1TV6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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