4K42A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue sf01 [(3r,4s,5r,6s,10r,11r,12r)-11-(acetyloxy)-1-(benzyloxy)-14-[formyl(methyl)amino]-5-hydroxy-4,6,10,12-tetramethyl-9-oxotetradecan-3-yl propanoate]
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Contractile protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 112
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k42A03
1ATRA 3DXKA 5KPRA 3C0BA 3CETA 4M63C 3MDQA 1BG3A 4FWLA 1HJOA 3B8AX 5AZIB 2CGKA 2YJFA 4B1UB 4BRGA 5KPZA 3QDKA 1NGCA 4H5VA 4FO0A 4H5WA 2FSKA 2FXUA 2Q36A 1E4FT 4BRQA 3MN9A 3W0LA 4YDUA 2GWJA 3MMVA 3L6QA 4CZGA 4XEIA 3ULEA 2E1ZA 1QZ6A 4H0VB 3D2EB 2QWPA 5AQZA 4CBXA 5FPMA 2A5XA 5AQGA 4CZEA 4BC5A 3D2FA 3VF2A 2KHOA 4XH4A 3HBTA 3R9PA 1NMDA 2E2OA 3L4IA 5TKYA 2BUPA 4FOIA 2ASMA 3ZETB 4BG8A 4CZIA 3WXJA 4FWSA 2P9LB 3QB0A 3TU5A 5KQ8A 1RDWX 5ELZA 3A5MC 1KAXA 5AQHA 3CQXA 4BREA 5E26A 3WQTA 5LJWA 1V4SA 3I33A 2NZTA 3EL2A 1GLBG 2YHXA 3O8MA 3JS6A 5AZJB 3WT0A 2NLXA 3HSCA 4GY2B 4FWKA 2FLOA 5F0XA 4FWMA 1RFQA 4QS8A 4PKIA 5JLFA 5EY4A 4H0YB 1QQMA 2GELA 2P9NB 4BC4A 4C23A 1JCGA 3BUZB 3ULEB 3QBXA 1HKCA 5AQXA 3CJAA 1LCUA 1DEJA 2F9TA 2ZF5O 3UKUA 4JD2B 1NGGA 4E1JA 2Q0RA 4A2BA 2P9UA 5BN9A 5BPNA 1HX1A 2FSNA 4JN4A 5BREA 3DWLA 1NGEA 4AM7A 4BRKA 3O4WA 4FPBA 3ZX3A 3QFUA 4DCHA 3H6EA 1NM1A 5AQKA 3WXLA 4CZFA 1QHAA 3O1WA 4PL8A 4BQZA 3CJ9A 4I6MB 3GBTA 1U2VA 3FZLA 5AZIA 4BC2A 2HMPA 4KBOA 3M6GA 5BRHA 5JICA 3FGUA 2P9KA 3AY9A 4QS7A 4WQ5C 2I7NA 3GDQA 2ASPA 2CGLA 3FR0A 3HZ6A 3U4LA 3VESA 3ZETA 2WUSA 3ZX0A 1TUUA 3GG4A 5LY3A 2PAVA 4XH1A 4CD3A 4BQLA 4EAHD 3FLCO 5BPMA 2ASOA 1NGAA 1TUYA 3H3NO 1NWKA 3VF6A 1U6ZA 2YI1A 3MCPA 4BRPA 4BRFA 4PKHA 2CH5A 3GOIA 3MK6A 1HKBA 4I6MA 2E2PA 3VERA 3CJCA 4H0OA 1GLLO 3EKUA 4CJ7A 2V7ZA 4BRLA 1BA1A 2CGJA 3QICA 1CZAN 5EOYA 3RSEB 5I9EB 2D1KA 4A2AA 2P9KB 2FF3B 1ZXOA 3CIPA 4BR9A 3LDLA 2P9SA 1H1VA 1QQOA 2E2NA 3BP8A 4K43A 5AQFA 4MLEA 2QWLA 2W40A 2QWNA 4FOEA 4FWQA 4BRHA 1DGKN 4CZHA 1BWFO 3LM9A 2Q31A 4CZKA 4CZLA 5EX5A 2IVPA 3O5BA 3M3ZA 3HI0A 4EFHA 3VPZA 4XH5A 5F2RA 4O5FA 2E8AA 3CHWA 4B1WB 2VCPA 3ID8A 4BRCA 2P9LA 2VWBA 3A5OC 3DXMA 4BRMA 4IO8A 1GLJO 4CBWA 1EQYA 3H46O 2E88A 4MO5A 3VOVA 3SK3A 4BVOA 3SLCA 3U9DA 4BRNA 4M7YA 3VEZA 4BVPA 4IJNA 3S41A 1YVNA 4RTFD 3ENOA 1MWMA 3MN6A 4CZMA 4F9OA 1S3XA 4A61A 3MN7A 1P8ZA 1QQNA 4GNIA 4YDUC 3IFRA 3UB5A 4ISFA 3VGMA 2GEMA 3WUHA 2QWMA 3R6MA 3ZEUA 3DJCA 2NRHA 2QW9A 3DXMB 1TYQA 1XQSC 4BROA 1BOTO 3I8BA 1KAYA 2HF4A 1BUPA 2A41A 4DHYA 1ATSA 3VEYA 1LOTB 3D2EA 1NGIA 3CERA 3KZBA 5BN8A 3VGKA 3DXKB 1ESVA 1HLUA 3FZMA 2V7YA 3BF1A 5AFUA 3VETA 3A8YA 2AA4A 4DQ8A 3WEEA 1X3MA 1XC3A 2AP1A 2A42A 4FWOA 5JLHA 1Z6RA 3C7NB 3IMXA 2BTFA 1E4GT 3OHRA 3CQYA 4L3QA 3H3OB 2A3ZA 2HOEA 1WUAA 1SAZA 1GLDG 5E84A 5FPEA 3QBWA 3BF3A 4HWIA 1HKGA 4BRAA 4O8KA 1BO5O 4FL9A 2QWRA 4AM6A 2P9PB 2PBDA 3HTVA 3WXKA 2GTDA 3R8EA 3A5LC 3U9ZA 4JHDB 4H5TA 4B1XB 1ATNA 2P9UB 3EKSA 3VF4A 4MO4A 1T44A 1GLFO 3M1FA 4DB3A 3EN9A 1Z05A 2I7PA 2FF6A 2IVOA 3F9MA 4FWNA 3HM8A 3CJ1A 4HTLA 1GLAG 2D0OA 1KAZA 1X3NA 4B1VA 2QM1A 2V51B 3DAWA 5AQSA 2GWKA 4BGBA 3LM2A 3LDNA 3QFPA 5AQQA 2EWSA 3G25A 3GE1A 3ZX2A 2HF3A 4WYBA 3CI5A 4BR7A 2J4RA 4CD1A 4NB4A 5EVZA 3VEOA 1NGBA 1GLEG 2Q1NA 2ITMA 2D4WA 3O6WA 4K41A 2VYPA 3AAQA 5ADXA 1QZ5A 4LC9B 4PKGA 4K42A 3FZKA 1D4XA 1Y64A 4RWTA 4JAXA 1NGDA 3J8AA 5AQPA 4Y0WA 1V4TA 2YCHA 3H45C 3GL1A 2Q97A 1MWKA 1TYQB 3CJ7A 3O80A 5CE3A 3AARA 4IWVA 2ZWHA 5AQIA 1SQKA 1SZ2A 1YAGA 3QMLA 3TPQA 5BPLA 3MN5A 1ZBSA 4IXCA 5AR0A 1GLCG 4H0PA 5KQDA 3KVGA 3D2FB 1G99A 3LDOA 3SMPA 2QWQA 3C7NA 4IZ9A 2P9NA 3A0IX 5AQUA 3WEEB 1S22A 1MDUB 1IJJA 1BDGA 3EZWA 3VGLA 1BU6O 5AQWA 3H1QA 4CBUA 3JXUA 3FZFA 3L0QA 4BRIA 2IIRA 4JHDA 5AQVA 1K8KA 4EHUA 3O08A 3CJBA 4BR0A 1JCEA 5FPDA 2YHWA 2V52B 4BR2A 5B8HA 5AQRA 3WXIA 5AQYA 2A6AA 5AQMA 3H1VX 5BRFA 2E1YA 2FSJA 5EXWA 1IG8A 2P9IB 3LL3A 5AFUH 5AQJA 5BR9A 2QXLA 3VEXA 4CI6A 2OANA 2H3GX 2P9PA 2UYTA 2W41A 3U8XA 3RSEA 1JCFA 1NGFA 4WQ4C 3ZEUB 1HUXA 4K25A 1YXQA 1NBWA 2F9WA 4EHTA 5BRDA 4EIAA 1XUPO 2QWOA 5KPTA 5F1XA 2P9IA 3A5NC 2E20A 1C0GA 5AQNA 3FE1A 4H5RA 4BR4A 1NGJA 2IVNA 4BR5A 5ADXH 3UKRB 3LDPA 3FZHA 3P4IA 4RCHA 3ENHA 1KXPA 2E2QA 1WOQA 3UKUB 3EO3A 3WQUA 4WQ5A 5AZJA 1YUWA 1HPMA 1T6DA 3SJHA 4QS9A 3IDHA 1T6CA 5AQOA 2P9SB 2D0PA 1DKGD 1X9JA 2Q0UA 4M7XA 4H0TB 4B1YB 1BA0A 3IUCA 4FWPA 1U2VB 3ATUA 1C0FA 3BEXA 3FFKB 4J8FA 2CH6A 4NO7A 5AQLA 4CZJA 4BGAA 3VEWA 4WQ4A 3LDQA 2Q2RA 4PL7A 3SMSA 5JMVA 4A62A 5AQTA 4FWRA 1NGHA 1MA9B 4B9QA 1Q18A 3UE5A 1RGIA 3KHYA 2A40A 3AAPA 3D7EO 3VEVA 4IJAA 3O1BA 5FPNA 3W3DA 4H5NA 4BG9A 1J6ZA 2GUPA 4H03B 4ISGA 4FPAA 2YHYA 4JD2A 4Z94A 1R59O 3VENA 3UKRA 3ATVA 4JNEA 2YJEA 4B1ZA 4H0XB 1NLVA 4BC3A 1OKJA 1K8KB 2ZGYA 4MLHA 5LJVA 2ZGZA 2DPNA 4FSVA 4ISEA 4BRDA 1ZC6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PSIA 3T1YK 3C0BA 3OA9A 1HJOA 5AZIB 1X9SA 4B1UB 1NGCA 4KH5A 4HVJA 2NNWA 3RWUA 2G8FA 2FSKA 2FXUA 3QEVA 3JYTA 4BRQA 3E9PA 3LWLA 2GWJA 3MXMA 5MLCQ 2IGIA 3DRPA 4DF8A 3CM6A 4E7LA 5FPMA 3PO4A 3RMAA 4KO0A 3CCQN 4M41A 3HBTA 1QQCA 4IEIA 3R1XA 3HYFA 4CGJA 4A5BA 5KGWA 3G0ZA 2NRVA 2P9LB 5GAEP 4NCBA 4JK9A 5ELZA 4FYDA 3ZT4A 3OJUA 3RRHA 3WQTA 1IBMK 3O9SA 2HB5A 4RW9A 1V4SA 3OBWA 3EL2A 4DLGA 4GY2B 2JWLA 1OVYA 1RDAA 4CFDA 4YNQA 4BWJA 2FLOA 3N4PA 4FWMA 4QS8A 4CEFA 4PKIA 3V6DA 2D0CA 2WC9A 3OYGA 1VSHA 1HKCA 4FLUA 5AQXA 2KKZA 4NCGA 5J2QA 2F9TA 4CEQA 1NGGA 2OYQA 5A2QO 1TAQA 5BN9A 2A1RA 2BANA 3THWB 3OTOK 4B3SK 4BRKA 1J5EK 4DTUA 4JK7A 1NM1A 5CY4A 3WXLA 4CZFA 4PL8A 4WFAL 3OYAA 3NDKA 3THVA 4LD0A 3QESA 4O0JA 3V1RA 4B08A 2VG6A 3L2QA 1NOYA 1NU0A 4X64K 3PLAA 3TSPA 2G8KA 3ZX0A 1NK8A 3Q7BA 1NKCA 3AO1A 4XH1A 4EAHD 1ZYQA 3K5LA 5BPMA 3H3NO 4JS5A 1U6ZA 1B9FA 2HVIA 4BRPA 1CZ9A 4B9SA 1VSFA 3MK6A 4CJSA 2E2PA 4B3TK 3CJCA 4H0OA 3EKUA 4JYAK 2E6MA 3P83D 4DTXA 3QICA 1JLFA 4C1NI 3RSEB 3NH2A 1YT3A 2KLAA 2D1KA 4CCHA 2RF2A 1NOZA 5CYMA 1UA1A 2E2NA 4K43A 4FZXC 3BP8A 4FOEA 3WXMB 5C42A 2UUAK 4ELVA 3Q7CA 1FXXA 3OYKA 1QVGM 4B8AB 1RTIA 3NF9A 1UA0A 3ZT1A 1WSIA 4YOXA 5EX5A 4OGEA 4CJKA 1L5UA 3O5BA 3P5JA 3DLLL 2O8EA 5M1OA 1VQON 1SKSA 3AVIA 3DLKA 2VWBA 4PWDA 4BE2A 1TGOA 2D0AA 3M5RA 4DSFA 1VQLN 4JI3K 3SV4A 5TKWA 1Z25A 1RDBA 4MO5A 4KH6A 3PX4A 3U9DA 4BRNA 3LP3A 5JS2A 4AHVA 4IJNA 2NRWA 1XWLA 1YVNA 3S41A 4FVUA 2PYJA 2W6LA 3AA3A 3PIPL 3MN6A 4CZMA 3VQ6A 1QQNA 4HHTA 3IFRA 2Z1GA 4ISFA 3VGMA 4FK2A 3WUHA 2QWMA 3R6MA 2HBMA 1UWBA 3QINA 5I42A 1RT2A 1VQKN 4M3RA 4BROA 3I8BA 1KAYA 4ELUA 1BUPA 4DHYA 5JENA 1LOTB 1NGIA 5LMNK 1OH8A 3KZBA 2GBZA 1JLGA 3KIOA 3FZMA 2G8VA 4KV8A 5GIOA 3KWGA 4C1NK 1JL2A 5AFUA 3A8YA 3RMDA 3TTCA 2VG5A 3NE6A 1SS6A 3WEEA 3ZYYX 3NF6A 1ITGA 3MWPA 4FWOA 2ZE2A 2EHGA 3IMXA 2XRIA 2ZM6K 4BDZA 3E01A 3NMUA 2VQFK 2G8WA 3H3OB 2A3ZA 2HOEA 1WUAA 1FW6A 4MDBA 4F4KA 1UAXA 3MX5A 3CCRN 4BRAA 4HWIA 1RT3A 1HKGA 4O8KA 1BO5O 4CEBA 4LSLA 3QEIA 2PBDA 2Z1HA 1JLAA 3R8EA 3K9KA 1SL2A 4FJKA 4DFMA 1JLBA 4JKGB 1BHLA 3OS2A 3VF4A 3BGRA 3K5OA 2ZJQL 2I7PA 3V1OA 4HTLA 1GLAG 5J1EA 1TKTA 3DAWA 4BGBA 3OS1A 3LDNA 4GKKK 4PUOA 3BY5A 4U67L 4N76A 4WYBA 4K8XA 2J4RA 3I0RA 4CD1A 4O55A 4FJ9A 5EVZA 4J2DA 2VGNA 3VQAA 1Y97A 1RBTA 3ZSOA 4NXNK 4K41A 1QZ5A 2HHXA 4KI6A 4FJGA 1Y64A 4JAXA 1LW0A 4Y0WA 4FJ5A 3L3VA 1BI4B 3IRXA 4CGGA 3CJ7A 2HHIA 1RTDA 3VA3A 5CE3A 3AARA 3HP9A 5AQIA 1ILYA 3TPQA 1ZBSA 4IXCA 4FLZA 3K2PA 3KVGA 5KQDA 3RMCA 3SMPA 1RDDA 3C7NA 1FK9A 1UOCA 4TSXA 2P9NA 3SZ2A 1KLNA 1TL3A 3EEQA 3VGLA 5AQWA 4O8UA 4JRPA 4CBUA 4CFBA 1BQMA 3O9RA 3FZFA 3L0QA 5M1QA 3AO5A 4EHUA 3CJBA 2BDPA 1KLMA 4LY7A 4AF1A 4CJ4A 2YHWA 2YNHA 4BR2A 2R7YA 3T3FA 5AQRA 4RW8A 3H1VX 4QAGA 1IH7A 5AJ3K 3O3HA 3THWA 2Z1JA 1IG8A 3MAQA 2P9IB 5BR9A 2QXLA 1VQ4N 1G15A 3LPUA 2QI2A 5FDLA 2H3GX 4O5BA 5SWMA 5C12A 2W41A 3SAHA 4IOCL 1VSJA 4M3YA 1VQ5N 4B9LA 1XUPO 4OPJA 1ASUA 5KPTA 4DV7K 3HP6A 2P9IA 3B6OA 1DTQA 1C0GA 2ITGA 3HVTA 3THXB 4H5RA 4YHHK 4V19S 4EP4A 4BR5A 1WBBA 4KTWA 4Z4IA 3ZSVA 1C0MA 4I2PA 5AZJA 1YUWA 4ZTFA 1NJYA 2D5RA 1T6DA 1NJWA 4OJRA 3DLEA 4CHYA 4M7XA 4RW7A 2O8BB 3ZSXA 4RW4A 4O4GA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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