4K42A

Crystal structure of actin in complex with synthetic aplc tail analogue sf01 [(3r,4s,5r,6s,10r,11r,12r)-11-(acetyloxy)-1-(benzyloxy)-14-[formyl(methyl)amino]-5-hydroxy-4,6,10,12-tetramethyl-9-oxotetradecan-3-yl propanoate]
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
370
structure length
360
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical studies of actin in complex with synthetic macrolide tail analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
molecule tags Contractile protein
total genus 112
structure length 360
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4k42A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4k42A03
1T6DA 5AQQA 3UB5A 4YDUA 4KBOA 3H3OB 3A5OC 2ITMA 2YHXA 4BRFA 4M63C 4DCHA 4FWNA 5F1XA 4H0OA 4XH5A 4RWTA 2QM1A 2A41A 4FOEA 4CZFA 3LDOA 1BG3A 4B1YB 3L4IA 4FPBA 3CJAA 3VEXA 3BF3A 2EWSA 2OANA 3D7EO 2HOEA 4K41A 1NBWA 3O5BA 4BRHA 3A8YA 4FWRA 3JS6A 5FPDA 2GEMA 3FFKB 3S41A 4CD1A 1CZAN 1H1VA 3CETA 3WXJA 4BRKA 1NGEA 4BR5A 3TPQA 5AZJA 5FPEA 4PL7A 4BR0A 2QWMA 1V4TA 2F9TA 3CJBA 4FL9A 3CQXA 2VCPA 1SQKA 3VGKA 4B9QA 3UKUA 4IO8A 2ZWHA 3MK6A 5JLHA 5EX5A 4BROA 1YVNA 4RCHA 3CQYA 3QICA 4BC5A 2Q1NA 1ZXOA 5AQGA 5AQOA 5EY4A 4BC4A 1QQNA 3FZKA 3UKRB 4FSVA 3GDQA 5AQHA 3O08A 2QW9A 4ISFA 4WQ5A 4QS9A 1NGAA 1OKJA 3CIPA 3P4IA 4EHUA 1GLCG 3WXLA 3ZX3A 3CHWA 5BRHA 1SAZA 1NGFA 3WUHA 2IVNA 1XQSC 3QMLA 4FWKA 4BG9A 4XEIA 4A62A 1XC3A 1T6CA 5BRFA 4BRDA 1IJJA 2QWOA 4Z94A 4BQLA 5AZIA 4BRMA 2F9WA 4RTFD 4AM6A 1NGJA 4H5NA 4BC3A 3QB0A 1X3MA 4K25A 1RFQA 3IUCA 2QWRA 2KHOA 4EAHD 2A40A 3J8AA 4B1XB 2ASPA 4BR7A 3C0BA 4JD2B 5AQLA 3U9ZA 3HM8A 1X9JA 2E1YA 1C0FA 1ZBSA 2FF6A 1DKGD 4DQ8A 4BVPA 2IVPA 4B1VA 1E4FT 2GWJA 5BRDA 3DWLA 3LDQA 3QBWA 1MWKA 4JNEA 3M1FA 2QWNA 3VEZA 5AQVA 1MWMA 2P9KB 1T44A 3ZETA 3WXKA 4PL8A 3A0IX 2E2NA 3QBXA 2E2QA 3HTVA 3FZLA 3O8MA 4I6MB 3M6GA 4BRLA 3VPZA 1Z05A 5KPZA 4H0YB 1HKGA 3H1VX 4ISGA 4WQ4C 2GUPA 3CJ7A 1IG8A 4MLHA 3BP8A 4CBWA 2YJFA 3FR0A 3JXUA 3VF4A 2CGKA 1GLBG 2P9LA 2YJEA 3UE5A 2V52B 2I7NA 5BPNA 2P9IA 2CGLA 4H5WA 4DB3A 3QFUA 2FXUA 4PKIA 1GLEG 5LY3A 3OHRA 3A5MC 5AQZA 4B1WB 3ATUA 2CH5A 3WEEB 1C0GA 2A6AA 2Q0RA 4F9OA 3R9PA 4BRGA 4AM7A 4EFHA 5AQFA 2P9PB 2V7YA 3H45C 1MA9B 4M7YA 4BGAA 1K8KA 2E1ZA 4H0XB 3MN7A 3H6EA 5AQNA 2P9IB 5JMVA 1RGIA 3GBTA 3M3ZA 3O1WA 3VEYA 5AQKA 1E4GT 4L3QA 1NGHA 3AAPA 2E8AA 2P9NA 2WUSA 3D2FA 3A5LC 2CGJA 2E2OA 1GLLO 5FPMA 4FWQA 5ELZA 2QXLA 4WYBA 1G99A 5TKYA 1K8KB 3SK3A 3IFRA 3H1QA 4H0TB 1DGKN 5AR0A 3DXKA 3RSEA 1BUPA 2YI1A 4FWOA 1SZ2A 3FZMA 5AZJB 3ZX0A 1YXQA 1ZC6A 3D2FB 1HKBA 1BA0A 2H3GX 1MDUB 5JLFA 4HWIA 5BREA 3UKUB 3VEVA 5BPMA 4CI6A 2ZF5O 1BDGA 3R8EA 1HPMA 4GY2B 4O5FA 4CBUA 4BRNA 4FWLA 2V51B 3RSEB 1JCFA 4FWPA 5AQJA 3VOVA 5LJWA 1EQYA 1NGGA 3U4LA 3HSCA 4CZEA 3WQUA 2CH6A 3L0QA 3DJCA 3W3DA 3EN9A 3ID8A 4H0VB 3DXMA 5KPRA 3MN6A 4NB4A 4CBXA 3GOIA 4H03B 4HTLA 1BA1A 4A2BA 3QDKA 4CZLA 2DPNA 3EO3A 1KXPA 4CZGA 4LC9B 1RDWX 4BGBA 5B8HA 4BRQA 3WT0A 1HX1A 4MO4A 1TUUA 3VERA 3ENOA 1TYQA 4NO7A 2AP1A 3MDQA 2FF3B 3R6MA 4FWMA 3MMVA 4J8FA 1R59O 1GLDG 4GNIA 4M7XA 5AZIB 2FLOA 3IDHA 3DXMB 3ENHA 5F0XA 2E2PA 3AAQA 3L6QA 3O4WA 1JCEA 3SMSA 4EHTA 3C7NA 4IZ9A 3ZEUA 5AQUA 3AY9A 3LDLA 5AQSA 2Q36A 3AARA 4JHDA 1HUXA 1P8ZA 1TYQB 4BRAA 5KQ8A 1KAZA 4ISEA 1WOQA 3CJ1A 3VGLA 1NWKA 3G25A 4YDUC 2QWPA 3U9DA 1Q18A 4H0PA 4PKHA 1YUWA 3LDNA 1HKCA 3C7NB 1KAYA 2P9SA 3FE1A 3ZETB 3SJHA 4K43A 2QWQA 2P9UA 3D2EA 5E84A 4JHDB 5AQPA 1S22A 2NZTA 4FPAA 5EVZA 4CZIA 5AFUA 4IJNA 3FZHA 1U6ZA 2A5XA 1LOTB 2ASMA 1WUAA 2NRHA 3DAWA 3B8AX 4IXCA 5AQTA 5JICA 4CZKA 1ATNA 3I8BA 2I7PA 2Q31A 2ZGZA 4FO0A 3EKSA 5AFUH 2P9LB 2AA4A 3KZBA 2IVOA 1YAGA 2NLXA 1XUPO 5BN9A 3O6WA 3U8XA 3FZFA 3BEXA 3A5NC 3BUZB 4H5RA 4WQ4A 4BR2A 5I9EB 3GG4A 4FOIA 3VF2A 4BR9A 2W40A 3FGUA 1NLVA 3F9MA 3CJCA 2YCHA 2Q97A 3SLCA 1NGCA 1Y64A 4WQ5C 4H5TA 5F2RA 5EOYA 1BO5O 1QQOA 3KHYA 1NGDA 3CI5A 3MN9A 3GL1A 1D4XA 3LM2A 3GE1A 3CERA 4C23A 3VESA 2D0PA 1BWFO 5BN8A 4FWSA 2YHWA 3UKRA 1NGIA 2P9NB 1Z6RA 3LM9A 2FSNA 2PAVA 2J4RA 2HF4A 3W0LA 2GELA 3EL2A 2E20A 5EXWA 2D0OA 4IJAA 2GWKA 3TU5A 4A61A 4H5VA 3DXKB 1J6ZA 1V4SA 5AQWA 1JCGA 2D4WA 1QZ6A 2A3ZA 5E26A 4BG8A 4BRPA 4DHYA 1TUYA 4A2AA 1DEJA 1QHAA 5FPNA 5BR9A 1LCUA 1GLJO 3CJ9A 3MCPA 5KQDA 1HLUA 2HF3A 1QZ5A 5CE3A 1S3XA 1U2VA 3ZX2A 2PBDA 2FSKA 2D1KA 1NMDA 4CJ7A 3VEWA 2E88A 4JAXA 4CZMA 3O80A 4JD2A 4PKGA 3VETA 4E1JA 3H3NO 1NM1A 4Y0WA 1GLAG 4QS7A 5AQYA 4MLEA 3HZ6A 3ULEA 2UYTA 1BU6O 2W41A 5AQRA 5LJVA 1ESVA 3ATVA 2HMPA 3H46O 1X3NA 4BVOA 5AQMA 1U2VB 2VWBA 3EKUA 2P9KA 2YHYA 2FSJA 5AQIA 1NGBA 3KVGA 4BRCA 2QWLA 3ULEB 4I6MA 3LL3A 2IIRA 2BTFA 4CZHA 2A42A 1QQMA 3WQTA 3VEOA 1BOTO 4BRIA 3O1BA 3HI0A 4BQZA 3VENA 3ZEUB 3HBTA 1ATSA 1ATRA 4JN4A 5ADXA 4IWVA 3MN5A 4O8KA 5AQXA 4MO5A 3BF1A 3I33A 3VF6A 4XH1A 3EZWA 1KAXA 2VYPA 4B1ZA 1HJOA 3WXIA 4QS8A 4B1UB 3SMPA 4EIAA 3FLCO 2BUPA 2GTDA 2V7ZA 3WEEA 3VGMA 4CZJA 1GLFO 4CD3A 2Q0UA 2Q2RA 5ADXH 2P9PA 4BR4A 2ZGYA 3IMXA 5KPTA 2P9SB 3LDPA 4XH4A 2ASOA 4BREA 4BC2A 3QFPA 2P9UB 3D2EB 4K42A 5BPLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DLGA 1W7AA 3UB5A 1KC8O 4DQPA 4YDUA 1JXEA 4NLBA 1HJRA 2HBKA 5KRTA 1HYSA 2ITMA 2VQEK 4DCHA 3QEVA 1EWRA 3KK3A 3TAQA 1C0TA 3B6OA 3K5OA 3IS9A 4CHZA 4UY8O 1NKCA 1LWCA 1RDCA 3P39A 4LF6K 3BF3A 2OANA 2HOEA 2RN2A 1O1WA 1NBWA 4BRHA 2GEMA 1CZAN 1H1VA 3CETA 3HM9A 4BRKA 1NGEA 2KTQA 3IG1A 1U48A 3EEQA 2VCPA 4NXNK 3VGKA 3AGRA 3UKUA 3K2PA 2ZWHA 4KH4A 4KHUA 2HHWA 3P1GA 5EX5A 2F7TA 3QICA 3NH0A 1ZXOA 4DU1A 5AQOA 4CHYA 3GDQA 3V9WA 4OGCA 3O08A 2QW9A 4ISFA 4CJFA 4M3WA 2ATQA 3MCAB 3WNFA 3CIPA 5GIPA 4JKGB 3RTVA 4FM0A 2QKKA 3WUHA 4DFMA 3SCXA 2IVNA 1XQSC 1RDAA 4RW8A 4E19A 4BG9A 4IFYA 3HRGA 1RILA 1YI2N 4A62A 2Q3SA 3LANA 4BRDA 1RT3A 1TKZA 4H5NA 1JLQA 4AHUA 1BI4B 3MEEA 4BC3A 4R79A 1XMQK 1RFQA 2QWRA 2KHOA 4YOUA 3CM6A 2ASPA 4B9SA 4ZHRA 2X6NA 1LWEA 5AQLA 4Z4CA 4FLVA 3AVAA 1X9JA 4LSLA 4XIUA 2E1YA 3ZSXA 1ZBSA 4DQ8A 5C0YA 4IO9L 4YY3K 2BE2A 4DF4A 2GWJA 3M1FA 3MXJA 2QWNA 3NMUA 4DMNA 2O8DA 4LFCK 1MWMA 2P9KB 1JJ2M 3NVMA 3SAFA 2HHQA 2E4LA 2HHHK 2OTJN 3A0IX 4JI6K 4JI5K 4KI6A 1TGOA 3AVIA 3K9JA 1IKXA 1FKOA 1S1VA 3OS0A 4IEIA 3H1VX 4ISGA 4WQ4C 2PYJA 2BH1A 3CJ7A 1IG8A 4CBWA 4OX9K 1BCOA 4W5OA 3CMAN 1KFDA 4CJRA 5KTQA 2YJEA 2I7NA 2P9IA 4H5WA 4DB3A 2PFUA 2FXUA 4DV0K 5LY3A 3LAMA 5AQZA 4ELTA 3T1AA 4HCCA 4JV5K 3JSMA 3HYFA 4B3SK 4JLHA 4BGAA 2A1RA 3CCQN 1K8KA 2E1ZA 4H0XB 4B3RK 5GAEP 1HPZA 5E41A 1KVCA 4BE0A 3GBTA 3VEYA 4LFAK 3J7YP 2UXDK 3M8RA 2P9NA 2WUSA 3D2FA 2E2OA 3KK1A 4HTUA 2UXCK 4W5TA 2QXLA 4JKCA 4BE7B 4Z4EA 4M3YA 3KLIA 4HUEA 3RSEA 4DR5K 4TSXA 4FWOA 1IKWA 1EX4A 1HRHA 4WE1A 3FZMA 5AZJB 4DFPA 1YXQA 3N4QA 4KRFA 4I2QA 2H3GX 1VQPN 5JLFA 2YNIA 4HWIA 4IDKA 4IOAL 2YHAA 1BDGA 3G71N 3SPZA 4JRPA 3QEXA 3HSTB 3HO1A 4KAZA 4FWLA 1C1CA 2V51B 2HHTA 1JLFA 2HBMA 3QNOA 3WQUA 3L0QA 3CC4N 4N76A 5D3GA 4H0VB 1VSIA 4FJ7A 3MN6A 4NB4A 3A2FA 4H03B 4HTLA 1BA1A 3AA3A 3NH2A 4I2PA 3QDKA 4A2BA 2DPNA 3ZT1A 4CZGA 4PQUA 4CJLA 4R5PA 4G1QA 4BGBA 1OVYA 3WT0A 1HX1A 2JGUA 4JKDA 3ENOA 1YVUA 2AP1A 3MDQA 3C6TA 4GNIA 4GV3A 1NK0A 3DXMB 3DRSA 2E2PA 1CZ9A 1EETA 3AAQA 4CF1A 1NOZA 3S3MA 5TKWA 4X62K 1WBDA 3SMSA 1HQUA 3I55N 4DV7K 3C7NA 3VQQA 1T7PA 4CGJA 4IZ9A 4JS5A 1A5XA 3LDLA 1XI1A 3QEIA 2E5LK 5AQSA 1BL3A 2Q36A 1WSFA 4JHDA 1P8ZA 1WSGA 5SZTA 1TYQB 2HW3A 4YDUC 1HNWK 3HJFA 3CFPA 2R7YA 1O13A 5LL6Z 3ZETB 3NBPA 4NYFA 2P9UA 3SPYA 2NZTA 3N4PA 4CZIA 3E01A 4CECA 3DYAA 1RBTA 4KI4A 3VQ9A 5K14A 5J2PA 2FBXA 5JICA 1ATNA 2I7PA 1U47A 3KLEA 2OPRA 1ZBLA 3NF9A 1JL2A 2IVOA 1YAGA 3AO1A 3AO3A 3O6WA 3NVKA 5KI6A 3O3GA 1IKYA 3FFIA 3A5NC 4AHVA 3AO4A 4H5RA 5I9EB 3O4QA 4FOIA 4BR9A 5HL7L 1NLVA 3OYGA 1S72N 4LF4K 3IKMA 4CJPA 5EOYA 3KHYA 3S9HA 3CI5A 3GL1A 1YJ9N 4LH4A 4Z4FA 1BGXT 2D0PA 4O8UA 3QERA 4H8KA 4FWSA 2YHWA 5H1SQ 1WSJA 1IBMK 4GV6A 5GINA 3HPOA 1NGIA 2HHUA 3DLEA 1Z6RA 1E3MA 2PAVA 1XWLA 1YF5L 4OKKA 2J4RA 3EL2A 2E20A 5EXWA 3TAEA 4KB1A 1TAQA 4H5VA 5AQWA 4BRPA 4BE1A 4OGEA 1QHAA 1OH5A 4B9VA 1BI4A 3MCPA 1XHXA 1ASVA 3SYZA 1TL3A 3OBWA 5HRSA 2PBDA 2D1KA 1VSEA 2O8FB 3AVFA 4KPYA 3VETA 3M8PA 5FROA 4QS7A 2G8UA 3HXMA 5DMRA 4MLEA 3V1RA 2UYTA 1BU6O 3K5LA 4B08A 4W5NA 4OKEA 1RDDA 3LWLA 1I94K 1BHLA 3WNGA 3U3YA 3K0SA 5AQMA 1KQSM 4KTQA 2P9KA 1MU2A 1QS4A 5AQIA 3SUQA 1VQ5N 3E66A 3C6AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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