The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
57
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sequence length |
170
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structure length |
170
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Chain Sequence |
DLGKKLLEAAWQGQDDEVRILMANGADVNAQDKFGTTPLHLAADMGHLEIVEVLLKTGADVNAAATGHYFQPYFSHSVSYFGETPLHLAAEMGHLEIVEVLLKAGADVNAFADLGHTPLHLAAQWGHLEIVEVLLKHGADVNAQDKFGKTPFDLAIDNGNEDIAEVLQKA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
From DARPins to LoopDARPins: novel LoopDARPin design allows the selection of low picomolar binders in a single round of ribosome display
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Structural protein
|
| molecule keywords |
Loop Designed Ankyrin Repeat Protein Nran1_G06_C
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| total genus |
57
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| structure length |
170
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| sequence length |
170
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Ankyrin repeat-containing domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y1L E; 3DEP A; 5CED B; 4JB8 P; 1K1A A; 3KEA A; 1BLX B; 5BXU A; 3NOC D; 4DX5 D; 2J8S D; 1BI8 B; 5CBO A; 3V2O A; 4UUC A; 5FIN A; 5HKP A; 2VGE A; 3ZU7 B; 3TWS A; 5KNG A; 2XZD G; 2KBX A; 3D9H A; 2F8X K; 2V4H C; 3TWU A; 2XEE A; 1DC2 A; 2NYJ A; 5AN8 A; 5AQ7 A; 3LJN A; 1S70 B; 4HRL A; 2PNN A; 3JXJ A; 2ETB A; 3JUE A; 5EYL A; 4LSZ E; 3TWX A; 3EHR A; 1MJ0 A; 1NFI E; 4BSZ B; 3C5R A; 1MYO A; 4HI9 A; 1K3Z D; 4GMR A; 4O1O A; 4DX7 D; 2QC9 A; 2ZGD A; 3B95 A; 1K1B A; 3W9F A; 5ENO D; 5JMN D; 4F6R D; 3NOG D; 3UXG A; 4HRM B; 4NIK A; 1TR4 A; 4U96 D; 3Q9U C; 1N0R A; 4OAU C; 2XEH A; 2ETC A; 5JA4 D; 3NBN B; 2HE0 A; 3J5Q B; 4O60 A; 5KNH D; 4ATZ D; 4OAV B; 3DEO A; 5ENQ D; 4B93 B; 4DX2 A; 1BD8 A; 3ZUV B; 2JAB A; 1MX4 A; 5EYP F; 4A63 B; 3AAA C; 3Q9N C; 4O1P A; 4CZ2 D; 4YDW A; 4Z68 A; 3F6Q A; 4BER A; 4DRX E; 5KWD A; 5AAO A; 3V79 K; 1DCQ A; 1SVX A; 3ZKJ A; 4QFV A; 2DZN A; 1WG0 A; 4C48 B; 2A5E A; 5CEC B; 1IHB A; 1MX6 A; 1A5E A; 3ZNG A; 5FIO A; 4ZHB A; 5HRY A; 5AQ9 A; 5BXO A; 1YCS B; 3B7B A; 3UTM A; 2QYJ A; 4U8Y D; 5ENP D; 1N0Q A; 3TWV A; 3V2X A; 2ETA A; 4ZFH A; 2BKK B; 2DVW A; 5EIB E; 2AJA A; 4U95 D; 1IXV A; 2RFM A; 4DUI A; 4HLL A; 3EU9 A; 3V31 A; 2DZO A; 2V5Q C; 1AP7 A; 4HI8 A; 3TWT A; 3W9G A; 3TWQ A; 1YMP A; 4TUM A; 4J7W A; 4K5C A; 4BEP A; 1IKN D; 2P2C P; 3T9K A; 5CBN A; 1YYH A; 4HBD A; 4LG6 A; 5AAR A; 2XZT G; 1QYM A; 5EID A; 5AQB A; 3UI2 A; 3AJI A; 4F1P A; 2F8Y A; 4K5A B; 3IXE A; 4G8L A; 3JXI A; 2L6B A; 1MX2 A; 3J5P A; 4CYM D; 2KXP C; 3HG0 D; 5ENS D; 4DX6 D; 2DWZ A; 1OT8 A; 4U8V D; 2F37 A; 4N5Q A; 2B0O E; 3V30 A; 4BET A; 1D9S A; 5AQA A; 4J8Y A; 1BI7 B; 4HRN A; 4LNU D; 4HQD A; 3T8K A; 1SW6 A; 4G8K A; 2XEN A; 5EN5 D; 2FO1 E; 5CEA A; 3SO8 A; 3TWR A; 1BU9 A; 4BES A; 1WDY A; 2ZGG A; 4K5B A; 4RLY A; 2RFA A; 5ENT D; 1AWC B; 5ITZ F; 1N11 A; 2MYO A; 4HB5 A; 4HNA D; 5EIL A; 4QQI A; 5HS0 A; 1G3N B; 3TWW A; 1UOH A; 4DX1 A; 4YDY A; 3EHQ A; 1OY3 D; 5ENR D; 4GPM A; 5KBA A; 2Y0B G; 3HRA A; 5D66 A; 5CER B; 2BKG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ILG A; 4U8H A; 3Q15 A; 4FP7 A; 1QBQ A; 4CGV A; 1KPS B; 3TWS A; 4TXQ A; 3DXM G; 2NYJ A; 5AN8 A; 1H6K A; 3SBS A; 2B6C A; 1NL4 A; 4KZC A; 1B89 A; 4FUL A; 3C5R A; 1GW6 A; 4FU3 A; 4DX7 D; 2H6G A; 2VTB A; 5ENO D; 5G05 C; 4AP2 A; 2QFC A; 1MZC A; 4FLH A; 3ZUV B; 3AAA C; 4H7X A; 4O1P A; 4Z68 A; 4N3A A; 4AEZ C; 1NZN A; 4EHM A; 2QYJ A; 4U8Y D; 2IOS A; 2DBA A; 3ZFW A; 3SFZ A; 3D9N A; 5G2N A; 1SZA A; 3D9J A; 2DZO A; 3TWT A; 5JJT A; 3ASO E; 3RRN B; 3ASD A; 4ATG A; 2NXP A; 4EBA G; 2VQ2 A; 2KAT A; 2WXM A; 4GTV A; 4BY6 A; 3HG0 D; 2E0I A; 4DLO A; 3CVU A; 3OXL A; 3C3O A; 4GA2 A; 1EPU A; 1FPP A; 4AY5 A; 4RLY A; 4KXK B; 4U0U A; 3FTS A; 2V0P A; 4RVB A; 4Y6C A; 2X3M A; 3CVW A; 2RD0 A; 1N4P A; 2BUG A; 3HXB A; 3B13 A; 1A5E A; 4PDX A; 2GRO B; 4EEC A; 2RKK A; 5LCW C; 5CBO A; 2CG2 A; 3G2U A; 3ZU7 B; 4HFG A; 2V4H C; 4IN3 B; 4F3V A; 5BUZ A; 3EIQ C; 4TXR A; 1SA5 A; 4U0S A; 3G2S A; 2R5S A; 4BWR A; 2HM8 A; 4F53 A; 1OWO A; 3TG4 A; 1KZO A; 2ETC A; 1JCS A; 2DIW A; 3VLF A; 4KT6 B; 5A7D B; 5EYP F; 4L7T A; 4A63 B; 4ME2 A; 3F6Q A; 2PL2 A; 5AAO A; 4JZY A; 4CT0 A; 5G05 J; 2FEZ A; 1OXJ A; 4EBA A; 2L0I A; 3D9L A; 3V2X A; 1KT0 A; 4L2Y A; 4UQY A; 4I1M A; 5BV1 A; 4HS2 A; 4XKB A; 3FUH A; 3URZ A; 4K5C A; 3FUI A; 1ELK A; 3ASF A; 4DX6 D; 2R59 A; 1Q2Z A; 3HIZ A; 1H6O A; 5EN5 D; 1FCH A; 4BTB A; 3LS8 A; 5CEA A; 3KSQ A; 4LNB A; 4K03 A; 1UJK A; 4LCT A; 1AWC B; 3SI5 A; 1G3N B; 4FHJ A; 4WAF A; 4JC8 A; 3ZVV A; 3AS4 A; 1LTX A; 4U63 A; 5CER B; 2Y1L E; 4M3O A; 5AJD A; 1N95 A; 2XHE A; 4C9B B; 3FWV A; 2P9K G; 1DC2 A; 4JHJ A; 1NI1 A; 3EHR A; 4XZ4 A; 4LEU A; 4BT9 A; 3DPD A; 4HI9 A; 1FVF A; 5C2Y A; 2UWJ G; 1HO8 A; 4HRM B; 3CQC B; 3AS8 A; 4A3V A; 4Q96 A; 3Q4A B; 4ATZ D; 4FJZ A; 4A1S A; 4GAA A; 3RSE G; 4G25 A; 3CK9 A; 1WG0 A; 2AXZ A; 1FVH A; 4ZHB A; 1NA0 A; 3HXE A; 2YQ8 A; 3JQ1 A; 1X81 A; 1QQE A; 2AJA A; 3RAU A; 1EF1 C; 2I1J A; 2FI7 A; 4HI8 A; 4GB9 A; 3W9G A; 1N4R A; 3TWQ A; 1OCR E; 3AJI A; 3PZ1 A; 4CYM D; 4HOQ A; 3IHY A; 5ENS D; 2WQH A; 2DWZ A; 3N71 A; 1FT1 A; 4N5Q A; 4AVX A; 3RK6 A; 3AG1 E; 1D8E A; 5BPP A; 4HQD A; 4YVQ C; 3OTN A; 3QOU A; 2P9S G; 1WDY A; 4N39 A; 3ZYK A; 1NP7 A; 3B7U X; 3ZXP A; 1TYQ G; 3L9T A; 1SZ9 A; 4TV3 A; 1LD7 A; 3D9P A; 1OCC E; 3S7F A; 3SY2 A; 2H6F A; 2LXM A; 5FZQ A; 2EQX A; 1IQR A; 3T5V A; 3Q78 A; 3ZN3 A; 2ZIR A; 3FDH A; 3IV0 A; 4M7C A; 4IYP A; 4E85 A; 3CK7 A; 3L22 A; 3QJZ A; 3CST A; 4B93 B; 5FQ7 A; 2GRQ B; 3AU4 A; 1UN8 A; 2R05 A; 5CHE E; 1X5B A; 2C0M A; 3CQG B; 1Z6T A; 5DIZ A; 2XPI A; 2JLB A; 3FUL A; 4GZ5 A; 4J0U A; 2WMN A; 2P9L G; 1IXV A; 5JHB A; 2QY7 A; 3PZ4 A; 5D2M C; 2NSZ A; 2P9U G; 4IUL A; 1YA0 A; 5B1B E; 2BED A; 3IXE A; 3VTY A; 2R03 A; 5FT9 A; 3ZIM A; 4UWH A; 3FH5 A; 3MV3 B; 4J8Y A; 3T8K A; 4HRN A; 3QAR A; 4OVV A; 4I43 A; 4G8K A; 1EDU A; 1V55 E; 3DPY A; 1E8Z A; 5EIL A; 3Q47 B; 4OVU A; 4G26 A; 4MLP A; 3IHV A; 4LUN U; 3TXN A; 3FTX A; 1OWP A; 1V54 E; 3NOC D; 1BI8 B; 2EIJ E; 2EIK E; 4GTO A; 4UUC A; 5FIN A; 4F1S A; 4UWG A; 4JXT A; 4FC8 A; 1S63 A; 1ZU2 A; 3LJN A; 3U4T A; 3HHM A; 3JUE A; 3LXU X; 2CHX A; 4UWK A; 1NFI E; 3JCK C; 3DSU A; 2VGY A; 4GZC A; 4ACK A; 3NZS A; 5CMW A; 2HYZ A; 3FEX A; 3J5Q B; 5KNH D; 1HU3 A; 4JPS A; 5AYW D; 4BER A; 5EDS A; 3V79 K; 2PZI A; 4RSY A; 4N5C A; 5CEC B; 5CCM A; 2WPV A; 4I6G A; 2XPZ A; 5ANR A; 3UTM A; 3UM0 A; 4UWF A; 4MKT A; 4GPK A; 3LVQ E; 3GZS A; 1IYG A; 1AP7 A; 2I6H A; 5T8I A; 2WQ7 A; 3ASH A; 5AAR A; 1Z3X A; 2IY0 C; 2LNI A; 1TNY A; 2AW6 A; 1HX8 A; 1KZP A; 4HOS A; 3QB2 A; 1BI7 B; 3CVV A; 3ZYQ A; 4RG6 A; 3JQ0 A; 2ZGG A; 4PS8 A; 1N11 A; 1OY3 D; 3PVL A; 3SGH A; 3PRZ A; 1E90 A; 3ML9 A; 3FEY A; 4GZD A; 3D9K A; 2R17 C; 3GZ2 A; 4JEU A; 4FA6 A; 4FHK A; 2VGE A; 3AG4 E; 2H6I A; 3Q7F A; 2I1K A; 5AQ7 A; 4MS6 A; 2XGO A; 4HRL A; 3I4R B; 3FUD A; 3EIJ A; 3CVX A; 4BSZ B; 2PQR A; 3RKV A; 3CHM A; 4YND A; 1JWG A; 4G24 A; 4GYW A; 1PY1 A; 1N0R A; 4N2Q A; 3IBE A; 1KT1 A; 3UT4 A; 5FQ6 A; 1BD8 A; 4GMJ A; 2JAB A; 4YDO A; 1TNU A; 2PQN A; 3CHS A; 3L6A A; 3CK8 A; 4BFR A; 1YCS B; 4RG9 A; 3CKB A; 2ETA A; 1P5Q A; 4GZ6 A; 5H7P A; 4U95 D; 3MKQ B; 2Y4T A; 2V5Q C; 4GA1 A; 2VYI A; 2XS8 A; 3LY8 A; 2GRP B; 4UI9 J; 4EZL A; 4G8L A; 2L6B A; 1QZ2 A; 2CHZ A; 2OVB A; 3HVE A; 2XGS A; 3MJW A; 4HOT A; 3SHF A; 2J07 A; 4DK5 A; 2IO2 C; 3VTX A; 4NRH B; 2XEN A; 3TWR A; 2RFA A; 2LO6 A; 5HS0 A; 1U2V G; 5ENR D; 3U9W A; 4B0Z A; 3LY7 A; 3CGH A; 4JB8 P; 2WXN A; 3RJV A; 3DRA A; 4PS3 A; 3PUJ A; 3EDT B; 3LJ3 A; 4BX9 A; 1W3B A; 4GCO A; 1S70 B; 3UUX A; 3CIA A; 3E33 A; 5IY5 E; 1HH8 A; 3DSX A; 1UW4 B; 3G2V A; 4I1O B; 3T5X A; 1IHG A; 4G1T A; 1OCZ E; 3LVR E; 3NOG D; 3QAQ A; 2WXJ A; 4WWP A; 4Y6W A; 3D3M A; 4OAV B; 3KSL A; 4HOR A; 1MX4 A; 2I2O A; 3KEZ A; 3E37 A; 1DCQ A; 2DZN A; 2EIM E; 1H6P A; 3ESK A; 3FUF A; 5FIO A; 1BPO A; 3UKU G; 3PZ2 A; 2FO7 A; 3CHP A; 3TWV A; 3HXC A; 3ULY A; 2KCK A; 5EIB E; 2Y69 E; 2X38 A; 5LCW J; 3FUM A; 4J7W A; 4FLB A; 4JL0 A; 1YYH A; 1E8W A; 1QYM A; 5AQB A; 1RW2 A; 4R7L A; 2J08 A; 3CVY A; 4GYO A; 1HS6 A; 5ARG A; 3ZW3 A; 3S7J A; 1WM5 A; 2ZU6 B; 3FUK A; 5BT1 A; 3SO8 A; 4IRU A; 2YNQ A; 4DX1 A; 3EHQ A; 4B94 A; 4ANU A; 1SQM A; 4X8Q A; 1H2V C; 3L17 A; 4L9P A; 4B8C B; 2WXQ A; 3PE3 A; 5LP0 A; 4C0E A; 3QNK A; 3R9M A; 3ESL A; 2GRL A; 1UN9 A; 2OCC E; 5FJY A; 5KJM A; 3BQO A; 1MYO A; 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