The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
47
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sequence length |
177
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structure length |
177
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Chain Sequence |
ITAYSQQTRGLLGCIITSLTGRDKNQVEGEVQVVSTATQSFLATCVNGVCWTVYHGAGSKTLAGPKGPITQMYTNVDQDLVGWQAPPGARSLTPCTCGSSDLYLVTRHADVIPVRRRGDSRGSLLSPRPVSYLKGSSGGPLLCPSGHAVGIFRAAVCTRGVAKAVDFVPVESMETTM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ligand bioactive conformation plays a critical role in the design of drugs that target the hepatitis C virus NS3 protease.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NS3 protease
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| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| source organism |
Hepatitis c virus
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| total genus |
47
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| structure length |
177
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| sequence length |
177
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02907 | Peptidase_S29 | Hepatitis C virus NS3 protease |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Trypsin-like serine proteases | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TMB H; 2C8Y B; 4AG2 A; 1G2M A; 5A09 A; 1OPH B; 1UCY E; 4YES B; 1MCT A; 1GGD B; 2Y5F A; 1GBM A; 4I8K A; 4OS5 A; 5IDK A; 1HAV A; 2LNC A; 5L30 H; 5LPE A; 1AO5 A; 2F9O A; 2Y7X A; 5DGJ A; 3MMG A; 2TGP Z; 5J4S A; 5C2Z A; 1YCP K; 2PTC E; 5AVD A; 3UIR A; 2FO9 A; 1RJX B; 1V6D A; 2BDI A; 2ILN A; 3RMM H; 4GLY A; 1NM6 A; 5AFZ H; 1D9I A; 1TX7 A; 2V0B A; 1HXF H; 2ZFF H; 4IC5 A; 2QN5 T; 2FS9 A; 2BLQ A; 2ZDN A; 3HAT H; 1ABJ H; 1W3C A; 1G3B A; 1A7S A; 2XBW A; 1K28 D; 1FY8 E; 1W8B H; 3LGT A; 5PTP A; 3MU0 A; 2FOG A; 3O8D A; 1TA2 A; 1NFW A; 3K9X B; 1BML A; 1P10 A; 1LTO A; 3ATW A; 5E8E H; 2VIO A; 3DD2 H; 1OWE A; 2P94 A; 1IHT H; 2ZQ1 A; 1Y3V A; 2G00 A; 1ACB E; 1V2L T; 5HGG A; 5EXL A; 1PQA A; 3SGQ E; 1D3P B; 1Y59 T; 4BAK B; 1LHD H; 3M5N A; 4Z0K A; 1GJ9 B; 1IQM A; 3MH7 A; 4JZE H; 1BRC E; 1H9I E; 1Z6E A; 1C1U H; 4K3J A; 5HYO A; 4B74 A; 1OKX A; 3P6Z B; 2R0K A; 3SUG A; 1H8D H; 4IN1 A; 3IWM A; 1HJA C; 1ZZZ A; 1TON A; 3URD A; 4XFQ A; 2QA9 E; 4ZHA A; 3TJV A; 1GBF A; 1TBQ H; 2SFA A; 4H42 U; 5F8Z A; 3RC6 A; 2AGI X; 1P12 E; 2PTN A; 3E0P B; 5F03 A; 2WYJ A; 1PPC E; 1GBA A; 3LC3 A; 4AFS A; 4AOQ A; 2Q6G A; 3FP7 E; 2C8X B; 2ZGJ A; 4YTA A; 1AUT C; 2WUB A; 3RXC A; 2VID A; 1BTY A; 1RXP A; 1DLK B; 1BRA A; 4R0I A; 1GJC B; 2Z7F E; 2UUF B; 4GSO A; 1D6W A; 3S7K B; 5J4Q A; 1ETT H; 4CRA A; 4D76 A; 4FUG A; 4Y8Z A; 2HNT E; 4XE4 A; 1C5U A; 2HNT F; 4RKJ B; 1YYY 1; 2STB E; 3BIV H; 4DGJ A; 4DJZ B; 1SQA A; 3PV2 A; 2ZEC A; 2ODQ A; 3K6Y A; 4JK5 A; 4HZH A; 5AF9 H; 2A5K A; 1O2Z A; 1DM4 B; 2ZIQ H; 2RDL A; 2V35 A; 4Q7Y A; 1ANE A; 2F9N A; 2XBV A; 3ODD A; 3Q3X A; 3T28 A; 1BMN H; 3CS0 A; 1BA8 B; 4MDS A; 1NN6 A; 1P0S H; 1A2C H; 5DP3 A; 3UOU A; 4INK A; 3ZVB A; 2P93 A; 2AGG X; 2D8W A; 3O8R A; 1MD7 A; 1XMN B; 3QTV H; 3JZ1 B; 5EG4 A; 1DIC A; 1QA0 A; 2UWL A; 3A89 A; 2F9U A; 2SNV A; 1UK4 A; 1V2P T; 2A7C A; 2QGR A; 5FBE A; 1AQ7 A; 1HCG A; 3EYD A; 2R3Y A; 4AYY B; 2Y6T A; 4CRF A; 2BTC E; 1IHS H; 2ZDA H; 1O33 A; 2ZDL A; 2G51 A; 3U69 H; 3LGW A; 3STI A; 4ZKN U; 5LPF A; 1WQS A; 1O0D H; 3RC5 A; 2HAL A; 3V13 A; 4GHQ A; 2R9P A; 1KXF A; 4B1T A; 1BTZ A; 1HBT H; 1N8O B; 3LOX A; 1VIT F; 1N6Y A; 2PSY A; 2BVS H; 1C2J A; 1P3E A; 1TYN A; 1PQ5 A; 3EA8 A; 2ZG0 H; 3OSY A; 1SGD E; 4I33 A; 3UTU H; 2ZU3 A; 5EPN A; 4A6L A; 3PO1 B; 4CRE A; 3ZZ9 A; 4XBB A; 2ZHQ H; 3TNS A; 2OLG A; 4Q7X A; 4IC6 A; 2BD7 A; 1SLW B; 2A0Q B; 1O2L A; 1HAZ B; 1YCP H; 3SUD A; 2A2X H; 2H1U A; 3GCT F; 1FPH H; 3PWB A; 3AAU A; 2GMT C; 1QIX B; 3ZYE A; 1KTS B; 1E38 B; 1TNI A; 3F9E A; 3A7Z A; 4FUH A; 4IBL H; 1PPB H; 3H5C B; 3P95 A; 1EZX C; 1NRR H; 4UFF H; 2Z3C A; 1CBW B; 1ZYO A; 1O3F A; 1DVA H; 4YM9 A; 3PTB A; 1P3C A; 1O2X A; 2UWP A; 1BTX A; 2QF3 A; 4QT8 C; 3LIW A; 1P2O A; 2HNT C; 3MO9 A; 1S85 A; 5JDU B; 1ZR0 A; 2GT7 A; 1BTP A; 2UUK B; 1YPH E; 2GVF A; 3RDZ A; 6EST A; 1HAV B; 3B9F H; 3GCN A; 1O2U A; 5EQQ A; 2J34 A; 1GMC F; 4DIH H; 4B75 A; 1GCT B; 1THP B; 1HIA A; 1UTL M; 3VXE H; 5HXF A; 1F0T A; 2Y7Z A; 3A84 A; 4BXS A; 4DY7 B; 1UVT H; 3SN8 A; 2VNT A; 1CQQ A; 2ZKS A; 1DOJ A; 4BOH A; 3O8B A; 1S84 A; 1KLJ H; 1KDQ B; 3MHW U; 4TYD A; 3SGB E; 4NZQ A; 4ZAE A; 2BYA X; 4CRC A; 3KQE A; 2ZHD A; 2TBS A; 2GCH G; 5JB8 S; 4BXW A; 1EPT B; 1GJD B; 1MU6 B; 1THS H; 1TRY A; 4Y11 E; 1AMH A; 4RSP A; 3MNS A; 3CP7 A; 1FIZ A; 1C5R A; 2QC2 A; 1P9U A; 4ISI H; 4SGB E; 2FMJ A; 2WPK S; 1C5V A; 4ABA A; 1Z8R A; 8GCH F; 1VGC C; 2SNW A; 2XWA A; 2Z9I A; 1MH0 A; 1CHG A; 1P11 E; 3EQ0 H; 1AND A; 1QFK H; 2BQ6 B; 1O35 A; 4X1N U; 2J92 A; 2VH6 A; 2XYA A; 1GG6 C; 4NWK A; 3E1X B; 1IQE A; 3LH1 A; 4HTC H; 3U8R H; 3SV9 A; 2OIN A; 1P06 A; 2C4F H; 1AFE H; 2RG3 A; 3LKW A; 1H8I H; 1O2W A; 1HAG E; 2IOT A; 2ZU4 A; 1XM1 A; 4X2X A; 3GDV A; 3ZZB A; 2PKA A; 1JRT A; 2ZWL H; 2EI8 A; 2FI3 E; 1CU1 A; 3VB6 A; 2G5N A; 2FOF A; 3BTF E; 2NU3 E; 3SUF A; 2GTB A; 1KTT B; 3LPR A; 1C2E A; 3P17 H; 1JOU B; 3P70 B; 1EUF A; 4A5T S; 4IN2 A; 1CT0 E; 1E34 B; 3VGC C; 2FOD A; 1YPL H; 1GHZ A; 1T8O A; 2BZA A; 4OS4 A; 1TX6 A; 3QO6 A; 4FUC A; 1GMH F; 2O8W A; 2VGC B; 1K9O E; 3MU4 A; 1C2I A; 3ZYD A; 4E05 H; 1ZTL A; 1BB0 B; 1SHH B; 3GCH B; 1CGH A; 3SZE A; 1F2S E; 1JRS A; 1TMT H; 4IMZ A; 2Q6D A; 1SLX B; 4BTI B; 1EJA A; 1TFX A; 2ZGX H; 1LHF H; 2B8O H; 4MPW A; 5E2P A; 1A5G H; 5C5O A; 1A0L A; 1NES E; 2HPP H; 1GI0 A; 1TNH A; 1OWJ A; 1Y8T A; 1YPH C; 3M3T A; 5DG6 A; 2OBO A; 1O30 A; 1SGQ E; 4XOJ A; 2YOL A; 1B7X B; 1AGJ A; 2NU0 E; 3M3V A; 2H6M A; 2TGT A; 4HFP B; 2BY9 X; 5CHA B; 3RXI A; 1GBK A; 4HI3 A; 4M9F A; 4K60 A; 3FZZ A; 1DWB H; 1TGB A; 3BN9 A; 5B6L A; 3KN2 A; 2Y82 A; 3L6P A; 2BQ7 B; 4TY6 A; 1ELA A; 1C2D A; 3SW2 B; 1JIM A; 2WV5 A; 4XDE A; 5JB9 S; 3HKJ B; 1CA8 B; 1ZOM A; 4K2Y A; 1UK3 A; 3S0N A; 2ZEB A; 1UMA H; 3M7T A; 2XTT B; 4WH6 A; 3W94 A; 3ZVC A; 3UNS A; 1PYT C; 1S6H A; 1XUH A; 1SGT A; 5GWZ A; 1GBD A; 2GCT B; 5A0A E; 1CSO E; 1GHW H; 1XUG A; 3LJO A; 1O5G H; 1ZPB A; 1EZQ A; 1P2M A; 1GPZ A; 2JH0 D; 1G2L A; 1GDQ A; 6CHA B; 1UJ1 A; 2EEK A; 4K1E A; 3RP2 A; 1LPZ B; 1BDA A; 5T6F A; 1OWK A; 2GKV E; 4OGX A; 2Z9K A; 2ANW A; 4GAW A; 1QQU A; 4TPY A; 3BIU H; 1C5T A; 2O8L A; 2P59 A; 1LVY A; 1P2J A; 4Z6A H; 1C1R A; 5GCH F; 1HJ9 A; 1CE5 A; 2GV6 A; 2VVV A; 3GY6 A; 1Y5U T; 3MI4 A; 4ZHM U; 2TGD A; 4WJG 2; 2HRV A; 1P2I A; 3KQC A; 1GVZ A; 1MTN B; 3F68 H; 3E90 B; 2WPM S; 1H9L B; 2Z3D A; 4PRO A; 4Y0Y E; 1WSS H; 2BLV A; 1K1I A; 2HWL B; 4FVB A; 1GVK B; 2Z6B D; 3M37 A; 4I32 A; 2PKS B; 2Z9J A; 3M3S A; 4AB8 A; 1C5N H; 1F5R A; 3GIC B; 1CA0 B; 3BTE E; 2J38 A; 1TAL A; 3SU6 A; 3UFA A; 1O5B B; 2VWO A; 3PMB B; 1C4U 2; 3TH3 H; 1DWE H; 1EST A; 2VVU A; 4AOR A; 2AYW A; 2B5T B; 1QRW A; 1YPJ H; 4AG1 A; 1O2Q A; 1N6X A; 3A80 A; 4NA7 A; 3A8D A; 3F1S B; 1LCY A; 2QF0 A; 1VJ9 U; 2FDA A; 2PWX A; 3RM0 H; 1C9P A; 3MNC A; 1H1B A; 4U01 A; 2EC9 H; 1O3K A; 1HB0 B; 1C1P A; 1C2H A; 4A1X A; 4ISH H; 1NTP A; 1RS0 A; 4H6S B; 3K6Z A; 1G3C A; 1P04 A; 2GX4 A; 4FXG H; 5GIB A; 3RXO A; 1DLE A; 4WMD A; 1QGF A; 5EU8 A; 1EAW A; 3KEE A; 1HRT H; 3LC5 A; 4KTS A; 2BLW A; 2GDE H; 2OCV B; 2W7U A; 1SL3 A; 1YLC A; 2FPZ A; 1DWD H; 1UTN A; 3MWI U; 1DWC H; 4CRD A; 2PHB A; 3QK1 A; 3ELA H; 1E37 B; 2YNA A; 2BY7 X; 3T25 A; 4JMY A; 1IQJ A; 1NFY A; 4ZKR U; 1EXF A; 1JXP A; 5CMX H; 1GJA B; 1C5L H; 4Q7Z A; 1MZD A; 1ZPZ A; 4A1V A; 4O03 A; 3R0F A; 1O5A B; 1PPE E; 3SHA H; 2R3U A; 1BTH H; 1UO6 A; 5DKM A; 2BD4 A; 5LPR A; 1P05 A; 2OD3 B; 1TQ0 B; 1C5M D; 2BLO A; 2C8W B; 2W3I A; 1SOZ A; 2SGD E; 1V2W T; 1T31 A; 1ZHM A; 3E8L A; 2JET B; 3SJ8 A; 1LHC H; 2UUJ B; 1O37 A; 2PV9 B; 1WU1 A; 3BG4 B; 1UTK A; 1A46 H; 1SBW A; 4XSK U; 4JK6 A; 2I6S A; 1HFD A; 3CS7 A; 3WY8 A; 1C1Q A; 2ZFP H; 3MNX A; 4TWW A; 1XUF A; 1MTW A; 1V2O T; 1TB6 H; 2P3F H; 1OWD A; 1VIT G; 4MPV A; 2BDC A; 1O3M A; 2BM2 A; 4F4O C; 2CHA B; 2M5T A; 1DST A; 4GCH F; 1BBR K; 2GV7 A; 1QBO A; 1GBT A; 3EST A; 8EST E; 2VIP A; 1C5W B; 3IG6 B; 3A81 A; 3D62 A; 3SJK A; 1GBE A; 2O8U A; 8LPR A; 1GI6 A; 2IJD 1; 1W0Z U; 4UDW H; 4H4F A; 3SOS A; 4MTB A; 2F9P A; 4D9Q A; 5BRR E; 1V2V T; 1WBG B; 4OS1 A; 4AYV B; 1GL1 A; 3GCT G; 1O2T A; 2FX6 A; 4MPX A; 3AVZ A; 3BG8 A; 3UOP A; 1EAX A; 5A2M H; 3TK6 A; 3QLP H; 1P01 A; 3RXM A; 1O3E A; 1TBR H; 1KDQ A; 2PR3 A; 3E3T A; 1EOL A; 1GMD F; 1EPT A; 1BCU H; 4LOY H; 4A92 A; 3VEQ B; 1GBJ A; 5FPT A; 1L1N A; 3SNC A; 1G3D A; 4CH8 B; 3NXP A; 1HJ8 A; 2F9B H; 3KCG H; 3AAV A; 5FXL A; 3SI4 H; 2BY5 X; 1MD8 A; 4ISN A; 2QY0 B; 1V2M T; 2P8O B; 4NG9 H; 5EOK A; 2ZNK H; 3K65 B; 3MU1 A; 1GMC G; 1T8L A; 2Y80 A; 1NC6 A; 1SI5 H; 3N7O A; 4LXB H; 2Q6F A; 5LGO A; 1CHO G; 1O3B A; 1SGE E; 1O2G H; 3P8G A; 1S82 A; 4ZRO A; 1GCT C; 5LH8 A; 5FHT A; 1GHA F; 1TNJ A; 2FI5 E; 1NU7 B; 2SGQ E; 1RD3 B; 4RI0 A; 1SGY E; 2FOH A; 2H5C A; 4YT7 H; 1MAY A; 2AER H; 3PRO A; 1G36 A; 3UUZ A; 1O3H A; 4X6M A; 2XC5 A; 2FIR H; 3KL6 A; 4IMQ A; 5TCA A; 1AE5 A; 2ZDM A; 3NZI A; 4AFU A; 3TH4 H; 1KY9 A; 1BRU P; 2AMP A; 1BIO A; 1QY6 A; 3V7T A; 1QHR B; 3A7W A; 2F3C E; 1RGQ A; 8GCH G; 3A8B A; 1GHB F; 1JBU H; 2OQ5 A; 3EA9 A; 2FTM A; 2AGE X; 3KF2 A; 3Q77 A; 3SYJ A; 3TH2 H; 2A45 B; 2G4T A; 5E2O A; 3GY2 A; 4GVU A; 4SGA E; 4KTC A; 4MLF B; 1EQ9 A; 2BD2 A; 4X8U H; 2BVX H; 2CF8 H; 2ZQ2 A; 1SLV B; 2J95 A; 1QL7 A; 2AH4 X; 2P3U B; 1QUR H; 3D23 A; 1TGC A; 3OYP A; 8KME 2; 1MBQ A; 1RRK A; 1O5F H; 3LGY A; 3PMJ A; 2A2Q H; 1SG8 B; 5DO4 H; 4AGJ A; 4J1Y A; 2BY6 X; 4Y8Y A; 2ZDK A; 1O34 A; 1XVM A; 1HAY B; 3VB4 A; 4NA9 H; 7GCH F; 1OX1 A; 2BHG A; 2ANM H; 4JZI A; 1ZHR A; 3LGU A; 4YOG A; 1XUI A; 1MMJ N; 5ESB A; 4M7G A; 2JH6 D; 1VCQ A; 2V3H H; 1LKB A; 1RIW B; 1ZSJ A; 3BF6 H; 1QL8 A; 1O2O A; 2OBQ A; 3ZV9 A; 2ZU1 A; 1YP9 A; 1X7A C; 4JYT A; 1ARB A; 4CR9 A; 1AB9 B; 5EOD A; 3BTT E; 4X1S U; 4BAH B; 1GMH G; 2ALV A; 2THF B; 1EB1 H; 1O3D A; 1HDT H; 1MBM A; 3S9A A; 2OC8 A; 2VVC A; 2PW8 H; 2W5E A; 1ELE E; 3BEU A; 2WIN I; 2PSX A; 1Z1J A; 2P3T B; 3RXG A; 1QB6 A; 2NU1 E; 4CRB A; 1EB2 A; 3PWC A; 2J94 A; 3RXP A; 1C1O A; 1RTL A; 3RXR A; 2A4R A; 4X1Q U; 2ZCL P; 5G4B A; 1SGF G; 3GCH C; 4WWY A; 2CGA A; 4AFZ A; 3ZZ6 A; 1AFQ B; 3SU3 A; 1XXF A; 3VFE A; 2ZCH P; 1OP0 A; 1CGI E; 1KXD A; 3RXB A; 1JMO H; 3KID U; 1NRQ H; 1TWX B; 2F4L A; 3HKI B; 1BOQ A; 3MO3 A; 3QWC H; 4BTT B; 2KAI B; 1A0J A; 4Y8X A; 1OWI A; 1YC0 A; 5ABW A; 1F7Z A; 1ELC A; 5C1U A; 5EW2 H; 4ISO A; 3URE A; 4CHA B; 5B6O A; 3LH3 A; 4WVP E; 1FON A; 2HLC A; 3TGK E; 1WYK A; 2ODY B; 1K2I 1; 3ATM A; 3SI3 H; 1LHG H; 2BDA A; 3BTQ E; 3SJO A; 4AZ2 B; 1QCP A; 1YKT A; 5ETX A; 1O3G A; 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