4K9HA

Bace-1 inhibitor complex
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Hydroxyethylamine-based inhibitors of BACE1: P1-P3 macrocyclization can improve potency, selectivity, and cell activity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 370
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k9hA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4k9hA02
4J54A 4KE0A 1CZIE 4DUSA 3PM4A 3G70A 1AZ5A 3CKPA 4Y56A 2F3FA 2HS2A 1KJ4A 5P70A 2OHQA 3RSVA 5P1DA 2AOEA 3DM6A 2HC0A 4Y3RA 5HDUA 1APUE 3MSKA 2VNMA 5P2KA 1A30A 5OZIA 4QJ9A 4Y3TA 5P1XA 1TCWA 3R2FA 5P3NA 5ISJA 3DCRA 2JYSA 4R5NA 1M4HA 1AXAA 5P0IA 2F3EA 4GJDA 5P8EA 1HPVA 5OZ5A 4Y4JA 5KR0A 5OYVA 4WY6A 3O9BA 3UHLA 5P1IA 2BPWA 3LINA 1LZQA 3VYEA 3RTNA 2NMZA 1D4IA 5P3BA 3INHA 3KDCA 3FKTA 1WBKA 4Y4UA 5OZEA 5DQ5A 2QAKA 2PC0A 1HOSA 3D1ZA 3SKFA 4XXSA 4DI2A 2V10C 5P82A 1MT9A 5OZRA 5P8GA 1MT8A 1PFZA 4KB9A 3NDWA 1FFFC 3NWXA 5KQYA 3VYFA 2VJ9A 4R95A 3O9IA 4ER1E 4DQFA 2SAMA 4GJCA 4DJVA 5P0VA 1A8KA 5P42A 5P6AA 2ER7E 3BVBA 2CENA 3PJ6A 3ER5E 4R93A 5HVPA 5OZMA 4NPTA 5P0OA 4B77A 4OBDA 5I3WA 2PMAA 4CPRA 3FIVA 3KFRA 1F34A 3LZUA 1KZKA 4OBGA 5OZ1A 5P5YA 1W5XA 1C70A 4F73A 2VA7A 1HEGE 5P36A 5I3VA 5E5KA 2QNNA 3L59A 5P6CA 4FSEA 1DIFA 1FKNA 3OXXA 4K9HA 4FIVA 3BGBA 4D8CA 4YCKA 5P6PA 1QDMA 2I4VA 4K4QA 4Y53A 3NU9A 2R38A 5P57A 5P3WA 3ZKXA 3U7SA 2Q63A 5CLMA 3A2OA 4ER4E 5P65A 4JPCA 5F01A 4L1AA 4Y51A 5KR1A 2HB4A 4H3FA 2R3WA 5P7NA 5DR1A 5P04A 3DV5A 4Y3SA 4I0FA 4Y38A 4PZXA 2R9BA 5P1MA 1FG8C 5P3QA 1U8GA 3VEUA 5P6MA 3BC4A 4H3IA 1D4LA 1EAGA 5P1QA 5P4BA 5P51A 2IKUA 3PGIA 1MEUA 3OU1B 1LF2A 1OD1A 3SPKA 4RCDA 3S7LA 5P4WA 3ZKSA 4L7HA 3SA8A 2AVVA 3LPJA 2ZHSA 3F9QA 5P0SA 4Y6MA 1BDRA 4H3GA 2QD7A 4OD9B 5OYZA 2HB3A 5P13A 5P2OA 5C9DA 2ZJLA 2VJ7A 1LV1A 3EL1A 4DJRA 2VA5A 1LYWB 5P4DA 3URJA 3PI0A 4Y39A 3GGAA 5P56A 3T3CA 5P7UA 1APVE 4Y5BA 2IL2A 1DW6C 4E43A 5P35A 2NXLA 1T6EX 2I0AA 2NTRA 5P6XA 2G1NA 3RVIA 3KN0A 5ER1E 3IN4A 3SO9A 5BWYA 4BFDA 1RNEA 3AUPA 5P7DA 5IVTA 3HVGA 4MC1A 5P0TA 2HPEA 2QI5A 4BELA 3FSMA 4WY1A 3O99A 2G1SA 5HD0A 4ACUA 5P1EA 2NXDA 2O4KA 3LIQA 1K6VA 5PEPA 5P38A 5OYRA 5P0MA 3APRE 1A8GA 5P7HA 4CP7A 2BPXA 5HDVA 4HDFA 1FLHA 4Y4GA 1EBKC 4AMTA 2XFKA 3S7MA 5P08A 5P67A 5P2ZA 5IS4A 1SBGA 5P7JA 1ZSRA 4EHCA 3PI5A 5P5WA 5P0EA 5P6YA 1XL2A 5P3AA 1ZPKA 5KOSA 4YBIA 1SP5A 4J55A 5P1KA 2QI6A 5P2MA 1MVPA 3IGBA 3NDTA 4I8ZA 5P74A 5P4HA 1HVHA 2FNTA 5AH6A 4RYGA 3VCMA 1EBZA 4TVGA 1HBVA 5P2QA 3BXSA 4GJAA 5P78A 2ZJKA 3K1WA 3TPPA 4GJ8A 4Y5NA 1W5WA 5J25A 4YOAA 2FIVA 5P7EA 5P39A 3OUAA 5P59A 4Y3XA 1QBUA 1IZHA 2WF4A 2PWCA 5P4JA 1HVRA 2IRZA 2FXDA 1YTGA 5P79A 5P7WA 3O9DA 2ER0E 5P30A 4RLDA 2NXMA 1FQ8A 3R4BA 2FNSA 1ER8E 1HTFA 5P6DA 6FIVA 1Q9PA 2OHLA 4I0DA 5P8AA 1MTBA 4Y4AA 4CPTA 2QZWA 4HLAA 2G24A 3CICA 4R91A 5P4VA 3QAAA 5P0NA 5P7SA 3WSJA 5P85A 5P4GA 2Q15A 5P1ZA 4B72A 5P5GA 1B6JA 4NPUA 5P3UA 1HSIA 2MIPA 5P26A 4EXGA 4Y4BA 2ZYEA 1EC2A 1A94A 3PSYA 5P7YA 2QHCA 2AOIA 2HS1A 5OZFA 4DJQA 2QI4A 2QI7A 1ZSFA 2QI1A 2QMPA 1ZAPA 3VFBA 5DPZA 3QROA 5P4IA 2R43A 4Y5PA 1D4JA 5P1YA 1EBYA 3CMSA 2PK5A 5P5LA 2AVMA 1B5FB 4EYRA 2I4UA 5P5AA 5P87A 1EPRE 5P8QA 3QPJA 1BAIA 1TW7A 3PBDA 1QBRA 5P6ZA 2WF3A 3QRVA 5P4UA 3PBZA 3SKGA 4LXKA 4Y48A 5P1BA 3ST5A 4Y5AA 5P66A 5P5RA 2O4PA 4FLGA 5P1AA 1TCXA 4NJUA 2QNPA 5OZBA 2BKSA 3EKQA 5P3IA 2HM1A 3PRSA 4DJWA 3S54A 2IGYA 2OF0A 1HWRA 5OZYA 3OU1A 5EZXA 4Z4XA 1WBMA 1ODYA 4DJUA 4ZPEA 1HTEA 4J5JA 1TZSA 5OYUA 4Y4ZA 5KQZA 5AGZA 1G2KA 1UH9A 2F80A 4OD9A 3PCWA 5P2YA 5P3SA 4QJ2A 3FNSA 3O9CA 4B00A 4RRSA 3O9HA 5OZDA 4YDFA 3G72A 5P2WA 4F74A 3OHHA 3UQRA 2OHRA 4ACXA 5KQXA 1BXOA 3NU6A 4RRNA 1MSNA 5P5SA 3VF3A 3SQFA 2QI3A 5P2RA 2ZHRA 5P63A 1FG6C 2XFIA 2WL0A 5P7GA 3TKWA 5P6TA 1G6LA 3CKTA 5P4EA 5AH9A 5P3HA 2IEOA 4Y5MA 2QK5A 3O9GA 2J9JA 3UQPA 4NJTA 1HVJA 4RGHA 1MESA 4J0YA 1HVLA 4YCTA 1PSAA 1K2CA 9HVPA 3OUDB 1HXWA 1SDUA 4EJDA 1ODXA 4I12A 2F81A 5OYTA 2WEBA 3K5DA 4B78A 1PSNA 4EQJA 4Y3EA 4DJOA 1SH9A 1K6TA 5P7XA 2WF1A 1APTE 1B6LA 5P4AA 1GNOA 5P5KA 2G21A 4TVHA 4LXAA 1EBWA 1GVVA 4Y4TA 5AHBA 4FAEA 3UFLA 5B18A 3UDHA 5P3ZA 3R0WA 2AOCA 5P5FA 2PSGA 3SM1A 5P2TA 3HVPA 3LZYA 4XX3A 5T4SA 5P2SA 2ZJHA 4YHQA 4Y44A 2R5QA 4LL3A 5P3YA 2JJIA 3L3AA 4OBFA 4Y4EA 5P46A 5KOQA 3INDA 3FNUA 3DV1A 5OZ7A 5P0KA 2QZXA 4LC7A 1IIQA 2BB9A 1PPLE 5P5NA 5P8HA 1SIPA 3TOGA 2P4JA 3DUYA 3EKVA 4HZTA 2OAHA 4RZ1A 4YE3A 1XS7D 1C6YA 5P5MA 3UDNA 4LHHA 1GNNA 1W51A 4Y4WA 3LIXA 1IZDA 1BVGA 3UDPA 1GVWA 3EL5A 4Y3AA 4GIDA 5ENKA 5P31A 1RV7A 5DQ1A 1MRXA 3IA9A 1FQ4A 2VA6A 5P8OA 4COEA 5P80A 4RROA 4H3JA 1HVKA 5P48A 2I0DA 5P8RA 3O9LB 3UDKA 3KA2A 4HDPA 1FMUA 5P7KA 3GGVA 1UH8A 3NR6A 5DQCA 5P6UA 4A4QA 5P86A 5P05A 1DAZC 5P55A 1PSOE 5P2IA 4CPUA 5IVQA 1SIVA 1NSOA 2PQZA 5P8JA 4DQEA 4DV9A 4HE9A 4QJ6A 2AZ8A 5P68A 1PPKE 4FM8A 5P5CA 4R8YA 1HIVA 1AJVA 2VNNA 1E5OE 4J1CA 5P43A 4FE6A 3ZOVA 3EC0A 1ZTZA 2OHMA 5P8IA 3Q5HA 5P19A 4YOBA 5P18A 3VG1A 2BKTA 1HVCA 1YM2A 5P8UA 3TKGA 1B5FA 2PH8A 5P3DA 3OHFA 2FGVA 5P4XA 1HVIA 3EBZA 5P8FA 5P02A 3OAGB 4Q1YA 5OZ6A 3NLSA 2JE4A 5ENMA 3GI5A 3UDQA 1T7JA 4Y3ZA 3UQUA 5P5VA 2VS2A 5P3TA 5P06A 5ER2E 3NYGA 1LS5A 2V16C 4AA8A 4EP3A 5OZAA 5OZCA 5P4CA 2VJ6A 4JOOA 5AH7A 4MC9A 2WEDA 3MSJA 3TPJA 5OYSA 1EPPE 3ECGA 4FGXA 2A1EA 1ZLFA 1MUIA 2PSUA 1HSHA 5P28A 4EXHA 2BPYA 5DGUA 1BILA 1MIQA 4LBTA 2HIZA 2AZ9A 3IXKA 3PCZA 4ZE6A 5P5XA 3VV8A 5P34A 5P3KA 2B42A 3NXEA 5P5OA 1YX9A 3PWWA 5P41A 4M8YA 1OEXA 4GMIA 2O40A 1AM5A 3KFNA 4EWOA 2QMDA 4YBFA 7UPJA 3INEA 3RTHA 3KMXA 3UDJA 4Y41A 2WF0A 3TL9A 3ZPUA 1D4HA 5P22A 1QS8A 1FB7A 1OEWA 4ZPFA 4B0QA 2Q55A 3LPIA 1MTRA 5DR4A 1LF4A 2Q5KA 4PPHA 3LITA 4L6BA 4BFBA 5OZNA 4Y3PA 1B6PA 3RTMA 3FX5A 5P1RA 3TOHA 4AA9A 5P0UA 3QIHA 4CPXA 3LNKA 3TOFA 4Y50A 3NUOA 2FS4A 3NU4A 5P2LA 5P1LA 5P3VA 3HLOA 4YD7A 1OHRA 1TSQA 5C9FA 4YCYA 5P2NA 5DQ2A 1BV9A 4OBZA 1PPME 3OUDA 1IVQA 2BPZA 5P2HA 5P27A 3NUJA 4AUCA 3H5BA 5P6RA 5P64A 5P8DA 5P81A 5P6LA 4X7IA 3IXOA 3NXNA 5P4RA 1SMRA 4YD5A 4HDBA 1ZP8A 3R1GB 5P53A 3BUHA 1EC1A 1EPOE 1TSUA 5P2VA 5HU0A 3T6IA 5F00A 5P3JA 4YD6A 3GI6A 3G6ZA 2RENA 3M9FA 3WB4A 5P0CA 3BHEA 4MC2A 4FAFA 4DJXA 3OK9A 1J71A 5P3PA 4CMSA 2PK6A 5SZ9A 4DQHA 2IENA 1IBQA 5P8KA 2AOFA 1Z1RA 4EPJA 3OY4A 2J9JB 5P4MA 5P6SA 5P7ZA 5SXNA 5OYYA 5P14A 4GJ9A 3NWQA 2NNPA 1N49A 4RVIA 3O9FA 5P8PA 4ZSRA 4Y5CA 3WB5A 5P4NA 3URIA 2CEMA 5P83A 5P1UA 3UQXA 3CYXA 3I7EA 3QRMA 5IVRA 3VLBA 2FDEA 3ZKNA 1KJGA 1HPSA 3VF5A 1G35A 1M43A 3ER3E 4Y3QA 3OOZA 5OZ2A 5P3LA 5P6WA 3EKWA 4DQCA 3EL0A 2AODA 3O9LA 3DJKA 4Z22A 1GNMA 4Y3YA 1SGUA 1EEDP 1MT7A 5P40A 4J1HA 2ZDZA 5P7BA 1E82E 2ZHVA 5COOA 4KE1A 2NR6A 3PMYA 5P10A 4DVFA 1D4KA 3OGQA 1KJFA 1GKTA 3O9EA 2P3BB 2G69A 2Z54A 4ZEAA 1ZPAA 2P3AA 3K5CA 1XE6A 2UY0A 5P54A 5P2DA 2Q64A 4M8XA 1QBSA 2FLEA 5P6IA 1GVXA 3ZLQA 3L5FA 2PYNA 3BRAA 5P5DA 3OAGA 5P3EA 4GYEA 5P0QA 3MWSA 3KMYA 2QD6A 1NPVA 5P89A 4I0GA 3SAAA 1TQFA 1D4YA 3VV6A 3OQDA 5P4SA 5JODA 1QBTA 3VLAA 5P5BA 2XYEA 5C9BA 1BV7A 3Q6YA 5P01A 4YD3A 2G1OA 2ZJJA 1LEEA 3UDRA 5P72A 2VKMA 2OHUA 5P6KA 1YTIA 5P8TA 5P1SA 3K5FA 1E81E 4QLHA 4DFGA 1IVPA 3RU1A 4I0ZA 3LIZA 5AHCA 4K8SA 1XE5A 4DPIA 3N3IA 3D1YA 5P88A 4S1GA 3S56A 5P7AA 3VV7A 2WF2A 3IN3A 2JXRA 2I1AA 5P4ZA 5P7CA 3L5DA 3KDDA 2NMYA 4FCOA 3TTPA 5I3XA 5P84A 4PYVA 4CPSA 3L5EA 5P5QA 5P76A 3HAUA 5P6VA 4J1FA 3BUFA 2HAHA 5P1VA 4Q5MA 1HVSA 2UPJA 5SY2A 2ZE1A 3HBOA 5KR8A 1ENTE 1HTRB 4Y3GA 3QN8A 3APPA 5P4FA 4Y37A 3EKPA 2G1RA 5IVSA 2I4DA 4OBKA 2PSVA 1BDQA 4ZLSA 3UDMA 4YDGA 5P8SA 4HVPA 2G27A 2AVOA 5P7IA 5OZTA 5P7MA 4DH6A 5P4QA 2O4NA 3B80A 2NPHA 1LYAB 1RQ9A 5P4TA 3PMUA 5P61A 2QZKA 4LAPA 3BUGA 4J0VA 5P0HA 1ME6A 5P5HA 5AHAA 3ZKGA 3QVIA 5P75A 1B6KA 5P60A 3S45A 4Y5EA 5HCOA 1GVTA 4FSLA 4J0TA 2AVSA 1A9MA 3GGUA 3SA7A 3ZL7A 5P0ZA 2OHTA 5P2JA 4D85A 1DPJA 4I11A 5P1CA 5OZJA 3PB5A 4Y3FA 3Q70A 2B7ZA 4A6BA 3OUBA 3ZPSA 4LP9A 4NJVA 4Y4XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J54 A;  4KE0 A;  1CZI E;  4DUS A;  3PM4 A;  3G70 A;  1AZ5 A;  3CKP A;  4Y56 A;  2F3F A;  2HS2 A;  1KJ4 A;  5P70 A;  2OHQ A;  3RSV A;  5P1D A;  2AOE A;  3DM6 A;  2HC0 A;  4Y3R A;  5HDU A;  1APU E;  3MSK A;  2VNM A;  5P2K A;  1A30 A;  5OZI A;  4QJ9 A;  4Y3T A;  5P1X A;  1TCW A;  3R2F A;  5P3N A;  5ISJ A;  3DCR A;  2JYS A;  4R5N A;  1M4H A;  1AXA A;  5P0I A;  2F3E A;  4GJD A;  5P8E A;  1HPV A;  5OZ5 A;  4Y4J A;  5KR0 A;  5OYV A;  4WY6 A;  3O9B A;  3UHL A;  5P1I A;  2BPW A;  3LIN A;  1LZQ A;  3VYE A;  3RTN A;  2NMZ A;  1D4I A;  5P3B A;  3INH A;  3KDC A;  3FKT A;  1WBK A;  4Y4U A;  5OZE A;  5DQ5 A;  2QAK A;  2PC0 A;  1HOS A;  3D1Z A;  3SKF A;  4XXS A;  4DI2 A;  2V10 C;  5P82 A;  1MT9 A;  5OZR A;  5P8G A;  1MT8 A;  1PFZ A;  4KB9 A;  3NDW A;  1FFF C;  3NWX A;  5KQY A;  3VYF A;  2VJ9 A;  4R95 A;  3O9I A;  4ER1 E;  4DQF A;  2SAM A;  4GJC A;  4DJV A;  5P0V A;  1A8K A;  5P42 A;  5P6A A;  2ER7 E;  3BVB A;  2CEN A;  3PJ6 A;  3ER5 E;  4R93 A;  5HVP A;  5OZM A;  4NPT A;  5P0O A;  4B77 A;  4OBD A;  5I3W A; 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 1PSO E;  5P2I A;  4CPU A;  5IVQ A;  1SIV A;  1NSO A;  2PQZ A;  5P8J A;  4DQE A;  4DV9 A;  4HE9 A;  4QJ6 A;  2AZ8 A;  5P68 A;  1PPK E;  4FM8 A;  5P5C A;  4R8Y A;  1HIV A;  1AJV A;  2VNN A;  1E5O E;  4J1C A;  5P43 A;  4FE6 A;  3ZOV A;  3EC0 A;  1ZTZ A;  2OHM A;  5P8I A;  3Q5H A;  5P19 A;  4YOB A;  5P18 A;  3VG1 A;  2BKT A;  1HVC A;  1YM2 A;  5P8U A;  3TKG A;  1B5F A;  2PH8 A;  5P3D A;  3OHF A;  2FGV A;  5P4X A;  1HVI A;  3EBZ A;  5P8F A;  5P02 A;  3OAG B;  4Q1Y A;  5OZ6 A;  3NLS A;  2JE4 A;  5ENM A;  3GI5 A;  3UDQ A;  1T7J A;  4Y3Z A;  3UQU A;  5P5V A;  2VS2 A;  5P3T A;  5P06 A;  5ER2 E;  3NYG A;  1LS5 A;  2V16 C;  4AA8 A;  4EP3 A;  5OZA A;  5OZC A;  5P4C A;  2VJ6 A;  4JOO A;  5AH7 A;  4MC9 A;  2WED A;  3MSJ A;  3TPJ A;  5OYS A;  1EPP E;  3ECG A;  4FGX A;  2A1E A;  1ZLF A;  1MUI A;  2PSU A;  1HSH A;  5P28 A;  4EXH A;  2BPY A;  5DGU A;  1BIL A;  1MIQ A;  4LBT A;  2HIZ A;  2AZ9 A;  3IXK A;  3PCZ A;  4ZE6 A;  5P5X A;  3VV8 A;  5P34 A;  5P3K A;  2B42 A;  3NXE A;  5P5O A;  1YX9 A;  3PWW A;  5P41 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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