4KA0A

Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from bacteroides vulgatus (target nysgrc-011676), space group p21221
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
143
structure length
143
Chain Sequence
ASKLLPGQPAIDFEMLDVEGNVKHLADFKGKVIYIDLWATWCGPCIQESPAFEALGKKYVGKDIVFLPVSTDTTTKPWLRYLDGHKKELTQYHSNDVALKESWAIMYIPRFILIDKDFNIVNAYAPRPSSEEIGTLIDSVLNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides vulgatus (target NYSGRC-011676), space group P21221
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Bacteroides vulgatus
molecule keywords Putative thiol-disulfide oxidoreductase
total genus 39
structure length 143
sequence length 143
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ka0A00
1GNWA 1X5DA 3CTFA 2AUVA 2KOKA 2YV7A 1JLVA 2CX3A 4KDYA 4FYBA 5AISA 5G2ZA 1XVWA 3HDCA 2VLUA 1PGTA 2R4VA 11GSA 3TB2A 4RI7A 2GT6A 3HVSA 2YOIA 3GKXA 4NMUA 4ZBBA 1U3AA 2VUPA 5DQSA 4BA7A 1M0UA 4KE3A 1XWAA 1GL8A 6GSSA 1BYEA 1K3OA 3F4TA 3D6IA 2C0FA 1O6JA 3M0FA 1O73A 2J23A 1EGRA 4TVEA 4HZ2A 3M9KA 5ECRB 1ABAA 2HE3A 1BX9A 4EXJA 4XCSA 3LXTA 3TOUA 3VI5A 3EU3A 1GSFA 1KTEA 2HSYA 4KCAA 5FWGA 2V32A 5G1LA 2AAWA 4QQ7A 1O8WA 4MF7A 2HZFA 5H5QA 1GH2A 3J7Yb 2H0HA 1XOBA 3KMNA 1O8XA 3FK8A 2FWFA 3D21A 3Q6OA 2L4CA 4OMVA 1A8LA 2BMXA 4DSQA 3HXSA 2XHFA 1MD4A 5JCGA 1TRVA 2YV9A 3GH9A 3EC3A 4O5RA 5GAND 4N0VA 1FAAA 3WT1A 3DD3A 4K0NA 5IO0A 1THOA 2PUKC 6GSUA 2H1DA 2FHEA 2GGTA 2VD1A 3F6DA 1G0TA 4DSSB 1SD9A 1HNAA 2GLRA 3KXOA 2ZNMA 2FGXA 3UL3A 2DBCA 1HNBA 2GQMA 4JE1A 4XHMA 3Q74A 1M7TA 3HA9A 2B5EA 1OKDA 3FZAA 3UARA 4XIHA 2HNLA 4X1UA 3IXRA 2CAQA 2DMMA 2HRNA 1XWGA 4DSRA 3DKSA 1XWKA 3HVVA 1Q98A 4ZIJA 4GQFA 3F4SA 1JZOA 3P90A 5D9TA 2X8HA 3TJFA 1AC1A 2NDOA 1F3BA 4TOPA 3KM6A 2MMOA 4J2FA 3TKSC 2CVDA 1VF1A 2DJ2A 2JL4A 3GL5A 1AUCA 1W89A 3MSZA 2A2SA 1M2BA 5D8IA 3D4TA 4I5QA 2HSHA 5J3RA 2R2JA 3KH7A 1QK8A 2MMZA 2EIRA 9GSSA 5IOWA 4WETA 2DMLA 1G7OA 3G7JA 3L0HA 5F8BA 2B7KA 1V40A 1X9WB 1NSWA 1XCCA 3ZL5A 4TR3A 3IE3A 4LLRA 4MJCA 1TI1A 3VWUA 1I9DA 4YAVA 3D5JA 5B6NA 1ERVA 5KN0A 2KHPA 1A2MA 2FY6A 1TK0B 3GX8A 4NV2A 2XBQA 4F82A 2L5LA 2H6YA 2B5XA 2VCZA 1Q4JA 4TXOA 1TXXA 4QL9A 1SENA 1JHBA 3VWWA 4HZ4A 2LRTA 2DJ1A 4YAPA 4PGTA 2H74A 2YWMA 3EE2A 2KP1A 4ACSA 2OKAA 2H0IA 6GSYA 3ZYWA 2H73A 1LU4A 4BPYA 4TXVA 2WGRA 2PBJA 3GN3A 5B8BA 1AXDA 2HI7A 3KEBA 2RM5A 1PA3A 5C04A 2B1LA 4OO4A 1RK4A 4KDXA 4ZILA 4K7IA 1G7EA 1TU8A 1WP0A 5JWRB 1GWCA 5ID2A 1BEDA 2QKEA 1ERUA 4GLTA 3CSIA 2GSQA 2IIYA 3US3A 4OO5A 3LFLA 3M3MA 2YJHA 2FWGA 3CSJA 4WBJA 1SKWB 4K2DA 3FEUA 3U5RE 1A23A 3QR6A 3WGDA 3GL3A 5A4WA 3ZREA 3GH6A 3CXGA 1T8EB 3GMFA 4XTSA 4MJEA 4XS1A 2OACA 1GSUA 1SYRA 2C0DA 5LD0A 4O7HA 3KD0A 2EIQA 3A3TA 4YH2A 1GTBA 1J9BA 3PH9A 4L5OA 3LWAA 1XFLA 3LXZA 4ML6A 3KIJA 4N10A 4L0WA 1PSQA 3KP8A 1EEMA 5HFKA 2O85A 2JSZA 2BTOT 1OE7A 2H6XA 1XWCA 5J4UA 4GXZA 2JZSA 1SKSB 2IMDA 3W8JA 3IRAA 10GSA 1I5GA 4XS6A 3IAM2 5A4VA 6GSXA 4CHSA 5DALB 3GKMA 1B4PA 2IFQB 5HR1A 4MF5A 2E7PA 2PN8A 2P5QA 4EL1A 2GDRA 2GS3A 2L59A 3C73A 2H1BA 1EEJA 4N0ZA 1J0FA 3CSHA 5IPHA 2LQQA 5AIXA 1EP8A 1YEPA 2PVOC 1PX6A 4JR4A 4LL1B 2NPBA 2VIMA 5DAKA 4GTUA 5IMAA 2VD0A 1TOFA 4IKHA 4TR0A 1Z9HA 3ZIJA 5LCZA 2O7KA 2VOCA 3F9UA 3NZNA 4KH7A 4Z7XA 2C4JA 3KTLA 2AJQB 4HJMA 4LMWA 1TJDA 2H6ZA 1IYIA 4IN0A 5J5NA 2VM2A 4KSMA 3TJJA 3GNJA 2M72A 2DJJA 2QGVA 4HOJA 4IJ3A 4PNFA 2LSTA 1PX7A 8GSSA 2FD3A 5ECNB 2H0GA 1EP7A 1E6BA 1NW2A 1WWJA 4GSTA 3DWVA 4J57E 3F3RA 1O81A 2YP6A 3BOAA 3W6GA 1GSDA 2I9HA 1XZOA 4BVYA 4FH8A 1X0RA 1TRWA 3CBUA 5D73A 2O89A 3EINA 1PKZA 4IBPA 5DBQA 12GSA 3ZFBA 1BQ7A 4OFMA 1GTIA 1Z7RA 5IIZA 4MK3A 4Q5QA 3RBTA 1J08A 2OE1A 2R37A 4X0XA 5COHA 2PVQA 1EWXA 3TRQA 5IMVA 3KMOA 2N5AA 3ZITA 4AGSA 2C1YA 3H79A 3L9SA 3G7IA 4EKZA 1F9MA 1N8JA 1SJIA 5CRGA 2ALBA 5ECOB 5JCUA 1JZDA 2PPTA 4MH2A 5HR3A 1MD3A 5G1KA 1QMVA 1QXHA 2E2GA 3RDWA 1G6YA 1AQVA 2MZCA 2IN3A 5KN3A 3SWLA 2ZCTA 2CT6A 1XW9A 1SL2B 2E2MA 4F0BA 2V6OA 4KCEA 4G9HA 2DJ0A 2RM6A 4POMA 4OWYA 5F05A 4HS1A 2X8CA 3ZFLA 1DE2A 1XOAA 3GX0A 1SL1B 4ULXA 1UC7A 4GSSA 1EGOA 3DMLA 2BJXA 3VPQA 1S3DA 1T7PB 3QPMA 1K3YA 2GSSA 3UBLA 3GUSA 2C0EA 5ECKB 2F8AA 5CRWA 2LKUA 4HQZA 1SJ6A 1OC8A 1V9WA 2I1UA 2EC4A 4EF0A 2HZEB 2PU9C 1IYHA 2GZZA 1XIYA 4GRFA 2OBKA 5LNKe 4JEDA 2H70A 1H75A 2EIOA 4MZWA 3OR5A 1OC9B 1EZKA 1PL1A 5ECQB 2H19A 2VL2C 1PQNA 1YF1A 1R26A 4OD7A 3DVWA 3UJ1A 3P2AA 3LORA 1TRUA 1TK5B 1M9AA 3U6VA 5DJMA 4HI7A 1TI3A 3QAWA 3C1SA 1QGVA 4KAEA 2WCIA 3EURA 4G19A 4G2EA 1F6MC 5B8AA 4ECIA 1HYUA 2GSTA 2IJYA 1A2LA 1OC3A 3NOFA 3KGKA 2CVBA 5DDLA 4K7NA 5ECLB 5H5RA 1OVNA 3R2QA 2FLSA 4ZB8A 4WR5A 13GSA 5G5FA 4IQAA 3CRUA 5HFGA 3EVIA 3K8NA 1T1VA 2LEGA 19GSA 1X9MB 1A0FA 1YKCA 1EV4A 3QFBC 3Q19A 1ERWA 2V6KA 1ON4A 1V2AA 4NWYA 4MJBA 4EUYA 4KSOA 5DVBA 4ILFA 3ZMKA 4GCIA 1PMTA 2OE3A 1VF2A 3GSTA 3MAKA 2MBSA 1OKTA 2H30A 4MH3A 3C7MA 1WPIA 3QD9A 2MBTA 3ME8A 3ZRDA 1TDIA 4V2LA 4NHWA 4IHUA 4EDZA 1B9XC 4MLYA 1NM3A 3HJMA 4GWRA 2LUSA 3BJ5A 3FHKA 3QAVA 4K6XA 3LG6A 3IPZA 3UEMA 2ON7A 2IPAA 3D22A 4IP1A 1AQWA 4GF0A 1USBA 2CV4A 3HJOA 3UOMA 1NHOA 2K8SA 1GLPA 2LRCA 1XVQA 1K0DA 1X5CA 2P0GA 1Y25A 14GSA 4WF5A 1K0MA 4N11A 1SK1A 3GHAA 1R4WA 3GTUA 4ID0A 1PN9A 1RW1A 1A8YA 1GUMA 1GSSA 2R3XA 4J56E 3VI7A 2L6DA 2FCHA 2MMNA 1GSQA 4BWQA 4MMMA 2YNXA 1KNGA 2IMEA 1B8XA 2XPEA 4TR4A 3HVXA 4O92A 2NTOA 2A4VA 1JZRA 3ISOA 3LSZA 4JBBA 4TR1A 1URMA 2JACA 4TW5A 2TRXA 2H1AA 3EMPA 2H76A 1O85A 2AB6A 3FW2A 4E8EA 4FYUA 3FR6A 4XS4B 4K1FA 3N9JA 2K6VA 4CDOA 1YZXA 3L9VA 5G31A 3RPPA 2FA8A 4ZB6A 5AGYA 2YPMA 3WGXA 1GTUA 1K0AA 1T4YA 3QFAC 3M8NA 1WE0A 1A24A 1R7HA 4K9ZA 1BJXA 1ZCPA 4I6XA 1TRSA 4POBA 3DXBA 3CYNA 5AN1A 3APOA 2GQLA 2GVPA 3GKNA 3V1WA 4D73A 5HR2A 3I6AA 2YWIA 3GA4A 5D96A 4I2UA 5IMFA 2CX4A 2TIRA 4OCEA 3F4RA 4IS0A 1CQGA 3D4MA 3IBHA 4RQRA 2B1KA 5CAXA 5ECSA 3H4KA 4KA0A 4BL7A 2I81A 3LYKA 5CRDA 3HJPA 1YKAA 5IMDA 3A2VA 1K0CA 2IMFA 3APQA 5G30A 2I4AA 5KN1A 1HNCA 4FYCA 3HYPA 4PUFC 3FR3A 4ISDA 4KDUA 1T4ZA 3FZ5A 4I97A 5CRHA 1K0BA 1EOHA 2H66A 3IDVA 5D93A 1BG5A 3FZ4A 4TKYA 4E8HA 2X64A 3GIXA 6GSTA 5ELGA 3UVHA 1C72A 3F3QA 3F63A 4HUAA 4PQ1A 2F51A 2RUEA 3ZVJD 3F6FA 2ON5A 5DJLA 2VCXA 4EDYA 3MNGA 4MJAA 5IOXA 3WYWA 4XRDA 4KNDA 1MDIA 1FVKA 1WJKA 1QFNA 1Z6NA 2QSIA 4JRRA 5FHIA 3ZVJA 1CQHA 2GQKA 2D2ZA 2F3MA 2YZUA 3TUEA 1AW9A 2WULA 4K7OA 3TKSE 1AAZA 2IMIA 2YZHA 1YJ6A 2H01A 5JWOB 4AJ6A 3S9FA 2OA7A 3HZ8A 3BD2A 4GQCA 3LEFA 4I2TA 4H86A 2HYXA 2OJLA 1AIUA 2KLXA 5KEJA 1FHEA 2AHEA 3P7XA 3CMIA 1WIKA 2YANA 4IGJA 3ME7A 1ZMAA 4DSSA 2MYGA 3H8QA 2WDUA 3RAZA 1SJZA 1TK8B 1Z5YE 1XW6A 22GSA 3TKSA 1ILOA 3TRXA 3IOSA 2CZ3A 3GFKA 4I8BA 4KW6A 3D0ZA 1GTAA 3F8UA 4L8EA 1GLQA 4PUAA 3LJRA 3C71A 3MDKA 1UVZA 1T00A 1M99A 4Q5FA 1GULA 3E3EA 3VFIA 2CVKA 4ZL9A 3KH9A 4LA1A 2RIIA 3BBYA 3RHBA 2N5BA 2PERA 3L4NA 2IL3A 4MZCA 1YEXA 3CTGA 3KTBA 1OAZA 2X8GA 1O7UA 1B48A 1PRXA 4WKWA 2PWJA 1R5AA 1YF0A 1ST9A 4XRAA 2K9FA 1ACVA 2LJRA 2L4QA 3DEXA 2GZPA 3IAS2 1ZOFA 5J41A 4MCUA 2DIZA 2Z9SA 3QCPA 4F0CA 5A5KA 1PL2A 2NVLA 2VO4A 1ZL9A 2H8LA 4DVCA 4NHZA 2B7JA 3Q18A 3CRTA 3A5WA 5D9XA 4TXOB 2K18A 5EVOA 3UMAA 4F2IA 2R5GA 2LQOA 2NBSA 2GT5A 3TOTA 5DCGA 2XPDA 4NPBA 2VLVA 4WXTA 1M2AA 2REMA 3HCZA 1DUGA 3UAPA 4XS4A 2OBIA 5F07A 4ZBDA 1A2JA 4IW9A 3TDGA 1S3AA 3AY8A 1DBYA 1TU7A 1EOGA 2DJ3A 5GAPD 5IMCA 1T3BA 3DGQA 4KGIA 5ID2B 7GSSA 3ZMLA 3LYPA 2H75A 4OFTA 3PR8A 3VLNA 4ECBA 3TRPA 2L5OA 4IJIA 1K0NA 1GP1A 3ERGA 2VCVA 4JU5A 1HD2A 1B4QA 3ZIVA 1V58A 2WFCA 5CP1A 4WBRD 3WGEA 5E4WA 2V1MA 4OFNA 2N5FA 3KP9A 17GSA 2FWEA 3ZZXA 1SD8A 1DE1A 4EO3A 3HKRA 1MDJA 1MEKA 3ZLPA 3LQ7A 3F0IA 4V2MA 4FO5A 3VPTA 4QL7A 5ENUA 4PX1A 3W8SA 2CZ2A 2O87A 4NXIA 3TJBA 3ERFA 3H1NA 2WB9A 4K0GA 1M2DA 4PQHA 1KBNA 1A0RP 5EY6A 5CYYA 4ZB9A 5G5EA 4ZL8A 2GTUA 5DCHA 1XBSA 2IWTA 5INYA 1U3IA 3M9JA 1ZYQB 2TRCP 4K8MA 5DALA 1XW5A 1MTCA 1FB6A 1KEBA 2IFQA 4L0UA 2HXKA 4IQ1A 5DAKB 3QMXA 4MF6A 3NIVA 1SK0A 5IPGA 4ZBAA 4FIWA 3RHCA 2VCTA 1RQMA 2C3TA 3O6TA 4YQMA 2OE0A 2DIYA 4HEA2 2YCDA 3UVTA 1Z7PA 4PURA 1HQOA 1X9SB 4PXOA 3VWVA 2LJKA 2I3YA 1GNEA 1TKDB 3VURA 2HFDA 4F9ZA 2M46A 1ML6A 1MDKA 1TW9A 3VK9A 4RQXA 3L78A 2X99A 2K8VA 4V1Ap 20GSA 2H72A 2VAFA 3HY2A 2F8FA 2VL3A 4MZBA 5HR0A 2LJAA 5D9VA 5EL8A 3O76A 4Q5NA 3HD5A 3EMXA 2C80A 4NAXA 2G2QA 2VL9A 4JZQA 3GURA 5EPFA 2G0FA 4WEYA 4ZXGA 3LGCA 1LBKA 3G9BA 2CQ9A 2XBIA 4KUNA 5ABRA 2J9HA 3EYTA 2OADA 5KN2A 2VCQA 3DIEA 1XXUA 3KZQA 4RUVA 1THXA 2LNTA 2IMKA 1FG4A 2A2RA 4HU7A 2DC5A 4MPFA 5IM9A 1F37A 3SBCA 3IK9A 5GSTA 5A4UA 3E0UA 2VLTA 2O8VB 1SL0B 5ECHB 2DLXA 4ZL7A 4ML1A 4POKA 2MMAA 2CA8A 3P8WA 4ECCA 1GUKA 5IMZA 2VCWA 3ERWA 3QAGA 4IVFA 3M1GA 2RLIA 3C8EA 1WRYA 2PMTA 1X5EA 1V57A 4JR6A 2AYTA 4L5LA 5GSSA 2C8UA 3UBKA 2JADA 1TP9A 2GZYA 1UA5A 3MWHA 1U87A 4IP6A 3FZ9A 5CO3A 5B7CA 1VF4A 5JCWA 2LNSA 1V98A 3GKKA 4X43A 3C1RA 5CNWA 1OYJA 4IELA 1FVJA 1K0OA 1N2AA 1SK2A 1VGLA 3IC4A 1WOUA 3H93A 2F9SA 4TN8A 1TTZA 1U6TA 1U88A 4HU9A 1W4VA 4G10A 3EU4A 5ECIB 3I9V2 3TKPA 4MA9A 3TGZA 4YQUA 5B6MA 2WRTA 1B9YC 3RPNA 2LTKA 3G7YA 3KJYA 2FUG2 5IO2A 1H4OA 3IK7A 2VM1A 5AIVA 2VL2A 2YWOA 4KB3A 1YQ1A 4O32A 4MP4A 4AJ8A 2XC2A 4P3YB 3TKQA 4MPGA 2B3SA 2CAIA 2HZEA 2JU5A 1ZGNA 2V2GA 3FKFA 3FY7A 4V1Ag 2P31A 5FT3A 5GZZB 1GUHA 4DEJA 1SYXA 3BCKA 1FB0A 1OC9A 5J9BA 4LMVA 1SU9A 4PNGA 3WD6A 2KP2A 1VRSD 5ECMB 2WS2A 1Z6MA 1FW1A 1Y6EA 4EVMA 5C00A 1E2YA 4HQSA 3BCIA 1OE8A 2R6KA 3APSA 3IHQA 3TCOA 2JZRA 2LRNA 3GRXA 2L57A 1Z3EA 4MDCA 2V41A 3GYKA 1AQXA 1EV9A 1GSEA 3N5OA 1K3LA 5L71A 1XWBA 3ZTLA 5E59A 1JZWA 2YJ7A 3A2XA 3QDNA 2AV4A 3PGTA 1BAYA 2LS5A 2C0GA 3TJKA 3HHVA 2HRFA 2JZTA 4V2NA 1LJRA 5IQYA 4WR4A 5D9WA 2M80A 5J9CA 5DQYA 5ECPB 2ZUPA 5CREA 1YY7A 1G6WA 3IA1A 3KCMA 4EC0A 2WZ9A 3GV1A 2H71A 2L6CA 5ELAA 2B6MA 3PINA 4OCFA 1DSBA 3GTUB 3E9JB 18GSA 2H1GA 5H5SA 3WT2A 4NV5A 4KX4A 4PQIA 2JSYA 4BVXA 2DJKA 3EWLA 2C3QA 16GSA 1JLWA 1PKWA 1WMJA 2ES7A 1ZYEA 4RI6A 2FWHA 3ED3A 1SKRB 3J7Yk 4POLA 1FOVA 1ERTA 3JCML 2YWNA 4GSNA 3I69A 1ZZYA 1F3AA 4AF2A 4YQVA 4TR1B 4LL4B 4MABA 3A2WA 3QOUA 1UN2A 3DVXA 2FNOA 3FR9A 4WF4A 3UIWA 2LV3A 5HQPA 1R5PA 3O3TA 2B5YA 4Q5RA 2QC7A 2HT9A 4CW9A 2P5RA 5JWQB 6GSVA 3IV4A 1NHYA 3I43A 4F03A 1M9BA 2KUCA 1F2EA 1PD21 3TJGA 2WJUA 4TRXA 3DRNA 2PGTA 4BWSA 2RUFA 1JFUA 6GSWA 4ECJA 3FYGA 4HDEA 3TKRA 3HZ4A 4N30A 2E0QA 4EE0A 1VF3A 2YN1A 1GSYA 1YDKA 1S3CA 1QUWA 5HFIA 2HLSA 4HJ2A 3VWXA 3DYRA 3FRCA 4D73B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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