4KA0A

Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from bacteroides vulgatus (target nysgrc-011676), space group p21221
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
143
structure length
143
Chain Sequence
b'ASKLLPGQPAIDFEMLDVEGNVKHLADFKGKVIYIDLWATWCGPCIQESPAFEALGKKYVGKDIVFLPVSTDTTTKPWLRYLDGHKKELTQYHSNDVALKESWAIMYIPRFILIDKDFNIVNAYAPRPSSEEIGTLIDSVLNK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides vulgatus (target NYSGRC-011676), space group P21221
rcsb
molecule keywords Putative thiol-disulfide oxidoreductase
source organism Bacteroides vulgatus
molecule tags Oxidoreductase
total genus 39
structure length 143
sequence length 143
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ka0A00
1M7TA 1TU8A 1T1VA 2X8HA 2LEGA 4K8MA 1MTCA 1FG4A 3FR9A 4NXIA 1OC8A 3W8SA 2GSTA 4NMUA 4HJMA 2E2GA 2YZUA 3KM6A 2DJ1A 4KDUA 2IMFA 2YJ7A 3G7YA 5DJMA 3UOMA 4KSMA 1Y25A 1PX7A 1PN9A 1J08A 4XHMA 1SJ6A 4ZILA 4GCIA 3GX8A 2PN8A 2V6KA 4ML1A 1GH2A 2YPMA 2C3TA 1ILOA 3TRPA 4HOJA 3L9SA 4CDOA 2PVOC 2VUPA 5G1LA 1XWCA 4Z7XA 2R6KA 4MPGA 3WD6A 2FWEA 1OC9A 3ZREA 4XS4A 3SBCA 1FVKA 16GSA 3F8UA 3LGCA 4O7HA 4N0ZA 5IMDA 3GFKA 1TDIA 4TR1A 5H5SA 3A5WA 5G5FA 3VWXA 1PRXA 5ECMB 4NHZA 4F03A 5IIZA 3IHQA 3F0IA 1MDKA 1WPIA 3FR3A 4WETA 4F0BA 3D6IA 2H71A 3RHBA 2LJAA 1KNGA 2GT5A 4PURA 1QMVA 2H73A 2L4CA 1O6JA 5ECRB 1H75A 4ZB8A 1X5EA 3A2VA 4EO3A 1KTEA 5DJLA 1HD2A 4NAXA 1T8EB 1YJ6A 1MDIA 1Z9HA 5E59A 5IMFA 4WF4A 4ZL7A 2Z9SA 4XIHA 1PGTA 1NM3A 1UC7A 4YAPA 3RBTA 2A4VA 2ON7A 4H86A 2MBTA 3WGXA 1A23A 4HI7A 3UARA 1EOGA 1A2JA 2VLVA 2DJKA 2L59A 5B8AA 1AIUA 9GSSA 1BJXA 5A5KA 1VRSD 3L0HA 4BWSA 2L6DA 2VO4A 3ZYWA 2JADA 1GUMA 2GZYA 3CXGA 1Z5YE 1PQNA 2P5QA 4Q5RA 4KCEA 5F06A 1A2MA 3IV4A 4NV2A 4KDXA 3G9BA 5IM9A 2XPEA 1O73A 5EL8A 3GTUA 5IMVA 3O6TA 3HJMA 3QOUA 4E8EA 3I43A 3F3QA 2DIZA 3VPQA 3PINA 3IPZA 1M99A 1SK2A 1DUGA 4EDZA 3VK9A 2OBIA 3RAZA 4MP4A 2NTOA 2LRNA 4XS1A 1USBA 2GS3A 3M1GA 4JRRA 1FW1A 1B4QA 3GL3A 1O8WA 1K0CA 3VI7A 3Q19A 3UJ1A 4MDCA 2R37A 3IK7A 1SK1A 4TRXA 1A8LA 1ERVA 2MZCA 2B7KA 1G0TA 5EVOA 3GURA 3N9JA 2LNSA 1J0FA 5KN0A 3BJ5A 5ECNB 1FO5A 2P31A 4RI7A 2JZRA 2EIOA 4IJ3A 4X43A 3GHAA 2VAFA 3FZ4A 2N5FA 4N10A 1I9DA 2AHEA 1F3BA 3CBUA 2TRXA 2O8VB 4MMMA 1K0BA 3QPMA 1OE8A 3FR6A 3KEBA 1X9WB 2CAQA 4JU5A 1JZDA 1HNBA 1MDJA 2C3NA 6GSWA 1V58A 3IDVA 5D93A 2VL3A 3E3EA 3J7Yk 5IO2A 1GNWA 2JACA 2NBSA 2CX4A 4WF5A 3GSTA 4IJIA 1JFUA 1XPVA 1SU9A 2R3XA 4CW9A 3LYKA 2H6ZA 1TOFA 1GTIA 3UBLA 1C72A 3MWHA 3GKNA 1WP0A 4HEA2 5ABRA 1DE2A 3TDGA 4KH7A 4WXTA 2VD1A 4GSTA 1SKRB 2GDRA 2L6CA 5DALA 4I2UA 2PPTA 2PU9C 5FHIA 3QCPA 4O32A 2MMAA 4WBJA 4I6XA 1GSSA 4LA1A 4ZL8A 5ENUA 1GLPA 4GXZA 4MJEA 1A2LA 2VCZA 1A8YA 1N8JA 6GSSA 2H0IA 1G7EA 2GGTA 4G19A 1T7PB 3MAKA 1HNAA 1X9SB 3H8QA 2WGRA 1GNEA 3HA9A 2RM6A 3EURA 2YJHA 3GYKA 4YQMA 1MD3A 1ZL9A 1OC3A 2DJ0A 2K9FA 2JSZA 4TR4A 4EUYA 1SL1B 1R4WA 4K0NA 3RPNA 1BX9A 1AXDA 3D22A 3OR5A 4K7IA 3C8EA 1ZCPA 4IBPA 2DLXA 2HRNA 1R26A 5GAPD 2B6MA 2IPAA 3IK9A 3HVVA 1K3OA 3A2XA 2V32A 4GWRA 5JWQB 5CREA 5C00A 3FW2A 1B4PA 3P7XA 1NW2A 4OFNA 4MABA 4MJCA 2H6YA 2ZNMA 5KN1A 2VCQA 3GUSA 3US3A 3C71A 2D2ZA 2VL2C 4PUAA 5HFIA 1XW5A 4LL1B 1PKZA 4V2MA 1YEXA 1K3LA 3HYPA 1U3IA 2TRCP 2OA7A 3GSSA 1GSDA 4RUVA 1GP1A 3KMOA 5GZZB 1H4OA 1K0AA 1VF2A 4GQCA 1BYEA 4KUNA 3MNGA 6GSYA 1LU4A 3A3TA 3EMPA 2PGTA 3I9V2 1SD8A 2J23A 2G2QA 2K18A 3TRXA 3HZ4A 4F82A 5LNKe 1BEDA 1HYUA 1N2AA 4GTUA 1F2EA 2FWFA 1PKWA 5JWRB 2HZEA 2I4AA 5ECSA 2H19A 3SWLA 3W8JA 4D73A 3HY2A 3ZVJD 1SL0B 1ZZYA 2ES7A 1ZMAA 2NVLA 4ZBBA 4PUFC 3ZMKA 3EU3A 4XRAA 5HQPA 4MPFA 5CP1A 2WFCA 4K1FA 5DAKB 5CRDA 4AF2A 4MH3A 2KUCA 1V9WA 2B5YA 2F8AA 2KHPA 3GRXA 1X9MB 1Z3EA 4ULXA 1URMA 1ZOFA 1GSFA 3KZQA 4IGJA 3HVXA 1XWGA 4KSOA 5KN3A 2X8CA 2VD0A 2HXKA 3ZLPA 5CAXA 3TKSC 5DQYA 2CVBA 22GSA 5E4WA 1XVWA 1K0NA 1O7UA 4YH2A 2CVDA 1TK8B 4MJBA 4PGTA 3P90A 2IJYA 2VM2A 3FEUA 3EWLA 4OCFA 3DVWA 3NIVA 4AJ7A 5ECLB 5IO0A 1Z7RA 4HU9A 3IR4A 3D5JA 1YY7A 3LEFA 2AJQB 17GSA 2DBCA 2C1YA 2FHEA 3GKMA 3IBHA 2C80A 3ZIVA 2J9HA 2G0FA 4J2FA 2H74A 2KLXA 1PX6A 2OBKA 5ELGA 1Z6NA 2I1UA 2LV3A 3PH9A 5G2ZA 2CZ3A 2YN1A 4X1UA 5DCHA 2V41A 1T4YA 1FOVA 2O87A 3VLNA 1F3AA 4PX1A 4JZQA 1QXHA 2DMLA 4I8BA 1U3AA 4K0GA 18GSA 3ZFBA 1ZYQB 4ZIJA 1Q98A 2C3QA 2V6OA 3HCZA 4YQUA 5IMZA 1TKDB 1VF3A 1WRYA 2B1KA 2LJKA 3H79A 3DEXA 4ILFA 2H1GA 1XWBA 5AGYA 4YAVA 1XW9A 4IP6A 1Y6EA 2H66A 4TW5A 1O85A 1XZOA 1AQWA 1FHEA 1AAZA 1PSQA 4OMVA 5DQSA 2H70A 2H76A 3TKRA 1TP9A 2V1MA 4KDYA 1E6BA 3KGKA 3DMLA 20GSA 1PMTA 5H5QA 3GIXA 2GSQA 1MEKA 3TB2A 3VFIA 1GTUA 2YWIA 2IMEA 2WRTA 1OKDA 4AJ6A 2H8LA 1GUHA 2FUG2 1XW6A 4XS6A 1O81A 3BCIA 1FB6A 5KN2A 5B6MA 3QDNA 1GLQA 1YKAA 1SKSB 2M46A 1W4VA 2B5EA 2H1AA 5D8IA 2B3SA 1F9MA 14GSA 3HJOA 1ZYEA 1SYXA 2N5AA 4POLA 3KTLA 2B5XA 1ON4A 4FH8A 4IN0A 3ZFLA 2AYTA 2C0GA 5A4UA 3HD5A 2IN3A 4J57E 1B9XC 4HJ2A 1OE7A 2RUFA 3IOSA 4JBBA 3G7JA 1R5AA 3Q18A 3TUEA 2AUVA 4P3YB 2CVKA 3F63A 4QL7A 3GL5A 3TJGA 2JL4A 5IOWA 1TTZA 4RQXA 5HR2A 4KX4A 1GWCA 5JWOB 1K0OA 3RPPA 3CSJA 2IL3A 3AY8A 2F9SA 5D73A 2LKUA 2HZEB 3IE3A 1ML6A 2OJLA 3HZ8A 3HDCA 4D73B 1THOA 1G7OA 1I5GA 3FZ5A 4TXOA 4G10A 2I9HA 5EPFA 1TI3A 1WJKA 2GQMA 5H5RA 2C0EA 2DMMA 1EEJA 4L5LA 1ACVA 3VWUA 4N30A 2FLSA 2BTOT 5J9CA 2JSYA 2LRTA 4GRFA 1AUCA 1GL8A 2K8SA 1M9AA 1AQXA 2C0DA 2PWJA 1M2AA 3I6AA 2IIYA 1A0FA 1OAZA 2B7JA 3DWVA 3C7MA 3LQ7A 2EIQA 2YZHA 2QGVA 1CQHA 2YP6A 3QMXA 2LS5A 3ZTLA 1VGLA 4JR6A 3F4RA 1XBSA 1DSBA 2LRCA 2IMKA 3GMFA 3VURA 1XFLA 1JHBA 4NHWA 3L9UA 3F6DA 1O8XA 5D9XA 4BWQA 2GZZA 4BVYA 5J4UA 2VM1A 2H0HA 3KXOA 3TGZA 4MLYA 2VL9A 5FWGA 4GSSA 1GSQA 3FZ9A 5J41A 5CNWA 5DVBA 1A24A 3U6VA 2JZSA 4HZ4A 1YQ1A 1X5CA 1UVZA 2PBJA 1B8XA 2PERA 4QQ7A 4MCUA 5GSTA 2MMOA 4J56E 3W6GA 4NWYA 4X0XA 3GA4A 4F0CA 2A2RA 2XHFA 1EP7A 1FAAA 2AAWA 3L4NA 3PR8A 1U88A 4BPYA 3ZITA 5DBQA 3Q74A 2CA8A 2IFQA 1YDKA 1Z6MA 1G6WA 2ALBA 4DEJA 2MBSA 3D4TA 3VWVA 4AJ8A 4WBRD 1AC1A 2IMIA 3UIWA 1U87A 3BD2A 2VCVA 5AISA 3EINA 2WCIA 4EKZA 4RQRA 4POMA 12GSA 3V1WA 4ECJA 1GUKA 4HZ2A 1GULA 2VCXA 4O5RA 1OC9B 4XS4B 3M9JA 1YEPA 4WEYA 3UAPA 3LXZA 2YWMA 4HUAA 4FO5A 4Q5QA 2JZTA 4GSNA 3MDKA 3QD9A 1XVQA 3CMIA 3I69A 1RW1A 4TR1B 2DC5A 2MMZA 2QSIA 2M72A 4ZB6A 1JZOA 2R2JA 4I97A 2NDOA 2HLSA 3HKRA 3TKQA 3TJFA 3ED3A 1SENA 2E7PA 3O76A 4V1Ap 2FA8A 3FYGA 4K6XA 11GSA 5B6NA 3KTBA 3DIEA 5CO3A 1GSEA 1XIYA 5HR1A 4MA9A 2RM5A 3LYPA 2A2SA 2MYGA 1PD21 1M2BA 1UN2A 1EV4A 5ECHB 2OKAA 3GN3A 2HFDA 2XC2A 4PQIA 2CV4A 2X8GA 1Q4JA 3HVSA 1YZXA 3DD3A 3PGTA 1DBYA 2C4JA 3LWAA 2YWOA 4DSQA 4IQAA 1G6YA 5ECPB 3GTUB 1R7HA 4HS1A 5G1KA 2FNOA 2B1LA 1M0UA 2NPBA 3K8NA 4FIWA 4KNDA 2H01A 1U6TA 2XBIA 2ZCTA 3ERGA 3LFLA 4MK3A 2CT6A 2CQ9A 4WR5A 6GSTA 2DJ3A 3DGQA 1YF1A 3GH6A 2O7KA 4KB3A 3D21A 1EV9A 5HR3A 2RIIA 1K3YA 2CAIA 5DDLA 3ZL5A 1NSWA 2P5RA 3FHKA 1K0DA 5A4VA 4TXOB 2F8FA 3GKXA 2H72A 4V2NA 2TIRA 1IYHA 1NHYA 2OE0A 1TRUA 2PVQA 5G30A 3L9VA 13GSA 1S3CA 1Z7PA 3KMNA 4ZBDA 3F3RA 2GQLA 5HFKA 2YCDA 1E2YA 2WDUA 3LXTA 1WIKA 1OVNA 3TJKA 4K7NA 4PNFA 5CRWA 1WMJA 5J9BA 2YANA 5A4WA 2CZ2A 1XXUA 2DIYA 1PL1A 2ZUPA 1PL2A 2F3MA 3NZNA 2LTKA 1F6MC 3IRAA 1ERUA 2OE1A 1V40A 2VCWA 4XCSA 1LBKA 2XBQA 2VCTA 1ST9A 2YOIA 5B8BA 5D96A 2H30A 4JEDA 4E8HA 3TCOA 2N5BA 4IP1A 4G9HA 4PNGA 3Q6OA 3ZVJA 3UL3A 4L0UA 3WYWA 4FYBA 3VWWA 3TJJA 3H93A 4IKHA 2F51A 5IMCA 3M8NA 1BG5A 1YKCA 3WGEA 2VLUA 3GH9A 5INYA 5DALB 4LL4B 3TKPA 1DE1A 4ZB9A 1KEBA 2DSAA 4EF0A 4POKA 1SK0A 4O92A 2R5GA 4F9ZA 4IQ1A 5GSSA 2KP1A 3ZZXA 4OO5A 1K0MA 19GSA 4WR4A 4CHSA 4N0VA 2WB9A 3JCML 4HU7A 2IFQB 4FYCA 2OE3A 2FY6A 4PXOA 2GZPA 2ON5A 1TRVA 4K9ZA 5KEJA 4ACSA 1SD9A 3QFBC 2H6XA 5ID2A 3DRNA 2LQQA 5LCZA 5CRHA 1TU7A 2FD3A 2L5LA 2EIRA 1JLWA 1JLVA 4KA0A 4EDYA 4IELA 5D9TA 1EGRA 8GSSA 1M9BA 2KP2A 1OKTA 1W89A 3GKKA 1SKWB 1JZWA 2LUSA 2RUEA 2FGXA 3QAGA 3KH9A 1S3DA 5CYYA 2HRFA 5EY6A 1X0RA 1THXA 3HJPA 1XCCA 4ZBAA 4IS0A 4DSSA 3KD0A 3J7Yb 3ERWA 4EXJA 1TW9A 1WWJA 4DVCA 1QQ2A 1NHOA 5HR0A 2VL2A 3HXSA 1GRXA 4MF7A 3EU4A 4BL7A 3M3MA 3APSA 3KH7A 4AGSA 4TR0A 2FWGA 3FY7A 1ABAA 3S9FA 1TK0B 3DYRA 4MZWA 3FK8A 1EGOA 2GVPA 2LSTA 1EWXA 2JU5A 4HQSA 2PMTA 3M0FA 3CTFA 4KCAA 3QFAC 1J9BA 3CSIA 1SJIA 5ECKB 2GT6A 4LMWA 4MJAA 1ZGNA 2WZ9A 2YWNA 3QR6A 1TRSA 4TVEA 1SJZA 3TRQA 4OWYA 3E9JB 3QAVA 3APOA 3ZIJA 3KP8A 4WKWA 2C0FA 4ZL9A 3F4TA 1RK4A 1PA3A 1V2AA 3WT2A 5DAKA 1S3AA 2DJJA 2GSSA 4OCEA 1QUWA 4N11A 3U5RE 1XOAA 3H4KA 1YF0A 4I2TA 3C1SA 3KCMA 1M2DA 3ZRDA 4OFMA 2RLIA 3L78A 3UBKA 2HE3A 3LJRA 4MF5A 3QAWA 2BMXA 2E2MA 4DSRA 5LD0A 1IYIA 3IXRA 2C8UA 2LJRA 3EE2A 5AIVA 3TOTA 5IPHA 3TKSA 4RI6A 4PQHA 1T4ZA 4L8EA 4POBA 1B9YC 3GX0A 4FYUA 3R2QA 5JCGA 5FT3A 4MF6A 5F8BA 4XRDA 2YNXA 4Q5NA 3A2WA 5AN1A 3IA1A 1FB0A 3P8WA 4XTSA 4TKYA 1HNCA 2YV7A 3TOUA 2HSHA 3F6FA 4EL1A 1T3BA 2DJ2A 3CTGA 4MZCA 5F05A 3UVTA 4NV5A 4NPBA 4ID0A 4IVFA 4HQZA 3D4MA 3C1RA 3GV1A 2L4QA 4F2IA 4KE3A 2GSRA 10GSA 3LORA 4JR4A 2WULA 2VOCA 1JZRA 2OADA 3BCKA 4MZBA 2VLTA 5IQYA 1BAYA 2H75A 3ISOA 5IMAA 1FVJA 2O89A 5B7CA 4HDEA 2XPDA 2I3YA 2REMA 3D0ZA 4LMVA 2P0GA 2HT9A 3IAM2 5JCWA 2K6VA 4IHUA 4JE1A 2O85A 2MMNA 3EMXA 2R4VA 3FKFA 2IWTA 5DCGA 2H1DA 1HQOA 2VIMA 5AIXA 1V98A 1WE0A 6GSVA 2AV4A 3KIJA 1BQ7A 7GSSA 5IPGA 5ECIB 4I5QA 2QKEA 3F9UA 4KAEA 5JCUA 4G2EA 3DKSA 1QK8A 1XWAA 5ECOB 4IW9A 5ID2B 4ML6A 5HFGA 2PUKC 3G7IA 3APQA 2EC4A 5F0GA 6GSUA 4EC0A 1R5PA 3EYTA 2FCHA 3WGDA 4ECCA 3E0UA 3FZAA 4OO4A 5G5EA 5D9WA 2H1BA 1AW9A 1QGVA 3IAS2 4Q5FA 6GSXA 2HZFA 4LLRA 1EEMA 4ISDA 2GLRA 4V1Ag 5D9VA 5G31A 1TJDA 3KP9A 3MSZA 3LG6A 3P2AA 3N5OA 1B48A 3BOAA 5F07A 4L0WA 3UVHA 4EE0A 1SL2B 1CQGA 3F4SA 2QC7A 4GLTA 3BBYA 1F37A 4KGIA 3VI5A 4DSSB 2LQOA 4MH2A 2L57A 3CYNA 3WT1A 4QL9A 3RHCA 1AQVA 1TK5B 3ME8A 5J5NA 5ELAA 1VF1A 5ECQB 2BJXA 1EP8A 4TOPA 3M9KA 4GQFA 1TI1A 3H1NA 2IMDA 3ERFA 3KJYA 1TRWA 3RDWA 1LJRA 2CX3A 3CSHA 1GTBA 2HNLA 3EC3A 4GF0A 1KBNA 2FA4A 2E0QA 2I81A 2X64A 1EOHA 4TXVA 5C04A 3EVIA 3NOFA 3TKSE 4L5OA 4BVXA 1A0RP 3FRCA 1SYRA 4V2LA 2FWHA 3LSZA 4TR3A 2X99A 3DVXA 1UA5A 3C73A 3UMAA 1T00A 2GQKA 2WS2A 4ECBA 2V2GA 5CRGA 4YQVA 5GAND 4TN8A 5COHA 4OFTA 1WOUA 3VPTA 2YV9A 1TXXA 2LNTA 4BA7A 2GTUA 1XOBA 3GNJA 2AB6A 2HSYA 1GSUA 3O3TA 3TJBA 1QFNA 3CRTA 4EVMA 3HHVA 4OD7A 2M80A 1GSYA 1EZKA 4K2DA 4ZXGA 1GTAA 5L71A 4KW6A 1XWKA 4PQ1A 1V57A 4ECIA 1VF4A 2HYXA 3ME7A 3CRUA 1MD4A 3ZMLA 5IOXA 3UEMA 1RQMA 2H0GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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