4KB1A

Crystal structure of rnase t in complex with a bluge dna (two nucleotide insertion ct )
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
208
structure length
208
Chain Sequence
b'TGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSEYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLSAAEEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into DNA repair by RNase T--an exonuclease processing 3' end of structured DNA in repair pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease T
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 60
structure length 208
sequence length 208
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4kb1A00
4KTZA 3T1AA 2EHGA 3OYHA 3VQCA 3ISNC 1J9AA 4KB1A 4KHSA 4HCCA 4J2EA 2VG6A 3AVCA 3KKSA 2IOCA 3PX0A 1B9FA 1RTJA 4CF8A 2BANA 2YKMA 3LP1A 3KLIA 3VQ6A 1FK9A 3CM5A 3V9SA 4DFKA 5J1EA 3NCIA 4ZTJA 1X9SA 4KHWA 3RRGA 4KKOA 3HPHA 4CJVA 3L3VA 3PY8A 4KAZA 3AVHA 4W5OA 4BDPA 3QINA 1XHXA 4CESA 2BDPA 4OKEA 1L5UA 1R0AA 3ULDA 3HYFA 2A1RA 1SUQA 4CK2A 3AO2A 1XC9A 3QO9A 3IG1A 1CXUA 5FRMA 4AHVA 2YNIA 4NYNA 1RTIA 4CFCA 3DLBA 1MU2A 2E4LA 1RBTA 4QOZB 4UQGA 1XHZA 1WLJA 2JLEA 3AO3A 4JS5A 1D8YA 4C8MA 4CEAA 4KPYA 1U04A 2X74A 1SV5A 5KRSA 4CJLA 4FZYA 3P1GA 4QAGA 3DLRA 4FJ7A 1BHLA 3DOKA 1T8EA 4B9NA 4CJPA 1VSJA 1L3UA 4LH5A 1CLQA 4N5SA 3HP6A 4CHOA 3O4NA 4BWJA 1RDAA 1BIZA 1LWCA 1QQCA 3I0SA 3M8SA 3L2VA 4DF4A 1RTHA 4FJKA 1G15A 1EX4A 1KVAA 3SV3A 4DTNA 4CIFA 3C95A 4AH9A 3NH1A 4FLXA 3QETA 2FBVA 1KSPA 4CIEA 4E1NA 4E7JA 1XI1A 4N41A 2HHSA 3CQ8A 1C1BA 1S1UA 4HUFA 4AHTA 4M3UA 1JL2A 3K5NA 4CECA 1C1AA 4EZ9A 1Z26A 1SL1A 4M3YA 4I9LA 3V9XA 3K2PA 4IKFA 5KGWA 4BACA 4WE1A 4O4GA 2PYLA 4CJFA 4DU1A 3KTQA 2DFFA 2FC0A 4DQPA 1NK6A 4CJQA 1TK0A 3HPGA 1S9GA 3SQ4A 2O4GA 1HNIA 1D9FA 1BI4B 4Z4FA 4FW2A 2W42A 3ZT1A 3G10A 3QEXA 2YNFA 5HP1A 4OGEA 3THVA 3LANA 3QLHA 1JLBA 3VQ9A 1QSSA 3HVRA 4KHUA 3VQ4A 4AHRA 3ZSRA 1NJYA 4KREA 1X1PA 4Z0UA 5HROA 3M8QA 4CEEA 2FBYA 3OYCA 1BISA 3AA2A 5HRSA 4DS4A 2HHVA 4FK0A 1FKPA 3TAEA 2GV9A 1YT3A 1KRPA 2WONA 1TKZA 3SJJA 1S6QA 4IBNA 4O0IA 3RMAA 4O44A 3OY9A 3RMBA 4N56A 2NUBA 3ZT0A 4CHQA 1U45A 1FKOA 4KV8A 3AA5X 5K14A 1NK5A 2ZE2A 3KLFA 2KZMA 1DTQA 1ZBFA 2Z1IA 3MEGA 4KO0A 1RBSA 2R7YA 4DLEA 4DTRA 3DRSA 1ASUA 1S6PA 2Q3SA 1FXXA 2B4JA 2YHAA 3OYNA 3OYDA 4J2BA 3NGIA 3OYJA 3C6UA 4IFVA 1TKTA 3KK2A 3LP2A 4DQSA 4J2DA 4OKJA 1IKWA 3KLHA 2YNGA 1WSJA 3ZT4A 4Z4IA 4CGJA 4FJNA 4LSNA 3NE6A 4DTPA 2X6SA 5T7BA 2ETJA 3KD5E 3HL8A 1KLMA 3VA3A 5HRRA 4O5BA 1J54A 1T05A 4FXDA 2G8IA 3RR8A 3TAQA 1WAJA 5HRNA 3OYMA 3KJVA 1SKWA 4HCBA 4LSLA 3QEPA 4B3OA 1TL3A 1CZ9A 4Z4CA 3K5LA 3LAMA 3TI0A 1HRHA 5KRTA 3NHGA 4E7IA 3NGZA 4O55A 3VQAA 3OYFA 3NFAA 1D5AA 3TABA 3OJSA 1C0MA 1Y97A 2DTUA 3AO4A 1A5VA 4CF0A 3K5MA 4DTSA 4FJIA 5CZ2A 1ITGA 1GOCA 3E01A 1WSGA 1UA1A 1QS4A 3L2WA 2HHTA 2HB5A 3IAYA 1QE1A 4OLBA 4QCLA 3QEWA 1RT4A 2F96A 4CJRA 4BDZA 4OJRA 1RDCA 1EKEA 4AHCA 4DQRA 3RR7A 2P51A 3VQ5A 2VG5A 5DMRA 3B6PA 4HVJA 4FCYA 4DWIA 2OPRA 1LW0A 4GW6A 1RBUA 1TAQA 3V4IA 2B6AA 2RPIA 2XY8A 3L2RA 3RTVA 2BE2A 4JS4A 2KTQA 4CGFA 1S5JA 3DOLA 2XY7A 1RCHA 1RILA 4CF9A 4E7KA 4HHTA 4AHUA 4W5NA 4DSJA 4NYFA 3SQ1A 3SUPA 3OVNA 2IC3A 2D5RA 4IDKA 4ELTA 4MFBA 1WNSA 1WSFA 3LPUA 3WNEA 3QNNA 3TAPA 1L3VA 2PY5A 4BE0A 2XY5A 1NK0A 1WAFA 3AA4A 1GOBA 4ELVA 1TKXA 1UAXA 1WSHA 3U3GA 3LP0A 4M45A 1NK9A 4CCHA 3A2FA 3MXJA 3V9WA 3SPZA 1RTDA 2HNZA 4FLVA 4AHSA 2VWJA 4KHYA 3V9ZA 1SL2A 1SL0A 2G8HA 4CEFA 3NDKA 4E7LA 4CEBA 4K8XA 4RW6A 4LY7A 5C25A 2AJQA 4H8KA 4E1MA 2FBXA 1Q9YA 4FJHA 3NF7A 3OYIA 1ZBUA 1U4BA 2HHWA 4O0JA 3K58A 4CGGA 1KCFA 1HQUA 4H4OA 4CGDA 4M3ZA 4LD0A 3RRHA 2P5OA 1S9EA 4M3XA 5FDLA 4BE2A 5D3GA 4FW1A 1WSIA 3VQPA 4F2RA 1EXQA 5J2MA 2ITGA 3LZIA 1VSFA 4DQQA 4ELUA 4I2QA 3S3OA 1VSHA 5C24A 1BCOA 2EX3A 3AVKA 3IS9A 4CF1A 1U49A 4FK2A 1U48A 4LH4A 4CHZA 3AVAA 3EY1A 1TGOA 1SKSA 1VSEA 3NF8A 1BIUA 3TARA 4NCAA 2O4IA 4H4MA 4C8NA 4E19A 3EYZA 3TR8A 3V6DA 2BGGA 3QESA 1IG9A 5KGXA 1N5YA 4FJ8A 4OVLA 3ZSVA 2Z1JA 1LAWA 1JKHA 4C8LA 1GOAA 3L3UA 1YTUA 3KIOA 2KW4A 3DLGA 4CEZA 4DF8A 2HHUA 3ZT2A 1JLCA 4ZHRA 3PX6A 4CGIA 4EP4A 1LW2A 3IRXA 4RW4A 2I5JA 3T19A 4Z4GA 5SZTA 1EETA 4BWMA 1RNHA 1HQEA 1Q8IA 4OPKA 1NJZA 2G8VA 2RN2A 3NF9A 2F8TA 4E0DA 5E41A 3CFPA 4B08A 4CK1A 2ATQA 3LWLA 4HUGA 4E7HA 3SI6A 3AVIA 4NCGA 4CJ3A 4FJJA 4Y1DA 1IO2A 1HJRA 4BDYA 2OZMA 4KHQA 3ALYA 3V9UA 5JS1A 2ZQBA 4DQIA 2PZSA 4FLUA 3SCXA 4FM2A 1Z25A 4DSEA 3F73A 1C0UA 1CZBA 4B9MA 4CEOA 5JS2A 1ZBLA 3CFOA 3V1RA 4DSLA 4XIUA 4HUEA 1HNVA 3NH2A 4CHNA 4W5TA 3KK3A 3HT3A 3S9HA 1NKBA 1KFDA 3HP9A 5I3UA 4FLZA 3DLKA 3AO1A 1L3SA 3NF6A 3O4QA 3K59A 4B9SA 4B9TA 4CFDA 4DLGA 4PUOA 5FRNA 4RW7A 1J53A 3PO4A 3KD1E 1NK4A 1ZYQA 3VQBA 2KFZA 4RW8A 1A5WA 2IDOA 3P83D 1VRUA 1W0HA 3KK1A 5J2PA 1KTQA 3V1OA 4CEDA 1JL1A 2OZSA 4OGCA 2D0AA 3DI6A 5HRPA 1JLFA 4DFPA 4KTQA 4JLHA 3I8DA 1ZBHA 3AVBA 4Y1CA 4W5QA 2HVIA 3G0ZA 1KVCA 2ZD1A 3CG7A 2G8FA 4DMNA 4C8KA 1RBVA 4Q0BA 3OYGA 1RT1A 1W9HA 4RG8A 3DLHA 3SNNA 4DU3A 5I42A 3AVJA 4F3OA 3L2QA 4KRFA 1IKYA 4E3SA 1A5XA 5J2QA 1KLNA 2GBZA 3JSMA 4ZTFA 1ASWA 2A1SA 5FROA 2QK9A 1RT6A 3LP3A 2KFNA 1JLAA 5C42A 4F8RA 2JGUA 3SV4A 1WN7A 3BDPA 3VQDA 4B9VA 4GVMA 4MQ3A 3HPOA 5CY4A 3QEIA 4ID1A 1RT7A 4EP5A 1DTTA 1TL1A 4CFAA 4DTUA 4DFJA 1QTMA 4L8RB 1ZBIA 4M41A 2Z1HA 3K5OA 4DG1A 4PY5A 4F2SA 2RF2A 1T03A 2IAJA 2G8KA 2PYJA 1NK8A 3MEEA 3O3HA 1VRTA 3VQQA 1UWBA 5J2NA 3PO5A 1JLEA 2YHBA 5EU7A 3OS1A 3L2UA 5KTQA 3D0PA 4OKKA 2HMIA 1BL3A 1I39A 3VQ7A 2DY4A 4EZ6A 4M3TA 4YNQA 3RWUA 1I3AA 5SWMA 4FM1A 4CHPA 3DLEA 4I7FA 4CF2A 3SPYA 4KI6A 1ASVA 1VSKA 4CJKA 2HNYA 4FLYA 4DS5A 1F21A 3AA3A 4CJTA 4DFMA 3SUQA 3OS2A 1O1WA 4DTOA 4RW9A 3M8PA 4N76A 1BI4A 1RT2A 3FFIA 1BQMA 3OYAA 1NKCA 2LSNA 3PV8A 1YTAA 4Z4EA 3WNGA 1C0TA 4G1QA 2WOMA 5KI6A 2F8SA 1B92A 1NOZA 3JYTA 2HVHA 1BGXT 1HMVA 4CJSA 1RT3A 4TSXA 4PWDA 4M42A 4CE9A 1VSDA 3NBPA 1QHTA 2G8UA 3LDSA 1TK8A 4R5PA 4DSKA 4DTXA 3ZSOA 4IFYA 4CEQA 3VA0A 1TK5A 2P5GA 2YNHA 2B5JA 3AV9A 3P5JA 4CGHA 3RMCA 3OYEA 4DU4A 3ZSZA 1Q9XA 1NKEA 3AVLA 3DRRA 2Z1GA 1BQNA 4DTMA 3TANA 1LV5A 1S1TA 1T7PA 3MEDA 2OA8A 4Q5VA 3C94A 3L8BA 1C1CA 3OS0A 3CYMA 3DRPA 3ZCMA 2OYQA 1BCMA 3PX4A 1S1XA 3S3MA 1EP4A 5CYMA 3SYZA 4KHNA 4FJ9A 1RT5A 1S1WA 1DLOA 3KKRA 2P1JA 3WNHA 3KLGA 4J2AA 2HW3A 1RDDA 3QNOA 3CM6A 3SQ2A 1LWEA 3V1QA 3HVTA 4M3RA 1VSLA 4HTUA 1TAUA 3TAMA 4CHYA 3EZ5A 4OLAA 3OYKA 4F4KA 2YKNA 3C6TA 3LALA 1C6VA 4B9UA 4FJXA 3LPTA 4FZZA 3ZSQA 4CFBA 1RDBA 2IS3A 4YFUA 4CIGA 4CJ5A 1WSEA 1VSMA 3U3YA 4BE1A 2XHBA 1J5OA 3TAGA 1JXEA 4CJEA 1NJWA 2XY6A 1REVA 2IGIA 3F9KA 3T3FA 1KFSA 2X78A 2QKKA 4CK3A 3SUNA 1IKXA 1HPZA 3PUFA 3AO5A 5CZ1A 4N47A 3DM2A 3OYBA 3SUOA 1L3TA 4FJLA 4Z4HA 3HSTB 4DTJA 4I9QA 1X9WA 2VWKA 4PA1A 2FBTA 3I0RA 3RMDA 4KFBA 4NCBA 1QSYA 3ZSWA 1IKVA 3LWMA 5CYQA 3ZSYA 1NJXA 2QKBA 3UIQA 1JLGA 4W5RA 3WNFA 4OPJA 2GUIA 3O3GA 2KQ2A 4IG3A 3S3NA 4FK4A 4K8ZA 3VN5A 3ITHA 4B8CA 3O3FA 3DMJA 1VSIA 2YV0X 3ZSXA 1K6YA 3MXIA 1X9MA 3KLEA 1JLQA 3K57A 1HYZA 2XRIA 1SKRA 1NOYA 3D45A 3AVGA 3VQ8A 3V81A 5HLFA 1JXBA 4FJGA 3QIOA 1CXQA 3CFRA 4FLWA 4CJUA 4JRQA 4CJ4A 3QERA 3AVMA 1TVRA 2OPQA 4DSFA 4KB0A 1LWFA 1VK0A 1IH7A 1UOCA 3B6OA 2DFHA 3BGRA 4DSIA 3MECA 2OPSA 3LAKA 3MXMA 2XO7A 3VQEA 3NH0A 3AVFA 3QEVA 4KI4A 3HM9A 2DFEA 1B9DA 4PQUA 3AVNA 4F3TA 5DK5A 2HHQA 4E89A 3OYLA 3HO1A 1HYVA 2E6MA 3MAQA 1S1VA 3HJFA 1TKDA 4ID5A 3SZ2A 1XWLA 4I2PA 4AILC 4B9LA 3TWHA 4FLTA 2HHXA 4CERA 4FYDA 3LZJA 2VG7A 3HK2A 1UA0A 3TAFA 2D0CA 3M8RA 3OJUA 1D9DA 2Y1IA 4FJ5A 1YVUA 2OPPA 2QXFA 4C8OA 3HXMA 3SQ0A 2KZZA 4B8AB 1NK7A 1RBRA 4JRPA 2RKIA 3DYAA 1QSLA 1LAVA 2G8WA 3H08A 4FVMA 4CJWA 3NGYA 2Y1JA 1N6QA 4M3WA 4GMJB 5HBMA 3QIPA 1HYSA 2X6NA 3U6FA 4FM0A 2D0BA 4ICLA 2HNDA 1TV6A 4IG0A 4KTWA 3ZT3A 3NAEA 1U47A 1KVBA 2E6LA 4FZXC 4FJMA 3ASMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KTZA 4HCCA 2OTLN 2ZJQL 3AVCA 3KKSA 3O08A 2Q31A 3PX0A 4CF8A 2GWKA 4JAXA 2BANA 3V9SA 1VQON 1VQPN 4KKOA 3L3VA 4KAZA 3AVHA 4BDPA 4CESA 4IOAL 3ULDA 3HYFA 1XNRK 3AO2A 5FRMA 3H3NO 4CFCA 5AJ3K 4QOZB 4XH1A 4BROA 1DGKN 1XHZA 3L4QA 2JLEA 4H0XB 4KPYA 3WT0A 3R8EA 3J7YP 1BHLA 4B9NA 3SK3A 4WF9L 3OBYA 1VHXA 3LDNA 3FLCO 3O9UA 4FJKA 3C95A 4AH9A 3NH1A 4FLXA 3P38A 2FBVA 1SS6A 4CIEA 4N41A 4E7JA 1C1BA 1S1UA 4M3UA 4AHTA 3O8MA 3E9LA 2E8AA 1SL1A 2V52B 3K2PA 3L0QA 4BACA 3KTQA 1QVFM 4CJFA 1VQ5N 1HKBA 2FC0A 1NK6A 3G71N 5AQYA 1TK0A 3QEXA 3G10A 4OGEA 3LANA 5BRFA 1JLBA 4MDBA 4JKCA 1MWKA 3VQ4A 4AHRA 4KREA 4ISEA 2FBYA 3A0IX 3ZX2A 3HOSA 1TKZA 4DUYK 3EKUA 4H5VA 4O44A 2HF4A 3O9SA 4MLEA 1Q86O 3ZT0A 4CHQA 1FKOA 4CBXA 3DXMB 1DTQA 4GNIA 2Z1IA 3MEGA 2IVOA 1E4GT 1RBSA 1ASUA 2Q3SA 5C15A 1FXXA 3OYNA 3OYDA 2NRHA 4J2BA 3NGIA 4MLHA 3C6UA 4IFVA 1TKTA 3EEQA 4IJNA 1YVNA 4OKJA 3CCQN 4H0YB 3WQUA 2GEMA 4Y0WA 3IUCA 1KLMA 5HRRA 1T05A 3BY5A 3CCEN 3HI0A 2G8IA 3RR8A 3O4WA 1WAJA 4WFNL 3OYMA 3HBTA 1CZ9A 3UB5A 3TI0A 5BN9A 1Z6RA 3NHGA 5KPZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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