4KB3A

Crystal structure of the mitochondrial peroxiredoxin from leishmania braziliensis in the decameric form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
ATVRDPAPQFSGKAVVDGAIKEINSNDYKGKYIVLFFYPMDFTFVCPTEIIAFSDRYLEFEKLNTQVIAVSCDSEYSHLAWVNTPRKKGGLGEMKIPVLADKSMEIARDYGVLIESAGIALRGLFVIDKKGTLRHSTINDLPVGRNVDEVLRVVEAFQYADEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the mitochondrial peroxiredoxin from Leishmania braziliensis in the decameric form
rcsb
molecule keywords Peroxidoxin
molecule tags Oxidoreductase
source organism Leishmania braziliensis
total genus 50
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2013-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4kb3A00
1O85A 4IP1A 3W8SA 1PQNA 1QGVA 3FK8A 5CRWA 1U88A 4GWRA 2VL9A 2R37A 3M1GA 1FAAA 4E8EA 4I6XA 4HU7A 2OADA 1Z7PA 1XW5A 2C0FA 3DD3A 4ECIA 5HR2A 5CRGA 4IJIA 2NTOA 3GL3A 1E6BA 4AGSA 4HJMA 4TR0A 4F82A 2G0FA 13GSA 8GSSA 2JACA 2C3NA 2ALBA 3A5WA 2H73A 1DSBA 1M0UA 2MMAA 3EVIA 5B8AA 1HQOA 2GQLA 1JZOA 2VD0A 2YZUA 3FW2A 3KMOA 3RBTA 4LA1A 5AISA 2LJAA 5DAKB 5GAND 4RUVA 2P5RA 1F6MC 3CTGA 4PQ1A 4IVFA 2FUG2 2HI7A 4X0XA 2DMLA 5CAXA 1LU4A 4O5RA 4IN0A 5IQYA 4KSMA 2EIOA 4MP4A 4ZIJA 1T00A 4ZL8A 1Z6NA 2K9FA 4TR1A 3IOSA 2V6KA 4OFNA 1A8YA 2OE1A 3APQA 1EP8A 2J23A 2YWNA 3VWWA 1TU8A 1ZCPA 2MMNA 3GHAA 3QAGA 1UC7A 2V1MA 1R5AA 3PINA 2N5AA 4KE3A 4LL4B 4ACSA 4K7IA 11GSA 3G7IA 2P5QA 3HZ4A 3VK9A 4MF7A 1FOVA 3TUEA 3EYTA 1NSWA 2C3TA 2KLXA 3BCKA 2YWIA 3GYKA 4RI7A 1EWXA 3LYPA 2F3MA 5IMZA 3PH9A 2GSQA 3ZITA 4PX1A 1A2MA 5G2ZA 6GSUA 2H76A 3GL5A 4F03A 4NHWA 2V6OA 3C8EA 4K2DA 1BYEA 1GTBA 2CV4A 4ISDA 2KOKA 1ABAA 1UVZA 3M9JA 2OJLA 3ME8A 1RW1A 1OE7A 4ZL7A 3GKXA 5DJMA 2VCXA 4OCEA 3ZYWA 2K6VA 1BQ7A 5ECRB 1SJIA 3A2XA 1W4VA 4KX4A 1HNAA 1RQMA 5A4WA 3LORA 1KEBA 1JZWA 1X9MB 3ERWA 1E2YA 3RAZA 1K0BA 3W6GA 5DALA 1R4WA 2C4JA 4DSRA 5ECMB 3IHQA 1K0AA 2DJKA 1BX9A 5LNKe 3HYPA 4TKYA 5AN1A 3UMAA 5CRDA 5F0GA 1ACVA 1GUMA 2YWOA 3RPPA 2RUEA 2I81A 1YF0A 1GSUA 4YAVA 2CT6A 2OE0A 2CVKA 3QAVA 2NBSA 2AYTA 1V40A 1T4ZA 2HZFA 3UVTA 2HXKA 4MZWA 4WETA 4QL9A 3A2WA 2IFQB 1XBSA 4Q5RA 1PGTA 1OKDA 5HR1A 5G5EA 2GLRA 2YN1A 4DSSA 3L9UA 3KZQA 2HZEA 5HFIA 1K3YA 4N10A 5HR3A 2WB9A 3QMXA 3GKMA 2FWEA 3C73A 3K8NA 3HZ8A 2HFDA 3C1RA 3U5RE 2L4CA 2X8HA 2OBKA 4XRDA 5DQSA 3ZLPA 3TOTA 4TXVA 2H19A 4KCAA 4KDXA 2TRCP 3TKQA 2H01A 1A0FA 1W89A 1M2AA 5B7CA 2I4AA 3ERGA 3IDVA 4NHZA 1MD3A 3SWLA 3P90A 3SBCA 4ML1A 1R7HA 2FY6A 4DSQA 2PVOC 4OD7A 4GQCA 4V1Ap 2VL2C 5HFGA 2PVQA 1BEDA 3FR6A 3TOUA 4V2LA 4K1FA 3LJRA 4MPFA 3GRXA 1WRYA 1YZXA 3QFBC 1G0TA 5EPFA 1X0RA 2H30A 3MDKA 2I1UA 2DIYA 2ON7A 3F9UA 1T3BA 5IM9A 2OKAA 3KTLA 5GZZB 3HHVA 2GS3A 3O76A 2MBSA 4WXTA 5IMAA 2VIMA 4KDYA 1F2EA 3I6AA 4RI6A 3D4TA 5B8BA 3D4MA 2H1GA 1SK1A 1VF1A 2J9HA 4FYUA 1GNWA 2YZHA 2AB6A 1USBA 1OC9B 1ML6A 2JZSA 1HNBA 4GXZA 3I69A 3IA1A 3CRUA 2GZZA 4EE0A 4L5OA 5F05A 1N2AA 4OFTA 1AUCA 3GTUA 1XWKA 2B3SA 2BJXA 2FA4A 1SYRA 3F3QA 1GULA 3P8WA 2XBIA 3OR5A 16GSA 1SKWB 1OC8A 1FO5A 1V2AA 1V9WA 5ECQB 5A5KA 3GKKA 1YDKA 2DLXA 4ZB6A 3M3MA 2FGXA 4N0ZA 2VCVA 2WDUA 2C0DA 2MMOA 2YANA 1VRSD 2YNXA 2K8SA 2EC4A 3KMNA 5GSSA 5CYYA 1K0CA 4G10A 2YV7A 3BOAA 1NW2A 1TP9A 3HVVA 5AIXA 2LRCA 4J2FA 4HU9A 1GSQA 2H1BA 1XCCA 5B6NA 3QAWA 2YOIA 1ZZYA 4EXJA 1MDJA 1A2LA 4EDYA 1ERVA 2FWGA 1F3BA 1S3DA 4KAEA 1YEPA 5IO0A 2IMIA 4WBJA 5ELGA 4N30A 2JZRA 2MMZA 4PXOA 4NAXA 1QUWA 1T8EB 2GGTA 2ES7A 1URMA 3CMIA 1SKRB 3GSSA 2DBCA 3KD0A 2IPAA 4KSOA 2KP1A 5JCWA 1TI1A 1YKCA 3IR4A 1G6YA 2C8UA 3P2AA 2AHEA 1ON4A 3ZFLA 1AQXA 2GSTA 5HFKA 3TJGA 2O7KA 1AAZA 1EOGA 3G9BA 3GURA 1VF4A 4JZQA 4YQUA 4ZILA 3UBKA 3Q18A 3TCOA 4BPYA 3EINA 1A8LA 2AUVA 3GKNA 1T4YA 4HQSA 6GSVA 1VF2A 2I9HA 1J9BA 3MAKA 2L6CA 1HYUA 3WGEA 1OVNA 5CP1A 4HZ2A 3E3EA 1A0RP 1XWBA 19GSA 3RHCA 3TKSC 3HVSA 3TRXA 22GSA 1PX6A 2GZPA 1BJXA 5ID2A 3QPMA 5JWQB 2GQKA 1Z3EA 1YJ6A 4D73B 4GCIA 4YH2A 2DJJA 2FWFA 1JFUA 1GTIA 2C80A 2V2GA 1KNGA 2PUKC 4JU5A 4RQXA 3UIWA 1AIUA 1MDKA 2BTOT 5FWGA 3DXBA 4G19A 3NOFA 4JRRA 3IAS2 5EY6A 3O6TA 3HJPA 3ZIVA 4K7NA 1FVJA 2IL3A 2WZ9A 1XWGA 3IE3A 4XS1A 2RM6A 4MDCA 3FZAA 3KH7A 1FHEA 3F4SA 20GSA 4FYBA 1AQVA 2A2RA 4KCEA 5HQPA 3Q19A 3D5JA 3LG6A 2WULA 2X64A 1PN9A 5KN2A 4BVYA 4JBBA 3QR6A 1Z5YE 3VPQA 1XPVA 1M9BA 5KEJA 4HQZA 1VGLA 3DIEA 4PNGA 1HD2A 4KDUA 5G1LA 5G31A 3FKFA 18GSA 2CVDA 5C04A 5D96A 1M2BA 4TR1B 1EEJA 3L0HA 3JCML 1Q4JA 4TN8A 3DKSA 3WGDA 4EO3A 3LYKA 4XS6A 3S9FA 4KB3A 4DEJA 5H5RA 3QDNA 1EGRA 4TR4A 2TRXA 2XPDA 2BMXA 1S3AA 3HA9A 4DVCA 4I8BA 4I97A 4EL1A 3EURA 2CAQA 1GL8A 3DMLA 3QOUA 1JLWA 2HLSA 1UA5A 4BWSA 1Z7RA 5G1KA 3FRCA 4G2EA 1PRXA 2M72A 1O7UA 3UL3A 4XRAA 1SJ6A 4PQIA 3CSIA 2H0IA 4HI7A 3E0UA 4L0WA 1CQHA 4E8HA 1K0DA 1U6TA 2DSAA 2VL2A 3EU4A 4TRXA 4IP6A 1ERTA 4MK3A 2V32A 4K9ZA 1SU9A 2KHPA 1YEXA 3MSZA 4LLRA 3VWVA 1A23A 4LMWA 2P0GA 4HUAA 4ZBBA 2H6ZA 2OACA 2QSIA 3VFIA 1FVKA 5IMFA 4POBA 1XVWA 1TRUA 1GSFA 2R4VA 2CVBA 3F8UA 2NDOA 5J3RA 2RM5A 4ZXGA 5IMVA 1XIYA 5C00A 3KP9A 4GRFA 3H93A 2IMEA 3DYRA 2B6MA 2GVPA 3A2VA 1PMTA 1FB0A 3VLNA 4FO5A 14GSA 5E4WA 3EMXA 1MDIA 1B9XC 1H75A 2C0EA 4K7OA 5J9CA 5D9XA 4FIWA 2KUCA 2C3QA 3H1NA 3RDWA 4TXOA 4TVEA 2QKEA 3HDCA 2B5YA 2PN8A 5F06A 2JSYA 3H4KA 4N0VA 2O85A 3LFLA 3IBHA 1T7PB 4ZBDA 4DSSB 2E2MA 1AC1A 2HE3A 2YJ7A 3ZMKA 2HZEB 2WFCA 2CQ9A 1Z6MA 3APOA 5ECLB 3PGTA 3ME7A 5INYA 3VWXA 1DBYA 4XCSA 2K18A 1PL2A 3NIVA 3HJOA 5JWOB 1GSYA 2L5LA 4EC0A 2VOCA 5J9BA 4WBRD 3LWAA 4AF2A 1PSQA 5J4UA 2F51A 2H8LA 2XBQA 1WWJA 2O8VB 4MJAA 2IMFA 1SK2A 1MTCA 2G2QA 1WPIA 1EP7A 4F9ZA 1MD4A 1TDIA 4ZBAA 2L4QA 4J56E 3CTFA 1CQGA 3TJJA 5G30A 5KN0A 3FZ9A 5CREA 3APSA 1XOAA 4O32A 2K8VA 4EF0A 2QGVA 1TK0B 1PD21 4TR3A 4NPBA 4TW5A 2CZ3A 2VM1A 2H0GA 2IWTA 1BAYA 1V98A 1XW6A 2LEGA 1NM3A 3TJKA 4O7HA 5H5QA 2VCQA 1NHYA 4WEYA 1B48A 5EVOA 5H5SA 5FHIA 2GQMA 1ZYEA 2H1AA 1EEMA 3LSZA 5KN1A 1S3CA 1VF3A 3EC3A 1C72A 2R2JA 4MJCA 3KXOA 2AV4A 3QCPA 2XC2A 1GUHA 3QFAC 1I5GA 2IJYA 3ZRDA 2GDRA 1TRWA 3A3TA 5IPGA 1FW1A 3WD6A 1SD9A 3BCIA 4AJ6A 4OMVA 4WF4A 1IYHA 1TKDB 3GX8A 1NHOA 3O3TA 4AJ8A 3CSJA 2JL4A 3TKSA 2VLUA 2C1YA 3VPTA 4FYCA 3FHKA 3GTUB 3DWVA 4K6XA 1XVQA 2JZTA 3FR3A 3TDGA 2H66A 2WRTA 4NV2A 1B9YC 4L8EA 5IO2A 2IN3A 1OAZA 2N5FA 3C71A 3WGXA 3LGCA 1B8XA 2H6XA 3TJBA 1X5EA 2FWHA 5ECKB 4XS4B 1PA3A 12GSA 5ECNB 4L0UA 2LRNA 2PU9C 2ZCTA 4WR5A 3KP8A 1QMVA 3UVHA 1JZDA 3ZREA 1G7EA 3UAPA 2PMTA 4MPGA 4PUAA 4IQAA 3IK9A 3IXRA 3ZVJD 2OA7A 1XW9A 1MEKA 4LL1B 2PGTA 2X8CA 1TTZA 5DDLA 1KTEA 3ZIJA 4ZB8A 1B4QA 5ELAA 2IIYA 2R3XA 1XOBA 3VWUA 1GUKA 2YWMA 4JR4A 1O8WA 5ECIB 4IGJA 6GSYA 3L4NA 1XWCA 1EZKA 1F37A 4Q5NA 4K0GA 1GSEA 2EIRA 3V1WA 3KJYA 1GTUA 5AGYA 4WR4A 2LQQA 4HJ2A 1O73A 2B5EA 2ZNMA 1Y25A 4IBPA 4K0NA 5IMCA 3VI5A 3F6DA 2H71A 1G7OA 4GF0A 3Q6OA 2MZCA 3ZTLA 5D9WA 2DJ1A 1G6WA 4NV5A 1V57A 1TK5B 2GSRA 1U3AA 2R5GA 2CZ2A 2YCDA 4F0BA 1AXDA 5DBQA 1F9MA 2GT6A 2REMA 2E2GA 1PL1A 3ISOA 4MF5A 3FY7A 3WT1A 4MJEA 2N5BA 2A4VA 6GSXA 2H72A 2HT9A 4JE1A 1TJDA 2DIZA 1N8JA 5ECPB 5D9TA 3D0ZA 5D8IA 4EKZA 1OE8A 4IHUA 1Y6EA 3N5OA 2M46A 3DRNA 3UEMA 2GSSA 2A2SA 4I2TA 4WF5A 5LD0A 2JSZA 5FT3A 1SD8A 2HRFA 5D9VA 5COHA 4EUYA 2RUFA 3F63A 2H6YA 1GSDA 4CW9A 4CDOA 1SYXA 4PURA 3M0FA 4JR6A 3GX0A 2LUSA 5JWRB 3LXTA 2B5XA 2FLSA 3IPZA 4D73A 4POKA 4V2NA 2AJQB 1J08A 1QXHA 1YQ1A 2VCZA 1AW9A 4POMA 6GSSA 5GAPD 3HXSA 4Z7XA 4MMMA 3N9JA 4HS1A 2LNTA 4PGTA 1PKWA 5IPHA 4F2IA 4MCUA 1U87A 3IK7A 2VO4A 4XIHA 1IYIA 4EVMA 4YQMA 4J57E 4KA0A 2FA8A 3DVXA 4OO5A 5A4VA 4I5QA 2EIQA 5ECSA 3HKRA 5D93A 3GH9A 1ZOFA 4V2MA 5HR0A 3PR8A 3H79A 2DMMA 3GH6A 2P31A 1ZGNA 1TXXA 1YY7A 2RIIA 4IW9A 4ECBA 2F8AA 1XXUA 3Q74A 4GSNA 5CO3A 4I2UA 3KM6A 5ECOB 2JADA 2VL3A 4RQRA 5DAKA 6GSTA 3EU3A 1Z9HA 7GSSA 3KIJA 2VM2A 4MABA 2PWJA 1X9SB 4GSSA 1O81A 4XTSA 1SL0B 3ZVJA 3GN3A 4GQFA 4IJ3A 1SKSB 4KW6A 2YP6A 1ZMAA 3IRAA 2M80A 2C0GA 5JCUA 1SJZA 4YQVA 1R5PA 1GH2A 5E59A 1THOA 2B7JA 3KGKA 2LJKA 4OFMA 5JCGA 4ILFA 3QD9A 3UBLA 3GNJA 1AQWA 2FCHA 1WIKA 2LQOA 4ZL9A 3TKSE 2B1KA 1LBKA 3IAM2 3IC4A 2RLIA 1GRXA 5DQYA 1GWCA 1EV4A 2H0HA 1XFLA 3FEUA 4MA9A 3DVWA 2JU5A 2X99A 4KGIA 5CRHA 4IQ1A 3E9JB 2WS2A 4ID0A 2WJUA 1K0MA 3KTBA 1M2DA 2D2ZA 1YKAA 1M7TA 3UARA 3ZZXA 1K0OA 5DALB 1QQ2A 4F0CA 4MLYA 3J7Yb 3AY8A 3C1SA 5A4UA 1OC3A 2L57A 2B7KA 3LQ7A 4OO4A 3CSHA 2NVLA 1FB6A 4JEDA 4NXIA 5IOXA 5GSTA 1X9WB 4ML6A 5IOWA 1O6JA 2L6DA 4TXOB 3CRTA 3GSTA 1T1VA 3TGZA 3TJFA 3J7Yk 1BG5A 1EOHA 3RPNA 4KNDA 1ZL9A 1RK4A 3F0IA 1EGOA 2PPTA 2O89A 3F3RA 1QFNA 4MZBA 2GTUA 2CAIA 6GSWA 1ZYQB 2IFQA 3UOMA 4WKWA 3M8NA 4AJ7A 2LSTA 4TOPA 2H75A 3H8QA 1X5CA 2ON5A 3F4TA 4G9HA 2LV3A 4Q5QA 1TRSA 2B1LA 1B4PA 1JHBA 1XWAA 3M9KA 1JLVA 4V1Ag 4PNFA 2KP2A 1HNCA 1U3IA 2VAFA 5DCGA 4MZCA 2R6KA 4NMUA 1DE2A 2QC7A 1PX7A 17GSA 4BL7A 2DJ0A 2PBJA 1GNEA 2VCTA 4N11A 4GTUA 9GSSA 1ERUA 4X1UA 2HSYA 2LS5A 4ZB9A 3US3A 2TIRA 2GT5A 2VCWA 1SK0A 3LEFA 3WYWA 5J5NA 2IMKA 2VLVA 4IELA 1K0NA 4CHSA 2FHEA 3D21A 1THXA 2NPBA 2O87A 5LCZA 2H74A 2WCIA 3D6IA 4IKHA 3BD2A 3L9VA 3VURA 1A24A 3WT2A 3F6FA 3DGQA 4XHMA 2L59A 10GSA 3FR9A 2ZUPA 3EE2A 3FZ4A 3VI7A 1GSSA 1EV9A 2YPMA 3NZNA 1XZOA 1O8XA 3W8JA 5DVBA 2LNSA 1K3OA 2DC5A 4ECCA 2H1DA 1WE0A 2FNOA 2H70A 1A2JA 1F3AA 2L5OA 2LRTA 2Z9SA 1GLPA 2F8FA 4GSTA 3TRPA 3HY2A 5ECHB 2VUPA 2HNLA 4OCFA 1UN2A 1TI3A 2V41A 3EMPA 3I9V2 1OC9A 3GIXA 1SL1B 2CX4A 3G7YA 1ERWA 1TRVA 3HCZA 2E0QA 1WJKA 4MH2A 4P3YB 1TK8B 2LTKA 5J41A 1I9DA 4MJBA 1PKZA 2GZYA 2PERA 3FZ5A 1J0FA 3GV1A 1TU7A 2DJ2A 2YJHA 4OWYA 1M9AA 3HD5A 2CA8A 1ILOA 3ED3A 2AAWA 3R2QA 3TB2A 4XS4A 1DE1A 1FG4A 3HJMA 2OE3A 3L9SA 3BJ5A 4FH8A 5AIVA 3MWHA 5L71A 3KH9A 1JZRA 4HDEA 5IMDA 1OKTA 1QK8A 2VD1A 1R26A 3I43A 4KH7A 4PQHA 3TKPA 5B6MA 1M99A 1K3LA 3D22A 1X5DA 4ECJA 1GLQA 4Q5FA 4MF6A 5DCHA 3GUSA 1Q98A 5ABRA 4HZ4A 4QL7A 1WP0A 5EL8A 5D73A 3EWLA 3CYNA 2XPEA 5G5FA 4IS0A 1WMJA 3GMFA 3ERFA 4HEA2 5ENUA 2FD3A 2X8GA 4BA7A 2LKUA 3G7JA 2MBTA 4HOJA 2OBIA 1TW9A 4ULXA 5DJLA 1OYJA 1ST9A 2F9SA 3GA4A 1YF1A 3BBYA 4KUNA 4L5LA 3U6VA 1LJRA 4NWYA 5IIZA 3TRQA 4H86A 3LXZA 2CX3A 2XHFA 3CBUA 1GTAA 2HSHA 1KBNA 5CNWA 2I3YA 2IMDA 3UJ1A 4POLA 2DJ3A 3ZFBA 1GP1A 3KEBA 1SENA 3P7XA 4BVXA 3GFKA 1WOUA 5ID2B 2WGRA 4MH3A 4PUFC 4EDZA 3C7MA 3ZL5A 5F07A 3MNGA 4LMVA 4YAPA 1H4OA 3KCMA 4X43A 4BWQA 2YV9A 4QQ7A 2VLTA 5F8BA 4GLTA 4O92A 2MYGA 2E7PA 3ZMLA 1DUGA 2HYXA 3CXGA 4K8MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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