4KCXA

Brdt in complex with dinaciclib
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
TNQLQYLQKVVLKDLWKHSFSWPFQRPVDAVKLQLPDYYTIIKNPMDLNTIKKRLENKYYAKASECIEDFNTMFSNCYLYNKPGDDIVLMAQALEKLFMQKLSQMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Cyclin-dependent kinase inhibitor dinaciclib interacts with the acetyl-lysine recognition site of bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain testis-specific protein
source organism Homo sapiens
molecule tags Cell cycle/inhibitor
total genus 38
structure length 106
sequence length 106
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4kcxA01
5DFCA 2GRCA 4J0SA 4TT6A 5A85A 3UV4A 5F1LA 5CZGA 3JVJA 4MR4A 4YY6A 5CPEA 5DKDA 5E3DA 3GG3A 5F60A 3HMHA 5H85A 2I7KA 5DY7A 4IORA 5FE8A 5I29A 4O7AA 5D24A 3LQHA 5L96A 5HFRA 1N72A 4MR5A 2YW5A 4NYVA 5DFDA 5EPSA 5FFWA 4IOQA 5D3SA 4A9KA 5D0CA 5A5QA 5FB1A 4PY6A 4Z1QA 4NQMA 2DVRA 4YH3A 4LZSA 2WP2A 5TB6A 4QSXA 3P5OA 3UVWA 4TT4A 4PCIA 4PTBA 4BHWA 4HBXA 4NR4A 3LQJA 2R0VA 5EGUA 4CLBA 5I88A 4A9JA 4CUSA 5IG6A 5I86A 5F63A 3Q2FA 4A9EA 5CQ5A 2H60A 2YEKA 5CUBA 2YDWA 4QR3A 5FE0A 5FE5A 5HQ5A 3JVKA 3P1EA 2RFJA 5F3AA 5BT4A 5D3RA 5E74A 5A5RA 5CS8A 5BT5A 5DFBA 5CU8A 2I8NA 4QSVA 2DVVA 5HRWA 4LDFA 4QEUA 5EICA 4C67A 4O72A 3NXBA 5EQ1A 5EU1A 4OUFA 5ETDA 5EWHA 5G4RA 4XY9A 3G0JA 5CY9A 4BW3A 5CUCA 5E9IA 5EISA 2NXBA 4ALHA 3IU6A 5F2PA 4QSUA 4UIUA 3MQMA 4YAXA 5HELA 4TZ8A 5ENFA 5CUGA 4E96A 5DLZA 5D3JA 2RO1A 5FE4A 3D7CA 3U5LA 4CURA 3UVXA 5HM0A 5F5ZA 4O77A 5CGPA 4YABA 2R0SA 5FE2A 5C4QA 5II2A 5D3LA 4LR6A 5C89A 5HEMA 5LVQA 5CP5A 2DKWA 4O7CA 4O70A 3QZVA 4WIVA 5E9YA 4NRCA 4YY4A 2DVSA 4A9LA 4NR9A 4N3WA 3AADA 4Z6IA 5D26A 5E3GA 5FE7A 3ZYUA 4O74A 5A83A 4MEOA 3LJWA 2D82A 5F1HA 5ENGA 4PKLA 3IU5A 4N4FA 5L98A 5H1TA 5JWMA 5H1VA 4F3IA 3O33A 2RNXA 5FH7A 5IGNA 5A5OA 4HXKA 3SVHA 5IGLA 3UVDA 5L8TA 5LKTA 5FE1A 5FFVA 3LXJA 5DYUA 2G4AA 4LZRA 5L8UA 3TLPA 5A7CA 4UYFA 4NR8A 3O34A 4NYXA 5FG4A 5D3PA 5F25A 5E9LA 2RNWA 5ENBA 5KU3A 4NR6A 2YEMA 4A9OA 5A81A 4X2IA 5COIA 4YH4A 4TQNA 2R0YA 3QZSA 4NUCA 4A9MA 3O36A 4IR5A 5FFYA 5EPRA 4QZSA 2YQDA 4UITA 4NUDA 5KTUA 3UVYA 3MB3A 5HFQA 5HJCA 5FE9A 5KHMA 5LVRA 5CQTA 5I80A 3DWYA 3FKMX 4YATA 4O7EA 5EI4A 4RVRA 3G0LA 2L84A 4QSPA 4J1PA 5FG5A 2RI7A 4QSQA 4A9HA 5KTXA 4YYKA 5LKZA 3HMEA 5HENA 3P1DA 5E9MA 4NUEA 3UV2A 5AD2A 4UYEA 5LKUA 5IBNA 4XUBA 4HXRA 5I7XA 4PCEA 3I3JA 4LZ2A 1E6IA 4J3IA 5A82A 5E9KA 3QZTA 3U5MA 3DAIA 4LC2A 5CTLA 4UIXA 5FE3A 4QC1A 3RCWA 5CUDA 4UIWA 5I89A 4LYWA 5DYCA 5ACYA 4YYGA 5F61A 4MENA 4QY4A 2OSSA 5J0DA 5HQ6A 5ENEA 4A9NA 4UIYA 4KV4A 4QSSA 5CRZA 1WUMA 5EPBA 2F6NA 5FDZA 5FBXA 4QR4A 4HXOA 4O7BA 4WHUA 3UW9A 2N9GA 5CQ4A 5DW1A 4QSRA 4TU4A 5FG6A 4IR4A 5EM3A 4YADA 3Q2EA 5I7YA 4O71A 4MEQA 4IOOA 4ZC9A 4NR7A 5KO4A 3MXFA 3P1CA 4IR6A 5HCLA 4OGJA 5C87A 4UYGA 4XUAA 3U5JA 4NQNA 4QBMA 5IGKA 3O37A 5II1A 5D25A 5D3HA 2YYNA 2KTBB 4J0RA 4QR5A 5L97A 5A5SA 5FH8A 5C8GA 4NS5A 5EWCA 1JSPB 4O7FA 4WHWA 4NRBA 2OO1A 4NYWA 4QC3A 5DYXA 4NXJA 2DVQA 4HXPA 4BW1A 4UIVA 4YYIA 1F68A 5EK9A 5LKXA 5H1UA 4OGIA 4TS8A 4YYJA 5ENCA 4UYHA 5HQ7A 5LUUA 2R10A 2L85A 2F6JA 4N4IA 4TYLA 4CUQA 5JI8A 4YYMA 4QEWA 3S91A 2L5EA 5EV9A 4O76A 5ENIA 4IR3A 5DYAA 4YC9A 4MR3A 1JM4B 5IIDA 4TT2A 4QYLA 4BW2A 2RS9B 4Q0OA 4UYFB 5D3NA 4AKNA 4YBSA 2WP1A 5ENJA 5KTWA 5CQ7A 4DONA 3UV5A 4HBWA 5K29A 2E3KA 4HXSA 1WUGA 4HBVA 3O35A 4CFLA 5LJ2A 4CUTA 2E7OA 3U5KA 5F36A 4QUTA 4ZQLA 5C85A 4O75A 5E9VA 4Z1SA 4QB3A 2LSPB 2MJVB 4TU6A 5I1QA 5FB0A 5CQ8A 5D7XA 3JVLA 3ONIA 5LJ1A 3K2JA 4NR5A 4YYDA 1X0JA 5AD3A 5DKCA 4BJXA 5C7NA 1ZS5A 2FSAA 2YELA 3MULA 5A5PA 3S92A 5F62A 5DX4A 4A9FA 5A5NA 4TTEA 4NRAA 5EVAA 4Y03A 5FE6A 4C66A 5DBMA 5ETBA 5L99A 5E0RA 4YK0A 4QNSA 5EWVA 4HXNA 4ZW1A 4YYNA 4PS5A 4LRGA 3SVGA 5BT3A 3MB4A 4QSTA 5I40A 5D3TA 5LJ0A 4KCXA 5CUAA 5EWDA 5CUEA 4LYIA 5AMFA 4MEPA 5HLSA 4TZ2A 2D9EA 5ENHA 5G4SA 4KV1A 4FLPA 4N4GA 4ALGA 5DKHA 4MR6A 4XYAA 4HXLA 5TCMA 4CFKA 4YYHA 1EQFA 2DATA 5CQAA 2RNYA 4CUPA 5I83A 4Z93A 3MUKA 4YBTA 5HRVA 4HBYA 3JVMA 4QYDA 5AMEA 5CQ3A 5HRXA 2OUOA 5CQ6A 5DLXA 3LQIA 2DWWA 4LYSA 4BW4A 5DW2A 2E7NA 4O78A 4N4HA 4Q0NA 4QUUA 5EP7A 5E7DA 4A9IA 4CUUA 3U5NA 3AQAA 4GPJA 5CRMA 4YBMA 5EWWA 5IGMA 3SVFA 3HMFA 3U5PA 4QEVA 5E73A 5FH6A 4UIZA 4XY8A 4QSWA 5EA1A 3P1FA 4HXMA 3U5OA 4UYDA 4CL9A 5CFWA 4Z6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DFCA 2GRCA 4J0SA 4TT6A 5A85A 3UV4A 5F1LA 5CZGA 3JVJA 4MR4A 4YY6A 5CPEA 5DKDA 5E3DA 3GG3A 5F60A 3HMHA 5H85A 2I7KA 5DY7A 4IORA 5FE8A 5I29A 4O7AA 5D24A 3LQHA 5L96A 5HFRA 1N72A 4MR5A 2YW5A 4NYVA 5DFDA 5EPSA 5FFWA 4IOQA 5D3SA 4A9KA 5D0CA 5A5QA 5FB1A 4PY6A 4Z1QA 4AI6A 4NQMA 2DVRA 4YH3A 4LZSA 2WP2A 5TB6A 4QSXA 3P5OA 3UVWA 4TT4A 4PCIA 4PTBA 4BHWA 4HBXA 4NR4A 3LQJA 2R0VA 5EGUA 4CLBA 5I88A 4A9JA 4CUSA 1PUOA 5IG6A 5I86A 5F63A 3Q2FA 4A9EA 5CQ5A 2H60A 2YEKA 5CUBA 2YDWA 4QR3A 5FE0A 5FE5A 5HQ5A 3JVKA 3P1EA 2RFJA 3ERRA 5F3AA 5BT4A 5D3RA 5E74A 5A5RA 5CS8A 5BT5A 5DFBA 5CU8A 2I8NA 4QSVA 2DVVA 5HRWA 4LDFA 4QEUA 5EICA 4C67A 4O72A 3NXBA 5EQ1A 5EU1A 4OUFA 5ETDA 5EWHA 5G4RA 4XY9A 3G0JA 5CY9A 4BW3A 5CUCA 5E9IA 5EISA 2NXBA 4ALHA 3IU6A 5F2PA 4QSUA 4UIUA 3MQMA 4YAXA 5HELA 4TZ8A 5ENFA 5CUGA 4E96A 5DLZA 5D3JA 2RO1A 5FE4A 3D7CA 3U5LA 4CURA 3UVXA 5HM0A 5F5ZA 4O77A 5CGPA 4YABA 2R0SA 5FE2A 5C4QA 5II2A 5D3LA 4LR6A 5C89A 5HEMA 5LVQA 5CP5A 2DKWA 4O7CA 4O70A 3QZVA 4WIVA 5E9YA 4NRCA 4YY4A 2DVSA 4A9LA 4NR9A 4N3WA 3AADA 4Z6IA 5D26A 5E3GA 5FE7A 3ZYUA 4O74A 5A83A 4MEOA 3LJWA 2D82A 5F1HA 5ENGA 4PKLA 3IU5A 4N4FA 5L98A 5H1TA 5JWMA 5H1VA 4F3IA 3O33A 2RNXA 4AKIA 5FH7A 3VKGA 5IGNA 5A5OA 4HXKA 3SVHA 5IGLA 3UVDA 5L8TA 5LKTA 5FE1A 5FFVA 3LXJA 5DYUA 2G4AA 4LZRA 5L8UA 3TLPA 5A7CA 4UYFA 4NR8A 3O34A 4NYXA 5FG4A 5D3PA 5F25A 5E9LA 2RNWA 5ENBA 5KU3A 4NR6A 2YEMA 4A9OA 5A81A 4X2IA 5COIA 4YH4A 4TQNA 2R0YA 3QZSA 4NUCA 4A9MA 3O36A 4IR5A 5FFYA 5EPRA 4QZSA 2YQDA 4UITA 4NUDA 5KTUA 3UVYA 3MB3A 5HFQA 5HJCA 5FE9A 5KHMA 5LVRA 5CQTA 5I80A 3DWYA 3FKMX 4YATA 4O7EA 5EI4A 4RVRA 3G0LA 2L84A 4QSPA 4J1PA 5FG5A 2RI7A 4QSQA 4A9HA 5KTXA 4YYKA 5LKZA 3HMEA 5HENA 3P1DA 5E9MA 4NUEA 3UV2A 5AD2A 4UYEA 5LKUA 5IBNA 4XUBA 4HXRA 4AKHA 5I7XA 4PCEA 3I3JA 4LZ2A 1E6IA 4J3IA 5A82A 5E9KA 3QZTA 3U5MA 3DAIA 4LC2A 5CTLA 4UIXA 5FE3A 4QC1A 3RCWA 5CUDA 4UIWA 5I89A 4LYWA 5DYCA 5ACYA 4YYGA 5F61A 4MENA 4QY4A 2OSSA 5J0DA 5HQ6A 5ENEA 4A9NA 4UIYA 4KV4A 4QSSA 5CRZA 1WUMA 5EPBA 2F6NA 5FDZA 5FBXA 4QR4A 4HXOA 4O7BA 4WHUA 3UW9A 2N9GA 5CQ4A 5DW1A 4QSRA 4TU4A 5FG6A 4IR4A 5EM3A 4YADA 3Q2EA 5I7YA 4O71A 4MEQA 4IOOA 4ZC9A 4NR7A 5KO4A 3MXFA 3P1CA 4IR6A 5HCLA 4OGJA 5C87A 4UYGA 4XUAA 3U5JA 4NQNA 4QBMA 5IGKA 3O37A 5II1A 5D25A 5D3HA 2YYNA 2KTBB 4J0RA 4QR5A 5L97A 5A5SA 5FH8A 5C8GA 4NS5A 5EWCA 1JSPB 4O7FA 4WHWA 3D1BA 4NRBA 2OO1A 4NYWA 4QC3A 5DYXA 1ZKRA 4NXJA 2DVQA 4HXPA 4BW1A 4UIVA 4YYIA 1F68A 5EK9A 5LKXA 5H1UA 4OGIA 4TS8A 4YYJA 5ENCA 4UYHA 5HQ7A 5LUUA 2R10A 2L85A 2F6JA 4N4IA 4TYLA 4CUQA 5JI8A 4YYMA 4QEWA 3S91A 2L5EA 5EV9A 4O76A 5ENIA 4IR3A 5DYAA 4YC9A 4MR3A 1JM4B 5IIDA 4TT2A 4QYLA 4BW2A 2RS9B 4Q0OA 4UYFB 5D3NA 4AKNA 4YBSA 2WP1A 5ENJA 5KTWA 5CQ7A 4DONA 3UV5A 4HBWA 5K29A 2E3KA 4HXSA 1WUGA 4HBVA 3O35A 4CFLA 5LJ2A 4CUTA 2E7OA 3U5KA 5F36A 4QUTA 4ZQLA 5C85A 4O75A 5E9VA 4Z1SA 4QB3A 2LSPB 2MJVB 4TU6A 5I1QA 5FB0A 5CQ8A 5D7XA 3JVLA 3ONIA 5LJ1A 3K2JA 4NR5A 4YYDA 1X0JA 5AD3A 4AKGA 5DKCA 4BJXA 5C7NA 1ZS5A 2FSAA 2YELA 3MULA 5A5PA 3S92A 5F62A 5DX4A 4A9FA 5A5NA 4TTEA 4NRAA 5EVAA 4Y03A 5FE6A 4C66A 3D1DA 5DBMA 5ETBA 5L99A 5E0RA 4YK0A 4QNSA 5EWVA 4HXNA 4ZW1A 4YYNA 4PS5A 4LRGA 3SVGA 5BT3A 3MB4A 4QSTA 5I40A 5D3TA 5LJ0A 4KCXA 5CUAA 5EWDA 5CUEA 4LYIA 5AMFA 4MEPA 5HLSA 4TZ2A 2D9EA 5ENHA 5G4SA 4KV1A 4FLPA 4N4GA 4ALGA 5DKHA 4MR6A 4XYAA 4HXLA 5TCMA 3VKHA 4CFKA 4YYHA 1EQFA 2DATA 5CQAA 2RNYA 4CUPA 5I83A 4Z93A 3MUKA 4YBTA 5HRVA 4HBYA 3JVMA 4QYDA 5AMEA 5CQ3A 5HRXA 2OUOA 5CQ6A 5DLXA 3LQIA 2DWWA 4LYSA 4BW4A 5DW2A 2E7NA 4O78A 4N4HA 4Q0NA 4QUUA 5EP7A 5E7DA 4A9IA 4CUUA 3U5NA 3AQAA 4GPJA 5CRMA 4YBMA 5EWWA 5IGMA 3SVFA 3HMFA 3U5PA 4QEVA 5E73A 5FH6A 4UIZA 2EJNA 4XY8A 4QSWA 5EA1A 3P1FA 4HXMA 3U5OA 4UYDA 4CL9A 5CFWA 4Z6HA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DFC A;  2GRC A;  4J0S A;  4TT6 A;  5A85 A;  3UV4 A;  5F1L A;  5CZG A;  3JVJ A;  4MR4 A;  4YY6 A;  5CPE A;  5DKD A;  5E3D A;  3GG3 A;  5F60 A;  3HMH A;  5H85 A;  2I7K A;  5DY7 A;  4IOR A;  5FE8 A;  5I29 A;  4O7A A;  5D24 A;  3LQH A;  5L96 A;  5HFR A;  1N72 A;  4MR5 A;  2YW5 A;  4NYV A;  5DFD A;  5EPS A;  5FFW A;  4IOQ A;  5D3S A;  4A9K A;  5D0C A;  5A5Q A;  5FB1 A;  4PY6 A;  4Z1Q A;  4NQM A;  2DVR A;  4YH3 A;  4LZS A;  2WP2 A;  5TB6 A;  4QSX A;  3P5O A;  3UVW A;  4TT4 A;  4PCI A;  4PTB A;  4BHW A;  4HBX A;  4NR4 A;  3LQJ A;  2R0V A;  5EGU A;  4CLB A;  5I88 A;  4A9J A;  4CUS A;  5IG6 A;  5I86 A;  5F63 A;  3Q2F A;  4A9E A;  5CQ5 A;  2H60 A;  2YEK A;  5CUB A;  2YDW A;  4QR3 A;  5FE0 A;  5FE5 A;  5HQ5 A;  3JVK A;  3P1E A;  2RFJ A;  5F3A A;  5BT4 A;  5D3R A;  5E74 A;  5A5R A;  5CS8 A;  5BT5 A;  5DFB A;  5CU8 A;  2I8N A;  4QSV A;  2DVV A;  5HRW A;  4LDF A;  4QEU A;  5EIC A;  4C67 A;  4O72 A;  3NXB A;  5EQ1 A;  5EU1 A;  4OUF A;  5ETD A;  5EWH A;  5G4R A;  4XY9 A;  3G0J A;  5CY9 A;  4BW3 A;  5CUC A; 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