The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
56
|
structure length |
54
|
Chain Sequence |
DTYKLILNGKTLKGETTTEADAATAEKVFKQYANDNGVGEWTYDDATKTFTVTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Protein-like Tertiary Folding Behavior from Heterogeneous Backbones.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-
|
| molecule tags |
De novo protein
|
| total genus |
16
|
| structure length |
54
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01378 | IgG_binding_B | B domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XF5 L; 2JU6 X; 4OZC A; 2J52 A; 1FCL A; 1FCC C; 2LHD A; 5HFY A; 5BMG A; 2IGH A; 2K0P A; 2IGD A; 2OED A; 5JXV A; 1FD6 A; 4OZA A; 4D2K A; 1GB1 A; 2EEL A; 2JSV X; 2IGG A; 5BMH A; 2JWU A; 2N9L A; 1YNT E; 4KGT A; 4MAC A; 2ZW1 A; 3FIL B; 5HI1 A; 4IOI E; 2KAC A; 3V3X A; 1K50 A; 2I2Y A; 2QSD A; 2RMM A; 2KDM A; 2KWD A; 2J53 A; 1PGX A; 2JXT A; 1MPE A; 1IBX A; 2GB1 A; 2NMQ A; 1IGD A; 1P7E A; 5HHD G; 2KN4 A; 1HZ6 A; 4IKG A; 1P7F A; 2N9K A; 1QKZ A; 1PGA A; 4OZB A; 1F2R I; 5BMI A; 1IBX B; 2ONQ A; 2QMT A; 2LUM A; 4WH4 A; 1XCQ L; 1IGC A; 1PGB A; 2PLP A; 2LHE A; 1JML A; 4HKZ E; 1ZXH A; 2I38 A; 2ZW0 A; 1K52 A; 2RPV A; 1EM7 A; 1C9F A; 1GB4 A; 1K51 A; 4KGS A; 1UWX A; 2N7J A; 1F2R C; 1KH0 A; 1MHX A; 3FIL A; 3MP9 A; 1YMH E; 2LGI A; 2GI9 A; 1HZ5 A; 1MI0 A; 1Q10 A; 5HG2 A; 1D4B A; 2PW9 A; 2KQ4 X; 1K53 A; 1XCT L; 1MVK A; 2JZP A; 4GLS C; 1HEZ E; 3GB1 A; 3UI3 A; 2PTL A; 1MHH E; 4KGR A; 4HJG E; 2ON8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MC8 A; 4L23 A; 1I4G A; 2LEK A; 4FAD A; 2FID A; 1FD6 A; 4W9K A; 4A3P A; 3V61 A; 1J7A A; 2BKR B; 4H2A A; 3EFU A; 3ZDT A; 2KTR A; 3KYD D; 2CU1 A; 4PS7 A; 3IBE A; 1XLP A; 1GG3 A; 2PVO D; 3ML8 A; 4C56 C; 4ARC A; 1ZE3 D; 3VAW A; 3M62 B; 1P3Q U; 2AL3 A; 3AEF B; 4AS1 A; 2Y5C A; 1DYQ A; 4ZRI A; 4MEM A; 3DBS A; 2WXQ A; 2N9K A; 2B3A A; 4USA A; 2BYT A; 2MX2 A; 2V1Y A; 4A3O A; 1VD2 A; 4PS8 A; 3AUL A; 2BF8 B; 3ZNZ B; 3PHX B; 2ZPN A; 3PT2 B; 2KFJ A; 4WJP A; 1UF0 A; 2BBC A; 2BWE S; 3SEB A; 2FBW B; 4BVU C; 1XXG A; 4LNO A; 2LHE A; 4HJK A; 1ET9 A; 2JQR B; 1YJ1 A; 4BBN C; 1EU4 A; 3AM9 A; 1T3Q A; 1WYW B; 1WE7 A; 4HPL B; 2XK5 B; 4W9E A; 3TSS A; 1MHX A; 4RM9 A; 4FN2 A; 3SHQ A; 5IKC M; 2LGY A; 1A70 A; 4W9J A; 5DPS A; 3VH3 B; 3AE5 B; 1GOZ A; 2BTE A; 1HA5 A; 3UQB A; 4EKU A; 2L8J A; 1QOF A; 1K8R B; 3P2B A; 4ZOH C; 1KFY B; 2J0K A; 1I4R A; 5AZG A; 3B9J A; 4N59 A; 1NI2 A; 3RUL A; 3EHV A; 1VCB A; 2J52 A; 3RNA C; 5BMG A; 3N1Z C; 2KOX A; 3MHZ A; 2IO1 B; 3NHE B; 1LXD A; 2J7Q B; 2PE6 B; 1STE A; 3DHI C; 2LGD A; 3L4P A; 5DCN A; 3Q2A C; 1C78 A; 2IGG A; 1LGR A; 3W2D A; 5LNK 1; 2KN5 A; 1R4M I; 4IW0 A; 1ZKH A; 1WI0 A; 2ZW1 A; 4KV2 A; 2KFK B; 5JHA A; 3E56 A; 4NAW A; 5D3D A; 4LDT B; 1AYF A; 4XWT A; 1WYG A; 2WXO A; 3HVD A; 2DAJ A; 3APF A; 2KNB A; 3BVZ A; 3IFW B; 4KIK A; 3BZD B; 4NJ6 A; 3X23 A; 2GBM A; 1WZ0 A; 2M0A A; 3PS6 A; 1PDX A; 1LO5 D; 1SGH A; 1PGA A; 3AU5 A; 3GE3 C; 1L7Y A; 2OJR A; 4II2 B; 4MM3 A; 1FM0 D; 1TS4 A; 2N7E A; 2LWP A; 2IND C; 2O6V A; 4HKZ E; 1XT9 B; 3A33 B; 3MC0 B; 1K51 A; 4KDL B; 2FNJ B; 4CO7 A; 2KMA A; 4HDO A; 1HTQ A; 3W1Y A; 1WJU A; 1VJK A; 2PPH A; 3LJ3 A; 5EE9 A; 2REX A; 3VFK A; 3BYT B; 1PUT A; 1RAX A; 4YTN B; 3HM6 X; 2VH1 A; 3T9L A; 1J0G A; 5AEK B; 1M94 A; 2BGF A; 4F7Z A; 1E7V A; 1V6E A; 3R7Q A; 2HJ8 A; 4M8M A; 1SE2 A; 1ZDV A; 3EEC A; 3W1S A; 3V05 A; 3GE8 C; 1FFU A; 1FCL A; 1ZOY B; 1IUE A; 3MTN B; 4JGH B; 3B2G A; 1GAQ B; 3R2T A; 2HTM E; 3AB5 A; 1T0Y A; 1RYJ A; 3Q8F A; 4ANW A; 3X0W A; 3VRB B; 2DEN B; 4D2K A; 3NY5 A; 1SE3 A; 3DOW A; 2VZK D; 2WDQ B; 3RD2 A; 3ZJU A; 2Y5B B; 4XGA B; 1TY2 A; 3V3X A; 2PVG C; 3I5J C; 1Y56 A; 5EE3 A; 1D5X C; 3VR8 B; 2TSS A; 2CHZ A; 3KUD B; 4PYU A; 4IWO A; 3L54 A; 2NS5 A; 2JXX A; 3T8M A; 3C19 A; 1WGR A; 2AX5 A; 4PK1 A; 2Y5P A; 2D07 B; 2QC8 A; 4F8C B; 1R4M B; 5LLI A; 2KO3 A; 3BK1 A; 3EFC A; 1HE8 A; 1J7C A; 2Y3A A; 2C60 A; 2J4X A; 3H7P B; 1RFK A; 2K1F A; 2IDY A; 2WP9 B; 2ZZP B; 1SIJ A; 3WAN A; 3PZD A; 4W9L A; 1QOB A; 1V81 A; 1WX8 A; 1Q5W B; 4KGS A; 1J8C A; 1I4X A; 4CQN A; 2LJ5 A; 2EMT A; 2G1E A; 4DXA B; 4FJV B; 2NVU I; 1Z5S B; 1V1P A; 4P1C C; 2NBW B; 4B95 A; 3RNE C; 1VZ6 A; 5E6J A; 2MHJ A; 2QIL A; 4P1B C; 2JZP A; 1FXT B; 4DWF A; 1ENF A; 2MBH A; 2WXM A; 3OJ4 B; 1L6V A; 1KLG D; 3SR6 A; 1SIF A; 3I9V 1; 3CMM B; 2JRH A; 4G50 A; 5C2T B; 2ZNV B; 3PZ7 A; 4FHJ A; 4M00 A; 3UGB B; 2R61 A; 4NQL B; 1T5X D; 1WR1 A; 3H6N A; 1WIA A; 4RF0 A; 1JRU A; 1SSN A; 1UNS A; 3KH0 A; 3TEY A; 4TMA B; 2INC C; 1UWM A; 4HPM B; 2JSV X; 1WGD A; 5BMH A; 4OVU A; 4J3O D; 1TZO A; 4WWO A; 5KHO A; 3RZW C; 2KVZ A; 1JQ4 A; 3ZTC A; 2INN E; 5DPW A; 2A4Z A; 2WXK A; 3B2F A; 1C4P A; 5FR6 A; 4C4V B; 3BIN A; 5IO9 A; 1UD7 A; 2BPS A; 3RNG C; 2MCN B; 4GDK B; 3OWE B; 5HHD G; 4P7I A; 3AE9 B; 4WWN A; 3AEC B; 1KM7 A; 4FJY A; 3AXC A; 4YT0 B; 4IM0 A; 1XD3 B; 2V0G A; 4EE2 A; 3RN9 C; 2FAZ A; 3P42 A; 2L7R A; 2H89 B; 3JSV A; 1YQ4 B; 3P63 A; 1UUP A; 1IBX B; 1JWU D; 1IPG A; 1OEY J; 2JVC A; 2KDB A; 4XX5 A; 1D3Z A; 5G55 A; 2C7N B; 1VDV A; 2KTR B; 2QIE B; 4L2Y A; 2BYE A; 5CHV C; 3VR9 B; 3UIP B; 3NS8 A; 1LM8 B; 4W9D A; 3A1Q A; 3UF8 A; 3ZRC A; 1RRB A; 3DVN V; 3A9J A; 5GMV A; 3FIL A; 3VTU A; 1FRD A; 1WGG A; 2KX3 A; 2N0S B; 2N9E B; 2DNF A; 5H8Y E; 4LNF A; 1S1Q B; 1X1M A; 3GOE A; 1JRO A; 1P98 A; 4W9G A; 2C7H A; 1YX5 B; 2IYD B; 4LDT D; 2WQY B; 2ZPY A; 1XF5 L; 4YSY B; 3ZJV A; 2UWQ A; 4GN1 A; 4K7W A; 4B0M A; 1NBF C; 2Q5W D; 2LI5 A; 2XBB C; 4MSQ B; 3VQI A; 1D5Z C; 3ZNH B; 3PHW B; 4IG7 B; 2JT4 B; 3NOB A; 2L32 A; 2D3B A; 2L52 A; 1Q0W B; 3ZIM A; 2KAN A; 3TEW A; 4US8 A; 3WAP A; 1ESF A; 2JUO A; 1Q1O A; 3V62 A; 4JIO U; 3SFD B; 2L00 B; 1F9J A; 2PMV A; 3KUC B; 3MFG A; 2MEK A; 2HTH A; 1V5T A; 2KDM A; 2KWD A; 1C77 A; 3ZKJ C; 1OTR B; 2CS4 A; 2ZEQ A; 3RPF C; 4EUT A; 1B1Z A; 1H4R A; 1KF6 B; 4RF1 A; 5J17 A; 2PEA A; 4ASW C; 2MRP A; 3SFE B; 1L6U A; 4FXC A; 3RFZ B; 1C76 A; 3KVF B; 3L0W B; 5FKA C; 1K52 A; 4JQW C; 1TKG A; 1GB4 A; 4NAW B; 3IVF A; 4YXD B; 1AAR A; 4RMA A; 5FR3 A; 5IOI A; 2OJW A; 3A9K A; 5D94 A; 1HZ5 A; 1OGW A; 1BT0 A; 1ROE A; 2XNA C; 4KIK B; 3PGE A; 5L95 C; 1D4B A; 3NUH B; 2IO0 B; 2AQ1 B; 1TZ1 A; 1F0Z A; 1V97 A; 4MDK E; 2W3R A; 2KXJ A; 3AEG B; 3VHT C; 4MM3 B; 1TY0 A; 2K9X A; 2FUH B; 4ZRQ A; 1TS2 A; 2G4D B; 3AEE B; 2JU6 X; 4HCN B; 2KMC A; 4XDC A; 1PQS A; 4WWM A; 3Q69 A; 2K0P A; 3N1X C; 2W54 A; 2O6V B; 2CR5 A; 4J6I A; 3Q8E A; 3P1M A; 1QQR A; 1M4V A; 2QEJ C; 3AMZ A; 1WXS A; 4KGT A; 4MAC A; 4FJZ A; 2WXI A; 4DHZ B; 4GIV A; 2MA9 B; 2X8X X; 1EU3 A; 4K81 A; 2FCQ A; 2E6X A; 2WDV B; 3A4R A; 3JW0 X; 1CZP A; 1IBX A; 2QCZ A; 3PZ8 A; 3APC A; 1JAL A; 1T0S C; 3U2S C; 3W5U B; 1WY8 A; 2ZCC A; 3NRZ A; 1NYR A; 3KWV A; 4B6W A; 3R66 C; 1MJD A; 2WXH A; 1SXT A; 4EEW A; 1F2R I; 2GBJ A; 3EGR A; 3IXS A; 1CK1 A; 1IP9 A; 2RDH A; 4GU2 A; 1QLB B; 2CJO A; 4WJQ A; 1SBB B; 1JML A; 3KQ4 A; 2RR9 A; 2CJN A; 3U52 E; 4KSK C; 3SDL C; 1WJ4 A; 3GP7 A; 3VDZ A; 2LRU A; 2N4F A; 3VH4 B; 2WWZ A; 3ETR A; 2ACZ B; 3WA0 A; 1Z2M A; 2DLB A; 2LGI A; 3AE2 B; 1FO4 A; 4JLC A; 1NEN B; 4LCD E; 4JWS C; 1N6Z A; 2JWZ A; 2N9P C; 3EA6 A; 4NZL B; 3WAL A; 4TUU A; 3I63 C; 5AZF A; 5BO4 B; 4KGR A; 1TTN A; 3TCA A; 4BKS A; 5EDS A; 1J7B A; 1L0V B; 2MH7 A; 3W5V B; 4YSX B; 4OZC A; 2JYT A; 4AJY B; 2WU2 B; 2H88 B; 3S2A A; 5JH5 C; 3PV1 A; 2HJ1 A; 1MFW A; 1KRH A; 1ACC A; 4UDU C; 3OLM D; 3PRE A; 3U8Z A; 1QOA A; 2W9N A; 5C23 A; 1QT9 A; 1JCK B; 1E8X A; 2KX0 A; 1UEL A; 1V1P B; 4WUR A; 3FKY A; 1ZXI A; 4HWI B; 3LB8 C; 1NVI D; 1AWD A; 2IBI B; 2V3N A; 4HCP B; 1YIW A; 1PYW D; 2GB1 A; 4EZL A; 2G9H D; 1T6B X; 1UGM A; 3MJW A; 4M02 A; 1SJH D; 4NAM A; 3ZGZ A; 3CIR B; 2O2V A; 1Y8R C; 1TT5 B; 2LUE A; 4JWU C; 2WNM A; 1V2Y A; 4DDI D; 3OG5 A; 2QMT A; 2OOB B; 2VRR B; 1FXI A; 1XO3 A; 3C8Y A; 2RSU A; 4R3D A; 2IY1 B; 2LD9 A; 2VH2 A; 3BK2 A; 2DHZ A; 1I4P A; 3NJT A; 1YMH E; 4FHK A; 4II3 B; 2KYW A; 2L83 A; 5CHF A; 2GRI A; 2JX5 A; 5L83 A; 2LXA A; 1I4Q A; 2N7D A; 2LGS A; 1S3S G; 4FUL A; 1FEH A; 3JSV B; 1I35 A; 2ZNV C; 3AE3 B; 2BT6 A; 2SEB D; 4ANV A; 4ANX A; 1GC6 A; 5HFY A; 3KLS X; 3JVZ X; 3WAM A; 3C0R B; 3M63 B; 3ZRF A; 4DHJ D; 1WM3 A; 2KDI A; 2V3P A; 2BS4 B; 4MSM B; 1OFF A; 1U4A A; 2LGX A; 2DZK A; 2AQ2 B; 2M17 A; 4DQO C; 4I6L B; 3RYT A; 1WXV A; 2D2Q A; 3A1Q B; 4NPN A; 4HXD A; 3ZYY X; 2DYO A; 4ZRP A; 4GB9 A; 3RUI B; 3A9J B; 3TBL D; 3FIL B; 5HI1 A; 4DHZ E; 4HLE A; 2KAC A; 1K50 A; 2NCN A; 2AYO B; 2KHW B; 2SAK A; 3DBL B; 2AEH A; 2W3S A; 1RLF A; 1E8Z A; 2UYZ B; 1C4A A; 2LZ6 A; 2BS2 B; 4HPP A; 2QDF A; 3PRM B; 3ABV B; 4IKG A; 2QJL A; 4ANU A; 1WJN A; 5G5G A; 2B76 B; 3NG0 A; 4PT5 A; 3CSF A; 2G45 B; 4KKI A; 2YLM A; 2JPH A; 2M8S A; 1YD8 U; 4RCO A; 5BMI A; 3WAO A; 1C79 A; 2WLB A; 2Z8L A; 1PGB A; 2WXP A; 2L0F A; 2I38 A; 1HXY D; 1C9F A; 4K3C A; 1DOI A; 3L16 A; 3QA8 A; 1EWY C; 2ASQ A; 3NS1 A; 2A5U A; 5GXG B; 1JWS D; 3ECI A; 1T0Q C; 1TJE A; 4M8N A; 4WAA A; 3P4R B; 1EF1 A; 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1WF9 A; 2WXN A; 4TKN A; 3AN1 A; 5T8I A; 2KQS A; 3RNC C; 1NEK B; 3IAM 1; 3QIJ A; 2MJ3 A; 2OED A; 2BW2 A; 5JXV A; 2GOW A; 5E6N A; 2EEL A; 1P1A A; 4HRS A; 3N3K B; 3VTV A; 2BB5 A; 1C4C A; 2N9L A; 3O13 A; 4TSS A; 2MWS B; 1SJE D; 1GC7 A; 1XQQ A; 1F52 A; 2QSD A; 4XDD A; 3L17 A; 3MJ5 A; 2BVC A; 3DDC B; 1TS5 A; 4AQ7 A; 1ISN A; 2LRW A; 2NMQ A; 4I6P A; 1P7E A; 1KLU D; 2LJI A; 1TIF A; 2Z0D B; 2K25 A; 4GGQ A; 3NZ3 A; 4RH6 A; 4B0E A; 3CWI A; 3PRZ A; 5BYS A; 3TEX A; 3J9C A; 5TSS A; 3KUZ A; 2KK8 A; 4LJO B; 1ZXH A; 2GLS A; 1KLV A; 4XYC A; 3KW5 B; 2HD5 B; 2R2Q A; 1GNU A; 4IDI A; 3WCQ A; 1F77 A; 1CQV A; 1OQY A; 2M0X A; 3AED B; 4LJP B; 2GI9 A; 2M1M A; 3DVG X; 4GDL A; 2K22 A; 4A20 A; 3P4Q B; 5AUK A; 3ONS A; 3HIZ A; 1HQR D; 4WQM A; 2V4I B; 2O2V B; 3LYY A; 1TBE A; 3DVG Y; 4KZ0 A; 1R4N I; 4LNK A; 4PYZ A; 2WHI A; 1YQB A; 1FCC C; 3P4S B; 3HK0 A; 4BBN F; 1WR6 E; 3TJP A; 1E90 A; 2KWU B; 3R8B A; 2KQ7 A; 5IN7 A; 4RM8 A; 5JHB A; 2KT7 A; 5HKH A; 4HVB A; 1YNT E; 3U7D A; 1FXA A; 3LXF A; 5C3J B; 3IG3 A; 2Z0E B; 1BUI C; 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