4KHQA

Ternary complex of rb69 mutant l415f wit dumpnpp
Total Genus 327
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
327
sequence length
902
structure length
899
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 327
structure length 899
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khqA03
5FDLA 3G0ZA 1T7PA 4FM1A 1EX4A 4HUFA 4I9LA 1JLFA 1LWCA 3F9KA 3QEPA 4CF1A 3QNNA 3SUPA 2OPPA 3LWMA 2DFHA 1SL1A 1TK5A 3MXJA 2G8KA 4ELUA 4F4KA 1KRPA 4CIEA 4PA1A 1JKHA 3DOLA 4CHNA 2XHBA 1SV5A 1FKOA 2ETJA 4AHTA 3VQDA 1XHXA 2B4JA 2F96A 1TK0A 1C0UA 4OVLA 3SQ1A 1L3VA 4E7HA 2A1RA 1JL2A 2YKNA 1X9SA 1IO2A 3OYGA 4FVMA 1NK6A 1LW0A 1RNHA 3LPTA 4FJHA 4JRPA 2HW3A 3BGRA 4AH9A 4B8AB 1S1TA 1FK9A 2D0CA 2XY8A 3EYZA 3HVTA 3LANA 2IC3A 3WNFA 1KVAA 1JLGA 4Y1CA 5CY4A 4CHQA 3OYMA 4C8NA 3TABA 1TK8A 4CFCA 4HCBA 4ZTFA 1NK7A 3NH0A 4KHNA 1LAVA 4FK2A 4CERA 5J2QA 4HVJA 3EY1A 3HSTB 1C0MA 1NKBA 3SNNA 4CHZA 2HHTA 2Q3SA 2YHAA 3HL8A 3P83D 3OYDA 5FRMA 4F2RA 3O4QA 3A2FA 3K5OA 3VA0A 4DFJA 1LWEA 2XY5A 3D45A 1VSHA 4BE2A 1GOCA 5J2NA 4J2EA 1JXEA 3PX6A 4FLXA 2X74A 3V4IA 1EETA 1S1UA 1UA0A 3QEIA 4DLGA 4C8OA 4I9QA 2QK9A 4DTOA 2BANA 4BE1A 4FLVA 4MFBA 5HROA 4OPJA 1KFSA 4B9VA 4O5BA 3L2UA 1DLOA 3KLIA 3ZSOA 1VSDA 3PUFA 4CEQA 4DQQA 4H4MA 3L2RA 4WE1A 4CGFA 3AVCA 4KKOA 1NJXA 4B9SA 3K58A 4DSLA 1SKWA 1RDCA 4CJRA 2NUBA 3DLEA 5HLFA 4FJ8A 2Z1IA 2KFZA 3DLHA 3LPUA 3CFRA 3NH2A 1C1AA 3NFAA 2Z1HA 4FCYA 4YNQA 1I3AA 1LV5A 1VSJA 3LZIA 3ZSXA 5KGXA 3SUOA 3RR7A 3VQBA 4YFUA 2HHWA 3RR8A 1D9DA 4IG3A 3TAPA 2OPRA 4O4GA 2XRIA 2G8VA 3SPYA 3AVGA 2DY4A 3WNEA 4FW1A 3V81A 5HP1A 2OPQA 4DMNA 2PY5A 2JLEA 3C6UA 5J2MA 3PX4A 3PY8A 5FRNA 4IFVA 1BI4A 4HCCA 1QE1A 3HP9A 3VQ8A 3OYAA 3AVLA 4DG1A 4LH5A 4JLHA 1ASVA 4BWMA 4HUGA 1TL3A 4QAGA 4DTJA 4FJ7A 3K2PA 3K57A 3V9WA 4E1MA 2PZSA 4RW7A 2G8HA 3MXIA 4FW2A 4E7LA 5I42A 1S1WA 3HJFA 2KFNA 3K5LA 1U4BA 4FM0A 3OYKA 2HMIA 4E1NA 1QQCA 3LAMA 2FBYA 3DRRA 3MEEA 3AO2A 1D9FA 5KRTA 1TKXA 3RTVA 4M3WA 3VQ4A 4CJ3A 4CEZA 4FK0A 2FBVA 4FZXC 1VSIA 3OYEA 4HTUA 3NDKA 3TAEA 3B6PA 2HVIA 4FZYA 4CFBA 2XO7A 1XHZA 1HRHA 3DMJA 3FFIA 4DU4A 3P1GA 4KV8A 4OKKA 3KLFA 3KJVA 1LW2A 5FROA 3SZ2A 4DSIA 2Y1JA 1VSEA 3U3GA 4DSKA 2P5GA 2X6NA 4IBNA 3S9HA 3HT3A 3EZ5A 2PYLA 3HK2A 4N41A 4DTNA 3K5NA 2YNGA 3PV8A 3B6OA 2HB5A 1SKSA 4LH4A 1QTMA 1BCOA 1BISA 5T7BA 3LP1A 2R7YA 3MXMA 2DFFA 4J2DA 3AVJA 4NYNA 1ASUA 5KRSA 1ZBLA 4PQUA 4OKJA 3QEXA 4G1QA 3OYLA 4KTZA 4FJMA 3NAEA 3QNOA 3RMDA 1KTQA 1TKDA 3RWUA 2HHSA 4FLWA 3SCXA 4LY7A 1KVBA 4J2AA 3ZT1A 4PUOA 4DU3A 1TVRA 4CEFA 1KSPA 2KZZA 4B9TA 2BGGA 3PO4A 2HHUA 2XY6A 3KLEA 1XC9A 4KHUA 4W5QA 4AILC 2VWKA 4CGJA 4EP4A 4N56A 3TAGA 1J9AA 1KCFA 1U45A 3D0PA 3NGYA 1S9GA 3QEVA 3L8BA 1IKYA 4FJIA 1BIZA 1D8YA 5CYMA 3V1QA 1NK5A 2I5JA 1WSJA 4KI4A 4LSLA 2G8WA 1BCMA 1Q8IA 4FJGA 3LZJA 1J5OA 1VK0A 4W5NA 4N47A 3L2VA 4CCHA 1A5XA 3AA5X 4CHOA 2W42A 1WAJA 1U48A 3OS2A 1RBTA 2YKMA 1KLNA 4CJQA 4K8ZA 1O1WA 3AO1A 4FJJA 3ULDA 1G15A 4DSJA 4HUEA 1VSFA 1IKXA 3WNGA 4JS4A 3IAYA 4TSXA 1L5UA 1BIUA 3IS9A 4KFBA 4AHSA 4CK2A 4EZ6A 3VQAA 1U47A 1S1VA 4CJTA 3PO5A 1HQUA 3K59A 2RKIA 4DLEA 1ZBHA 4DTPA 4O55A 3S3NA 3P5JA 3MECA 3QERA 3RMCA 4R5PA 3M8RA 4CJ5A 4M45A 4JRQA 3I0RA 1NK8A 1RBUA 4ZTJA 4ELVA 1B9DA 1RT4A 4B3OA 1T03A 1J54A 1ZBIA 3RMAA 4W5RA 2BDPA 2QXFA 4CFDA 1XWLA 4B9MA 1R0AA 3HPHA 2IS3A 5HRPA 5JS2A 5K14A 4B08A 3AA2A 3KKSA 3NBPA 1Q9XA 1JLEA 4CJWA 3VA3A 2OPSA 3T1AA 3PX0A 5JS1A 1TAQA 3VQ9A 3QLHA 3QO9A 1TL1A 4IKFA 4L8RB 3CYMA 1N5YA 1UWBA 3KD5E 4BWJA 1VRUA 4OKEA 4DTRA 3DRPA 5J1EA 3WNHA 4C8KA 4DSEA 4FLUA 3L2WA 3V1OA 3OS0A 3ALYA 1DTQA 2X6SA 4E3SA 2DFEA 3AVIA 3KIOA 3TANA 3SV3A 4Q5VA 4KHYA 2RPIA 3DRSA 3OYNA 3AA4A 4DS4A 4C8LA 1Z25A 4GMJB 1S5JA 4Q0BA 4CESA 1B9FA 3O4NA 4CEOA 3SUQA 1NJWA 4CHPA 1TV6A 3LALA 3T3FA 1L3SA 4E19A 1I39A 2O4GA 3HM9A 1RTDA 4CF9A 3ZT0A 3HP6A 1SKRA 3SYZA 2EHGA 2EX3A 3MEGA 3O3GA 1QHTA 1NOYA 4BACA 4PY5A 4AHUA 2YV0X 4CF0A 4LSNA 1JLCA 1C1CA 4IG0A 1LAWA 3NCIA 4FLZA 1C1BA 3KLGA 3KK1A 4KTWA 3CFOA 1B92A 1VSKA 3KK3A 2ITGA 2RF2A 2KW4A 2ATQA 3ZSRA 4CGHA 5KGWA 3O3HA 1NJYA 4KTQA 1JL1A 2YHBA 4H8KA 1WNSA 3C95A 3KLHA 3VQ5A 1CZ9A 4RW9A 5SZTA 4OLBA 4DTUA 3C6TA 5SWMA 3QINA 4W5OA 1EP4A 3S3MA 4I2QA 1RDDA 3LP2A 4KB0A 2YNIA 3E01A 2QKBA 3HO1A 4F3OA 3DLRA 3KKRA 2HVHA 4QCLA 1EXQA 1F21A 3OYBA 3V6DA 3ASMA 3LP3A 2PYJA 4BDZA 2HNDA 2A1SA 1HMVA 1NKEA 1BGXT 3NF6A 4FJLA 1RBVA 4ID5A 1BI4B 4O44A 4C8MA 1BQMA 2D0BA 3IRXA 3OS1A 1UA1A 4CEAA 4CJSA 2IDOA 4NCBA 3KD1E 4Y1DA 1S6PA 3HXMA 1NK4A 2X78A 3ZT3A 2G8UA 3OYHA 3RRHA 4Z4IA 5CYQA 1HNIA 3CFPA 3K5MA 3AO3A 1WAFA 4FLTA 4M42A 1CXQA 1CZBA 4EP5A 1SL0A 1RT6A 4FJXA 1VSMA 2D5RA 1YT3A 3THVA 1WSGA 1HYZA 3C94A 4CJ4A 5HRSA 4BDPA 4ELTA 1S1XA 4DS5A 3SQ2A 1RT7A 4GVMA 4OJRA 3OY9A 2FC0A 1TKTA 3TAFA 3NHGA 3JYTA 3JSMA 3RRGA 4E89A 4DFPA 3ZSZA 4E0DA 3UIQA 3L3UA 3SPZA 1X9MA 3SJJA 4CIFA 4M3RA 4M3YA 4CGIA 3V9ZA 1ZBUA 4JS5A 2B5JA 1J53A 4LD0A 3ZT4A 4IDKA 1RDAA 1IG9A 3AVKA 4DWIA 4E7KA 1HYSA 1ASWA 1DTTA 5EU7A 3F73A 4RW8A 4FJ5A 5C24A 1HPZA 1RTJA 2ZE2A 4AHRA 1RBSA 3NF8A 1KLMA 1VSLA 1YVUA 3U6FA 4CE9A 5D3GA 2F8SA 1Q9YA 1L3TA 1C6VA 4DQPA 2LSNA 4IFYA 2GV9A 5DK5A 4DTMA 1D5AA 4M3ZA 1KVCA 3NH1A 3DYAA 1ZYQA 4KHWA 4OLAA 3V9SA 3NF9A 4KAZA 4Z4HA 1WSHA 2E4LA 4FM2A 4KHSA 1RT3A 1WSIA 3V1RA 3SI6A 3QIOA 1TGOA 2FBXA 4KO0A 1IKVA 2Z1GA 4F2SA 3SQ0A 4M3TA 4NCGA 3VQPA 4XIUA 3MAQA 4M3UA 2WOMA 3U3YA 2IAJA 2BE2A 2YNFA 4ID1A 4CK1A 1RT5A 4CGGA 3OYJA 1MU2A 3HPOA 3L3VA 4BE0A 1X9WA 1TAUA 4N76A 2P1JA 4KI6A 3ZCMA 4CJKA 3VQ6A 3OVNA 3VQCA 1UOCA 2HNYA 3IG1A 4N5SA 4NCAA 3LWLA 3NF7A 3OJSA 4CJPA 4CEDA 3HYFA 1N6QA 4W5TA 3QESA 3TARA 3L2QA 3TI0A 3VQQA 3BDPA 1GOBA 2OZMA 1QS4A 3LP0A 4F8RA 4KPYA 1RDBA 1UAXA 3TR8A 1JLQA 5KTQA 1SUQA 2B6AA 4RW4A 4CJUA 4CIGA 3AO5A 4OGCA 4Z0UA 3RMBA 4O0IA 4CJVA 3TWHA 1U49A 3CG7A 1NOZA 1IH7A 1K6YA 1LWFA 4DQRA 3KTQA 3CQ8A 2YNHA 3VQ7A 4BDYA 5J2PA 2HHXA 1EKEA 4RW6A 2G8IA 3AVFA 1W0HA 4GW6A 4CECA 2DTUA 5DMRA 3LAKA 5HBMA 4B8CA 4CHYA 4CK3A 1RTHA 3NGZA 3T19A 3M8SA 3DLBA 2F8TA 2HHQA 4UQGA 3V9UA 3NGIA 1NJZA 3AVAA 4AHVA 3O3FA 2HNZA 1RBRA 1REVA 2Z1JA 4FLYA 1WSFA 5CZ2A 4CJLA 4AHCA 3AVBA 1T8EA 1GOAA 3OYIA 4B9UA 1ITGA 4CFAA 1XI1A 4B9LA 1Z26A 3DLGA 1YTUA 2GBZA 5C25A 1WSEA 1X1PA 3I8DA 1A5WA 4E7JA 3OYFA 2ZD1A 5KI6A 3SQ4A 1RT1A 2VG6A 4CJFA 4CF2A 4E7IA 1QSLA 4F3TA 4DFMA 3ZSVA 1JLBA 1JXBA 1WN7A 2GUIA 3ZT2A 3OJUA 1BQNA 1QSYA 3AV9A 4Z4GA 1RILA 3AVHA 4MQ3A 3VQEA 4M41A 4QOZB 4OPKA 4CJEA 1C0TA 1W9HA 4Z4FA 2JGUA 4NYFA 1A5VA 1FKPA 3QETA 4RG8A 2OA8A 3AVMA 3ZSWA 3AO4A 1SL2A 3CM5A 1Y97A 2KQ2A 3DOKA 1JLAA 1TKZA 2FBTA 1BHLA 3DM2A 1NK9A 2G8FA 4DF8A 4DF4A 2RN2A 4FJKA 1HQEA 4PWDA 3M8PA 2IGIA 1VRTA 3OYCA 2P5OA 2VG7A 2IOCA 4KHQA 3TAQA 4DQIA 3V9XA 1CXUA 2HHVA 2KTQA 3CM6A 4FJ9A 5E41A 1RTIA 1ZBFA 2VG5A 3ITHA 2OZSA 4J2BA 3NE6A 1U04A 2E6MA 4H4OA 4FJNA 5CZ1A 4DTXA 2E6LA 1L3UA 4KRFA 4DU1A 1HYVA 3AA3A 3G10A 4KREA 2WONA 4M3XA 4HHTA 2VWJA 4DFKA 3QEWA 2D0AA 4CF8A 5C42A 4DQSA 2OYQA 3ISNC 3HVRA 1FXXA 4K8XA 1HJRA 4FXDA 4EZ9A 4CEEA 4I2PA 2KZMA 4ICLA 1BL3A 1WLJA 4DSFA 4O0JA 2O4IA 4CGDA 3TAMA 4Z4CA 4Z4EA 3LDSA 5HRNA 1NKCA 1QSSA 1CLQA 3MEDA 1T05A 3HPGA 3SUNA 3ZSYA 2XY7A 2QKKA 4FZZA 1RT2A 3H08A 4ZHRA 4FK4A 3DI6A 2P51A 4OGEA 3VN5A 4B9NA 5HRRA 3SV4A 2ZQBA 1IKWA 1RCHA 1HNVA 3ZSQA 1NK0A 2AJQA 3QIPA 4CEBA 3KK2A 1KFDA 3AVNA 3DLKA 4FYDA 1YTAA 3M8QA 1S9EA 1S6QA 4I7FA 4DTSA 3I0SA 5I3UA 2Y1IA 3S3OA 4KB1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3U3GA 4IBNA 3SLCA 2PYLA 5FPNA 4LF8K 1BCOA 3LP1A 2JHAA 2VCPA 4J2DA 4AKHA 4CD3A 5AQJA 5KRSA 1W2BM 4PQUA 4OKJA 3QNOA 3RMDA 1KTQA 1TKDA 3HZ6A 3J7ZO 4FLWA 3RSEA 4JKEA 2HBMA 5IWAK 1RGIA 2HMPA 3QMLA 2KZZA 3A5LC 2XY6A 1W7AA 3LDLA 4DQ8A 1U45A 4FOEA 4IJAA 3QEVA 1XVEE 3L8BA 1S9GA 1IKYA 1BIZA 3ZLJA 1NK5A 2VIXA 2G8WA 1BCMA 3BF1A 4BG8A 4N47A 4CCHA 1A5XA 4PKIA 4WCEL 1X3MA 4BVOA 4CD1A 5EOYA 1FW6A 1WB9A 2YJEA 1G15A 2UU9K 1VSFA 3IAYA 1D4XA 3U9DA 1L5UA 3CCJN 3ZYYX 1BIUA 4KFBA 4EZ6A 4CK2A 1XNRK 3VQAA 4ISGA 3SBTA 2RKIA 4O55A 3P5JA 3MECA 4R5PA 1X3NA 4DV3K 3I0RA 4ELVA 4EP9A 4KBOA 3C7NA 3OGKB 2JQTA 2QXFA 3J7YP 4B9MA 4ILHA 1R0AA 3VPZA 5HRPA 3TL8B 4B08A 3NBPA 1Q9XA 4BC4A 3T1AA 3H3NO 5JS1A 1TAQA 3U9ZA 3C6HA 4BR0A 4L8RB 3ID8A 3HOTA 3KD5E 1V4SA 4OKEA 3WEEB 5IBKB 3WNHA 3V1OA 1FPOA 4E3SA 5AQXA 5C10A 3VERA 4B9VA 3SV3A 4DS4A 2FSNA 1FZHE 1S5JA 1GLDG 1B9FA 3SUQA 4DR2K 3HM9A 4CF9A 3AARA 4RL5A 3SYZA 2EHGA 2EX3A 3EKUA 1GLBG 3WQUA 3O3GA 5KPRA 4PY5A 5EVZA 1VQKN 5E26A 1KQSM 4B1ZA 4JHDB 4X62K 4KTWA 4DV0K 3KK3A 2B7MA 2RF2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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