4KHUA

Ternary complex of rb69 mutant l415f with a ribonucleotide at -1 position
Total Genus 332
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
332
sequence length
902
structure length
898
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIESREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 332
structure length 898
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4khuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4khuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4khuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4khuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4khuA03
2OPSA 2VWKA 1RDBA 3AVFA 3DLEA 3I0SA 4DTRA 3AVBA 2D0BA 3ALYA 4O5BA 4CK2A 3TAFA 4KHQA 5CY4A 1XI1A 4HUGA 4FYDA 3AVIA 1Z25A 3MEEA 3AA2A 5KGXA 4W5TA 1QQCA 1HYZA 2XRIA 2EHGA 4RW8A 3EY1A 1WAJA 3M8RA 3RRGA 4DQPA 1BQNA 4ELVA 1BGXT 3D0PA 3DLHA 3OYGA 3TAMA 4DQSA 4DSLA 3HYFA 4FZYA 3AVMA 4NCGA 3V9XA 1VSLA 3PO4A 4LH5A 1TL3A 1CZ9A 4DQQA 1SL2A 1L3VA 2YNIA 5KTQA 2O4GA 4E3SA 1VK0A 4K8ZA 5FRNA 3F73A 4C8KA 3S3OA 4E19A 3AVAA 4DWIA 2YHAA 1Z26A 1SV5A 4Y1CA 4OKKA 4CJPA 4FM2A 4AHRA 4CJKA 3OYNA 3L2RA 1FKPA 4FCYA 4DS4A 1RTIA 4Z4IA 3QERA 1B9DA 1WLJA 3V9WA 1U48A 3KLFA 5J2PA 4DTNA 4KHSA 1FXXA 1JLGA 4M3WA 3AVNA 3P1GA 3NFAA 4LH4A 1VSHA 4O0JA 3ZT4A 3QLHA 2YNHA 4B8CA 4DSKA 3KK3A 4FLUA 4DQRA 3WNGA 4CF8A 4B9MA 2DFHA 1ZBIA 4DMNA 1SL0A 4KB1A 3O4NA 1HYVA 3NDKA 4LD0A 1RDDA 3NH2A 1CXQA 1REVA 4J2DA 3NH1A 4B8AB 3PY8A 4N5SA 1IKXA 4FJ9A 4HCCA 3OYAA 3NCIA 1LWCA 4BDZA 1KRPA 2GBZA 4KTZA 1KLMA 3IS9A 4Z4HA 1VSIA 1NJXA 4B9TA 1MU2A 1RNHA 1RT6A 1TAUA 4DTJA 1RT1A 4FJMA 3QNNA 4IFVA 2LSNA 5T7BA 2BE2A 3QETA 4YFUA 1RBTA 3NGZA 4DFKA 4I9LA 4ZHRA 1C1BA 4I7FA 3TAQA 4CEOA 1J54A 1J5OA 1NOYA 4CGDA 4DSJA 4ELTA 4FJ8A 3RR8A 1EXQA 1KVCA 3LPUA 3VA3A 1RTDA 1DTQA 1NK7A 4DG1A 3M8SA 3OYMA 4FJXA 5CZ2A 3V1QA 1RT7A 3NGYA 4AH9A 3ZSRA 4CJFA 3HXMA 3DOLA 4O44A 3QNOA 3LALA 4CEBA 3HT3A 4EP5A 2O4IA 3LWLA 4E7IA 4B9LA 4FK0A 1S1UA 4CFCA 4KAZA 2JGUA 4M41A 3QEWA 2F8SA 1S1VA 1IO2A 1RTJA 4ELUA 2IOCA 2F96A 4B9UA 4FW1A 4EZ9A 3ISNC 3RMAA 3U3GA 1O1WA 2DFFA 4JRPA 2QK9A 2HHQA 1RTHA 2Z1IA 3AVKA 3P83D 5E41A 1FKOA 1GOCA 1IG9A 4CJ5A 1JXEA 1D5AA 4FLZA 1U49A 3C6TA 1VSFA 3QIPA 4PQUA 4KV8A 3DLGA 1LWFA 1ASWA 4N47A 3IG1A 2HB5A 1A5VA 4JRQA 3V4IA 4FM0A 2E6MA 4CHNA 3VQCA 1BI4A 4Z4FA 2FBXA 3OYKA 3NHGA 4C8LA 3QO9A 1J53A 2ITGA 4E7KA 3DOKA 1B92A 3AVJA 4BE0A 1NKBA 2AJQA 3AO4A 3SV4A 1ZBFA 1BCOA 1S1WA 1BCMA 1WSHA 4PA1A 4DTUA 3K58A 2PZSA 4F4KA 3KLGA 4PUOA 4UQGA 4FW2A 2FC0A 3VQQA 2XY5A 1LW2A 3NAEA 2B4JA 4M3RA 2EX3A 2OZSA 3HPHA 2W42A 5HROA 1BQMA 1QSYA 1D9FA 4DTPA 1EKEA 3DM2A 1BISA 3VQAA 3NH0A 2KTQA 3WNEA 4W5NA 4Y1DA 3TABA 4F2RA 4N56A 1N5YA 2DFEA 1IKWA 3KKRA 1NOZA 4CFDA 3AO1A 1RT4A 1YVUA 3HPGA 4GVMA 3HO1A 1L3TA 2HVIA 3L2UA 1RCHA 2NUBA 4RW7A 4E7HA 2P1JA 3S3MA 1F21A 4OLAA 1JL2A 4FJIA 2HMIA 1TK5A 1X9SA 4DSEA 4CE9A 5I3UA 1WNSA 3HVRA 4BDPA 4Q5VA 2HHVA 3L3UA 3RMCA 2G8KA 1IKVA 2IAJA 3VQ7A 3RWUA 4KKOA 4QAGA 3UIQA 4FZZA 3AVGA 1NK9A 3OJUA 1XHZA 3QEVA 3MXJA 5HP1A 4FLVA 3VQPA 2G8UA 3KD5E 4JS4A 1QS4A 1NKCA 2G8IA 3L2VA 1U4BA 4TSXA 4CGIA 1QTMA 2GUIA 4CK1A 3ZT1A 4CHPA 4CJTA 1ZBLA 4K8XA 4BWJA 3VQEA 1A5XA 1D9DA 4DSFA 5FROA 1C0UA 1R0AA 3LANA 1TK8A 3IAYA 3G0ZA 3B6OA 1C1CA 3LZJA 3E01A 3KKSA 4ID1A 4I2QA 2KZMA 3OS1A 4O0IA 4FK4A 2KFZA 2G8VA 3CFRA 1GOBA 2ZQBA 3QINA 1XC9A 1QSLA 1ZBHA 1CLQA 3LPTA 4CESA 4E7JA 2A1SA 4FJGA 3KIOA 4EP4A 3KK1A 3S3NA 3HK2A 3VQ9A 4CEQA 3QEPA 1QHTA 3OS2A 4ZTJA 1RT5A 4I2PA 4DU1A 4FJNA 2PYLA 1RT3A 4OPKA 3OYIA 1XWLA 4FK2A 3CG7A 4RW4A 3MXMA 3LZIA 1RDAA 1W0HA 2OZMA 4CIEA 4HHTA 2PY5A 3TR8A 3VA0A 4AHSA 4HCBA 1G15A 3DRSA 3MECA 4H4OA 1WSIA 4CJWA 4H8KA 5HRNA 3TARA 1RDCA 1JLBA 4KREA 3HPOA 2P5OA 2IC3A 2RF2A 1D8YA 1T03A 3QESA 1I39A 1VSKA 4MFBA 5HRPA 4OKJA 2ETJA 3HJFA 3KK2A 3DI6A 4OVLA 3L2WA 2RKIA 3O3GA 2RPIA 1EX4A 4KHWA 4AHCA 1VSMA 4XIUA 3OYLA 2PYJA 4B08A 1N6QA 3SPYA 4KTQA 2WOMA 4EZ6A 1JLCA 4M3UA 1HMVA 1VSJA 2Z1GA 4Z4EA 4B9SA 2WONA 3VQ4A 1UWBA 4FJ7A 1QE1A 2R7YA 3ZSYA 4IG3A 1YTUA 1EP4A 3EZ5A 1VRTA 3NF9A 3TAEA 3M8QA 4B9VA 3QEIA 2G8FA 4CHZA 4CJQA 4MQ3A 1JLAA 2IDOA 5KRSA 3WNHA 1S1TA 4C8OA 4J2AA 3VQBA 5D3GA 3NE6A 3P5JA 1KCFA 3OYHA 3SCXA 3ZSXA 4DU3A 3V9SA 2FBTA 1S1XA 4N76A 1ITGA 1TV6A 4CF9A 1SKWA 4OGEA 4F8RA 4QOZB 3ZCMA 4CGJA 1S6PA 3FFIA 3SQ2A 3RMDA 3C6UA 2X74A 4M3ZA 3V1OA 3WNFA 1RBUA 4CGFA 3OJSA 4DF4A 2DY4A 4CECA 1NJZA 3NF6A 3I0RA 4CEDA 3QIOA 1A5WA 2FBVA 1BIUA 3PUFA 3HM9A 1K6YA 3AVCA 4Z4CA 3SUOA 4NYFA 1SL1A 4IG0A 2XY8A 1KFSA 2IS3A 1TKZA 4DFMA 2YV0X 4J2EA 4FJKA 4NCAA 1C6VA 4IDKA 2VWJA 1RBSA 3LP1A 4CJEA 2KFNA 1B9FA 3LP3A 3TANA 1HQEA 5C24A 2X6SA 3RTVA 2KZZA 3L8BA 4CEZA 4J2BA 3AV9A 1BI4B 4ID5A 3SV3A 1UA1A 2KQ2A 3OYEA 4M3YA 3SQ1A 1C0MA 1W9HA 1JL1A 2B5JA 4DQIA 4LSLA 3SYZA 4FJLA 3SZ2A 2E6LA 4E0DA 4C8MA 3C94A 5JS1A 5J1EA 2XY6A 4CK3A 3V9ZA 4IKFA 1S5JA 1CXUA 2VG7A 3U3YA 1LWEA 4CCHA 3HSTB 2B6AA 3U6FA 2VG6A 3G10A 3SQ0A 2DTUA 4BE1A 3CM6A 1NJYA 3SNNA 4AHVA 3ZSZA 1TVRA 3HP6A 4HTUA 1T8EA 1HJRA 3K2PA 4OPJA 1Q9XA 1JLEA 3NF8A 1ZYQA 3OYCA 4DTSA 1NK4A 3CQ8A 4CJ3A 4M42A 2P5GA 3K5LA 1LW0A 3LAKA 4KPYA 3VN5A 4F3TA 1SKSA 2ZE2A 5C25A 1NKEA 1WSJA 3PO5A 2HW3A 1Q9YA 4BACA 2HHSA 2ZD1A 4CJSA 3TAGA 4W5OA 4FXDA 4HUFA 1VSEA 4DLGA 5SZTA 3OYBA 4HVJA 3RRHA 1BL3A 1WN7A 4OKEA 3VQDA 2OA8A 1Y97A 3MAQA 4KI6A 5FRMA 3DLKA 1NK5A 1TGOA 4NYNA 1VSDA 4DU4A 4CHQA 5HRRA 4CFAA 4ICLA 3T1AA 2HHWA 2HNDA 2ATQA 3L2QA 2QKKA 4DFPA 5DMRA 5I42A 4YNQA 1GOAA 2D5RA 1HRHA 4BWMA 1QSSA 2VG5A 1DLOA 4E1NA 2HHXA 4KHNA 5J2MA 3NBPA 3JSMA 3BDPA 4QCLA 4DS5A 3KLIA 4CIFA 2D0AA 2OPQA 3KLEA 1LV5A 4CJVA 1HQUA 1L5UA 3KD1E 2OPPA 2YKMA 4B3OA 3L3VA 3K57A 5KGWA 3PX4A 1S9EA 2XY7A 1X1PA 4F3OA 2IGIA 3OYFA 4I9QA 3ZSQA 3KJVA 3DYAA 4KB0A 3ZSVA 3OYDA 1VRUA 3KLHA 1XHXA 4CIGA 3V9UA 3V6DA 2A1RA 1X9WA 3BGRA 4FLTA 1LAWA 3O3HA 3NF7A 4W5RA 4DFJA 3F9KA 4CGHA 2XO7A 4DTMA 4KTWA 3K5OA 3DRRA 2X6NA 2E4LA 2OPRA 3DLBA 1NK0A 1ASVA 2I5JA 4KHUA 1EETA 4FLWA 5J2NA 1L3UA 4NCBA 1ASUA 4FJHA 2QKBA 1J9AA 1KVAA 4DTXA 3HP9A 1BIZA 3MEDA 2QXFA 1LAVA 4CJLA 1HPZA 4CHOA 4DLEA 3OVNA 3CM5A 2XHBA 2YNGA 1UA0A 3K5MA 2HHUA 1T7PA 3IRXA 4GW6A 3K59A 1X9MA 4FZXC 1IKYA 1CZBA 4M45A 3A2FA 1RBVA 3PX6A 1HNIA 4OJRA 4AHTA 1KSPA 4PWDA 4KHYA 2RN2A 5DK5A 3SQ4A 3QEXA 3OS0A 3OY9A 3M8PA 4FJJA 1T05A 4DTOA 3O4QA 3ZT0A 4CEEA 1KVBA 2Y1IA 2P51A 4CJRA 4HUEA 1HYSA 3H08A 1TKXA 1BHLA 1C0TA 3LDSA 1S9GA 2BDPA 4FJ5A 3EYZA 3SJJA 3I8DA 3HL8A 1I3AA 2YKNA 1U45A 3KTQA 3ULDA 2HVHA 4BE2A 1WSGA 1S6QA 1KTQA 2HNYA 4FVMA 3RR7A 4FLXA 5HBMA 2HNZA 4IFYA 1JLFA 2GV9A 3AA5X 4GMJB 3T3FA 3TI0A 3SUQA 5C42A 2D0CA 2YHBA 4Z4GA 3C95A 3AO2A 4Z0UA 3T19A 1RT2A 1UOCA 5K14A 5HLFA 3SPZA 2KW4A 3MEGA 3PX0A 4CF2A 3SI6A 5KRTA 3AO5A 1JLQA 3ZSOA 3SUNA 4AILC 1UAXA 1DTTA 1FK9A 4BDYA 2FBYA 5JS2A 4L8RB 1JXBA 3MXIA 2Z1JA 1WSFA 4PY5A 3DRPA 2Z1HA 4CF1A 1YT3A 1U47A 4B9NA 3RMBA 2BANA 4M3XA 1SKRA 2YNFA 4LSNA 4FLYA 3THVA 3TWHA 1L3SA 1U04A 4KRFA 4F2SA 4CHYA 3HVTA 3O3FA 1JKHA 3LWMA 4JS5A 3AVHA 4CJ4A 4CJUA 4CGGA 3CYMA 5EU7A 3TAPA 2F8TA 1HNVA 4OLBA 4C8NA 4KFBA 4AHUA 4KO0A 2G8HA 4KI4A 2Q3SA 3AA3A 4DF8A 2JLEA 1Q8IA 4IBNA 1TK0A 4RW9A 5CYMA 1RILA 4OGCA 5CZ1A 4CEAA 3K5NA 2OYQA 2G8WA 1KLNA 1YTAA 4E1MA 3SUPA 3ASMA 5CYQA 3VQ5A 1KFDA 4CEFA 3LAMA 5KI6A 4H4MA 1ZBUA 3DLRA 3LP0A 3ITHA 4DSIA 4RG8A 5FDLA 1TL1A 5HRSA 1C1AA 4ZTFA 3ZT3A 1NJWA 4WE1A 4Q0BA 3ZT2A 5J2QA 1NK8A 2BGGA 3AO3A 5SWMA 1TKDA 3V1RA 2Y1JA 3PV8A 3AA4A 4RW6A 2HHTA 3S9HA 4CF0A 3OYJA 3CFOA 2X78A 3D45A 3JYTA 1RBRA 3DMJA 1TKTA 3B6PA 3VQ8A 1WSEA 4CERA 3LP2A 4JLHA 3ZSWA 3V81A 3AVLA 4E89A 1IH7A 1SUQA 4O55A 4CFBA 4R5PA 1TAQA 1WAFA 4G1QA 4LY7A 3VQ6A 1NK6A 4N41A 3NGIA 4E7LA 4M3TA 4FM1A 4W5QA 4O4GA 3CFPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VWK A;  3DLE A;  3TTC A;  2Q0R A;  3THY B;  3JXU A;  2D0B A;  3EL2 A;  4O5B A;  4X65 K;  1XI1 A;  2O8B A;  2QTD A;  2B7M A;  3AVI A;  3VTI A;  3MEE A;  4XH5 A;  2EHG A;  4RW8 A;  1RDU A;  3CF5 L;  1VQ4 N;  5TKY A;  3V9X A;  4LH5 A;  1TL3 A;  1L3V A;  5KTQ A;  4C8K A;  3KK7 A;  2P9L A;  2VIX A;  1Z26 A;  4OKK A;  4AHR A;  4H5T A;  4JK7 A;  3OYN A;  2GX9 A;  1RTI A;  3M6G A;  5BN8 A;  1B9D A;  4IO9 L;  4JI3 K;  4KHS A;  1FZ7 E;  2YNH A;  3GE1 A;  3WNG A;  4KB1 A;  3TSQ A;  1ILY A;  1CXQ A;  3NH1 A;  1EWQ A;  3OYA A;  1LWC A;  1BG3 A;  4BDZ A;  3Q7C A;  1VSI A;  4FJM A;  1U2V B;  1RBT A;  3LD8 A;  3TAQ A;  4CEO A;  1J5O A;  1NOY A;  4H5W A;  3DXK A;  3OYM A;  5CZ2 A;  1RT7 A;  1FZ5 E;  5GIN A;  3CER A;  2Q0U A;  4O44 A;  1XVE E;  3QNO A;  4CEB A;  3HT3 A;  4EP5 A;  3LWL A;  5JVG L;  4CFC A;  4M41 A;  1N36 K;  2PFT A;  1X3N A;  2IOC A;  3ISN C;  2HHQ A;  4IT5 A;  1O1W A;  4H5N A;  2Z1I A;  3AVK A;  5E41 A;  4YOX A;  1IV0 A;  1JXE A;  3K9J A;  3VEV A;  1VSF A;  4PQU A;  4GKK K;  4H0X B;  3PIP L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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