4KI6A

Ternary complex of rb69 mutant l415f with ribonucleotides at -1 and -2 position
Total Genus 301
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
301
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-function analysis of ribonucleotide bypass by B family DNA replicases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 301
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4ki6A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4ki6A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ki6A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4ki6A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4ki6A03
5D3GA 3OYDA 4B9UA 3QESA 3HL8A 3FFIA 2JGUA 4FK4A 3MAQA 3RMAA 1VSFA 4FZXC 3S3NA 4CJQA 4I9QA 3V6DA 1A5VA 2E6MA 1RILA 4E7JA 2BDPA 3U3YA 3AA4A 2Q3SA 4DF8A 1C0TA 4KHQA 3NFAA 3L8BA 4FJJA 4BWJA 4HTUA 2FBYA 1C0MA 1CXUA 4G1QA 3HP9A 3UIQA 2ETJA 3MEGA 4FJ5A 1W0HA 4B9LA 1VK0A 1HYVA 4RW7A 4TSXA 4N41A 1B9DA 2W42A 4M3WA 3G10A 4W5OA 1O1WA 4N47A 3AO4A 2HVIA 4KI6A 1QHTA 1RTDA 2KQ2A 4OKEA 4PWDA 2P5GA 4FLUA 4YFUA 2HHSA 4CJWA 4ZHRA 4FCYA 2YNHA 4DLGA 4CJ4A 2F96A 4DQSA 2YHAA 1BIUA 2BANA 2EX3A 4IFVA 4DQRA 1U4BA 5I42A 1NK4A 3PX4A 3TI0A 5HRRA 3SQ0A 3QO9A 2Z1GA 4MQ3A 4EP5A 5J2QA 2VG6A 2YNIA 3M8PA 2YNFA 3RMDA 4DU4A 1WAFA 3KJVA 4FJNA 2RPIA 2VWJA 1EETA 4LY7A 3OYIA 1D9FA 2ZE2A 3ZT2A 5I3UA 4K8ZA 1FK9A 5J2NA 4QCLA 1A5WA 1IKWA 1TAQA 3NGYA 5DK5A 3ASMA 4ID5A 5KRSA 4DTJA 4UQGA 3TANA 2QKKA 4R5PA 3NHGA 1RTHA 1TKTA 2FBTA 3K5MA 2G8UA 4C8KA 1U48A 4Z4FA 1TAUA 2X6SA 3DLRA 2HHXA 3NH2A 4KHUA 1SV5A 3CM6A 3A2FA 3ITHA 1RT7A 4AHSA 4HUFA 3SUOA 1JXBA 3OYCA 3QLHA 5CZ1A 3MXMA 4AILC 4J2DA 4CEAA 3OJUA 4O55A 4O44A 4LD0A 3ULDA 1VSHA 3IRXA 2VWKA 2O4IA 3OY9A 4CEQA 1SUQA 2DTUA 1Q8IA 1S6QA 3K58A 3V9WA 3ZSQA 4IBNA 1RTIA 1EX4A 1Q9XA 3VQQA 2IOCA 1B9FA 3L3VA 1NOYA 3ZT3A 3VQDA 4CF0A 4OPKA 3SJJA 5E41A 3M8RA 3V9XA 3L3UA 5JS1A 1KCFA 1JL1A 1VSLA 1J53A 4EZ6A 3KD1E 1U47A 1JLFA 1CXQA 3OYBA 4Q5VA 3ALYA 4GVMA 2XO7A 2F8SA 1VSDA 4FJKA 2HHUA 4PQUA 5C24A 4Z4CA 4H4OA 4IDKA 2ITGA 3HVRA 3TWHA 3ZSRA 2RN2A 1Y97A 1ZBIA 4CJKA 2IAJA 2Z1HA 4HVJA 1SL2A 4DSLA 4GMJB 4BE2A 4DTRA 4ICLA 4F8RA 1YTAA 4RW8A 4CFDA 4PUOA 1NK8A 2VG5A 3LAKA 3M8QA 1YVUA 3AO2A 1GOCA 2DFHA 4CECA 3L2RA 1KTQA 5J1EA 4C8MA 3HJFA 3HPOA 1ZBUA 4K8XA 3OS1A 4FJHA 1WLJA 3OYHA 4HCCA 3NAEA 3VA0A 1X1PA 3CFRA 3OYJA 1T8EA 4AHCA 4O0IA 1JKHA 3KK1A 1S5JA 3AA5X 3IS9A 1X9MA 3HP6A 1NK6A 1JLAA 3KIOA 1Z25A 3RR7A 3V9ZA 2QKBA 3LDSA 2DFEA 1XWLA 3OYKA 1LWCA 4F3OA 2Z1IA 3NGIA 4ID1A 2G8WA 4AHRA 4OVLA 3EZ5A 3V9UA 4DSKA 3AVMA 3QEVA 4KRFA 1SKRA 1ASUA 4DTOA 3QIOA 4CF8A 3G0ZA 4W5TA 4FLXA 1JL2A 2G8KA 1I39A 1NK9A 1BQNA 3IAYA 3P83D 1RBTA 3ISNC 3OYFA 1TK8A 4F4KA 4KAZA 4H8KA 3DRPA 4H4MA 3L2UA 1QSYA 2D0CA 5C42A 3LP2A 1N6QA 2GBZA 4DQPA 4CERA 2GUIA 1L3UA 1IG9A 1LV5A 3AA3A 4NCBA 2ATQA 1WSIA 3LZJA 1C1BA 4DQIA 4DTUA 4CJ3A 4FM2A 4N5SA 1HRHA 3F9KA 4JRPA 3CM5A 2F8TA 4DSIA 2HHWA 3RMBA 3HT3A 3T3FA 4DWIA 3BDPA 3SUQA 3I0SA 4C8LA 3B6OA 3NE6A 3U3GA 2B4JA 3S9HA 3AO3A 5EU7A 3KKRA 2X78A 1HNVA 5FROA 3ZT0A 4KTWA 3KKSA 4DU3A 2D0AA 3AO5A 4CHZA 1IH7A 4DSFA 2IC3A 4DFKA 4FLYA 1HYSA 4CE9A 2WONA 4ZTFA 4NYFA 3LWLA 1TKXA 2HNYA 3VQBA 4WE1A 4CGIA 3NF7A 1QQCA 3V1OA 2HW3A 3AVLA 2RKIA 4M42A 1XHXA 5C25A 3DOKA 5CYQA 4DFMA 4AHTA 2HHVA 2HMIA 3LPTA 4CJRA 1NKBA 4CEEA 1KFDA 3DMJA 4CFBA 3AVHA 3HXMA 3AA2A 4CGFA 4CCHA 3P5JA 3DI6A 4DLEA 4EZ9A 4M41A 3HSTB 1L3VA 4FJ7A 1C6VA 1JXEA 1J5OA 2YV0X 3SUNA 3LANA 4CEOA 3AVNA 2G8FA 3RTVA 3SV3A 2FBVA 1NJWA 5KRTA 2HB5A 5KGWA 4FLZA 1ZYQA 3K59A 1RT5A 4FJXA 3D0PA 1BGXT 1RBSA 3PX6A 3T1AA 1R0AA 3RRGA 4CF9A 1LW0A 1LWEA 1S1VA 2FBXA 2DY4A 1VSEA 1D5AA 1U04A 1YTUA 4BE1A 1SKWA 1TL3A 3HO1A 3SUPA 1W9HA 1BI4A 1JLEA 4M3UA 1BHLA 4L8RB 5FDLA 3OYLA 4CJFA 5HP1A 1EKEA 1IKVA 4E89A 1NKEA 3DLKA 1RBUA 3PO5A 1JLBA 1CZ9A 3AVAA 1WSEA 1HJRA 2OZMA 4NCAA 4KFBA 3QEXA 4NCGA 1SKSA 3TAEA 1U45A 3VN5A 3KD5E 5HRPA 1REVA 4DS5A 2E6LA 4FW1A 1TVRA 1NJXA 4KHYA 3VQ9A 3PX0A 1WSHA 3LP3A 3WNEA 4CGJA 3ZCMA 4CK2A 1WN7A 5SZTA 2EHGA 3AVFA 3MXJA 3CYMA 4LH5A 3OYAA 3DLBA 4RW4A 3VQ5A 2YNGA 4M3XA 2KW4A 1HQUA 3L2VA 4CEBA 1NK5A 4KPYA 4CJLA 3V4IA 4CHPA 3KLGA 3LZIA 4E7HA 4CJEA 1TKZA 2YHBA 1GOBA 1C0UA 4B9VA 3HVTA 3QETA 1RT6A 5KGXA 1X9WA 2IDOA 1QS4A 3BGRA 4B9SA 3V81A 3VQ8A 3OS2A 1RDBA 1LW2A 3ZT4A 2WOMA 4DMNA 1RDCA 4CHOA 1MU2A 1VRTA 4KB0A 1IO2A 1ASVA 2ZQBA 1I3AA 3KLIA 1TK0A 5JS2A 2BGGA 2OZSA 4DTNA 4DQQA 4KB1A 4OJRA 3ZSOA 4DSJA 2HHTA 1L5UA 2PZSA 4FM0A 1WNSA 4CF1A 5CYMA 4KKOA 1S1WA 3OVNA 2IS3A 1C1AA 1EP4A 2OPPA 3AVBA 1UWBA 3VQPA 4CFCA 4KTZA 3KTQA 3LALA 1J54A 3NF6A 5FRNA 2HNDA 3NF9A 3C6TA 1KLNA 2YKMA 3C6UA 1FXXA 4I2PA 4CJUA 3K5LA 1BQMA 3VQ6A 3SV4A 1QTMA 4CIGA 3AVIA 2YKNA 1VSMA 1WSGA 1BIZA 1RBVA 3O4NA 2XY8A 1RT4A 3EY1A 4E0DA 4KHNA 4LH4A 2Y1JA 1KVBA 4N56A 4CJTA 3C95A 4JLHA 4KO0A 4CGGA 2OA8A 4M3TA 3HYFA 4OGCA 1QE1A 4Y1DA 3L2WA 2D0BA 3K5NA 3RR8A 4O5BA 4RW9A 4FW2A 4CIFA 3KLFA 2PY5A 1DTQA 2JLEA 4M3ZA 3DLEA 3NBPA 3S3MA 4ELUA 5T7BA 3HPGA 3TAMA 3NGZA 3VA3A 3O4QA 4AHUA 3CQ8A 3RWUA 1BISA 1FKOA 2XY5A 1VSKA 1UA0A 3TAFA 3U6FA 3TAPA 3ZSWA 4B9MA 2KTQA 1KRPA 4MFBA 3P1GA 3L2QA 1BCOA 3THVA 4C8OA 1S9EA 2I5JA 4DU1A 2OPQA 1QSLA 1SL1A 5HBMA 1J9AA 4ELTA 3MEEA 5HRNA 3O3FA 1RDAA 3SYZA 3RRHA 3JSMA 5J2MA 1XHZA 4PY5A 4J2AA 4W5QA 2QK9A 4Z4EA 2KFZA 1RNHA 4FJ8A 4FM1A 3AO1A 3CFPA 4AHVA 4ELVA 4CGDA 1ZBLA 3NDKA 4B9TA 3DRSA 4DFPA 4Q0BA 4PA1A 1L3TA 1TK5A 1IKXA 3AVGA 1CZBA 4E1NA 3ZSYA 4OPJA 3HK2A 3TAGA 3QEIA 4EP4A 2G8HA 4M3RA 2X74A 3VQCA 4CFAA 2FC0A 4XIUA 4CJ5A 2IGIA 3K57A 4FXDA 4CHYA 4W5RA 3NF8A 1RT1A 1TL1A 3OYGA 1TV6A 1ITGA 3QEPA 4FJGA 3WNHA 3ZSXA 4CK3A 1DLOA 1GOAA 2XHBA 2KZZA 1ZBHA 2R7YA 3SQ2A 1BL3A 4LSNA 2B5JA 4JS5A 1T03A 4I2QA 3V1QA 3VQ4A 4B9NA 4W5NA 4DS4A 3K5OA 4DTMA 4FZZA 4CJPA 4ZTJA 3T19A 4BDPA 3AVJA 4B08A 1JLQA 3SCXA 1HQEA 3KK3A 4HCBA 4Y1CA 1HMVA 4E7LA 1S6PA 4CEFA 1RT3A 1NK0A 2LSNA 2PYLA 4DTXA 2NUBA 3KLHA 4BDYA 3LP1A 1SL0A 1F21A 3LPUA 3VQAA 3PUFA 2XRIA 3TARA 3SQ4A 4LSLA 4CJVA 5HLFA 4BE0A 4KI4A 4FLVA 4CEZA 1UA1A 2PYJA 4FZYA 3SPZA 1KFSA 3H08A 4OKJA 2BE2A 4CGHA 4CHQA 1A5XA 3D45A 1U49A 1KVCA 3AV9A 5J2PA 4B8CA 3E01A 4IG0A 2ZD1A 1S9GA 1KLMA 3SQ1A 3M8SA 1Z26A 3I8DA 2HVHA 1RBRA 3TAQA 1XI1A 2Z1JA 3CFOA 5KI6A 3ZSZA 4CHNA 3HM9A 1T7PA 1NKCA 4E1MA 3OYEA 4BACA 4CESA 3NH1A 4CEDA 4Z4GA 4F2SA 4J2EA 4Z4HA 1LAWA 4KTQA 4CK1A 4B3OA 3HPHA 3DRRA 3TR8A 5DMRA 1RTJA 1S1UA 5CZ2A 4GW6A 3SPYA 4E7KA 2XY6A 4Z4IA 3AVKA 2OYQA 3DLGA 4FLWA 4M3YA 3QEWA 1BCMA 3QIPA 4E19A 3ZSVA 4DFJA 2Y1IA 3O3HA 1G15A 3SNNA 1K6YA 1NJZA 3QERA 4HUGA 1L3SA 4QAGA 1DTTA 4FJMA 4OGEA 3S3OA 1RCHA 3DYAA 2G8IA 1VSIA 3SZ2A 1UAXA 3PO4A 3NCIA 1CLQA 3F73A 4DSEA 1T05A 1TGOA 2A1SA 2KZMA 4I9LA 3TABA 4J2BA 5SWMA 1NK7A 2OPSA 2GV9A 2RF2A 5K14A 3PY8A 4IKFA 1N5YA 3WNFA 1XC9A 1VRUA 3VQ7A 3DM2A 4HHTA 4B8AB 2HNZA 3WNGA 3LAMA 4JS4A 4KV8A 1WSFA 3OYMA 3OYNA 1HNIA 4CJSA 1HPZA 5KTQA 3EYZA 1NJYA 2HHQA 2A1RA 3AVCA 1TKDA 2O4GA 4IFYA 3B6PA 3MECA 2P1JA 2X6NA 4DTPA 4I7FA 4NYNA 1KSPA 4KHSA 2AJQA 4RG8A 1X9SA 3MEDA 1FKPA 4C8NA 4FJIA 1WSJA 4FLTA 2D5RA 1IKYA 3K2PA 1D9DA 4N76A 1EXQA 4OLAA 1HYZA 3ZT1A 4DG1A 4FJ9A 1WAJA 1B92A 5HROA 1YT3A 4IG3A 2P5OA 4O0JA 1RDDA 3O3GA 4F2RA 1UOCA 4Z0UA 4CIEA 4DF4A 1QSSA 3OS0A 3LP0A 3LWMA 4F3TA 3PV8A 3DLHA 4FVMA 5FRMA 3CG7A 4FJLA 4O4GA 4YNQA 3SI6A 4E7IA 4OKKA 1JLGA 1ASWA 3QNOA 1C1CA 1LWFA 3VQEA 3NH0A 3JYTA 1KVAA 4BWMA 1S1XA 2OPRA 3V9SA 2QXFA 4DTSA 1VSJA 2XY7A 1LAVA 3DOLA 4E3SA 3KK2A 3QNNA 2E4LA 3QINA 5HRSA 1D8YA 2G8VA 2KFNA 1S1TA 4OLBA 1JLCA 1ZBFA 2DFFA 4FK0A 2P51A 5CY4A 3KLEA 3MXIA 3RMCA 4KREA 1NOZA 4HUEA 4BDZA 4AH9A 1RT2A 2B6AA 3I0RA 4M45A 1BI4B 4CF2A 2VG7A 4FK2A 3OJSA 4QOZB 4KHWA 4FYDA 3IG1A 3V1RA 4RW6A 3C94A 1Q9YA 4JRQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CZMA 1NGBA 5AQHA 2FYOA 1X3MA 3IUCA 4AKHA 4FK4A 2P9PA 3RMAA 4CJQA 4I9QA 3V6DA 1A5VA 1RILA 1IJJA 3IKMA 4WFNL 4DF8A 1C0TA 2NRZA 2F4VK 2O8EB 2JHPA 3L8BA 4HTUA 1CXUA 2P9KA 3T69A 3MEGA 2FSNA 4B9LA 1HYVA 4LFCK 1B9DA 5IT9O 1TYQA 1O1WA 3DAWA 3CCVN 3GOIA 4FWMA 1VAZA 1RTDA 2QWRA 4M63C 4PWDA 4FCYA 2PFVA 1BIUA 2EX3A 5I42A 1NK4A 3PX4A 3UKUA 1JJ2M 5J2QA 2VG6A 2YNIA 3M8PA 2JHAA 4DU4A 5BR8K 1SQKA 3OYIA 2UUCK 1FK9A 4QCLA 4FWKA 3NGYA 1Q86O 4UQGA 2GTDA 3TANA 3H6EA 3SMPA 4GV3A 3A2FA 1RT7A 1JXBA 5AQKA 4KBOA 1BA1A 5CZ1A 3MXMA 4AILC 1RDWX 4J2DA 4CEAA 1T3VA 4O55A 4CZLA 3OY9A 1SUQA 2DTUA 1YHQN 1RTIA 4CF0A 3C6OB 2IOCA 3VQQA 3L3VA 3M8RA 2H3GX 3V9XA 1VSLA 1J53A 2F8SA 3ALYA 3CMEN 5EOYA 4WF9L 2RN2A 1Y97A 4CJKA 1SL2A 4OPAA 1HR0K 4ICLA 1YTAA 4PUOA 5FPMA 3AO2A 3L2RA 5J1EA 1I94K 4C8MA 4K8XA 3OS1A 4GV6A 1WLJA 2RCUA 3M5RA 4HCCA 4JI2K 3C6AA 1T8EA 3VERA 3QBXA 3IS9A 1NK6A 3KIOA 4RL5A 3KK7A 1Z25A 2PBDA 2QKBA 1XWLA 3OYKA 2Z1IA 1H1VA 4AHRA 2E31A 4DSKA 2QA4N 3QEVA 3ATUA 3I55N 4FVUA 3QIOA 4CF8A 3LDLA 1I39A 3J80O 3NVKA 1NK9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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