The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
152
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sequence length |
484
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structure length |
484
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Chain Sequence |
b'YDFDLIIIGGGSGGLAAAKEAAKFDKKVMVLDFVTPTPLGTRWGLGGTCVNVGCIPKKLMHQAALLGQALKDSRNYGWKLEDTVKHDWEKMTESVQNHIGSLNWGYRVALREKKVVYENAYGKFIGPHKIMATNNKGKEKVYSAERFLIATGERPRYLGIPGDKEYCISSDDLFSLPYCPGKTLVVGASYVALECAGFLAGIGLDVTVMVRSILLRGFDQDMANKIGEHMEEHGIKFIRQFVPTKIEQIEAGTPGRLKVTAKSTNSEETIEDEFNTVLLAVGRDSCTRTIGLETVGVKINEKTGKIPVTDEEQTNVPYIYAIGDILEGKLELTPVAIQAGRLLAQRLYGGSTVKCDYDNVPTTVFTPLEYGCCGLSEEKAVEKFGEENIEVYHSFFWPLEWTVPSRDNNKCYAKVICNLKDNERVVGFHVLGPNAGEVTQGFAAALKCGLTKQQLDSTIGIHPVCAEIFTTLSVTKRSGGDILQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Trp114 residue of thioredoxin reductase 1 is an electron relay sensor for oxidative stress
rcsb |
| molecule keywords |
Thioredoxin reductase 1, cytoplasmic
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
152
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| structure length |
484
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| sequence length |
484
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| chains with identical sequence |
B, E, F
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| ec nomenclature |
ec
1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase. |
| pdb deposition date | 2013-05-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00070 | Pyr_redox | Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase |
| A | PF00890 | FAD_binding_2 | FAD binding domain |
| A | PF02852 | Pyr_redox_dim | Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Enolase-like; domain 1 | Enolase-like; domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Q0L A; 4ZCD A; 4OPI A; 2Z5X A; 4B67 A; 2PHH A; 3KVE A; 1KSS A; 5IQ1 A; 1CC6 A; 1COY A; 1IUV A; 3S5W A; 5U1O A; 3DJE A; 4NTD A; 3CNT A; 3NNE A; 3AEF A; 3NYF A; 3G5S A; 2GMH A; 3ITJ A; 3FIM B; 4EIP A; 2XLP A; 1DOD A; 1VQW A; 4YXD A; 2AAQ A; 1FL2 A; 3UTF A; 1OJ9 A; 4YSH A; 5KOW A; 2R45 A; 4AOS A; 4ZCC A; 1QJD A; 4BK2 A; 2R0C A; 1PHH A; 3KU9 A; 1Y56 B; 4HB9 A; 4U8O A; 3RED A; 1D5T A; 4WCT A; 3AE3 A; 2RAB A; 1JEH A; 2V5Z A; 1TDK A; 3GWF A; 3GD4 A; 2GR3 A; 1DJN A; 1QO8 A; 1Y0P A; 2WS3 A; 4C3Y A; 4Z2T A; 3F8R A; 2A8X A; 4PAA A; 3QSM A; 4RSL A; 3CGC A; 1PBF A; 4YWO A; 4H4Q A; 5KXJ A; 2V60 A; 3ADA B; 3DJG X; 1JRZ A; 4OPD A; 2FJB A; 1IUW A; 3VRD B; 4BK1 A; 4A65 A; 2NPX A; 4U8P A; 1K0I A; 1GRT A; 1V59 A; 2BK3 A; 3DH9 A; 2XDO A; 4O5Q A; 1MOK A; 4TLX A; 5KOX A; 4TLZ A; 1E1M A; 2JBV A; 2DKI A; 1Q1R A; 3DK9 A; 4Z43 A; 3AXB A; 1TDE A; 3GSI A; 3ICT A; 1GTE A; 4EIQ A; 4YTN A; 2XLR A; 1H7X A; 5U63 A; 4B68 A; 5GRT A; 2C64 A; 1NEK A; 2BA9 A; 2QA2 A; 1Z6L A; 2WPF A; 3GMC A; 3GMB A; 2ZZB A; 1YKJ A; 3P4S A; 4EMJ A; 3AEC A; 2BC0 A; 2R0P A; 3CND A; 1PXC A; 3AB1 A; 1BGJ A; 1ZDL A; 2X8C A; 2C65 A; 2O9Z A; 4J2W A; 1CBO A; 2UZZ A; 5JCN A; 4B1B A; 2JB3 A; 4C5O A; 2C73 A; 3URH A; 3DJD A; 4IVO B; 2I0Z A; 5FS7 A; 4YT0 A; 3AD8 B; 4Z2R A; 3GDP A; 2WOV A; 2CFY A; 3AD7 B; 1JU2 A; 2BCP A; 2E5V A; 1NHP A; 4H4V A; 4GDP A; 3F8P A; 1ZX9 A; 1FEC A; 4C74 A; 2AQJ A; 5FMH A; 1TYT A; 1ZOY A; 2YQU A; 2C3D A; 5EBK A; 3AE2 A; 4CNJ A; 1RYI A; 4YSX A; 1ZKQ A; 4J36 A; 4A5L A; 4X9M A; 3VR8 A; 3P4Q A; 4JQ9 A; 4XWR A; 3E1T A; 1EBD A; 2ZBW A; 1ZP0 A; 5U25 A; 4BV6 A; 4RG4 A; 3GYI A; 1JRX A; 2B9W A; 2OAL A; 3NK1 X; 5KVI A; 1F8W A; 3UKH A; 4K22 A; 1L9E A; 2XVH A; 2VOU A; 3C4N A; 3CPI G; 1GRB A; 3SFD A; 3QFA A; 1NG4 A; 4K8D A; 2WHD A; 2C76 A; 2YM2 A; 2BXR A; 4EMW A; 1CJ3 A; 2C7G A; 2EQ6 A; 2TMD A; 2YG5 A; 2X8G A; 3GD3 A; 3AE1 A; 5CKU A; 4UDQ A; 3DGZ A; 1IUS A; 4WX1 A; 2JK6 A; 4JN9 A; 4USQ A; 2GQW A; 3LJP A; 5KWF A; 2YM1 A; 2YG3 A; 4YKF A; 3CGE A; 1F3P A; 1FCD A; 1D4E A; 2OA1 A; 4U2T A; 2VVL A; 2WDV A; 4C3X A; 3P1W A; 4I59 A; 1B4V A; 2YWL A; 3NG7 X; 1HYU A; 2RGJ A; 3FBS A; 1ZY8 A; 2WP5 A; 2YLZ A; 1F8S A; 2ARD A; 3NK2 X; 2YR6 A; 3OZ2 A; 1PBB A; 1JNZ A; 1NPX A; 1KSU A; 4PAB A; 3RP7 A; 4DGK A; 4YTP A; 1FEB A; 1GT8 A; 1F8R A; 1S3E A; 1VG9 A; 1XHC A; 2APG A; 4YTM A; 5JCI A; 1GRE A; 1GET A; 2EQ9 A; 3PVC A; 3DGH A; 2XFP A; 1PDH A; 1B8S A; 4HA6 A; 1O95 A; 5M10 A; 4H7U A; 5FS9 A; 1X31 B; 3K7M X; 3UKQ A; 1D7L A; 5HXI A; 4JY2 A; 1BKW A; 4OPT A; 4H4W A; 3I6D A; 4GUV A; 2GEW A; 2GQF A; 3NHO X; 4FK1 A; 3DJJ A; 1B5Q A; 2XLU A; 1PJ5 A; 3T37 A; 2GMJ A; 3P4P A; 3UTE A; 4UDP A; 4AT2 A; 3G5Q A; 1O5W A; 2R46 A; 1ELI A; 1NHS A; 2VVL G; 3GWD A; 2NVK X; 5JCL A; 3B3R A; 2ACZ A; 3UTH A; 2GH5 A; 2WP9 A; 1LTX R; 4JNQ A; 3UKA A; 2OAM A; 4AT0 A; 2RGO A; 4K2X A; 1M6I A; 2V3B A; 2CDU A; 1BGN A; 4ECH A; 5KVH A; 1TDO A; 1TDN A; 1PS9 A; 2B9Y A; 3CPJ G; 3ABV A; 3LAD A; 2GAG B; 1QLB A; 4Z44 A; 3GDN A; 3BHK A; 3B6D A; 3CNS A; 2ZZ0 A; 2FJA A; 4ICY A; 2BCG G; 1OJC A; 4CCQ A; 1TRB A; 4A9W A; 2X8H A; 2A87 A; 2B9X A; 1GTH A; 2Y6Q A; 4N9X A; 4MJW A; 4B65 A; 1ONF A; 2XCG A; 1S3B A; 2YLX A; 1PN0 A; 3O0H A; 4LU6 A; 1PXB A; 4U2L A; 2XFQ A; 3AWI A; 2WOW A; 2VRM A; 4H2P A; 1MXT A; 1GRA A; 1YQ4 A; 1OJD A; 3UOX A; 3AYL A; 4M52 A; 1P2E A; 2WBA A; 4J34 A; 3V76 A; 1NDA A; 5BUK A; 3BNU A; 3UOV A; 1H86 A; 1XAN A; 3LXD A; 2GB0 A; 2Y6R A; 4IVM B; 4TM0 A; 3KD9 A; 2YVG A; 4CRT A; 1DOC A; 1KDG A; 2VQ7 A; 4J57 A; 3ALJ A; 3H8L A; 5EB5 A; 1H82 A; 5J7X A; 3FG2 P; 4NZH A; 1E1N A; 5IQ4 A; 1MO9 A; 3AE5 A; 3KLJ A; 3GYJ A; 5FS6 A; 4U8I A; 4YKG A; 1RSG A; 4CY8 A; 5BRT A; 1KF6 A; 1S2Y A; 1PXA A; 3AE6 A; 3NIX A; 1PBC A; 1ZK7 A; 2FBW A; 1YQ3 A; 3LZW A; 1DNC A; 4H4P A; 4FDC B; 4EQX A; 2WU2 A; 3AE8 A; 2V3A A; 3AED A; 2FJE A; 2QAE A; 2YAU A; 3UOZ A; 3M0O A; 1BZL A; 4GR1 A; 2TPR A; 1KNR A; 3UKP A; 3DA1 A; 1N4V A; 3QVP A; 2BS2 A; 3AEA A; 1FEA A; 3IF9 A; 2WOI A; 3IWA A; 1JRY A; 1GAL A; 5TR3 A; 2Z5Y A; 3CGD A; 1GRG A; 4OPL A; 4B66 A; 3II4 A; 3LOV A; 4XXG A; 3EF6 A; 2IID A; 1SEZ A; 3DK8 A; 3UP5 A; 3SQP A; 4YSZ A; 4K5S A; 2WET A; 1XDI A; 1ZMC A; 1CJ2 A; 1CL0 A; 2R4E A; 2WES A; 3D1C A; 3IC9 A; 1CHU A; 3VRB A; 1B37 A; 1NHR A; 4OCG A; 5JCM A; 4P9S A; 4NEW A; 1N1P A; 2WP6 A; 3BI4 A; 3KA7 A; 1CF3 A; 3NLC A; 1GND A; 5BVA A; 1H81 A; 3VRA A; 1CC4 A; 4H4Y A; 2OLN A; 3Q6J A; 2E1M A; 2BC1 A; 5M0Z A; 1TYP A; 4OVI A; 3AE4 A; 4AP1 A; 2R9Z A; 2YLS A; 1D4C A; 4NTC A; 3CNJ A; 2V61 A; 1GXF A; 1K4Q A; 2B7R A; 2VQB A; 1EL9 A; 2WEU A; 3K30 A; 2B7S A; 1DXL A; 1NG3 A; 5JCK A; 3DME A; 4O5U A; 2WPE A; 3AYI A; 4TM4 A; 4IA5 A; 2YVJ A; 3WE0 A; 3PO7 A; 1LJ1 A; 4H4U A; 3ZDN A; 2XLT A; 1BWC A; 2H88 A; 1LPF A; 1JNR A; 3D8X A; 1NAA A; 4Z2U A; 4EM4 A; 5L46 A; 3L8K A; 2XVF A; 1Q1W A; 2BS3 A; 3NTD A; 4UP3 A; 2IVD A; 3ALL A; 4JY3 A; 3V3N A; 2C72 A; 3BI5 A; 3H8I A; 1N4W A; 2YG7 A; 1GEU A; 2PYX A; 1E39 A; 2JKC A; 3NT6 A; 4GCM A; 3BI2 A; 4B64 A; 4K7Z A; 2J3N A; 1E7P A; 1LQT A; 1UKV G; 4DNA A; 3EPT A; 1Q9I A; 2GR0 A; 2QCU A; 3NN0 X; 4U2S A; 1S2Q A; 3UP4 A; 2C67 A; 5IPY A; 3JSK A; 2XYO A; 1H7W A; 2V6O A; 1K0J A; 2BK4 A; 3CPH G; 1DOB A; 1D7Y A; 2XVJ A; 1IUT A; 3VQR A; 2C70 A; 4LA1 A; 4AOX A; 1CJ4 A; 3HZL A; 1L9C A; 4H2N A; 4DSH A; 2BAC A; 4OPG A; 2YLW A; 4REK A; 5J60 A; 4H2R A; 2WPC A; 4BJZ A; 4I58 A; 3SM8 A; 3COX A; 4GF7 A; 1YY5 A; 4EQS A; 5GSN A; 1ZOV A; 2Q6U A; 1FOH A; 3NRN A; 3RNM A; 1CC2 A; 2X99 A; 2RGH A; 3DK4 A; 2XVE A; 3QJ4 A; 4FK1 C; 4UDR A; 4A6N A; 3F8D A; 3ISH A; 2YG6 A; 4EM3 A; 1LVL A; 2GRT A; 2JAE A; 3L1R A; 3GRT A; 3H4K A; 2AR8 A; 4BK3 A; 4USR A; 2YVF A; 1REO A; 4H2Q A; 4C77 A; 3EAO A; 1O94 A; 4IV9 A; 4EQW A; 4JNA A; 2X50 A; 1VDC A; 1D4D A; 3FPZ A; 3CNP A; 3ATR A; 5C3J A; 4Y4M A; 2QA1 A; 1EL7 A; 2GV8 A; 1N4U A; 4EMI A; 2CVJ A; 3S61 A; 3CTY A; 3UCL A; 1H84 A; 3NYE A; 2GR2 A; 2YR4 A; 2HQM A; 3CGB A; 4OPU A; 2XFU A; 1OJT A; 1GES A; 1KFY A; 4X4J A; 4X9N A; 3P4R A; 1H6V A; 3M13 A; 3NGC X; 1PJ6 A; 1E1L A; 3ALM A; 3BNM A; 4TM3 A; 3RHA A; 1EL8 A; 4AP3 A; 3C4A A; 3KKJ A; 4D04 A; 2XLS A; 4EQR A; 2YLR A; 3VR9 A; 4U8K A; 2C66 A; 2W0H A; 3NKS A; 4XWZ A; 2B76 A; 4B63 A; 4A99 A; 1E6E A; 4JDR A; 2X3N A; 3ATQ A; 1GER A; 5ER0 A; 4KPR A; 4E0V A; 4H50 A; 2GF3 A; 1JOA A; 4A79 A; 5HYM A; 4U8L A; 2A89 A; 3SGL A; 2E4G A; 2WDQ A; 3K7T A; 3IHG A; 2GAH B; 2GVC A; 2Q7V A; 5HY5 A; 2R0G A; 3UKL A; 1KNP A; 5HHF A; 4LII A; 2CUL A; 1BF3 A; 4TM1 A; 1GRH A; 1EL5 A; 4CBQ A; 4YSY A; 5C2T A; 3I3L A; 2H89 A; 3RP8 A; 1NEN A; 3M12 A; 3NN6 X; 1IUU A; 2VZ2 A; 1IUX A; 3QVR A; 1GRF A; 3AEG A; 2Q0K A; 3FMW A; 5FS8 A; 3LB8 A; 4Z24 A; 2IVE A; 4A6N B; 3PS9 A; 1RP0 A; 1GPE A; 4D03 A; 3QFB A; 1PBD A; 3Q9T A; 1TDF A; 1DJQ A; 1OJA A; 3AD9 B; 2VVM A; 3ICR A; 4H4Z A; 1M64 A; 4K5R A; 1LV0 A; 2JB1 A; 1L0V A; 4ZN0 A; 3NK0 X; 4RG3 A; 2C75 A; 3CIR A; 1P2H A; 3IHM A; 4NTE A; 4U8M A; 4GDE A; 4APN A; 4U8J A; 2R4J A; 3UTG A; 2OLO A; 3LZX A; 1ZMD A; 4NEV A; 2EQ7 A; 1PJ7 A; 2BXS A; 2JB2 A; 2YG4 A; 5LV9 A; 4H4X A; 5DBJ A; 2WDR A; 4BJY A; 5BUL A; 2ZZC A; 3RP6 A; 1NHQ A; 4J31 A; 4IA6 A; 1Y56 A; 1PBE A; 2F5Z A; 1L9D A; 4Y4N A; 1YQZ A; 4J33 A; 3QSS A; 4CY6 A; 3QSE A; 3BHF A; 3KPF A; 2BYB A; 4H4S A; 3AEB A; 3NH3 X; 3UKK A; 4KX6 A; 4H4T A; 4Z26 A; 2YLT A; 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