4KPTA

Crystal structure of substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq from lactococcus lactis
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
TVKIASDSSYAPFEFQNGQKKWVGIDVDIMQEVAKINDWKLEMSYPGFDAALQNLKAGQVDGIIAGMTITDERKETFDFSNPYYTSALTIATTKDSKLSDYSDLKGKAVGAKNGTAAQTWLQENQKKYGYTIKTYSDGVHMFAALSSGNIAGAMDEVPVISYAMKQGQDLAMNFPSISLPGGYGFAVMKGKNSTLVDGFNKALAEMKSNGDYDKILKKYGITA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
molecule tags Transport protein
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
total genus 74
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kptA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4kptA02
3T9HB 1Y20A 5TPAB 3KOSA 2HFBA 4I8CA 4NF5A 4ELQA 4ELOA 1Y3PA 3FD3A 1WODA 4FIMA 3U72A 4NEDA 3R7XA 3K01A 4R72A 3H6TA 1CB6A 2UXAA 2OWSA 2Z22A 4OEVA 5ELVA 4THIA 3WAEA 1MXVA 1OQGA 3KEIA 2A5TB 2E0SA 2UYFA 4R6HA 3S9LC 3CFLA 4IO6A 4Q8RA 1NNKA 3FIRA 2AYSA 4LATA 3PGFA 3UIFA 1KWHA 4WEPA 4F3BA 1UQWA 3KZGA 3VDFA 3TELA 3U94A 1AIVA 2QS4A 3QAXA 3M8UA 3DP8A 5FTIA 1BTJA 1Y1MA 3L6GA 3KJTA 4IY6A 2XX9A 1IQ7A 2Q8JA 4QFKA 4M1VA 3PMWA 4YB5A 2DXYA 3O6GA 2FYIA 1UTHA 2THIA 1B3GA 1IXIA 5ITOA 1QKBA 4IO2A 1LB8A 2OJTA 1MM7A 3RNNA 5DT6A 2Q9TA 2HXWA 4DDDA 3G3JA 5A5XB 2I3VA 1WDNA 3PUZE 3TZAA 1P1NA 2HZLA 2DWIA 4U1ZA 1Y4CA 1B32A 4FORA 4KCDA 3LSXA 3FVNA 5AA2A 3LR1A 3VE1B 4ESXA 1YTVA 2RKMA 1FTMA 2M8CA 1BLFA 3SETA 3TTKA 5AE4A 1I6BA 2RF1A 4F3GA 3ZKLA 3ODBA 1M5DA 1LFIA 1SW5A 1OIBA 4FEBA 2H25A 1VSOA 1NNFA 1JEVA 1ELJA 4JB7A 5JK4A 1LCFA 4H65A 3S9EA 4YAHX 3Q25A 2AIXA 5I2NB 4MBPA 5ICTA 3MZ1A 4C1TA 1SYHA 1UTBB 5TP9A 2XXRA 4GL0A 1SVXB 1MY2A 4P0GA 3PUVE 3MVZA 3Q26A 1B46A 1PB8A 3TAJA 1VFEA 1JVYA 4ZEDA 1F9BA 5CM6A 5ISUA 5IKBA 3IJXB 1VFDA 1XOCA 2ONRA 4R6YA 5H8NB 3KN3A 3QK6A 1MPDA 1ZLQA 2R71A 1MRPA 3E3KA 3KFMA 4U4SA 1B1HA 3O2AA 2ANJA 4H8IA 5H8HB 1M5FA 1POY1 1B5HA 4JWOA 3T66A 3ZSFA 2OLBA 4H5FA 3O29A 5CMBA 4DE8A 4DIGA 3MZBA 5TPAA 2RCAA 3SEYA 1URGA 3CFXA 4ZEBA 4ISUA 1QW0A 2F7BA 1JNFA 3P7IA 1D9YA 1N0TA 3C36A 1HSEA 2UYEA 1M5EA 2FNCA 3C4MA 4NE4A 3Q28A 3FVKA 1B58A 2V3QA 2H98A 3PMVA 1B4ZA 2Z23A 3FUZA 2A5TA 4U4XA 4YZZA 4YU0A 3TYHA 2OZZA 3G3GA 3OOAA 1GGGA 3FATA 3FVGA 2QRYA 4R9GA 1ZJLA 1I6QA 1O63A 3CG3A 4I1DA 3OO9A 1LFHA 1EZOA 2Q88A 1A7LA 4YMBA 1A99A 1Y3QA 2GFEA 1MY3A 1B5IA 2G29A 5AA4B 4OERA 4EXKA 3V5AA 2UVIA 3IB1A 3T9VA 3PMXA 3DELB 4RJZA 4YB6A 2LAOA 4OFOA 2Q89A 2D21A 1PEBA 3FASA 5KCJB 4Q5TA 1QULA 5EHSA 3K02A 1B4HA 5CC2A 3IO4A 4IO3A 1LBCA 1OLAA 4JWYA 2ZYNA 4XTCQ 1S50A 5CMKA 3A3CA 3E13X 4Z0IA 1FCKA 3ILUB 2DE4A 4R75A 1OQHA 4H0WA 4IGRA 3WAFA 5KZTA 2X7QA 4FATA 5B7DA 4JDFA 3OELA 2O6AA 1A8FA 4JWXA 3EHTA 4YICA 2QS2A 1MQHA 3OO8A 3K6WA 3KOTA 4X1BA 1LGBC 4JSOA 4R6KA 3LC8A 4R2BA 4F1UA 5I59B 1HSLA 1D9VA 2DYXA 4OWDA 4KYDA 4FE8A 4M4GA 4U22A 3MPKA 4N13A 1D3KA 1H45A 4G2ZA 1MY1A 1JETA 1OLCA 1LSTA 5I2NA 5H8FB 1IXGA 3S9MC 2ALUA 5J1DA 5B70A 1B3FA 4BDOA 2A5SA 4MLVA 3HPIA 1IZ1A 1UTBA 5CRYA 2DWAA 2QPQA 2PMSA 3PPPA 1QJMA 2W7YA 4H1XA 2O51A 3N26A 3SEVA 4XKNA 3OEMA 3FJMA 3RN8A 1LLSA 3MC2A 4RK2A 4F18A 5HBCA 3K4UA 3SESA 3K1NA 1O7TA 4O3CA 3SEWA 4ESWA 4QSDA 4OYVA 4HS7A 1Z7ME 1A40A 1N04A 1DTGA 3DLNA 4R73A 5H8HA 4U23A 4ND9A 1JEUA 2BJJX 3KSJA 4BDNA 3FXUA 1QUKA 2AL5A 2NOOA 1M5BA 1FTKA 4WEDA 3A09A 3W9VA 4GWOA 2F35A 2REJA 1A54A 3U1OA 4KCCA 4OQOA 3OXNA 3VXCA 4GF8A 2QJEA 3PPOA 3EHSA 4RPOA 4LQ5A 3W9WA 5FHOA 5CI5A 4XKQA 1H3DA 4TLLB 1P99A 3IOVA 4G8HA 3U92A 3OD7A 4KPTA 4KFQA 2GHBA 2XXWA 3RT6B 1SYIA 1H76A 4EQBA 5I56B 3VV5A 5DVFA 4RPNA 1LAGE 4KYSA 1QUIA 3IL1B 4GLIA 3EF7A 3QXMA 1GR2A 3E4RA 2X26A 3QIMA 3T9UA 3C35A 3JYRA 3RY3A 1LAXA 3MP1A 4FAJA 2HCAA 5AA4A 4GOTA 4GIZA 1YPNA 2PBWA 2OK2A 5H8QA 3H7MA 1B05A 3SDFA 4QRZA 4EXLA 1NNTA 3RQTA 1FQEA 2KLFA 4Q0CA 4G8MA 4X1DA 1IUDA 2NVUB 5KCJA 3IO6A 2Z8FA 1IEJA 1USYE 4ELRA 2ESNA 2RC8A 1QUJA 1DMBA 1SW2A 4XKRA 5CMMA 4ZZAA 4C0RA 4KR5A 3CR9A 3T93B 3ECRA 4KQPA 1MQIA 1MXWA 5I2KB 3MP6A 2RCBA 2XD3A 4F1VA 5I58A 3TUSA 1XHYA 2XXQA 1B3HA 3LBSA 1B1XA 4AB5A 4KYEA 1EU8A 2QS1A 2ZNTA 2I4CA 1LFGA 3Q29A 1POTA 1NH7A 5I59A 3E9XA 3RGYA 2B65A 4NWDA 3FXQA 5EYFA 4WXJA 4F2QA 4ZE9A 1LBBA 5DEXA 3ILTB 3USDA 1MXUA 1MXZA 2Y7KA 5H8FA 4F2OA 1HSJA 3OO7A 2DVCA 3EPEA 1MM6A 2UVJA 1R1NA 1Y1ZA 2VOZA 3SEXA 2ZXTA 4YKJA 3MBPA 3FV2A 2ONKE 4QFOA 5AA2D 4RYAA 4JSDA 1SW4A 3FJGA 5DTBA 3OEKA 2NWJA 1GTKA 5BWJA 2I58A 5DVIA 2I6EA 4OXVA 4HCYA 3D4GA 3N6UA 1Q35A 4DZ1A 2GHAA 2ZYMA 3THIA 2RC7A 4G68C 3I6VA 3H06B 1FQFA 2Y7WA 4H6DA 1R9LA 1MXYA 4NF4A 1ZKBA 3VFJA 5JTYB 1FQBA 1MQGA 2I0BA 2XD2A 2DP8A 3OSRA 1TWYA 4P11A 1SI1A 3BKIB 2I0CA 3TODA 4Q30B 1DPPA 2O69A 1B7ZA 4L17A 1MQJA 1M5CA 4QFNA 3TMGA 1JVXA 1B9JA 3L6HA 2B3FA 3VVFA 4MF3A 1ZBMA 1B0HA 1N84A 2REGA 4BDMA 3PD8A 2FA7A 1DSNA 5I84A 3HSTA 2DVZA 5DYHA 2XX7A 4QFLA 4LZ5A 3MVWA 1B52A 3MP8A 3V8XB 5I56A 3CSGA 2D3IA 3B7DA 3LSLA 4GXSB 2F34A 3I3VA 2O68A 3UORA 3PPNA 4N07A 3MPLA 4GD5A 4OVJA 2DWHA 1NKXA 2CMOA 5FTHA 3A3UA 3FV1A 2RINA 3EQ1A 1UIUA 2F6GA 3QUFA 2GH9A 3CRBA 2DSFA 5BUUA 2B3BA 2F7CA 1GVCA 3K0VA 4UA8A 1TFAA 1XVYA 1J1NA 1MQDA 2O1MA 1B51A 2OWTA 3BFTA 2F5XA 3VXBA 4BLAA 3LSFB 3SKPA 1US4A 4KI0E 1S9TA 3TDJA 1H43A 3T96B 1TXFA 1XVXA 3O28A 1Y9UA 4OENA 2XX8A 1MH3A 3IAZA 3R6UA 4RXLA 2VHAA 4G68B 1N7XA 3PV0E 3C34A 2Y7PA 3KN8A 3TCFA 4NF8B 2F8DA 2YJPA 4FECA 1DOTA 1AH5A 3G3IA 2DXRA 2O84X 5A5XA 4QSEA 3PD9A 3T9XB 4MFIA 4FEDA 4G77A 3QUJA 4OFJA 4GFRA 2I3WA 4YB7A 3VLUA 3MAMA 3IORA 1II5A 1YAEA 1FQAA 4OMBA 2F36A 4EUOA 2D5WA 3OENA 4XIGQ 4ECFA 1EZPA 2HQ0A 5H8SA 1NMUA 1PDAA 2H4IA 2DE2A 1H44A 3C32A 4QSCA 1NFTA 4GL8A 5LOMA 2V3TA 3FGSA 3F11A 4ZEFA 2HEUA 2RC9A 3MVYA 1ZU0A 1PBPA 3R26A 3C9HA 3CFZA 5L9MA 2X7PA 3C31A 4PE5B 4LZ7A 3IB2A 5HPQA 4ONYA 1ZTYA 3MJNA 1IIWA 3V83A 4YMAA 3VVEA 1MY4A 4JXIA 2XXTA 2H9BA 5JTYA 3S9NC 4AQ4A 2UVHA 5CMCA 2VD2A 2F78A 3S2VA 3TPAA 3BFUA 2HAVA 5FHMA 3B6QA 5H8NA 1MDP1 1B6HA 3M3LA 3O9PA 1LB9A 3HV1A 3EN3A 1JW4A 2O7UA 4HCWA 1DPEA 1JW1A 1Y3NA 2ABHA 3LSWA 5F1QA 5M2VA 1URDA 4PP0A 1I69A 3UN6A 1BIYA 3TTNA 4XKPA 1NH8A 1SD3A 1UIVA 1PB7A 2YPNA 1ZIUA 1LAHE 3I5OA 4OTEA 3G3HA 1XS5A 4OZ9A 4YKKA 4PFTA 3D4CA 4U21A 3O6HA 1OVBA 3CG1A 4IGTA 4OFLA 4F39A 2OBGA 2DE3A 4ZEIA 5ITPA 5AA3A 3M3FA 4JBZA 4ZDMA 3UP9A 2XHDA 4IO7A 1SQYA 3QSLA 3UK4A 4HW8A 4ZECA 3RUMA 4TOZA 1US5A 3H6UA 4LUBA 1P1OA 2IA4A 2PT1A 1AL3A 1VR5A 1CE2A 4O3AA 5DVJA 3TQWA 1N76A 3EHUA 4F1YA 1AMFA 2F6PA 3TTRA 2PYYA 1FTOA 3OO6A 4O3BA 3UGWA 3GXAA 4DLDA 4G68A 2V84A 3IX1A 3K2DA 3U8QA 4POWA 4TQUQ 1B0LA 3TCHA 4PQJA 4NF8A 1NL5A 2I48A 3MQ9A 3K1MA 3OSQA 1LAFE 3AXFA 3PUWE 2IEEA 2YLNA 1IITA 3IOWA 1P1UA 4ZE8A 1MH4A 4ZS9A 3O6IA 3RPWA 4I62A 1SW1A 1FTLA 4XXUA 4OESA 2V93A 1USYH 1XC1A 2ZMBA 4RK9A 2ZYKA 4NF6B 3RTFB 3DP4A 3IOTA 5L9OA 1B2HA 1P1WA 5JEIA 4FJPA 1BP5A 3O97A 2XXVA 1D4NA 3TEPA 1R9QA 3G3FA 2VGQA 2ZNSA 1LCTA 5CBRA 1QKAA 2UVGA 3CVGA 2PT2A 3MWBA 1JW5A 3JV9A 3Q27A 1RYOA 3MZ9A 5L9SA 2O1LA 4TLMB 4LQ2A 1NNPA 2PVUA 3GZGA 3K6XA 3VLVA 2Z8DA 3TTMA 4YKPA 4QHQA 4E0WA 3VVDA 1MY0A 1B40A 4IY5A 1PBQA 4H67A 4PFWA 3IOUA 1JQFA 4DXBA 3IR1A 4GVOA 4QFPA 1PB9A 2VD3A 1TFDA 3H6WA 1FQCA 3PU5A 4EQ7A 2V3UA 2V25A 3K1PA 3KSXA 3B6WA 4C1UA 1WVJA 2QSXA 4BDRA 4LA9A 4H5GA 3U93A 1Q1KA 4F19A 3FZVA 2QS3A 4LVQA 4ZEKA 3GLBA 1N7WA 1R6ZA 1PC3A 5ICQA 3N5LA 2E1SA 4PFUA 3LUYA 2DOJA 3TQLA 1P1QA 4F29A 1XT8A 2QL3A 4I9DA 4F31B 1AOVA 4R9FA 1RYXA 3M3KA 5HM4B 3PUYE 1FTJA 3MVXA 1FQDA 3RT8A 5L8DA 5FHNA 4OEUA 2P2AA 3DM0A 4U1OA 4P0IA 3KN7A 1B5JA 5K2YA 1SI0A 3W15C 2Z8EA 1EH3A 2DS9A 4X9TA 5KDTB 3RLFE 3PUXE 4MLQA 3SEUA 3IJOB 1IXHA 3V89B 2Q2AA 1N3XA 1FW0A 5EHMA 2XXUA 5I57B 3SERA 2XXYA 4PETA 1B3LA 4F3SA 4DXUA 1SDXA 1VE4A 3H03A 3IB0A 1B3EA 3MUQA 5K2XA 2ZYOA 2F97A 1DTZA 3G7WA 2PX1A 3KBRA 2XXHA 3S4UA 4NF5B 1MPCA 1Z7NE 2CZLA 4DCYA 2R9JA 4OHNA 3PPRA 3H6VA 2Y84A 4QF9A 5I2KA 2ZNUA 3DP6A 3TFLA 4GRKA 5TU0A 3HHGA 2XXXA 3GBAA 3O66A 4DCXA 4GXAA 5H8QB 3JZJA 3ZKKA 3TKDA 4EF1A 4GQOA 2DWJA 2H5YA 1ZMGA 4NF6A 4YKIA 1MS7A 3QYTA 1QVSA 1A55A 3KJ7A 2VP1A 4NWCA 2I4BA 4AB6A 3CSBA 3ONMA 1MXXA 2Q2CA 4EQ9A 2NXOA 4KD5A 2OCUA 2Y7IA 4NMYA 3RTWB 3HHFA 1B7HA 1YCJA 3FXRA 1UTHB 4G4PA 4UACA 2O7IA 4RA1A 5AA1A 1MPBA 4F22A 5I58B 4R74A 2DQVA 3K6VA 2H99A 1ATGA 1N3WA 3K6UA 4LP2B 3FJ7A 1BKAA 4NTLA 3G3KA 2AL4A 3K00A 4Z7EA 1Y4TA 3HO7A 3CIJA 2I49A 1GV8A 5AA2B 4F3PA 5DEXB 3C33A 2WKYA 3H3GA 3TCGA 3IK6B 1OVTA 2QMWA 2F7AA 4OETA 2G93A 3HCQA 4G8NA 2R6GE 1O64A 2ONSA 4PFYA 4R2FA 1S7YA 3ZS6A 4U2RA 4IB2A 2HZKA 3UA8A 2P1SA 1ANFA 3B6TA 1TT1A 4DXCA 1MG1A 4KHZE 1T0KA 4POXA 1B7UA 4K3FA 2QMXA 5TP9B 1URSA 3H4ZA 3N6TA 2P0SA 4EF2A 4LZ8A 3T22A 3OMBA 3PPQA 2HAUA 5IAIA 1MDQA 5KDTA 4NF4B 3GBBA 3CI8A 1A8EA 1EZ9A 4LONB 4EDPA 3MW0A 3BBRA 3FVOA 1OMPA 4ELPA 3KGCA 5I57A 2GRVA 5F7VA 4BDQA 2NUVA 1L5TA 1RKMA 2Y7RA 4HTGA 4H8JA 3HN0A 4MH5A 4WKMA 4IO5A 4E0XA 3VLWA 2XXPA 1IXCA 3N94A 4ZZEA 1I6AA 4BDLA 2XXIA 4RNSA 4N6PA 3KG2A 4IO4A 5CBSA 1SBPA 4RY1A 3TTLA 4X48A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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