4KRUA

X-ray structure of catalytic domain of endolysin from clostridium perfringens phage phism101
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
VHHHHHHMQSRNNNNLKGIDVSNWKGNINFESVKNDGVEVVYIKATEGNYFKDKYAKQNYEGAKEQGLSVGFYHFFRANKGAKDQANFFIDYLNEIGAVNYDCKLALDIETTEGVGVRDLTSMCIEFLEEVKRLTGKEVVVYTYTSFANNNLDSRLGNYPVWIAHYGVNTPGANNIWSSWVGFQYSENGSVAGVNGGCDMNEFTEEIFIDSSNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium phage phism101
publication title X-ray structure of a novel endolysin encoded by episomal phage phiSM101 of Clostridium perfringens
doi rcsb
molecule keywords Autolytic lysozyme
total genus 75
structure length 214
sequence length 214
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4kruA00
4BQ3A 4GPNA 4UFMA 1Q6FA 5I3DA 2OSXA 3EYPA 3UG3A 1KB3A 2CYGA 1MXGA 4JFWA 1MYRA 1OB0A 5ECUA 3VIFA 3WMBA 2EQDA 3WF2A 3CO4A 3APGA 4PTWA 1CXKA 2YBTA 4QLLA 3W6LA 3BGAA 5CQ1A 1V3JA 2ZXAA 4JKMA 2VZSA 3WDQA 3UEQA 3CHDA 3AMDA 3WMCA 2E3ZA 1E1FA 1C92A 3MMUA 3QOMA 2DIJA 3OG2A 1CLXA 2J7DA 6A3HA 3J7HA 4HP5A 4U2ZA 2WM0A 3KL3A 1GOOA 3WQ8A 3VGFA 4AY1A 4C7FA 1JYNA 1K6AA 2E4TA 1B3VA 2VX5A 3GTNA 4FLSA 3T0BA 2YA1A 1UA7A 4UOZA 2ZXQA 2F2HA 4K68A 3N04A 4QAWA 5A69A 3A4XA 4UQCA 2W62A 2DT1A 4E4PA 4NRSA 1PAMA 2PWFA 3MUY1 4J3XA 2YIHA 4XZBA 2WW5A 5IXEA 2D22A 3JUGA 2WANA 3ZIZA 3RCNA 4QLKA 5M17A 1ISXA 3UERA 3AXXA 5TD4A 5LA1A 3CLWA 4TX6A 1O7AA 1H49A 2RGMA 3DYPA 3GXIA 1V3MA 1W9XA 4E8CA 1DWAM 3AS2A 3VTRA 2FH6A 1JI2A 4CU8A 4NSBA 3T2QA 4PTVA 1MQPA 2WHKA 1ISZA 1XC6A 3BCDA 1C8XA 1QBBA 1IZKA 2XIBA 3GDBA 3OGVA 1H4PA 4KMQA 3WFZA 1FH7A 4J7RA 1W2VA 3ZR6A 1AQMA 1BGGA 4AZ6A 5E9AA 1KXTA 4L4PA 2ZXBA 2XSAA 3A4AA 3WD0A 1P6WA 1E71M 1HJXA 4CVUA 2WZIA 4GO9A 4MB4A 1H0IA 2D0HA 4ACZB 3K4AA 5IFTA 2GJPA 1E56A 5IFPA 3WD3A 4CVWA 2JIEA 3ZT6A 3EDFA 4AD5A 4WKFA 1QNSA 1OM0A 1NP0A 3A47A 3BAYA 5BWFA 1E15A 4HMCA 2WKLA 3BAWA 4BQ2A 1MVYA 5BYWA 1QBAA 1OBAA 3NIYA 1UZ1A 1CXLA 2J8GA 3VOCA 3HMCA 3KEHA 1MW0A 4PCSA 3AZSA 4W84A 1ISWA 3U7BA 1E0XA 1LLOA 4D1IA 8CGTA 1GQIA 4MNLA 4TTGA 1XH1A 5A8NA 2J7HA 3AIEA 1RD6A 4F79A 2J62A 3GNPA 1LQ0A 3VDHA 1BSIA 4W85A 3G6MA 5GNXA 3GNOA 4MADA 1KCLA 3VGDA 2BHYA 1E4LA 2PWEA 1FA2A 1QNPA 3CUGA 1V0LA 1F4AA 2A3CA 2PWDA 2XPKA 1M01A 5A1AA 3VD5A 3EDKA 1E4NA 1GUVA 2IXVA 2GFTA 5A2AA 3U5UA 3ALFA 4TOQA 2WLYA 5IHSA 3VO0A 1X6LA 4CCDA 1E0VA 4UFLA 5A6KA 1XD1A 3ARTA 5FD0A 3ARUA 4Z2GA 2VOTA 4IPLA 4QLJA 4Z2HA 1LWHA 1PX3A 1KQZA 2WMKA 5AY7A 2BNJA 1NOUA 3WNOA 2RGLA 5E6ZA 4D72A 2BY0A 3RIKA 2VJXA 3CPUA 4PMUA 4M81A 2W92A 3CUIA 5I77A 1J10A 4ATWA 3BSHA 4MNKA 1J0ZA 2CEQA 3BAXA 1C8YA 3AYRA 5BXRA 3WD2A 3PZQA 1GQKA 1KGXA 3VGBA 3N17A 4P7NA 3AHVA 3I3DA 4GQQA 1OGSA 3AFBA 3VMOA 1IV8A 4W7VA 1EIBA 3VIGA 2WMIA 1ISYA 3BLKA 1SFSA 5DT5A 4F9DA 2J8FA 5I0DA 1VFMA 2JEPA 5D8ZA 3GYCA 1KXQA 1ZU8A 4U3CA 5EFFA 3BXWA 3TA9A 2VTFA 4JKKA 3VM7A 5JBEA 5C8BB 1NWUA 4AD3A 1DHKA 3KE0A 2ESCA 3OGRA 3M07A 1LL7A 2ZUMA 4LPCA 1ITCA 3WUBA 1PZ3A 1RP9A 1FH8A 4OUEA 1VJSA 1BYDA 3VDBA 1VFFA 1M04A 2AMGA 4CD6A 3CHFA 4W5UA 4GZIA 2WSPA 1TA3A 4DWSA 3L4WA 5CZKA 1QI5A 1UH2A 4P7RA 4AISA 1Q4NX 4H8HA 1NH6A 2OSWA 1YQ2A 3ZO9A 1XYFA 2W5FA 3WDIA 1UKPA 2GK1B 4W8BA 1GJUA 2DPEA 4HTYA 4UZSA 2WMGA 3W29A 4PTXA 1SR0A 3A4WA 1V02E 4CUCA 1B30A 1EHAA 1MFVA 5A8PA 2NT1A 3PZTA 2FH8A 4BCEA 1PIFA 2XIIA 4W8LA 2E8YA 5DT7A 3WDJA 2UY2A 3ZR5A 4PMZA 1KWKA 3WD1A 1UR0A 4DWSC 2CKRA 4HMDA 3W82A 1UOKA 5HPOA 2FHCA 1HT6A 1BFNA 2VX4A 4FLRA 4X0VA 2WK2A 4AZIA 3NJ3A 3T2PA 1W9DM 3OGSA 3VUPA 3BMVA 3QGVA 1E6SM 1U33A 1CXFA 5A6AA 3L4UA 2WHMA 5FL1A 2ZWYA 1A3HA 3THDA 1X1NA 3WUGA 2NSXA 1JFXA 1E6XM 1W9PA 2FHBA 1KGWA 4V2XA 2V3EA 1UKTA 2UWFA 3AIUA 3WUEA 1CGTA 1CXEA 4GXPA 1VRXA 3B9EA 2BVTA 3CUFA 4U5KA 1H0GA 3AHXA 4WF7A 5BCAA 1JZ3A 1UKOA 5E0FA 2A3HA 3SEPA 5C70A 2WAGA 4H8VA 3KWXA 3EMCA 1DWHM 1V6WA 2VZOA 3PTKA 2G4FA 2VURA 4WJXA 1TZ7A 2FGZA 4R5EA 3GXDA 1JDDA 1Q6DA 2JF6A 3WH7A 3KZSA 3AIVA 3AMGA 3AQUA 3CHCA 3WNMA 1W1PA 4HA1A 1GOKA 3MUAA 1I1WA 1QHPA 2ZUNA 6CGTA 3WF3A 1NWSA 1FP8A 2WB5A 4ZFMA 1KWGA 3PZIA 1R86A 3CZ8A 4W5ZA 4Z2LA 4BQ5A 1HL9A 5JUVA 3OIHA 2VR4A 3VD9A 1BHGA 3VKKA 1JZ2A 3CBWA 1QNOA 1ZBWA 4LGXA 3ECQA 2DQXA 2O9RA 2ZWZA 4HMEA 1VAHA 1TVNA 3W27A 1EOMA 5FOOA 2PF0A 3ARYA 3WL1A 2XVLA 2E9BA 3UR7A 1L8NA 4YHEA 2WBKA 2QMKA 2G8ZA 3DHUA 4GINA 3L4YA 1LWJA 4FLQA 4U2YA 1KR1A 1V6YA 4EAMA 4TXEA 2BVDA 1MQRA 4AWEA 4FMVA 1WB0A 3MV11 3VMPA 2C0HA 5I79A 3WNNA 2YA0A 3OZPA 4V27A 1LL6A 3UG5A 2Y5EA 3WQVA 3AXIA 2BV9A 1I75A 3T08A 2FHFA 1W3LA 1I1XA 1CNVA 1B9ZA 4N42A 3AHZA 5JIPA 1UD3A 5I78A 3ARSA 3PZVA 1FFQA 1WE5A 2YDSA 3D3AA 3O6AA 4UFKA 2EPOA 1V03A 1EO7A 2JIWA 2VRQA 3RDKA 1E3ZA 2VZVA 3WMSA 2J7EA 5CLTA 4F8XA 1NOFA 5EBAA 3VX0A 4P7OA 1OINA 1US2A 2OWCA 2WXDM 3QR3A 3OZOA 5CPQA 3WENA 4UZUA 1VJZA 2DH3A 2XVKA 3SUTA 4Z2JA 4URIA 4KRTA 1R7OA 4D1JA 3BAJA 4Q7NA 3SCQA 5CXPA 4F66A 4V28A 3VGGA 4U33A 1GHRA 1DEDA 5FKYA 2B31A 2VVNA 4AEEA 2HISA 1HP5A 3MUZ1 2WZEA 5A8MA 2WVVB 3AICA 3IAQA 3U57A 3ZT7A 1CZ1A 4HZ8A 1KQYA 3WH6A 4GI8A 1UD2A 2PB1A 4D6DA 2XYLA 3VGHA 5KZ6A 2CHNA 2IXUA 4KWUA 4GQRA 2WYSA 1J11A 3QHMA 4BQ4A 5FIPA 4HU8A 3WF1A 1L0PA 4UR9A 2QPSA 2YL5A 3NSXA 1TMQA 3LPFA 4GZEA 4UFHA 2VQTA 4HZ6A 4AD2A 4TX8A 2AOSA 1OSEA 1QHZA 1E5NA 4YPJA 3WELA 2VR5A 1JNEA 1OD0A 2DSKA 4KGLA 1JZ6A 2O9OA 1H3GA 1S46A 4AZCA 3SIMA 2JEQA 2D0GA 2JFEX 5I23A 2X09A 1V6UA 3GNRA 3II1A 2A3AA 4AC1X 2JE8A 1JYWA 3BCFA 4D6IA 1UD6A 4JKLA 2WVUA 2PC8A 3DC0A 1PPIA 4WIWA 1UWRA 3VMNA 1UWSA 2CPUA 4LXFA 1PBGA 2YDRA 3TTSA 2XGIA 2VUYA 3M6DA 3T0AA 3WH5A 2WLZA 4DM1A 2YL6A 1R85A 4D6EA 2G3MA 4NI3A 4PMNA 3S2CA 1UKSA 4EKJA 1O6IA 2WNWA 1GORA 4HOZA 3RM8A 1ODUA 4J3SA 1J12A 4BA0A 3HJEA 3W24A 3IANA 2J25A 2VT0A 1E1EA 4M1RA 4P8VA 5D9NA 2VNCA 1XGZA 2XFRA 1TE1A 1FHLA 1EQCA 4W89A 1CPUA 3MU7A 2WBGA 1DWJM 3EMZA 1H41A 1EQPA 1KCKA 5A6BD 4JAWA 1C93A 3UG4A 4ZXLA 4AZGA 5ABFB 1LF1A 1PX8A 5M03A 1C8QA 1GW1A 1UR9A 1EA9C 3SCNA 2G41A 3EDDA 3BC9A 1B3XA 3SCVA 1G1YA 2HVMA 4L4OA 2GUYA 3OA5A 3DECA 1ZL1A 2VX6A 5AYIA 4CD7A 2XG9A 1JXKA 1CGUA 1XSIA 4B16A 4AEFA 1JZ4A 1ZBKA 1E72M 2D23A 2EPNA 5A6MA 1R7AA 1VB9A 2CBVA 1G9HA 4AZBA 3AMKA 4HOWA 3CZJA 1BVZA 5A8OA 1KR0A 2XUCA 1BLIA 2XVGA 1CGXA 5GNZA 4P7LA 4CD4A 1EXPA 3F5KA 3WDPP 4B3KA 2CBUA 1MQQA 3WL0A 5BRPA 5I24A 2VZTA 4MDOA 1CXHA 5CLWA 2A3BA 8A3HA 2FGLA 3W38A 3IK2A 3TP4A 1VIWA 3ARVA 1V3LA 1CLVA 1W3JA 1E6QM 2EJ1A 3AISA 1W91A 3ARPA 2BY1A 4J28A 2DEPA 2Z1SA 1ODZA 1C7SA 3PZNA 3I3BA 4AIEA 2X1IA 2YL9A 4KRUA 5A6JA 4LQ1A 3EDEA 2OYMA 3QOKA 1MWOA 2VL4A 3ZMRA 3N1AA 1GNXA 3SURA 5AC5A 1V0NA 4TVDA 2X05A 4HOXA 4UOJA 1A47A 4W87A 2VI0A 3T2OA 2WSKA 1H5VA 3BLPX 2J79A 2WHLA 2X0YA 1TFVA 2BXZA 3NDYA 1JG9A 4AIOA 1W9UA 5CPSA 3N11A 5DF0A 4AIUA 2XGBA 2YLLA 4RE3A 2DT2A 2EEXA 1B0IA 4EANA 1ZBCA 3VVGA 3ARQA 1JGIA 2QHAA 2WMFA 5A3HA 5A6LA 1PX4A 1HIZA 5FL0A 5I2UA 3ZJ7A 3T0DA 3W25A 3A3HA 2J4GA 1QI2A 2GJXB 4ACYA 3AIBA 1V08A 2OWXA 1JD9A 1JXJA 1GHSA 4NRRA 1E73M 3CZEA 1V3KA 2CERA 1D2KA 4J3TA 1UR2A 1J0YA 1WZKA 3PZGA 2YBUA 1HP4A 3OLDA 5JBFA 1H11A 1OGGA 3FXYA 1V6VA 4KH2A 4IUGA 1U30A 4XB3A 3RO8A 1KXVA 1VENA 3W53A 1HKIA 3GXFA 3CHEA 4CGTA 1R8LA 1XCWA 2ZE0A 3MKKA 2D24A 2XFYA 2J77A 4JFVA 1XHGA 3AXHA 3B8SA 3LPPA 2XM1A 2WVSA 3TTYA 4ACZA 1HJWA 4AYSA 5BXTA 3AHTA 3VU2A 1D3CA 2Z1KA 3W0KA 3VD7A 3ZSSA 1TUXA 3K8KA 3VIHA 1OCQA 2WKGA 1W1TA 3SCPA 4ZE5A 3ZJ8A 4UQBA 1JI1A 2XSBA 3MUIA 2WC4A 1CYGA 3M7SA 4JHOA 1BVNP 4EE9A 5HXMA 2E9MA 4H2CA 3WIJA 5A2BA 3AOFA 3PZ9A 1LG1A 3GBDA 1E4IA 3TOPA 2BY3A 1G0CA 2VRJA 4CKQA 1E4MM 1W32A 2V38A 1WPCA 4JCLA 3WY1A 5D4YA 3K4DA 2WCAA 5A6SA 4PN2A 2CBJA 5HNNA 1KFWA 2Y2WA 3SUVA 4QFUA 4GO8A 1HJQA 2XWEA 2WMJA 2ZOXA 4YHGA 4YN5A 3O9NA 1W1VA 4MJ2A 1WCGA 5GNYA 1MW1A 1HJVA 4AZ5A 5CSUA 4PMYA 4JFTA 3W28A 3GXMA 4M80A 3FAWA 1V3IA 3MSDA 2BVYA 1BGAA 3WNLA 4MPKA 1JIBA 4JFUA 3AS3A 4HA4A 1ZJAA 4B15A 1J0HA 1WAWA 1E6PA 2ZX8A 2DH2A 2ZX7A 1VFUA 1XSKA 1GCYA 2CHOA 4WSJA 3G6LA 3N18A 1ISVA 3E1F1 3WEZA 1H1NA 1WDPA 1FOBA 4M24A 5E6YA 4Z2KA 3WFLA 4JHZA 2G3IA 2ZX9A 2J75A 1RH9A 4FLOA 3CMJA 2Y24A 1FP9A 4CU7A 2WHJA 5E0CA 3VD4A 4D6JA 4BS0A 1G01A 2WCSA 4A4AA 1B2YA 3VPLA 3WSUA 4C7GA 2DT3A 3POCA 1B31A 2W61A 3TONA 4CN1A 1M03A 4HPHA 1B3ZA 1UWIA 4QP0A 1MFUA 1E40A 4M82A 4WLCA 4UQEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BQ3 A;  4GPN A;  4UFM A;  1Q6F A;  5I3D A;  2OSX A;  3EYP A;  3UG3 A;  1KB3 A;  2CYG A;  1MXG A;  4JFW A;  1MYR A;  1OB0 A;  5ECU A;  3VIF A;  3WMB A;  2EQD A;  3WF2 A;  3CO4 A;  3APG A;  4PTW A;  1CXK A;  2YBT A;  4QLL A;  3W6L A;  3BGA A;  5CQ1 A;  1V3J A;  2ZXA A;  4JKM A;  2VZS A;  3WDQ A;  3UEQ A;  3CHD A;  3AMD A;  3WMC A;  2E3Z A;  1E1F A;  1C92 A;  3MMU A;  3QOM A;  2DIJ A;  3OG2 A;  1CLX A;  2J7D A;  6A3H A;  3J7H A;  4HP5 A;  4U2Z A;  2WM0 A;  3KL3 A;  1GOO A;  3WQ8 A;  3VGF A;  4AY1 A;  4C7F A;  1JYN A;  1K6A A;  2E4T A;  1B3V A;  2VX5 A;  3GTN A;  4FLS A;  3T0B A;  2YA1 A;  1UA7 A;  4UOZ A;  2ZXQ A;  2F2H A;  4K68 A;  3N04 A;  4QAW A;  5A69 A;  3A4X A;  4UQC A;  2W62 A;  2DT1 A;  4E4P A;  4NRS A;  1PAM A;  2PWF A;  3MUY 1;  4J3X A;  2YIH A;  4XZB A;  2WW5 A;  5IXE A;  2D22 A;  3JUG A;  2WAN A;  3ZIZ A;  3RCN A;  4QLK A;  5M17 A;  1ISX A;  3UER A;  3AXX A;  5TD4 A;  5LA1 A;  3CLW A;  4TX6 A;  1O7A A;  1H49 A;  2RGM A;  3DYP A;  3GXI A;  1V3M A;  1W9X A;  4E8C A;  1DWA M;  3AS2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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