The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
|
sequence length |
128
|
structure length |
128
|
Chain Sequence |
SLQPARIKDSGLTREQAEQVLRVALKHQDYQLQRPGVFIDGDLQDENGKPPHPGYYDFSLGYNDPKAGATEYWGLFSVSLNTGDTWEINSCKRLDGAELRALQRRVMARTGKSLADEKSQREGLGCED
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification, Structure, and Function of a Novel Type VI Secretion Peptidoglycan Glycoside Hydrolase Effector-Immunity Pair.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Pseudomonas protegens
|
| total genus |
37
|
| structure length |
128
|
| sequence length |
128
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF18250 | Tgi2PP | Effector immunity protein Tgi2PP |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | type vi secretion system effector-immunity co pseudomonas protegens |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KT3 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PYJ A; 4LZI A; 1N5P A; 2QIY A; 1FW7 A; 1BOX A; 1YHQ 3; 1UUW B; 1GOY A; 1JBR A; 4R9L A; 3NBR A; 1TJD A; 3EN1 B; 1VQ4 3; 1ROA A; 4FR9 A; 3T8N A; 4WP5 A; 1AR0 A; 1N8Q A; 2GBX B; 1HYF A; 4HVN A; 2B24 B; 1B2X A; 3DGY A; 3X41 A; 1AY7 A; 2JDI H; 2W9P A; 1BSE A; 2Q07 A; 7RNT A; 1GSP A; 1QMA A; 3OWU A; 6RNT A; 1VQM 3; 1O7G B; 1W6G A; 2FGT A; 3DGL A; 4N6L A; 5IEN A; 3AGN A; 4ORL A; 1FGO A; 3UJM A; 3DXO A; 3LTB A; 1MWR A; 3FH1 A; 4J5G A; 7GSP A; 1VQO 3; 4L8P A; 1RJO A; 1FGM A; 2RFR A; 3S27 A; 5M18 A; 1EEJ A; 3X3Y A; 2BNG A; 3X40 A; 1MOL A; 2K3D A; 3K7C A; 4OVM A; 5IER A; 1N8R 4; 1NJI 4; 3CCM 3; 1OH0 A; 3V99 A; 1Q42 A; 3K9M C; 4FCM A; 1DMM A; 2HMJ B; 3OX9 A; 4FCZ A; 2F86 B; 4R9K A; 4AKY A; 1OAC A; 3NHX A; 1CYV A; 3WA2 X; 1G96 A; 1W6Y A; 4MMZ B; 3S5C A; 5CF2 A; 2ML5 A; 3B8L A; 4XBX A; 2XSO B; 1JKG B; 3EC9 A; 1T3B A; 1A2P A; 1CQS A; 1RGA A; 1RGF A; 1WMN A; 3BNB A; 1UI7 A; 1K28 A; 1LNH A; 4Q53 A; 3HZP A; 1IK3 A; 3ECF A; 3CPO A; 5HGR A; 1O7M B; 1QJG A; 4TX4 A; 2ZDJ A; 1LXE A; 2OOV A; 2CC3 A; 4KFF A; 1RCL A; 1A2V A; 5D83 A; 4BTX A; 2GSP A; 2IMJ A; 3KCH A; 1M1X B; 3EQQ B; 4HAA A; 1CH0 A; 3CD6 3; 3LH4 A; 1C7H A; 3CCL 3; 7STD A; 2V1L A; 1DMN A; 1PY3 A; 1UUG B; 3HI7 A; 3OWS A; 4NRE A; 5STD A; 3UL5 A; 3CCQ 3; 1NNV A; 2FXT A; 1QAF A; 3BLZ A; 3DGM A; 4MMY B; 5ELU A; 3OW2 2; 2IA7 A; 5TGN A; 1GY6 A; 1V57 A; 1IYY A; 3FKA A; 1BSB A; 1DMQ A; 1B3S A; 1KC8 4; 1BSC A; 4AKZ A; 5AYR B; 5KP3 A; 4GB5 A; 4CCV A; 1GD4 A; 4RNY A; 1O7N B; 3JUN A; 1DVD A; 4HM1 B; 1YGE A; 3KN4 A; 4GSP A; 3RGR A; 4O2H A; 1ZS7 A; 2CWT A; 1VQQ A; 1IU7 A; 3IJE B; 3L0R A; 3NQZ A; 1NB3 I; 5IF6 A; 1JBT A; 1LQG C; 1VQ8 3; 3AGO A; 1OGZ A; 2R4I A; 3B4O A; 3Q90 A; 4R80 A; 3F14 A; 3GAX A; 1I3I A; 1UUV B; 3EB8 A; 1FA3 A; 1TU5 A; 2E2U A; 1VQ5 3; 1RGK A; 2HMN B; 3NBJ A; 1JN5 B; 1D6Z A; 1VQK 3; 1BRS A; 1N5H A; 3NX0 A; 3DUK A; 3MG1 A; 3DH2 A; 3F8X A; 3WHO A; 5LC6 A; 1NU3 A; 1O7H B; 4RBN A; 1C54 A; 3PS8 A; 2OTL 3; 1K73 4; 4J5K A; 4LEH A; 2YFL B; 1W4N A; 4N6O B; 3HX8 A; 1BNS A; 1WMO A; 1MGR A; 3CU3 A; 3VGN A; 1MWS A; 3F40 A; 2L1S A; 1STD A; 1W5Z A; 1JB2 A; 1ISK A; 4HM6 B; 1IVU A; 1Z1S A; 1ZGX A; 3EX9 A; 3F7S A; 2RNT A; 2BO9 B; 1LQM B; 3V98 A; 3DGN A; 2CFK A; 2WOF A; 2XF3 A; 1BNG A; 2W6J H; 3KE7 A; 2RGQ A; 4WHA A; 2ML6 A; 2FNQ A; 3WDG B; 3K63 A; 2BHM A; 5AIH A; 3MYT A; 1MWT A; 5G2G A; 1UGI A; 3GZR A; 4K1U A; 4IPB A; 4HOH A; 3MSO A; 3HII A; 1YVS A; 1S72 3; 2C10 A; 1JN5 A; 4HM0 B; 4XBT A; 3STD A; 1RNT A; 3CXC 2; 3IPT A; 1OPY A; 1NO3 A; 1U5O A; 2ZL8 A; 4EW5 A; 3KZT A; 4OUQ A; 1UCI A; 1BUQ A; 3GSP A; 5JPP A; 2PZV A; 1AQZ A; 4HM5 B; 3J7Y d; 1VQ7 3; 1E3V A; 3LTD A; 2GXF A; 2WGO A; 4H61 A; 5M1A A; 4DKI A; 5AEW B; 1OCV A; 3G6E 3; 2E2T A; 1ROV A; 3FF0 A; 1YIJ 3; 8RNT A; 4WWU C; 2BMO B; 1VZZ A; 1K9M 4; 3O8Y A; 5A0O B; 1FGT A; 1JZO A; 1RN7 A; 1RMS A; 3PCS A; 3U1W A; 2P09 A; 1SQW A; 4MJD A; 1GMP A; 3FLJ A; 1T2H A; 1AV4 A; 4IIA A; 3MPH A; 4FMB A; 3EE1 A; 3CCS 3; 1D6U A; 1X1W A; 5CF1 A; 1Q40 B; 5AI1 A; 1JZD A; 3EF8 A; 5FW5 A; 3ZG5 A; 1K41 A; 3CME 3; 1HKX A; 4GHO A; 4J8T A; 1DYU A; 2BMR B; 1MNL A; 2H0I A; 5EEO A; 3CMA 3; 1MWU A; 2HOH A; 4EV2 A; 2INX A; 3HK4 A; 1B20 A; 4LSO A; 3WR2 A; 3NV0 B; 2JQ5 A; 3MKI A; 1RRH A; 1Q81 4; 1CEW I; 4N3V A; 1IQY A; 2J8X B; 1Q9E A; 2W56 A; 4K90 B; 4RNT A; 1ULJ B; 1S5A A; 1TTO A; 3M8C A; 3I56 3; 3FGY A; 3KII A; 4WYK A; 5M19 A; 3V92 A; 2P0X A; 1F8N A; 1MGW A; 4KVH A; 2Y73 A; 3CCE 3; 2H0G A; 1Y4K A; 2Z76 A; 3GWR A; 1LOX A; 4N6T A; 4OK0 A; 2MC8 A; 1OHO A; 2W9Q A; 1BAN A; 4NPB A; 2I9W A; 1JNQ A; 3SLU A; 1R4C A; 5BU4 A; 3DMC A; 4FMC A; 1E97 A; 3BB9 A; 3D5I A; 3SX1 A; 2C11 A; 1BSD A; 2KXG A; 2P38 A; 3LTC A; 3CPW 2; 3BU4 A; 1IT8 A; 2OQE A; 1B2M A; 1W00 A; 4HJL B; 1YGW A; 4O02 B; 2GU3 A; 2CFL A; 3ALA A; 3AMO B; 2RCD A; 2UX0 A; 4CJN A; 3X42 A; 1BUJ A; 5IW9 A; 2PNC A; 1NDO B; 4EYC A; 1T2I A; 1I0V A; 2L4V A; 2H0H A; 1V74 A; 3I55 3; 1WTH A; 2CX1 A; 3KKG A; 1WQL B; 1EA2 A; 5FGO A; 8CHO A; 4XBY A; 5G1L A; 2O3O A; 3KFQ C; 2D42 A; 1I2G A; 3UNL A; 1RKY A; 3G71 3; 1B21 A; 3BNE A; 3OV4 A; 3LXU X; 1VQ6 3; 2IYJ A; 4HBR A; 2IUK A; 3CC4 3; 1J2B A; 2CIU A; 4KFE A; 2CFW A; 1JKG A; 1BNF A; 2CWU A; 2HML B; 1US1 A; 3MHE A; 2XGN A; 1JJ2 2; 4HM4 B; 1IQ8 A; 1OUN A; 1BSA A; 2BMQ B; 1FUW A; 1B2S A; 4J9A A; 1YVB I; 2ZHX B; 2W04 A; 1UGH I; 1DE3 A; 2KRT A; 2BU4 A; 1N9J A; 3G4S 3; 1YIT 3; 3G0K A; 2GBW B; 1FUS A; 5D81 A; 1UCK A; 4LMI A; 2F5M A; 4H3U A; 3CCV 3; 1BVI A; 1JV2 B; 1IVW A; 2D1W A; 2F4Y A; 4N6U A; 5RNT A; 4HZ9 B; 3SYU A; 2XFS A; 1QVG 2; 5GSP A; 1I0X A; 4XDV A; 1OHP A; 2WGQ A; 1RGE A; 1YNV X; 4FCJ A; 1BRI A; 2F5W A; 3A5E A; 3ROB A; 1LNI A; 1G02 A; 3FG4 A; 3JUO A; 4N6M A; 1B2Z A; 4BL3 A; 3ZG0 A; 4JRF A; 3K0Z A; 3WA3 A; 1BU4 A; 1RSN A; 5BIR A; 3LYG A; 5BVB A; 2YX9 A; 2AAE A; 4GL6 A; 1VQN 3; 1OHS A; 3CCR 3; 1UW1 A; 1SIH A; 1IVX A; 3KSP A; 3LTA A; 2RSX A; 4HKV B; 1TFO A; 2P0M A; 5EVH A; 2CFG A; 3GZB A; 1BRG A; 4HYZ A; 1ULI B; 5KP4 A; 1LOV A; 3QRD A; 4IT7 A; 3D79 A; 2KF4 A; 1TUH A; 5AEU B; 3AHW A; 3ER7 A; 1A90 A; 4RNZ A; 1I3F A; 5IEO A; 5ELJ A; 1GY5 A; 3FF2 A; 3MG2 A; 1NB5 I; 1JB5 A; 1BAO A; 1A2K A; 1U8C B; 2A15 A; 4FMA A; 1GMQ A; 5G1K A; 5IG4 A; 1YJW 3; 3SED A; 5HOH A; 3AHS A; 3LT8 A; 1RGL A; 3JUM A; 3X3Z A; 2B1X B; 3SVA A; 1EQK A; 2SAR A; 3FG1 A; 5CK6 A; 3T8U A; 1JBS A; 1UCL A; 4K1V A; 4ILF A; 6STD A; 3JVC A; 4PEJ A; 1RDS A; 4O3V A; 3D5G A; 1OF5 B; 3F8H A; 4L8O A; 3F7X A; 2CG0 A; 2CWV A; 1BGS A; 2GU1 A; 5AII A; 2LYX A; 1L5G B; 1B2U A; 1UI8 A; 3D9R A; 2AAD A; 1IDP A; 1HU9 A; 3F9S A; 3NBB A; 1GS3 A; 1IVV A; 3ZFZ A; 3EHC A; 1DET A; 3OWY A; 1VQP 3; 1W01 A; 3FZW A; 3S28 A; 3N8B A; 4BTW A; 4AEQ A; 2HMK B; 2OQE C; 4MMX B; 3MG3 A; 1K8A 4; 2MF7 A; 5IG3 A; 2OCT A; 1TIJ A; 2KF6 A; 1GY7 A; 3G8Z A; 3BNC A; 2IUJ A; 5JBS A; 2F98 A; 4STD A; 1BRJ A; 1BRH A; 2CFD A; 2OOV C; 3FCS B; 5AIF A; 1YJN 3; 1Q7Y 4; 2OTJ 3; 6GSP A; 5BXQ A; 3RGA A; 5CLK A; 1SPU A; 2GEY A; 1LOW A; 2WOH A; 4XM4 A; 4HM3 B; 2W0Q A; 3K5T A; 2KF5 A; 3TDG A; 2F99 A; 2HMM B; 2QA4 3; 2STD A; 4CDL A; 4WFO A; 3RNT A; 1BNR A; 1PFP A; 5AYS C; 3BND A; 3H3H A; 5LC7 A; 1HZ1 A; 2XSH B; 3H51 A; 1KWI A; 2CG1 A; 3IMA B; 1IV9 A; 1RHL A; 3D4A A; 1BIR A; 3B4P A; 1O7P B; 4EC6 A; 3NM2 A; 1W6C A; 2OWP A; 4G1M B; 3UB1 A; 3HOH A; 1AVL A; 1TRP A; 4CPK A; 3URP A; 1G0T A; 1D6Y A; 2XFT A; 4JF8 A; 3CC7 3; 1Q40 A; 4QWT A; 1E3R A; 2WO0 A; 2M7O A; 5IG0 A; 4R1K A; 4U13 A; 2F56 A; 2CH9 A; 1BNI A; 1FGR A; 4FMD A; 2RBI A; 1X1Y A; 3N54 B; 1QVF 2; 3EN8 A; 1Q82 4; 4BIR A; 3NV0 A; 1STF I; 4HM8 B; 3I0Y A; 3T0U A; 2K54 A; 4KZ1 A; 2KCD A; 1I2F A; 2HMO B; 1BRK A; 3LML A; 3PCR A; 2KF3 A; 3WOE B; 1PYL A; 2XH9 A; 3N9H A; 1TFK A; 2CK3 H; 2Z7A A; 3D3L A; 1I2E A; 1RNB A; 1FYS A; 1EG9 B; 1ZO2 A; 1KSI A; 3E99 A; 1RN1 A; 1GYB A; 3DZL A; 1FZU A; 2QGU A; 1GOV A; 1R4Y A; 3CCU 3; 2XR8 B; 3SOY A; 3Q1C A; 1YI2 3; 4K61 A; 2BIR A; 3PGB A; 3U97 A; 4EV5 A; 3DM8 A; 3Q2P A; 1KQS 2; 1V58 A; 2C4B A; 1JRQ A; 3FG3 A; 2Z77 A; 3HIG A; 5IG5 A; 3A76 A; 2BT3 A; 1SJW A; 1LRA A; 3KSE D; 1T5Y A; 1W7C A; 1IT7 A; 4N6V 0; 4EBG A; 2XRX B; 4X2O A; 2CKF B; 2R41 A; 3B7C A; 3WMD A; 4BU4 A; 1GMR A; 4EXR A; 4NHF A; 3AMO A; 4XDW A; 1IQX A; 1Q7H A; 1A67 A; 1VQ9 3; 1BRN L; 4KT3 B; 2Y74 A; 3NXJ A; 2W2C A; 3LZA A; 2O9U X; 3WOF B; 4ZM8 A; 2XGL A; 4I5Q A; 1TRQ A; 2XEP A; 3G16 A; 3S67 A; 2Z6B A; 3CCJ 3; 1RRL A; 3OXA A; 3PZW A; 1YJ9 3; 1EKM A; 1W02 A; 2YFI B; 1RCK A; 3Q3F A; 4LGQ A; 3VSY A; 1QAL A; 4I4K A; 1X1U A; 4MEI A; 2CHC A; 1KD1 4; 1DVC A; 1OGX A; 3NQY A; 1LOY A; 1WMP A; 3SOA A; 1UDI I; 3MWZ A; 4HM7 B; 1M90 4; 1M9G A; 2GEX A; 3EBY A; 1RGC A; 2KAA A; 2K0M A; 4RZM A; 5DRE A; 5DRV A; 9RNT A; 1IV7 A; 4HM2 B; 1CYU A; 3FSD A; 1O7W B; 4R4K A; 3DY5 A; 3NUV A; 1UCJ A; 5EQL A; 1SII A; 2UGI A; 1EUI C; 3CNM A; 1X1X A; 3GZX B; 4N6N B; 4LYL B; 3GRD A; 3LOY A; 1TP6 A; 2CW9 A; 1JB4 A; 1RTU A; 2YFJ B; 3CC2 3; 1NWW A; 4BL2 A; 1FGQ A; 1FUT A; 2P05 A; 2QEX 3; 3WOD G; 3RDE A; 1RGH A; 3QK9 A; 1BNJ A; 3DGO A; 1VQL 3; 1QAK A; 2CX0 A; 1ASK A; 1I8V A; 2ZA4 A; 3PXM A; 5KP1 A; 1BNE A; 1I70 A; 1GOU A; 1B27 A; 2IY2 A; 5CXO A; 1N9E A; 3S29 A; 1RN4 A; 3EJV A; 5JPU A; 1AVK A; 4XB5 A; 5I97 A; 1M1K 4; 5IEP A; 1LVN A; 3BIR A; 1Q86 4; 1RLS A; 2W03 A; 4HZB B; 5D82 A; 2E2V A; 1WNH A; 1GD3 A; 1PU4 A; 3GZY B; 3JUP A; 4O8S A; 1W2B 2; 4BTY A; 3EBT A; 3LT9 A; 2UUG C; 3NM7 A; 5AIG A; 3VF1 A; 1W2Z A; 3X3X A; 1ZX2 A; 1RGG A; 3UL6 A; 2LQV A; 3JUQ A; 3SXX A; 3CNX A; 2W56 B; 4L7K A; 4X2H A; 1SAR A; 4WYK B; 2SBL A; 1OF5 A; 4KFD A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4KT3 B;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
