4KXIA

Crystallographic study of the complex of ni(ii) schiff base complex and hew lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Crystallographic study of the complex of Ni(II) Schiff base complex and HEW Lysozyme
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4kxiA00
1GPQC 2BAAA 5KXZA 1NDMC 1I56A 1IEEA 3B0IA 3TMUA 3TXEA 4ZFPA 1GBXA 3T36A 4HPEA 3A93A 2HEBA 2YBIA 5FDJA 1EQ4A 3TXFA 1XSFA 1DQJC 4Z3MA 4H8ZA 4R6CA 4EMNA 1D0MA 2XBRA 1JEFA 3AGHA 1LKSA 1GE3A 3QE8A 1CJ9A 4CFOA 3GXKA 1XEKA 1GBYA 2BQJA 1UIGA 2ZILA 3BKVA 1GB2A 4DT3A 1QDRA 1D9UA 1ZVHL 3HFMY 1CJ6A 1AKIA 1LZRA 4QDNA 1HSXA 1LZEA 2LZ2A 3LN2A 1UIAA 5IDDA 2W1XA 1VAUA 3KAMA 4XJDA 4LYMA 3LHMA 4H91A 3A3RX 1B7OA 1IORA 5LVKA 5L3IA 4WLTA 4ANRA 5HLLA 1TEWA 1LAAA 4I8SA 5I5QA 3WW5A 1UC0A 1LSCA 1OUAA 1GAYA 1KIPC 1LMCA 4H1PA 4DD2A 5APDA 5J7CA 1UIHA 3A6CY 4N5RA 5F9XA 4ETEA 5L9JA 1IOCA 1WVVA 2C8OA 4H9CA 4QGZA 1IWXA 1PZYA 1IVMA 1WQNA 2BLYA 3WVYA 2CDSA 1YAQA 4KL7A 3E3DA 1F6RA 1GF8A 2D4IA 1IR8A 3WU9A 3CT1A 2BQDA 3J6KA 1H87A 4LT2A 1LMAA 5DLAA 4G9SA 2HTXA 3QNGA 4OWBA 4NIJA 4W96A 1UUZC 2F4GA 2ZYPA 1B9OA 4G49A 4BS7A 3BKHA 3AZ5A 4W94A 5LA5A 4ET9A 4NHQA 4M4OA 3WPKA 5KJ9A 4L41A 5K7OA 1UBZA 4LFPA 4NG8A 3TXDA 3WU7A 4OWAA 1YIKA 1GB8A 5B59A 4GLAA 1A2YC 3W6DA 4MCKA 4WOAA 5I53A 3K3TA 1HMLA 2G4NA 3WULA 1NHEA 5APCA 4TWSA 1IWWA 1LSBA 5F9UA 2FBBA 2D6BA 3P64A 1JJ1A 1UA6Y 1LJEA 4YEOA 5LXWA 3CSQA 3B6LA 5FELA 1LZ5A 4NGIA 1LMOA 1FLUA 4M6DA 5I54A 1GDWA 1JTTL 1RCMA 2I6ZA 194LA 2D91A 2HU3A 2XTHA 1VDSA 4R0FA 2MEFA 3AW6A 4E3UA 1QUSA 4U3XB 3A91A 4IJ4A 3EO5A 3TMVA 1B5ZA 1XGTC 4HV1A 4BAPA 4CJ2A 1LSEA 1EQ5A 5KXPA 2Z38A 3M3UA 1OUGA 1XGPC 1GF3A 4QEQA 4WLXA 1GBSA 4GN3A 1DPXA 3TXJA 1GE2A 3TXIA 1B0DA 2DBTA 1JSEA 2HECA 4NWEA 3OJPA 3B0OA 3ATOA 1TCYA 1HFYA 1RI8B 4TUNA 5D5CA 5APFA 2YSSC 5HNCA 2XJWA 3FI7A 4XJIA 3WH1A 1DI5A 1GB9A 2F2NA 5B07A 2EPEA 4GLVA 1B7PA 4O34A 4N0JA 4WM5A 1BVKC 1OUJA 1YL1X 1V7TA 3WVXA 4CGEA 1FKVA 2MEEA 1BB5A 1J1PY 1HF4A 1CJ8A 1JISA 1LSMA 2ZWBA 3HBEX 1CKFA 1TAYA 5F14A 1HNLA 1B7MA 1FLYA 4KT3A 5LYMA 1LZYA 4FJRA 5LAFA 1JPOA 1F0WA 4YF2A 5II3A 2ZIKA 1LSYA 5IELA 1LZ8A 1QQYA 3LZ2A 1JTOL 1GF9A 1QTKA 1BWJA 1LHIA 3B72A 1VDQA 4QY9A 1GFUA 1YKZX 1BB7A 3SP3A 3W6EA 4WL7A 5KY1A 1F6SA 4ETCA 1HC0A 1J1OY 133LA 1LMQA 1LZDA 1LZBA 2GV0A 4D9ZA 5LINA 1B5WA 1D6QA 3A34A 3CQLA 3FE0A 4OOOA 5T3FA 5KXRA 4WM4A 3WXTA 132LA 1GXV2 4YEMA 2ZQ4A 9LYZA 3EMSA 4TTDA 5I4XA 1INUA 1GB7A 1W08A 1LSPA 1IY3A 1BWHA 2ZIJA 1OUHA 4B4JA 4ETBA 1JKBA 3G3BB 1HFZA 5LAGA 1LZSA 1UIBA 2HEFA 4H9HA 1AT6A 5HMJA 1BB6A 1LMPA 1NQIA 1CKCA 1FBIX 1GBOA 1IP1A 4NGLA 3TXGA 5IHGA 1LYZA 1LKRA 3MGWA 4H94A 1XGUC 1YAMA 4H8XA 4HTNA 4J1BA 3ZEKA 4XENA 2I25L 3LYOA 3AZ7A 4J7VA 4OOTA 4DD0A 4B1AA 1KXYA 5JENB 1LOZA 1HMKA 1WTNA 1LSDA 2MEGA 2YBNA 1NBYC 1GF0A 1CJ7A 1GWDA 5I4WA 1T6VL 5LVJA 4YOPA 2YBLA 3WUMA 4NSGA 2DKVA 4KXIA 3AW7A 1DZBX 1LJIA 2A7DA 3A95A 3TMWA 5FCPA 2BQKA 5HNLA 5DL9A 2MEAA 1DPWA 4NEBA 1H6MA 1TBYA 1GFAA 1UIEA 1GD6A 1XGRC 4BADA 4WM3A 1IX0A 3ULRA 5KXNA 3WUAA 1G7JC 1I20A 1IC7Y 2MEDA 5HQ1A 1IWYA 1GF6A 1WQRA 2DQFC 4I0CA 1UACY 2YDGA 3ZVQB 3ZVQA 1GFEA 2YBJA 3M18B 4H9EA 5LVHA 1GF7A 4RLMA 3IJVA 1B7RA 1GBZA 154LA 5FHWA 5E4PA 1QSAA 4LT0A 4NHTA 4AGAA 4PGJB 5KXWA 4DC4A 3WMKA 1UICA 1HSWA 1FLWA 2Z18A 3AZ4A 1GFJA 2Y8PA 2FYDA 2MEBA 4HJYA 4WM2A 1LSNA 1IR9A 1LJ3A 1B2KA 4G4HA 4NGWA 5DN4A 4ZEEA 4ETAA 1DKJA 1NMMA 4LYTA 2DQJY 1C08C 1OUDA 3AGIA 4DDBA 1O23A 5LVGA 1JWRA 5I4YA 1IOQA 1C43A 1GE0A 5KXMA 1GB3A 4OWEA 1ZV5L 3A96A 4H8YA 3WPJA 4LGKA 4GCFA 5ILFA 1IWZA 1W6ZA 2LYZA 5L3HA 1HEQA 1YKYX 4C5FA 1YQVY 1YL0X 3ATNA 2H9JA 1ZVYB 2BQGA 153LA 6LYZA 4DYGA 5EBHA 4EOFA 2H9KA 2BQFA 1LJKA 3RT5X 1GFGA 1UIFA 3LYMA 4NSJA 5KXYA 5C6LA 1IWUA 5KXTA 1JJ0A 2A7FA 1T3PA 1JKDA 1IOSA 4XYYA 1IOTA 1IP3A 4C3WA 1LPIA 3D3DA 4G4BA 1GF4A 4LT3A 2H5ZA 1B5XA 3WXUA 4ZIXA 5B1FA 5LYTA 1VATA 3W6AA 1IO5A 3RU5A 4TSCA 4TX7A 5LIOA 4LYCA 5B05A 2DQDY 4LT1A 2MEHA 4NGVA 1JUGA 5B1GA 4Z46A 4NSIA 3GXRA 1LHHA 4XJBA 207LA 4H90A 2DQCY 3N9EA 1GB0A 2DQHY 3CSZA 5KXSA 8LYZA 1LSFA 2W1LA 2HU1A 3AYQA 4DD1A 1REYA 1MELL 3EXDA 1OQMA 4RLNA 4XJFA 3TXBA 3VWOA 4DWXA 3WU8A 3P66A 1B7SA 3T6UA 5LA8A 4DD7A 1HEPA 3HBHA 1RJCB 4XJHA 4BAFA 2PC2A 4WMGA 1C45A 2Z2EA 2CWIA 4TSBA 2BQLA 4RW1A 3J4GA 4LFXA 4H9IA 4CFPA 5KXKA 1LMNA 4H93A 2ZNWY 3W6FA 4PRUA 4WL6A 4MR1A 1HERA 5F81A 2DQIY 4PJ2C 1YAOA 4CHXA 5DN5A 3WW6A 4AXTA 1LHLA 1V7SA 1LHKA 1VEDA 1OUFA 4N8ZA 1NBZC 4WO6A 2BQEA 1ALCA 1B7LA 3IWRA 2BQCA 1GFHA 1BQLY 4N9RA 1NF5A 1LYSA 1LMTA 1IP2A 1RFPA 1SQ2L 3A94A 1DXJA 2C8PA 3D9AC 1XEJA 4UWNA 1P2CC 1QDTA 7LYZA 3TXKA 1IIZA 1F10A 4HV2A 3EBAB 5HMVA 1LYYA 1VDPA 1G7HC 1LZCA 1G7MC 1GFVA 1IP7A 1REXA 4LYOA 1LJNA 1G7LC 1RE2A 1NWGA 1DKKA 1YKXX 2BQOA 3AB6A 4NY5A 1KIQC 4ML7A 4WG7A 1JHLA 4YM8A 4GCDA 4NWHA 1GB5A 4LYBA 1C46A 1KXXA 1B5UA 2WARA 1REZA 1FDLY 2N5ZA 1Z55A 2NWDX 2G4PA 4NGOA 2D4JA 2Z2FA 4OW1A 5APEA 4UWVA 1GHLA 5E9RA 1IWVA 1WQPA 2IHLA 1GE4A 3OK0A 1IC5Y 4NGJA 4P2EA 2MEIA 1HEWA 1OUCA 1GFRA 5C6IA 1GBWA 1WQQA 2HEAA 3N9AA 1CKGA 1IP5A 4ET8A 1LZTA 4GN4A 4XADA 2BQIA 1IP4A 4OWHA 1D0KA 1XFPL 4GCCA 1MLCE 5M1YA 2EKSC 4WLDA 2F30A 2I26L 5D5FA 3N9CA 5KXLA 1GAZA 1KXWA 2HEEA 6LYTA 1C10A 1FKQA 1J1XY 1BWIA 2ZNXY 5DM9A 4DD3A 193LA 5KKIA 1SLYA 5AMYA 3W3EA 1HENA 4PHIA 4X3BA 4H9AA 1LJ4A 1NDGC 1OUBA 1PS5A 1D6PA 2LYMA 5A3EA 4GCBA 1YILA 1GEZA 3B0KA 3RW8A 1GFKA 4RW2A 2MECA 1LJJA 2FBDA 1IWTA 1LZNA 4IASA 2BQHA 3LZTA 4DDCA 1JIYA 1XEIA 1QIOA 1G7IC 4MSTA 3LYZA 2Z39A 1QTEA 5ILCA 4HPIA 1GE1A 1REMA 2RSCA 4FDYA 1YANA 4GCEA 4XN6A 1UCOA 4HJZA 1EL1A 4PRQA 2VB1A 2BQBA 1JKCA 2D4KA 1LCNA 1LZ1A 3P4ZA 3IJUA 3A6BY 3HBDA 1LZGA 3RZ4A 1YAPA 2BQMA 4HSFA 3W6CA 1BB4A 1ZMYL 1QUTA 4H9FA 4II8A 4LYZA 2LZTA 1WQMA 4ETDA 4NG1A 1VDTA 4UWUA 1JSFA 3WPLA 4A7DA 1LJGA 3F6ZA 5C6JA 3P65A 1XGQC 1B5YA 1HHLA 2DQEY 3TMXA 5KXXA 1B7NA 2EIZC 1LZ4A 1C7PA 4XJGA 4N1EI 5KKJA 1LTMA 2B5ZA 1BB3A 1CKDA 2Z37A 4RDSA 4HP0A 1LJFA 2W1MA 1VFBC 1NKHA 2EQLA 4WLYA 1LHJA 1GDXA 1LYOA 4Z41A 1GFTA 4HTQA 3A3QA 4B0DA 4NSHA 1WTMA 208LA 1DI4A 1WQOA 5KXOA 1E8LA 3CT5A 3WL2A 3WYHA 3CT0A 2Z19A 4NGZA 1AT5A 1JKAA 1JJ3A 4NGYA 1B5VA 4H9BA 1I1ZA 2YBMA 3AGGG 1HEOA 4WM6A 1FN5A 1OUEA 1BHZA 3G3AB 2W1YA 3QY4A 2AUBA 4NGKA 2IFFY 4J0LA 1AM7A 4NFVA 4NHPA 1EQEA 1LSZA 5FSTA 1BVXA 4H92A 2F4AA 3A90A 1DI3A 4NHIA 4B4IA 1KIRC 1GEVA 1LHMA 4N1CC 1LZ9A 2LHMA 2Q0MX 3RNXA 4NHSA 4OWCA 4IATA 4Z98A 2CJLA 1FLQA 134LA 3CSRA 2HEDA 3CB7A 4HTKA 2BQNA 4B4EA 1BGIA 1IY4A 1LZAA 2ZYCA 1JITA 1JTPL 4YENA 3LYTA 1HELA 135LA 2BLXA 1OP9B 5F16A 2BPUA 2X0AA 2BQAA 1GF5A 3P68A 3WUNA 1D0LA 1LZ6A 5B06A 1LSAA 4GN5C 1HEMA 4KPMA 2XBSA 4J1AA 5LVIA 2G4QA 2DQAA 2CGIA 2LYOA 4DDAA 4LZTA 3AZ6A 1IC4Y 3A67Y 1A4VA 1N4FA 1LJHA 1UIDA 1YROA 2Z12A 5FEKA 1CKHA 1TDYA 3AJNA 2YBHA 1HFXA 4WM1A 3W6BA 4DD9A 2YVBA 2FYCA 3A8ZA 2HUBA 1LSGA 1GXXA 1WVUA 1CNSA 1OUIA 4PPOA 3TXHA 3A92A 1GB6A 4B49A 4G4CA 1QSWA 2ZQ3A 4WO9A 5LYZA 1AZFA 1B7QA 2DQGY 5A3ZA 4HJVA 1IR7A 4WG1A 1IP6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D2WA 4ZFPA 1GBXA 3T36A 1L79A 4Z3MA 2B70A 4R6CA 4EMNA 1CJ9A 129LA 4CFOA 223LA 1GBYA 3RZEA 3HFMY 1CJ6A 1CV0A 1LGWA 3HUAA 3DKEX 2ANXA 4QDNA 1LZRA 1VAUA 4LYMA 3LHMA 4H91A 4W53A 5HLLA 139LA 3FI5A 1UIHA 3A6CY 1CU0A 4N5RA 4S0WA 5L9JA 1IOCA 4H9CA 1IVMA 3L64A 2CDSA 1CV6A 3WU9A 2D4IA 1IR8A 1QTVA 228LA 4LT2A 1H87A 1LYDA 2ZYPA 1C6DA 1P5CA 3OE6A 240LA 4NG8A 172LA 3NYAA 1YIKA 1GB8A 4GLAA 3GULA 5APCA 4TWSA 1IWWA 1C66A 2D6BA 1UA6Y 3HWLA 4YEOA 3CSQA 3VW7A 1LZ5A 1LMOA 1C6HA 1L72A 2I6ZA 1G0JA 1QUSA 4U3XB 1XGTC 4CJ2A 5KXPA 1C69A 2B7XA 3NY9A 3CDQA 4NWEA 1T8AA 5APFA 1HFYA 2YSSC 1C6QA 4XJIA 3WH1A 1DI5A 4O34A 4YX7C 1OUJA 1BB5A 3FADA 2ZWBA 1HNLA 1QSBA 1JPOA 4YF2A 1QTKA 1VDQA 4WL7A 1HC0A 4ETCA 1J1OY 1LYFA 1LMQA 1D6QA 165LA 3CDVA 2ZIJA 1BWHA 4E97A 1WTHA 2HEFA 4H9HA 5HMJA 1NQIA 2ANVA 4H94A 1YAMA 3LYOA 3OE9A 4OOTA 4B1AA 1KXYA 1LOZA 1GWDA 5I4WA 1T6VL 2YBLA 3WUMA 185LA 3RUNA 1G0KA 4YXAC 1DPWA 1H6MA 114LA 167LA 1ZURA 3D4SA 4BADA 4WM3A 1IX0A 3ULRA 5KXNA 3WUAA 1IWYA 1UACY 4H9EA 4RLMA 3IJVA 1QSAA 5KXWA 1FLWA 1GFJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GPQ C;  2BAA A;  5KXZ A;  1NDM C;  1I56 A;  1IEE A;  3B0I A;  3TMU A;  3TXE A;  4ZFP A;  1GBX A;  3T36 A;  4HPE A;  3A93 A;  2HEB A;  2YBI A;  5FDJ A;  1EQ4 A;  3TXF A;  1XSF A;  1DQJ C;  4Z3M A;  4H8Z A;  4R6C A;  4EMN A;  1D0M A;  2XBR A;  1JEF A;  3AGH A;  1LKS A;  1GE3 A;  3QE8 A;  1CJ9 A;  4CFO A;  3GXK A;  1XEK A;  1GBY A;  2BQJ A;  1UIG A;  2ZIL A;  3BKV A;  1GB2 A;  4DT3 A;  1QDR A;  1D9U A;  1ZVH L;  3HFM Y;  1CJ6 A;  1AKI A;  1LZR A;  4QDN A;  1HSX A;  1LZE A;  2LZ2 A;  3LN2 A;  1UIA A;  5IDD A;  2W1X A;  1VAU A;  3KAM A;  4XJD A;  4LYM A;  3LHM A;  4H91 A;  3A3R X;  1B7O A;  1IOR A;  5LVK A;  5L3I A;  4WLT A;  4ANR A;  5HLL A;  1TEW A;  1LAA A;  4I8S A;  5I5Q A;  3WW5 A;  1UC0 A;  1LSC A;  1OUA A;  1GAY A;  1KIP C;  1LMC A;  4H1P A;  4DD2 A;  5APD A;  5J7C A;  1UIH A;  3A6C Y;  4N5R A;  5F9X A;  4ETE A;  5L9J A;  1IOC A;  1WVV A;  2C8O A;  4H9C A;  4QGZ A;  1IWX A;  1PZY A;  1IVM A;  1WQN A;  2BLY A;  3WVY A;  2CDS A;  1YAQ A;  4KL7 A;  3E3D A;  1F6R A;  1GF8 A;  2D4I A;  1IR8 A; 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 4NSH A;  1WTM A;  208L A;  1DI4 A;  1WQO A;  5KXO A;  1E8L A;  3CT5 A;  3WL2 A;  3WYH A;  3CT0 A;  2Z19 A;  4NGZ A;  1AT5 A;  1JKA A;  1JJ3 A;  4NGY A;  1B5V A;  4H9B A;  1I1Z A;  2YBM A;  3AGG G;  1HEO A;  4WM6 A;  1FN5 A;  1OUE A;  1BHZ A;  3G3A B;  2W1Y A;  3QY4 A;  2AUB A;  4NGK A;  2IFF Y;  4J0L A;  1AM7 A;  4NFV A;  4NHP A;  1EQE A;  1LSZ A;  5FST A;  1BVX A;  4H92 A;  2F4A A;  3A90 A;  1DI3 A;  4NHI A;  4B4I A;  1KIR C;  1GEV A;  1LHM A;  4N1C C;  1LZ9 A;  2LHM A;  2Q0M X;  3RNX A;  4NHS A;  4OWC A;  4IAT A;  4Z98 A;  2CJL A;  1FLQ A;  134L A;  3CSR A;  2HED A;  3CB7 A;  4HTK A;  2BQN A;  4B4E A;  1BGI A;  1IY4 A;  1LZA A;  2ZYC A;  1JIT A;  1JTP L;  4YEN A;  3LYT A;  1HEL A;  135L A;  2BLX A;  1OP9 B;  5F16 A;  2BPU A;  2X0A A;  2BQA A;  1GF5 A;  3P68 A;  3WUN A;  1D0L A;  1LZ6 A;  5B06 A;  1LSA A;  4GN5 C;  1HEM A;  4KPM A;  2XBS A;  4J1A A;  5LVI A;  2G4Q A;  2DQA A;  2CGI A;  2LYO A;  4DDA A;  4LZT A;  3AZ6 A;  1IC4 Y;  3A67 Y;  1A4V A;  1N4F A;  1LJH A;  1UID A;  1YRO A;  2Z12 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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