The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
168
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structure length |
164
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Chain Sequence |
MSIEERLEALEKEIQKMKDIEEIKKLKGQYFRCLDGKFWDELETTLSPNIVTSYLVFHGPKEVTDYFKKAMPREEISMHMGHTPEITIDSETTATGRWYLEDKLIFTEESKYAGSGVNGGAFYTDKYEKVDGKWYILETGYLRVYEEHFMRDPKIKITMNMHKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHYLEM_06634) from Clostridium hylemonae DSM 15053 at 2.20 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Bile acid 7a-dehydratase, BaiE
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| source organism |
Clostridium hylemonae dsm 15053
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| molecule tags |
Lyase
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| total genus |
49
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| structure length |
164
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| sequence length |
168
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.106: Bile-acid 7-alpha-dehydratase. |
| pdb deposition date | 2013-06-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13577 | SnoaL_4 | SnoaL-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W01 A; 2HMK B; 3JUQ A; 1O7G B; 3CPO A; 5CLK A; 4X2O A; 4WP5 A; 3D9R A; 1EA2 A; 3NUV A; 3OWS A; 3FF2 A; 4CDL A; 3EQQ B; 1BUQ A; 3HX8 A; 3EF8 A; 3IPT A; 1EG9 B; 2W2C A; 4HZ9 B; 4L7K A; 5DRE A; 5HGR A; 3EN1 B; 1ZO2 A; 3EC9 A; 5AIH A; 4HKV B; 4HM0 B; 4J9A A; 5AEU B; 3HK4 A; 5AIF A; 5IG0 A; 5KP1 A; 1E3R A; 1JB4 A; 3F7X A; 7STD A; 2B1X B; 4HM8 B; 3FGY A; 3WMD A; 2XR8 B; 3NBR A; 5IF6 A; 4XM4 A; 1DMQ A; 3B7C A; 1UUW B; 3CNM A; 2JQ5 A; 1GYB A; 1OHP A; 5IG4 A; 4OVM A; 4K1V A; 3MG3 A; 3SOY A; 2Z77 A; 2B24 B; 5FW5 A; 3K7C A; 5AII A; 5IEP A; 3GRD A; 1IDP A; 3A76 A; 4L8P A; 2YFL B; 3CNX A; 2XSO B; 4HM6 B; 4K1U A; 2HMJ B; 3E99 A; 4R1K A; 3T8N A; 5IG3 A; 5JPP A; 3STD A; 1OCV A; 3S5C A; 2HML B; 3KSP A; 4WYK B; 1O7P B; 2STD A; 3NM2 A; 5CXO A; 2GXF A; 3FLJ A; 1C7H A; 1E3V A; 1OHS A; 2F98 A; 5D83 A; 3DZL A; 1O7W B; 3CU3 A; 3FZW A; 3F14 A; 3EX9 A; 3OX9 A; 1OHO A; 1JB2 A; 2GBW B; 5AIG A; 2CHC A; 5AI1 A; 2OWP A; 1S5A A; 3G0K A; 1CQS A; 1QMA A; 4GB5 A; 5IG5 A; 3ECF A; 3RGA A; 1UUV B; 1OGX A; 3NHX A; 3FKA A; 5CF1 A; 2GBX B; 3BB9 A; 1DMM A; 1JKG A; 3GWR A; 8CHO A; 3DMC A; 1A2K A; 3OV4 A; 3GZY B; 1STD A; 4N3V A; 3GZX B; 3JUP A; 1W02 A; 3MYT A; 1GY5 A; 1AR0 A; 1WQL B; 4HZB B; 5DRV A; 3GZR A; 3H3H A; 4WYK A; 2F99 A; 1ASK A; 4FCJ A; 1K41 A; 3BLZ A; 1OH0 A; 3NV0 A; 5EVH A; 2GEY A; 1Q42 A; 1JN5 B; 2HMO B; 3M8C A; 3JUN A; 2RCD A; 4HM2 B; 3JUM A; 3EN8 A; 4LMI A; 4WWU C; 3F8X A; 3MG1 A; 3OWU A; 5KP3 A; 2HMN B; 3F9S A; 5BXQ A; 4XB5 A; 3EBY A; 5CF2 A; 1OF5 B; 4ORL A; 1E97 A; 2BMO B; 3UNL A; 3H51 A; 4HM5 B; 4XDW A; 3KZT A; 3G8Z A; 4J8T A; 3OXA A; 3NXJ A; 4LEH A; 2GEX A; 2I9W A; 3MHE A; 3B4O A; 2XRX B; 3RGR A; 2A15 A; 1GS3 A; 3FH1 A; 1JN5 A; 3DM8 A; 3SED A; 4HM1 B; 3T8U A; 2CKF B; 4FCM A; 3GZB A; 3EBT A; 1VZZ A; 5IEN A; 2PZV A; 2R4I A; 1SJW A; 2F86 B; 3I0Y A; 3JUO A; 4LGQ A; 3MG2 A; 6STD A; 3EJV A; 1DMN A; 1Q40 B; 1QJG A; 4OUQ A; 1W00 A; 1Z1S A; 5D82 A; 1NDO B; 2BMR B; 3B8L A; 5BVB A; 3LYG A; 1TUH A; 2RFR A; 2HMM B; 3F8H A; 1JB5 A; 1ULI B; 2RGQ A; 5CK6 A; 1GY6 A; 1W6Y A; 3ROB A; 3F7S A; 3VGN A; 1O7M B; 4I4K A; 2XSH B; 3FSD A; 5STD A; 2Z7A A; 4KVH A; 2YFJ B; 4HM3 B; 3MSO A; 4XBX A; 5G2G A; 4HJL B; 4U13 A; 3ER7 A; 3Q90 A; 1Q40 A; 3OWY A; 1NU3 A; 4XBT A; 4L8O A; 3K0Z A; 2BNG A; 1OUN A; 5D81 A; 2IMJ A; 4R9L A; 5KP4 A; 4XBY A; 3DXO A; 5TGN A; 2BMQ B; 3B4P A; 4Q53 A; 4R9K A; 4HM4 B; 4XDV A; 1ISK A; 2QIY A; 4HM7 B; 3LZA A; 1OGZ A; 4MJD A; 1OPY A; 2UX0 A; 4HVN A; 3FF0 A; 4H3U A; 2Z76 A; 4X2H A; 1JKG B; 3KKG A; 2INX A; 5IEO A; 3EHC A; 3MKI A; 2K54 A; 1O7H B; 3VSY A; 5IER A; 1O7N B; 3UJM A; 4RZM A; 3KE7 A; 3DUK A; 1ULJ B; 1OF5 A; 1U5O A; 3HZP A; 5JPU A; 1NWW A; 1GY7 A; 3SOA A; 2YFI B; 3NV0 B; 1ZX2 A; 4PEJ A; 3G16 A; 3F40 A; 1HKX A; 2QGU A; 4STD A; 1TP6 A; 4IIA A; 5AEW B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W01 A; 3HI7 A; 1LOW A; 1SAR A; 1UCL A; 1RGG A; 2HMK B; 1BSE A; 4KFE A; 4KT3 B; 1FUT A; 1US1 A; 1SPU A; 4IT7 A; 2H0G A; 3JUQ A; 3UL6 A; 1LOY A; 3CCU 3; 1T5Y A; 1D6Z A; 1PFP A; 1O7G B; 3LTA A; 5LC6 A; 3WOF B; 4GSP A; 1I2E A; 4AEQ A; 1QVG 2; 3BNB A; 2XGN A; 3T0U A; 2CIU A; 3MPH A; 3AGO A; 3BNE A; 3CPO A; 1FGM A; 5CLK A; 1IYY A; 4X2O A; 1UCI A; 4WP5 A; 3D9R A; 3X41 A; 4IPB A; 3HIG A; 1EA2 A; 2KF3 A; 3UL5 A; 3HOH A; 1OAC A; 1KD1 4; 2FXT A; 1K8A 4; 1BNJ A; 2WOH A; 1BRH A; 2CG1 A; 3CCE 3; 3I55 3; 4WHA A; 1IV7 A; 2Y74 A; 3NUV A; 3OWS A; 5RNT A; 2CWV A; 1PU4 A; 3CXC 2; 1IU7 A; 1CEW I; 4BU4 A; 3FF2 A; 1B20 A; 4CDL A; 3SVA A; 1BNE A; 3EQQ B; 1VQM 3; 1BUQ A; 2K3D A; 1B2X A; 1W6C A; 1BSB A; 4WFO A; 3HX8 A; 4CCV A; 3EF8 A; 6RNT A; 4K61 A; 3IPT A; 1EG9 B; 1JJ2 2; 3N8B A; 3WA2 X; 2W2C A; 2W56 B; 3CCQ 3; 4HZ9 B; 4L7K A; 5DRE A; 1HYF A; 1R4C A; 2LYX A; 5HGR A; 4EV2 A; 1NB5 I; 1A2P A; 3EN1 B; 3X42 A; 3NM7 A; 1HU9 A; 1ZO2 A; 4EXR A; 3EC9 A; 2Q07 A; 1RSN A; 1IVX A; 3CMA 3; 5GSP A; 3NBB A; 5AIH A; 2GU3 A; 2F56 A; 1YJN 3; 4HKV B; 4HM0 B; 4J9A A; 5AEU B; 2KF4 A; 3HK4 A; 4RNZ A; 8RNT A; 1B2S A; 5AIF A; 5IG0 A; 1BAO A; 5KP1 A; 1FW7 A; 1E3R A; 4O3V A; 4BL3 A; 1JB4 A; 3F7X A; 1RCL A; 3KFQ C; 4FMA A; 5EQL A; 5G1L A; 7STD A; 3J7Y d; 2B1X B; 4HM8 B; 3FGY A; 1IT8 A; 3WMD A; 2XR8 B; 1UCJ A; 5M1A A; 3NBR A; 1AV4 A; 1Y4K A; 4XM4 A; 5AYS C; 5IF6 A; 1ZS7 A; 2KCD A; 3JVC A; 1RGF A; 1EQK A; 1FUS A; 3KSE D; 1AQZ A; 2Z6B A; 4FR9 A; 1K28 A; 1DMQ A; 2W04 A; 2Y73 A; 1I0X A; 1M1X B; 1BUJ A; 1Q9E A; 1GMP A; 2XGL A; 3PCR A; 1EKM A; 3ALA A; 3B7C A; 1X1Y A; 4N6N B; 4K90 B; 1UUW B; 2CFL A; 1KQS 2; 1RGH A; 3CNM A; 2JQ5 A; 4JF8 A; 1YJ9 3; 1GYB A; 3LTB A; 4QWT A; 2SAR A; 1N5H A; 1OHP A; 1VQK 3; 5IG4 A; 4OVM A; 1Q81 4; 1IV9 A; 4K1V A; 3FG4 A; 1UW1 A; 4GHO A; 3MG3 A; 2OQE A; 3DGN A; 3SOY A; 3WR2 A; 2CG0 A; 1L5G B; 2Z77 A; 5I97 A; 2B24 B; 5FW5 A; 3K7C A; 5AII A; 5IEP A; 1X1W A; 3G71 3; 3GRD A; 2E2T A; 3PCS A; 4HBR A; 3NBJ A; 1IDP A; 1RN4 A; 1N5P A; 1T3B A; 3A76 A; 2W56 A; 2M7O A; 4L8P A; 1RJO A; 2W9Q A; 1Q7Y 4; 1YHQ 3; 3DGL A; 2YFL B; 9RNT A; 1AVK A; 3CNX A; 2XSO B; 4HM6 B; 4K1U A; 2HMJ B; 3E99 A; 4R1K A; 2CK3 H; 3T8N A; 5IG3 A; 5JPP A; 3CME 3; 3STD A; 1OCV A; 3S5C A; 2FNQ A; 1AVL A; 3N9H A; 1DVC A; 2HML B; 3KSP A; 1O7P B; 2STD A; 3LML A; 3NM2 A; 4WYK B; 5CXO A; 1DVD A; 3U1W A; 3D3L A; 1KC8 4; 2P38 A; 1T2I A; 2GXF A; 4LSO A; 3FLJ A; 1C7H A; 1E3V A; 1OHS A; 1RRL A; 1CYU A; 1I2F A; 2KF5 A; 2F98 A; 5D83 A; 3DZL A; 1O7W B; 4H61 A; 3CU3 A; 3FZW A; 1D6Y A; 3F14 A; 1VQ7 3; 1M9G A; 1N9J A; 4O02 B; 1W6G A; 3EX9 A; 1LQG C; 2W0Q A; 4MMX B; 3PS8 A; 4I5Q A; 2OTJ 3; 4BIR A; 3OX9 A; 1FA3 A; 1JB2 A; 1OHO A; 2GBW B; 5AIG A; 2CHC A; 2CWU A; 2RBI A; 1UCK A; 1A2V A; 4N6U A; 5AI1 A; 2IA7 A; 2OWP A; 3DGY A; 4BTX A; 3CCM 3; 1C54 A; 1WNH A; 1RN7 A; 2E2U A; 2XH9 A; 1NNV A; 1A90 A; 1T2H A; 1S5A A; 3G0K A; 1CQS A; 1B27 A; 1QMA A; 1SII A; 2WO0 A; 3A5E A; 1IVV A; 4GB5 A; 3CC2 3; 5IG5 A; 2GU1 A; 3ECF A; 3LTD A; 1BIR A; 2UUG C; 1UUV B; 1OGX A; 3MWZ A; 3RGA A; 2P0X A; 3NHX A; 3FKA A; 5CF1 A; 2XF3 A; 1JBS A; 1UGH I; 2ZL8 A; 2CFD A; 2SBL A; 2GBX B; 1WMO A; 3BB9 A; 7RNT A; 1IK3 A; 1RN1 A; 1YGW A; 2KAA A; 4N6M A; 1N8Q A; 1DMM A; 2P05 A; 3QK9 A; 2CX0 A; 1JKG A; 1VQP 3; 3GWR A; 1W5Z A; 1JRQ A; 3DMC A; 1A2K A; 1NB3 I; 3OV4 A; 4EC6 A; 8CHO A; 3X3Z A; 3GZY B; 3V99 A; 1STD A; 3GZX B; 3JUP A; 4N3V A; 1W02 A; 1N9E A; 1HZ1 A; 1YI2 3; 4N6T A; 3MYT A; 1LXE A; 1GY5 A; 2KF6 A; 3PYJ A; 1AR0 A; 1LVN A; 1WQL B; 4HZB B; 1D6U A; 2QEX 3; 1BNR A; 2HOH A; 5DRV A; 3GZR A; 1VQ4 3; 1BAN A; 3V92 A; 3RNT A; 2K0M A; 3H3H A; 1BNS A; 4WYK A; 1I3F A; 1UUG B; 2D42 A; 4ZM8 A; 5A0O B; 2C10 A; 4HYZ A; 2F99 A; 3WDG B; 2OOV C; 1B21 A; 1ASK A; 2E2V A; 4FCJ A; 1FGO A; 1BRI A; 1X1U A; 1K41 A; 1DYU A; 2LQV A; 3BLZ A; 1A67 A; 2F5W A; 1OH0 A; 1LRA A; 3NV0 A; 3WOD G; 5EVH A; 1MWR A; 2GEY A; 4KFD A; 1Q42 A; 3S27 A; 4R4K A; 1JN5 B; 2HMO B; 3M8C A; 1TRQ A; 2IYJ A; 3JUN A; 2CC3 A; 3BND A; 4MMZ B; 4RBN A; 1IVW A; 2RCD A; 4HM2 B; 1SQW A; 1BSC A; 4MMY B; 3JUM A; 3EN8 A; 1VQ9 3; 4LMI A; 4FMC A; 4WWU C; 3F8X A; 3MG1 A; 3OWU A; 1VQO 3; 2OOV A; 3ZG0 A; 4EV5 A; 2RNT A; 1GMQ A; 3KN4 A; 1GMR A; 3PZW A; 3EB8 A; 5G1K A; 3WA3 A; 2W03 A; 2ML5 A; 1Q7H A; 3K9M C; 1YVB I; 2OQE C; 5KP3 A; 2HMN B; 1IVU A; 1MGR A; 1RGK A; 1GD3 A; 1RDS A; 3F9S A; 4EBG A; 2C11 A; 1BNF A; 1W2B 2; 1BOX A; 4FCZ A; 1RMS A; 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