4L8RB

Structure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and 3'hexo ternary complex
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
286
structure length
276
Chain Sequence
DPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMDSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Histone Mrna Stem-Loop, Human Stem-Loop Binding Protein, and 3'Hexo Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HISTONE MRNA STEM-LOOP
source organism Homo sapiens
molecule tags Rna/rna binding protein/hydrolase
total genus 87
structure length 276
sequence length 286
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2013-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00929 RNase_T Exonuclease
B PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4l8rB02
3MEEA 4Z4EA 3DMJA 1XWLA 4HCCA 2AJQA 3HP9A 4M41A 3OJSA 4FJ7A 3I0SA 4AHRA 4KKOA 2E4LA 1FKOA 4DTJA 2G8UA 4FM2A 3HM9A 3MXMA 1TAQA 1RT2A 3AVFA 1BGXT 4Q5VA 4Z4FA 2QK9A 1RT1A 4HCBA 2HHVA 4W5NA 4OPKA 1B9FA 1IKVA 1BI4A 3NF6A 2Z1JA 4FCYA 3SV4A 1X9WA 1RILA 4CE9A 1KFDA 4B9TA 3VN5A 2QXFA 3OS0A 3OYLA 4FJNA 1JLQA 4F2SA 5SWMA 2A1SA 4DLGA 1T03A 3L3UA 1NJWA 2PYLA 4EP4A 1JLBA 1U04A 2ITGA 2WONA 1S1XA 3AA2A 3KLGA 3BGRA 2GBZA 1WAJA 3TARA 3PO4A 3LPUA 2IGIA 1WN7A 4RW7A 1HJRA 1A5VA 5HRRA 3G10A 3B6OA 1WLJA 1RT7A 2HVIA 4OKEA 4CESA 1HYVA 2IOCA 3P1GA 4CK2A 4CIEA 2E6LA 4DS5A 1W9HA 3DLBA 1JLGA 1RBSA 4CHZA 1ZBHA 3PUFA 4HUGA 4M3YA 1NJZA 2FBVA 3AVHA 4NYNA 4CGHA 4DQRA 1S9EA 1RTHA 2B5JA 4CIFA 3VQ9A 3TAPA 1D5AA 1HRHA 1RBRA 5KGXA 4G1QA 2OZMA 4F3TA 2KQ2A 2RKIA 1ZBLA 4QOZB 2O4IA 4B3OA 3DRSA 4L8RB 4W5TA 1S6QA 3D0PA 3RWUA 2F8TA 3NHGA 3K5MA 2R7YA 4FJGA 3SUQA 4CEDA 4ID5A 3QIOA 1TK8A 3DOLA 4CF9A 5HBMA 5FRNA 3PV8A 2XY7A 4ZTFA 4PA1A 5KTQA 2HMIA 1SL0A 1B9DA 3V1RA 3OS2A 3SYZA 4KAZA 2KZZA 4DSEA 4IFVA 1QSLA 2E6MA 3AVKA 3CQ8A 4KV8A 2G8IA 4FLXA 3LWLA 4CF2A 3QO9A 1Q8IA 5J2NA 3OVNA 4M3ZA 2EX3A 3U6FA 4B9SA 1WSGA 3KK3A 3K58A 3RMAA 5I42A 3DLEA 3JSMA 1CZBA 4CJUA 4CJ5A 4MFBA 4KFBA 1JLEA 2NUBA 3U3GA 1DTTA 1RT4A 3LWMA 2Z1IA 5CY4A 4E7HA 4GW6A 3M8SA 3SZ2A 3L2UA 1Q9XA 4DTXA 1I39A 3QNNA 4BDZA 3HXMA 2XY5A 1U49A 1C1AA 4CJRA 4JRQA 4CEAA 2HNYA 3ZSQA 3SUPA 3RR7A 1B92A 3VQ7A 3AVAA 4IG0A 4BWJA 4F3OA 4M3XA 1IKXA 3OYCA 4AHCA 4E1MA 2OPPA 3LZIA 3S3NA 4O0IA 4JS5A 2Y1JA 1D8YA 1JLAA 3F73A 4ELVA 4Z4IA 1L3UA 4I2PA 1NKEA 3AVJA 4M42A 1C6VA 4CJEA 4HUEA 1REVA 3CFOA 3P5JA 3SQ1A 1HYZA 1NJXA 4KB1A 4DTOA 2HNDA 4CHYA 3QEPA 3AA5X 5J2PA 4BACA 4LSLA 1TKZA 4CFDA 4FJJA 4NCAA 2IS3A 4F2RA 4KTQA 2HHXA 4CHQA 4FK0A 4RG8A 1WSJA 2LSNA 2ZD1A 3VA0A 3IS9A 1VSJA 4KHNA 4CJ3A 2RN2A 1NK5A 1QSYA 1S9GA 1WNSA 3KIOA 1U45A 2Z1HA 3K59A 4B9NA 1RNHA 4NCGA 3AVGA 2JLEA 3VQPA 3ZT3A 4FZYA 4K8ZA 3RRHA 4J2BA 3O3HA 3OYMA 3HK2A 3OYJA 2OYQA 1ZBIA 4UQGA 2XRIA 2Q3SA 4DTNA 3NGZA 1RTIA 1R0AA 1NK4A 3D45A 1TKXA 2IAJA 1J53A 2RF2A 1G15A 3KK2A 4Y1DA 3CFPA 4OKKA 4DQQA 1U4BA 1KFSA 3PY8A 1TAUA 3CYMA 3MXJA 3NFAA 3HPOA 1KRPA 1T7PA 1CXQA 1L5UA 1YTAA 1DLOA 4AHVA 3OYNA 3L2RA 4DTMA 1KLNA 1KLMA 3DLKA 1RT3A 4Z0UA 1LWCA 1YT3A 1LAVA 1L3SA 3QEVA 1S5JA 1MU2A 2X74A 3L2VA 4ELUA 3ZT4A 4Y1CA 2HNZA 3OYBA 1SKRA 3KD1E 1CLQA 4CEOA 4RW9A 2D0AA 3C95A 3NCIA 3IG1A 4CFAA 4FJIA 4C8KA 1ITGA 2IDOA 3V9XA 1QE1A 4OJRA 3SQ2A 1TK0A 2OPSA 3RMCA 2WOMA 3V1OA 1J5OA 1VSFA 4B08A 4F4KA 3ZT1A 2HW3A 3TANA 2DFHA 2XO7A 1FXXA 5FRMA 4DTPA 4DFMA 2OA8A 4CHOA 3CM5A 3SUOA 4FZXC 2D0CA 4OGEA 4Z4CA 4DS4A 2PZSA 4OKJA 5CYMA 1LAWA 2FC0A 1Q9YA 4IKFA 3B6PA 4KI4A 4FZZA 4FW1A 1QQCA 4RW6A 4KHQA 4FYDA 1HNIA 3NF7A 3HL8A 4FLUA 1RDAA 4C8MA 3OYFA 4CJWA 3AO1A 5JS2A 1NJYA 4EZ6A 4DU3A 3AO3A 3VQQA 3HVRA 4OLBA 1BCOA 4GMJB 4KTZA 3LZJA 1UA1A 3QERA 1UOCA 1EETA 1HQEA 1I3AA 1GOCA 3V4IA 3LDSA 3TAFA 3K5OA 1SL1A 1D9DA 3LAMA 5HROA 3IRXA 4J2EA 4HHTA 2XY8A 1S1WA 4EP5A 1VSEA 4CJFA 1Y97A 3I0RA 5C25A 2YNIA 3TABA 4LD0A 3DLRA 4KHUA 3HSTB 4PQUA 3ASMA 1FK9A 1RDCA 3AVCA 4KTWA 4AHUA 3TAEA 1NK0A 2P5GA 2F8SA 4N41A 2YHBA 3VQ4A 5J1EA 1BHLA 4FM1A 1J54A 3NAEA 1ASWA 3FFIA 1SKWA 4OVLA 4M45A 1RCHA 3ZSRA 1VSKA 1RBTA 3C6UA 4WE1A 3ZSZA 5JS1A 1TL3A 3NH1A 1ZBFA 3NF9A 3QETA 3IAYA 1YTUA 3LP1A 3V9WA 4I9QA 2KZMA 4RW4A 3LP0A 5HLFA 1KVCA 4LH4A 2PY5A 3NH2A 4KHYA 5KRTA 3MAQA 4IG3A 4PWDA 1KCFA 1KVBA 2B6AA 2I5JA 4E89A 4AHTA 1TGOA 3OYDA 1RTJA 5KGWA 3VQ5A 3VQAA 4CJKA 1S1TA 1N6QA 4FXDA 2HHUA 1QTMA 1LWFA 1BL3A 1TL1A 1VSLA 5DK5A 4O44A 2GV9A 1JL1A 1C0MA 1SUQA 3VQBA 4CFCA 3DYAA 4YFUA 3HP6A 1QSSA 3DLHA 3TAQA 4BDYA 3OYGA 3DOKA 4CJPA 1BIUA 4OPJA 4FK2A 1RDBA 2P1JA 4LH5A 3A2FA 1X1PA 3TWHA 3AO5A 4BWMA 1HMVA 3AA4A 4CIGA 4DFKA 1NK7A 3T19A 1QHTA 5EU7A 4W5RA 2Z1GA 3OJUA 1HQUA 2A1RA 3VQDA 3CFRA 1N5YA 4DTRA 5FDLA 2OZSA 4BE2A 5HRPA 3HPGA 3KLHA 1RBVA 3VQ6A 1XHXA 3ISNC 1TKTA 3L2WA 4E7LA 3O3FA 2FBYA 1HNVA 4M3UA 1FKPA 1JXEA 3THVA 3RRGA 2HHQA 4CGFA 2YV0X 3V6DA 1C0TA 3O4QA 4DQSA 4H8KA 4DF8A 1NKBA 1IO2A 1SL2A 4H4MA 1HPZA 3HT3A 3K5NA 4KRFA 3AO4A 3O4NA 4JLHA 5J2MA 4FLYA 1VSDA 1X9MA 3ULDA 4FJ8A 2XHBA 4KREA 3O3GA 3WNGA 1T8EA 3OYEA 4N5SA 1WSHA 4B9LA 1RT6A 1S1UA 2YKNA 3AO2A 2VG5A 1KSPA 2DTUA 3OYIA 4DFJA 4KB0A 4I9LA 2Y1IA 1JL2A 1LW0A 3ZSYA 4CF0A 4PY5A 4KHWA 4Z4GA 4DSIA 4KI6A 2FBXA 3SV3A 3QIPA 3ZT0A 4IBNA 1D9FA 3EYZA 4KHSA 3AV9A 1UWBA 2JGUA 4CK3A 4DTUA 2G8KA 3BDPA 1Z25A 4K8XA 1A5WA 1X9SA 4FJHA 3V81A 2ATQA 4FJKA 3KKSA 4H4OA 4FW2A 3ZSVA 4CF1A 1IH7A 4CF8A 3TI0A 2KTQA 3AVMA 3WNEA 4CHNA 2F96A 4C8LA 3C94A 1GOAA 3LP3A 4FJ5A 4M3WA 4CEZA 5HRNA 3PX0A 2D5RA 3ITHA 3SI6A 2HHWA 3NGYA 4DSJA 3QEXA 3WNFA 3JYTA 1DTQA 4JS4A 3TR8A 1KVAA 1CZ9A 4W5QA 2DFFA 1T05A 5CZ1A 5E41A 3NGIA 3VQEA 1YVUA 4CFBA 3RMDA 3V9ZA 1EX4A 4JRPA 3DRPA 3LAKA 3VQCA 4CJQA 1QS4A 4CGJA 4CJSA 1NK8A 1LW2A 3WNHA 3OYKA 3ZSOA 3SQ0A 3KLIA 4CEBA 1GOBA 3TAGA 4ZTJA 3L3VA 5KI6A 5HP1A 1WSFA 1XHZA 1NK6A 1RTDA 1IKWA 1VRTA 2OPQA 1LV5A 1RDDA 4BE1A 3KTQA 5J2QA 3SUNA 2DFEA 4CGGA 2YNHA 3NBPA 1EXQA 3ZSWA 4CK1A 1EP4A 3QLHA 4B9VA 3KLEA 2QKBA 4AILC 4DQIA 1VSIA 4KPYA 4CEEA 2D0BA 3MEGA 4CJTA 2RPIA 3TAMA 4AH9A 4HVJA 4CECA 5C42A 3NH0A 3DLGA 3CM6A 1L3VA 1JLCA 4DG1A 3OYHA 1NK9A 1TK5A 4M3RA 2QKKA 4DU1A 1VSMA 4O0JA 5D3GA 4XIUA 2W42A 1BQNA 4F8RA 2X6SA 1UAXA 4DF4A 3AVBA 3F9KA 1S1VA 3S3MA 3G0ZA 4FLTA 2ETJA 4CGDA 3LPTA 2YNGA 3AVIA 4B8AB 4CJVA 3KLFA 3SQ4A 4DSKA 1KTQA 3ZT2A 4N56A 2P5OA 3U3YA 4OLAA 4KO0A 4FM0A 1VSHA 1XC9A 3DRRA 3VQ8A 1CXUA 4I7FA 3E01A 3M8RA 4O5BA 3QESA 3AVNA 3VA3A 2P51A 1NKCA 1ZYQA 2BDPA 1J9AA 4J2AA 4FK4A 4TSXA 2KFNA 3HYFA 4FLZA 4DFPA 3K5LA 4Q0BA 2HHSA 4FLWA 2IC3A 5K14A 4DMNA 4ZHRA 3KD5E 4FJ9A 4BE0A 4FVMA 3UIQA 5I3UA 1C1CA 4LY7A 3KKRA 1IG9A 2G8FA 4B9MA 4PUOA 3QINA 1W0HA 4E7IA 3SCXA 3PO5A 4ID1A 4QAGA 1BCMA 4C8OA 1VRUA 3MECA 4CJ4A 2EHGA 2ZQBA 2G8WA 1ASUA 3NF8A 3ALYA 4FJXA 2KFZA 1BISA 2HB5A 2DY4A 1WSEA 3DI6A 5CZ2A 1SV5A 3K57A 4N76A 3K2PA 3MXIA 4GVMA 3HO1A 4RW8A 4CEQA 3SNNA 2BGGA 2BANA 3AA3A 4DSFA 3PX4A 4O4GA 1S6PA 1XI1A 3HJFA 4IFYA 2GUIA 2PYJA 3MEDA 2VG6A 5C24A 5KRSA 4HTUA 1JKHA 4B9UA 1LWEA 2ZE2A 2B4JA 5SZTA 5CYQA 2KW4A 4OGCA 2XY6A 2VWJA 1C0UA 3RTVA 4E7KA 3S3OA 3EY1A 4CJLA 4E0DA 4E19A 1L3TA 1HYSA 1JLFA 1SKSA 4HUFA 4B8CA 3HPHA 1EKEA 3V1QA 4CHPA 1JXBA 4W5OA 2YNFA 1K6YA 3OS1A 3S9HA 3RMBA 2G8HA 1U48A 4QCLA 1U47A 3QNOA 3T3FA 3NE6A 1IKYA 3LANA 4O55A 3CG7A 4CERA 1A5XA 1NOYA 1F21A 3LALA 3L2QA 3RR8A 3SPYA 4J2DA 3T1AA 4E7JA 2YKMA 2X78A 4LSNA 3M8PA 3ZSXA 4E1NA 1UA0A 3M8QA 4NYFA 4DQPA 4BDPA 4DU4A 1TVRA 5DMRA 2G8VA 2HVHA 3C6TA 3SPZA 4DWIA 4DSLA 3V9UA 4NCBA 4YNQA 3EZ5A 4DLEA 3SJJA 2HHTA 4AHSA 4CEFA 1Z26A 4DTSA 5FROA 1ZBUA 4FJLA 3DM2A 2FBTA 3NDKA 1RBUA 3LP2A 4I2QA 1O1WA 3V9SA 4E3SA 4CCHA 3H08A 1BQMA 2VG7A 4EZ9A 1WSIA 5T7BA 3KJVA 4N47A 4Z4HA 5HRSA 1TKDA 3I8DA 2OPRA 1RT5A 1VK0A 3KK1A 4R5PA 1ASVA 4C8NA 3OYAA 2X6NA 1NOZA 1C1BA 2O4GA 4CGIA 4ELTA 2YHAA 3QEIA 3P83D 3OY9A 4FLVA 3QEWA 3ZCMA 4M3TA 1BI4B 3L8BA 4ICLA 1WAFA 1TV6A 1BIZA 4IDKA 4FJMA 2VWKA 3AVLA 4MQ3A 2BE2A 3PX6A 3HVTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T3VA 5AQRA 3DMJA 4FJ7A 3K9JA 4AHRA 3OW2M 4WYBA 4FM2A 1RT2A 2YJEA 3WXLA 2QW9A 3E9PA 2Z1JA 2P9PA 1O13A 4FCYA 2PFUA 3RSEB 4CE9A 2ZM6K 4IDHA 3OS0A 4B9TA 2O8BB 5KPZA 3THYA 4GY2B 2A1SA 3SBGA 4DLGA 3L3UA 3M5RA 4JK8A 2ITGA 2WONA 1WAJA 4U7BA 1J5EK 3LPUA 2IGIA 4KH5A 4CZFA 3QDKA 4OKEA 1HYVA 2IOCA 4CIEA 4OPAA 4DS5A 4CD1A 4K43A 4A2AA 3PUFA 1NJZA 4DQRA 1S9EA 2PBDA 3SMSA 2Q31A 1NGDA 2E2NA 1HRHA 4G1QA 4F3TA 4B3SK 2O4IA 1KXPA 3VETA 2FLOA 1S6QA 3RWUA 4DUZK 1EWRA 3A8YA 3QIOA 3DXMA 4CF9A 2XY7A 3H3NO 4PA1A 5KTQA 1DGKN 1SL0A 4NXNK 4KAZA 1QSLA 3VEXA 4KV8A 4WQ5C 1Q8IA 1SZ2A 2EX3A 1WSGA 3K58A 2O8EB 5I42A 4FPAA 1CZBA 4MFBA 3MN6A 3HOTA 1DTTA 4YOXA 2Z1IA 4GW6A 4BRKA 2V52B 3R6MA 1Q9XA 1K9MO 4O8UA 1VQ7N 4G9ZA 2O8CA 1I39A 3QNNA 4V19S 3ZSQA 4DB3A 4BQZA 2D0PA 4BWJA 3OYCA 4CZEA 2OPPA 3S3NA 3ZETA 2Y1JA 3MCPA 1JLAA 4ELVA 4Z4IA 1NKEA 4M42A 3VEOA 1C6VA 2P9KA 1REVA 3SQ1A 3UKUA 3HRGA 2KKZA 2BUPA 3OBYA 4CZKA 3BUZB 4NCAA 1K8KA 4KTQA 4CHQA 4RG8A 4JKEA 1WSJA 3LDNA 3F5TA 3VA0A 1VSJA 1ILYA 3K59A 5AFUA 3ZT3A 3AVGA 1QQMA 3P31A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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