4L8RB

Structure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and 3'hexo ternary complex
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
286
structure length
276
Chain Sequence
DPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMDSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of Histone Mrna Stem-Loop, Human Stem-Loop Binding Protein, and 3'Hexo Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna/rna binding protein/hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords HISTONE MRNA STEM-LOOP
total genus 87
structure length 276
sequence length 286
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2013-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00929 RNase_T Exonuclease
B PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4l8rB02
1RDAA 3HVTA 4M42A 1NK5A 4K8ZA 1TKZA 5HRNA 2HW3A 4M3YA 3RMDA 4N56A 4OGCA 4KI6A 3ASMA 4H8KA 1TKXA 1A5VA 3QESA 2X74A 2IAJA 1HRHA 1RTDA 1VSFA 3ZCMA 2RN2A 4CK3A 3NBPA 5J1EA 4B08A 2ZE2A 3AVLA 2HHUA 1BGXT 4CJEA 4F2RA 2ZD1A 1X1PA 5E41A 3WNFA 1C0UA 3SQ2A 1A5WA 2OPRA 4OPJA 3IRXA 2YNGA 3L2QA 3K57A 1ASWA 2B5JA 1SUQA 2O4IA 3VQ4A 3V1RA 3ZSQA 4EP5A 1ASVA 2FBXA 1JLFA 3TAFA 3LZIA 3CM6A 1D9FA 1T7PA 4BE0A 4CEFA 1S6PA 3AVHA 5KGWA 1BIZA 1Z25A 2RF2A 3ZT1A 4ELUA 1NK0A 2PYJA 1NJYA 2QKKA 4C8MA 3HM9A 5FRMA 4OLAA 4KHQA 3OS2A 3KJVA 4CF8A 4RW8A 1KCFA 1YTUA 1YVUA 5KRSA 1IKVA 1JL1A 3EYZA 4GVMA 5HRRA 1FKPA 4CJUA 1HQEA 1VSEA 2QXFA 4CHOA 5SWMA 4F2SA 4J2BA 3DI6A 1RT6A 1W9HA 2XHBA 3SQ1A 4R5PA 4E3SA 3UIQA 2BANA 3PO5A 4PA1A 1EKEA 1U45A 2XO7A 3MEEA 1BISA 3G0ZA 4C8OA 3QLHA 1L5UA 2G8IA 4IG3A 3LALA 4HUGA 1UWBA 1J54A 1O1WA 3OYEA 4BE1A 1IKYA 2KTQA 1S1XA 2YV0X 4DSFA 1BQNA 1ZBUA 1C1AA 5FRNA 4FLXA 4ICLA 1TK0A 4OKKA 4KREA 1JLAA 1WSIA 4FLTA 4DU4A 4Z4HA 2HHSA 1LWFA 1CLQA 1LW0A 1RBRA 2X6NA 2FBVA 1SL0A 4PQUA 3RMAA 2DFHA 3TANA 3JSMA 1XI1A 3C6UA 5HLFA 4O0IA 1WSEA 1F21A 5J2MA 1REVA 1LWEA 4CERA 3H08A 4AHCA 4BDYA 3SV3A 3P1GA 4I2PA 4WE1A 4FM1A 4DTUA 4DTPA 1TL1A 3L8BA 1VSIA 4OKJA 4N41A 4Z4GA 1X9WA 2HNZA 4DSKA 3AVBA 4RG8A 1IKXA 4DS4A 3OYCA 5J2NA 3LANA 4DF8A 3C94A 5C24A 3KLEA 4FZXC 3TWHA 3M8SA 4Q0BA 1WSJA 3AO1A 3K5OA 1RT7A 4ZTFA 4HCCA 3ITHA 3ALYA 3PUFA 1TK5A 4CJTA 3AO4A 4I7FA 3VQAA 2G8HA 1U4BA 4KB1A 1NJZA 2KFZA 5SZTA 3NF8A 2HNDA 4FLZA 3AO3A 4AHSA 1SKRA 4FJKA 1W0HA 3AVJA 1NJXA 4B9MA 2F8TA 3O3HA 1VRUA 1KRPA 2VG7A 3SYZA 4RW9A 3MXJA 3L2VA 4OLBA 4DS5A 3OYFA 2OPQA 5FROA 2EX3A 3SUOA 4BACA 4FYDA 3VA3A 3LZJA 4DFPA 4FLUA 5HP1A 4MFBA 4CEOA 1S9EA 4KTWA 3LP2A 1RT1A 3QINA 4DTJA 4B3OA 1TAUA 1QSSA 2RKIA 4N47A 3AA5X 3PX6A 1A5XA 4CGFA 3NE6A 4FJLA 1DLOA 1XHXA 4KHWA 4CJ5A 3PV8A 1S1TA 2WONA 4CEAA 5K14A 4CFAA 1Q9XA 4CEDA 4E7LA 4Z4FA 2KW4A 2Z1IA 4KI4A 3U3YA 4C8NA 3DM2A 1EX4A 3DLGA 3V9SA 4B9VA 1JXBA 3QEXA 2HHWA 2Z1GA 1ASUA 1LAVA 3MEDA 1HNVA 3VQBA 3RR8A 4KB0A 4FJGA 3WNEA 4CJLA 4Y1CA 3M8RA 2WOMA 3MXIA 4F8RA 2DFFA 4W5OA 4FW1A 3SZ2A 3TABA 4DLGA 4LD0A 3TAMA 4M3XA 3LP0A 3M8QA 1N5YA 4AH9A 3CQ8A 1WAJA 1NKEA 4CE9A 3K58A 2B6AA 1S1UA 1FKOA 3OJUA 3EY1A 3SPYA 4B8CA 4DSEA 3KLIA 3QEIA 1SKSA 1JLCA 4IFYA 4O44A 3V9WA 2X6SA 3HO1A 1BI4A 2E6LA 1Q9YA 2EHGA 3S9HA 1GOCA 4IDKA 3SUQA 1BIUA 1KFSA 4FLYA 1HYZA 4CK2A 1C1BA 4DFMA 1S1VA 1NKCA 2KZMA 1WN7A 1NK9A 3C6TA 1C1CA 4EP4A 4CEQA 3JYTA 2XY5A 1RBVA 3ZT4A 5KRTA 1IG9A 4G1QA 2IS3A 2Z1JA 4OPKA 4HTUA 1J5OA 2G8WA 4B9LA 3ZT3A 3DLRA 3OJSA 3RWUA 4FCYA 1QSLA 3A2FA 3V1OA 3CG7A 4CJQA 3DLBA 5CZ1A 1ZBIA 4BWMA 2VWJA 4DFJA 1B9DA 3QO9A 1UA1A 4Z4IA 5I3UA 4E1NA 5C25A 4ZTJA 2ITGA 3QERA 1C6VA 2GBZA 3CFOA 1QTMA 4JRPA 4M3ZA 4CECA 1SKWA 4KHYA 4M3RA 4B8AB 1RTHA 3V9ZA 1D8YA 1TVRA 4OKEA 4CGJA 5DMRA 3WNGA 3TAPA 4DSIA 4CGGA 1CZBA 5HRPA 1NK8A 2HVIA 3OVNA 4DTXA 4RW4A 3I8DA 2BDPA 1JXEA 4JS5A 4CESA 1IH7A 3LPTA 3V81A 3RMBA 3C95A 3IS9A 4FJ8A 2OYQA 1CZ9A 3V9UA 3NFAA 3HPGA 3KK3A 4H4MA 1JL2A 4KFBA 3PX4A 4ID5A 1ZYQA 2D0BA 1XC9A 1QS4A 1ZBFA 3ZSVA 3T1AA 4CK1A 5KGXA 1X9SA 3OYNA 3OS1A 3K59A 3NAEA 4E7IA 3VQDA 2VG5A 1S6QA 5J2QA 3AVCA 5D3GA 1JLGA 1JKHA 3OYAA 1NK7A 2E4LA 4DQRA 3CFRA 4HUEA 5C42A 4FM0A 1NOZA 2LSNA 1Z26A 3AA4A 3DRSA 1GOBA 1L3SA 1VSJA 1VSLA 3CYMA 4FK2A 1RT4A 1FXXA 5CY4A 4CJSA 3HK2A 3NF6A 3G10A 3KLHA 1N6QA 4B9TA 3K5MA 3KK1A 2DY4A 2DTUA 4AILC 3KTQA 4J2EA 4FJ9A 3AA2A 3MEGA 1JLQA 1TKTA 4DMNA 1KSPA 3DLHA 3OYHA 3ZSXA 3NH1A 1VSHA 2F96A 2D0AA 2DFEA 1Y97A 2RPIA 3AVMA 5DK5A 2KFNA 3TAQA 4KAZA 4FJJA 2HHXA 3V6DA 4CIGA 4JS4A 4DG1A 3TAEA 2A1SA 4CJ3A 4CHPA 3ZSZA 1VSDA 3OS0A 3LWLA 2Y1IA 4LH4A 3KD1E 3SI6A 4AHUA 4W5QA 4F4KA 5CYQA 3SV4A 3NDKA 3ISNC 3LAMA 1KVBA 4Z4CA 1HYVA 3OYBA 4BWJA 4PWDA 3NGZA 2IC3A 3F9KA 3OYGA 3B6OA 1RDCA 4O55A 3TAGA 4B9SA 2XY7A 3MECA 4FVMA 3LP1A 4CFBA 3DRRA 1NK4A 1LW2A 1UA0A 1HMVA 2P5OA 3V9XA 1L3VA 1TL3A 5J2PA 3SQ0A 3RRHA 1S5JA 1JLEA 1QQCA 4NYNA 5JS2A 3VQ6A 4DQIA 4FLWA 2A1RA 1WSFA 4OJRA 3IG1A 4CJWA 4CHYA 3HVRA 4CIEA 3BGRA 1X9MA 3O4QA 4C8LA 3NGYA 3NH0A 5HBMA 3K5LA 1VSMA 3DMJA 3O3FA 2G8UA 3RRGA 2Y1JA 4DTRA 4CGHA 3NHGA 4CCHA 2XY8A 1RT3A 2YHBA 4FJHA 5JS1A 4DTOA 1NOYA 1NKBA 4FJXA 3HXMA 2BE2A 4AHRA 4I9LA 1UOCA 3SUNA 3O3GA 4FJ7A 2AJQA 3VQ5A 3P83D 4CF0A 3RMCA 4FJ5A 1LAWA 3K2PA 3F73A 3OYDA 3ULDA 3QNOA 4DWIA 4DSLA 1TAQA 3AV9A 3HL8A 3LAKA 2XRIA 3AA3A 1BL3A 5HROA 1KLNA 2X78A 1RT5A 2FBYA 2OZSA 4EZ9A 3ZSWA 1DTQA 3KD5E 1LV5A 1CXUA 4W5RA 2ZQBA 2ATQA 2YKNA 4JLHA 3AO2A 3QEVA 1TGOA 2G8FA 4NCGA 3NF7A 4NCBA 1KFDA 1FK9A 2YNFA 1HQUA 2P51A 1I39A 4CHZA 3KK2A 4DU1A 2VWKA 3KLFA 3BDPA 3LWMA 3D45A 2HMIA 4KPYA 1XHZA 4KO0A 1D9DA 4FJIA 4OGEA 3SQ4A 3QIOA 3KKRA 4HCBA 3OYKA 2QK9A 1U04A 4E7KA 2E6MA 4KTZA 4DTSA 4YNQA 3S3OA 2Z1HA 3OYMA 1T05A 4B9NA 3ZSOA 4W5TA 3CM5A 3DRPA 3OYIA 4DQQA 1HPZA 2HB5A 1C0TA 3HPHA 4LSLA 4FLVA 1YTAA 4J2DA 3KKSA 3OY9A 3QEWA 3U3GA 1BCOA 3SUPA 3MXMA 4DQPA 3ZT0A 1K6YA 4CFDA 3K5NA 1UAXA 2GUIA 3T3FA 3THVA 2JLEA 3MAQA 3P5JA 3L2RA 2PY5A 4I2QA 1TK8A 2KZZA 3M8PA 4UQGA 1MU2A 1VK0A 1U47A 4ZHRA 3HPOA 1G15A 2PYLA 3SPZA 2I5JA 1YT3A 3VQPA 4HVJA 4H4OA 4CJ4A 4GW6A 4FW2A 4CJRA 4HHTA 1SV5A 4DTMA 4GMJB 3QEPA 3IAYA 1I3AA 4QCLA 3AVGA 3DOLA 1RDDA 4CF9A 4IKFA 1GOAA 3OYJA 4E7JA 1NK6A 1ZBHA 2BGGA 4NYFA 4HUFA 3VA0A 3DLEA 3VQEA 4KTQA 4AHVA 3TR8A 5T7BA 3NGIA 4EZ6A 4C8KA 4L8RB 3TI0A 2HHTA 4W5NA 1KTQA 2HHQA 4KHUA 3HP6A 3KLGA 1U48A 1ITGA 1RILA 1VSKA 4FM2A 3SCXA 3S3NA 1EETA 4O4GA 5CYMA 3ZSYA 3RR7A 4IFVA 2QKBA 2W42A 4DU3A 1C0MA 2FBTA 4E0DA 4FK4A 3SNNA 3AVFA 4B9UA 2OZMA 3I0RA 4CGDA 1B92A 2OPSA 4E19A 4CF2A 1HYSA 3LDSA 1QSYA 4KRFA 4FZZA 3LPUA 4ID1A 2PZSA 3S3MA 4CJKA 3FFIA 2IGIA 4CEZA 4M45A 3AVKA 4BDPA 1QE1A 1T03A 5KTQA 1RTIA 2JGUA 3KIOA 1WNSA 2P1JA 4CEEA 3RTVA 4DSJA 1U49A 2FC0A 5HRSA 1VRTA 3V1QA 4CJVA 4E1MA 4J2AA 3HT3A 1ZBLA 1BCMA 3U6FA 1JLBA 3HSTB 2G8VA 2OA8A 4I9QA 5EU7A 3T19A 3AVAA 2YNIA 3HYFA 1LWCA 2GV9A 5I42A 3VN5A 3VQQA 1B9FA 3NCIA 3NF9A 3L3UA 4M3WA 2F8SA 4CIFA 3ZT2A 3QNNA 1NJWA 1L3UA 4QOZB 4FJNA 4MQ3A 4LH5A 2R7YA 2D0CA 1J53A 2YHAA 3QETA 4KV8A 3ZSRA 4DQSA 1S9GA 4FJMA 1WAFA 2HVHA 3VQCA 3OYLA 4XIUA 4E89A 3D0PA 4QAGA 2VG6A 1KVCA 4Y1DA 4CF1A 4CHNA 4RW7A 4CJFA 3AO5A 1KLMA 3E01A 1WSGA 4LSNA 2IOCA 1QHTA 4IG0A 1SL1A 3I0SA 2G8KA 3PY8A 1J9AA 1D5AA 3AVNA 4DLEA 3TARA 1IKWA 4KHNA 3CFPA 1Q8IA 3DLKA 4NCAA 1KVAA 1DTTA 4Z0UA 1HNIA 2ETJA 1S1WA 4YFUA 3L2UA 3DYAA 1T8EA 4M3UA 4FK0A 1BQMA 3B6PA 2O4GA 3DOKA 3O4NA 4AHTA 3V4IA 1EXQA 1TV6A 4TSXA 4PY5A 1HJRA 5FDLA 4F3TA 1RBUA 1RNHA 5CZ2A 1RTJA 4BDZA 1RBSA 4OVLA 4F3OA 1XWLA 2Q3SA 2KQ2A 4RW6A 1L3TA 2NUBA 1SL2A 3VQ7A 4CGIA 2HNYA 1RDBA 3WNHA 3EZ5A 1TKDA 3HJFA 1IO2A 4KKOA 4FZYA 3PO4A 4CEBA 4Q5VA 2YNHA 3NH2A 4KHSA 2YKMA 2B4JA 3L2WA 2D5RA 4CHQA 4ELTA 3PX0A 1BHLA 4IBNA 3LP3A 3L3VA 2IDOA 1BI4B 3VQ8A 1EP4A 3QIPA 2P5GA 1RCHA 4N76A 4E7HA 1RT2A 1RBTA 3HP9A 3VQ9A 2XY6A 1WSHA 4JRQA 4N5SA 4LY7A 4M41A 2HHVA 2OPPA 4K8XA 4DTNA 4O5BA 4O0JA 1CXQA 4BE2A 5KI6A 4ELVA 3SJJA 4Z4EA 1R0AA 4CJPA 4DFKA 4PUOA 4DF4A 4M3TA 1WLJA 4FXDA 4CFCA 3AVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JLHA 3RMDA 4N56A 1HRHA 1VSFA 4CK3A 3LDPA 4B08A 2ZE2A 5LMNK 5GIOA 3SAHA 4CJEA 2HHUA 1X1PA 5KPRA 4EAHD 3CQYA 2YNGA 1SUQA 3VQ4A 5LJWA 2V51B 3C7NB 5KPZA 4CEFA 5KGWA 1BIZA 2Q97A 1Z25A 2PFUA 3CHWA 3ZT1A 3M1FA 2QKKA 4C8MA 3J7YP 5AJ3K 3HM9A 3ENBA 3OS2A 2E1YA 4CF8A 3PSFA 4RW8A 2O8EA 3J81O 3CJ1A 5M1QA 1W7AA 1FKPA 1VSEA 3ENOA 1S72N 1W9HA 3GOIA 1NGHA 2VGMA 4ISEA 1VQ7N 1OKJA 3ZEUA 4C8OA 3QLHA 2P9KB 2G8IA 4IG3A 2NRWA 2O8CA 1IKYA 2AP1A 4DSFA 4B3TK 4IJNA 2ZF5O 5HL7L 3CC2N 1CLQA 1LW0A 4PQUA 1XI1A 1QZ6A 5M1KA 3CCSN 4LFAK 3T1HK 3S41A 2HBJA 3MX5A 3P1GA 4I2PA 2O8FA 5EOYA 4DTUA 1TL1A 3L8BA 4Z4GA 4OKJA 4O8UA 4CBWA 1X9WA 5DM7L 5GAHP 4DSKA 2QWQA 2W41A 1IKXA 3OYCA 4PL8A 1X3NA 3C94A 1WBDA 4FZXC 1KC8O 3H3NO 4ZTFA 5F1XA 4DV2K 4CJTA 3VTHA 2ASMA 2HF3A 4KB1A 4K0KK 2HNDA 5C2FA 1SKRA 4BR4A 4GKJK 2F8TA 4JD2A 1BU6O 3MXJA 5FROA 2NNWA 4H0XB 4YDUA 4FYDA 2P9SB 4CEOA 3R6MA 3LP2A 1RT1A 3EE8A 4N47A 2YX6A 3NE6A 1XHXA 4KHWA 4CFAA 3MCPA 4KH6A 1GLLO 1JXBA 2HHWA 2YJEA 1NGJA 3CCQN 3VQBA 1E4FT 3WNEA 2VWBA 2WOMA 3HZ6A 2DFFA 4M3XA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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