4LA9A

Crystal structure of an empty substrate binding domain 1 (sbd1) of abc transporter glnpq from lactococcus lactis
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
226
structure length
226
Chain Sequence
AETTVKIASDSSYAPFEFQNGQKKWVGIDVDIMQEVAKINDWKLEMSYPGFDAALQNLKAGQVDGIIAGMTITDERKETFDFSNPYYTSALTIATTKDSKLSDYSDLKGKAVGAKNGTAAQTWLQENQKKYGYTIKTYSDGVHMFAALSSGNIAGAMDEVPVISYAMKQGQDLAMNFPSISLPGGYGFAVMKGKNSTLVDGFNKALAEMKSNGDYDKILKKYGITA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
molecule keywords Glutamine ABC transporter permease and substrate binding pro
publication title Functional Diversity of Tandem Substrate-Binding Domains in ABC Transporters from Pathogenic Bacteria.
pubmed doi rcsb
source organism Lactococcus lactis subsp. lactis
total genus 75
structure length 226
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4la9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4la9A02
1NH8A 3V89B 2Y7RA 3IK6B 2OBGA 3D4CA 2QS3A 4GVOA 5DEXA 1JNFA 2VD2A 3IORA 5CRYA 2DYXA 3IX1A 3G7WA 2UYEA 3LUYA 5H8HA 1JEUA 4ZE8A 4NWCA 4KCDA 4GL0A 4GFRA 2G93A 3QAXA 1DSNA 4GOTA 3H6TA 3CIJA 4YKKA 4HTGA 2A5TA 5JTYB 2O1MA 1B2HA 2B3BA 3QYTA 2BJJX 5FTHA 1UTBB 4H5FA 4X9TA 3RTWB 4OFOA 4H1XA 1EZPA 5AA2D 4ND9A 1Y20A 4LQ2A 3TTNA 2X26A 4IO3A 4XIGQ 2H9BA 2Q88A 2F35A 4IO6A 1XHYA 2NXOA 4F3PA 1IXCA 2REJA 4XKPA 4LA9A 1MQHA 1YCJA 3DP4A 4FEDA 2PYYA 2I0BA 3FZVA 1QW0A 3UORA 5CMKA 5CMBA 1JW5A 3CRBA 4R72A 3S9NC 1N7WA 1SW1A 3AXFA 3A09A 3C4MA 5M2VA 3Q26A 3B7DA 3LSWA 2Q2CA 2THIA 3W9WA 1LAFE 3BFUA 3KZGA 5TPAB 2LAOA 3PUVE 5EHSA 4OYVA 3HSTA 1ATGA 4KD5A 4OFLA 3EHUA 2RINA 4GXSB 1RYOA 1D9VA 2DVZA 3OD7A 4FE8A 1R9QA 3T66A 3M3FA 4FORA 2XXXA 1Y4TA 5FHMA 3EHTA 1XT8A 3RT8A 3C9HA 4BDMA 3O6GA 1Z7ME 4UA8A 3IOTA 4U4XA 4G4PA 2H99A 1MDQA 1EZOA 4ZECA 2XX8A 5TP9A 3K6UA 2F7CA 2DQVA 1A7LA 4KQPA 2Q2AA 3DP6A 4M1VA 4AB5A 1PDAA 3K01A 3PPQA 2HCAA 3W15C 1N76A 4DXCA 4ESWA 5H8QA 1Z7NE 3VDFA 3SESA 1BLFA 1FTLA 4YMAA 2ONKE 4PP0A 1B51A 2REGA 3CFXA 1B5IA 3TTKA 3R26A 4YKJA 3HO7A 3I5OA 3CR9A 4DLDA 2UVGA 4X1BA 3MW0A 3T9HB 3RLFE 1QKBA 1LBCA 2HXWA 2QPQA 1FTJA 1AIVA 3FGSA 1WVJA 2NWJA 1NKXA 4ZEKA 1GR2A 5B70A 1J1NA 4RA1A 1S9TA 4YZZA 3P7IA 5L9OA 4ISUA 3TYHA 2RCAA 4R9FA 2I6EA 3TDJA 4Z7EA 3H03A 3RY3A 3S4UA 4ZS9A 3PUWE 2DE3A 3PD9A 4U1OA 3RTFB 1NNKA 1B5HA 4ZZEA 1SQYA 1A8EA 4LZ7A 1M5BA 3KFMA 1H44A 3EN3A 5A5XA 5ICTA 3OO9A 3G3IA 3CI8A 1P1WA 4QFOA 3OSQA 1UTHB 5DYHA 3K6XA 2VHAA 4NF4A 2QRYA 3C35A 4EDPA 3MP6A 3H3GA 1R6ZA 3IAZA 1DPPA 1FTOA 3UA8A 4F1VA 3ONMA 4PETA 4JBZA 4H65A 2XHDA 5I58A 1LCTA 1OLCA 2RF1A 3FD3A 3T93B 1BTJA 4NF6A 2VP1A 3EF7A 3MC2A 3KGCA 1N04A 5JEIA 4Q30B 1VFDA 2E1SA 3T22A 1SDXA 4IB2A 3H06B 4F39A 1QVSA 3U92A 1QUJA 1JW4A 2ANJA 3T9XB 4GLIA 4UACA 1LFHA 3G3JA 3K02A 3KN3A 2OWSA 3V8XB 3QUFA 3KJ7A 1WODA 3K1NA 3IJXB 2UVHA 2GHBA 4C0RA 1SW5A 2Z8EA 1ELJA 4OETA 1IUDA 1TFAA 3TCHA 3MWBA 1FQEA 4Q0CA 5DT6A 3H6VA 4YB6A 4EQ9A 1LBBA 3U1OA 3DLNA 5CBRA 3S9LC 4KYSA 5H8FA 3LSFB 3ZKKA 2NOOA 3UIFA 5DVIA 4EXLA 1QULA 5AA2A 3RT6B 1IITA 4LQ5A 1B3HA 3IO6A 2DOJA 1RKMA 4RXLA 4XKNA 2R71A 1EU8A 3DP8A 2NVUB 1AH5A 4OEUA 1O63A 1A54A 3LSLA 4I62A 3UGWA 4IO2A 2F7AA 5AA4A 2PX1A 5KZTA 4QFKA 4PQJA 2ONSA 3O6IA 3BFTA 1MY3A 3KEIA 1MQGA 2F78A 4IO5A 4GD5A 5I56B 1UIVA 3BKIB 3G3HA 2F6PA 5CMCA 2R9JA 5ITPA 2A5SA 2RC8A 4H5GA 1SVXB 3FXQA 4F19A 3S2VA 3O29A 4EF2A 2UVIA 2F97A 1WDNA 3HCQA 1YTVA 2D21A 2DE4A 4RPOA 2O69A 2XXYA 4R9GA 2I49A 3MZ1A 1USYE 5CBSA 1UQWA 4RNSA 4MBPA 3T9UA 3Q28A 5HBCA 4X1DA 4OVJA 2HAUA 5H8HB 2FA7A 4WEDA 5ELVA 3SEWA 2QJEA 2I58A 4E0WA 3CSGA 1NNFA 5AA3A 3VLVA 3RNNA 2O7IA 4QRZA 2XXVA 4IO4A 3E3KA 4BDOA 3KJTA 3PPRA 2V84A 3Q29A 2XX9A 2VOZA 3TCGA 1QJMA 4F31B 4XXUA 1NH7A 2XXPA 3ECRA 1DTGA 1TXFA 1FQDA 4G8MA 4ELRA 4LP2B 1ZU0A 2HZKA 4MFIA 4MF3A 2O1LA 4DCYA 1FCKA 1HSLA 3PUXE 3PMXA 1F9BA 3C34A 2ZNUA 3TPAA 4GIZA 4C1TA 3HN0A 3LR1A 2DWHA 4FEBA 1SW2A 3SEVA 4I1DA 5ITOA 1B46A 4HW8A 5AE4A 3USDA 3M8UA 3TZAA 4F2OA 1SD3A 1JVYA 4G8NA 1TWYA 4G2ZA 5I2NA 2XXRA 5I2KB 4RYAA 1ZMGA 2H25A 4JB7A 4XTCQ 2YJPA 4ESXA 1GTKA 3MZ9A 4EQ7A 2ZNSA 3QUJA 4ZZAA 2F36A 4KCCA 3TCFA 3SDFA 4O3BA 1B3LA 4M4GA 5FHNA 1BIYA 3KN8A 1VR5A 2PT1A 2AIXA 2DWAA 1B7HA 5JTYA 1DPEA 5EHMA 4U4SA 3W9VA 3EHSA 1UTBA 4ZEFA 2PBWA 4QSDA 4EF1A 2RC7A 2H4IA 5HM4B 2IA4A 5TP9B 1MXVA 5IKBA 4G68B 3PPOA 4QSCA 2G29A 4MH5A 1ZJLA 2IEEA 5J1DA 2ZYMA 3L6GA 3U8QA 1JW1A 3N5LA 3CVGA 1B3GA 5I57A 3G3FA 1LAHE 4BLAA 5DVFA 4ZEIA 4PE5B 4YB7A 3RQTA 4ZEDA 5H8NA 4I9DA 3MP8A 2ZYOA 4YKPA 1D3KA 4G77A 4H8JA 4KYEA 2Q89A 1PBQA 4DXUA 3TEPA 4F18A 3FXUA 3RPWA 5FTIA 2UVJA 2Q9TA 4I8CA 1SI1A 5JK4A 1MM6A 2PMSA 3S9MC 1LSTA 4JDFA 2M8CA 4PFUA 3FJMA 2AL5A 3KOSA 4K3FA 5AA1A 3IO4A 3DELB 2UYFA 2Z22A 2QMXA 4BDRA 1PC3A 4GWOA 3O9PA 1A55A 1MXYA 2CZLA 2F8DA 2Y7PA 1MPCA 3O66A 3VLWA 4JWXA 4JSOA 3FVNA 3VVFA 3PMVA 1MPBA 1B1HA 4H0WA 2X7QA 1MY2A 4LZ5A 3VVDA 3LSXA 5BWJA 4OESA 2RCBA 4NF8B 2AYSA 1I6QA 4HCYA 3MP1A 4LONB 4KI0E 1XVXA 3OENA 1TFDA 4N07A 5H8SA 2Y7KA 3KSXA 4F22A 2XXIA 1B3EA 2OLBA 3TODA 2ALUA 4LATA 2XXHA 1IXGA 5L8DA 3ILUB 4ONYA 5K2XA 1B5JA 4YICA 2P2AA 4F29A 3E13X 3M3KA 1JQFA 4YMBA 3RUMA 2PVUA 2D3IA 1B3FA 1OQHA 1S7YA 3SERA 1EH3A 5KCJA 1B32A 1ZLQA 5BUUA 3OXNA 4G8HA 1NNTA 1POTA 2D5WA 3A3UA 4Q8RA 3U72A 4N6PA 3TTLA 3MVYA 1N7XA 3SEUA 1LGBC 3QK6A 3FATA 1OQGA 4QFLA 4BDQA 3MVZA 3THIA 4PFTA 3FVKA 3VLUA 2VGQA 3K00A 3SEYA 1ZKBA 4KR5A 4MLQA 4OZ9A 1MRPA 3G3KA 4XKQA 2VD3A 2X7PA 1UIUA 3N6TA 4NMYA 1B1XA 2PT2A 2DP8A 3MJNA 4O3AA 4R75A 1Y4CA 3C32A 3EPEA 3FASA 3CG1A 1BP5A 3H4ZA 5HPQA 1D4NA 1AMFA 3OSRA 1SBPA 3VFJA 4DDDA 2GHAA 4IO7A 3I3VA 5AA4B 2QSXA 3C31A 2F7BA 3K6WA 5F1QA 4X48A 2I48A 3IOUA 4DXBA 3LBSA 5F7VA 3O28A 3EQ1A 1LB9A 3V5AA 2E0SA 1MS7A 4RPNA 4NF5B 4ZE9A 1NL5A 3GXAA 3OOAA 1OVTA 1GV8A 1JVXA 4FECA 3B6QA 4HS7A 3OO8A 1B9JA 4OTEA 4MLVA 2Y84A 2FNCA 2HQ0A 2CMOA 3M3LA 3I6VA 1M5FA 3MVXA 1LAXA 4LZ8A 1HSEA 4DCXA 3QSLA 1Y1ZA 3H6WA 1JETA 3KSJA 2Z8DA 1P1OA 4YB5A 4ECFA 3UK4A 1FQBA 2I4BA 5KDTB 1Q1KA 1MXWA 2OJTA 1MY4A 1LLSA 3K1PA 4OHNA 2DWJA 3CFZA 1IXHA 1LAGE 4YKIA 2B65A 4IY6A 3R6UA 2F6GA 3TKDA 5DEXB 3JV9A 2Y7WA 1P1NA 4IY5A 3IB1A 2HEUA 1FW0A 2YLNA 3IJOB 3OEMA 4IGTA 2O84X 3O97A 5I59A 4PFYA 1YAEA 4RY1A 1URDA 3TELA 3KOTA 3PUZE 2V3UA 2ESNA 1B0LA 2A5TB 4R73A 3RGYA 3UP9A 5CMMA 1XVYA 4H6DA 1P1UA 2XXTA 3SETA 3MPKA 3HHGA 3TQWA 2Z8FA 3JYRA 3UN6A 3TAJA 1MM7A 1Y3QA 3SKPA 2V3TA 1Y3NA 2GRVA 5I2NB 1MQJA 4PFWA 4Q5TA 4ELPA 1B4HA 4RJZA 3IOWA 3KBRA 4NTLA 4AQ4A 1B6HA 1P1QA 2YPNA 3K2DA 1XOCA 2ZYNA 2QS1A 2RKMA 1B7ZA 1SYIA 2O7UA 2XD2A 2R6GE 2KLFA 4YAHX 4DZ1A 1NNPA 2DVCA 4C1UA 2ZNTA 3GZGA 3C33A 1I6AA 4E0XA 2GH9A 3GBBA 5I84A 4QFNA 1H3DA 1MDP1 1ZIUA 1N3WA 2ZYKA 4R74A 4DIGA 4GF8A 1N3XA 1SYHA 4R6HA 3GBAA 3OO6A 4JWOA 1VFEA 2O6AA 1B4ZA 5I57B 2I3VA 4OENA 2QS4A 1AOVA 3FV2A 1US5A 2ZXTA 1FQCA 1OLAA 3CFLA 2Z23A 4NEDA 4OWDA 5H8NB 3TUSA 4R6YA 3N26A 1IXIA 4GXAA 2I4CA 4RK2A 2V3QA 4P0IA 3R7XA 1AL3A 1LB8A 1POY1 3IR1A 4QSEA 1S50A 2F34A 3B6WA 1I69A 3FJ7A 4EXKA 1JEVA 1MQIA 1SW4A 5H8QB 1R1NA 1DTZA 3QXMA 3VXCA 5I2KA 1LFGA 5L9SA 1QUKA 4LVQA 3MZBA 3H6UA 3K6VA 5B7DA 4KHZE 1MXUA 1ANFA 2FYIA 2F5XA 4QHQA 3PD8A 1PEBA 3HPIA 3C36A 3RN8A 4TLLB 2ZMBA 5FHOA 3IB0A 1BKAA 1MXZA 1FQAA 4POXA 1I6BA 4WKMA 3QIMA 4U1ZA 1II5A 5TPAA 1B40A 2GFEA 3VVEA 1Q35A 3HV1A 3IL1B 1URSA 1MPDA 4G68A 3KN7A 4NE4A 4JXIA 2OCUA 3ODBA 3FJGA 3OO7A 4QFPA 1RYXA 1MY0A 1M5EA 1PBPA 4N13A 1OIBA 3ILTB 4JWYA 4WXJA 4F2QA 1USYH 2RC9A 1YPNA 3FVGA 1D9YA 3ZS6A 3VE1B 1CE2A 5A5XB 1EZ9A 1PB9A 3PGFA 4LUBA 2XXUA 3FIRA 1MXXA 4YU0A 1KWHA 4DE8A 4TQUQ 2OK2A 5KCJB 4NF4B 4EQBA 2XX7A 1VSOA 3K1MA 1A40A 2H98A 1MQDA 4BDNA 1FQFA 2O51A 3WAFA 4FJPA 4ZEBA 1B05A 1M5CA 5I58B 4OEVA 4NF6B 4KPTA 4THIA 3Q25A 1N0TA 2AL4A 4ZDMA 2WKYA 1H76A 5EYFA 5ISUA 2DSFA 2DWIA 1H43A 2UXAA 3PV0E 5L9MA 1ZTYA 4U21A 1ZBMA 3OELA 3A3CA 3D4GA 1O7TA 1PB8A 4NF8A 3MAMA 3T96B 4O3CA 1M5DA 3OMBA 3L6HA 3GLBA 3PMWA 4WEPA 1US4A 3O6HA 5H8FB 1N84A 3IOVA 3TMGA 1SI0A 2HZLA 4GQOA 1GGGA 1MG1A 4H67A 5AA2B 3T9VA 1VE4A 5K2YA 3ZSFA 3E9XA 1L5TA 3DM0A 5DVJA 1IEJA 1A8FA 1XS5A 3MBPA 1CB6A 4BDLA 4NWDA 2HAVA 3F11A 1UTHA 2ONRA 4POWA 2I3WA 4F1UA 5IAIA 1LCFA 4IGRA 4P11A 4L17A 3B6TA 4R2BA 1NFTA 3TTRA 4RK9A 4F3SA 4FAJA 1R9LA 5LOMA 5ICQA 4FATA 4U22A 3FV1A 1B58A 2OWTA 1FTMA 2XXQA 2V25A 1O64A 1B0HA 1GVCA 2B3FA 3PPPA 1B7UA 3E4RA 5CC2A 1FTKA 4U23A 2Y7IA 4XKRA 3MVWA 4EUOA 3TFLA 5TU0A 2V93A 3PUYE 3H7MA 4H8IA 4OQOA 3JZJA 3N6UA 1DOTA 3FVOA 1MH4A 4KYDA 4ELOA 3HHFA 2HFBA 1URGA 4F1YA 2QMWA 4HCWA 3LC8A 1HSJA 5CM6A 3U94A 4R2FA 1NMUA 4OMBA 2P0SA 1MY1A 4TOZA 3FXRA 3VXBA 1OMPA 1LFIA 4G68C 1QKAA 4FIMA 4GRKA 3V83A 2I0CA 2DXYA 3PU5A 1XC1A 3MUQA 4JSDA 1QUIA 1TT1A 5I59B 2QS2A 3IB2A 3U93A 1MH3A 2NUVA 2DXRA 4OFJA 4NF5A 3FUZA 4P0GA 2OZZA 3CSBA 4OERA 3TQLA 1IQ7A 2XXWA 3KG2A 3K0VA 1B52A 2DS9A 3Q27A 5DTBA 1Y1MA 4ELQA 1OVBA 2DE2A 3BBRA 3CG3A 3SEXA 4AB6A 4Z0IA 3WAEA 4KFQA 1IZ1A 3K4UA 2O68A 3MPLA 5I56A 3VV5A 2ABHA 3S9EA 1IIWA 3N94A 2XD3A 2H5YA 2QL3A 3G3GA 3MQ9A 1P99A 5KDTA 2W7YA 4QF9A 1T0KA 3ZKLA 4OXVA 3TTMA 4U2RA 4GL8A 3O2AA 1Y3PA 1PB7A 4R6KA 4TLMB 5CI5A 2P1SA 1A99A 2Q8JA 1DMBA 4F3GA 1Y9UA 3PPNA 1H45A 4F3BA 3OEKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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