4LC7A

Aminooxazoline inhibitor of bace-1
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-Secretase-1
publication title Diethylaminosulfur Trifluoride-Mediated Intramolecular Cyclization of 2-hydroxycycloalkylureas to Fused Bicyclic Aminooxazoline Compounds and Evaluation of Their Biochemical Activity Against β-Secretase-1 (BACE-1)
doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 402
sequence length 402
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lc7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4lc7A02
3RTMA 3OUCA 5P63A 3PWMA 5P47A 1HSGA 1SDUA 3VCMA 4HVPA 3LIVA 5SY3A 2RENA 2HB3A 5P02A 5KOQA 3OADB 4J0PA 5P7LA 4OBFA 5P5VA 3VFBA 5DPZA 4IVTA 2ER0E 3UCBA 2QHYA 5APRE 4LL3A 2NMYA 2NTRA 3EKXA 5P85A 3VYFA 4Y3LA 1GVTA 3EKYA 3VEUA 2AZCA 5P6MA 1DAZC 1BDRA 2BPWA 4NJSA 2XYFA 3I6OA 5P6IA 3HBOA 2EWYA 2JXRA 1HVRA 1BXOA 1HVJA 2WF4A 5HDZA 3UDNA 5P8TA 3D3TA 3IA9A 4FLGA 5AH7A 3G70A 4LAPA 5P1UA 5P3YA 5P1ZA 5P73A 5P0CA 3LITA 5P1SA 1FEJC 1GNOA 1MSMA 4XKXA 2HB2A 2FNTA 2WKZA 2WEBA 5HDUA 4Y5KA 4AA9A 5AHAA 5P28A 4FM7A 4OD9A 5P58A 4F76A 4Q5MA 1IDBA 3O9LA 3LZYA 2FXEA 1PFZA 3UFNA 3ZKXA 4YOBA 2OHRA 1RNEA 1BILA 5P10A 3MSLA 5P5GA 5KQZA 1MT8A 3S8IA 4GIDA 5P22A 5P69A 3OHFA 5OZYA 3IXJA 4J0YA 5P31A 5OZXA 2HIZA 2P3CA 5P3XA 3EL0A 4YCTA 1AVFA 3UPJA 5DQ5A 2QNNA 1J71A 5P07A 4CPTA 5HE4A 5AGZA 4M8YA 3O99A 5P61A 5P25A 1E5OE 4Y5BA 1AXAA 2HPFA 3O9DA 5P0TA 5P84A 4X2LA 3UDKA 3QRMA 1HPOA 5P4GA 2PSUA 4TRZA 3UDRA 2BPXA 3PVKA 5P41A 5P4PA 5P64A 3KDCA 3ZMGA 1E81E 3BGCA 4B72A 5DQ4A 5SXNA 4RCEA 1BVEA 1XS7D 3N3IA 2B8VA 5DQ1A 5P0ZA 3S56A 2AVMA 2ER7E 5OZTA 1LS5A 5P39A 3K5FA 5P6PA 4R92A 5P5QA 1KJGA 3EKQA 2ZJLA 4DFGA 5OZ2A 1LYAA 5P2CA 2O4LA 1AJXA 1TSQA 2FMBA 4J1CA 4NJVA 5COOA 2G21A 5DR8A 3EBZA 4B77A 5P5YA 5OZ8A 1B11A 5P7OA 4YD3A 1B6KA 1YX9A 1LV1A 1LF3A 3PMYA 5P5UA 4Y3GA 3G6ZA 4GJ9A 3PI0A 5OZ3A 2P8HA 5OZCA 3T6IA 3MXEA 5P2YA 5P2RA 5P4RA 3IXOA 3S45A 2V12C 5P3JA 5P08A 1ER8E 3LZSA 5OYTA 5DR3A 5OZOA 4I8ZA 5P2OA 1MTRA 5P6RA 3K4VC 3MSJA 3NXEA 1GVUA 4Q1WA 1BVGA 5OZWA 2HM1A 2AIDA 1TZSA 4HDBA 3BGBA 3UF3A 2G27A 2IL2A 1LF4A 5P4OA 5P2AA 5P52A 1IZEA 4NPTA 2FS4A 1D4HA 2WF2A 3OUAA 4JECA 1W51A 1KZKA 3ZKMA 5IVRA 5P6GA 4Y3AA 2Q11A 3DM6A 3S7LA 4B1CA 3APPA 3T7PA 3KFPA 3PB5A 5OZEA 3OQ7A 3VF5A 3FNUA 4TVGA 5P5TA 5P7XA 4YOAA 2QI3A 3VUCA 3EKPA 1FQ5A 1HEGE 5P44A 5OZHA 4CPWA 5P0LA 5AH9A 5P3NA 2I4VA 5P17A 1EPOE 1YM4A 4QJ9A 2WF1A 2QI4A 1CMSA 1Q9PA 2HS1A 4ZSQA 3SKFA 1BWBA 5I3VA 4YA8A 1MT9A 2ZYEA 1HPVA 1W5WA 4B78A 5P6JA 2G1RA 4I8WA 3WB4A 4Y48A 2Z4OA 4J1FA 4YE3A 5E5JA 3GGUA 4FSLA 5P8NA 5ISJA 4JPCA 3VFAA 3LZVA 4DQGA 5OZZA 5P2XA 2AOGA 4H1EA 2QI0A 4D83A 1G35A 2QZLA 2PC0A 5AHCA 5P8KA 3PWWA 2F80A 3ZKSA 4LHHA 3UQXA 4DJPA 1ZSFA 1HVHA 1K6VA 5P5RA 3T3CA 4Y5NA 5OYVA 3HAUA 2G69A 5P7MA 5OZRA 1YTIA 1BIMA 3TPPA 4Y45A 5P0XA 5P8BA 3NYGA 5P7NA 1FB7A 3URIA 4H3IA 5P2DA 2FGVA 5OZKA 4Y3EA 5OZVA 2VNNA 3FIVA 3VF3A 5P1BA 5P7AA 2VIZA 3N4LA 5P0HA 5P49A 5F00A 1G0VA 4XX4A 2I4XA 5P7SA 4HZTA 3PHVA 4DPIA 3I25A 1M0BA 4GJ6A 5SZ9A 1MSNA 3QAAA 5P50A 3AUPA 5P2MA 4R5NA 4Q1NA 4B05A 1HBVA 3OTSA 3LIZA 5P1TA 5P43A 5P8LA 3I2LA 2P3AA 4J0TA 4Y54A 5P1XA 5P0BA 4K4PA 2IGXA 4L7GA 5DR1A 2WF3A 5P1QA 3GGVA 5P0WA 3ZKQA 4J54A 5P11A 1FMBA 3ECGA 2OHKA 4Z50A 3LPKA 1SDTA 3NDWA 5P7EA 3PI5A 3Q6YA 2V13A 3LPJA 3ST5A 1EEDP 2HB4A 5P2JA 5P6LA 3ER3E 2G1NA 1AM5A 4I0FA 1NPVA 5P4SA 2RSPA 1GVXA 4EXHA 2RKFA 3QN8A 1FQ6A 2PK6A 1BBSA 1DMPA 4JP9A 1GNMA 1FKNA 5DR7A 3WSJA 3PGIA 4FRKA 4BEKA 2O4NA 4DJXA 1APWE 1YTGA 3EC0A 4RRSA 5P80A 5P79A 3LNKA 1EPLE 5P51A 1T6EX 4ER2E 5PEPA 1UH8A 1FQXA 5P5FA 1FG8C 2QK5A 1PPLE 4YD7A 4DQEA 4FIVA 1FFIC 2NMZA 1HXBA 4R8YA 5P4LA 5P3TA 1EPRE 5P8CA 3GI0A 4MC2A 4DJYA 1QBSA 4FRSA 5P5KA 3HVPA 5P0IA 4RROA 5P0EA 3GW5A 4RCFA 4EQ0A 3IVIA 2B7ZA 4MC9A 2WEAA 4OBJA 5P4IA 5P88A 4Y4DA 3HZCA 1T7JA 4DJRA 2SAMA 3TPLA 5P7HA 4D89A 7UPJA 1K6TA 4Y51A 3NSHA 5P0OA 3EKWA 5HU1A 1MPPA 2BPYA 1D4JA 3TOFA 4J17A 5P7BA 1ENTE 1ODWA 3UDQA 5AHBA 5P4UA 4GJCA 5P5EA 1QBTA 5P0JA 3OQDA 2R5QA 2AOJA 5P7DA 2CEMA 2G1OA 4ACUA 4J1EA 3S43B 1ZPAA 3TL9A 1GVVA 2NXDA 1NPAA 4Y4JA 3EM3A 2R9BA 1G2KA 1U8GA 4I0EA 5ISKA 2WL0A 2QHCA 2VA6A 3L5CA 1APUE 3EM6A 1JLDA 3L3AA 2BPVA 5P48A 2AVQA 2WF0A 4LC7A 4M8XA 4B00A 5HDVA 4I0JA 3VSWA 2PQZA 3OAGA 3LIXA 5P7KA 3TKWA 4ER1E 5P1YA 4WY6A 3IN4A 3B7VA 2JE4A 2R3WA 4GJ7A 3FV3A 5JG1A 5P0RA 3DK1A 3PWRA 2G20A 5P8DA 1XE6A 2G1YA 3UQUA 4Y57A 2IEOA 4U7VA 5BS4A 3OXVA 3ZKNA 1A9MA 4TRYA 3OQFA 3JVYA 4DPFA 3TTPA 4FRIA 3FKTA 1C6ZA 3HAWA 3QROA 5P6FA 3VYEA 4BFBA 3DOXA 5P5XA 6FIVA 1W5XA 5BRYA 1D4YA 2XFIA 3S7MA 5P8UA 5P5JA 5IVSA 3T7XA 4GZFA 3EL1A 5P1GA 2G1SA 5DR0A 4Y4UA 2ZHSA 3T11A 1GKTA 5IVQA 1IIQA 4COEA 4J5JA 4EJDA 3WB5A 3OQAA 4Y43A 3CIBA 4L6BA 5OYQA 1HEFE 5OZ1A 5P4BA 5KR1A 4I12A 5P0VA 4YDGA 3RTNA 2A4FA 5P4XA 4Y3ZA 5P3LA 4GJ8A 4CMSA 5P7IA 5P3MA 4YCYA 3ZKGA 3Q4BA 1IDAA 5P5NA 4ZLSA 1HHPA 1OEXA 2B60A 3LINA 3OGQA 1KJFA 1C6YA 5P8IA 4OC6B 3BUHA 5P5LA 3BHEA 3OOZA 4DQCA 5P0KA 5P45A 5P4YA 5P0AA 4OBZA 2FNSA 2PMAA 3CKPA 4Y5MA 5P5IA 3VF7A 2PYMA 5P1EA 1AJVA 2IS0A 2P3BA 4GJ5A 3PBZA 4Q1XA 2NR6A 3QRVA 5P4ZA 2VJ6A 1EC3A 5DGWA 1EPME 2XYEA 5P7ZA 5OZDA 3BUGA 5P62A 5P1FA 4CPRA 8HVPA 5P2WA 1LEEA 1N49A 4APEA 5OZ6A 1UH7A 3C9XA 5P82A 3FNSA 1IZHA 3PSGA 4A6BA 5BWYA 2B8LA 4KB9A 4A6CA 4F73A 1MERA 2BB9A 3SM2A 1A30A 2QCIA 5P1OA 3O9BA 5P5PA 3PJ6A 5P24A 1NSOA 3NWQA 4DJVA 5I3WA 5P36A 2NXMA 4JOOA 1MEUA 4NKKA 4S1GA 3RU1A 2UXZA 5P8OA 5P6YA 4FM8A 4AZYA 2P4JA 4X7IA 4OBDA 5P3OA 5P3WA 1NPWA 5P2GA 5P29A 1DW6C 1ZLFA 1M43A 1B6LA 2VKMA 3PLDA 4BELA 2QI7A 5P7TA 2H6SA 2QI5A 3KT2A 2OHLA 2BPZA 4FAEA 4N00A 2PH6A 2PSGA 5JFPA 1GVWA 5P3RA 1QBRA 1BV9A 5P1DA 5F01A 3INEA 1KJHA 5P20A 1DPJA 5P3IA 1OHRA 5P3AA 1QRPE 1WBKA 3H0BA 5P2QA 5DQ2A 4PZWA 2AODA 3CYWA 1DIFA 4DH6A 3TPRA 5P7QA 4BFDA 3ZPUA 3PSYA 4Y37A 4Y41A 5IE1A 4J1KA 4Y3PA 5KAOA 4RVIA 3RVIA 1F34A 4ZIPA 1HWRA 2FDPA 4Y50A 3UDYA 5P57A 4OBHA 3NU4A 4HLAA 2ER9E 4YD5A 5OZGA 3ZPTA 3OAGB 4DQHA 5SY2A 3LHGA 3URJA 2VJ7A 5P6HA 2QD7A 3KDDA 2UPJA 5HD0A 5KOSA 3R1GB 3KN0A 5P04A 3SA9A 2G26A 4Y4XA 1Z1RA 3ZPSA 2AZ8A 4EP2A 1D4IA 2RKGA 2PWCA 5P56A 3PSUA 2AVSA 3SM1A 1WKRA 3KDBA 4I11A 4H3FA 5CLMA 2P83A 2B42A 5I70A 3QP0A 4Z2ZA 3NLSA 5P7GA 3NU9A 2Q5KA 5P4HA 2BQVA 3S43A 1W5YA 5I3XA 5P1HA 4CPQA 2ZJKA 2PSVA 2ZE1A 5P5CA 2QMFA 4U8WA 5DGUA 4I0DA 5P8AA 2IRZA 5P1WA 5C9FA 2V00A 4CPUA 3SACA 4Y5AA 3QIHA 2H6TA 1LYBB 1K2CA 1FLHA 4RYCA 4Y5PA 5P66A 4Y3YA 3OHHA 5P59A 2QP8A 3DV5A 3CMSA 4L1AA 5OYRA 3APRE 3VV8A 2IKOA 4U7QA 1TCXA 3TNEA 5P2IA 5P1AA 1HTGA 1AZ5A 2VNMA 1KJ7A 3VLBA 4KE1A 4FS4A 5P54A 1B5FB 4ZPGA 4J0ZA 3K1WA 3ER5E 5P3ZA 1D4LA 5P6DA 3OQKA 4OBZB 3NU5A 3NUOA 4Y4AA 4J1HA 5P6ZA 5HU0A 5P4KA 6UPJA 2UY0A 2P3BB 3GI4A 3KM4A 4Y5LA 3HVGA 2R5PA 3GGXA 3CICA 1ZTZA 4QJ2A 3INDA 1EC0A 4APRE 5P5HA 4HEGA 3QVIA 1APTE 2AZBA 1FG6C 5OZAA 1XN3A 4EJ8A 5T4SA 5P37A 5P4TA 3SAAA 2XFJA 5P8HA 3Q5HA 3IGBA 2WECA 4QJ8A 2ER6E 5KQYA 3FX5A 5HCOA 3SLZA 5P12A 4EWOA 3FSMA 5COPA 5P15A 4GJAA 5P60A 6APRE 2OHMA 5P14A 5P4JA 3I7EA 5P6SA 1EBKC 2VIJA 3SA5A 2QZWA 4Y47A 1B6PA 1LF2A 2OHTA 3GI6A 1SBGA 3CKRA 4Y3FA 4OC6A 4B1EA 2R43A 4WTUA 1HTEA 5JODA 2AZ9A 1IZIA 4AMTA 5OZSA 2QMGA 3RSVA 4HDPA 4CKUA 3O9HA 3L5EA 1XL5A 2Q63A 1XN2A 3D20A 5DR4A 2OHNA 4DJQA 4TRWA 1PPKE 5P4FA 5P1JA 2MIPA 1VIJA 2ZGAA 3NUJA 4LXKA 1RV7A 1SDVA 5P16A 1IVQA 2QD8A 5P6BA 3OY4A 1B6MA 3OUBA 5OZ4A 2ZHVA 1HXWA 3BC4A 4RRNA 4GMIA 5P6VA 5KR2A 4Y3WA 4FCOA 5HCTA 4HE9A 3FNTA 1KJ4A 3BVAA 4YD6A 3QRSA 5P5DA 5P2FA 2JJJA 2APRA 4HDFA 5P1NA 1HIIA 3PCWA 1HRNA 2FGUA 1TSUA 2QU2A 1CPIA 4Y4EA 1SGZA 3UDMA 1XE5A 4Y39A 1TQFA 2WJOA 3UQWA 2R38A 1FGCC 3SO9A 5P30A 2AQUA 5E5KA 2A1EA 3VG1A 1TCWA 1FMXA 3K5CA 1FFFC 1YM2A 4LXAA 3EL9A 4NJUA 4D88A 2R8NA 5P33A 5OZLA 2HS2A 1E82E 3OK9A 4YBIA 4MC6A 1HTRB 4H3JA 2ZHUA 4L7JA 4EPJA 3TOHA 5OZUA 2VS2A 9HVPA 5P89A 2ZJMA 2XFKA 5P5BA 3LIYA 4Y4GA 1Z1HA 3H5BA 2HPEA 2G22A 5P8MA 5P7UA 3S53A 3SABA 3PEPA 4KUPA 4CPXA 3KMYA 5P86A 5P74A 2AVOA 2PYNA 5OZ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTM A;  3OUC A;  5P63 A;  3PWM A;  5P47 A;  1HSG A;  1SDU A;  3VCM A;  4HVP A;  3LIV A;  5SY3 A;  2REN A;  2HB3 A;  5P02 A;  5KOQ A;  3OAD B;  4J0P A;  5P7L A;  4OBF A;  5P5V A;  3VFB A;  5DPZ A;  4IVT A;  2ER0 E;  3UCB A;  2QHY A;  5APR E;  4LL3 A;  2NMY A;  2NTR A;  3EKX A;  5P85 A;  3VYF A;  4Y3L A;  1GVT A;  3EKY A;  3VEU A;  2AZC A;  5P6M A;  1DAZ C;  1BDR A;  2BPW A;  4NJS A;  2XYF A;  3I6O A;  5P6I A;  3HBO A;  2EWY A;  2JXR A;  1HVR A;  1BXO A;  1HVJ A;  2WF4 A;  5HDZ A;  3UDN A;  5P8T A;  3D3T A;  3IA9 A;  4FLG A;  5AH7 A;  3G70 A;  4LAP A;  5P1U A;  5P3Y A;  5P1Z A;  5P73 A;  5P0C A;  3LIT A;  5P1S A;  1FEJ C;  1GNO A;  1MSM A;  4XKX A;  2HB2 A;  2FNT A;  2WKZ A;  2WEB A;  5HDU A;  4Y5K A;  4AA9 A;  5AHA A;  5P28 A;  4FM7 A;  4OD9 A;  5P58 A;  4F76 A;  4Q5M A;  1IDB A;  3O9L A;  3LZY A;  2FXE A;  1PFZ A;  3UFN A;  3ZKX A;  4YOB A;  2OHR A;  1RNE A;  1BIL A;  5P10 A;  3MSL A;  5P5G A;  5KQZ A;  1MT8 A;  3S8I A;  4GID A;  5P22 A;  5P69 A;  3OHF A;  5OZY A;  3IXJ A;  4J0Y A;  5P31 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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