4LDEA

Structure of beta2 adrenoceptor bound to bi167107 and an engineered nanobody
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
457
structure length
454
Chain Sequence
DAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Membrane protein/hydrolase
molecule keywords Lysozyme, Beta-2 adrenergic receptor
publication title Adrenaline-activated structure of beta 2-adrenoceptor stabilized by an engineered nanobody.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 175
structure length 454
sequence length 457
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ldeA01
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 4ldeA02
2I20A 3GUPA 1DYBA 1JTMA 4EIYA 142LA 217LA 2B6XA 3HAQA 3D4SA 4GP8B 1C62A 2ANXA 4GPOA 1C6JA 1QHJA 2F47A 1CUPA 1KW5A 4HYXA 1P2LA 241LA 1U19A 115LA 250LA 5G2CA 4K5YA 1D3MA 1OVJA 259LA 1L45A 3S8GB 1L10A 120LA 1L52A 1LWGA 4W54A 4EXMA 1LYJA 2JAGA 5B6YA 4L6RA 1KY1A 1G0GA 1T6HA 261LA 1L46A 215LA 3F9LA 2OTYX 1LGUA 1JQUA 2RAZX 2OE7X 1L85A 3HTBA 1H2SA 3ZPQA 1LYEA 1SX2A 3C8QA 1OV7A 5G36A 4BUOA 2Z55A 1L55A 1C66A 1L13A 1P5CA 5A8EA 1L23A 3HT7A 4I7OA 3RFMA 1LPYA 2AT9A 1C60A 1L66A 3HAPA 1IW6A 5H2KA 4I7JA 163LA 1CV3A 5DYSA 206LA 3G3VA 4ZPUA 4HYJA 191LA 1T8GA 1ZURA 4GBRB 1CWQA 1L62A 1NHBA 4FPDA 5AWZA 1S54A 1KY0A 239LA 3C7ZA 3PXOA 1C6CA 1QTHA 4I7TA 1CV4A 1L97A 1SSWA 3HTDA 4BV0A 2QARC 3HTFA 3HT6A 1L09A 2IGCA 236LA 3HU8A 102LA 1KG8A 160LA 113LA 1LI2A 168LA 205LA 4ARQB 3HUKA 1S51A 5H2OA 1L08A 4QRYA 1L32A 5H2MA 1GU8A 103LA 1L39A 2JAFA 165LA 4YXCA 3C7WA 3SBBC 3DKEX 2NTWA 2RBNA 1LLHA 4YXAC 1C6LA 1LI6A 1L20A 3QAKA 1P6YA 1L59A 3HH5A 144LA 1QUDA 1C65A 1QT7A 150LA 3UTYA 1LYHA 2R4SA 4PXFA 1L51A 1L01A 1L34A 3HH6A 1VJMA 5B6XA 3BVDB 1L90A 4KLYA 1WTHA 3OE6A 1C8SA 3EH3B 109LA 175LA 1L02A 1L14A 2B72A 2R4RA 2WJKA 112LA 1JFPA 3VG9A 1G1VA 1BRXA 1EPYA 3GULA 3A7KA 5F8UA 1L68A 2BRDA 1ZYTA 4MD1A 2A4TA 192LA 3K2RA 3GUNA 3REYA 243LA 152LA 1UCQA 4OV0A 3VI0A 190LA 195LA 1QT3A 2YCWA 1L19A 1KGBA 4G70B 5H2LA 2RB1X 3ZPRA 4J4QA 1L94A 1L12A 1L36A 3OE9A 1L35A 3DQBA 2RBRA 5G2AA 178LA 1QTZA 2YCYA 126LA 1L33A 5G2DA 1LI3A 1L31A 1QT5A 1VGOA 234LA 3CDVA 2LC9A 262LA 1OV5A 4I7LA 4JQ6A 1G1WA 199LA 224LA 5H2IA 1L93A 2HPYA 4DJHA 4XTOA 5B34A 1CU0A 1F50A 233LA 4ARMA 3SBAA 1MGYA 1OVKA 1C68A 1P3NA 3KJ6A 1C64A 1L79A 1C6GA 1QUGA 3DN4A 3GUKA 1L49A 1L71A 1QUHA 3DN3A 3SB8A 1L05A 196LA 1QUOA 226LA 3DN8A 3F8VA 2Y02A 3C9LA 3QJRB 5H2NA 4AMJA 3T45A 155LA 247LA 1IW9A 3LZMA 5JJEA 1C6MA 4QIDA 4ARPA 2L6XA 5AHYA 3X3CA 2ZZLA 2NTHA 4I7NA 2Q9DA 1G0PA 156LA 1L70A 1QT8A 229LA 5J7AA 1DYFA 4DKLA 5A45A 4AQNA 4W53A 5I14A 213LA 2HUMA 4GYCA 2M3GA 5G53A 223LA 146LA 1C61A 2B6ZA 1L74A 1OWYA 1DZEA 1XJIA 3CODA 2QPDB 5DHGA 3MBVA 4I7RA 5LWEA 4PJZA 131LA 1S53A 2KS9A 1C6FA 1L89A 3DNAA 3L64A 1L60A 4BEYA 167LA 232LA 119LA 200LA 1L40A 3HARA 107LA 1PXSA 1CX6A 2QB0B 3S8FB 2YDOA 1CU6A 3C81A 251LA 4LDOA 255LA 3ZEVA 3HASA 1L87A 2OE9X 228LA 3UZAA 2HUKA 181LA 2I1XA 1L03A 1D3FA 1FBKA 1G07A 2LNLA 5G54A 3WQJA 1QTBA 5B35A 3CAPA 159LA 246LA 1CU5A 1T8FA 1AP9A 1GUEA 2PEDA 5DHHA 1L16A 4YX7C 3RUNA 5FJGA 5B0WA 3S3CB 1LWKA 4XT1A 253LA 3DN1A 1K28A 2CUUA 1L67A 235LA 3DN6A 4FBZA 118LA 1QTDA 256LA 1L48A 1OWZA 5BR5A 4EKRA 1KG9A 4G71B 4EPIA 4IAPA 1IXFA 3CDTA 1G06A 1P56A 4PXKA 3QBIA 3C8RA 1C63A 4G7RB 2NTGA 4EA3A 4GBRA 1G0LA 1PQIA 214LA 3QBKA 257LA 3HDFA 4I7SA 248LA 1LW9A 3SB6A 3ABWA 2F2QA 4DAJA 258LA 177LA 1SWYA 2ZIYA 240LA 3SB7A 4E97A 158LA 166LA 2Y03A 1P46A 4EKQA 1E12A 1C6HA 3QJQB 231LA 125LA 2OE4X 3NYAA 4ARQA 2RH1A 4W52A 5AX1A 3UG9A 1F88A 1T8AA 2B6YA 4W55A 1PQJA 4IARA 260LA 1L82A 3HDEA 3GUMA 4Y9HA 1C69A 4LDLA 2WJLA 1PY6A 3HUAA 1X0I1 3S3DB 3C9MA 5H2HA 1L00A 4N4WA 2OEAX 2Y01A 1L11A 4IAQA 3RZEA 1JV6A 3FADA 3OE0A 4XTLA 1XJTA 1L9HA 2QPEB 5H2JA 3GUOA 1D2YA 1L83A 1JTNA 3VGAA 1C67A 1L98A 3OE8A 1L0MA 3C7YA 1L56A 183LA 2OU0X 4G72B 1LYDA 1LGWA 180LA 4X32A 3PQRA 1G0QA 1JV7A 4XT3A 5BR2A 2O7AA 3UONA 4UHRA 3VVKA 3C8SA 4W57A 185LA 1XMEB 1QTVA 1QS9A 4MBSA 4I7MA 1C6AA 3DMVA 1L18A 2B70A 4G7QB 3AYMA 1X0K1 3SB9A 5LZMA 2Y04A 1XIOA 4HWLA 110LA 3GUJA 141LA 1CV6A 5AHZA 2O4WA 2RBPA 1P8UA 4I7PA 2X72A 3NS0A 3FA0A 4UG2A 174LA 1I6SA 4W51A 1QM8A 1L92A 3DDLA 189LA 3EH5B 3UTXA 2ANVA 2RAYX 3SN6R 2OU8A 3HAOA 1TN5A 227LA 3NY8A 4EKSA 1C8RA 162LA 1B6IA 2I21A 2LCBA 3EH4B 1Q5IA 4S0WA 1SWZA 1L69A 1X0SA 1L86A 171LA 1UAZA 4I7KA 1L76A 1KW7A 5ITCA 5B6ZA 4MD2A 198LA 1M0LA 111LA 1S52A 1L88A 2B6TA 5EN0A 1P37A 4X1HA 1L37A 151LA 1DYGA 1KS3A 1QKOA 138LA 1H68A 3DMXA 1L44A 2B74A 2F32A 1EHKB 5G28A 4EKPA 186LA 3COCA 252LA 237LA 3PBLA 1XEPA 4LZMA 1OVHA 2HULA 2Y00A 1DYEA 3HANA 1L41A 4BVNA 1QT6A 2VT4A 1C6IA 1C6PA 3DN0A 244LA 1DYCA 4W58A 4PK0A 108LA 4N6HA 1QTCA 4X31A 137LA 127LA 187LA 2Z6BA 1L30A 197LA 1C6DA 1L99A 123LA 3X3BA 4LDEA 4WAVA 5ITEA 5AZDA 1L91A 1L27A 3P0GA 4AMIA 221LA 216LA 1QS5A 1GZMA 2I35A 222LA 1L0JA 172LA 1BRDA 3EMLA 1CUQA 1G0KA 5C1MA 3NSBA 4L35A 2RBOA 1PQOA 3QJSB 3C83A 4XTNA 1BM1A 3DMZA 122LA 4FAAB 128LA 1L80A 1L22A 3UZCA 1L61A 4W56A 3QDCA 1KNIA 5ETZA 1L64A 4W59A 4A4MA 1XJUA 1L07A 2OTZX 1PQDA 2OU9A 2YCXA 2B6WA 169LA 1CX7A 4ARJA 1FBBA 140LA 2Q9EA 1L06A 1C6EA 3ODUA 1O0AA 2J4YA 143LA 4OO9A 4GP4B 4TL3A 2RB0X 1LN6A 1L29A 4FA7B 3CDRA 242LA 1L24A 129LA 1TLAA 1P36A 173LA 1S8LA 1P8HA 1R2NA 1M0KA 4ARLA 4JKVA 1PQMA 210LA 4EJ4A 2G87A 3DN2A 4JR8A 1LGXA 5H2PA 1E0PA 4WW3A 219LA 1DYDA 1L04A 1ZWNA 130LA 2L78A 3CDQA 3AM6A 1P7SA 161LA 212LA 5JJJA 149LA 1D9WA 3HT9A 1S8JA 3UTWA 1CU2A 245LA 4BEZA 3HH3A 1QT4A 1OYUA 1PQKA 3V2YA 1PXRA 1L77A 157LA 182LA 1L63A 1C6KA 1JGJA 1HZXA 3VW7A 1L54A 5JJNA 2O79A 4NC3A 5TGZA 1L47A 3QJUB 1G0MA 170LA 1D3NA 3QBGA 4QI1A 1L75A 4XXJA 1L15A 1QSQA 4MQTA 1CVKA 218LA 1C3WA 1DYAA 1AT9A 238LA 3JR6A 1C6QA 3FI5A 1L96A 1P8IA 1L43A 1L58A 1L81A 1T97A 1KMEA 1R84A 3S3BB 1CU3A 3HU9A 2LZMA 1F4ZA 188LA 1C6TA 249LA 2ZFEA 4MQSA 3OAXA 1L73A 1L53A 1L57A 3HWLA 3QJVB 2Z73A 1Q5JA 3V2WA 148LE 2B73A 3HUQA 4IB4A 230LA 3PDSA 1LYIA 2YCZA 1L38A 1D3JA 1L72A 2B7XA 3L2XA 209LA 3AYNA 1L17A 1CTWA 1D2WA 164LA 5B2NA 1L50A 4N4YB 114LA 184LA 147LA 3QJTB 4GP5B 5B6VA 1L28A 1G0JA 4ARMB 4GRVA 3GUIA 1LYFA 3QBLA 1P2RA 1CV1A 1LYGA 3VHZA 1C6BA 211LA 2KSAA 2KSYA 3PWHA 176LA 139LA 2B75A 145LA 1L0KA 3NY9A 4KNFA 1QSBA 2YDVA 4I7QA 3SB5A 1P64A 2EI4A 1TN0A 4BWBA 3QAPA 1L25A 3C82A 5A44A 4G7SB 1SX7A 1L21A 1CV0A 2NTUA 5B6WA 3HT8A 1CV5A 5KKHA 1L95A 3G3XA 1M0MA 1L84A 201LA 4EPFA 6LZMA 104LA 220LA 3C80A 1C6NA 2F93A 3HTGA 7LZMA 2RB2X 225LA 3CDOA 3G3WA 2RBSA 1SSYA 2RBQA 1L65A 2KSBA 3UTVA 1QKPA 254LA 1L42A 1L26A 5AX0A 1BRRA 3HH4A 2F95A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZVYB 4WM3A 2DQJY 1JTMA 2B6XA 3D4SA 4GPOA 1C6JA 4HYXA 1P2LA 3W6DA 4K5YA 4OW1A 3S8GB 3SP3A 1KY1A 4LT3A 3W6FA 1IR9A 1I1ZA 3TXIA 1LGUA 1JQUA 5KXZA 193LA 1L85A 3HTBA 3ZPQA 2YBJA 5B05A 1OV7A 1OUBA 1VDQA 4BUOA 1D0KA 1WQNA 5A8EA 1L23A 3HT7A 4NGYA 2BLXA 1L66A 3HAPA 3HBEX 1QDRA 5H2KA 4DD7A 206LA 4ZPUA 2I26L 4IB4A 5G28A 2LYOA 4DWXA 2I6ZA 1KY0A 1OUEA 3A90A 4G4HA 1B2KA 4L41A 2F2NA 1B5WA 3AZ4A 3HT6A 236LA 1BB4A 1LI2A 205LA 4OWAA 2DQFC 2RSCA 2MEFA 5C6LA 3ZEKA 103LA 3TXKA 1LI6A 4RW2A 5LYTA 4A7DA 4EOFA 1P6YA 1GF9A 144LA 1C65A 150LA 1GEVA 4B0DA 5B6XA 1NKHA 4KLYA 3OE6A 1C8SA 3W6CA 4H8ZA 175LA 1L14A 2NWDX 3VG9A 1JFPA 1UACY 1GWDA 1EPYA 3GULA 5LVGA 4PJ2C 1L68A 5F8UA 1HEWA 1UIEA 3A3QA 4MD1A 1UCQA 1GB6A 5F14A 3VI0A 190LA 2WARA 1UIAA 2XBRA 4G70B 3LZ2A 5APFA 2RB1X 5L3HA 4ETEA 1L94A 1L12A 2RBRA 5G2AA 126LA 2I25L 1QT5A 1LZ8A 5J7CA 4JQ6A 5EBHA 1VDTA 1F0WA 4DJHA 1LTMA 233LA 1C64A 1L79A 1QUGA 3GUKA 1C43A 1QUHA 1IP6A 3QNGA 196LA 2Y02A 1C7PA 5H2NA 3WPLA 3T45A 3LZMA 3CSZA 3TXBA 5AHYA 3X3CA 2ZZLA 229LA 1DYFA 1OQMA 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 1SX7 A;  1L21 A;  1CV0 A;  2NTU A;  5B6W A;  3HT8 A;  1CV5 A;  5KKH A;  1L95 A;  3G3X A;  1M0M A;  1L84 A;  201L A;  4EPF A;  6LZM A;  104L A;  220L A;  3C80 A;  1C6N A;  2F93 A;  3HTG A;  7LZM A;  2RB2 X;  225L A;  3CDO A;  3G3W A;  2RBS A;  1SSY A;  2RBQ A;  1L65 A;  2KSB A;  3UTV A;  1QKP A;  254L A;  1L42 A;  1L26 A;  5AX0 A;  1BRR A;  3HH4 A;  2F95 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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