The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNW K; 4DR7 K; 2HHH K; 4DR1 K; 4JI1 K; 1XNQ K; 2F4V K; 4KHP K; 4DUY K; 2UXD K; 1XMO K; 4DV7 K; 2E5L K; 4DV2 K; 4YY3 K; 4K0K K; 4B3T K; 4JI6 K; 4DR3 K; 5BR8 K; 1N36 K; 1I94 K; 4V19 S; 4LF9 K; 4CVN E; 3J81 O; 4NXM K; 4DR2 K; 5FLX O; 1IBK K; 4LFC K; 1HR0 K; 2ZM6 K; 4JI4 K; 4JI3 K; 4YHH K; 4JI2 K; 4GKK K; 5LMU K; 4DUZ K; 4X66 K; 4DR5 K; 1N33 K; 4LFA K; 4DV4 K; 5IWA K; 4B3S K; 2UXB K; 4JI8 K; 5A2Q O; 3JAM O; 4JI0 K; 4OX9 K; 1N34 K; 1IBL K; 4GKJ K; 4X62 K; 1HNX K; 4B3M K; 4AQY K; 1HNZ K; 4JI7 K; 5AJ3 K; 4DV3 K; 4LF6 K; 3OTO K; 3T1H K; 4DV1 K; 2UUB K; 4X65 K; 3J80 O; 4B3R K; 4LFB K; 4X64 K; 2UU9 K; 2UXC K; 4LF4 K; 4LF7 K; 4JYA K; 5IT9 O; 4DV5 K; 2UUA K; 3J7Y P; 1XNR K; 2VQF K; 4LF5 K; 1IBM K; 3T1Y K; 3J7A P; 4JI5 K; 1J5E K; 4JV5 K; 4DR4 K; 4DV0 K; 4NXN K; 2VQE K; 2UUC K; 5LMN K; 4DV6 K; 1XMQ K; 4CW7 B; 4DR6 K; 5LL6 Z; 4LF8 K; 1N32 K; 1FJG K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HNW K; 2BTF A; 1NK9 A; 3PX0 A; 1YHQ N; 4IG0 A; 1C1A A; 4JKD A; 2X78 A; 3AVN A; 3Q7B A; 4O0I A; 1WB9 A; 3WXL A; 4YY3 K; 3M8S A; 4DV2 K; 5I3U A; 4ISE A; 3S3M A; 3OY9 A; 2B4J A; 4IDH A; 1BOT O; 4JKF A; 1QQC A; 1TV6 A; 3CCS N; 4FVM A; 3VQ8 A; 3C6T A; 3I56 N; 2Y1J A; 5KGW A; 3ZSW A; 4FJK A; 1RNH A; 4H5W A; 3M8P A; 3PO4 A; 3N4Q A; 3P38 A; 3E9L A; 3KLE A; 4CJ5 A; 3AVL A; 3OYG A; 1UA1 A; 3VF2 A; 4DSJ A; 1IG9 A; 3BZC A; 4BRE A; 3UKR B; 3DLE A; 1WAJ A; 2WUS A; 3EO3 A; 3TAG A; 3U9D A; 2ZJR L; 1B92 A; 1NK8 A; 3AVH A; 2P9K B; 2E20 A; 3VQP A; 3HYF A; 2UYT A; 3O4W A; 4IZ9 A; 3JSM A; 1YT3 A; 4FJ9 A; 5M1Q A; 4AH9 A; 3THV A; 2F8T A; 1NNE A; 2J4R A; 1HMV A; 3QIO A; 3NF7 A; 4Q0B A; 3VQA A; 1GLF O; 4AQY K; 4HTL A; 4CIF A; 4DV3 K; 3VA0 A; 4O0J A; 4RTF D; 3OTO K; 1NGC A; 4ELT A; 4DV1 K; 4X65 K; 4PL8 A; 2VGN A; 4Y1C A; 2UXC K; 4AHR A; 4MDA A; 1U6Z A; 4CZJ A; 4MLH A; 4C1N I; 2O8D A; 1J6Z A; 1SKW A; 4KB1 A; 2WC9 A; 3QBX A; 4DV5 K; 1RIL A; 3CC4 N; 4EFH A; 3O5B A; 1BI4 A; 3AGR A; 4JI5 K; 4WCE L; 4WFN L; 2HBK A; 3L2W A; 2DPN A; 1NKE A; 1TKX A; 4B1W B; 3KWG A; 4F4K A; 4IOC L; 3KLG A; 1SKR A; 4KHU A; 1BU6 O; 1T03 A; 3CMA N; 4E1M A; 3LP0 A; 4J2A A; 3VPZ A; 4N56 A; 4BC2 A; 3RMC A; 4FW2 A; 5JLH A; 1L5U A; 4QOZ B; 3ENB A; 2EWS A; 4I7F A; 2XO7 A; 4CJL A; 2QI2 A; 4F3T A; 1N36 K; 4ILG B; 1NMN A; 2V52 B; 1XHZ A; 2FSJ A; 2AJQ A; 3MX5 A; 1JCE A; 3AAR A; 4N5S A; 1NG9 A; 3CJA A; 4CVN E; 1C0F A; 1V4T A; 3TAF A; 3IFR A; 2HW3 A; 4XEI A; 3LPU A; 1S1W A; 1MA9 B; 2GWJ A; 3V9W A; 1HR0 K; 3FLC O; 4WE1 A; 4W5R A; 3PX4 A; 1GOA A; 3OYD A; 1JLE A; 1JKH A; 2X74 A; 3OYC A; 3LDO A; 4RW6 A; 3ZT0 A; 1LWC A; 4N47 A; 1JLA A; 5FPN A; 1N33 K; 4QCL A; 2KZZ A; 4E89 A; 2E88 A; 1Z26 A; 2E1Z A; 4JI8 K; 4DTM A; 3VGM A; 1WAF A; 1VK0 A; 4O55 A; 1Q9Y A; 3KK3 A; 4K8Z A; 4FPA A; 2HST A; 4BG9 A; 1LAV A; 2O8C A; 3AVC A; 5FDL A; 4E7K A; 3OYJ A; 2G8V A; 3AVM A; 4OLA A; 4WQ5 C; 4BQL A; 2JWL A; 1S3X A; 3LAN A; 1ITG A; 1VSK A; 5AQT A; 2ASO A; 1LV5 A; 2Z1J A; 3ATV A; 1BA0 A; 4JLH A; 3PIP L; 2YNF A; 4CEB A; 2R7Y A; 1Q82 O; 3NDK A; 3V1Q A; 3LDP A; 4CEA A; 1YI2 N; 3CCV N; 3HL8 A; 3ZSR A; 3I55 N; 2WTU A; 2YHW A; 4FLU A; 3QEX A; 1GLE G; 5SZT A; 2IGI A; 3SJJ A; 1VSL A; 4JRP A; 3RMA A; 1YF5 L; 3DMJ A; 2UUA K; 4DF8 A; 2IVN A; 5AQY A; 2D0B A; 3O08 A; 3L2R A; 3KLH A; 1HYZ A; 1T44 A; 1S1V A; 1KVC A; 3NF6 A; 4DLE A; 1C1C A; 5E41 A; 4CW7 B; 4BG8 A; 2W40 A; 1SUQ A; 4H0T B; 1SS6 A; 3C6U A; 4F3O A; 1TK8 A; 3M8Q A; 4H5V A; 1S1U A; 2QEX N; 5JS1 A; 3HOS A; 4DCH A; 3OHR A; 1U49 A; 1VSF A; 1KRP A; 3F9M A; 3SAG A; 5CY4 A; 4EIA A; 3V6D A; 4JI6 K; 2AP1 A; 5HL7 L; 1TYQ A; 3ENO A; 1TK0 A; 4CES A; 4DS4 A; 3OBW A; 4CEC A; 1X3N A; 3CF5 L; 4CK3 A; 3O9S A; 4NCG A; 4YOU A; 1NOZ A; 1BDG A; 4FLW A; 3DRR A; 3J81 O; 4CJT A; 3OYI A; 1LWE A; 2VWB A; 3CFR A; 1P8Z A; 5HRR A; 4BVP A; 4KB0 A; 2ZWH A; 3PLA A; 3QER A; 5C42 A; 4CGG A; 3MXM A; 4C8N A; 3I0S A; 3QEP A; 3CG7 A; 4LH5 A; 1BCO A; 1GLD G; 2RHK A; 5BRH A; 5AQP A; 3E1Y A; 5HLF A; 2X6S A; 1TKD A; 3VQ9 A; 4CFC A; 4A2A A; 4CJV A; 1SKS A; 4FM1 A; 3O1B A; 4BRP A; 1CZA N; 4M3Z A; 3JS6 A; 2W42 A; 3AVF A; 4BRA A; 1C6V A; 1QSY A; 4M41 A; 3IS9 A; 2P9N B; 3D45 A; 4UY8 O; 1DTT A; 4DSI A; 4J8F A; 1RDW X; 2YHA A; 1IKX A; 2UUB K; 3ZSV A; 3LWM A; 3K0S A; 3GG4 A; 4JHD B; 1X9W A; 3ZSQ A; 1F21 A; 3ULD A; 2ETJ A; 1DEJ A; 1YIJ N; 5AQM A; 4DLG A; 1HPZ A; 4ELU A; 4CK1 A; 3HPH A; 5J2Q A; 1HX1 A; 1HYV A; 3PIO L; 1TVR A; 3TR8 A; 1QQM A; 3BUZ B; 4KO0 A; 3GE1 A; 4KH6 A; 3EN9 A; 3VTI A; 2P9U B; 3O6W A; 3CJ9 A; 4KHN A; 2HVI A; 3FE1 A; 5DM7 L; 3QEV A; 1Q7Y O; 3SAH A; 4M42 A; 1VSE A; 2ITG A; 1XI1 A; 1QS4 A; 5LL6 Z; 3OS2 A; 4LF8 K; 1FKP A; 3DM2 A; 3SMP A; 2BGG A; 3MEC A; 1RDU A; 3SUO A; 3HJF A; 2HHS A; 1GLB G; 4KRF A; 1A5V A; 2PFU A; 3MCP A; 5KRS A; 4DTS A; 3L2V A; 1SL1 A; 4CF2 A; 3HVR A; 1DKG D; 4BDP A; 3G0Z A; 2HBJ A; 4ISG A; 4CBU A; 3K2P A; 4CGI A; 2Q0R A; 2OA8 A; 5LJV A; 5FLX O; 1IH7 A; 2ITM A; 3CPW M; 5M1K A; 3WEE B; 4U7B A; 2ZM6 K; 3O80 A; 1S22 A; 1L3T A; 4AF1 A; 3LPT A; 2CGJ A; 4DTU A; 3LDS A; 4LH4 A; 4L8R B; 2DY4 A; 1ILY A; 3DI6 A; 3NAE A; 4B3S K; 1K6Y A; 1L3S A; 4OKK A; 5HBM A; 1ZBU A; 2QXF A; 3E01 A; 3HSC A; 4C23 A; 3VEZ A; 1N34 K; 4QS8 A; 3QNO A; 2KKZ A; 4J2E A; 2KFZ A; 2P9N A; 3M3Z A; 1K8A O; 4KTW A; 4JAX A; 4HVJ A; 4IJN A; 1TKT A; 4HHT A; 1G99 A; 4JHD A; 4B3M K; 2G8I A; 3FFK B; 1XWL A; 4BDY A; 2KZM A; 3FZF A; 3LZI A; 3DYA A; 3F9K A; 4QS9 A; 3TAB A; 1TUY A; 4H4M A; 3TSP A; 4DTR A; 3J80 O; 2FBV A; 3SUP A; 3VQE A; 2JWK A; 3THY B; 2D0C A; 5C24 A; 1JLQ A; 1EWR A; 3ID8 A; 4CBX A; 4N41 A; 3PSF A; 1WSJ A; 2RF2 A; 4JYA K; 4U67 L; 1VQP N; 2A6A A; 4NO7 A; 1D5A A; 4XH4 A; 5EX5 A; 1QTM A; 3CYM A; 4DF4 A; 1RT4 A; 1XHX A; 4IFE A; 2YX6 A; 5J2M A; 5CHI A; 2RN2 A; 3KK7 A; 3O3F A; 3A8Y A; 4E7H A; 3HP6 A; 2EHG A; 4EP4 A; 1C1B A; 2OTJ N; 5C25 A; 4IEI A; 3SUN A; 4BR9 A; 1RBV A; 4DR7 K; 1VSH A; 5AQF A; 2E6L A; 4PKI A; 5BRE A; 4XH1 A; 1BA1 A; 3V1O A; 2HNY A; 2F7T A; 1GLJ O; 4M3T A; 3K59 A; 4Y0W A; 4W5Q A; 4G9Z A; 1KCF A; 3WEE A; 3VER A; 1W9H A; 4BRN A; 1JCG A; 1KTQ A; 4PY5 A; 1YJ9 N; 4BRH A; 2Q31 A; 2O8F B; 4B1Z A; 1TL1 A; 2VCP A; 4DTP A; 5BRD A; 1OH5 A; 3O8M A; 4LFC K; 3CJ1 A; 4GVM A; 2HBM A; 3EZW A; 4CED A; 3ENH A; 3QLH A; 5JMV A; 1VQ8 N; 2QW9 A; 3MED A; 2VWK A; 3QIN A; 4GW6 A; 4OPK A; 3OS1 A; 3UE5 A; 3LZJ A; 4KPY A; 3MEE A; 4BC3 A; 4K42 A; 5A2Q O; 1HLU A; 1MWK A; 3AVJ A; 4Z4I A; 4GMJ B; 5AZI A; 1R59 O; 4CJK A; 3L0Q A; 4OJR A; 3A5N C; 3O9Q A; 3R1X A; 1RDC A; 4B1V A; 3QO9 A; 5HRP A; 4B9V A; 4DQ8 A; 3GL1 A; 2CGL A; 1MWM A; 3DAW A; 4DG1 A; 2FBY A; 3RWU A; 1S5J A; 3THY A; 3TAM A; 1LAW A; 2YJE A; 4EHT A; 4M7Y A; 1RTJ A; 3SV4 A; 2WOM A; 2PBD A; 3I33 A; 5E26 A; 1XC3 A; 4AM7 A; 1ATR A; 3CCJ N; 4ILJ A; 3EY1 A; 1VQO N; 3TTF A; 4CJ4 A; 4LF4 K; 1S9E A; 4CZG A; 3IRX A; 1NJW A; 1Q8I A; 3QET A; 2YI1 A; 4DQS A; 2A3Z A; 4A62 A; 2FBX A; 3HVT A; 1VQ6 N; 2D1K A; 5J1E A; 3A5M C; 1KD1 O; 3D7E O; 3FZK A; 2OTL N; 3DRS A; 3H6E A; 4FSV A; 5EXW A; 1EP4 A; 3VET A; 3LAL A; 3CQX A; 1ZBL A; 4IWV A; 3OYE A; 1VQ7 N; 1EWQ A; 5DM6 L; 4PWD A; 3RRH A; 1RT6 A; 1FKO A; 3WXM B; 3OYF A; 2CH6 A; 1NJI O; 2O8F A; 4CFB A; 3NE6 A; 4E7I A; 3V81 A; 4CGF A; 1Q18 A; 1KFS A; 4CF0 A; 3NGZ A; 4E7J A; 1NU0 A; 3DLG A; 1KSP A; 3ALY A; 5GIO A; 1BI4 B; 4FLT A; 4BRI A; 4B9U A; 2AA4 A; 4KRE A; 1NGJ A; 4CZF A; 1QVF M; 4A61 A; 3KK2 A; 3PX6 A; 4RW9 A; 1J5O A; 2HMP A; 3OA9 A; 1RDD A; 5HRS A; 3ZLJ A; 3I0R A; 2XY8 A; 4KH5 A; 4AHV A; 1Y97 A; 3CXC M; 1CLQ A; 4IJA A; 3W3D A; 3HT3 A; 3WQT A; 3U9Z A; 2QXL A; 4FJH A; 1JCF A; 3EEQ A; 1R0A A; 4NLB A; 2QK9 A; 2QKK A; 1KAY A; 3HXM A; 4JKH A; 2ASM A; 4O5F A; 2QWR A; 3S9H A; 1XQS C; 5AFU A; 3N4P A; 2O8E B; 3OYA A; 4YOX A; 4BQZ A; 1U4B A; 4ELV A; 4N76 A; 1YTA A; 4FZZ A; 2VYP A; 3W0L A; 1DGK N; 3WT0 A; 2GX9 A; 2YKN A; 4KKO A; 4OGC A; 3NH2 A; 1YJW N; 5LJW A; 2BUP A; 3H3O B; 3VQ6 A; 4FJN A; 3H45 C; 4IKF A; 2IC3 A; 1YVN A; 4OVL A; 2O8C B; 2E2Q A; 3K9K A; 1VQM N; 3GOI A; 1VQK N; 3VEY A; 4NXN K; 3QIC A; 1XMQ K; 4F2S A; 3HI0 A; 4F8R A; 3MN7 A; 3PO5 A; 3V1R A; 3BEX A; 1GLL O; 4DB3 A; 3HM9 A; 1M90 O; 4K25 A; 2DTU A; 4YOT A; 1NGI A; 1TKZ A; 3VF4 A; 1OKJ A; 3C95 A; 3TSU A; 5C15 A; 1RTH A; 2UXD K; 4H5R A; 4KHS A; 2FBT A; 4CJS A; 3SQ4 A; 1IJJ A; 3M5R A; 3LDL A; 1YIT N; 1XC9 A; 3WNE A; 3H1V X; 2IAJ A; 4FXD A; 4BR2 A; 2NLX A; 4JKE A; 2OPQ A; 2P1J A; 3O4Q A; 1TAQ A; 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5AQQ A; 1Q81 O; 4YFU A; 5BR8 K; 5GAH P; 3LDQ A; 3GBT A; 4HCB A; 5HRO A; 1IG8 A; 3MN9 A; 4AHU A; 3TAN A; 3VGL A; 1WSH A; 4DR2 K; 3RTV A; 2NRW A; 4CD1 A; 1L3V A; 4FOE A; 3K58 A; 3LP3 A; 3CME N; 2PAV A; 1RGI A; 4QAG A; 3VQ5 A; 2F96 A; 3C7N A; 4KV8 A; 4H0Y B; 4CGH A; 3SCX A; 1OH8 A; 3OYH A; 2ZQB A; 4HUG A; 2QWN A; 1ASV A; 4FWO A; 3F2K A; 3QIP A; 3OBY A; 3IKM A; 3NGY A; 1ESV A; 3ZSX A; 3OJS A; 2GUP A; 4TSX A; 1TK5 A; 3OYB A; 3A5O C; 2NZT A; 5BRF A; 4WFB L; 2ZE2 A; 3V9U A; 3VF6 A; 3NH0 A; 1D4X A; 3S3N A; 4CHO A; 1HKC A; 4DU1 A; 3SPZ A; 4BR0 A; 3ZX3 A; 2JGU A; 1TGO A; 4Z4F A; 4FWK A; 4B1U B; 3M8R A; 2P9L B; 3CI5 A; 4XIU A; 5CZ2 A; 4X64 K; 4J2D A; 2E2O A; 3TSQ A; 2UU9 K; 1QHT A; 5F0X A; 4OKE A; 1WNS A; 3VN5 A; 1VHX A; 4CHZ A; 3CC7 N; 3HPG A; 5AZJ A; 4YDU C; 4JV5 K; 4JK7 A; 3MK6 A; 1RBR A; 4E19 A; 3CFP A; 3TAQ A; 4DV6 K; 1DTQ A; 4EZ6 A; 3NGI A; 3L4Q A; 3SQ2 A; 4H4O A; 5C2F A; 1KLN A; 5AQX A; 4AHS A; 4DR1 K; 4C8L A; 4M3W A; 2QM1 A; 1RDA A; 4O4G A; 3CJB A; 3RVC A; 1ZBS A; 3OYM A; 4YOV A; 1KVA A; 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