The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI7 K; 5AJ3 K; 4DUY K; 1IBK K; 4GKJ K; 1I94 K; 4LF6 K; 3JAM O; 4NXN K; 1N33 K; 4X66 K; 2UUA K; 1IBM K; 1IBL K; 4YY3 K; 2HHH K; 5BR8 K; 4DV1 K; 2UU9 K; 1XNR K; 1N32 K; 4LFA K; 4DV4 K; 4LF5 K; 1XMQ K; 2F4V K; 4B3S K; 4DV2 K; 4B3R K; 4OX9 K; 2ZM6 K; 1XMO K; 5A2Q O; 4LF7 K; 1HNW K; 3J7A P; 1N34 K; 4JI0 K; 4DV6 K; 1J5E K; 4JI6 K; 4NXM K; 1HR0 K; 4V19 S; 1FJG K; 4DR2 K; 4CW7 B; 2UUB K; 2UXC K; 4YHH K; 4KHP K; 3J81 O; 4JI2 K; 5LMN K; 4JI3 K; 4DUZ K; 2UUC K; 4JI4 K; 5IWA K; 4DR6 K; 4DV0 K; 4DR1 K; 3T1Y K; 3J80 O; 4DV3 K; 4JI5 K; 4DR5 K; 4DR7 K; 2UXD K; 5LMU K; 4AQY K; 4B3M K; 5IT9 O; 4DV7 K; 5LL6 Z; 4DR4 K; 4X64 K; 5FLX O; 2UXB K; 4K0K K; 4JV5 K; 4LF8 K; 4LF9 K; 4DV5 K; 3J7Y P; 4LFB K; 3OTO K; 4GKK K; 4LFC K; 1XNQ K; 4LF4 K; 1HNX K; 2VQE K; 4JI8 K; 4DR3 K; 4JI1 K; 4JYA K; 4CVN E; 4X62 K; 1N36 K; 2VQF K; 1HNZ K; 2E5L K; 3T1H K; 4X65 K; 4B3T K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WSH A; 3VEW A; 4ELV A; 4RTF D; 4FZX C; 2LSN A; 4K41 A; 5F0X A; 4PWD A; 4PL8 A; 3PUF A; 1BUP A; 4C8O A; 1N33 K; 3CCU N; 4M3T A; 2QWP A; 3CER A; 3SI6 A; 4YOY A; 3M8R A; 4E1N A; 3J8A A; 2P9N B; 3AA5 X; 3KZB A; 2GEM A; 3TAM A; 1VQK N; 4FJN A; 4OX9 K; 1ITG A; 3B8A X; 4N56 A; 3QEI A; 4IOA L; 3IFR A; 3NBP A; 1EO1 A; 4KAZ A; 4I6M A; 3MAQ A; 2QK9 A; 4IOC L; 3L2W A; 4V19 S; 1QZ5 A; 2J4R A; 3NFA A; 1NGB A; 1W2B M; 4DR2 K; 3AVN A; 1GLC G; 3V1Q A; 3VQ5 A; 1IV0 A; 3J81 O; 1NOY A; 4B1U B; 4TSX A; 5F1X A; 4DSJ A; 2A3Z A; 4DUZ K; 3SUQ A; 1TV6 A; 5GAE P; 2P1J A; 2I5J A; 1Z25 A; 3UKR A; 2YNG A; 3GG4 A; 4MO5 A; 4FVU A; 1ESV A; 2QWO A; 1SKW A; 4Z4C A; 4FJJ A; 2Q2R A; 1WBB A; 2IAJ A; 4IDK A; 4AQY K; 1BQM A; 1BGX T; 3NH1 A; 3WEE A; 5IT9 O; 4KI4 A; 3I55 N; 2YNI A; 4FLT A; 1YVN A; 2IDO A; 4IBN A; 4K0K K; 3NHG A; 2AJQ A; 3F9K A; 4GKK K; 3W0L A; 4IG0 A; 5C0Y A; 3ZX3 A; 3K59 A; 4LF4 K; 4OPK A; 3K5L A; 4O0I A; 1BCO A; 4BR2 A; 3TTF A; 2ZJQ L; 4QOZ B; 2DPN A; 3UKU B; 5BRE A; 4JKG A; 1H1V A; 3OYG A; 2X6S A; 5AQX A; 2FBV A; 3OHR A; 2V7Y A; 1U6Z A; 3AO4 A; 1IG8 A; 1NGG A; 1VRT A; 3KLE A; 3TAF A; 1JL2 A; 1LAW A; 5AQR A; 3RMC A; 2O8B A; 3CJB A; 3EEQ A; 4IJN A; 3AO5 A; 4EAH D; 4PQU A; 4RWT A; 1NGJ A; 2NRH A; 1IBL K; 1Q8I A; 3MX2 A; 3OYL A; 4FCY A; 4M7Y A; 2E6L A; 4AHV A; 4HUG A; 1WSI A; 3KTQ A; 4Z94 A; 3DYA A; 4CZH A; 1VAZ A; 2Z1J A; 4K8X A; 1RT7 A; 2QXL A; 5A2Q O; 2VWK A; 3BUZ B; 4WYB A; 1J5E K; 3LAN A; 1BA0 A; 1WSF A; 4DTJ A; 3GDQ A; 4G1Q A; 2FSK A; 3BEX A; 3ID6 A; 3HPG A; 1HR0 K; 5AFU H; 5K14 A; 4W5O A; 2GV9 A; 2G8V A; 2OA8 A; 3K58 A; 1ATS A; 2UXC K; 4WQ4 C; 4WQ5 C; 4CF1 A; 4EP4 A; 1RT1 A; 2GTD A; 4J2E A; 3WNG A; 3HST B; 3VQ8 A; 1C0M A; 4DF8 A; 3K9J A; 4BAC A; 2HHX A; 2ATQ A; 3L6Q A; 1HRH A; 2ZD1 A; 5KRT A; 3ZSY A; 1UA0 A; 4C8M A; 3T1Y K; 1ZBU A; 2AP1 A; 3PX6 A; 3ZT4 A; 3L4I A; 5AQG A; 1CLQ A; 3A8Y A; 2HVI A; 2ITG A; 2HHS A; 1MDU B; 3CJ7 A; 3DLL L; 4DSF A; 2BAN A; 3DXM A; 1Z26 A; 3OJS A; 3VQD A; 1S6P A; 1X9S A; 5J2M A; 3PSI A; 3K5M A; 2Q36 A; 4W5Q A; 4DG1 A; 5M1O A; 2G8F A; 4LFC K; 3QEP A; 4OPA A; 1RFQ A; 3MED A; 3P31 A; 2OPQ A; 3VQ7 A; 4AHU A; 4CBX A; 2QWR A; 3RRG A; 4B9U A; 3HSC A; 3IDH A; 5TKW A; 4GV6 A; 4CHP A; 5BPM A; 1UA1 A; 4CJV A; 1HNZ K; 4DQI A; 3ZET A; 3HTV A; 3CPE A; 4FO0 A; 3PO4 A; 2ETJ A; 4B3T K; 2ZF5 O; 3DWL A; 2OZM A; 5AZI A; 3EN9 A; 1JKH A; 3ZSV A; 4F3T A; 1DEJ A; 2Y1I A; 1Q82 O; 4FJX A; 1EKE A; 4DSK A; 5J2Q A; 1HPZ A; 2QI2 A; 1IBM K; 3L3U A; 2QWN A; 3ALY A; 3SK3 A; 3OBW A; 1RDB A; 2P9K B; 2A1R A; 4IFV A; 5JIC A; 4Z4F A; 1I3A A; 1LWC A; 4ID5 A; 3M1F A; 4G9Z A; 3P5J A; 4DS4 A; 3THW A; 1VSD A; 4CIE A; 1K8A O; 4J2B A; 3Q7B A; 4CJ4 A; 4CBU A; 2D1K A; 3BZC A; 2CH5 A; 4DFM A; 3PX4 A; 4NYN A; 3RR8 A; 2PAV A; 5M1N A; 1IH7 A; 2XRI A; 5T7B A; 1HJO A; 4F2S A; 1GLD G; 2BGG A; 4NYF A; 1S1W A; 3LP2 A; 3ZCM A; 3ZX2 A; 3THX A; 3FLC O; 3OJU A; 4CHQ A; 1N8R O; 3EZ5 A; 3F9M A; 3AAQ A; 4JK8 A; 3CQ8 A; 2W42 A; 2VGM A; 1D9F A; 4JK7 A; 1XHX A; 4DTU A; 4B3M K; 4OGE A; 1NGC A; 2FSN A; 3B6P A; 2NRT A; 1JCE A; 1RBS A; 3S3N A; 3O3G A; 3ZSZ A; 4ILG B; 1O1W A; 1EWR A; 3KHY A; 4QS9 A; 1WB9 A; 3ZEU B; 5GAH P; 4CZG A; 3J7Y P; 3A5N C; 4JD2 A; 5I9E B; 4JN4 A; 3TTC A; 2A5X A; 2PY5 A; 3KVG A; 1S1U A; 1T05 A; 5E26 A; 4Z4E A; 3MK6 A; 4F4K A; 2PBD A; 2NLX A; 3P38 A; 4CBW A; 4DS5 A; 2Q0R A; 3D2E B; 1GLL O; 1QSL A; 1DTT A; 4CZF A; 4GKJ K; 4LF6 K; 3JAM O; 1FKO A; 1VSJ A; 4BRO A; 2F9T A; 3HZ6 A; 1QSS A; 4BY9 C; 3U8X A; 3TSQ A; 4DTO A; 3VEY A; 1YT3 A; 5BR8 K; 1NKE A; 3A5M C; 1UWB A; 2HF4 A; 4B1W B; 1JXE A; 4FYD A; 2CGK A; 3AY9 A; 1VSL A; 1X9W A; 3D6R A; 3CMA N; 4M7X A; 4CZJ A; 3CME N; 3SNN A; 1X3M A; 4CZE A; 1NGA A; 1KD1 O; 2ZQB A; 2HHT A; 1TVR A; 3HP9 A; 3CCS N; 3C95 A; 5FRO A; 4H8K A; 2AA4 A; 1SS6 A; 2WTU A; 2QW9 A; 4FWO A; 4LH5 A; 3S9H A; 5FPN A; 2KLA A; 3DXK A; 4FL9 A; 3G10 A; 1R0A A; 4FVM A; 4DTX A; 1RDA A; 4LY7 A; 1V4S A; 2NRR A; 4FM1 A; 1VQ8 N; 2EX3 A; 3SQ4 A; 2UUC K; 3ZLJ A; 4M41 A; 5IWA K; 5JLF A; 1SL0 A; 3V9Z A; 4CGH A; 2V51 B; 1KLM A; 4GNI A; 3AVJ A; 4DWI A; 3L3V A; 4GVM A; 4HVJ A; 1JLA A; 1K8K B; 2NRV A; 4RW8 A; 5LJW A; 4KTW A; 4K25 A; 3OYI A; 4BC2 A; 4AF1 A; 3OW2 M; 3FZL A; 1A5W A; 3KLF A; 3FR0 A; 1NNE A; 3LL3 A; 1FXX A; 3EKS A; 3O8M A; 4E3S A; 3O9R A; 3OYN A; 3T7Z A; 3AO2 A; 2E6M A; 5MLC Q; 3FE1 A; 3DRS A; 3LPU A; 4JKE A; 4JKG B; 4CJ5 A; 4L3Q A; 2R7Y A; 2FF6 A; 5C25 A; 1ZBF A; 2VQE K; 3E9O A; 3VQ6 A; 1J53 A; 5EOY A; 1TAQ A; 1S1V A; 1T8E A; 2O8F B; 1OH5 A; 4KRE A; 4KBO A; 3ZT3 A; 5CHI A; 3OYB A; 1JLQ A; 3UIQ A; 2OZS A; 3QEW A; 2P5O A; 1BO5 O; 1B9D A; 1N36 K; 1W97 L; 4CJK A; 3M6G A; 3HVT A; 1TYQ A; 3E66 A; 3PSF A; 3VQ9 A; 3WNH A; 4KO0 A; 5SZT A; 4CJL A; 1NJY A; 4CHZ A; 3VQB A; 4A61 A; 4BC3 A; 2DFE A; 2ZE2 A; 2KQ2 A; 2WBN A; 3LM9 A; 1N5Y A; 4DU3 A; 2P9S B; 3C7N A; 4E19 A; 4CEA A; 2D4W A; 4MDB A; 4GW6 A; 1YUW A; 1E4F T; 3ZSQ A; 3V81 A; 1MWM A; 4MLE A; 4B8A B; 3I8D A; 4AHC A; 1NWK A; 1U48 A; 4DMN A; 3CC2 N; 1LWF A; 1ASV A; 2HMI A; 1HLU A; 3CI5 A; 4DFK A; 1CZB A; 1GOB A; 2BE2 A; 3D45 A; 3TSU A; 5KRS A; 5M1P A; 2I7P A; 2G8W A; 1DT9 A; 3HXM A; 2DTU A; 3H3O B; 3QBX A; 4BC5 A; 3FZF A; 1J6Z A; 3JXU A; 1LW2 A; 1X9M A; 1TL3 A; 4IOX A; 3HPH A; 2O8E B; 3VEV A; 2PFU A; 4WF9 L; 4JLH A; 3N4Q A; 1SL1 A; 2F7T A; 4B1V A; 3H1V X; 1RBR A; 3AVB A; 2YNF A; 5AZJ B; 2QM1 A; 2W6L A; 1XWL A; 1YAG A; 3E9P A; 3ENO A; 5CR4 A; 4DR7 K; 3BZK A; 4QS8 A; 4DLE A; 5M1K A; 2HBM A; 1YJ9 N; 4IDH A; 3LDL A; 1HYZ A; 3R3L A; 1EWQ A; 5JVG L; 5GAG P; 1EET A; 1RDU A; 2O8D B; 5CYM A; 4IO9 L; 3AA4 A; 1BWF O; 4C1N K; 4NCA A; 4CIG A; 3O9U A; 3U4L A; 3EL2 A; 1NG9 A; 3DLR A; 3THV A; 2Z1H A; 3OBY A; 1WSE A; 3TAB A; 2DY4 A; 4CHY A; 3VER A; 1X3N A; 3BDP A; 4CJP A; 3H46 O; 3I0S A; 3NVM A; 2O4G A; 3ULE A; 3KWG A; 1NLV A; 1KLN A; 3MX5 A; 3WUH A; 3SBG A; 2ASO A; 4JKA A; 1C0F A; 3QET A; 2JGU A; 4YNQ A; 1RDW X; 1Q7Y O; 3C94 A; 4CGG A; 5AJ3 K; 4DUY K; 4JHD B; 3LAL A; 2Q97 A; 1REV A; 4H5T A; 1RTD A; 4HHT A; 2P9I A; 4YDU A; 2JLE A; 1BIU A; 1RBU A; 3SAH A; 3VA3 A; 4FZY A; 1NJW A; 3QBW A; 2E1Y A; 3V9X A; 1XNR K; 2GUP A; 2G8K A; 4M63 C; 3KLG A; 3JS6 A; 5FPD A; 3CCE N; 3UE5 A; 4DV4 K; 4FWQ A; 1QQM A; 4HTL A; 3S3M A; 1NK5 A; 2XY7 A; 3V9U A; 1KRP A; 1JLG A; 4FPA A; 2ZM6 K; 4AIL C; 1XMO K; 2ZJP L; 4JI0 K; 3KD1 E; 4IEE A; 1U2V B; 2HST A; 1BCM A; 1S1X A; 3OYF A; 4DQQ A; 2Q31 A; 1NU0 A; 4JRP A; 3TAE A; 2Z1G A; 4DTN A; 3AGK A; 3CCV N; 4BWM A; 4KH6 A; 4W5T A; 3RMB A; 3ZX0 A; 4CZM A; 4KHU A; 5BRF A; 4ZTJ A; 1UAX A; 4DR1 K; 4ICL A; 2YHB A; 2NRW A; 1GLF O; 5GAD P; 3KJV A; 1T6C A; 4FWP A; 2D0P A; 4FJ5 A; 4N41 A; 4KH5 A; 3E1Y A; 2FSJ A; 1BI4 B; 5BN9 A; 4CEE A; 1TK5 A; 3D2F A; 4FOE A; 1D5A A; 3HO1 A; 3TR8 A; 3MN5 A; 4CCH A; 4M3R A; 2PYL A; 3OYE A; 1VQ9 N; 4RCH A; 1BA1 A; 3VQC A; 3NH2 A; 1J54 A; 1RT6 A; 1HNX K; 3OVN A; 5BRH A; 4H0T B; 4XH1 A; 1QQC A; 4JI1 K; 3L4Q A; 2D0O A; 4FK0 A; 4L8R B; 3QDK A; 2QXF A; 1HNI A; 3VOV A; 4CVN E; 1HMV A; 1SKR A; 4MO4 A; 4PKH A; 4BRP A; 4BR0 A; 3T1H K; 4BR9 A; 4GV9 A; 3MEC A; 4BE2 A; 3MN7 A; 4CJR A; 5CY4 A; 4A57 A; 4JEP A; 5ELZ A; 1KQS M; 4R79 A; 5C2D A; 3IMX A; 4OJR A; 1C6V A; 1J5O A; 1JLF A; 3AV9 A; 3J7Z O; 4DTR A; 4ZTF A; 3QNO A; 4JS5 A; 4B3O A; 2UU9 K; 3CCQ N; 3WQU A; 3CF5 L; 1VHX A; 4CJT A; 1NOZ A; 3SBT A; 5AQJ A; 4PHT X; 5JLH A; 4I7F A; 4WFA L; 4F8R A; 4PUO A; 1ZBL A; 1U04 A; 3DM2 A; 1QHT A; 2F8S A; 5CE3 A; 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4FJK A; 2F4V K; 2P9L A; 3IS9 A; 3TWH A; 4FOI A; 4CHN A; 4DQS A; 2FLO A; 1Q81 O; 2P9P A; 2HNZ A; 4BRG A; 3F5T A; 3NAE A; 3CPW M; 2DFF A; 1K6Y A; 1BHL A; 4JI6 K; 2YHX A; 4Y1C A; 3BP8 A; 5KPR A; 3PIP L; 3WT0 A; 2HBL A; 5EU7 A; 3WNE A; 3THY B; 2A40 A; 4EFH A; 3O08 A; 1YIJ N; 2I7N A; 4JKC A; 4CK2 A; 1BIS A; 3NE6 A; 3SV4 A; 3AVA A; 4IXC A; 1RT2 A; 3NH0 A; 4J2A A; 4JS4 A; 3D7E O; 1XC3 A; 4UY8 O; 4QCL A; 2O4I A; 4R5P A; 5LMU K; 3LWM A; 1S72 N; 3LP0 A; 2BDP A; 1RTH A; 1U47 A; 5LY3 A; 1EX4 A; 3N4P A; 4U7B A; 1S9G A; 5DM7 L; 4CE9 A; 5AQI A; 4EP5 A; 3CFP A; 5I42 A; 4ISF A; 3SMP A; 3SUO A; 3O80 A; 1FKP A; 3OS1 A; 5BRD A; 3SJJ A; 1P90 A; 4YFU A; 4AM7 A; 4FLU A; 1W9H A; 4CER A; 2RN2 A; 3AO1 A; 5HL7 L; 3HOT A; 4DFP A; 4CES A; 2OYQ A; 4CGF A; 1DTQ A; 3MMV A; 1TKX A; 1ZBH A; 3QLH A; 3VF2 A; 1K9M O; 4H5N A; 4BRK A; 2OCE A; 4LC9 B; 1IBK K; 4BRE A; 4W5N A; 3F73 A; 3L2V A; 5GIO A; 2HHU A; 2GX9 A; 5KQD A; 3SPY A; 2HOE A; 1RBT A; 1C0G A; 2P9N A; 5EX5 A; 4X66 K; 5AQV A; 3VGM A; 1IO2 A; 1VQ7 N; 5C2F A; 3VGK A; 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