The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQF K; 4JI0 K; 2UUB K; 5A2Q O; 4DUZ K; 1HNW K; 4B3S K; 4JI1 K; 1IBK K; 4CVN E; 5IWA K; 2E5L K; 4JI6 K; 4JI4 K; 4DV2 K; 4B3M K; 4JI3 K; 4NXN K; 1HNZ K; 4LF9 K; 3OTO K; 5LL6 Z; 4X65 K; 2UU9 K; 4OX9 K; 2HHH K; 4AQY K; 3T1Y K; 4LFB K; 4YY3 K; 1J5E K; 1XNQ K; 2UXD K; 1IBM K; 3JAM O; 1XMQ K; 4DR6 K; 4LF5 K; 1N33 K; 4JI8 K; 4LF4 K; 1XNR K; 4K0K K; 5IT9 O; 1XMO K; 5BR8 K; 3J7A P; 1HNX K; 4JV5 K; 4LF6 K; 4CW7 B; 4X64 K; 4DV3 K; 5FLX O; 3J80 O; 1HR0 K; 4DV7 K; 2UXC K; 4GKK K; 1I94 K; 2UUC K; 1N32 K; 3J81 O; 2VQE K; 4JYA K; 5LMN K; 1N34 K; 4B3R K; 2UXB K; 4LF8 K; 4YHH K; 4LF7 K; 5LMU K; 2F4V K; 3T1H K; 4DV5 K; 4LFC K; 1FJG K; 4JI5 K; 1N36 K; 4JI7 K; 4NXM K; 4JI2 K; 4DV6 K; 4DR1 K; 2ZM6 K; 4DR5 K; 4B3T K; 4GKJ K; 4DR2 K; 4DR3 K; 4DUY K; 2UUA K; 4LFA K; 4V19 S; 4DV0 K; 4DR4 K; 4KHP K; 1IBL K; 4DV1 K; 3J7Y P; 5AJ3 K; 4X66 K; 4DV4 K; 4DR7 K; 4X62 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NCI A; 1ZXO A; 4PKG A; 1YI2 N; 3HZ6 A; 2ITG A; 4B9L A; 1NK8 A; 2BUP A; 4BRF A; 2IOC A; 1YJN N; 1QQN A; 3VEN A; 1NJI O; 2YCH A; 4FJ9 A; 2ZF5 O; 1UOC A; 3ZT1 A; 1A5V A; 3AO2 A; 4IZ9 A; 3VEX A; 1IV0 A; 1NGC A; 3CCL N; 4C8K A; 3AO1 A; 3ISN C; 3CC2 N; 2A5X A; 4BRA A; 5DM7 L; 4E0D A; 3DMJ A; 4LF9 K; 3DLE A; 2Q31 A; 1IKV A; 3CHW A; 3EL2 A; 5AQK A; 3NH1 A; 4WQ4 C; 3ZSQ A; 4FLX A; 2AA4 A; 3CCR N; 2RF2 A; 4L8R B; 4PUO A; 5BRD A; 4BGB A; 3T19 A; 2JWL A; 1KAY A; 5AZJ A; 3HSC A; 3AY9 A; 4B9Q A; 3CCE N; 3BEX A; 1QQC A; 2IC3 A; 3BZK A; 4LH5 A; 2YHY A; 3ZET A; 2ZGZ A; 4JI8 K; 3OVN A; 3QO9 A; 4HUF A; 2EHG A; 1BO5 O; 3VTH A; 1O1W A; 3SV4 A; 3TU5 A; 3WNG A; 1SL2 A; 4FK4 A; 3PO4 A; 2O8C B; 4JV5 K; 1U47 A; 3HVR A; 4UY8 O; 4CZL A; 1HYV A; 4PKI A; 4C8L A; 4BRI A; 3S9H A; 1BUP A; 4JNE A; 2UUC K; 3ZSW A; 4GV6 A; 4B3R K; 1ZBH A; 1NK7 A; 3KLG A; 4E3S A; 2D0A A; 5DM6 L; 1EWQ A; 5CYQ A; 3G25 A; 3FZK A; 1YIJ N; 5LMU K; 3T1H K; 5BRE A; 1FJG K; 2QWM A; 5C2F A; 1KQS M; 1TL1 A; 1S6P A; 1WBB A; 2P9U B; 4OKE A; 3H08 A; 4CCH A; 4J2B A; 4DR2 K; 3K58 A; 2HHW A; 2KQ2 A; 5KQ8 A; 4A5B A; 1NGF A; 4CHP A; 1Z25 A; 3DRP A; 4YOU A; 3THY A; 3HO1 A; 4AM6 A; 2Q36 A; 1T44 A; 5KPT A; 1X9M A; 4JKB A; 4JS5 A; 3QIC A; 1VQ7 N; 3FFI A; 2GX9 A; 2YHA A; 2V7Z A; 3OYL A; 1Q81 O; 1WSE A; 1Q82 O; 4M42 A; 2VQF K; 3V9S A; 3VA0 A; 2GWJ A; 5A2Q O; 1NGA A; 1QHA A; 3MCA B; 3SQ2 A; 2KZZ A; 4XIU A; 1KC8 O; 4CVN E; 4CF0 A; 3MWP A; 4CEC A; 1C0U A; 1C1A A; 4MO5 A; 2E2Q A; 4JI4 K; 3DXK A; 3LP1 A; 1CZB A; 3O5B A; 4FJJ A; 1L3U A; 2D0P A; 2V52 B; 3WXM B; 4CF9 A; 4X65 K; 1VK0 A; 3FZF A; 5AQZ A; 3FZH A; 3WT0 A; 3M5R A; 1YF5 L; 3D2E A; 3QLH A; 1ASU A; 3W3D A; 1XNQ K; 4IG3 A; 5CZ2 A; 3MX2 A; 4I6M B; 4H0O A; 3C7N A; 4ZTF A; 1Q9Y A; 1NGI A; 1HRH A; 3P4I A; 4LF4 K; 5BRH A; 1WSH A; 3WQU A; 4H03 B; 5BRF A; 2DTU A; 1YHQ N; 3TPQ A; 4LD0 A; 2QWL A; 2Q1N A; 1VSD A; 3ULE A; 1W97 L; 2B6A A; 2GUP A; 2XY8 A; 1DGK N; 3J7A P; 1BGX T; 5FRO A; 4FZZ A; 3ZEU B; 2VG6 A; 4DTU A; 4JKG A; 4WFN L; 2HBM A; 4CGH A; 3CJC A; 5GAE P; 2QA4 N; 2Q0U A; 5AQR A; 3VGK A; 3ZT3 A; 4HTU A; 3SAF A; 4GMJ B; 4YOX A; 5ELZ A; 4IWV A; 1JCF A; 2E4L A; 2XO7 A; 3HOS A; 3E01 A; 2HHT A; 1Y97 A; 2JGU A; 4ZHR A; 3CJA A; 4KV8 A; 3AGR A; 3ZYY X; 2Q0R A; 3SMP A; 2O8E B; 4IDK A; 2O8D B; 4FJX A; 3HP9 A; 2H3G X; 1Q86 O; 1A5W A; 4B3T K; 4I9Q A; 2J4R A; 3KLF A; 3VEO A; 3PV8 A; 3O8M A; 5LJW A; 3CQX A; 3HYF A; 3VQ5 A; 5E26 A; 4KKO A; 5F2R A; 2DY4 A; 3V1R A; 2IS3 A; 1GLD G; 3LL3 A; 4DV4 K; 3TAM A; 3AVC A; 4CJV A; 3QFP A; 4B8C A; 3WXL A; 4FWO A; 4CIE A; 1RDU A; 4TSX A; 2UUB K; 3SPY A; 3D7E O; 4GW6 A; 1BQN A; 1VSH A; 3O3H A; 2OTL N; 4FPA A; 4FWR A; 1XHX A; 2HHX A; 4JK7 A; 2E5L K; 4DFM A; 4OGC A; 4CK2 A; 4FVM A; 4CZH A; 4DV2 K; 3CYM A; 3CQY A; 4AHS A; 3OW2 M; 3T1A A; 3OTO K; 1JCE A; 4FJ7 A; 1FW6 A; 3QIP A; 4JKC A; 4EZ9 A; 1HKC A; 4DB3 A; 4QAG A; 2P9N A; 1ZBI A; 4M3X A; 2F9W A; 5E84 A; 3OYC A; 5C15 A; 3D0P A; 5DMR A; 1BDG A; 4BE2 A; 4KHW A; 2YNF A; 2VG5 A; 2P9S A; 4I2Q A; 4DTR A; 3L6Q A; 4FWS A; 4FLV A; 1JLQ A; 3CJB A; 3LDP A; 5B8H A; 3K9J A; 4CJF A; 3B6P A; 3TSU A; 2YHX A; 4BR0 A; 1SUQ A; 1IG8 A; 1EP4 A; 4OPK A; 2P9P B; 3VQ8 A; 4EHU A; 5KGW A; 4CW7 B; 1RTD A; 3QER A; 2UXC K; 2W42 A; 4F3T A; 5AQU A; 2G8V A; 1BI4 B; 3F5T A; 1TAQ A; 2JWK A; 1HX1 A; 2V7Y A; 3M8R A; 1WNS A; 3O9T A; 5C42 A; 4YHH K; 4RWT A; 2PYJ A; 4JN4 A; 5AQM A; 4PHT X; 4WYB A; 1U48 A; 4JI7 K; 3I0S A; 4DV6 K; 5M1O A; 4DR5 K; 3BDP A; 4O0J A; 4J2E A; 3CME N; 4CFA A; 3LDN A; 3WEE B; 3UE5 A; 3SQ4 A; 3J7Y P; 1HJO A; 5KRT A; 2WTU A; 4F2S A; 4IOX A; 1UA1 A; 1S1W A; 4FOI A; 1UAX A; 1V4S A; 2OPP A; 4HUE A; 4DR7 K; 1ZBU A; 1J9A A; 3MAQ A; 1VQ8 N; 3MN5 A; 5BPL A; 4CEF A; 3AVB A; 1G99 A; 1SL0 A; 4IKF A; 3LAN A; 1TKD A; 1JLG A; 4CJP A; 2X6N A; 5AQH A; 3VQP A; 1VSM A; 4EZ6 A; 4M3W A; 4DQQ A; 1RT5 A; 4ILH A; 4DLE A; 3AAR A; 2R7Y A; 1NBW A; 4DSK A; 3CIP A; 3N4Q A; 4FZY A; 1K73 O; 5CR4 A; 3VGM A; 4NXN K; 1EQY A; 3ZSR A; 2G8I A; 3UKR A; 1TK0 A; 4FPB A; 2KFN A; 2UXD K; 3J8A A; 4O5F A; 3M6G A; 4Z4G A; 3CD6 N; 1ASV A; 4KHQ A; 2NRZ A; 3WNH A; 2NZT A; 2Q97 A; 2A1R A; 4E89 A; 3DRS A; 3C0B A; 3VER A; 2RKI A; 1S9G A; 3AVG A; 4CJQ A; 4C8O A; 4FLY A; 3BGR A; 3CCM N; 3SQ0 A; 3SK3 A; 4J2A A; 3SUP A; 4JKF A; 1SZ2 A; 1YTU A; 3FGU A; 1A5X A; 2P51 A; 2E6L A; 2OA8 A; 3OYM A; 3RR7 A; 2VG7 A; 1HLU A; 2HBK A; 2PAV A; 5HOO A; 4FJH A; 4BQL A; 4LH4 A; 4DLG A; 4H5T A; 2NRT A; 4K43 A; 2G8K A; 4JHD A; 3AA3 A; 1RT6 A; 1KXP A; 4E19 A; 4JYA K; 1RT7 A; 2RN2 A; 2XY7 A; 3LDQ A; 4M7X A; 4Z4E A; 2F4V K; 1NJZ A; 5GAG P; 3RMC A; 4AHU A; 1S1U A; 2O8B B; 4PWD A; 3THY B; 2QEX N; 1RDW X; 5I3U A; 4IEE A; 2Y1I A; 4GKJ K; 1G15 A; 4DR4 K; 1QHT A; 4JD2 A; 3KWI A; 4MQ3 A; 2XHB A; 1IBL K; 4RW4 A; 3A5M C; 1T3V A; 3S3O A; 1IKW A; 3HM9 A; 4X66 K; 4NYN A; 3CJ1 A; 3M1F A; 4YOY A; 1YTA A; 4CJ4 A; 1RTH A; 1LAV A; 3SMS A; 4DSJ A; 3S3M A; 1L5U A; 4W5O A; 3VET A; 3DOK A; 1K9M O; 1V4T A; 4FLW A; 3D2E B; 2PYL A; 2WUS A; 3U6F A; 1IKX A; 3ID8 A; 4W5R A; 3IMX A; 3TI0 A; 3B6O A; 4DKW A; 4OX9 K; 4BR4 A; 4KHU A; 3QES A; 3V4I A; 4FJK A; 2ASO A; 1VQL N; 1DLO A; 4YDU A; 4PA1 A; 4DS4 A; 1LW2 A; 4RW9 A; 1WSJ A; 1X3M A; 5ADX H; 1NGH A; 4FYD A; 3ULE B; 1NGG A; 2IGI A; 3KLE A; 2HOE A; 1GLC G; 4BWJ A; 1HMV A; 1U2V A; 1MDU B; 4ILJ A; 1ASW A; 4JKG B; 3CQ8 A; 3NF8 A; 2YV0 X; 2HHS A; 3EE9 A; 4ICL A; 4RW8 A; 3M8S A; 2O4I A; 2YX6 A; 4MLE A; 2E88 A; 1YIT N; 3HPG A; 3T7Z A; 4F2R A; 3TSP A; 1NJW A; 4B9U A; 3CPE A; 4WQ5 C; 1HR0 K; 5MLC Q; 4PL7 A; 1DKG D; 1W2B M; 3QFU A; 2E6M A; 2E8A A; 4OLA A; 1RIL A; 3KKS A; 2CH6 A; 3OBW A; 2D4W A; 2FSJ A; 4Z4I A; 4DSE A; 4BRO A; 2Z1J A; 5LY3 A; 4LF8 K; 5FPD A; 1XUP O; 4E7L A; 5AQQ A; 4DV5 K; 4DQR A; 4DF8 A; 1VSI A; 2X6S A; 2X78 A; 2P9K B; 2AJQ A; 2B5J A; 2I7P A; 4H0P A; 1T6C A; 4BY9 C; 2Y1J A; 1KAX A; 2QXL A; 1GOA A; 4HCC A; 4V19 S; 4LC9 B; 5EOY A; 4DV0 K; 2NRR A; 4BR7 A; 4CD3 A; 3NVK A; 1WSI A; 3P39 A; 1W7A A; 2P9L A; 4Y1C A; 1KVC A; 3K57 A; 3QNN A; 1HPM A; 1RBT A; 1JLF A; 3TTC A; 3F73 A; 4DTX A; 1N8R O; 5AQY A; 2NRX A; 2GV9 A; 3CET A; 4A62 A; 3SCX A; 3HST B; 2FC0 A; 4CZG A; 3NH0 A; 3LZJ A; 1JL1 A; 1W0H A; 3VGL A; 1K8A O; 3CC7 N; 2VCP A; 4FJN A; 1EET A; 3RRH A; 4RCH A; 3GE1 A; 1JXE A; 4O5B A; 5EVZ A; 3A5L C; 3AAP A; 3TWH A; 4N47 A; 1TL3 A; 3CI5 A; 2HF3 A; 2D0O A; 5AFU H; 1BHL A; 3HI0 A; 3AO3 A; 1TYQ B; 3ZSY A; 3G71 N; 1JLB A; 1HUX A; 4CFB A; 1IO2 A; 2IAJ A; 3E9O A; 2WFB A; 3HVT A; 3QBW A; 4FWK A; 3CC4 N; 1VQK N; 1TUU A; 3M8Q A; 3VMF B; 4E1N A; 4DQP A; 1W9H A; 4KRF A; 3VQA A; 1WOQ A; 2FXU A; 1YJ9 N; 2GWK A; 3NE6 A; 4C1N K; 1WAJ A; 2A6A A; 3VQ4 A; 4QS7 A; 1EXQ A; 1KLM A; 3AGK A; 4AIL C; 4DV3 K; 3EKS A; 1TKZ A; 3QML A; 1ATS A; 1E3M A; 1WLJ A; 1I3A A; 1Q18 A; 1I39 A; 3AVA A; 4H5N A; 2FSN A; 1CZA N; 1QZ5 A; 1UA0 A; 1N34 K; 3H3N O; 4FK2 A; 3L2W A; 3RVC A; 2XY6 A; 5KPR A; 2UXB K; 4OKK A; 2ZWH A; 5C12 A; 1CLQ A; 4LF7 K; 3I0R A; 3VQ7 A; 1U4B A; 1NGJ A; 4E7H A; 1YVN A; 1JLA A; 1QTM A; 1RT1 A; 5C0Y A; 5J2P A; 4DCH A; 3MEE A; 3ALY A; 4CBU A; 4YNQ A; 3CCJ N; 4CER A; 1DEJ A; 1RBS A; 4H5W A; 1QSL A; 1FKO A; 1OVY A; 3O6W A; 3DWL A; 5CYM A; 2ZJR L; 1VQO N; 1RGI A; 3WXK A; 4A59 A; 4B9V A; 1U45 A; 1XC3 A; 3EN9 A; 3THW A; 4K41 A; 4CJ7 A; 2E2O A; 3LP0 A; 3OS1 A; 3T3F A; 3LZI A; 3VQC A; 2HW3 A; 4ILG B; 1HNI A; 1RNH A; 3K0S A; 3M3Z A; 3O1B A; 4B3S K; 3QIO A; 4ZTJ A; 3LWM A; 2P9I A; 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1SL1 A; 1DTQ A; 3DLR A; 4EP4 A; 1T05 A; 3EYZ A; 1NOZ A; 4BR9 A; 4JI1 K; 3V1Q A; 2E2P A; 3THX B; 1NWK A; 4IOC L; 4DTS A; 3K5O A; 3UKU B; 2VWB A; 3MK6 A; 4BRD A; 1SKW A; 1JJ2 M; 1KFD A; 2YHW A; 3MXI A; 4KTW A; 4CHZ A; 4JI6 K; 3F9M A; 4CHY A; 3HOT A; 1NOY A; 4BWM A; 3RRG A; 3HP6 A; 4WCE L; 2QI2 A; 1S9E A; 4BE1 A; 3QET A; 2HVI A; 2YHB A; 1K6Y A; 5HL7 L; 1NJX A; 4ELT A; 1HYS A; 2QWO A; 4JLH A; 4N76 A; 1XHZ A; 2W41 A; 3QNO A; 3LWL A; 4RW7 A; 3G0Z A; 2VWK A; 4U7B A; 3HJF A; 1BIZ A; 3NF9 A; 4EFH A; 3OYK A; 4B1V A; 1NK0 A; 1ZBF A; 2QK9 A; 4CED A; 2BDP A; 4B8A B; 1K8K A; 3N4P A; 3CFO A; 1YJW N; 1KLN A; 4KTQ A; 5JLH A; 4YOR A; 5SZT A; 3NVM A; 4H5R A; 4IJA A; 3IKM A; 1VQN N; 1UWB A; 2IIR A; 3E9L A; 1Q8I A; 3SUQ A; 1N32 K; 4DU1 A; 2KKZ A; 1WAF A; 3BF3 A; 3AO4 A; 5I9E B; 1KTQ A; 5LMN K; 4IOA L; 4OVL A; 1C1B A; 4IFV A; 1J6Z A; 3KK1 A; 1E4G T; 4DF4 A; 4W5Q A; 4M3R A; 4Q5V A; 3L3V A; 5HP1 A; 4BRK A; 4M3Z A; 3PX4 A; 5BPN A; 2F8S A; 4KPY A; 4M41 A; 1CXQ A; 1ITG A; 4MDB A; 1Q7Y O; 2RE2 A; 4I2P A; 5GAD P; 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