The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
31
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1H K; 2UXD K; 4CVN E; 5A2Q O; 4LF8 K; 1I94 K; 4NXN K; 4B3M K; 4LF5 K; 1N36 K; 4JI6 K; 4OX9 K; 1HNZ K; 1N33 K; 4DR3 K; 4YHH K; 3J7A P; 5IWA K; 2UXC K; 3J80 O; 2UXB K; 4DV7 K; 4DV4 K; 4K0K K; 4DR5 K; 2UU9 K; 5LMU K; 4DV2 K; 4JI7 K; 4JI1 K; 1HNX K; 1IBM K; 4DR7 K; 4X64 K; 4V19 S; 4GKK K; 2UUA K; 4LFC K; 3J81 O; 4X65 K; 2ZM6 K; 4AQY K; 4LFB K; 1XNR K; 1IBK K; 3JAM O; 5AJ3 K; 4JYA K; 2E5L K; 1XNQ K; 4JI8 K; 4JI0 K; 4DUZ K; 4JV5 K; 2F4V K; 4JI5 K; 4LF9 K; 4JI3 K; 2VQE K; 4DV0 K; 4X66 K; 4DUY K; 4KHP K; 5FLX O; 4CW7 B; 4DV5 K; 5IT9 O; 1HNW K; 1IBL K; 5LMN K; 1XMO K; 4DR1 K; 4JI2 K; 4NXM K; 4DV6 K; 4DR6 K; 4DV3 K; 1XMQ K; 1N32 K; 4LFA K; 2UUC K; 1HR0 K; 4JI4 K; 4B3R K; 3T1Y K; 4DV1 K; 5LL6 Z; 4B3T K; 4GKJ K; 2HHH K; 4DR4 K; 3J7Y P; 2UUB K; 4YY3 K; 5BR8 K; 4X62 K; 4B3S K; 4LF7 K; 1FJG K; 1N34 K; 1J5E K; 4DR2 K; 2VQF K; 4LF4 K; 3OTO K; 4LF6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DHY A; 3LL3 A; 4NXN K; 1BDG A; 2VG5 A; 4CE9 A; 1TYQ A; 3E9P A; 3K5N A; 3AVC A; 3WXI A; 2GWK A; 2CGJ A; 2ZD1 A; 5JS2 A; 3CCS N; 4W5Q A; 1QZ6 A; 4E7K A; 1WSF A; 2PY5 A; 4FWQ A; 1VQ5 N; 4EP4 A; 3V9W A; 4AF1 A; 3HYF A; 3DJC A; 4B9N A; 2YHY A; 3NE6 A; 4MO5 A; 3VGM A; 1ATS A; 2UU9 K; 1WOQ A; 4BRQ A; 4KHQ A; 2GEM A; 4M41 A; 4B1W B; 4RWT A; 3SAH A; 2G8V A; 1XUP O; 3VER A; 3HI0 A; 4AHR A; 1H1V A; 1RFQ A; 1IBK K; 4BRO A; 4DFP A; 5J2Q A; 3CQY A; 2D4W A; 5K14 A; 4JYA K; 4DSF A; 1LWE A; 3CM6 A; 3GBT A; 1KVC A; 4LSL A; 5GAD P; 2I5J A; 1VQ8 N; 2W6K A; 3V9U A; 5CE3 A; 4DUY K; 5AQM A; 5HRS A; 1DEJ A; 2IDO A; 4CD1 A; 3FFK B; 3MXM A; 2WFB A; 1KSP A; 5GIO A; 1V4T A; 4JI2 K; 5AQY A; 5GAE P; 1YVN A; 3P83 D; 4EFH A; 5KGX A; 2CH5 A; 3OYB A; 4FYD A; 1T6C A; 1VQP N; 5AQL A; 1Y97 A; 4W5O A; 1U49 A; 1WSH A; 3AA5 X; 4GKJ K; 4FO0 A; 1RTD A; 2OAN A; 2DFH A; 3UKU B; 3J7Y P; 3CCE N; 2XRI A; 2D5R A; 3HP6 A; 4JNE A; 5BR8 K; 3ZEU A; 3T69 A; 4X62 K; 4LF7 K; 2YCH A; 4KFB A; 4MLE A; 1NWK A; 4F9O A; 2JWL A; 4JKB A; 3AVM A; 3LM9 A; 4DSL A; 4JKF A; 1RT5 A; 3AAR A; 5HRO A; 5EX5 A; 5M1F A; 4FZY A; 1JLF A; 5AQS A; 3ZT0 A; 3TAB A; 2DTU A; 4JEP A; 2A6A A; 5J2N A; 2P9K A; 3C94 A; 4AHU A; 3VET A; 4BR7 A; 4JKE A; 4DV4 K; 3I0R A; 3C6T A; 3MCA B; 3TSQ A; 1S1W A; 2HW3 A; 4LSN A; 1UAX A; 4DU1 A; 3QEP A; 1HNX K; 2O4I A; 4YOV A; 3L2Q A; 3ZCM A; 3VTI A; 2QXL A; 3LDS A; 4X65 K; 4B9V A; 4FJN A; 2P9I A; 3HTV A; 3TSP A; 3CCQ N; 4BG9 A; 2NRR A; 3A2F A; 3BF3 A; 5H1S Q; 4ISF A; 3H45 C; 1HPM A; 3E9L A; 2G8U A; 1Z25 A; 1UA0 A; 1OH8 A; 4JN4 A; 4JI5 K; 5AQI A; 1GLF O; 1S6Q A; 4ELU A; 1YHQ N; 4CFA A; 4OO1 J; 3RRG A; 4DFJ A; 1IBL K; 3H6E A; 4IEI A; 3WEE A; 4M3T A; 2A5X A; 1NMN A; 3P39 A; 3OJS A; 3IKM A; 4FWM A; 1Q18 A; 3K57 A; 3T7Z A; 4IOC L; 4BQL A; 1NGI A; 1VRU A; 2KQ2 A; 1D5A A; 3O9R A; 1NK0 A; 3TR8 A; 3OYM A; 3QBX A; 4KRE A; 1JCG A; 4U7B A; 2Z1H A; 3TTD A; 1LWC A; 1P8Z A; 3CCJ N; 3VEO A; 5DMR A; 4B8A B; 1TAU A; 1JKH A; 4CGJ A; 1FK9 A; 4DSI A; 3UIQ A; 3SI6 A; 2GUI A; 4FWS A; 3Q7C A; 3SBG A; 4IO8 A; 3QNN A; 1VQ9 N; 1HQU A; 4DF8 A; 2I7N A; 1IKY A; 2V7Z A; 2HHV A; 5A2Q O; 1IH7 A; 2NRX A; 5TKY A; 1NGE A; 1J53 A; 3AVK A; 4BVO A; 3TAF A; 2FLO A; 4CEZ A; 3SUN A; 4IFE A; 3QBW A; 3CIP A; 3OYG A; 4PUO A; 3AA3 A; 4B1Y B; 2X78 A; 4FJX A; 1TGO A; 3QIC A; 4O55 A; 5FDL A; 1RDD A; 3S41 A; 4AM7 A; 4DR3 K; 4AIL C; 2HST A; 1BU6 O; 4CK3 A; 4IJN A; 1S9E A; 1JLQ A; 4IG0 A; 3VEW A; 1IO2 A; 4FOE A; 4CEQ A; 1NGH A; 3OYF A; 2YHX A; 4HCB A; 1SUQ A; 5B8H A; 2OYQ A; 3L8B A; 3A5N C; 1BI4 A; 3CYM A; 5AQH A; 5CR4 A; 4KHU A; 3J81 O; 3KZB A; 4HCC A; 3TI0 A; 2A42 A; 1BCM A; 1TK5 A; 3JAM O; 3PIO L; 1XC3 A; 3WXL A; 3NFA A; 1TUU A; 3HPH A; 2EWS A; 3W3D A; 4I2Q A; 4DTJ A; 1QS4 A; 1QSL A; 4PKI A; 2WUS A; 3DLB A; 1S22 A; 1EXQ A; 4A5A A; 1RNH A; 1Q7Y O; 5HOO A; 4DFM A; 3L4I A; 3DI6 A; 3AVH A; 2E1Z A; 3OYI A; 3D45 A; 4N56 A; 1XMO K; 4GY2 B; 1BO5 O; 3DOK A; 3LAL A; 4IWV A; 3ALY A; 5BN9 A; 1T3V A; 3W0L A; 1YI2 N; 3CCV N; 4LFA K; 1ATN A; 2JWK A; 1WSG A; 3KKS A; 3CQ8 A; 3RR8 A; 3PIP L; 1R0A A; 2KFZ A; 4BR9 A; 1HPZ A; 2RF2 A; 3ZX3 A; 4BR2 A; 3CMA N; 1VSJ A; 3KK7 A; 4OJR A; 4Z4I A; 2NUB A; 3D7E O; 2PYJ A; 4CBX A; 3LAK A; 1U2V B; 1S72 N; 3PLA A; 3KK1 A; 5AZI A; 4IOA L; 4BRN A; 4J2A A; 1VSK A; 4B9U A; 2VQF K; 1OH5 A; 1HYS A; 3FZK A; 4PY5 A; 5F2R A; 3AVL A; 4IXC A; 3I8B A; 5HRR A; 1WSI A; 2UXD K; 4OPK A; 1BL3 A; 2RN2 A; 3SBT A; 3KLE A; 1KTQ A; 4KB1 A; 3FZF A; 4E1M A; 2P9S A; 3C65 A; 3G0Z A; 1VQ4 N; 3U8X A; 4JRQ A; 3F9K A; 1D9F A; 3DLK A; 1ZBS A; 1L3S A; 2ASP A; 1KVA A; 1ASW A; 2UYT A; 2WBN A; 3D2F A; 3L3U A; 1KAY A; 1NK6 A; 4CHN A; 4H8K A; 2ZJP L; 3RMA A; 1RBS A; 2GX9 A; 4CJW A; 3DM2 A; 2O8B A; 3WXM B; 3ID8 A; 1RT6 A; 1EKE A; 3MN7 A; 1BQM A; 5KQ8 A; 3ZSZ A; 1XHX A; 4LH4 A; 2G8W A; 3NBP A; 2X6N A; 3THY B; 3JSM A; 1SV5 A; 1ESV A; 4K41 A; 4E0D A; 4W5T A; 1YIT N; 1Q9X A; 4JRP A; 3HL8 A; 3T3F A; 2FC0 A; 1C1A A; 4DSE A; 4F2R A; 2P51 A; 5C24 A; 4IJA A; 2PFU A; 3V81 A; 4OGE A; 2DPN A; 3WNF A; 2E2N A; 4HWI A; 3KK2 A; 4FJ7 A; 4JI3 K; 1K8K A; 1A5W A; 4CEA A; 4DV0 K; 4JS4 A; 3OHR A; 4X66 K; 4FJL A; 4BAC A; 4KHP K; 1Z05 A; 3RSE B; 4CHZ A; 2P9L A; 3NF6 A; 3K5O A; 2QM1 A; 2F8S A; 4AM6 A; 4GV9 A; 1IKW A; 3HOS A; 4H0X B; 4HUF A; 3LZI A; 1JLC A; 3H1V X; 4CJF A; 3TU5 A; 2O8F B; 5AQQ A; 3M3Z A; 1HR0 K; 3DOL A; 2P5G A; 4DQI A; 2IOC A; 3HT3 A; 4B3T K; 2RPI A; 3VQ5 A; 1C0F A; 3PX6 A; 1C0G A; 3IAY A; 4O8K A; 3PO4 A; 3SMS A; 1Z6R A; 1RT7 A; 2WON A; 4OPA A; 4FCY A; 4RG8 A; 4BRF A; 3IRX A; 4H4O A; 2O8D A; 4LD0 A; 1E3M A; 3O6W A; 4IFY A; 4CJE A; 4FJI A; 3QLH A; 2XY5 A; 4GNI A; 1ZBF A; 5JLH A; 3ULD A; 5C2F A; 1YJN N; 1QTM A; 4W5N A; 1W0H A; 5C42 A; 5FRM A; 4F3T A; 2VYP A; 5HBM A; 3NF9 A; 2NRW A; 4FWP A; 3LZJ A; 3VGL A; 2O8C B; 1LAW A; 1EQY A; 4J2B A; 2UXB K; 4DQQ A; 4IDK A; 4J2D A; 2D0B A; 3TTF A; 4K0K K; 4YOR A; 3U3G A; 1JLA A; 1RT1 A; 3ZX0 A; 2QKK A; 2NRZ A; 1MDU B; 4FVU A; 4OKJ A; 3H3O B; 1KLN A; 4A5B A; 2QA4 N; 2YNI A; 4GKK K; 1U47 A; 2ZQB A; 4CIE A; 4FJH A; 2D1K A; 2W6L A; 3C95 A; 4M7X A; 3GG4 A; 2DY4 A; 1NGC A; 4FM1 A; 4C1N I; 3HJF A; 5CZ2 A; 3EZ5 A; 1XNQ K; 2D0C A; 4JI0 K; 3ZT2 A; 4JD2 A; 1EWR A; 2KHO A; 3SK3 A; 4F3O A; 4IO9 L; 2VQE K; 5EXW A; 1GLC G; 3ZT1 A; 4CGG A; 3DLE A; 2IAJ A; 4GW6 A; 5FLX O; 3MK6 A; 1HYZ A; 3CJ7 A; 3WNE A; 1TV6 A; 2YI1 A; 1L3U A; 4KH5 A; 3QER A; 4FW2 A; 3E01 A; 3AO5 A; 5F1X A; 4FLT A; 4B9T A; 1A5X A; 1YT3 A; 1XMQ K; 1NGF A; 4H0T B; 1XHZ A; 3KKR A; 3DXM B; 2P5O A; 1RTJ A; 3U9Z A; 4PA1 A; 4YFU A; 2P9N B; 2HBK A; 3ID6 A; 1RDW X; 1NNE A; 1GLL O; 1FJG K; 2O8F A; 1IJJ A; 2Z1J A; 5T7B A; 5KQD A; 4XIU A; 2NNW A; 5AQZ A; 3G71 N; 4H0V B; 3UE5 A; 2HHT A; 4JAX A; 1NGG A; 4BRH A; 2PZS A; 4FK4 A; 3R9P A; 3SJH A; 5FRO A; 2ATQ A; 2BAN A; 2BUP A; 3K0S A; 5CHI A; 1ZYQ A; 4B1U B; 4CED A; 4BC2 A; 3I55 N; 3THX A; 3IS9 A; 1A5V A; 3CET A; 4OX9 K; 3KD5 E; 1NOZ A; 2YJF A; 3NAE A; 2PYL A; 1VAZ A; 3OYA A; 3DLG A; 3THW A; 1TK8 A; 4H0O A; 2E88 A; 4JKD A; 4BC3 A; 4WF9 L; 2VCP A; 3RTV A; 1GLJ O; 3RWU A; 3OS2 A; 5CZ1 A; 3NHG A; 4KTQ A; 3D0P A; 4JI1 K; 2QXF A; 3VN5 A; 2OPP A; 2O8C A; 3EY1 A; 3LPU A; 3U4L A; 3VQP A; 3KVG A; 4FLV A; 1D9D A; 1ZBH A; 4ISE A; 4DTO A; 4FLZ A; 5C10 A; 4RCH A; 1SAZ A; 3OBW A; 1MWK A; 2ITG A; 2YKM A; 5BRD A; 3CJ1 A; 3IFR A; 1QE1 A; 4CJV A; 1XQS C; 2QKB A; 3PUF A; 4KO0 A; 3VQE A; 5FRN A; 3TAN A; 4M3Z A; 5AQV A; 1L5U A; 4UQG A; 4WQ4 C; 4IDH A; 3MN9 A; 1NKC A; 2B4J A; 2FSK A; 5LJW A; 4CJ7 A; 5CYM A; 2XHB A; 4CW7 B; 1Y64 A; 4DB3 A; 3VA0 A; 3QEW A; 4FPB A; 1VQL N; 3EEQ A; 3O1B A; 4GMJ B; 1NKB A; 2KTQ A; 3G10 A; 3IUC A; 3MEE A; 1S6P A; 3O4N A; 3KK3 A; 4JI4 K; 4HUG A; 1IG9 A; 4C8O A; 4DFK A; 4BDZ A; 1RT3 A; 3CHW A; 3N4P A; 4DQS A; 2GEL A; 4YOT A; 1OVQ A; 2HMP A; 2UUB K; 1R59 O; 2NZT A; 1YJW N; 4CZK A; 1N34 K; 3QO9 A; 3QIO A; 1JCF A; 4K43 A; 1Q86 O; 3MN6 A; 2Z1G A; 3FZL A; 3VGK A; 3GDQ A; 1U48 A; 4FK2 A; 3BF1 A; 3RMD A; 3ASM A; 1SS6 A; 1VQ7 N; 2BH1 A; 4NLB A; 3DRP A; 2X6S A; 1S1U A; 3EL2 A; 3NVK A; 3F5T A; 3VF6 A; 3CFO A; 1CZA N; 3B6P A; 1UOC A; 2Z1I A; 4YNQ A; 3N4Q A; 4H0Y B; 4YDU C; 5AQF A; 1N33 K; 1L3V A; 1HKG A; 2F8T A; 1U4B A; 3FE1 A; 3U9D A; 1M1K O; 3OYN A; 3BEX A; 5JMV A; 1KD1 O; 4CBU A; 2D0P A; 4HUE A; 2P9P B; 2OTJ N; 1QQM A; 2YHW A; 3T1A A; 1LW0 A; 2QWN A; 4DR7 K; 2A3Z A; 1C1C A; 1ZXO A; 2YNF A; 3QIP A; 4FZZ A; 3AGK A; 2OPS A; 1NJW A; 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1QQO A; 3VPZ A; 5E26 A; 1JL2 A; 1REV A; 3UKU A; 3M8S A; 5AQT A; 4B8C A; 1OVY A; 4F8R A; 1WSJ A; 2FBY A; 3M8R A; 2E4L A; 2GWJ A; 5EY4 A; 2R7Y A; 2VG7 A; 2RHK A; 3UKR B; 4CJ4 A; 2P9P A; 4H03 B; 4E7I A; 3V1Q A; 1G15 A; 4CJR A; 3S9H A; 5AQG A; 4CZG A; 2Q3S A; 1K8A O; 1NU0 A; 3CME N; 5C25 A; 3DAW A; 3P4I A; 2ETJ A; 5BR9 A; 1HNV A; 4FLW A; 1TAQ A; 4FWR A; 2V7Y A; 3B8A X; 1ZBU A; 1L3T A; 3HM9 A; 3QIN A; 1T44 A; 4BE0 A; 3M6G A; 2O8E B; 3HM8 A; 1UWB A; 2V52 B; 4DV3 K; 3CCM N; 4CF2 A; 4Q5V A; 3NH0 A; 4LH5 A; 1BA1 A; 4AH9 A; 4CJP A; 3DLL L; 3T1Y K; 4K42 A; 3WXJ A; 3OYC A; 4WE1 A; 4DR4 K; 4JKA A; 3PV8 A; 3S3O A; 4RW7 A; 4O44 A; 1U45 A; 2Q0R A; 2QTD A; 4C8K A; 5ADX A; 2ZWH A; 4A2A A; 1ZBL A; 1WAJ A; 4FW1 A; 4PQU A; 3MWP A; 1RCH A; 5E41 A; 1I94 K; 5KPR A; 4O0J A; 3NGI A; 4DTP A; 4YOX A; 2HND A; 5JIC A; 4LF5 K; 4A62 A; 2AJQ A; 4JK7 A; 4GV6 A; 3AVN A; 3CC4 N; 3QEI A; 4BRL A; 3J80 O; 4M3X A; 1JJ2 M; 4DG1 A; 4DV7 K; 3MXI A; 4DU3 A; 3MED A; 3CF5 L; 2VGM A; 2Q36 A; 1V4S A; 4CZH A; 3P38 A; 4CJQ A; 1CZB A; 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