The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF9 K; 1N33 K; 4DR3 K; 1XNQ K; 4B3S K; 4JI5 K; 5BR8 K; 4YY3 K; 4B3R K; 1I94 K; 4OX9 K; 2UXC K; 4JI8 K; 4X65 K; 5LMN K; 4DR1 K; 4JI6 K; 2HHH K; 1N34 K; 5FLX O; 4DV1 K; 4JI2 K; 4DR7 K; 4GKJ K; 4LFB K; 2ZM6 K; 4B3M K; 4K0K K; 4JI0 K; 2E5L K; 2UXB K; 4LF8 K; 4LF4 K; 2UUC K; 4JI3 K; 4CVN E; 1HNZ K; 1XMQ K; 4CW7 B; 4AQY K; 1N36 K; 4DV3 K; 2F4V K; 3J80 O; 4X66 K; 4DV0 K; 4DV5 K; 4JI4 K; 3OTO K; 4DUY K; 4DV7 K; 1XMO K; 4GKK K; 4JI1 K; 3J7A P; 4DR4 K; 3J7Y P; 1FJG K; 4DR2 K; 4LF7 K; 4NXM K; 4JV5 K; 1XNR K; 4YHH K; 5LL6 Z; 1J5E K; 1HR0 K; 4LFC K; 2VQE K; 4LF5 K; 1HNW K; 4DR5 K; 2UUA K; 5IT9 O; 4LFA K; 4NXN K; 1HNX K; 3T1H K; 4DV2 K; 5AJ3 K; 4KHP K; 4DV4 K; 5IWA K; 4JYA K; 1N32 K; 1IBK K; 2UU9 K; 4V19 S; 2UUB K; 3T1Y K; 1IBM K; 2VQF K; 4DV6 K; 1IBL K; 4B3T K; 4LF6 K; 2UXD K; 5LMU K; 3J81 O; 4DUZ K; 5A2Q O; 4X62 K; 4X64 K; 4JI7 K; 3JAM O; 4DR6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3P31 A; 5CR4 A; 4LF9 K; 3KWI A; 3NCI A; 4DR3 K; 3MN6 A; 5AQU A; 3MXI A; 2X6N A; 2Q2R A; 4CI6 A; 4FM0 A; 2GX9 A; 2QW9 A; 2CGL A; 3ZSZ A; 2YI1 A; 3R1X A; 3C6U A; 5KPZ A; 3KKR A; 2GEL A; 2VG5 A; 4JKG A; 4B9N A; 4DMN A; 1ATS A; 5EXW A; 2PBD A; 1OVQ A; 3QER A; 2HHH K; 3VGM A; 2OYQ A; 4U7B A; 5CE3 A; 4DFJ A; 3T7Z A; 4DSK A; 1QHT A; 4KH6 A; 3VEW A; 3HST B; 3K0S A; 2UUC K; 1C1C A; 1T6D A; 2IVP A; 3EY1 A; 4CJL A; 2QTD A; 1FKP A; 1NOZ A; 1SS6 A; 4O44 A; 3QBW A; 2BH1 A; 4H5W A; 2F4V K; 4DU3 A; 4WQ5 A; 3CER A; 1NGF A; 1TL3 A; 3TAE A; 4AHV A; 4EHU A; 1HYS A; 2D0P A; 3QIP A; 2QWN A; 2FF6 A; 1KCF A; 3ZSV A; 4JI1 K; 5E26 A; 4B9S A; 1KAY A; 3J7A P; 4C8O A; 3VA0 A; 3RVC A; 1VSK A; 2FBT A; 1A5W A; 4DQS A; 1QVG M; 3HYF A; 1WB9 A; 2RHK A; 3K5O A; 1QZ5 A; 1MU2 A; 5LJW A; 3SAH A; 3FLC O; 3UB5 A; 2Z1J A; 4LH4 A; 3O1B A; 5IT9 O; 2QXF A; 1NWK A; 3CJ1 A; 1VQO N; 3SBT A; 4B08 A; 4CZK A; 2WC9 A; 3M6G A; 4BRE A; 4A5A A; 2FXU A; 4GW6 A; 4CZG A; 1N32 K; 1C0U A; 1RTJ A; 1RDW X; 1RIL A; 2EX3 A; 4B1U B; 4Q0B A; 2VQF K; 4DV6 K; 1ATN A; 2YHY A; 4N56 A; 1SUQ A; 3IDH A; 5CHI A; 3H1V X; 3DXK A; 5I42 A; 4FWR A; 1WOQ A; 2KFN A; 3J81 O; 2GTD A; 1TK0 A; 2NRV A; 3D2E A; 4B1Y B; 4BRC A; 1S5J A; 3I8B A; 2PFU A; 3KZB A; 1RBS A; 2E2P A; 1KRP A; 2Q3S A; 3TAQ A; 3KK2 A; 1NGE A; 3VQE A; 3OA9 A; 1N33 K; 3AVG A; 4IO9 L; 1TKD A; 1NJY A; 2QK9 A; 5HBM A; 4FWO A; 4C8M A; 4F4K A; 4CCH A; 4DTJ A; 3BDP A; 4FK4 A; 4JKC A; 4XH5 A; 3NE6 A; 3CC4 N; 3OYM A; 5HP1 A; 1VQK N; 5JVG L; 2WOM A; 4IWV A; 3NGY A; 4CGJ A; 2O8D B; 3OYE A; 3VQ4 A; 3DLE A; 3I0R A; 1OVY A; 4JI2 K; 1YIJ N; 1J9A A; 1NGH A; 5J2Q A; 3HL8 A; 4JD2 A; 3L0Q A; 3MWT A; 4B3M K; 4FK0 A; 1Q8I A; 3HRG A; 2O8C A; 3SQ2 A; 5AQL A; 3CYM A; 5ADX A; 3HPH A; 4IOX A; 4BGA A; 3CD6 N; 3CC7 N; 1D9D A; 4AH9 A; 4J2E A; 4DSJ A; 1NKB A; 3S3N A; 2P9L A; 3J80 O; 2YKN A; 2FF3 B; 3AVB A; 4DV0 K; 4HUG A; 3HTV A; 3J7Z O; 1RBT A; 3T1A A; 2Z1I A; 3G0Z A; 3OYL A; 1U49 A; 4W5N A; 1GOA A; 3CJC A; 1XNR K; 3T69 A; 4RW6 A; 1VQ6 N; 1J5E K; 1NMN A; 3WUH A; 2JWK A; 4NYN A; 3I55 N; 1TUU A; 1TGO A; 3OYJ A; 5DM7 L; 5JMV A; 1O13 A; 2AJQ A; 3IFR A; 4TSX A; 4PKI A; 4DV4 K; 4FL9 A; 4FVU A; 1UOC A; 3AVL A; 1V4T A; 3UKR A; 5F1X A; 2ZGY A; 3GG4 A; 1IV0 A; 1BHL A; 5J2P A; 3ULD A; 1HRH A; 3L2R A; 1X3N A; 4FJ8 A; 1W97 L; 3PX4 A; 3VN5 A; 5GAH P; 1GLD G; 2F96 A; 2NRH A; 2A6A A; 3SQ0 A; 4FW2 A; 1CZA N; 2A40 A; 4HWI A; 4B9L A; 3LM9 A; 5CY4 A; 4KB0 A; 2HW3 A; 4IG0 A; 2DPN A; 1U45 A; 4CJU A; 4JI5 K; 2JWL A; 3O3G A; 2DY4 A; 2EWS A; 4CEQ A; 3QEP A; 4CEE A; 1UA1 A; 3C95 A; 3C94 A; 3ENH A; 1SL1 A; 4OPH A; 1WBB A; 4C1N K; 3ZET B; 2G8W A; 4H0V B; 4CZF A; 4DR7 K; 4IJA A; 5FPM A; 2HHV A; 4F2S A; 1VHX A; 2ZF5 O; 1C1B A; 1YI2 N; 4N41 A; 1MDU B; 2W6L A; 4Z4C A; 3ZSY A; 1Z25 A; 4LF4 K; 3O80 A; 5ELZ A; 4B9M A; 2YHB A; 1HNZ K; 3AO1 A; 5AZJ A; 4BC2 A; 1T03 A; 1J53 A; 2QWR A; 3KK1 A; 3THX A; 3V1O A; 2ASO A; 3LDQ A; 3OJU A; 2CH6 A; 3C7N A; 3CQ8 A; 3ASM A; 3WEE B; 2UYT A; 1YHQ N; 3DLR A; 5HOO A; 3NBP A; 3VQC A; 5GAD P; 4X66 K; 2KLA A; 3FFI A; 1QTM A; 3CCS N; 1GLE G; 1TK8 A; 1B92 A; 3DMJ A; 3M3Z A; 4M3R A; 5FPE A; 2O8D A; 4Z4H A; 3BP8 A; 4QS9 A; 4HUE A; 3I33 A; 4FJM A; 3BZK A; 3D2F B; 4CHN A; 1YT3 A; 3PX6 A; 4RCH A; 2E2Q A; 4N76 A; 1KTQ A; 1IBK K; 2VGN A; 3D45 A; 2ZD1 A; 5AQR A; 4BG8 A; 4CJ4 A; 5C25 A; 1HNI A; 2UXD K; 3VQP A; 3MWP A; 2ZE2 A; 5BRE A; 3GE1 A; 1K6Y A; 1JLG A; 2ZJR L; 5LJV A; 2E8A A; 3IG1 A; 3WXL A; 3KIO A; 3PIP L; 1KXP A; 5DK5 A; 1TAQ A; 2RF2 A; 3P1G A; 4B3S K; 3SZ2 A; 4B3R K; 5C0Y A; 3ZX0 A; 2KZM A; 4B9U A; 5C24 A; 1EWR A; 2A1S A; 3BF3 A; 4JS5 A; 4E0D A; 3RRH A; 2HNZ A; 3TAF A; 4RW7 A; 3ZX3 A; 3EYZ A; 1HX1 A; 1KLN A; 2HHU A; 2VYP A; 3MK6 A; 3ZX2 A; 2F7T A; 4ZTJ A; 1RBU A; 2A3Z A; 4JHD A; 3DXM B; 4KBO A; 1JCG A; 2NRT A; 2ZM6 K; 1E4F T; 3SCX A; 5AZI B; 2P9N A; 1W0H A; 3CJA A; 3O08 A; 4B1X B; 4BRI A; 3VEV A; 3E01 A; 2BTF A; 1T6C A; 3VOV A; 4L8R B; 5DMR A; 3QLH A; 4HUF A; 2Y1J A; 2XY8 A; 4FLW A; 1BL3 A; 2YHA A; 3AAQ A; 4CFA A; 4NYF A; 3DOL A; 4L3Q A; 4AHR A; 1YTA A; 3EE9 A; 3O5B A; 2P9K A; 4FWL A; 1QQN A; 3KK7 A; 1DGK N; 3KLG A; 3DRR A; 1S72 N; 1YUW A; 3CFO A; 3HZ6 A; 4BRA A; 3SAF A; 4YHH K; 3ZET A; 3RWU A; 2QXL A; 1U2V B; 1TKX A; 2Q0U A; 4CK2 A; 4NLB A; 4PA1 A; 3AA2 A; 2IIR A; 3DRP A; 4RG8 A; 4M3W A; 1HKC A; 1BCO A; 5FPD A; 4KHY A; 2HBL A; 4JK8 A; 2RPI A; 3ZSQ A; 4JKD A; 1VSE A; 4ISE A; 1XHX A; 2PAV A; 2YNI A; 4PL8 A; 4R5P A; 3CCQ N; 4CZM A; 3L3U A; 1RDA A; 5LMU K; 1NGJ A; 4A5B A; 5AQG A; 2E6L A; 1NK5 A; 4WYB A; 5BPL A; 2Z1G A; 4JKH A; 2IVN A; 2YNF A; 3A2F A; 4KI6 A; 3K2P A; 3KLH A; 2B5J A; 3CCJ N; 2HMP A; 4CJT A; 4YFU A; 4JS4 A; 2PY5 A; 4ID1 A; 3CCV N; 5BN9 A; 1CZ9 A; 1M1K O; 4YDU C; 4FJK A; 2WBN A; 3VA3 A; 2VG6 A; 1JLF A; 2HBM A; 3L6Q A; 3G4S N; 4FLZ A; 1X3M A; 1ZBU A; 2D0C A; 4WQ4 A; 4PY5 A; 2UXC K; 1VQ4 N; 1NGC A; 3SMS A; 3CET A; 5LMN K; 1VRT A; 4PKG A; 3A0I X; 4PQU A; 4HVJ A; 3F9K A; 4K42 A; 4A2B A; 4DV1 K; 2AA4 A; 1X9J A; 5ADX H; 4ELV A; 3QIC A; 4FWK A; 1RGI A; 2HBJ A; 3L2U A; 3GL1 A; 3V9W A; 4O8K A; 2ZGZ A; 3EZW A; 4KHQ A; 4BGB A; 4I9Q A; 2ZQB A; 1ILY A; 3OYH A; 3NDK A; 5BR9 A; 4FSV A; 4BRL A; 3AVC A; 4E89 A; 3AO3 A; 4DV3 K; 2VWJ A; 4DQ8 A; 1KFS A; 4Z94 A; 1YXQ A; 3O6W A; 3VMF B; 1HPZ A; 4OPJ A; 1HYV A; 3MEG A; 1XMO K; 4CJK A; 3MN9 A; 4DR4 K; 4BRM A; 4DTS A; 1CXQ A; 3EN9 A; 4M42 A; 4FM1 A; 3MCA B; 4IJN A; 3NGI A; 1HR0 K; 1YVN A; 3G25 A; 2Q0R A; 3DXM A; 3SLC A; 3U8X A; 4W5R A; 3SNN A; 4CGI A; 2V52 B; 5AZI A; 3DM2 A; 4J8F A; 2F8S A; 3A5O C; 3LP3 A; 4CFB A; 5IWA K; 3D2E B; 1DT9 A; 3EKU A; 3TU5 A; 2DTU A; 1U04 A; 1RDB A; 3LAK A; 1NK6 A; 2NZT A; 3MAQ A; 4QS7 A; 4LY7 A; 1W7A A; 1SKR A; 2NRX A; 3VEY A; 2ASP A; 3RRG A; 2F9W A; 3NF7 A; 3RR7 A; 1Q7Y O; 4BRF A; 4BR9 A; 3AY9 A; 4EIA A; 4M3Y A; 4BRG A; 3OYB A; 4DSL A; 4EZ6 A; 3WXM B; 4Z4E A; 4CBX A; 4H5V A; 5B8H A; 4CF0 A; 3V9Z A; 1U2V A; 1Y64 A; 4CED A; 3SI6 A; 4BE1 A; 3V81 A; 2YHW A; 4CHQ A; 1VSL A; 1C1A A; 1QE1 A; 2VCP A; 1S9E A; 3MX2 A; 3AAP A; 3SAG A; 1L3U A; 1S9G A; 5KRT A; 3WXK A; 5BRH A; 1SV5 A; 4IDH A; 4YOT A; 1I3A A; 4AHC A; 3JYT A; 4NCG A; 3S3M A; 3O4Q A; 2P9L B; 1N6Q A; 4K0K K; 2QWM A; 3OS1 A; 5H1S Q; 3L4Q A; 2OPQ A; 2P51 A; 1WBD A; 1LAW A; 5KGX A; 2GUP A; 4FPA A; 1Q9X A; 4IZ9 A; 1P90 A; 1LOT B; 4CIE A; 3CQY A; 2W42 A; 3KD1 E; 5GIN A; 3NGZ A; 1HKB A; 4BC4 A; 4QAG A; 1DLO A; 2A5X A; 1IJJ A; 1JXE A; 3H3O B; 1ZBS A; 3VGL A; 3IUC A; 1OH6 A; 3O4W A; 1BG3 A; 4A57 A; 3UKR B; 3ZSR A; 3TI0 A; 2OTL N; 2D0A A; 1Q9Y A; 1BA0 A; 5TKW A; 4DR5 K; 2ITM A; 4J2A A; 1GOB A; 1SZ2 A; 2A1R A; 3LZI A; 1IKW A; 4LFA K; 1ZC6 A; 4N5S A; 4Q5V A; 1NG9 A; 5AFU A; 4F3T A; 3SJJ A; 4DTU A; 5LY3 A; 1O1W A; 1TVR A; 1ZBH A; 2ZJQ L; 1IBL K; 4IFE A; 1YJ9 N; 2P9I A; 1C0M A; 4B9T A; 3THY A; 1XHZ A; 3HK2 A; 3QIO A; 4ILH A; 3KD5 E; 4BR5 A; 1CLQ A; 4DUZ K; 3HO1 A; 2YJE A; 4MQ3 A; 2P9S B; 1DEJ A; 3M8Q A; 5FRN A; 3OS0 A; 4H4M A; 4BQL A; 4LSN A; 2OPS A; 4YOV A; 1S1W A; 2E4L A; 1X1P A; 1YF5 L; 5C42 A; 1NLV A; 3I56 N; 4IBN A; 2LSN A; 4QS8 A; 3CPE A; 2O8E A; 5BPM A; 3VEX A; 1JL2 A; 3QET A; 1B9D A; 5FRM A; 1LWE A; 3DLB A; 3QB0 A; 5AZJ B; 3QFP A; 3THX B; 3AVI A; 3HVT A; 1ASW A; 3C7N B; 3VQD A; 3FZF A; 4LFB K; 3VQA A; 5K14 A; 3QIN A; 4CES A; 3P39 A; 3OBW A; 2G8K A; 4KH4 A; 4JI0 K; 3MCP A; 4CJ5 A; 5C15 A; 4OGE A; 3OYG A; 1JJ2 M; 4GMJ B; 3NFA A; 4FJ7 A; 3QEI A; 3LDL A; 4CF1 A; 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3Q7C A; 3OY9 A; 4FWQ A; 4AHU A; 1RBV A; 3OW2 M; 1UAX A; 4BRN A; 3LDS A; 1E4G T; 2QKB A; 2P9S A; 5CYQ A; 2Q31 A; 5KGW A; 3MN7 A; 4DTX A; 4B1Z A; 2P9K B; 3HOS A; 1HYZ A; 2A41 A; 4AIL C; 4CEB A; 2XHB A; 3NH2 A; 3CF5 L; 4RW8 A; 3ZEU A; 3SQ4 A; 4OKJ A; 3ID8 A; 3K9J A; 4DUY K; 4DV7 K; 3JS6 A; 3PLA A; 3ID6 A; 3MEC A; 4DR2 K; 3G71 N; 1QSL A; 4LF7 K; 3C6A A; 4YOX A; 5AR0 A; 2PYJ A; 4ELT A; 3CHW A; 3RMB A; 3LWM A; 1WAJ A; 3PUF A; 3TR8 A; 5C2F A; 2YCH A; 2OPP A; 4M7X A; 1ZBI A; 1YAG A; 4KB1 A; 4EZ9 A; 5AJ3 K; 1EWQ A; 1JL1 A; 3ZSO A; 1JKH A; 3IKM A; 3H3N O; 5KI6 A; 1LW2 A; 3FE1 A; 1RT5 A; 1Z26 A; 3K57 A; 1C0F A; 1WSH A; 3AO5 A; 3VEN A; 4KHW A; 2GWK A; 4BC5 A; 1VK0 A; 3TPQ A; 4CFD A; 5J2N A; 1WNS A; 3C6T A; 3MX5 A; 4GV6 A; 4KTZ A; 3ULE A; 1FXX A; 3AGK A; 4BR4 A; 3NMU A; 3R8E A; 3KJV A; 2BUP A; 2HND A; 5AQJ A; 5SZT A; 3PX0 A; 1BCM A; 3BEX A; 5JLH A; 4BRD A; 4FZY A; 2O4G A; 3PIO L; 3VTH A; 1YJN N; 1TYQ A; 4E7L A; 3OYI A; 2E1Y A; 3WNF A; 3G10 A; 3VEZ A; 2YNH A; 3KWG A; 1NJI O; 3FZK A; 3THV A; 4BR0 A; 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