The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
138
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structure length |
138
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Chain Sequence |
b'MLTDPIADMLTRIRNATRVYKESTDVPASRFKEEILRILAREGFIKGYERVDVDGKPYLRVYLKYGPRRQGPDPRPEQVIHHIRRISKPGRRVYVGVKEIPRVRRGLGIAILSTSKGVLTDREARKLGVGGELICEVW'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
33
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| structure length |
138
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| sequence length |
138
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF00410 | Ribosomal_S8 | Ribosomal protein S8 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR3 H; 2VQE H; 3JAM W; 3RF2 A; 4JI7 H; 3J80 W; 2ZM6 H; 1I6U A; 1SEI A; 4NXM H; 4YHH H; 4DUZ H; 1N32 H; 1XNQ H; 1N33 H; 4DR6 H; 4K0K H; 5BR8 H; 1IBM H; 1XMO H; 1I94 H; 1N36 H; 4DV4 H; 4B3M H; 4OX9 H; 4X66 H; 1FKA H; 1XNR H; 4DR1 H; 4LFC H; 4PDB A; 3J7A K; 1HNX H; 4YY3 H; 4LF4 H; 2UUC H; 4LF9 H; 3T1H H; 4X65 H; 1IBK H; 5IWA H; 4LF5 H; 4JI6 H; 2UXD H; 2HHH H; 2E5L H; 4JI0 H; 4JI3 H; 4LF8 H; 4DR5 H; 4DV2 H; 3OTO H; 4DR2 H; 5A2Q W; 4LF7 H; 2F4V H; 4JI1 H; 4JI8 H; 3J81 W; 5LL6 b; 1S03 G; 1XMQ H; 4LFB H; 2UU9 H; 1AN7 A; 1HNZ H; 1IBL H; 4JI2 H; 4DUY H; 1HNW H; 2UXC H; 4JYA H; 4DV3 H; 4GKJ H; 4DR4 H; 2UUA H; 4B3R H; 1J5E H; 4DV6 H; 2UUB H; 4DV0 H; 5IT9 W; 4X62 H; 2UXB H; 4LFA H; 4DV1 H; 4DV5 H; 1FJG H; 2VQF H; 4B3S H; 4JV5 H; 4DV7 H; 5LMN H; 3T1Y H; 4DR7 H; 5LMU H; 4GKK H; 1N34 H; 4X64 H; 4KHP H; 4AQY H; 4LF6 H; 4B3T H; 4NXN H; 1HR0 H; 5FLX W; 4JI4 H; 4JI5 H; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PR4 A; 1MZB A; 4A3E G; 2VQD A; 3JAM W; 2P2R A; 4MV3 A; 1R9T A; 3RF2 A; 2R8J A; 4F4X A; 4OO1 G; 3OUZ A; 3VPD A; 3R23 A; 2DPJ A; 2C35 B; 2CTF A; 1ODH A; 4IFD G; 5K36 G; 4O4H F; 5KKN B; 5JVL A; 5LP6 F; 5KT7 A; 1P8L A; 5L1I A; 3KHG A; 4Q43 A; 1BNC A; 2JEA I; 5C4X G; 1WE8 A; 4O2A F; 5IYB G; 3H3V H; 5KT4 A; 4C5C A; 1XNQ H; 3SE7 A; 2JEG A; 5D1P A; 2R6F A; 1RJP A; 5C5J A; 2J9G A; 1GSH A; 2W6Q A; 5DGB A; 3G6V A; 1PX2 A; 3ETH A; 4IWY A; 4MTE A; 1KEE A; 4OX9 H; 2YRX A; 5KFY A; 2BL5 A; 3OSP A; 1XNR H; 1V9P A; 1C30 A; 5DQI A; 4Q45 A; 3KXY T; 2DLN A; 2CPQ A; 2AXY A; 2HGS A; 2WB1 A; 4LMY A; 4MTD A; 3GV8 B; 4YAK B; 4YAJ B; 4LF4 H; 3G8C A; 1X9N A; 4Q8F A; 1UG8 A; 3GID A; 4RB1 A; 2AGO A; 2CW8 A; 2RGV A; 2CTE A; 1E4F T; 1TWF A; 4X65 H; 1DGS A; 3PO2 G; 5IWA H; 2HH2 A; 4Q0Y A; 4YR3 A; 2XGQ A; 2SCU B; 4UCT A; 3HOU G; 4MV7 A; 4RZQ A; 1I3Q A; 2DWC A; 1SCU B; 5FPO A; 3GTQ A; 2O4C A; 3AYH B; 4BBR G; 2XIG A; 4LF8 H; 2ASL A; 4U6P A; 2M8W A; 4DR5 H; 1UC8 A; 4B8C D; 2R85 A; 1ULZ A; 4M7E A; 3PW2 A; 2J6T A; 4A3G G; 2HH3 A; 1Z2O X; 4U7C A; 2NU9 B; 2FMA A; 2R7Z A; 3BAB A; 5L9X A; 4QWB A; 4DR2 H; 2DPI A; 4LF7 H; 5KFH A; 3M9M B; 4EYI B; 5KFW A; 2JA8 G; 4ECR A; 1K1Q A; 5K2M A; 3Q8Q B; 3HXL A; 2BQU A; 4IRC A; 4IHJ F; 3H4B A; 1RJR A; 1PK8 A; 1JDE A; 5KFZ A; 5KT3 A; 2W8K A; 5DQH A; 2BQR A; 2G8Y A; 5LYJ F; 1BGW A; 1W96 A; 4DL4 A; 4UCO A; 2JA7 A; 3HOX G; 2VUM G; 2R87 A; 1HNZ H; 1O75 A; 1IBL H; 3T5K A; 3QFF A; 5DG9 A; 4MA5 A; 1S97 A; 4XX0 B; 3KHR A; 2KSW A; 1TAE A; 2PT7 G; 2VUM A; 1K1G A; 4TV9 F; 1GSO A; 2UXC H; 4MA0 A; 2XGP A; 4RNM A; 5KFJ A; 4DV3 H; 2CTK A; 5IYD G; 4A3B G; 4B3R H; 1J5E H; 3WO1 A; 4RAY A; 3RFC A; 3HKZ E; 5KG0 A; 5KFO A; 5IYC G; 2ASJ A; 2W9C B; 4J9N A; 1B6S A; 1GLV A; 1KJ8 A; 4UCV A; 2R8H A; 2W6O A; 4DL5 A; 2XCP A; 2YCH A; 4X62 H; 4FBU A; 3GTJ A; 2FLL A; 5JEA G; 2R93 G; 4O3R A; 4HNT A; 2W9B A; 1M0W A; 1B04 A; 2FK2 A; 3E5N A; 2PY9 A; 2CTJ A; 4WAL A; 2IP4 A; 3PZP A; 1WVN A; 2FP4 B; 2RF4 A; 4AYB E; 2ZQE A; 1AUV A; 1V4Y A; 3R5F A; 3PN1 A; 5C1P A; 3RB6 A; 2J6U A; 4YB8 B; 4A3C G; 4J9O A; 1E4E A; 1RYS A; 3TQ1 A; 2JEJ A; 1MSZ A; 4DR7 H; 2FPG B; 2E2I A; 2RGR A; 3Q1K A; 4FJS A; 2NN6 G; 4X64 H; 4LF6 H; 3GIL A; 2R7N A; 1C3O A; 4ED7 A; 2DGR A; 1W93 A; 5KT2 A; 2GPW A; 3SB1 A; 4NXN H; 2V59 A; 5FLX W; 4Y8V B; 1V51 A; 4A3I G; 5D8D A; 4QIW E; 2YU9 A; 1JKJ B; 3Q8P B; 1RK6 A; 1A0I A; 2XC9 A; 1S20 A; 4O3O A; 2PVP A; 3JRX A; 1VKZ A; 4RNO A; 3QZ8 A; 1K83 A; 2I87 A; 1WHR A; 4ECU A; 2NVX A; 1T94 A; 2P0A A; 1GYF A; 3V6K A; 3EZJ A; 1B33 N; 1SEI A; 1UC9 A; 4YHH H; 4J9S A; 1N32 H; 4FBT A; 5KFM A; 4CC6 A; 2XCA A; 2BR0 A; 1I50 A; 5J2U F; 1OWT A; 3GTK A; 4EFE A; 1V8C A; 1N33 H; 4A3L G; 4DR6 H; 4K0K H; 3OET A; 2VPQ A; 3TII A; 4NBQ A; 4E4T A; 1EC6 A; 4J9R A; 2R7M A; 3I12 A; 2JA5 G; 3GV5 B; 2JEI A; 2PMZ E; 1X9Z A; 2JA9 A; 2K1H A; 3I0P A; 4ZHQ F; 4DV4 H; 4B3M H; 1TWG A; 3KHH A; 4F4W A; 4LIJ A; 4DR1 H; 4F4Y A; 1WR2 A; 4JUZ A; 4O4L F; 2VOB A; 2JA5 A; 3K3P A; 2CTM A; 4ECW A; 1HNX H; 2CW7 A; 3EYY A; 3HB9 A; 4A3J G; 2YS6 A; 4ME6 A; 4DLK A; 4A3D G; 2V5A A; 2R8G A; 4FS2 A; 4JVH A; 5KFF A; 2J6S A; 5C3E G; 4BWS C; 2CKZ B; 4EBC A; 2OH2 A; 3GKU A; 1TWC A; 4O4I F; 4O3Q A; 3T1H H; 4O3P A; 1ZET A; 2M05 A; 4A3F G; 4IZO A; 1EZ1 A; 4FJU A; 3L7Z C; 4LSX A; 5IP7 G; 3OUU A; 3QZ7 A; 1S0N A; 4ZI7 F; 5HBR B; 2E5L H; 2MCT A; 4JI3 H; 2C00 A; 4QMF B; 3EPI A; 1JX4 A; 3GTP A; 3PW0 A; 5F9N A; 5KFG A; 2YS7 A; 4DV2 H; 2LTL A; 4C5B A; 3L4K A; 3BA9 A; 3OTO H; 4J9L A; 5JVD F; 2F4V H; 4YR2 A; 1S9F A; 4C2M A; 5DLF A; 1VBH A; 4ED2 A; 2IA6 A; 2UVV A; 3K5I A; 5FLM G; 5C44 G; 5DLG A; 1EYZ A; 4WD3 A; 5KG3 A; 1TWH A; 2Q2U A; 2YYA A; 2Y0S E; 2LRR A; 5LL6 b; 2YW2 A; 4FU0 A; 1GSA A; 5LA6 F; 2VPS A; 1N56 A; 2JEF A; 3HOZ G; 1V9N A; 4ECS A; 4LFB H; 4J9M A; 4GLX A; 2FJZ A; 2RDI A; 5BMV F; 3PW4 A; 1BJT A; 4GC7 A; 2VR1 A; 4M9U A; 2NU8 B; 2W7O A; 3H0G G; 5CA1 F; 5KFA A; 5KFU A; 4YBZ B; 2YQR A; 2HVQ A; 3RB4 A; 5FD5 A; 4RU9 A; 4EBD A; 4QW8 A; 4J9P A; 3OHA A; 4EGQ A; 3UFX B; 4RZR A; 3Q2O A; 2X0S A; 4GKJ H; 3LML A; 4DR4 H; 2UUA H; 4LSA A; 3PO3 G; 4UCR A; 5BPH A; 5KFL A; 5EWG A; 1AUX A; 2CQY A; 4QWD A; 1VBI A; 2R84 A; 3HKZ A; 4EG0 A; 3N42 B; 2A1S A; 2JA6 G; 2E2H A; 2V58 A; 2JE6 I; 1PQX A; 2PQU A; 3GIQ A; 4BY1 G; 1I7L A; 2OPV A; 4APM A; 2JA6 A; 5KG7 A; 5KFK A; 4HNU A; 4L1K A; 3KDG A; 3H20 A; 1NXU A; 2ANN A; 3G6Y A; 4ECY A; 3PW5 A; 2HVS A; 1JDB B; 3NGD A; 1GO3 E; 4TQS A; 1DIK A; 4QWE A; 4ECQ A; 4ED6 A; 4G3I A; 3RGX A; 1FJG H; 2VQF H; 4WBN F; 2HJW A; 3EPG A; 4JV5 H; 3N40 P; 3WNZ A; 4DL3 A; 5KFT A; 3T1Y H; 4BA2 I; 1EUD B; 3JZI A; 5C8Y F; 1I7N A; 4EC5 A; 1ZHS A; 1DT4 A; 5KG6 A; 4RB2 C; 3FMA A; 2FLP A; 2LF0 A; 4MAM A; 5I47 A; 5EWF A; 2W70 A; 4IRK A; 5FD6 A; 2IBK A; 3LP8 A; 5D1O B; 4JV0 A; 3L2P A; 3MR2 A; 4JI5 H; 4ED3 A; 2C2E A; 4YQW A; 3G6X A; 4UFZ A; 4DR3 H; 1Y1W G; 2VQE H; 3RJ0 A; 4RUA A; 3T5H A; 3I4N G; 3VKE A; 2ZDH A; 1JXL A; 4JI7 H; 3BQ0 A; 4C5A A; 3J80 W; 2ZM6 H; 5CB4 F; 1Y1W A; 4I7H A; 2FPH X; 4NXM H; 1WCM G; 3MWE A; 3JRW A; 1KHM A; 4HYK A; 3V4S A; 4H8A A; 3R5X A; 5KFS A; 3TIG A; 3BQ2 A; 2R93 A; 3R5H A; 5KFB A; 2VKC A; 5LXT F; 4IAJ A; 4EFB A; 3H4D A; 2CPM A; 1IOW A; 2QND A; 2WAQ A; 3FDS A; 3RB0 A; 1VIH A; 2FFM A; 1XMO H; 4XZ3 B; 3WO0 A; 3RGZ A; 3H40 A; 2C2R A; 2W9C A; 4IRD A; 3AEV B; 2X06 A; 4B8T A; 4ZQI A; 4X66 H; 2XD4 A; 4ECX A; 4XYL B; 1KC7 A; 4TUY F; 5KFD A; 2W57 A; 2XCL A; 5H80 A; 4YY3 H; 1JIH A; 1T3N A; 4I55 F; 4LH6 A; 2V9W A; 3VMM A; 2UUC H; 1KBL A; 3GTG A; 1M7J A; 1TA8 A; 3M4I A; 3MR5 A; 2YL2 A; 3V6J A; 1S0O A; 5IP9 G; 3Q8S B; 1K1S A; 2HVR A; 2OWO A; 2BA0 A; 4RB0 A; 4ED8 A; 3ORR A; 3BQ1 A; 4I4T F; 4LF5 H; 4I50 F; 3OSN A; 2WE6 A; 2BQ3 A; 1WTJ A; 3RBD A; 2IMW P; 4RNN A; 3N6X A; 1ZTG A; 2YZN A; 3PR5 B; 3TIN A; 5L1L A; 3CVZ A; 1XDN A; 1ZZI A; 5C0X G; 5DG7 A; 2FPI B; 4R8U B; 2YRW A; 4HNV A; 2W6N A; 2W8L A; 1WH2 A; 4YR0 A; 2VUG A; 3KHL A; 2UVU A; 4A3M G; 2CZG A; 4BBS G; 4JI1 H; 4JI8 H; 2ASD A; 1KJI A; 4ECV A; 3GTO A; 3KAL A; 2CTL A; 5KG2 A; 1EHI A; 3GQC A; 2V4R A; 1S03 G; 3BA8 A; 1Z2N X; 4O2B F; 1SFO A; 1Z2P X; 1F0X A; 4J0M A; 2GPS A; 3GLK A; 1Y14 B; 3DF7 A; 3KTM A; 2UU9 H; 3LWB A; 4J9Q A; 5KFR A; 5F9L A; 1UNN C; 1SYX B; 5EDW A; 4XYM B; 3RIZ A; 3CQZ A; 2RDJ A; 3K5H A; 3GIP A; 4DL2 A; 3KAK A; 1CQJ B; 4QJF A; 4ED0 A; 1HNW H; 4JYA H; 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4DUZ H; 4LH7 A; 2GLT A; 3Q8R B; 1ZZJ A; 2R8I A; 4AM3 A; 4ECZ A; 4AYB A; 4ECT A; 3V6H A; 4EGJ A; 4A3K G; 2LTM A; 1ZHQ A; 2R7Z G; 2VA3 A; 2M6Q A; 1VBG A; 3HOV G; 5BR8 H; 1IBM H; 4PWQ A; 3MWD A; 2FMR A; 5JQW A; 5DG8 A; 4Q44 A; 2R82 A; 3GTL A; 2D9I A; 2DIK A; 1I94 H; 1N36 H; 1XRH A; 2Z0S A; 3UOE A; 3GV7 B; 2C28 A; 2WYO A; 1TWA A; 1FKA H; 4GC6 A; 2WTF A; 3FKI G; 4LFC H; 3BAA A; 4PDB A; 3GTM A; 1Y1V G; 3KAJ A; 4QIW A; 3J7A K; 4RAZ A; 4WAN A; 1EUC B; 1S68 A; 4BY7 G; 4A2A A; 2WB1 E; 5KFV A; 5IYZ F; 3FKI A; 4OD6 A; 2PN1 A; 1ZZK A; 3FAU A; 3PW7 A; 1Y1V A; 2JA7 G; 1S10 A; 5KFQ A; 2ALZ A; 2DZD A; 3MR3 A; 4LF9 H; 5DQG A; 4IR9 A; 2WDT A; 1IBK H; 3K3V A; 4TV8 F; 5KG4 A; 2W9B B; 4JI6 H; 2UXD H; 2ZJT A; 5KT6 A; 3GAB A; 2HHH H; 4JI0 H; 1WCM A; 3MFH A; 3JSL A; 3GIK A; 4FM9 A; 3RTX A; 5J2T F; 5KFN A; 2V4Q A; 3VPB A; 5D1O A; 4DL7 A; 4QWC A; 3MR6 A; 4BXX G; 1E4E B; 3U1K A; 1FVI A; 4CC5 A; 2PMZ A; 1DTJ A; 5DGA A; 5KG1 A; 3RAX A; 5A2Q W; 1S0M A; 3J81 W; 1RK5 A; 2NU6 B; 1CE8 A; 2FK3 A; 4YP3 A; 1IOV A; 2PBZ A; 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