4LH5A

Dual inhibition of hiv-1 replication by integrase-ledgf allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
152
structure length
129
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 43
structure length 129
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4lh5A00
3HSTB 2Z1JA 1L3SA 1D5AA 4NYFA 4E1MA 3AVLA 3VQBA 5K14A 1NJZA 4E7LA 4DTRA 4ELUA 3DRSA 1HQUA 1U04A 3CFOA 3HL8A 1VRTA 1ZBFA 4Z4HA 1JXEA 1CZBA 1IH7A 3KTQA 1KFDA 4DSEA 4F3TA 4FJHA 4IBNA 3KIOA 3KK3A 4EZ9A 4OVLA 2Z1IA 4CERA 3B6OA 1HPZA 2P51A 5J2MA 3V1OA 4OPJA 2OA8A 4CEAA 1REVA 5KTQA 3S3MA 4OKKA 4F3OA 3AVNA 4OPKA 4YFUA 1I3AA 1L3UA 3KLHA 4KHWA 4B9VA 1RT6A 1KSPA 1VSLA 3LWLA 4K8XA 4FJMA 4N47A 1WSHA 5KI6A 3SZ2A 3MEEA 1RBTA 3OYNA 4DTUA 1X9SA 1LAVA 4DTMA 2HNYA 4DSKA 3WNHA 2ATQA 4CEFA 1ZBIA 1Z26A 3IAYA 4RG8A 3TANA 4DTSA 2P5OA 4HUFA 2DY4A 1F21A 2HHUA 2ZE2A 2X6NA 3SUPA 5CZ2A 4EP5A 3QEIA 3V6DA 4DWIA 3RRGA 3HVTA 3DLHA 1EETA 1VSJA 4HHTA 4E7JA 1N6QA 4JRQA 3NF6A 4C8KA 4CF0A 1JLAA 3DRPA 3SCXA 4CEDA 4YNQA 3MXIA 5J2NA 1WLJA 1NKCA 4KHQA 4L8RB 5FDLA 1RDBA 1C0UA 1YTAA 1XC9A 4B8AB 4PUOA 3SYZA 4RW7A 4CHOA 4O0IA 4OKJA 4F4KA 4B3OA 1ZBHA 3F9KA 4FZYA 3V1QA 3TAEA 2G8UA 4FK2A 3AVBA 3AVIA 4LSNA 1JL1A 3EY1A 3WNEA 4Z4CA 4KTQA 4CJKA 1L3TA 4OLAA 1T03A 5T7BA 3ZSZA 4IKFA 5KGXA 3OYDA 3VA0A 5CYQA 4E0DA 3NH0A 1UWBA 1O1WA 1UOCA 2HNDA 1TK5A 3HPHA 2ITGA 2NUBA 2G8WA 1NJYA 3UIQA 4FCYA 4KHUA 2VG7A 1A5VA 2OYQA 1WAFA 3AO1A 4CGHA 1HJRA 1TKTA 4OJRA 2LSNA 3KD5E 3PY8A 4J2DA 1SKRA 2XY5A 4I9QA 2OPQA 4OLBA 1LV5A 4CCHA 1X9WA 1WSIA 2E4LA 1HNVA 3QEWA 4O55A 1L5UA 1KLMA 3L2RA 3L3UA 4HVJA 3ZSXA 3SNNA 1IG9A 2HHSA 1KCFA 3S3NA 1J5OA 2QKBA 3VQ5A 1XHXA 3QIOA 1WNSA 2A1RA 2B5JA 2XO7A 2XY8A 1ITGA 1JLFA 5E41A 1NOYA 3AVHA 2HHQA 4FJGA 3VQQA 4FZZA 1RT3A 1HRHA 4I2PA 4CIGA 2HHTA 3OYEA 1SUQA 2D0BA 3NHGA 3TAGA 3ASMA 3ALYA 1XI1A 2X6SA 1GOBA 2OZSA 4FJNA 2RPIA 1QSLA 3D45A 2A1SA 4CE9A 1TVRA 3O3HA 5J1EA 4O5BA 2GV9A 2FBXA 3ZSVA 1I39A 3JYTA 3LPUA 3B6PA 3VQEA 1Y97A 4FJ9A 3V9ZA 4MQ3A 3TABA 2KFZA 2DTUA 1VK0A 3P1GA 2G8IA 4EP4A 2QKKA 3VA3A 4DFPA 4DFKA 1S1VA 2QK9A 2Z1HA 4KI4A 2YHAA 4DF4A 2F96A 4KI6A 3LZIA 1MU2A 5HRNA 3PX4A 1BISA 1L3VA 4QAGA 3RMDA 1IKVA 3AA2A 4IFVA 3CQ8A 4AHCA 4DLEA 3THVA 4BDYA 4HTUA 1VSEA 4E7HA 3U6FA 4EZ6A 1RT5A 4JS5A 5HRPA 4BDZA 1KVBA 1TL3A 4DFMA 5I3UA 5CYMA 3C6UA 3DM2A 4DSJA 5HBMA 4FM1A 4AH9A 3TARA 4BWMA 1K6YA 4FLVA 4CJUA 3NH2A 2PYJA 4RW6A 3LP1A 4F2SA 3PO5A 1NKBA 4CECA 3AA5X 4KHYA 1NJXA 3QNNA 2B4JA 2YNIA 3AO2A 4CK1A 3LP0A 4E1NA 2DFHA 1DLOA 1VSIA 4O44A 3OVNA 4CESA 1CXUA 3AVMA 4Y1DA 5CZ1A 3OYHA 3RTVA 2HHVA 3HPGA 3HM9A 1JL2A 1QTMA 4M3TA 3RMAA 4KKOA 4W5NA 4DSIA 3S3OA 3OYFA 4ICLA 1DTTA 3T1AA 2G8FA 2FC0A 1RTHA 2W42A 2X74A 3P5JA 4C8OA 4M3XA 1BHLA 1CLQA 1Q9YA 4IG3A 3O3FA 3OYKA 4C8LA 1IKYA 1FKOA 3I0SA 1TAQA 2HVIA 3QESA 3F73A 4FLWA 4TSXA 4FLYA 3RR7A 3E01A 4G1QA 3QEXA 4CGIA 1BCOA 4KPYA 4N5SA 4KTWA 1RBRA 4DTJA 3NFAA 3CM5A 3NAEA 2HNZA 4FJKA 4IDKA 5SZTA 3OYAA 4CJEA 4DQSA 2YKMA 1C1CA 1GOCA 4C8NA 4AHUA 3TI0A 2RKIA 3RRHA 4DQRA 4B9MA 4N76A 1FXXA 4FLTA 3LPTA 3NH1A 4CFCA 4CJTA 3QETA 2G8KA 3V9UA 1VSMA 4M42A 2YNGA 3SUOA 1S1XA 3K2PA 4CFAA 4CJQA 4XIUA 3V9SA 1WSGA 1KRPA 4KREA 4CEZA 1FK9A 1G15A 2RF2A 4Z4EA 4CJWA 4CHQA 3SUQA 2OPSA 2B6AA 3KLFA 1SL2A 3V1RA 4N41A 3CFRA 5I42A 1A5WA 2VWKA 4BACA 4O0JA 3LZJA 1JXBA 1Q9XA 4ID1A 1BIZA 2QXFA 4CJ5A 3ZT1A 1YVUA 3AVCA 2RN2A 1T8EA 1NK7A 2JLEA 4CGGA 4RW8A 2OPRA 3VQ6A 3OJUA 1VSHA 3M8RA 1LWFA 4CJPA 4JLHA 3PUFA 1QHTA 2FBVA 3VQAA 1DTQA 3WNGA 4O4GA 3EYZA 3ZT4A 1EKEA 3KLIA 1U47A 1CZ9A 1JLEA 4NYNA 4CEEA 3HT3A 1S6QA 1HMVA 1Q8IA 1UAXA 2BDPA 5C25A 4Z0UA 4H8KA 3VQ7A 3MEGA 4CF1A 1W9HA 4ZHRA 1W0HA 4BE2A 1TK0A 3HO1A 1NK5A 4FZXC 1CXQA 4KRFA 1QSSA 3TAFA 4E7KA 3TAMA 2FBTA 3A2FA 4DU1A 3NCIA 3G0ZA 4M3YA 1B9DA 3ZSQA 1JLGA 3ZT0A 1KVAA 4KFBA 4CK2A 3OYMA 3KKRA 4FK4A 5DK5A 1NKEA 1S9EA 2EHGA 3AO3A 2IGIA 2IOCA 2X78A 2I5JA 3DLGA 3K57A 4ZTJA 1S6PA 3NDKA 2YKNA 3KK2A 3M8SA 1QSYA 1RTDA 4LY7A 3L8BA 1U45A 4DQIA 3V9WA 4LH4A 3PO4A 5J2QA 1ASWA 4HCCA 3MXJA 1N5YA 3KJVA 4CJLA 3OJSA 3L2UA 4BE1A 3T19A 1XWLA 4DTXA 4DQPA 4F2RA 1TL1A 4CGFA 3QO9A 1BI4A 3RWUA 1IKWA 2OZMA 1A5XA 3H08A 1RDAA 3ZT3A 1TKZA 4CF9A 3LANA 3KD1E 4BDPA 4FLUA 3AV9A 3AVFA 3ITHA 3WNFA 3VQ4A 2P5GA 4Q0BA 3DOKA 4IG0A 3OS0A 5HRSA 3QERA 4DFJA 4FW2A 2OPPA 4QCLA 4CJRA 3O3GA 3AA4A 1HYVA 3IG1A 5J2PA 4DSLA 4KB0A 4CFBA 4FM0A 3ZSOA 1XHZA 3VQCA 3OYIA 3TAQA 2FBYA 3L2VA 1RBUA 3K59A 4DU3A 4C8MA 1RTJA 2BGGA 4OKEA 4KO0A 1KLNA 1X1PA 3RR8A 2G8VA 3OS2A 3ZSWA 2KTQA 4PQUA 1RT4A 4FJ7A 3DLRA 4KAZA 3QLHA 3L2QA 1BQMA 1NK0A 1C1AA 1LAWA 3DMJA 4JRPA 5KRTA 1VRUA 4I7FA 3TAPA 4OGEA 4CJSA 1U4BA 2GUIA 4CIEA 4E19A 1SV5A 3AVJA 1S1WA 1RT1A 4GVMA 1C1BA 4M41A 4AHTA 2IS3A 1LW2A 3MAQA 4FJXA 2HHXA 3T3FA 3SV3A 2VG5A 1JLCA 4ELVA 3G10A 5C24A 4ZTFA 1LWEA 3HPOA 2XHBA 3LWMA 5C42A 3MECA 4FK0A 1VSFA 4IFYA 1S1TA 2G8HA 4FJIA 4Y1CA 4M3WA 3VQPA 1WN7A 1D9DA 5HRRA 2Y1JA 1S1UA 1BGXT 1J9AA 2HB5A 4W5QA 3K58A 4FVMA 4BE0A 3PX0A 4BWJA 1R0AA 1GOAA 1RDDA 3TR8A 1NK9A 3IS9A 4CK3A 3SQ1A 5CY4A 4M3ZA 4PY5A 2WONA 4PA1A 4B9LA 5KGWA 1RCHA 1WSEA 3K5OA 4CJ3A 1YTUA 3C95A 1QE1A 3ZSYA 3I8DA 3HP6A 4E7IA 3OYJA 1VSDA 2P1JA 4DU4A 2HHWA 1EP4A 1QQCA 4LSLA 3HXMA 1J54A 1TV6A 4GMJB 1RT7A 2EX3A 3VQ8A 4B9SA 4CF8A 4CHPA 1WSJA 4HUEA 2YNHA 4CEQA 3SQ4A 3HYFA 4CFDA 1C0TA 4RW4A 2IAJA 3QEVA 3RMBA 4FJJA 3NF7A 1YT3A 1ASUA 4KV8A 4AHVA 3SPYA 2F8TA 3LP2A 3DYAA 1BIUA 3M8QA 4JS4A 1U48A 4CEBA 1B92A 3DRRA 3U3YA 3JSMA 1BCMA 2DFFA 2BE2A 3NE6A 5DMRA 4W5RA 3AVAA 3O4NA 5FROA 3BDPA 1SL0A 1HYSA 2XRIA 4I9LA 3ZCMA 4HCBA 2GBZA 3LALA 5KRSA 1ZBUA 2HW3A 3VQ9A 4J2EA 2D5RA 1UA0A 2O4GA 3ULDA 4CEOA 4B8CA 3AO5A 3HJFA 1IO2A 1SKWA 4KTZA 5EU7A 3ISNC 4DS5A 2IDOA 1RTIA 2VG6A 4FLZA 1U49A 3RMCA 1KFSA 3SPZA 2Y1IA 4I2QA 1TKDA 3SUNA 3KK1A 3OY9A 3K5NA 3DLBA 4LD0A 4H4OA 1X9MA 4FJ5A 3NF9A 1NK4A 3OYBA 3L3VA 3SQ2A 4DLGA 3MEDA 4DSFA 4KHSA 3IRXA 1S5JA 3CM6A 2YV0X 3NF8A 3P83D 4E3SA 1UA1A 4B9UA 2KZZA 4DTPA 3DOLA 2E6MA 2KFNA 4CJFA 4FJLA 4GW6A 3V9XA 1C6VA 2DFEA 3QEPA 4DF8A 3QINA 3V4IA 4FJ8A 4Z4IA 2HVHA 1BI4B 1RT2A 1D8YA 2ETJA 1LWCA 3HVRA 3NGYA 1HQEA 3SQ0A 2XY6A 1ASVA 1SKSA 2O4IA 1NOZA 1EX4A 1QS4A 1BL3A 1KVCA 2E6LA 3NBPA 4FW1A 1C0MA 4WE1A 1J53A 4CHYA 4KB1A 3OS1A 4FLXA 4CJ4A 2HMIA 3ZT2A 1HYZA 3ZSRA 4E89A 2D0AA 3LAKA 2Q3SA 2XY7A 1RILA 2JGUA 2D0CA 2YHBA 1ZYQA 4N56A 4DS4A 1S9GA 3OYLA 3HK2A 1JKHA 3LAMA 4Z4FA 3S9HA 3VN5A 3K5LA 4B9TA 4M3RA 3AVKA 3SJJA 2KQ2A 3AO4A 2VWJA 4Z4GA 4MFBA 3V81A 1Z25A 1TKXA 3NGZA 3AA3A 3O4QA 1D9FA 4M3UA 3TWHA 1WSFA 4DTNA 1SL1A 4W5TA 2PZSA 4HUGA 1TAUA 3DLEA 3M8PA 4CF2A 4AHSA 4CHNA 1T7PA 3NGIA 5HLFA 1NK6A 1LW0A 3KLEA 4F8RA 4R5PA 4NCBA 2KZMA 2F8SA 4DMNA 2WOMA 3C6TA 3FFIA 4NCAA 1JLQA 4Q5VA 1JLBA 2KW4A 4B08A 1RBVA 4H4MA 4DG1A 5JS2A 1ZBLA 1IKXA 3PX6A 1FKPA 2ZD1A 4RW9A 5SWMA 4W5OA 1VSKA 3DI6A 4NCGA 3D0PA 3VQDA 3U3GA 2ZQBA 2Z1GA 4CHZA 3CYMA 4B9NA 2PYLA 4M45A 4J2BA 4CIFA 1NK8A 5FRNA 3BGRA 3K5MA 5FRMA 1TK8A 4CGJA 5HP1A 2BANA 4AHRA 4CGDA 3LP3A 2R7YA 3AVGA 5JS1A 1TGOA 2YNFA 4ID5A 3KLGA 4J2AA 4QOZB 1B9FA 4FYDA 4LH5A 1HNIA 3SV4A 3KKSA 3SI6A 1WAJA 3CFPA 4OGCA 4DTOA 3I0RA 5D3GA 1RDCA 4CJVA 1T05A 4DQQA 3C94A 2IC3A 4AILC 2PY5A 4FM2A 3DLKA 4KHNA 3CG7A 5HROA 3EZ5A 3QNOA 4ELTA 3L2WA 1KTQA 1BQNA 1NJWA 4K8ZA 1RBSA 3MXMA 3OYCA 3PV8A 3LDSA 2AJQA 3OYGA 4PWDA 1EXQA 4FXDA 4UQGA 1RNHA 3HP9A 3QIPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z1JA 4LF5K 1L3SA 1XQSC 5K14A 1BUPA 4BQLA 4E7LA 3DRSA 1HNZK 3HL8A 1VRTA 4A59A 4Z4HA 3P38A 4BRQA 4DSEA 4FJHA 2A5XA 4IBNA 1WBDA 3KIOA 4EZ9A 2OA8A 5J2MA 1HPZA 3V1OA 4CEAA 1EQYA 4F3OA 2ASMA 3ID6A 1EWQA 3KLHA 1KSPA 4FJMA 5KI6A 5LJVA 1BO5O 3MEEA 1RBTA 3CC2N 4DSKA 1K8KA 3IAYA 2P5OA 4DWIA 2X6NA 3V6DA 4X62K 1VQ8N 3RRGA 3DLHA 1N6QA 4JRQA 3SJHA 4C8KA 3D7EO 2GWKA 2YI1A 3MCPA 4J8FA 1HJOA 4B8AB 4H0VB 4RW7A 3IDHA 4F4KA 4BVPA 2G8UA 2FF6A 3WNEA 4Z4CA 1L3TA 1T03A 5T7BA 1NU0A 4DQ8A 3OYDA 4E0DA 1TYQB 3DWLA 3C6AA 2ITGA 3HPHA 2G8WA 5F0XA 2W6LA 3A5MC 3O1WA 3FZHA 1HJRA 4DV4K 3PY8A 4DR2K 2XY5A 4I9QA 1LV5A 1X9WA 1WSIA 2YHXA 1HNVA 2ZWHA 4JKGA 3L2RA 3L3UA 1IG9A 3ZSXA 3BY5A 3M5RA 3BZCA 5BPNA 2HBLA 2Q0UA 1MWMA 4A57A 1KAZA 2B5JA 4A2BA 1JLFA 3ENBA 1W97L 2BTFA 4FWRA 3OYEA 5BR8K 3ASMA 4PKIA 4BGAA 3O9TA 1GOBA 1Q86O 3O3HA 4CZMA 3LPUA 5JMVA 2WC9A 1OH6A 1VK0A 2DTUA 4GV6A 3THYA 4DFKA 2CH5A 2QK9A 4PL8A 3LZIA 4QAGA 4JKHA 3RMDA 3MN6A 1HKBA 3CQ8A 3T7ZA 3R9PA 4FO0A 4HTUA 3U6FA 1GLFO 2O8FA 2RHKA 4BDZA 1TL3A 4DFMA 2P9UB 3C6UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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