4LH5A

Dual inhibition of hiv-1 replication by integrase-ledgf allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
152
structure length
129
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 43
structure length 129
sequence length 152
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4lh5A00
2YV0X 4JS5A 3P5JA 1L3VA 1XHZA 3OYAA 4DMNA 4FZXC 4J2DA 4Q0BA 2AJQA 3F9KA 3VQPA 1I39A 3CFOA 4R5PA 4CESA 3KLIA 3OYIA 4DU3A 3O3GA 3PY8A 2Y1JA 5C42A 3DLGA 4H4MA 5KRTA 3EYZA 3K59A 4DFJA 2DTUA 4CECA 1LW2A 4RG8A 1HYZA 4BWMA 4M3ZA 5JS2A 5FRMA 2HHTA 1C6VA 1CZ9A 3ZSQA 3OYGA 2XY7A 4GW6A 1S1XA 4KB0A 1VSMA 1GOAA 3L3UA 1ZBIA 2A1SA 2EX3A 3AVHA 3QEWA 1J9AA 4OPKA 4B9UA 3PV8A 3SPZA 3DLRA 1EETA 1ZBFA 1IKXA 1C1CA 2P51A 1SKSA 2FC0A 4CEQA 3VQ7A 4CJ5A 1TL3A 4KHYA 4Z0UA 4FLWA 2GUIA 1LWFA 1R0AA 4F2SA 1RDCA 4Y1CA 3ZT4A 4KTZA 3PO4A 1CZBA 2F8SA 1J5OA 4N56A 1TGOA 4PY5A 3SV3A 2GBZA 4CJLA 3RR8A 1GOCA 3VQ5A 2R7YA 1B9FA 2YNHA 3TI0A 1C0UA 1IKWA 3V9ZA 3QERA 4JLHA 2XHBA 1TVRA 4CGHA 4LY7A 2DFFA 5FROA 4FJ5A 1VSJA 4IG0A 2I5JA 4DF8A 4OVLA 3VQBA 3M8QA 3OYHA 3ZSOA 4M3TA 5JS1A 1EKEA 1NJZA 3NF7A 3VQAA 3RTVA 3QEIA 2F96A 4N47A 3OYJA 4ID5A 4E1NA 4FM2A 1NOYA 4DTXA 3AV9A 2X6SA 4BDYA 3ZT2A 3I0SA 3SQ4A 4DWIA 1KLNA 1NKEA 4ICLA 3VQ4A 3K5NA 1ASVA 3BDPA 3RMCA 1KRPA 1U04A 2D5RA 1Y97A 3M8RA 1HNIA 1VSDA 5EU7A 4DSEA 3HT3A 4DF4A 3V81A 2BDPA 2YNIA 4CEBA 3PX4A 1UA1A 5J2QA 2O4GA 1BI4A 4RW6A 1NK8A 3T19A 3KK1A 3D0PA 4DS4A 4LSNA 4CJRA 3NDKA 3V9SA 3LZJA 4FJMA 3MEDA 1JLAA 1WSFA 1IKVA 1WSEA 3CYMA 4IDKA 4CK3A 2DY4A 2W42A 3VQCA 3DM2A 4CEFA 4LH5A 4CJFA 3DRPA 3AVBA 4B9TA 4FJNA 3ULDA 1RBUA 1WSGA 3QIPA 2KFNA 3TABA 4KREA 5HBMA 2X78A 3QETA 4I9LA 1UAXA 1ZBLA 3DYAA 4N76A 4F2RA 4DLGA 4K8XA 1U47A 3HVRA 4NCBA 2VG6A 3HK2A 3AO2A 4M3UA 1JLBA 3ASMA 3DMJA 1S1TA 3ITHA 2BE2A 1L5UA 4PA1A 4PQUA 4F8RA 2Z1IA 3D45A 1LWCA 2Y1IA 1RT7A 4FM0A 3T3FA 3TAGA 4FJXA 3CFPA 4OPJA 1WAJA 4J2BA 2FBYA 3LWMA 4DG1A 4FLVA 1RT6A 3OYKA 1XC9A 3AO3A 2G8WA 3VQDA 1RDBA 1TKZA 1X1PA 4HVJA 1YVUA 4KHUA 4KRFA 4FJ9A 1Q9XA 1D9FA 3TAPA 3AO1A 4Z4IA 3NCIA 3UIQA 3QO9A 3SZ2A 2WOMA 1KSPA 1RT1A 4FLXA 4DTJA 3V1RA 4DQIA 4DU4A 3WNHA 4DFKA 2E6LA 4E19A 2RF2A 1J53A 2ZD1A 1S1WA 2LSNA 3CM5A 4IG3A 3OYCA 1SKWA 4FZZA 1F21A 4CHQA 5SWMA 3V9UA 1WSHA 1BHLA 1T7PA 2PZSA 4O5BA 1JKHA 3ZSYA 3SUPA 3KD5E 3NHGA 2YNGA 4E3SA 1LAVA 3FFIA 4FW1A 4C8NA 1DTTA 4AHVA 3VQQA 3BGRA 4FVMA 4EP4A 3SV4A 3V4IA 1JLEA 1KTQA 2Z1HA 4M3WA 3SJJA 2BANA 1BIUA 5HP1A 4NYFA 4CJWA 4CF8A 4CIGA 1HRHA 3LP2A 4O0JA 4M42A 4FJIA 5J2MA 1S1UA 3QEPA 3ZT0A 2HMIA 4CHOA 4ZTFA 1Z26A 4RW8A 4DS5A 5FRNA 4B9MA 2HHVA 4M3YA 3S3MA 4BDPA 1REVA 2B5JA 4CGJA 3KKSA 4CK2A 1VSEA 3MXMA 3LP1A 4CFDA 2D0CA 3NBPA 1TKTA 3G0ZA 4FLYA 4FCYA 4C8OA 3L2VA 1RT4A 3NGYA 5KTQA 3HP9A 1RCHA 3SYZA 2G8HA 3ZSVA 1X9SA 1BISA 3KK3A 2IDOA 3P83D 4DQQA 4CCHA 4KI6A 3SPYA 3M8PA 5C24A 1A5WA 2KFZA 3JYTA 2RKIA 4CJ4A 2XO7A 3SUQA 2FBXA 4F4KA 1L3SA 1T05A 4BE1A 3V9WA 1B92A 4I9QA 1A5VA 1IO2A 2B6AA 1RT2A 3DOKA 4CFBA 4KTQA 5HRSA 5CYMA 4EZ9A 4CHYA 1D5AA 1TKXA 2Q3SA 3KIOA 4OKEA 5DMRA 3OYBA 3QNNA 4KTWA 2G8KA 4W5QA 1FK9A 1VSKA 1FKOA 2HVHA 4OKJA 3DRSA 3LWLA 3SNNA 4DSKA 3QLHA 5CYQA 2IAJA 4CJQA 5HLFA 3CM6A 3VA0A 4CJPA 2PYJA 3WNEA 1RDAA 3AVLA 3SQ0A 5K14A 3I8DA 1BL3A 3AO4A 3S9HA 3K5LA 1VSFA 3HPOA 1WLJA 3HPHA 4E1MA 2ITGA 4HTUA 4EZ6A 4J2EA 4CEOA 4E7KA 4B9NA 3LDSA 4AILC 3AA2A 3S3NA 3V6DA 1Z25A 1DTQA 4Z4GA 2O4IA 4M41A 2G8VA 4B9SA 1VK0A 3C6TA 4FJHA 5I3UA 4PWDA 1JLGA 1JLCA 3OS2A 1NJWA 1VSLA 4B08A 1B9DA 3NH1A 1WSJA 1HMVA 4OGEA 4NCAA 1S1VA 2D0BA 5HRRA 4FLZA 3L3VA 2F8TA 3HO1A 3NAEA 3QIOA 1A5XA 3ZT3A 3HM9A 1TL1A 1KCFA 1RNHA 2XY6A 5D3GA 3DRRA 2OPRA 1T03A 2OPPA 4L8RB 3NH2A 3LAMA 1JLQA 3U3GA 3E01A 3S3OA 3IAYA 2ZQBA 1BCMA 4O4GA 4RW4A 4FJGA 3KLFA 2ETJA 3ZSRA 4KHNA 4AHUA 1KVAA 1JL1A 5KGWA 3OJSA 4W5NA 1S5JA 4LD0A 1SL2A 4KV8A 4KHQA 3QEVA 4CF9A 2Z1JA 4FJ8A 3M8SA 4CEDA 4CJUA 2KW4A 3VA3A 4KAZA 1RBTA 4FK2A 4OGCA 4KB1A 1QSYA 4KKOA 4IKFA 4FM1A 1UOCA 4DQRA 2G8FA 4CIEA 4CERA 3LPUA 3MXJA 4DLEA 5KGXA 4QOZB 4CJKA 4OKKA 3TAEA 3L2QA 4KHSA 1KVBA 3U6FA 1SL1A 3TR8A 4N5SA 5J2NA 4CGDA 2YHAA 2PYLA 2HNDA 1L3TA 1NKBA 4F3OA 4AHRA 1NK6A 1TAUA 4IFYA 3VQ9A 2IS3A 2BGGA 4ELTA 1D9DA 3NF8A 3L2WA 4JS4A 3HL8A 1TV6A 2GV9A 5HRNA 4JRPA 4YFUA 4O55A 4AHSA 3HP6A 4FK0A 1S9GA 4CHNA 2PY5A 4FLUA 2OPSA 3DOLA 1TK8A 1FKPA 3KKRA 4EP5A 4ZTJA 4M3RA 4CF1A 4CJTA 2YKMA 3V1OA 1W0HA 1LAWA 3C95A 5T7BA 4CGIA 4DU1A 1C0MA 1EXQA 1HJRA 1LW0A 4B8CA 3ZSZA 3RMDA 1BGXT 1EX4A 4E7IA 3DLBA 1ZBHA 1WSIA 4BE2A 2XRIA 3LAKA 3ZSXA 1XI1A 1IG9A 1ASWA 4WE1A 4E7HA 1NJYA 4W5TA 3B6PA 3AVNA 4Z4HA 3PX0A 4OLBA 2KQ2A 3LANA 1BCOA 3LZIA 4KHWA 5SZTA 4CEAA 4FLTA 1NJXA 4CGGA 3HPGA 1HQEA 1ZBUA 3NE6A 3SQ1A 3HYFA 3PX6A 3L2UA 4E7LA 4ZHRA 2HW3A 3RWUA 4HCBA 2RPIA 3KTQA 3OY9A 1C0TA 1W9HA 4FYDA 3V1QA 5J1EA 3NH0A 1RBVA 4DTSA 2HHWA 3OJUA 1RBRA 1KVCA 2G8UA 3TAQA 2HHQA 3O4NA 4CF2A 3OVNA 4I7FA 1TAQA 4K8ZA 2DFHA 3SI6A 3LALA 3MEGA 4XIUA 2QKKA 4E7JA 2OZSA 5CY4A 3IG1A 3AA5X 5CZ2A 3NF6A 4DSFA 1Q8IA 2WONA 4Q5VA 1UA0A 4BE0A 4DFPA 4QCLA 3SQ2A 2P5OA 1U48A 4MQ3A 4CHPA 5I42A 2E4LA 1RTHA 3ISNC 4MFBA 4KPYA 1QQCA 1YTAA 4B8AB 2QK9A 3QINA 1UWBA 1WN7A 3C94A 3LPTA 3OYMA 3LP0A 3QEXA 1N6QA 4DSJA 3OYLA 2G8IA 1RDDA 4CEZA 4Z4EA 2D0AA 3RMAA 1RTIA 3EZ5A 4JRQA 4C8MA 4W5OA 3MAQA 4M3XA 3NFAA 4H8KA 2HNZA 4BWJA 1JLFA 1WAFA 3AVFA 4GVMA 4CJSA 4FK4A 4DTUA 3U3YA 1YTUA 4CFCA 2X6NA 1IKYA 4CHZA 1KLMA 4ELUA 3HVTA 4RW9A 4I2QA 2XY8A 3MECA 4J2AA 4CFAA 3NGZA 3PO5A 1Q9YA 4HUGA 3OYFA 3IRXA 3EY1A 2YKNA 1KFSA 3AO5A 1NOZA 3SUOA 2A1RA 1QTMA 1QSLA 4CE9A 5C25A 5KI6A 4HUFA 2EHGA 4LSLA 3KLEA 1BIZA 3T1AA 3KK2A 2X74A 2HVIA 1VSIA 3VQ8A 3OYEA 3AA4A 3RRGA 3CQ8A 1TKDA 1BQNA 3DI6A 4H4OA 3KD1E 4G1QA 4DSLA 3DLEA 3AA3A 4IFVA 2ATQA 3AVAA 3L2RA 4DQSA 3THVA 4DTRA 2DFEA 2VWJA 3ALYA 2HB5A 1FXXA 2OPQA 4DTNA 4YNQA 3AVCA 2B4JA 2E6MA 1J54A 4AHTA 1C1AA 1NK5A 3G10A 4F3TA 2VWKA 3IS9A 4TSXA 1HNVA 2XY5A 4CK1A 2YHBA 3K57A 4FJJA 1QS4A 4CGFA 1S6PA 2RN2A 2JLEA 4E89A 4DQPA 1HPZA 4ELVA 2KTQA 2VG7A 2HNYA 3HSTB 5CZ1A 3P1GA 4OLAA 3OYDA 4E0DA 1G15A 1S6QA 1SUQA 1VSHA 3ZSWA 3AVMA 3LP3A 3I0RA 4FW2A 1I3AA 1BI4B 3SCXA 3CG7A 3C6UA 3JSMA 3TARA 3TAMA 4ID1A 4DTPA 3OS1A 4FJLA 3HXMA 2QXFA 1SL0A 1JL2A 4KO0A 1EP4A 3OYNA 1MU2A 1QHTA 1D8YA 4GMJB 1QE1A 1XHXA 3H08A 2IGIA 3AVKA 1U45A 3AVIA 1LV5A 4BACA 4AH9A 3DLHA 1TK5A 1X9WA 3NF9A 4RW7A 2OZMA 2HHSA 4CJEA 1RT3A 3VQEA 3DLKA 3RR7A 2VG5A 1KFDA 1RTDA 1XWLA 2IC3A 4FJKA 3HJFA 3TAFA 2HHXA 1RBSA 3MXIA 1DLOA 4DTOA 4Z4CA 3MEEA 1RTJA 1L3UA 3O3HA 2HHUA 4NCGA 3KLHA 5HRPA 3ZT1A 3F73A 4C8KA 3AVJA 3AVGA 4DFMA 3RMBA 1N5YA 3OS0A 1O1WA 4O44A 2IOCA 1VRTA 4HHTA 1NK9A 1U49A 4B9VA 2JGUA 2ZE2A 4CIFA 2NUBA 3VN5A 2YNFA 5FDLA 4BDZA 1NKCA 3WNGA 1JXBA 2FBTA 4DTMA 3B6OA 5KRSA 1LWEA 1CXQA 3QNOA 2OA8A 1JXEA 3K5MA 4CJ3A 1U4BA 1C1BA 3SUNA 4Z4FA 1HYVA 4QAGA 4FZYA 1RT5A 1YT3A 4Y1DA 4UQGA 3NGIA 4LH4A 3O4QA 4DSIA 4IBNA 4FXDA 1HYSA 4HCCA 4C8LA 1NK7A 1HQUA 5HROA 4OJRA 3RRHA 1ITGA 1NK4A 3V9XA 4NYNA 3ZCMA 3KJVA 1WNSA 1BQMA 3PUFA 4KFBA 2OYQA 2KZZA 1ASUA 4CF0A 1TK0A 3K58A 1NK0A 1GOBA 1SV5A 4M45A 4CEEA 3O3FA 1CXUA 4N41A 3L8BA 2P5GA 4CJVA 1QSSA 3TANA 2KZMA 1CLQA 1VRUA 1K6YA 4B9LA 2Z1GA 4I2PA 4AHCA 1RILA 1S9EA 5DK5A 3CFRA 5E41A 1X9MA 3TWHA 3WNFA 1SKRA 1T8EA 4PUOA 3K5OA 1ZYQA 5J2PA 4B3OA 2QKBA 3K2PA 3KLGA 4KI4A 1IH7A 4HUEA 2P1JA 3A2FA 4W5RA 4FJ7A 3VQ6A 4O0IA 2FBVA 3QESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EOYA 3K9JA 3O8MA 5AQLA 5C2FA 1XHZA 1L3VA 4J2DA 2AJQA 1GLLO 3CMAN 4K43A 4DU3A 4E1JA 3CJCA 3DLGA 2NRWA 2WTUA 4RG8A 2UUBK 3JXUA 1CZ9A 2NRRA 1EQYA 1VSMA 3L3UA 1J9AA 4OPKA 3PV8A 1Q82O 1EETA 1ZBFA 1IKXA 1C1CA 4BRCA 3VF4A 2ZGYA 4OX9K 4KTZA 2NRXA 2F8SA 3SV3A 4NLCA 2R7YA 1B9FA 3CHWA 1C0UA 4B3RK 3V9ZA 4PL7A 3QERA 4JK9A 4YOWA 4CGHA 4LY7A 3SMSA 3CPEA 5FROA 3VQBA 3M8QA 3D2EB 1NJZA 3VQAA 3VEWA 4RTFD 2UUAK 3AV9A 3W0LA 3ZT2A 4G9ZA 3VPZA 1ASVA 4F3OA 1KRPA 1ZBIA 1HKCA 4B9SA 3HT3A 4CEBA 5AR0A 5KPTA 4Z94A 4IDKA 4JV5K 2OCEA 3TTFA 2W42A 4CJFA 1QZ5A 3AVBA 3UKUA 1WSGA 1VQ5N 1Z6RA 3TABA 2YCHA 5LJVA 3QETA 5MLCQ 3FFKB 3U9ZA 4M3UA 2F4VK 4F9OA 4KH5A 2V7ZA 4F8RA 1NGHA 2Y1IA 5M1OA 2VGMA 4DG1A 1RT6A 3OYKA 3VQDA 4CVNE 4JI5K 1P8ZA 3HTVA 4B1UB 4FJ9A 4OPAA 2HBKA 1Q9XA 1D9FA 4JAXA 1NJIO 3NCIA 3UIQA 3QO9A 4CBXA 2UYTA 3WNHA 2E6LA 4ISGA 2LSNA 5CR4A 4DUYK 1T7PA 3ZSYA 3SUPA 4LFBK 3KD5E 2YNGA 4E3SA 1RDUA 1IV0A 3ZEUA 5BN9A 2QEXN 2I7PA 3VTHA 5JVGL 3SJJA 4BQZA 2BANA 4CIGA 3LP2A 4O0JA 1T6CA 4ZTFA 4DS5A 5FRNA 4B9MA 3EL2A 2A3ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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