4LQ5A

Crystal structure of ligand binding domain of cysb, a lysr member from salmonella typhimurium lt2 in complex with effector ligand, o-acetylserine at 2.8a
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
b'EHTWPDKGSLYIATTHTQARYALPGVIKGFIERYPRVSLHMHQGSPTQIAEAVSKGNADFAIATEALHLYDDLVMLPCYHWNRSIVVTPDHPLAATSSVTIEALAQYPLVTYTFGFTGRSELDTAFNRAGLTPRIVFTATDADVIKTYVRLGLGVGVIASMAVDPLADPDLVRIDAHDIFSHSTTKIGFRRSTFLRSYMYDFIQRFAPHLTRDVVDTAVALRSNEEIEAMFQDIKLPEK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title rystal structure of ligand binding domain of CysB, a LysR member from Salmonella typhimurium LT2 in complex with effector ligand, O-acetylserine at 2.8A
rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator CysB
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule tags Gene regulation
total genus 51
structure length 239
sequence length 239
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lq5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4lq5A02
4BDOA 4JB7A 4P11A 2THIA 3U92A 2QPQA 2RCAA 3PMVA 5TPAA 5A5XA 2B3BA 3DELB 4NE4A 4QRZA 3OEKA 3OXNA 1M5FA 4IO2A 3E9XA 2V93A 5I58B 1XOCA 4R6HA 2XXRA 3TQLA 4DZ1A 3BFTA 1NNFA 4DCYA 4GXSB 2PYYA 4MFIA 3SERA 3RNNA 3KGCA 4K3FA 3S9EA 3W15C 2Z22A 5JTYA 4OEUA 1ATGA 3C35A 3RT8A 5KDTA 1POY1 1B0LA 4MLQA 3O97A 1MM6A 2A5SA 2O69A 4X1BA 1MQGA 5CBRA 2VD3A 3K1NA 1AH5A 2A5TA 3TMGA 4ESWA 1SVXB 5JEIA 1EZOA 3G3HA 5LOMA 4IGRA 1JVXA 3OSQA 1M5BA 3TEPA 3SEVA 4M1VA 3S9NC 4QSCA 3R26A 4G68B 4Z7EA 3K02A 3PPQA 4TLMB 5TP9B 5CC2A 3OO7A 1R9QA 4X48A 1B5HA 5I59A 1LGBC 3FV1A 4YU0A 1O7TA 3FXRA 4R6YA 1B1XA 3MBPA 3FXUA 4NEDA 2W7YA 2O51A 1B5IA 1Y4TA 4H1XA 3FUZA 2AIXA 3D4GA 1QULA 3TQWA 4FIMA 2GHAA 3H06B 4IO3A 1BTJA 5CMCA 4EXKA 2NWJA 4OESA 3TZAA 3H4ZA 1PB7A 1SDXA 2CZLA 2PT2A 3PV0E 1A40A 2F97A 2B65A 1Y4CA 2HAUA 1IXGA 1B52A 4ZS9A 5I56B 1PB9A 1B1HA 1FQCA 4TQUQ 1EZ9A 4BDQA 1N84A 1VSOA 2QL3A 1FTJA 1WODA 1HSJA 1IXCA 1M5DA 4EQ7A 1IXHA 3OENA 2H4IA 3T9HB 1SYHA 4C1TA 3KJTA 5TPAB 2WKYA 1UTHB 3CG3A 2Y84A 3Q29A 3B6WA 3N94A 3CFZA 4C1UA 4OEVA 4RPNA 4G8MA 2XXXA 1B4ZA 2M8CA 2OLBA 4OFOA 1B5JA 3WAFA 4KFQA 5B70A 3TFLA 1H44A 3U8QA 3IR1A 1BP5A 1YTVA 3PMXA 4LP2B 4OHNA 1QUKA 5JTYB 4Q5TA 2DSFA 1FTMA 4ZEFA 1DOTA 5KDTB 1LAHE 1ZMGA 1DTGA 1EU8A 2O6AA 5KCJA 2Y7IA 4IO5A 5AA3A 2QSXA 3UORA 3QIMA 2REGA 3FVGA 2XXTA 4M4GA 4N13A 2PVUA 4F3SA 3MC2A 3U72A 3ILUB 3EHTA 1II5A 1MXYA 4G2ZA 3UIFA 3M3FA 3F11A 2F34A 2QS3A 3OOAA 2H98A 2H5YA 2YLNA 5AE4A 4YKKA 1N7WA 1MDP1 1B6HA 4AQ4A 2LAOA 4RK2A 1R9LA 3C36A 3K1MA 3T22A 5I59B 4GD5A 1Y1ZA 1URGA 3G3FA 1H3DA 3O6HA 1Y3NA 2ZYNA 2ZNUA 5H8SA 3RY3A 2DYXA 4E0WA 1NKXA 1RYOA 3CI8A 1ANFA 3ZKKA 4ZZEA 4R74A 4F29A 3IJOB 5FHOA 2I3WA 3HSTA 5IAIA 1SI0A 3B6TA 4ZE8A 4GIZA 2ZXTA 2I58A 3MJNA 4IGTA 2GFEA 3HN0A 4G68C 3T9XB 3IO4A 3FJ7A 5H8NA 4G8NA 4JWOA 3SEYA 2F35A 4YKIA 4UA8A 1ELJA 1T0KA 3FASA 4LZ8A 3WAEA 4DXCA 3Q28A 3RTWB 3PMWA 4U1OA 1DPPA 4RXLA 4KCCA 4HCYA 3KFMA 3V5AA 1QVSA 1LCTA 2Q88A 5DVJA 2OCUA 4KI0E 3PUWE 1SW5A 4NF4A 3SESA 2O84X 4GL0A 1MPBA 3MP1A 4E0XA 5EHSA 4IO6A 3EF7A 4ZDMA 4DXUA 2QMXA 3OEMA 5CMMA 3L6GA 2AYSA 3MVYA 3IK6B 1D9VA 4R73A 3V8XB 3W9VA 1VR5A 2BJJX 2CMOA 5L9MA 4NMYA 1PEBA 2ALUA 4R9GA 3CFXA 4GOTA 4H8IA 4EDPA 1FQFA 2DXYA 4TLLB 5FTHA 4R6KA 2UVGA 4R2FA 3S9MC 4NWDA 1R1NA 1PC3A 4ESXA 1GR2A 1ZIUA 2D3IA 3VLVA 5KCJB 1CE2A 4U4XA 1N7XA 4IY6A 1OVTA 3K6XA 2DOJA 5L8DA 4FEBA 1ZLQA 3GBBA 4LZ7A 3MP8A 1XHYA 4ZE9A 4HTGA 2F7BA 2ANJA 1NFTA 3TYHA 3MVZA 1MM7A 5CMBA 5B7DA 4IB2A 1SI1A 3HHGA 3SETA 4YB7A 1POTA 4RK9A 2UVHA 4YKJA 1SD3A 4LVQA 4LZ5A 2DWJA 2QS2A 1MPDA 5H8FA 4YMBA 4ONYA 2Z8FA 3O6GA 1P1NA 2XXPA 2I0BA 4JXIA 3A09A 2REJA 3UGWA 2Y7WA 4QFPA 1B32A 3GBAA 4O3CA 2HZKA 2UYFA 3FJMA 1NNTA 1OIBA 4OTEA 1B3HA 4ELPA 3P7IA 2D21A 3PGFA 1H43A 3H6UA 3C9HA 4O3AA 4OFLA 3TODA 3O6IA 1USYH 3N5LA 1B40A 1YPNA 4F2QA 1MY4A 5DVFA 2XXIA 2HXWA 4JWYA 2F36A 4YKPA 3C31A 1B7ZA 1US5A 1M5CA 4P0IA 1ZBMA 4H67A 5CMKA 1N3WA 3T93B 3ODBA 3RLFE 1MPCA 3RPWA 1AOVA 3PPOA 5DEXA 4YB5A 3VVEA 4KQPA 4G8HA 5ICQA 1OVBA 3AXFA 3FVNA 4NF4B 3KEIA 4EQBA 3VV5A 3LSLA 3A3CA 1IXIA 1BIYA 3KSXA 1P1UA 1XVXA 2P2AA 2ONRA 4ZZAA 1O63A 1Y1MA 5I2KB 3U94A 3DM0A 1N76A 2XXUA 1SW1A 3H7MA 4U4SA 4KR5A 2R6GE 5H8HB 5FHNA 3IB0A 3SEUA 3MZ9A 2XD3A 3CSBA 4H6DA 1VFEA 3IOWA 3TTLA 4ZEDA 4BDRA 2O68A 4F3BA 4N07A 2F78A 1B3EA 4PQJA 4GLIA 4OENA 3I6VA 1URDA 1SQYA 1JETA 1MXZA 4FJPA 1QKBA 3IAZA 3V89B 2O7UA 5TU0A 4QFOA 1OQHA 3H6VA 3FIRA 5H8QA 4OYVA 3K4UA 5AA4A 1FQBA 3KN3A 1NNPA 4QSEA 4F31B 2GH9A 4R9FA 1VE4A 2UVJA 3ONMA 4ZEIA 1UIVA 4I62A 3IOTA 3Q25A 4GWOA 4DE8A 3U1OA 2V3UA 1MDQA 5H8FB 1A55A 2O1LA 2XXHA 3N6UA 3THIA 2DWHA 1IEJA 2D5WA 3S9LC 2P1SA 3QK6A 3N6TA 4OXVA 4C0RA 4KHZE 1MXUA 3ECRA 5A5XB 3O2AA 4WEPA 4RJZA 3TCGA 1KWHA 3L6HA 4L17A 4JSOA 5I2NA 1B7UA 4EQ9A 4LQ2A 1UTBA 4F1VA 4OQOA 3OO6A 5M2VA 1BKAA 1D4NA 2HAVA 1TT1A 2HEUA 3U93A 2Q89A 2OZZA 2NUVA 1H76A 4GF8A 1Y3QA 3ZSFA 1FQDA 3PUZE 4IO4A 2GRVA 5CM6A 1B4HA 2QS1A 4F3PA 1PBQA 4KYSA 4PFYA 4X1DA 5FHMA 3FGSA 1SW4A 4XKNA 1JEUA 4F3GA 3TTMA 2YJPA 4X9TA 1FCKA 2I49A 4QF9A 4EF2A 1QKAA 3RUMA 5ITOA 3IJXB 1WVJA 5I57A 2A5TB 4XIGQ 3TTRA 3UN6A 3SEWA 3V83A 1IUDA 5IKBA 2QS4A 1ZKBA 1GTKA 5HBCA 3EPEA 1SW2A 5L9SA 4MH5A 2RC8A 3SKPA 2Z8DA 3RTFB 3H6TA 1RKMA 1LB9A 2R71A 4MLVA 3C33A 2I4BA 5F7VA 1FW0A 4GXAA 4POXA 1LFHA 4QHQA 5ELVA 1TXFA 1FTLA 1S50A 3TUSA 2V3QA 3EHUA 1XVYA 2ESNA 1B51A 4MF3A 4LATA 2RC7A 2DWAA 4PETA 3DP4A 1OLAA 5AA2D 1TWYA 1ZJLA 4OZ9A 1B2HA 3K6WA 2RINA 5CI5A 1D9YA 2YPNA 2B3FA 4MBPA 1IZ1A 4I9DA 5F1QA 2FA7A 5H8QB 2DE4A 1MXWA 3VLWA 5AA4B 2DE3A 2V25A 3C34A 1MQIA 3MVXA 1LAFE 3GLBA 3MAMA 3OSRA 4PFTA 4JDFA 1A99A 5KZTA 3RN8A 1GVCA 4ECFA 4NF6A 3HHFA 4OERA 5I58A 3KOTA 2H9BA 3FZVA 3UK4A 2NXOA 2ABHA 3QXMA 3Q27A 3IOVA 4DCXA 3UP9A 3G3JA 1MQHA 1B9JA 2Q2CA 5AA2A 2I4CA 4PFWA 2VP1A 1A8FA 4HCWA 2AL4A 3O66A 1MQJA 4IO7A 3PD8A 4PP0A 1PBPA 3IB2A 3LBSA 4Q8RA 4RYAA 2Q2AA 4DLDA 2Y7PA 1B3LA 1QUIA 4F18A 3FD3A 2VD2A 3PUXE 4Q0CA 3H3GA 4H5GA 3FVOA 1A7LA 4NWCA 2UYEA 1P1QA 5HPQA 3A3UA 3EQ1A 3M3LA 2G29A 3ILTB 3CG1A 1H45A 2XXWA 2OWTA 1P99A 2ZNSA 3K2DA 3MPLA 3E4RA 1Q35A 1LCFA 4FORA 1XS5A 2HQ0A 3Q26A 2XX7A 3DLNA 5ICTA 3T9UA 3MQ9A 3IL1B 4U23A 3I5OA 3K6VA 5DYHA 1N0TA 1QW0A 4N6PA 1USYE 4F39A 3TTNA 4G4PA 2AL5A 3KG2A 4GQOA 4QSDA 4NF8A 4WKMA 4R72A 5EYFA 2ZYKA 2R9JA 4OFJA 3T9VA 3JYRA 4JSDA 5HM4B 3FV2A 3MVWA 4KCDA 4R75A 5DT6A 1LAGE 4F22A 3MW0A 3GZGA 3TDJA 4IY5A 1UIUA 1DMBA 2GHBA 1Z7NE 2Z23A 3LUYA 2XXYA 4JBZA 1EH3A 5CBSA 4UACA 4H5FA 1FTOA 3CIJA 3H03A 5L9OA 3H6WA 2F6PA 3VFJA 4GVOA 1PB8A 5K2XA 3G7WA 5H8NB 2Q8JA 4LUBA 4BLAA 4QFKA 1UTHA 2PX1A 2X7QA 3OO9A 4TOZA 1NH8A 3K6UA 4NF6B 4ND9A 1IITA 1MH3A 2HZLA 5DVIA 4POWA 3G3KA 2Y7RA 4U22A 2HFBA 2O7IA 3M3KA 3T96B 3RGYA 3OD7A 3VDFA 5ISUA 4HS7A 3E3KA 3QAXA 3OMBA 1UQWA 3D4CA 2OK2A 3ZS6A 3USDA 3GXAA 1A54A 1LSTA 2XX9A 4U21A 3TCHA 5AA2B 4DDDA 1QUJA 3FJGA 3MPKA 1JW1A 1BLFA 1IQ7A 3K0VA 5BUUA 1MY3A 5AA1A 3O9PA 2DS9A 1MG1A 1QJMA 1B0HA 4I1DA 2PBWA 1N3XA 4P0GA 4LONB 1GV8A 3SDFA 4YICA 3MWBA 4EUOA 3PPNA 3PD9A 3PU5A 2QJEA 3FXQA 4EF1A 3R7XA 3K00A 1F9BA 1ZTYA 1GGGA 1TFDA 4OMBA 4FECA 2I6EA 3VXBA 4U2RA 1MRPA 2Y7KA 3PUYE 4HW8A 2X7PA 3M8UA 4YB6A 4OVJA 3S2VA 4NF8B 3BFUA 1B3FA 3KBRA 4DXBA 5BWJA 2IA4A 4DIGA 3I3VA 1I69A 1Z7ME 1SBPA 3G3GA 3KOSA 1MQDA 4F1YA 4THIA 4H65A 1EZPA 1AIVA 1I6QA 5J1DA 1DSNA 2ZYMA 2ONKE 2I3VA 3ZKLA 1Y3PA 3OELA 2OBGA 5EHMA 4R2BA 2VGQA 3N26A 2RCBA 4KYEA 2ZNTA 3DP6A 2F7CA 3CRBA 4Z0IA 4RPOA 2QMWA 4WEDA 1B05A 1YAEA 4KD5A 1SYIA 4ZEBA 3IORA 1LBCA 2G93A 4OWDA 4O3BA 1Y20A 2I48A 3HCQA 3HO7A 2XHDA 3FVKA 3QSLA 5ITPA 3MP6A 4Q30B 2H99A 3KZGA 2DP8A 1D3KA 5CRYA 1ZU0A 3K1PA 3C4MA 3EN3A 1B3GA 1J1NA 2P0SA 2FNCA 4AB6A 3TTKA 3LSXA 1N04A 5DEXB 1YCJA 2DVCA 2E1SA 4PE5B 1LFIA 1FTKA 2PT1A 1P1OA 4YZZA 4XKRA 4LQ5A 3RQTA 4GFRA 1OLCA 3SEXA 2RF1A 4XKQA 1HSEA 4QFLA 4H8JA 3O28A 3RT6B 1O64A 1NH7A 5JK4A 1FQAA 1CB6A 4EXLA 3VVFA 3C32A 1IIWA 1MXVA 4FEDA 3IO6A 3QUJA 2OJTA 3BBRA 3IOUA 1I6AA 1NNKA 2HCAA 4NF5A 2X26A 2OWSA 3TCFA 2RC9A 3VE1B 3T66A 1JQFA 2XX8A 3TAJA 4QFNA 4GL8A 4KPTA 3TELA 2XXQA 2DWIA 2XD2A 4XKPA 1MY1A 3KJ7A 1DTZA 1OQGA 1Y9UA 2O1MA 3BKIB 1A8EA 2I0CA 3MZ1A 1B58A 4ISUA 1DPEA 2ZYOA 4ELOA 4YMAA 2NOOA 1L5TA 2KLFA 1TFAA 1US4A 1S9TA 1URSA 2F8DA 4NTLA 4OETA 1LAXA 3B7DA 3K01A 4AB5A 4RA1A 4GRKA 3PUVE 2Q9TA 1XC1A 3QYTA 1P1WA 5DTBA 2PMSA 4F1UA 1B7HA 2H25A 1MS7A 4XTCQ 4BDLA 3QUFA 1JW4A 3IX1A 4BDNA 1MY2A 3LSWA 1FQEA 1LFGA 3E13X 3KN8A 1JNFA 1M5EA 2F5XA 1LLSA 4U1ZA 3CSGA 3W9WA 3IB1A 4F2OA 5I2NB 3B6QA 1UTBB 1I6BA 3MUQA 1LB8A 1AL3A 3UA8A 3DP8A 4ELRA 1JW5A 5I2KA 2DE2A 3MZBA 4ELQA 1HSLA 2ZMBA 4G68A 4XXUA 3VVDA 5H8HA 3OO8A 4KYDA 4FAJA 1XT8A 1MH4A 3FATA 5TP9A 2UVIA 3VLUA 1R6ZA 2V84A 4PFUA 4I8CA 2QRYA 3S4UA 3PPPA 4ZECA 3R6UA 4BDMA 1LBBA 3CR9A 2E0SA 5I57B 1NL5A 1JVYA 3JV9A 1B46A 4F19A 2F7AA 4FATA 4WXJA 3HPIA 1WDNA 5FTIA 1RYXA 3G3IA 4G77A 2DVZA 4RY1A 1VFDA 1NMUA 3HV1A 1MXXA 1Q1KA 2V3TA 2DXRA 4ZEKA 4FE8A 4H0WA 2ONSA 3O29A 4JWXA 3LSFB 3TKDA 2VOZA 2VHAA 4RNSA 3EHSA 3CVGA 2RKMA 3KSJA 2DQVA 3JZJA 4YAHX 5I56A 2XXVA 5I84A 3TPAA 4LA9A 1PDAA 3PPRA 4NF5B 3LC8A 1S7YA 3VXCA 3CFLA 2IEEA 2UXAA 1JEVA 1AMFA 1MY0A 2F6GA 1OMPA 3KN7A 3LR1A 5K2YA 2NVUB 2Z8EA 2FYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BDOA 4JB7A 4P11A 2F3DA 4HE0A 1FBFA 4JVDA 2THIA 3U92A 2QPQA 2RCAA 3PMVA 5TPAA 5A5XA 4GWZA 2B3BA 4MIJA 3DELB 4NE4A 4QRZA 2BJIA 3OEKA 3OXNA 1M5FA 4IO2A 3E9XA 2V93A 5I58B 1XOCA 4R6HA 2XXRA 3TQLA 5EQ8A 4DZ1A 3BFTA 3ISPA 1NNFA 4DCYA 4GXSB 2PYYA 4MFIA 3SERA 3RNNA 3KGCA 4K3FA 1LEVA 3S9EA 2CZIA 3W15C 2Z22A 5JTYA 4OEUA 1ATGA 2QVUA 3C35A 3RT8A 1FBEA 5KDTA 1POY1 2KR0A 1B0LA 4MLQA 3O97A 1MM6A 2A5SA 1NV5A 2O69A 4X1BA 1MQGA 5CBRA 2VD3A 3K1NA 1AH5A 4PE3A 2A5TA 3TMGA 5F24A 4ESWA 1SVXB 5JEIA 1EZOA 3G3HA 5LOMA 4IGRA 1JVXA 3OSQA 1M5BA 3TEPA 5IZ1A 3SEVA 4M1VA 3S9NC 4QSCA 3R26A 4GBWA 4G68B 4MNCA 4Z7EA 3K02A 2OX3A 3PPQA 4TLMB 5TP9B 5CC2A 3OO7A 4OVRA 1R9QA 4X48A 1B5HA 5I59A 1LGBC 3FV1A 4YU0A 1O7TA 2R8TA 3FXRA 4R6YA 1B1XA 4P9KA 3MBPA 3FXUA 4NEDA 2W7YA 4GWWA 2O51A 1B5IA 1Y4TA 4H1XA 3FUZA 2AIXA 3D4GA 1QULA 2L5VA 3TQWA 4FIMA 4PBQA 2GHAA 3H06B 4IO3A 1BTJA 5CMCA 4EXKA 2NWJA 4OESA 3BIHA 3TZAA 3H4ZA 1PB7A 1SDXA 5IZZA 2CZLA 2PT2A 3PV0E 1A40A 2F97A 1NV6A 2B65A 1Y4CA 2HAUA 1IXGA 1B52A 4ZS9A 5I56B 5IGAA 1PB9A 1B1HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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