The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
171
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structure length |
171
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Chain Sequence |
VSQVRQNYHSDCEAAVNRMLNLELYASYTYSSMYAFFDRDDVALHNVAEFFKEHSHEEREHAEKFMKYQNKRGGRVVLQDIKKPERDEWGNTLEAMQAALQLEKTVNQALLDLHKLATDKVDPHLCDFLESEYLEEQVKDIKRIGDFITNLKRLGLPENGMGEYLFDKHSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Time-lapse anomalous X-ray diffraction shows how Fe(2+) substrate ions move through ferritin protein nanocages to oxidoreductase sites.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ferritin, middle subunit
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Rana catesbeiana
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| total genus |
79
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| structure length |
171
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| sequence length |
171
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Ferritin | Ferritin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F7N A; 1S3Q A; 2ZG8 X; 2V2R A; 4QUW A; 1BCF A; 1UMN A; 4MY7 A; 2CHP A; 3PW8 C; 3R2H A; 1Z6O A; 3R2R A; 4RC8 A; 4TOA A; 4LYX A; 2C6R A; 3E1O A; 3PWQ C; 5FEJ A; 4TOF A; 3PVR A; 4Z3B A; 1O9R A; 3T9J A; 3NOZ X; 4RC7 A; 4U3G A; 3Q4N A; 3TA8 A; 2JD8 0; 3KXU A; 1ZUJ A; 2IB0 A; 3A68 A; 2V2N A; 4XKU A; 4XKS A; 3OGH A; 2G4H A; 4DAS A; 2Z5R A; 1HRS A; 1JI4 A; 1IES A; 1BFR A; 2CN6 A; 5LS9 A; 1MFR A; 3F35 A; 3E2C A; 2Z6M A; 3EZ0 A; 3NP0 X; 3KA4 A; 1VEL A; 4XKT A; 3PW8 A; 2C41 A; 5AXS A; 1YUX A; 3RE7 A; 3F38 A; 2W0O A; 1AEW A; 2IU2 A; 1RCG A; 1N1Q A; 2V15 A; 3VNX A; 4CMY A; 3PWQ A; 1R03 A; 1QGH A; 1RCE A; 3F32 A; 1TK6 A; 1NF6 A; 3KX9 A; 4PGI A; 2GS4 A; 5D8R A; 4TOH A; 3ES3 A; 1RCI A; 1YV1 A; 2VXI A; 3Q4R A; 5CZU A; 2C2J A; 2ZG7 X; 4Z5S A; 2C2F A; 4EVD A; 4II4 B; 3WVV A; 4AM4 A; 5J8S A; 2CF7 A; 3KWO A; 2BKC A; 3H7G A; 4ERU A; 1JKU A; 4TOC A; 3QVD A; 2FZF A; 4CY9 A; 4ITT A; 1EUM A; 2ZA6 A; 5FFA A; 3KA8 A; 5D8X A; 3F36 A; 4DE6 A; 4M34 A; 3BT5 A; 5D8S A; 5GU2 X; 3E1N A; 1S2Z A; 5D8Q A; 2C2U A; 5ERJ A; 4AM5 A; 1XZ1 A; 1JIG A; 5GU0 X; 1RCC A; 2YJK A; 4M35 A; 3GE4 A; 4II4 A; 4ML5 A; 1GWG A; 2Z5P A; 3KA6 A; 3RD0 A; 2V2M A; 2CN7 A; 3KA3 A; 4CVR A; 3GHQ A; 3BKN A; 1TKO A; 2V2O A; 3GVY A; 4DI0 A; 3E1L A; 4YKH A; 1RYT A; 5GOU A; 2VZB A; 4PG1 A; 3PZA A; 2YJJ A; 3QD8 A; 4ZL6 A; 3EZU A; 4PG0 A; 4EVB A; 2FJC A; 5C6F A; 4LPJ A; 4AM2 A; 2V2J A; 2QQY A; 3RBC A; 4ZL5 A; 2V2S A; 1J30 A; 4IXK A; 2X17 0; 1H96 A; 4LQV A; 2FG8 A; 2FG4 A; 1JKV A; 5K53 A; 2FL0 A; 2IY4 A; 3E1Q A; 3NP2 X; 2V2L A; 4ZMC A; 2UX1 A; 4CVP A; 3FI6 A; 3BVF A; 3ISE A; 3SE1 A; 5JKM G; 3R2S A; 3BVE A; 3QHB A; 2WTL A; 3ISF A; 4DZ0 A; 1NNQ A; 2JD7 0; 3R2M A; 4CVS A; 3F33 A; 5D8P A; 5I4J A; 4M32 A; 3FVB A; 3E6S A; 4ZJK A; 4ISP A; 1L8H A; 3F39 A; 1LKP A; 4OYN A; 4IWK A; 2XJM A; 2XJO A; 3Q4Q A; 5LG2 A; 3BVI A; 3AJO A; 5JAC A; 4ZLW A; 4DYU A; 4IWJ A; 3PVY A; 3IQ1 A; 5GN8 A; 1MOJ A; 4R42 A; 3PW1 B; 1NF4 A; 3E1M A; 4A25 A; 1DPS A; 2Y3Q A; 4KVS A; 4LPN A; 3RGD A; 3E1P A; 3AF7 X; 1LKO A; 3QHC A; 3E1J A; 5IX6 A; 4TO9 A; 1LKM A; 4TOG A; 1F30 A; 2CLU A; 4CYB A; 2CLB A; 1VEI A; 5FFB A; 1VJX A; 3AF8 X; 4Y08 A; 2YW7 A; 4ITW A; 4LYU A; 5CMQ A; 3E6R A; 2Z5Q A; 2HR5 A; 3AJP A; 4MUD A; 5E1U A; 4LQH A; 1FHA A; 4LQJ A; 4RC6 B; 3PW1 A; 3HL1 A; 1OTK A; 1LB3 A; 3UNO A; 4KVR A; 3BVL A; 4MN9 A; 2OH3 A; 4LPM A; 4MKU A; 5K52 A; 3AK8 A; 2Z90 A; 2XGW A; 3F34 A; 2FHA A; 1DVB A; 4ETR A; 2VXX A; 4TOB A; 3Q4O A; 1SQ3 A; 4EVE A; 4TOE A; 3R2L A; 3SID A; 3UOF A; 1RCD A; 2YW6 A; 3PWF A; 1JI5 A; 1VLG A; 3AJQ A; 5JKL G; 3AF9 X; 3WVW A; 2FKZ A; 3PVT A; 4PGK A; 3BVK A; 4M33 A; 5JKM A; 3UOI A; 4CYA A; 1YUZ A; 2QF9 A; 4ZKX A; 3EGM A; 4DYZ A; 4RC6 A; 4CVT A; 3RAV A; 1Z6O M; 2V2I A; 5FFC A; 2D5K A; 5D8O A; 1KRQ A; 3PVY B; 2GYQ A; 3R2K A; 5GN8 B; 3A9Q A; 4EVC A; 3ERZ A; 4KVQ A; 1JYB A; 4MJY A; 4LQN A; 3R2O A; 1F33 A; 1IER A; 1TJO A; 4TOD A; 4RC5 B; 4XGS A; 1SOF A; 3O7R A; 3U90 A; 3WNW A; 2HTN A; 2PYB A; 3OJ5 A; 5GU1 X; 4P18 A; 5FFD A; 2BK6 A; 4ZKH A; 3FSE A; 4TW3 A; 2XKQ A; 2ZA7 A; 4ISM A; 3SHX A; 5GU3 X; 3IS8 A; 5E2D A; 2OC5 A; 5FFE A; 4DYX A; 3MPS A; 4REU A; 5J8W A; 2WLU A; 4ZTT A; 1B71 A; 2CEI A; 3F37 A; 2WLA A; 5LBH A; 5HJF A; 3O7S A; 5CMR A; 4RC5 A; 2ZUR X; 2GYD A; 1TKP A; 4ZKW A; 1O9I A; 3HIU A; 5HJH A; 2CIH A; 2ZG9 X; 3WVU A; 4CMY V; 3KA9 A; 4E6K A; 2BW1 A; 3SH6 A; 1UVH A; 2FFX J; 2ITB A; 1VEQ A; 2BJY A; 3AK9 A; 3PVT B; 2XJN A; 5J9V A; 1L8I A; 5J93 A; 1DAT A; 3QB9 A; 1S30 A; 5ERK A; 1JGC A; 1XZ3 A; 1JTS A; 1NFV A; 1ZS3 A; 5D8Y A; 3PVR B; 1QYB A; 2JD6 0; 3QZ3 A; 2CHI A; 4DYY A; 4RC7 B; 3IS7 A; 2V2P A; 2ZA8 A; 5JKL A; 2RBD A; 1Z4A A; 5LG8 A; 5HQO A; 1JRE A; 1BG7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F7N A; 1S3Q A; 2ZG8 X; 2V2R A; 4QUW A; 1BCF A; 1UMN A; 4MY7 A; 2CHP A; 3PW8 C; 3R2H A; 1Z6O A; 3R2R A; 4RC8 A; 4TOA A; 4LYX A; 2C6R A; 3E1O A; 3PWQ C; 5FEJ A; 4TOF A; 3PVR A; 4Z3B A; 1O9R A; 3T9J A; 3NOZ X; 4RC7 A; 4U3G A; 3Q4N A; 3TA8 A; 2JD8 0; 3KXU A; 1ZUJ A; 2IB0 A; 4YXJ A; 3KDQ A; 3A68 A; 2V2N A; 4XKU A; 4XKS A; 3OGH A; 2G4H A; 2OKC A; 4DAS A; 2Z5R A; 4X0J A; 1HRS A; 1JI4 A; 1IES A; 1BFR A; 2CN6 A; 5LS9 A; 1MFR A; 3F35 A; 3E2C A; 2Z6M A; 3C1Y A; 3EZ0 A; 3LKD A; 4YXM A; 3NP0 X; 3KA4 A; 3KHK A; 1VEL A; 4XKT A; 3PW8 A; 2C41 A; 5AXS A; 1YUX A; 3RE7 A; 3F38 A; 2W0O A; 1AEW A; 2IU2 A; 1RCG A; 1N1Q A; 2V15 A; 3VNX A; 4CMY A; 3PWQ A; 1R03 A; 1QGH A; 1RCE A; 3F32 A; 1TK6 A; 3FRS A; 1NF6 A; 3KX9 A; 4PGI A; 2GS4 A; 5D8R A; 4TOH A; 2V8U A; 3ES3 A; 1RCI A; 1YV1 A; 2VXI A; 3Q4R A; 5CZU A; 2C2J A; 2ZG7 X; 4Z5S A; 2C2F A; 4EVD A; 4II4 B; 3WVV A; 4AM4 A; 5J8S A; 2CF7 A; 3KWO A; 2BKC A; 3H7G A; 3FRR A; 4ERU A; 1JKU A; 2V8T A; 4TOC A; 3QVD A; 2FZF A; 4CY9 A; 4ITT A; 1EUM A; 2ZA6 A; 3W54 A; 5FFA A; 3KA8 A; 5D8X A; 3F36 A; 4DE6 A; 4M34 A; 3GGY A; 3BT5 A; 5D8S A; 5GU2 X; 3E1N A; 1S2Z A; 5D8Q A; 2C2U A; 5ERJ A; 4AM5 A; 1XZ1 A; 1JIG A; 5GU0 X; 1RCC A; 2YJK A; 4M35 A; 3GE4 A; 4II4 A; 4ML5 A; 1GWG A; 2Z5P A; 3KA6 A; 3RD0 A; 5HU6 D; 2V2M A; 2CN7 A; 5JDO B; 3KA3 A; 3V3K B; 4CVR A; 3GHQ A; 3BKN A; 1TKO A; 2V2O A; 3GVY A; 4DI0 A; 3E1L A; 4YKH A; 1RYT A; 5GOU A; 2VZB A; 4PG1 A; 3PZA A; 2YJJ A; 3QD8 A; 4ZL6 A; 3EZU A; 4PG0 A; 4EVB A; 3C1Z A; 2FJC A; 5C6F A; 4LPJ A; 4AM2 A; 2V2J A; 2QQY A; 3RBC A; 4ZL5 A; 2V2S A; 1J30 A; 4IXK A; 4E40 A; 2X17 0; 1H96 A; 5JDO A; 4LQV A; 3VVA A; 2FG8 A; 2FG4 A; 1JKV A; 5K53 A; 2FL0 A; 2IY4 A; 3E1Q A; 4W4K B; 3NP2 X; 2V2L A; 4ZMC A; 2UX1 A; 4CVP A; 3FI6 A; 3N6O A; 3BVF A; 3ISE A; 3SE1 A; 5JKM G; 3R2S A; 3BVE A; 3QHB A; 2WTL A; 3ISF A; 4DZ0 A; 1NNQ A; 2JD7 0; 3R2M A; 4CVS A; 3F33 A; 5D8P A; 5I4J A; 4M32 A; 3FVB A; 3E6S A; 4ZJK A; 4ISP A; 1L8H A; 3F39 A; 1LKP A; 4OYN A; 4IWK A; 2XJM A; 2XJO A; 3Q4Q A; 5LG2 A; 3BVI A; 2MGY A; 3AJO A; 5JAC A; 3C23 A; 4ZLW A; 4DYU A; 4IWJ A; 3PVY A; 3IQ1 A; 5GN8 A; 1MOJ A; 4R42 A; 2G38 B; 3PW1 B; 1NF4 A; 3E1M A; 4A25 A; 1DPS A; 2Y3Q A; 4KVS A; 4LPN A; 3RGD A; 3E1P A; 3AF7 X; 1LKO A; 3QHC A; 3E1J A; 4WJG 4; 5IX6 A; 4TO9 A; 1LKM A; 4TOG A; 1F30 A; 2CLU A; 4CYB A; 2CLB A; 2CWL A; 1VEI A; 5FFB A; 1VJX A; 3AF8 X; 4Y08 A; 2YW7 A; 4ITW A; 4LYU A; 5CMQ A; 3E6R A; 4W4L B; 3UFB A; 2Z5Q A; 2HR5 A; 3AJP A; 4MUD A; 2AR0 A; 5E1U A; 4LQH A; 1FHA A; 4LQJ A; 4RC6 B; 3PW1 A; 3HL1 A; 3L0M A; 1OTK A; 1LB3 A; 3UNO A; 4KVR A; 3BVL A; 4MN9 A; 2OH3 A; 4LPM A; 4MKU A; 5K52 A; 3AK8 A; 2Z90 A; 2XGW A; 3F34 A; 2FHA A; 4MXP A; 1DVB A; 4ETR A; 2VXX A; 4TOB A; 3Q4O A; 1SQ3 A; 4EVE A; 4TOE A; 3R2L A; 3SID A; 3UOF A; 1RCD A; 2YW6 A; 3PWF A; 1JI5 A; 1VLG A; 3AJQ A; 5JKL G; 3GGZ A; 3AF9 X; 3WVW A; 2FKZ A; 3PVT A; 4PGK A; 3BVK A; 3VV9 A; 3JZ9 A; 2N02 A; 4M33 A; 5JKM A; 3UOI A; 4CYA A; 1YUZ A; 2QF9 A; 4ZKX A; 3EGM A; 4DYZ A; 4RC6 A; 4CVT A; 3RAV A; 1Z6O M; 2V2I A; 5FFC A; 2D5K A; 5D8O A; 1KRQ A; 3PVY B; 2GYQ A; 4KXR B; 3R2K A; 5GN8 B; 3A9Q A; 4EVC A; 3ERZ A; 4KVQ A; 1JYB A; 4MJY A; 4LQN A; 3R2O A; 1F33 A; 1IER A; 3DBY A; 3C21 A; 1TJO A; 4TOD A; 4RC5 B; 3M6J A; 4XGS A; 1SOF A; 3O7R A; 3U90 A; 3WNW A; 2HTN A; 2PYB A; 3OJ5 A; 5GU1 X; 4P18 A; 5FFD A; 2BK6 A; 4ZKH A; 3FSE A; 4TW3 A; 2XKQ A; 2ZA7 A; 4YVZ A; 4ISM A; 3SHX A; 2Y44 A; 3IS8 A; 5GU3 X; 5E2D A; 2OC5 A; 5FFE A; 4DYX A; 3MPS A; 4REU A; 5J8W A; 2WLU A; 4ZTT A; 1B71 A; 2CEI A; 3F37 A; 2WLA A; 5LBH A; 5HJF A; 3O7S A; 3JZA B; 5CMR A; 4RC5 A; 2ZUR X; 2GYD A; 1TKP A; 4ZKW A; 1O9I A; 3HIU A; 5HJH A; 2CIH A; 2ZG9 X; 3WVU A; 4CMY V; 3KA9 A; 4E6K A; 2BW1 A; 3SH6 A; 1UVH A; 2FFX J; 2ITB A; 1VEQ A; 2BJY A; 3AK9 A; 3PVT B; 2XJN A; 5J9V A; 1L8I A; 5J93 A; 3D19 A; 1DAT A; 3QB9 A; 1S30 A; 5ERK A; 1JGC A; 1XZ3 A; 1JTS A; 1NFV A; 1ZS3 A; 5D8Y A; 3PVR B; 1QYB A; 2WWX B; 2JD6 0; 3QZ3 A; 2CHI A; 4DYY A; 4RC7 B; 3IS7 A; 2V2P A; 2ZA8 A; 5JKL A; 2RBD A; 1Z4A A; 5LG8 A; 5HQO A; 1JRE A; 1BG7 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2F7N A; 1S3Q A; 2ZG8 X; 2V2R A; 4QUW A; 1BCF A; 1UMN A; 4MY7 A; 2CHP A; 3PW8 C; 3R2H A; 1Z6O A; 3R2R A; 4RC8 A; 4TOA A; 4LYX A; 2C6R A; 3E1O A; 3PWQ C; 5FEJ A; 4TOF A; 3PVR A; 4Z3B A; 1O9R A; 3T9J A; 3NOZ X; 4RC7 A; 4U3G A; 3Q4N A; 3TA8 A; 2JD8 0; 3KXU A; 1ZUJ A; 2IB0 A; 4YXJ A; 3KDQ A; 3A68 A; 2V2N A; 4XKU A; 4XKS A; 3OGH A; 2G4H A; 2OKC A; 4DAS A; 2Z5R A; 4X0J A; 1HRS A; 1JI4 A; 1IES A; 1BFR A; 2CN6 A; 5LS9 A; 1MFR A; 3F35 A; 3E2C A; 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2FJC A; 5C6F A; 4LPJ A; 4AM2 A; 2V2J A; 2QQY A; 3RBC A; 4ZL5 A; 2V2S A; 1J30 A; 4IXK A; 4E40 A; 2X17 0; 1H96 A; 5JDO A; 4LQV A; 3VVA A; 2FG8 A; 2FG4 A; 1JKV A; 5K53 A; 2FL0 A; 2IY4 A; 3E1Q A; 4W4K B; 3NP2 X; 2V2L A; 4ZMC A; 2UX1 A; 4CVP A; 3FI6 A; 3N6O A; 3BVF A; 3ISE A; 3SE1 A; 5JKM G; 3R2S A; 3BVE A; 3QHB A; 2WTL A; 3ISF A; 4DZ0 A; 1NNQ A; 2JD7 0; 3R2M A; 4CVS A; 3F33 A; 5D8P A; 5I4J A; 4M32 A; 3FVB A; 3E6S A; 4ZJK A; 4ISP A; 1L8H A; 3F39 A; 1LKP A; 4OYN A; 4IWK A; 2XJM A; 2XJO A; 3Q4Q A; 5LG2 A; 3BVI A; 2MGY A; 3AJO A; 5JAC A; 3C23 A; 4ZLW A; 4DYU A; 4IWJ A; 3PVY A; 3IQ1 A; 5GN8 A; 1MOJ A; 4R42 A; 2G38 B; 3PW1 B; 1NF4 A; 3E1M A; 4A25 A; 1DPS A; 2Y3Q A; 4KVS A; 4LPN A; 3RGD A; 3E1P A; 3AF7 X; 1LKO A; 3QHC A; 3E1J A; 4WJG 4; 5IX6 A; 4TO9 A; 1LKM A; 4TOG A; 1F30 A; 2CLU A; 4CYB A; 2CLB A; 2CWL A; 1VEI A; 5FFB A; 1VJX A; 3AF8 X; 4Y08 A; 2YW7 A; 4ITW A; 4LYU A; 5CMQ A; 3E6R A; 4W4L B; 3UFB A; 2Z5Q A; 2HR5 A; 3AJP A; 4MUD A; 2AR0 A; 5E1U A; 4LQH A; 1FHA A; 4LQJ A; 4RC6 B; 3PW1 A; 3HL1 A; 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