The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
246
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structure length |
246
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Chain Sequence |
AATHEHSAQWLNNYKKGYGYGPYPLGINGGMHYGVDFFMNIGTPVKAISSGKIVEAGWSNYGGGNQIGLIENDGVHRQWYMHLSKYNVKVGDYVKAGQIIGWSGSTGYSTAPHLHFQRMVNSFSNSTAQDPMPFLKSAGYGKAGGTVTPTPNTGWKTNKYGTLYKSESASFTPNTDIITRTTGPFRSMPQSGVLKAGQTIHYDEVMKQDGHVWVGYTGNSGQRIYLPVRTWNKSTNTLGVLWGTIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the antimicrobial peptidase lysostaphin from Staphylococcus simulans.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Staphylococcus simulans
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| molecule keywords |
Lysostaphin
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| total genus |
53
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| structure length |
246
|
| sequence length |
246
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.75: Lysostaphin. |
| pdb deposition date | 2013-07-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01551 | Peptidase_M23 | Peptidase family M23 |
| A | PF08460 | SH3_5 | Bacterial SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Cell wall targeting domain of glycylglycine endopeptidase | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Glucose Permease (Domain IIA) | Glucose Permease (Domain IIA) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GPR A; 4RNY A; 4RNZ A; 2MK5 A; 1GLC F; 1O2F A; 1GLD F; 2B44 A; 4BH5 A; 3NYY A; 4JBW M; 4ZYB A; 2B0P A; 1GLB F; 3SLU A; 3TUF B; 1AX3 A; 1GLE F; 3CSQ A; 2GPR A; 1GLA F; 1GGR A; 5B0H A; 1R77 A; 2MP0 B; 4QP5 A; 5KVP A; 2GU1 A; 3IT7 A; 4QPB A; 3IT5 A; 2HSI A; 2F3G A; 2B13 A; 1QWY A; 1F3Z A; 4LXC A; 1F3G A; 3UZ0 B; 3OUR B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQ5 T; 1AD5 A; 1H8K A; 3VKI A; 3TQ7 P; 4HVW A; 2PUO B; 2BUD A; 1VQM Q; 2FHD A; 1S72 A; 2K3Y A; 1PD1 A; 4ELZ C; 1HXD A; 4CRI A; 1C0M A; 1SSF A; 4C0D C; 1UG1 A; 1X2Q A; 4DEY A; 1UGP B; 4LDW A; 2AZS A; 2RQW A; 4XU2 A; 1OYX A; 1UJ0 A; 2KYM A; 2YDL A; 3H0F A; 1BI2 A; 3SHW A; 1E7O A; 2YRC A; 3QWY A; 4JBW M; 2O9V A; 4F7U E; 4GBQ A; 4X1V A; 3RUX A; 3QO3 A; 4M75 E; 4FT2 A; 4C92 E; 1M1K U; 1FX7 A; 2OTJ A; 4XTV A; 2RHZ A; 4X9D A; 1C1A A; 1RL2 A; 3CC7 A; 2JXB A; 1VQK A; 1W2B S; 1FYN A; 4B9X A; 2FRY A; 2L2P A; 3JCM d; 4J83 A; 1NE8 A; 3I55 A; 1N9S A; 1TSF A; 4J9D A; 3HFO A; 4M7D A; 3EG1 A; 1ZBX A; 1MNE A; 2DF6 A; 3L2Q A; 4RTX A; 1KK7 A; 2X4X A; 3I5S A; 5LJ5 d; 1TTH B; 2M02 A; 2X4J A; 3FDR A; 4XTW A; 3RDV A; 3CME A; 3E19 A; 1YWP A; 2W0Z A; 3EG3 A; 4NL3 A; 2YUQ A; 1LJO A; 3CCJ A; 1M90 U; 4LDX A; 4WCI A; 1TG0 A; 2RA2 A; 4D6W A; 1WIE A; 4A4G A; 3PIP A; 3JV3 A; 4WF2 A; 2CZ7 B; 2LVM A; 2RJC A; 3NHN A; 2BIV A; 4DOV A; 3RER A; 3M0S A; 2RQR A; 3VS0 A; 2QQB A; 3JCM e; 3EG9 A; 2L3S A; 3KBG A; 3P8B B; 3OB9 A; 1B34 B; 1VQ6 A; 2ZAE A; 2PVG B; 2X35 A; 4OB0 B; 1YJW A; 2O88 A; 1UUE A; 1GLC F; 3L2Z A; 3G71 A; 3CBP A; 1H3H A; 1ZA1 B; 2LNV A; 1BCM A; 2O2O A; 3RKX A; 2RJF A; 2PNI A; 3V7R A; 3G4S T; 2C0T A; 1YJ9 A; 2D1X A; 1KC8 U; 1QVG A; 2YRD A; 2DD4 A; 2D9T A; 1TS9 A; 1FXX A; 4DBF A; 1VQ7 Q; 2LNH B; 1TH7 A; 3ZFJ A; 2LQ8 A; 4JJN K; 2H8H A; 1RAE B; 4PLI A; 2KRO A; 3SD4 A; 2DBM A; 5GAM g; 4M7A C; 1B3Q A; 3L42 A; 6AT1 B; 4JRI A; 1R0C B; 1K73 R; 3I35 A; 2DRK A; 2BZX A; 2HEQ A; 3RR6 A; 1D1B A; 5CR2 A; 3SWN A; 2BZ8 A; 4KGZ B; 1GCQ C; 1WZO A; 3MEW A; 4C0G A; 1BU1 A; 3M9Q A; 4HA8 A; 1PRM C; 4PJO A; 3M0T A; 4Z89 A; 1WX6 A; 3CC4 A; 3RES A; 1IXD A; 3TUF B; 1QP3 A; 2JJ9 A; 4M7A D; 3JCM J; 3OYL A; 2LP5 A; 3L2U A; 4PJJ A; 1VQP A; 2QAZ A; 2K2M A; 3I56 T; 4BI4 A; 2L3P A; 4J7I A; 3VS1 A; 4F7U B; 4J6X A; 5LJ3 g; 2B0P A; 5EG2 A; 4M75 B; 4C92 B; 1SRL A; 3OQ5 A; 3I5R A; 3M59 A; 2M9U A; 5L23 A; 3HHT B; 2JMC A; 3HSB A; 1TXQ A; 1QWY A; 3C4S A; 1VQM A; 2L3R A; 4X34 A; 2PVO B; 4GLM A; 1WNL A; 4FIB A; 2PUK B; 4MMK A; 1YHQ T; 5FU7 B; 2F5K A; 4J9H A; 3V7C A; 2QEX T; 4FW2 A; 1HK9 A; 2AZV A; 4OMF B; 2QAS A; 5KYU B; 4RKU E; 2DEU A; 3VUZ A; 1V29 B; 2JOY A; 4RTW A; 2RJE A; 2RNA A; 1S72 T; 2E3H A; 3PVQ A; 4A4E A; 1N5Z A; 5I2M A; 1QWF A; 2FVU A; 3HRS A; 1AEY A; 3MO8 A; 1PSF A; 2OX7 A; 2VXE A; 5GAN 2; 2VKN A; 1RAA B; 1FMK A; 2GNC A; 3A8L B; 3G4S Q; 2R5A A; 3M53 A; 2FL7 A; 4PJM A; 1I07 A; 4KH1 B; 3KFV A; 4FCY A; 4M78 A; 4PJO F; 2M51 A; 2O01 E; 2H3E B; 2D0N A; 3M0R A; 2RI5 A; 1Y96 B; 2RM4 A; 3JRZ A; 2JTM A; 3BW1 A; 2VC8 A; 2IPO B; 4OVA A; 1T3L A; 2XI9 A; 1VYV A; 1WPY A; 3OYJ A; 3PNW C; 1G3W A; 4BY6 B; 2RHU A; 2CZ0 B; 1ZBJ A; 1F1B B; 2P4T A; 2XD0 A; 1RAG B; 1F3G A; 4XK8 E; 1RAH B; 1Y7X A; 4RTV A; 3CME T; 4BI8 B; 1HJD A; 4JRP A; 2J6F A; 3MPU B; 1R77 A; 2HMA A; 1UDL A; 1K0S A; 4M7D E; 1XQH A; 1OEB A; 2BE9 B; 1WHK A; 3I56 Q; 2KY9 A; 3VS7 A; 1SKU B; 3QZ5 B; 4M77 A; 3DB4 A; 1TUC A; 2ENM A; 4RTU A; 4E7I A; 4JDS A; 3OW2 S; 1D3B A; 1YJN A; 3VYH B; 1WJR A; 4C5H A; 5KYW B; 1DJ7 B; 1VQ6 T; 3CCL A; 1VQ5 A; 2E3I A; 3DB3 A; 5I2S A; 5CKB A; 4AT1 B; 4A4H A; 4ZGJ B; 4BE1 A; 2ZCF B; 1YHQ Q; 4X9C A; 5CKF A; 3G71 T; 4ZGE B; 3H6Z A; 2QEX Q; 3QBY A; 1ZSZ B; 3ASK A; 3H9N A; 1WFW A; 3UAT A; 3CPW P; 1YIT A; 4FU6 A; 3FIF A; 2XDD A; 4GLK A; 1WQW A; 1O75 A; 3S6W A; 1WI7 A; 2DLP A; 2RK2 A; 1S72 Q; 4HCC A; 3T9N A; 3EH2 A; 4QVD A; 4PFP A; 1AT1 B; 4XQ3 A; 1U5S A; 2M1H A; 1NLP C; 2KK4 A; 4OMM A; 4FYV B; 2A08 A; 1IHV A; 2YSQ A; 3J81 E; 4LD6 A; 4OGE A; 1PNJ A; 1Y71 A; 2D0Q B; 1N8R U; 2E41 A; 3QPH A; 5LJ5 h; 3CC4 T; 2DPP B; 2ROT A; 2YRV A; 1XJW B; 3OBY A; 4JLI A; 1V1C A; 1K73 U; 2CDT A; 2O4X A; 3CC7 Q; 1JRI A; 2ESW A; 1K9M U; 3OYG A; 2K79 A; 4QW2 A; 2GFU A; 2EQK A; 2OAW A; 3REA B; 3M5A A; 2LJ0 A; 3M57 A; 4Y28 E; 1VQP T; 4PJO E; 1W1F A; 2K4Y A; 4GY5 A; 3AT1 B; 3Q1J A; 3ME9 A; 5IT9 E; 1QP2 A; 4RCB A; 3LGL A; 7AT1 B; 1MMN A; 1WXT A; 5DLQ E; 3CME Q; 2KNB B; 4E7K A; 4NL2 A; 3CBM A; 1RUW A; 1WXU A; 2COY A; 3PMT A; 2LCS A; 3TSW A; 2DD5 A; 3CC2 A; 1MHN A; 1MND A; 3JCM f; 3NTI A; 1GGR A; 2KDS A; 2P0Q A; 3ZL7 C; 1ZUK A; 1WJS A; 5DLO A; 4QKU A; 1NZ9 A; 2JS0 A; 2Y4Y A; 4F7U G; 2KXD A; 2L3Q A; 4M75 G; 4C92 G; 4M75 F; 4CC2 A; 3OYE A; 1BKB A; 3EGX A; 5LJ5 f; 2G3R A; 2CH4 A; 5DM7 R; 2RH2 A; 5GAN d; 1VQ6 Q; 2WSF E; 4J9G A; 4RMO A; 2XHC A; 1K76 A; 1YBY A; 4EPC A; 3G71 Q; 4M7D B; 1A0N B; 4EMH A; 2OTL T; 2GF7 A; 4DBQ A; 1OU8 A; 5LJ5 j; 1KQS A; 4JZ4 A; 1VQO T; 1UEB A; 5HK0 A; 3VS6 A; 3VJP A; 3CCU A; 4C92 C; 4RNZ A; 5KCH A; 5IHN A; 1SHF A; 2JTF A; 4BE2 A; 4IUU A; 2HKQ B; 4BAC A; 2EFI A; 5M9O A; 3L2V A; 5GAN e; 2ZGW A; 4R56 A; 4PNO A; 5FU7 C; 4LDY A; 1HD3 A; 5J26 A; 1WYX A; 3EG9 B; 4RG8 A; 2MCN A; 2CP7 A; 2WSC E; 2SEM A; 3INZ A; 3NPF A; 5GAO n; 1NJI R; 4RCC A; 1GFC A; 3M58 A; 1JEG A; 4DOW A; 5GAN 3; 3CXC A; 4C92 D; 2RN8 A; 1GLA F; 2X4W A; 4M4Z A; 4M78 E; 2HAX A; 1VOM A; 4J9C A; 1ZLM A; 3CC4 Q; 2IG0 A; 2EQJ A; 3JB9 I; 3G7Z A; 2EJ9 A; 3MHX A; 3WXM B; 3QHS A; 3EG2 A; 2WAC A; 4JRQ A; 5D6Y A; 4BDY A; 4RUG A; 1D1C A; 4J6W A; 4PL6 A; 1VQP Q; 3O8V A; 2DXC A; 4Q5W A; 2P0P A; 5GAN 4; 1YHQ A; 3C94 A; 1QKX A; 2DL8 A; 1M1G A; 3LLR A; 3X25 B; 2LMJ A; 4HKE A; 3GPL A; 3GP8 A; 3QDR B; 1H3Z A; 1FMV A; 4FYY B; 5GMK e; 1GPR A; 3CCL T; 3SWN B; 1SEM A; 4ZN3 A; 4OMO A; 3HPW A; 4C8Q D; 3X24 B; 1QLY A; 1UGV A; 3P8D A; 1GFD A; 4J9B A; 1P92 A; 4PJO B; 4EIK A; 2MF2 A; 3CPF A; 2HQH A; 4BY6 C; 2QQR A; 1M5Q 1; 2DEQ A; 1G8X A; 4M77 E; 2VB6 A; 9ATC B; 2QA4 A; 4CC4 B; 4PFO A; 2EBP A; 1YIT T; 4BDZ A; 3JCM g; 3HKS A; 2DTI A; 3OYD A; 1PSE A; 1OZ2 A; 4M7A A; 3CQT A; 3OYI A; 2CUB A; 2KQW A; 3NFC A; 1QVP A; 2CP6 A; 2OI3 A; 2RPN A; 2QYZ A; 4KT0 E; 3U23 A; 2OAU A; 2CRE A; 2OTL Q; 2E12 A; 4R55 A; 2MOX A; 2LX9 A; 3SEM A; 1VQO Q; 5FWB A; 3EHR A; 1K9A A; 4JJC A; 2DFU A; 2LCC A; 4VUB A; 2GTO A; 1UGQ B; 1QW1 A; 2DKG A; 3PGG A; 2DJQ A; 1XNI A; 2FEI A; 3VRZ A; 1ARK A; 1UGS B; 2L8D A; 2JMA A; 2KRM A; 2LQN A; 3REB B; 3FLG A; 3UT1 A; 1Q86 C; 3DLM A; 3GBQ A; 4QT7 A; 2DZ9 A; 3M0Q A; 1RAB B; 3A5Z B; 3S3O A; 5KVP A; 2I0N A; 3QXE B; 4ZTF A; 1ZSZ C; 2KBT A; 3CCR T; 3M0P A; 4IUQ A; 1WXB A; 3MET A; 2DX1 A; 1MUZ A; 3S3N A; 5KYY A; 3GOX A; 2MYS A; 1QVG P; 4A4K A; 3CCQ A; 3NYY A; 3QII A; 1KSW A; 1UTI A; 1MMD A; 5GJW B; 2E6N A; 2KVQ G; 2XK0 A; 3VS5 A; 4AFU C; 1WLP B; 4K11 A; 2VUB A; 3JCM c; 3RKW A; 3OYC A; 3IT7 A; 3GIB A; 3CC2 T; 1M8V A; 4V2S A; 4C0Z A; 2MWO A; 5LJ5 e; 2DVJ A; 4F16 A; 1PRL C; 2AK5 A; 4M78 B; 2DET A; 4J9E A; 2DXB A; 3ER0 A; 2GCX A; 3JCM V; 2ZZD A; 1YJN Q; 3OMC A; 1JO8 A; 5CKH A; 3CCL Q; 3OW2 A; 1VQ5 Q; 2BE7 D; 2F69 A; 2NUT A; 3V8K A; 1BIA A; 3VU3 C; 1UHC A; 3GF5 A; 2CZ1 B; 1Z9Z A; 4MZP A; 2XMF A; 2DNU A; 2W10 A; 1J3T A; 2ED0 A; 1BIB A; 2QQ9 A; 3JB9 G; 2MPX C; 2CUD A; 3CCU T; 1SG5 A; 3JB9 F; 1YIT Q; 1IO6 A; 2MAM A; 4XTZ A; 4AMC A; 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5KE2 A; 1AOJ A; 2HBW A; 2DK3 A; 1MGQ A; 4EMK B; 4YTL A; 4P5N A; 1R0B G; 4Z02 A; 4AFZ C; 4PJO G; 4KUI A; 1YWO A; 2FB7 A; 2X9H A; 2K5F A; 1Y57 A; 3UDC A; 2RHI A; 1OU9 A; 4DBH A; 4O5V A; 1XOV A; 1JU5 C; 4FW1 A; 3CCU Q; 1BI0 A; 3BFM A; 2I2L A; 2E70 A; 8AT1 B; 2CKK A; 5GAN f; 3OS0 A; 4L59 A; 4M7A E; 1IHW A; 2GU1 A; 1G83 A; 5GMK h; 3A98 A; 1U06 A; 2D8J A; 3SWN C; 3VS2 A; 2FPF A; 1MMA A; 2PVD B; 2HKN A; 4E6R A; 1D0X A; 5IHI A; 5IAY A; 1NLO C; 4PJO C; 1M3B A; 2NUP A; 3JB9 J; 1JBM A; 5EC7 A; 5GAO l; 3EGX B; 5GMK i; 2RMO A; 2E64 A; 5GAN j; 2EWN A; 2EJF A; 4Y91 A; 2XIC A; 1JXM A; 3H41 A; 3CCE Q; 1KD1 C; 1OZ3 A; 2RI3 A; 3OYN A; 1UFF A; 3NMZ C; 4RTZ A; 3CCQ T; 2ZPG B; 1RLQ C; 2B86 A; 3OMG A; 3A8M B; 2EKO A; 1JJ2 A; 1I8F A; 4O6J A; 3TU4 K; 3EGD A; 4PJN A; 2V26 A; 1GL5 A; 1G2B A; 3CEY A; 2EKH A; 3L1A A; 3E9F A; 4LUE A; 4PJO D; 5GAO q; 2JS2 A; 5GAO m; 1VQL T; 2R5M A; 2DMO A; 2L5Q A; 3OS1 A; 4QPB A; 1WDX A; 1GRI A; 5CK9 A; 5D6X A; 1X6O A; 1TOV A; 2VYT A; 5FU6 B; 5HK3 A; 2DM1 A; 3OUR B; 2ZPH B; 1I4K 1; 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