4LYCA

Cd ions within a lysoyzme single crystal
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Enhanced and tunable fluorescent quantum dots within a single crystal of protein
rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lycA00
1LZBA 2HEAA 1IP7A 1P2CC 1SLYA 1OUBA 1LJGA 2MEGA 4W94A 1LTMA 1QIOA 4HV1A 2YBJA 1HMKA 4OWEA 1GFUA 1H6MA 4XJHA 1UA6Y 4CHXA 1LZCA 2ZWBA 1IO5A 4TUNA 4A7DA 3TMUA 1JWRA 1JJ0A 4NGLA 3A92A 4NHSA 1IWTA 1HERA 3A96A 4M6DA 1LSCA 2GV0A 4H93A 3TXJA 3WVXA 5KKJA 4Z41A 194LA 2FBBA 1LSZA 4H9BA 2B5ZA 5FDJA 1NDGC 2YBNA 1GXV2 3AGHA 3EXDA 3LN2A 1UIBA 4ET8A 1YKZX 3LHMA 1AT5A 1LSEA 5DL9A 1B7LA 1H87A 2MEIA 5APDA 3AW7A 1I56A 2HUBA 3B0IA 1UIHA 2FYDA 4GCEA 4KPMA 5APFA 4J1BA 1F10A 4CFOA 5HNCA 3ATNA 4PRUA 4CFPA 1HFZA 2BQAA 1QDTA 2MECA 1ALCA 1LHLA 1LZTA 3RNXA 2Z18A 4B4JA 3WW5A 4M4OA 2EKSC 4LFXA 3KAMA 4DDBA 2ZQ4A 4DD1A 1YAPA 1NBZC 2Y8PA 3TMVA 4NHPA 1GFKA 1B0DA 1FLUA 1F6SA 1N4FA 1UIAA 3GXKA 1CJ7A 1LZAA 1LHIA 1HEWA 1HEQA 4XENA 4XADA 2RSCA 1LJFA 1LSNA 4WG1A 4HTKA 3TXKA 2ZNWY 4LYCA 4ETEA 1HENA 1IX0A 4NGKA 4AXTA 3TXIA 2C8OA 1LSDA 1B7RA 3RW8A 1F6RA 3WU7A 4GN3A 2A7FA 5A3ZA 4GN4A 1DI3A 5C6LA 4J1AA 4NG1A 5K7OA 3A34A 3J6KA 1HHLA 5F81A 3WYHA 8LYZA 1LZ5A 2YBIA 4R6CA 1BHZA 1D9UA 3M3UA 5KY1A 3LYZA 153LA 1GF8A 4B4IA 4WLYA 1GPQC 5KXRA 1IP5A 1JISA 1VDSA 1IR7A 3QNGA 1FKQA 3LYMA 3N9EA 1IR8A 1OUDA 4NGJA 5LVGA 5IHGA 1YKXX 2YDGA 3W6CA 3WW6A 4B49A 1OUHA 3FI7A 1Z55A 1GB6A 1WQMA 4BAFA 2LZ2A 4H9EA 2Z39A 3ULRA 2DQEY 1GBZA 1JSFA 1KXWA 2F2NA 1LSMA 3HBEX 4B0DA 5I53A 3D9AC 3EMSA 5KXWA 1LZ9A 1CJ8A 4NHTA 5KXNA 5KXXA 1NF5A 5LVJA 1BB5A 1F0WA 4YEMA 4FDYA 5C6JA 5LINA 1T6VL 5E9RA 1PS5A 1JTOL 4H90A 1HELA 4UWNA 2ZILA 4WM1A 1MLCE 1HFXA 1GBYA 4H94A 4RDSA 1KXXA 3ZVQB 2BQDA 4N8ZA 2LZTA 4G4HA 4NWEA 4RLMA 1CKDA 1VATA 1DQJC 4DD3A 4LT1A 1G7LC 1LCNA 1GBXA 1ZV5L 1B5UA 1KIPC 2MEFA 3N9AA 4H8YA 1QQYA 3A93A 3WPKA 1QSAA 4BADA 4D9ZA 2YBMA 4EOFA 4CGEA 4HJYA 1IWYA 3WUAA 1LZNA 1LZYA 2C8PA 4ETBA 2YVBA 2CGIA 1LJ3A 3AZ5A 1OUFA 1GE2A 3WULA 2BQEA 5KXKA 1JKAA 1XEKA 1NKHA 4X3BA 5F9UA 1EQ5A 4PHIA 4H9IA 5FHWA 4ET9A 1D6QA 1IORA 1REZA 3CT1A 4LYBA 4N0JA 5B07A 1LMAA 3TXEA 1G7JC 1WQOA 1YL0X 5APEA 2DKVA 1IOCA 1B7MA 4HP0A 1LJNA 1ZVHL 1W6ZA 3WXUA 1IOSA 3ATOA 3TXFA 4HPIA 1NMMA 3B72A 1FLYA 5KXLA 1GBWA 4ANRA 3WUMA 1UICA 5IELA 1LKRA 2HEFA 1LJHA 4BS7A 4C3WA 5KXPA 3WU9A 1HEMA 3W6FA 4GCBA 2ZIKA 4G4CA 3W6AA 1PZYA 2BQIA 2HU3A 5ILCA 1J1OY 5HMVA 4FJRA 4O34A 1C45A 4BAPA 1LJEA 4WOAA 2CJLA 3P65A 1XGUC 4DD2A 3WUNA 3AGGG 1GE0A 154LA 4C5FA 4NGWA 5HQ1A 1NBYC 4OWAA 1GB9A 1QSWA 1NWGA 1LMTA 3A6CY 1BWIA 1GHLA 2W1YA 3A94A 4P2EA 1IWWA 2DQFC 1JPOA 2G4PA 5LXWA 1IY3A 1EQ4A 1GFTA 3LZTA 1B5YA 1JUGA 3P66A 1W08A 4OWHA 5KXSA 1J1PY 1WQRA 2BQMA 1LSYA 1GF4A 2Z19A 4CJ2A 4H92A 5I54A 2HEEA 4TSBA 4ETAA 4H8XA 4DWXA 2VB1A 4DYGA 4DDAA 3E3DA 1IC5Y 1GB8A 3VWOA 4HV2A 4KT3A 5KXYA 4LGKA 1OP9B 4QGZA 4WL6A 4YEOA 3WVYA 1QTEA 4XJGA 1QUTA 2D91A 5DN4A 1WVUA 2BQGA 3A3RX 5KXOA 1AKIA 5L9JA 1GB3A 1IWXA 3BKVA 5D5CA 3WPJA 4OOTA 3AZ6A 4UWVA 1KIQC 5C6IA 1YAMA 3J4GA 1DPWA 5B59A 6LYZA 4KL7A 1IWUA 5DM9A 3B6LA 5FEKA 1BQLY 5FCPA 2NWDX 1D6PA 4NHIA 1IOTA 2YBHA 4R0FA 5D5FA 1HSXA 1YL1X 4GCDA 4H91A 2FBDA 5HMJA 3CSZA 1HNLA 1LMOA 1TDYA 4LYMA 1REMA 2FYCA 5A3EA 1IY4A 1G7IC 2LHMA 1YIKA 4GLAA 2AUBA 4DD9A 1XEIA 3A3QA 1RCMA 1GF5A 4YF2A 1BB6A 2Z38A 4H9HA 4NGOA 1B7QA 2EQLA 4NSHA 1VAUA 4WO6A 2YBLA 3WL2A 1UIFA 3A8ZA 3CQLA 1B7SA 2BQHA 2D4JA 1OUIA 4WM5A 5DLAA 2IFFY 2MEAA 3B0KA 4LT3A 5M1YA 1KXYA 1RFPA 2I25L 1D0KA 1UBZA 1UUZC 2F4GA 1JITA 3LZ2A 4N5RA 2CDSA 3GXRA 1UACY 3OK0A 1DPXA 1LZ8A 2LYMA 4TTDA 1IVMA 1DI5A 2DQDY 1RI8B 2I26L 1AZFA 1TAYA 2BQKA 3OJPA 1CKGA 1OUCA 4N1EI 5B1FA 3QY4A 4H1PA 5LA5A 1J1XY 1LZ6A 1GB0A 4GN5C 5F9XA 3F6ZA 2ZQ3A 4LFPA 1BB4A 1GFAA 5IDDA 1C43A 2EIZC 4J0LA 1YQVY 4RW2A 3WXTA 5ILFA 5KJ9A 3K3TA 1LKSA 1FDLY 134LA 1GEZA 1LMQA 1XGTC 4NSIA 2Z2EA 1B5VA 3SP3A 1B5ZA 1GE4A 1VEDA 1GE1A 4NGZA 1HMLA 1XSFA 5LYMA 1RJCB 1B2KA 2BQJA 1WVVA 2EPEA 1WQNA 1GFJA 3QE8A 4LYZA 1GFGA 207LA 132LA 1BWHA 2DQGY 7LYZA 1IOQA 4LYOA 5LVHA 1G7HC 1LSAA 1GDWA 1AM7A 1TBYA 2BQCA 4HJVA 1LYZA 4NSGA 4U3XB 1E8LA 4NGIA 2MEHA 2HECA 4WLDA 4ETCA 4WM2A 1CKFA 3WU8A 1IWZA 3G3BB 3IJVA 4DT3A 2BQLA 1FKVA 2HEBA 4AGAA 5J7CA 1LYSA 1LZDA 1QUSA 1BB3A 1INUA 3ZEKA 4ZEEA 1GF6A 3FE0A 1XGPC 4J7VA 1BVKC 5E4PA 1VDQA 2BQOA 4XJIA 5HLLA 4PPOA 6LYTA 4WM6A 1HEPA 1JKDA 3HBDA 4HTQA 1UCOA 5I5QA 3AB6A 1JEFA 4OWBA 1GFHA 1LSPA 2HTXA 1O23A 2XBSA 1QDRA 2Z37A 3AZ4A 5KXTA 4NIJA 5LVIA 1REXA 1LJJA 2W1LA 5APCA 1LJ4A 1WQPA 2MEDA 3G3AB 3IJUA 5I4XA 4XJBA 1VFBC 4G4BA 2MEEA 3AZ7A 1IP1A 3B0OA 1B7PA 3P68A 1DKJA 4H9AA 2DQCY 5FSTA 1IP3A 1JKCA 5B1GA 1LJKA 1OUEA 2WARA 3WH1A 1GB5A 1GWDA 2I6ZA 4WMGA 1FBIX 1XGQC 2PC2A 1JKBA 4II8A 1WTMA 4TX7A 1GEVA 1LZGA 1XGRC 4TSCA 1BGIA 2G4QA 3CSQA 3ZVQA 1VDPA 1IP2A 1UIEA 1BB7A 2ZNXY 5FELA 2D4KA 4NGYA 4Z98A 2HU1A 3P64A 4PJ2C 1D0LA 1FLWA 1YANA 3LYOA 3LYTA 4DDCA 1UC0A 3W6DA 4I8SA 1DI4A 3BKHA 4GLVA 1CJ9A 1JJ3A 5LA8A 5II3A 2W1MA 1WQQA 1LHKA 4Z46A 1LZEA 3TXHA 3HFMY 1GDXA 2BLXA 1JHLA 4GCCA 1V7SA 4NEBA 1TEWA 2DBTA 1D0MA 1GB2A 3TXBA 9LYZA 2HEDA 2LYZA 3A90A 4G49A 1BWJA 1GFRA 4IATA 1CKHA 3RT5X 2LYOA 5KKIA 1LHHA 4OOOA 3AGIA 1LZSA 3T36A 1GBSA 4B4EA 1OUJA 2ZYPA 4H8ZA 1BVXA 1LHMA 1NDMC 1C46A 2CWIA 1GAZA 4IJ4A 4MCKA 4RW1A 4YOPA 1XFPL 3T6UA 3TXDA 5LAFA 1GD6A 4WL7A 1HC0A 1GF3A 2H5ZA 1OUAA 3W6BA 1EL1A 3N9CA 1B5XA 3A67Y 1LZRA 1DKKA 1GF0A 1RE2A 5AMYA 2DQIY 1CKCA 1IP4A 1UIGA 4LT0A 4N9RA 1I1ZA 4L41A 3AW6A 3CB7A 4NSJA 3EBAB 3CSRA 4QDNA 1IR9A 1HF4A 133LA 1LMPA 1JTPL 4XN6A 3CT0A 4H9CA 4WO9A 1VDTA 2DQJY 4WM4A 4DC4A 2XJWA 1LYYA 4HJZA 1LSFA 1UIDA 1B9OA 1LSGA 5LAGA 1SQ2L 3RU5A 1GB7A 5DN5A 4OW1A 5LYTA 4WLXA 1NHEA 4HTNA 1YAOA 2DQAA 1NQIA 4WM3A 1HEOA 1OQMA 2BQBA 1GFVA 1LOZA 4OWCA 1G7MC 2N5ZA 3EO5A 2BQNA 1LZ4A 1LSBA 3AYQA 1T3PA 1IP6A 2F30A 2H9JA 4I0CA 4N1CC 4NFVA 4WLTA 1IEEA 3HBHA 1MELL 3IWRA 4YENA 5JENB 4NWHA 3D3DA 1KIRC 1XEJA 1JIYA 2BQFA 5F16A 3WPLA 1JTTL 5T3FA 1C08C 4QY9A 1GXXA 5L3IA 5KXMA 4B1AA 4XJDA 4H9FA 4G9SA 4IASA 1B7OA 1GE3A 1DZBX 5EBHA 1EQEA 1GF9A 2BPUA 4LT2A 1JSEA 3W3EA 4PGJB 1GBOA 4QEQA 1FLQA 4DD7A 5I4WA 1C7PA 2ZYCA 4ETDA 4XYYA 4MSTA 4RLNA 1LMNA 1OUGA 1IC4Y 3RZ4A 4NHQA 1LJIA 4ML7A 1JJ1A 4W96A 5KXZA 4YM8A 4NY5A 2G4NA 1LHJA 1V7TA 1B7NA 1LMCA 4LZTA 2DQHY 1IIZA 3CT5A 3TMWA 1HSWA 4UWUA 1ZMYL 2MEBA 2BLYA 2Z12A 5F14A 5LVKA 1LPIA 1HFYA 2XBRA 4HPEA 2D4IA 4NGVA 1DXJA 2F4AA 2BAAA 2D6BA 5LYZA 1YKYX 3M18B 5B05A 2IHLA 4MR1A 1WTNA 4TWSA 4XJFA 4Z3MA 1TCYA 4ZFPA 3WMKA 5L3HA 1REYA 1YILA 1YAQA 2X0AA 5I4YA 1GAYA 4LYTA 1LYOA 2XTHA 1ZVYB 4NG8A 3AJNA 5HNLA 3MGWA 193LA 4KXIA 4WG7A 2W1XA 2H9KA 2Q0MX 3P4ZA 135LA 1YROA 3TMXA 3TXGA 5LIOA 4EMNA 1A2YC 1B5WA 1AT6A 1GFEA 1IC7Y 1LAAA 2Z2FA 3W6EA 1FN5A 2A7DA 3A6BY 5B06A 208LA 4ZIXA 1I20A 1IWVA 1LZ1A 2YSSC 1QTKA 4HSFA 1CJ6A 1CNSA 2ZIJA 4GCFA 4PRQA 1C10A 3A95A 4DD0A 4E3UA 1GF7A 3A91A 1A4VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZBA 1IP7A 2MEGA 4W55A 1L28A 1QIOA 4K5YA 1L35A 1IO5A 4TUNA 3SBBC 3A96A 4M6DA 1C6BA 3WVXA 2FBBA 4EPFA 4EJ4A 3DMVA 3DNAA 2YBNA 2ANXA 3AGHA 3EXDA 1C6GA 4W58A 1L95A 4ET8A 1LSEA 1B7LA 5APDA 1I56A 2HUBA 230LA 2FYDA 4J1BA 5HNCA 156LA 2BQAA 1CV3A 3RNXA 1OVHA 115LA 4LFXA 2ZQ4A 3SB8A 2Y8PA 185LA 1N4FA 1C63A 1UIAA 1L01A 1LHIA 4XENA 3FI5A 4XADA 1LSNA 4WG1A 1L43A 2ZNWY 3SB7A 1IX0A 160LA 4AXTA 4W56A 2C8OA 1LSDA 2NTGA 3RW8A 3WU7A 2A7FA 3J6KA 2YBIA 4R6CA 1XEPA 1L79A 5KY1A 1OWYA 1T6HA 4W59A 251LA 5LVGA 1QTHA 1C6EA 1L05A 4BAFA 3SB9A 2DQEY 210LA 1L21A 1CJ8A 5KXNA 3SBAA 1F0WA 1PS5A 1JTOL 4WM1A 1JTMA 4RLMA 1DQJC 4DD3A 4LT1A 2OU8A 1QQYA 3A93A 1QSAA 2YBMA 1L92A 2C8PA 1LJ3A 3AZ5A 2BQEA 1JKAA 1C6JA 1XEKA 4PHIA 1IORA 3CT1A 4LYBA 1C6MA 4N0JA 4I7QA 1B7MA 1W6ZA 1CX7A 3ATOA 4ARQA 3B72A 5IELA 3WU9A 244LA 1I6SA 3W6FA 3W6AA 2B75A 1J1OY 5HMVA 1C45A 4DQJA 3P65A 1G1VA 1L86A 4C5FA 5HQ1A 206LA 214LA 2W1YA 4P2EA 1JPOA 1J1PY 1WQRA 1LSYA 1GF4A 2HEEA 1L14A 1QT7A 3HTDA 4DWXA 1IC5Y 1GB8A 4KT3A 4LGKA 4XJGA 2BQGA 5L9JA 1AKIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LZB A;  2HEA A;  1IP7 A;  1P2C C;  1SLY A;  1OUB A;  1LJG A;  2MEG A;  4W94 A;  1LTM A;  1QIO A;  4HV1 A;  2YBJ A;  1HMK A;  4OWE A;  1GFU A;  1H6M A;  4XJH A;  1UA6 Y;  4CHX A;  1LZC A;  2ZWB A;  1IO5 A;  4TUN A;  4A7D A;  3TMU A;  1JWR A;  1JJ0 A;  4NGL A;  3A92 A;  4NHS A;  1IWT A;  1HER A;  3A96 A;  4M6D A;  1LSC A;  2GV0 A;  4H93 A;  3TXJ A;  3WVX A;  5KKJ A;  4Z41 A;  194L A;  2FBB A;  1LSZ A;  4H9B A;  2B5Z A;  5FDJ A;  1NDG C;  2YBN A;  1GXV 2;  3AGH A;  3EXD A;  3LN2 A;  1UIB A;  4ET8 A;  1YKZ X;  3LHM A;  1AT5 A;  1LSE A;  5DL9 A;  1B7L A;  1H87 A;  2MEI A;  5APD A;  3AW7 A;  1I56 A;  2HUB A;  3B0I A;  1UIH A;  2FYD A;  4GCE A;  4KPM A;  5APF A;  4J1B A;  1F10 A;  4CFO A;  5HNC A;  3ATN A;  4PRU A;  4CFP A;  1HFZ A;  2BQA A;  1QDT A;  2MEC A;  1ALC A;  1LHL A;  1LZT A;  3RNX A;  2Z18 A;  4B4J A;  3WW5 A;  4M4O A;  2EKS C;  4LFX A;  3KAM A;  4DDB A;  2ZQ4 A;  4DD1 A;  1YAP A;  1NBZ C;  2Y8P A;  3TMV A;  4NHP A;  1GFK A;  1B0D A;  1FLU A;  1F6S A;  1N4F A;  1UIA A;  3GXK A;  1CJ7 A;  1LZA A;  1LHI A;  1HEW A;  1HEQ A;  4XEN A;  4XAD A;  2RSC A;  1LJF A;  1LSN A;  4WG1 A;  4HTK A;  3TXK A;  2ZNW Y;  4LYC A;  4ETE A;  1HEN A;  1IX0 A;  4NGK A;  4AXT A;  3TXI A;  2C8O A;  1LSD A;  1B7R A;  3RW8 A;  1F6R A;  3WU7 A;  4GN3 A;  2A7F A;  5A3Z A;  4GN4 A;  1DI3 A;  5C6L A;  4J1A A;  4NG1 A;  5K7O A;  3A34 A;  3J6K A;  1HHL A;  5F81 A;  3WYH A;  8LYZ A;  1LZ5 A;  2YBI A;  4R6C A;  1BHZ A;  1D9U A;  3M3U A;  5KY1 A;  3LYZ A;  153L A;  1GF8 A;  4B4I A;  4WLY A;  1GPQ C;  5KXR A;  1IP5 A;  1JIS A;  1VDS A;  1IR7 A;  3QNG A;  1FKQ A;  3LYM A;  3N9E A;  1IR8 A;  1OUD A;  4NGJ A;  5LVG A;  5IHG A;  1YKX X;  2YDG A;  3W6C A;  3WW6 A;  4B49 A;  1OUH A;  3FI7 A;  1Z55 A;  1GB6 A;  1WQM A;  4BAF A;  2LZ2 A;  4H9E A;  2Z39 A;  3ULR A;  2DQE Y;  1GBZ A;  1JSF A;  1KXW A;  2F2N A;  1LSM A;  3HBE X;  4B0D A;  5I53 A;  3D9A C;  3EMS A;  5KXW A;  1LZ9 A;  1CJ8 A;  4NHT A;  5KXN A;  5KXX A;  1NF5 A;  5LVJ A;  1BB5 A;  1F0W A;  4YEM A;  4FDY A;  5C6J A;  5LIN A;  1T6V L;  5E9R A;  1PS5 A;  1JTO L; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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