4LYMA

Crystal structure of low humidity tetragonal lysozyme at 2.1-angstroms resolution. variability in hydration shell and its structural consequences
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
publication title Crystal structure of low humidity tetragonal lysozyme at 2.1-A resolution. Variability in hydration shell and its structural consequences.
pubmed rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1990-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lymA00
2C8PA 1CKFA 3ULRA 2Z12A 4GCDA 2DQIY 1LSFA 2HU3A 4NGWA 4NSIA 4Z3MA 5J7CA 2LYMA 4ML7A 4R6CA 3TXJA 1HERA 4ET8A 5II3A 4NIJA 4YOPA 1KXWA 2HU1A 1KIPC 4WL7A 5KXYA 4B4IA 1LJGA 1P2CC 1GB3A 1JUGA 1LHKA 1LZTA 2BQLA 2BQAA 1LZ8A 1B0DA 4ETEA 1GBOA 3HBHA 5FELA 1VDQA 2PC2A 1GF4A 1HENA 3MGWA 1KIRC 3WW6A 1IX0A 3HBEX 1XGPC 5KXKA 1JWRA 2BQEA 5HLLA 1DI3A 1UICA 1DI4A 1LSMA 3A90A 4HTKA 2DQEY 4WM3A 1C7PA 1CKCA 1NQIA 4WLYA 1IR8A 1YKXX 1UIGA 1LHLA 5E9RA 1IORA 1BHZA 3T6UA 5B05A 4FDYA 5F14A 2YBJA 4H8XA 5F81A 4GCFA 4YEOA 1V7TA 4G4HA 4B4EA 2MEDA 1LHMA 1YL0X 3D9AC 4NGJA 4WM6A 5I54A 4WO9A 5M1YA 1SQ2L 3AZ7A 4NGKA 2G4PA 1JJ1A 1LZGA 1YROA 2MECA 3HFMY 1VAUA 1CJ8A 4B0DA 1DKKA 2BQKA 2Z2EA 1LZAA 4XYYA 4UWVA 4NGIA 4EOFA 6LYZA 1B7MA 2ZWBA 1TBYA 4GN3A 2HEDA 1EQEA 1OUJA 4HJZA 3J6KA 4M6DA 3LZTA 4ZIXA 1GPQC 1OP9B 4WM1A 1W6ZA 3WL2A 1RFPA 4ZEEA 3D3DA 4OWCA 3BKVA 2WARA 3CSQA 2IHLA 4H9EA 2D6BA 4QGZA 4ET9A 1HEPA 5C6LA 5HNCA 4OWHA 4W94A 1F6RA 1VDTA 4XJFA 1IP4A 4WG1A 2ZQ4A 5KXRA 1IWXA 1RJCB 2ZYCA 1WTMA 1GEZA 4NFVA 1OUIA 2MEIA 1LSAA 5LVGA 2YDGA 3WXTA 3WXUA 2F4AA 4FJRA 4NHTA 1DPWA 2FBDA 4N5RA 1GFVA 4I0CA 1XGUC 3P66A 5LAFA 2AUBA 2Z37A 1LSZA 4A7DA 1PS5A 2DQCY 5B59A 4GCEA 3ATNA 4GN4A 1UC0A 5E4PA 3CSZA 1D9UA 135LA 2DQAA 4WG7A 3A6BY 5IDDA 1IWYA 1OUDA 4J0LA 4NGYA 4OWBA 3TXEA 5LXWA 1ZVHL 2CDSA 4HJVA 4U3XB 1BB3A 4EMNA 9LYZA 1GBXA 1LSYA 4LYCA 1FLYA 5DL9A 1JTPL 4MSTA 1VEDA 2BQOA 1WQQA 2EIZC 4QEQA 5LIOA 3A34A 2N5ZA 2W1MA 2ZYPA 4NGLA 1GB9A 2G4QA 1UBZA 2BQMA 4DYGA 2LZTA 5I5QA 1Z55A 1C43A 3AZ5A 2D4KA 1CKHA 2MEFA 5HMJA 2G4NA 5IELA 3E3DA 1F10A 4OWAA 1IIZA 1OUAA 4TSCA 3A96A 4RLNA 5A3ZA 4NHQA 2A7DA 4E3UA 3WPLA 1LZEA 2MEBA 1A2YC 1GEVA 5LYZA 1LYZA 2D91A 1LZ9A 1N4FA 3TMUA 3W6CA 1LJEA 1LZ5A 4WM2A 3FE0A 5LVJA 2XBSA 1LYYA 4P2EA 1IP5A 1LHIA 1QSAA 2BQBA 1GAZA 3A3QA 1H87A 1IOQA 4NWHA 1B7RA 5F9XA 4GCBA 1BVKC 1YAPA 4WMGA 1LZ1A 1J1OY 1AM7A 4B1AA 1GBYA 3OJPA 4G49A 1IC7Y 4XJDA 4LYZA 5AMYA 1GBWA 4LZTA 1B7NA 4N1EI 5LA8A 2EKSC 3WVXA 1LSCA 1OUEA 4OW1A 4QDNA 1LMPA 1LZYA 132LA 2CJLA 3CT5A 3N9CA 1DKJA 1B5WA 1LZBA 3TMXA 1NF5A 5KJ9A 5I4WA 2DQHY 3WU8A 4PGJB 2H9JA 2YBLA 5KKJA 4Z98A 1C46A 4G4BA 1HSXA 1QTKA 1F6SA 2BQNA 1QTEA 2BAAA 2ZIKA 5D5CA 4DWXA 3KAMA 4H94A 1YANA 2Z38A 3J4GA 1O23A 1FLWA 4WO6A 1KXYA 1JKCA 3EXDA 1GE3A 4PHIA 1HEWA 8LYZA 4DD9A 3P68A 4IATA 3ZVQA 4H8ZA 4LFXA 4XENA 1EQ5A 3VWOA 5B1FA 1JTOL 1LZDA 2YVBA 1NDMC 4NEBA 1LJHA 4J7VA 4H91A 1XEKA 2LYOA 5LVKA 1GF3A 5KXLA 2HEAA 4ETAA 1GF9A 3LYTA 2Q0MX 2W1YA 1FLUA 4GLAA 3TXBA 5KXOA 5LYTA 1XGTC 4NSHA 2BQDA 4KXIA 5HQ1A 4LT3A 1GDXA 3TXHA 1KXXA 1LMOA 1CKGA 3AGGG 4H9AA 4NGVA 4G9SA 5F9UA 2HEFA 1QQYA 5C6IA 1LJ4A 133LA 2F30A 2VB1A 5APDA 1ALCA 1VDSA 3LHMA 2EPEA 3M3UA 1IY4A 1IOCA 1GD6A 1IWZA 1DQJC 207LA 3EO5A 1YAOA 5EBHA 3B0IA 3CT1A 2ZNWY 2GV0A 2A7FA 4NG8A 3AYQA 5KXMA 1HFZA 4PRUA 5T3FA 3ZVQB 2YBMA 3EMSA 3A3RX 3RT5X 3TXGA 1LHJA 3AW6A 4OOOA 1CJ9A 1LHHA 153LA 1G7LC 1LZ6A 5FDJA 4DDCA 3EBAB 1IP3A 1JKAA 1I20A 1GB6A 2C8OA 4TWSA 4CGEA 1GE2A 193LA 2XBRA 3P64A 4WL6A 3WU7A 4BADA 5KY1A 4M4OA 1G7HC 5LVHA 1G7IC 3AW7A 1QUTA 1HFYA 3LYMA 4G4CA 1GE1A 1GF7A 1VATA 1B7QA 1IO5A 5APFA 4ETBA 4PRQA 2MEHA 5ILFA 1LMCA 4LT1A 1NDGC 4GN5C 1B5UA 1WQPA 4B4JA 3QY4A 1NBYC 4NSGA 1TEWA 4W96A 3WH1A 1LSGA 1HMKA 4OWEA 5LINA 1UCOA 4UWUA 5ILCA 1UIBA 1OQMA 2DQFC 2DQDY 4XJGA 3HBDA 1FDLY 1FN5A 1GB5A 1B7PA 5FSTA 2BQGA 4LFPA 1QDTA 3AB6A 1CJ7A 1LJKA 2Z39A 1LYSA 3F6ZA 5F16A 4HPEA 4MR1A 1GHLA 3ZEKA 1UACY 1HHLA 2Z19A 3G3AB 1MLCE 1GFKA 4DD0A 1JSFA 1LKRA 3A8ZA 4HV1A 1UIDA 5KXSA 3N9AA 1LMQA 2W1LA 2FYDA 1YQVY 1GFUA 2ZIJA 4AXTA 1GB7A 1HFXA 1INUA 2BQFA 1LZNA 1JKBA 4XN6A 1BGIA 4CHXA 1UIAA 1FKVA 2W1XA 3SP3A 3WUAA 3A94A 1LJNA 4YM8A 2CWIA 3WU9A 1KIQC 4YENA 5KXNA 4QY9A 4ANRA 4RLMA 1LZ4A 4IASA 4DD7A 1BB4A 1GF0A 1RI8B 2LZ2A 2CGIA 1CJ6A 5IHGA 5LVIA 3B6LA 1GFEA 1DI5A 1HNLA 7LYZA 1D0MA 4WOAA 1IR9A 1LJ3A 2BQIA 4KT3A 1LSNA 1GB0A 1LTMA 2H9KA 2MEAA 3WPJA 5K7OA 1LMAA 1JTTL 1REMA 4L41A 1QSWA 1HF4A 4X3BA 5B1GA 1OUGA 5I53A 208LA 1JPOA 1GBZA 4NHSA 1WVVA 1LAAA 1TAYA 2NWDX 5FHWA 3WMKA 3WULA 3WUMA 4BS7A 4D9ZA 1OUCA 1FBIX 4C5FA 2F4GA 5L3IA 1REZA 1FLQA 1J1XY 1HEMA 2FYCA 2YBNA 3OK0A 4BAFA 2Z2FA 5KXXA 4WLTA 4J1BA 1HMLA 1JIYA 1G7MC 3A67Y 1LZSA 3GXKA 2HTXA 1VDPA 4WM4A 1B7LA 4AGAA 1LSPA 1WTNA 1C08C 3W6EA 3WYHA 1XGQC 3AZ4A 4XJBA 3FI7A 1B5ZA 1QUSA 4R0FA 1IR7A 4WLXA 3AGIA 5B07A 3QE8A 4HP0A 3N9EA 4HV2A 4MCKA 4UWNA 5HNLA 4LGKA 5L9JA 1IP6A 4DC4A 1GF5A 1B7OA 1GB2A 5KKIA 1GFTA 1RCMA 1JITA 4RDSA 1H6MA 3RU5A 4GCCA 1CNSA 1GF6A 4LYTA 3W6FA 5LYMA 1UIFA 154LA 1GE0A 4J1AA 4TSBA 1LYOA 3AJNA 1JSEA 3W3EA 3TXIA 1BWHA 2F2NA 4NGZA 2BQJA 1BB7A 4LYOA 4CJ2A 1TCYA 1ZV5L 1LSDA 1GFGA 3QNGA 1IC5Y 1NHEA 6LYTA 3A92A 3WUNA 4KPMA 4O34A 2MEEA 4NHIA 1C10A 1HSWA 2BQCA 4NY5A 4BAPA 1XFPL 1GXV2 1RE2A 4HJYA 3P65A 1A4VA 1BB6A 1HELA 4H8YA 5KXZA 4RW1A 1LSEA 4H93A 1YIKA 1JHLA 2XJWA 4NG1A 5DM9A 4N8ZA 3CT0A 4N0JA 5JENB 5A3EA 3T36A 1NBZC 1OUHA 2LHMA 5FEKA 3RNXA 4LT2A 3TXDA 5LAGA 1E8LA 3A95A 1REYA 3TXKA 5I4XA 5KXWA 1LJJA 1BVXA 134LA 2ZQ3A 4H92A 3TMVA 4H9CA 3P4ZA 1BWIA 1DPXA 5C6JA 1BB5A 4YF2A 5I4YA 1JEFA 1F0WA 4DDBA 1XSFA 1WQRA 1IWUA 1IEEA 1IP2A 1WQNA 1YAQA 3G3BB 4HTQA 4TTDA 1LMTA 4DD3A 2MEGA 4DT3A 4H1PA 1B7SA 3GXRA 3IWRA 1GXXA 4II8A 1WQMA 1XGRC 1IWVA 1LZCA 1OUBA 1HEQA 1REXA 1NKHA 1YL1X 2YSSC 1EQ4A 3LYZA 1IC4Y 1PZYA 2YBIA 4H9IA 4NHPA 4WLDA 1WQOA 1YAMA 3A6CY 4CFOA 2ZNXY 1AT5A 2LYZA 4PPOA 3LZ2A 1BWJA 1GE4A 4N1CC 3W6AA 1HC0A 2X0AA 4H90A 3AZ6A 1IWTA 1B5XA 1G7JC 5DLAA 1GF8A 1CKDA 4Z46A 4LYBA 2I26L 3W6DA 1IWWA 1VFBC 1YKZX 1DZBX 1LJIA 1IOTA 5APEA 2HUBA 3IJUA 1UIHA 1WVUA 4IJ4A 4NWEA 5DN4A 194LA 4B49A 1YILA 4WM5A 3M18B 2YBHA 1LCNA 5D5FA 4DDAA 1XEJA 1QDRA 5FCPA 5KXTA 3TXFA 1JISA 1DXJA 1LJFA 4HTNA 1MELL 1NWGA 1BQLY 2EQLA 1LOZA 3LYOA 4Z41A 2DQJY 4OOTA 1B5YA 1I56A 4N9RA 1B9OA 1FKQA 1GFJA 4LYMA 4TX7A 1T3PA 5L3HA 5HMVA 1AZFA 4C3WA 1JKDA 3ATOA 4XJHA 1GWDA 4H9HA 1TDYA 2HEBA 4ZFPA 5LA5A 4HSFA 4HPIA 4NGOA 1EL1A 1IOSA 2BPUA 2DKVA 5B06A 1C45A 1IVMA 3A91A 3B0OA 3RZ4A 1AKIA 1LMNA 2HEEA 1XEIA 3A93A 1GAYA 3B0KA 1HEOA 4DD1A 2IFFY 1D0KA 1GDWA 5APCA 1LKSA 3CB7A 5DN5A 1ZMYL 1D6QA 1UA6Y 1GBSA 4LT0A 1SLYA 2RSCA 3K3TA 3BKHA 4I8SA 3WPKA 2B5ZA 1YKYX 1LSBA 1UUZC 3IJVA 1AT6A 1QIOA 4XADA 3TMWA 2I6ZA 1J1PY 1D0LA 2FBBA 4H9BA 1NMMA 5KXPA 2DBTA 4TUNA 1LZRA 3B72A 3CQLA 4ETCA 1GFAA 4CFPA 4PJ2C 1UIEA 2H5ZA 1B5VA 3AGHA 1IP7A 1B2KA 2BQHA 2HECA 2BLYA 1W08A 1ZVYB 2D4JA 2Z18A 4XJIA 1T6VL 2D4IA 4KL7A 1GB8A 1OUFA 2I25L 3CSRA 3WW5A 4RW2A 3W6BA 4GLVA 1D6PA 1JJ3A 2DQGY 4ETDA 1GFRA 3LN2A 3WVYA 1V7SA 4NSJA 1GFHA 2Y8PA 3RW8A 1IP1A 4DD2A 4YEMA 2XTHA 1I1ZA 1JJ0A 1IY3A 1LPIA 2ZILA 2BLXA 4H9FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K28A 4NGWA 4Z3MA 2LYMA 1CV5A 4R6CA 1C62A 1CU5A 1KXWA 5KXYA 2BQLA 1LZTA 164LA 1GF4A 4EKRA 239LA 3MGWA 5KXKA 3CDTA 2OTYX 1C7PA 1CKCA 1YKXX 1BHZA 1L53A 4FDYA 3DN4A 3DMXA 2OU0X 1V7TA 4WM6A 4NGKA 1JJ1A 3SB8A 3DN2A 2Z2EA 6LYZA 4DQ7A 1TBYA 4W55A 3LZTA 240LA 1OP9B 1LGWA 4ZEEA 1LWKA 4W54A 4QGZA 5HNCA 2B6ZA 1C63A 1D2YA 2ZQ4A 1GEZA 4FJRA 1DPWA 4N5RA 4W51A 5LAFA 112LA 1OV7A 4A7DA 5B59A 2DQCY 1PQKA 1SWYA 5IDDA 1OUDA 4OWBA 5LXWA 1GBXA 5LIOA 1VEDA 2BQOA 2ZYPA 147LA 4NGLA 1UBZA 5I5QA 1KNIA 5HMJA 2D4KA 2OU9A 1ZURA 2MEFA 3HDEA 3E3DA 1F10A 1IIZA 149LA 4TSCA 5A3ZA 3A96A 1LYIA 4YX7C 148LE 3W6CA 1N4FA 1KW7A 1LJEA 4WM2A 1IP5A 1GAZA 5I14A 1H87A 1C6LA 1CUQA 1L77A 3OJPA 199LA 1L0JA 5AMYA 4LZTA 3WVXA 1LSCA 1LZYA 3TMXA 1NF5A 2DQHY 1OVHA 4Z98A 1C46A 4G4BA 1HSXA 1QTKA 1QT4A 1L06A 2ZIKA 4W52A 1TLAA 3GUKA 4H94A 3JR6A 1FLWA 1L26A 1EPYA 1G07A 1NDMC 2RB0X 4H91A 3LZMA 5LYTA 4KXIA 1JTMA 3TXHA 1QSQA 1L67A 1QQYA 2HEFA 1LJ4A 1ALCA 2F2QA 1LYEA 1IY4A 5EBHA 1YAOA 3B0IA 3CT1A 4YXAC 1QS9A 4PRUA 157LA 1LHHA 1LGUA 1LZ6A 3CDOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2C8P A;  1CKF A;  3ULR A;  2Z12 A;  4GCD A;  2DQI Y;  1LSF A;  2HU3 A;  4NGW A;  4NSI A;  4Z3M A;  5J7C A;  2LYM A;  4ML7 A;  4R6C A;  3TXJ A;  1HER A;  4ET8 A;  5II3 A;  4NIJ A;  4YOP A;  1KXW A;  2HU1 A;  1KIP C;  4WL7 A;  5KXY A;  4B4I A;  1LJG A;  1P2C C;  1GB3 A;  1JUG A;  1LHK A;  1LZT A;  2BQL A;  2BQA A;  1LZ8 A;  1B0D A;  4ETE A;  1GBO A;  3HBH A;  5FEL A;  1VDQ A;  2PC2 A;  1GF4 A;  1HEN A;  3MGW A;  1KIR C;  3WW6 A;  1IX0 A;  3HBE X;  1XGP C;  5KXK A;  1JWR A;  2BQE A;  5HLL A;  1DI3 A;  1UIC A;  1DI4 A;  1LSM A;  3A90 A;  4HTK A;  2DQE Y;  4WM3 A;  1C7P A;  1CKC A;  1NQI A;  4WLY A;  1IR8 A;  1YKX X;  1UIG A;  1LHL A;  5E9R A;  1IOR A;  1BHZ A;  3T6U A;  5B05 A;  4FDY A;  5F14 A;  2YBJ A;  4H8X A;  5F81 A;  4GCF A;  4YEO A;  1V7T A;  4G4H A;  4B4E A;  2MED A;  1LHM A;  1YL0 X;  3D9A C;  4NGJ A;  4WM6 A;  5I54 A;  4WO9 A;  5M1Y A;  1SQ2 L;  3AZ7 A;  4NGK A;  2G4P A;  1JJ1 A;  1LZG A;  1YRO A;  2MEC A;  3HFM Y;  1VAU A;  1CJ8 A;  4B0D A;  1DKK A;  2BQK A;  2Z2E A;  1LZA A;  4XYY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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