4LYPA

Crystal structure of glycoside hydrolase family 5 mannosidase from rhizomucor miehei
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
416
structure length
416
Chain Sequence
SEFAFVKIASDGKGFTRYGEPYLIRGANYWQGMNLGADDCSGGDRKRMELEIKQMAEMGINNLRVMASSEGPDDQPYRMRPSMMPQPGKYNEGVFVGLDYLLDTMDRYNMTAVMTLGNFWQWSGGFGQYVAWITGNQTIPYPVGDVTYDEFTQFAARFYNDSEIAPKANKLFKDHIYTVQNRRNTVNGKIYKEDPVIMSWQIANEPQEAPASWFEEISTFIKKGAPKHLVSAGLESKLDEYDFDRAHDHKNIDYTTCHCWVENWGIYDPADPDGLPHANEYMHDFLESRSKWAAQLNKPIVMEEFGMARDAWRNPEDETYKYLPSTPTSHKDEYYQKAFNQIVSLASNRSFSGSNFWAYGGEGRSTYPPNPYGMVWLGDPPHEPHGWYSVYSNDTTVQIIKDYNANLLKVQKELSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insights into the substrate specificity and transglycosylation activity of a fungal glycoside hydrolase family 5 beta-mannosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exo-beta-1,4-mannosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Rhizomucor miehei
total genus 168
structure length 416
sequence length 416
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date 2013-07-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4lypA00
4AY1A 1E4IA 1HX0A 2CKRA 4M29A 1ZB5A 2HVMA 1J11A 4H04A 3A6OA 2BHYA 4GXPA 4AC1X 3HMCA 5HDRA 4DWSD 1E40A 5TD4A 5JIWA 1GORA 4LYRA 4CD7A 2NT1A 1HVXA 2XVPA 3AYRA 1BTCA 3RJYA 1HKMA 3W81A 3WNNA 1UA3A 4J3UA 1KXVA 3HN3A 2ZUVA 4UFLA 1B30A 3W0KA 1UH3A 1BHGA 4OUEA 3B8SA 1VEPA 1I1XA 3BMVA 3SCNA 4LYPA 1RD6A 2RGLA 3GNRA 4HMCA 1W3HA 2OYMA 1JZ2A 1GQLA 1DTUA 3WDIA 4AD5A 1Y7VA 1K9FA 1WZLA 2X1IA 3M07A 1HXJA 2DIEA 2GJRA 2GJPA 5DMYA 3I3EA 3NYDA 2WKGA 2D22A 2ZIDA 1NWSA 4C7GA 2CETA 3L2LA 3U7VA 3VX0A 3IANA 1EDQA 1XCXA 2XFRA 4ZENA 2WMHA 2HISA 3VD9A 3PZIA 2XJ7A 2J7FA 3WDHA 5I5RA 1US3A 2YL5A 1V3LA 4MAVA 2OWCA 1OM0A 4WLCA 1L8NA 1K6AA 1VBRA 4KGJA 5A6JA 2WZEA 3SCSA 4Z2KA 2XSBA 3DECA 3AHYA 2Z1SA 3ZT7A 1CGTA 1XD1A 2FHFA 2WHKA 1GOQA 1JIBA 6CGTA 3ZJ8A 3IJ8A 1HT6A 4FLQA 4PTMA 3T2QA 4AD4A 2YLLA 2CESA 3GM8A 1BFNA 2ZXBA 3PTMA 5CGTA 3CUFA 4AZ6A 5CJ5A 1ISVA 1JG9A 3T0DA 5LA2A 3PZMA 3QOKA 1VJSA 3ZMRA 3GXFA 1UD8A 1KCLA 1VBUA 4Z2LA 1UH2A 2PWHA 1UZ1A 1NQ6A 3F5KA 3HU7A 1LF1A 4GZEA 7TAAA 1XSIA 2UY2A 3VIMA 1QHPA 4AZ7A 4OOUA 1QNPA 3SURA 1M53A 5E6YA 4P7LA 4B15A 3OG2A 1H2JA 1F4AA 1SMDA 5D9OA 4MB1A 3CHFA 3AS3A 5ABFB 5BRQA 4MDPA 2DPEA 5I2UA 2GVYA 3UR7A 2EPOA 3IJ7A 4ZXLA 1R8LA 4PMVA 2VZUA 5M3WA 4TUFA 2PI6A 1CENA 3BLPX 3AIEA 2J8FA 1XRVA 1ISWA 3GBEA 4WK9A 1DWAM 1A47A 1GJWA 2J78A 2WCSA 4PCTA 4P7NA 2W63A 1B3XA 7A3HA 5I78A 4AEEA 4W85A 1HL9A 1D7FA 3F4VA 1H49A 3WMCA 5I23A 5FOOA 1JFXA 4AD3A 3L4ZA 1BPLB 4WKFA 3T0BA 2G41A 1UA7A 3GH4A 4R5EA 2IUZA 5A2CA 2VRQA 1W91A 5D9MA 5AYBA 3CTTA 4GO9A 1VF8A 2BHZA 2OSYA 4HU0A 4MADA 4JFVA 4HOZA 4JCMA 1JZ7A 2WSKA 3VMNA 3L4VA 1WZMA 1G01A 1QNOA 1V3HA 3GXIA 2Y8KA 4AMCA 3VKKA 4TTUA 2J79A 1DP0A 2ZUTA 1GOIA 1V3KA 1TUXA 1UZ4A 3BAJA 3BCFA 1DHKA 2ZX5A 3CUJA 3W25A 4EK7A 4AW7A 1PIFA 5FCZA 2FDMA 4JL2A 4PMOA 2E4TA 4MTVA 2J7GA 3SCOA 3WKZA 1EHAA 1JDDA 5DEZA 3W6MA 3WUGA 4C7FA 1ODZA 3G6MA 3WD2A 3VDHA 3W53A 2JFEX 3WQ6A 3VGFA 2EPKX 3PZOA 2YBTA 4P7QA 4AXNA 1KXTA 3D3AA 5CLWA 2JIEA 5HPOA 3ZT6A 4S3KA 2CYGA 9CGTA 1NWUA 5FL1A 2J47A 1EA9C 3GXMA 5KEZA 1UQYA 2NW0A 3VGEA 4BS0A 4M24A 1GQKA 3BSGA 5IDIA 5I0DA 1JDAA 3N1AA 1UR9A 1VRXA 5EBAA 4GPNA 1NOWA 4EKJA 4F79A 4OIFA 3GDBA 4GQQA 3WH5A 1E55A 2ESCA 4A3HA 1NARA 1ZBVA 1J12A 1Q6EA 4HPHA 1JF6A 3N12A 1TA3B 2XIBA 4W86A 2XM2A 1WO2A 2WVTA 3RPMA 4D6DA 4Y7EA 2O9TA 2XSAA 4P8WA 3OGRA 1Q6FA 1YQ2A 3MV11 2WC4A 3AZSA 1V3MA 3N13A 4F8XA 1TE1A 4GINA 5E9AA 1B3YA 5CLTA 2G8ZA 3GH7A 5JIPA 3OZPA 3UEQA 3WQ8A 1G1YA 1UWSA 1JNEA 2WMFA 1KWGA 3MMWA 1BGAA 4JIEA 1JD9A 2A3CA 5DT7A 3SCUA 1HJXA 2BFGA 3K4AA 4JFWA 1DWGM 5GQBA 5JBDA 4PUEA 5A6BD 2DSWA 4GKLA 3SCVA 2WMIB 4U2YA 1FP9A 1ZU8A 2DSVA 4UQEA 1KGUA 3NSXA 3WIJA 1JI1A 5A6SA 1OIFA 3VM5A 4KRUA 4ZXOA 3W82A 2DDXA 4U3AA 1PIGA 4PMXA 2WWCA 1CXHA 1GUVA 1BF2A 1W9VA 3VX1A 2GK1B 4GI6A 2UY4A 4JZ5A 3MSDA 2PC8A 5M17A 1Q6CA 3WH6A 1EXPA 1R86A 3CHEA 3ZJKA 2XWEA 2WCAA 3EYPA 1JI2A 3WDQA 3WBAA 1VFMA 4PMNA 3UESA 3T09A 1TFVA 1CGWA 1CGYA 3CLWA 3EDFA 4EAMA 5D8WA 2EPNA 2VTFA 2ZUUA 4ACZA 3O2LA 1CZ1A 4PMDA 3OLIA 3I3BA 4D6HA 1CWYA 1W3JA 3OB8A 4AZ5A 2VNCA 3WNPA 1BVZA 2VL4A 2VUYA 2VCBA 4UZUA 3PZGA 1E56A 5CPQA 4PUDA 1MFUA 4W5UA 4E8CA 2E0PA 2AMGA 4S3JA 4D1IA 4RE4A 1F4HA 1HKIA 3QHMA 3MO4A 4PMUA 5A6AA 2VVSA 4UFJA 4J7RA 3EDEA 4M56A 1KCKA 1VFUA 3FN9A 1C90A 4JFUA 3GYCA 4WIWA 1B1YA 4MNJA 5A8MA 1JZ4A 1B90A 3N11A 1CGVA 3S2CA 4IPNB 4J3XA 1QW9A 5FIPA 4AZGA 3GTNA 1Z32X 3BLKA 3MU7A 1V02E 5CGMA 3E1F1 1MQQA 5I77A 1CXIA 1E4LA 2O92A 2XPKA 5AC5A 1OT1A 1Q4NX 4TX6A 3ZJ7A 1XSJA 1ISXA 3AIRA 1Q6DA 1R7OA 3JUGA 4DUXA 3FHQA 1HJUA 4AZCA 4W8BA 2BXYA 5JUVA 1VFFA 4IM4A 2D0FA 1UKQA 1W9BM 4QAWA 4PMZA 4JKKA 1EOMA 2W4XA 1CXEA 4K68A 3ZQ9A 3CZGA 7CGTA 2CERA 4HA3A 2G3MA 1RH9A 3ARPA 5A94A 3WF4A 1FA2A 3K8LA 2EPLX 4J3TA 4HTYA 2XHYA 3VILA 1ZS2A 2CXGA 3AHZA 3KWXA 1HL8A 2D0HA 1QW8A 1TA3A 1KXHA 4GZJA 3AHXA 3K46A 2WMKA 4MB4A 3A3HA 4CVUA 1GVYA 2DEPA 2DT3A 3D5HA 4PSRA 4PTVA 1AQHA 4DWSB 1QNSA 2DQXA 5DO8A 2F61A 1MYRA 1UR0A 1UQZA 3TOPA 3GBDA 1IT0A 2AAAA 3WSUA 2DT2A 1H41A 4JFSA 3MV01 1BYCA 2YDSA 1HP4A 3AXIA 4TTGA 1QBAA 1GPFA 3WEMA 1FP8A 1V0NA 2Y8VA 1QNRA 5BRPA 1D3CA 5E0CA 1D2KA 4U5IA 1AQ0A 2WMIA 1DWFM 2VI0A 3TONA 3PBGA 1M7XA 2WB5A 1H4PA 4TVDA 3VMPA 4UR9A 1P6WA 3LPPA 2VQTA 5BXSA 1OBAA 1RPKA 4M8UA 5E09A 3WNOA 3A47A 3WQ5A 2PF0A 2WZHA 3AQUA 3TTOA 4PTXA 1EDTA 3ARSA 3WQVA 1J0JA 3AMKA 4NZCA 1OB0A 2VRJA 3CHDA 1H0GA 1HKKA 2VOTA 3OZOA 4MJ4A 1GOOA 4DM1A 2W5FA 1ZBCA 4W84A 1UR8A 1H09A 1ITXA 2W92A 2J74A 1TMQA 1EO7A 2GJXB 4P7RA 2RGMA 1U33A 1J9YA 4N42A 4Q7NA 3GH5A 4QLKA 3PZVA 3L4TA 4HA4A 4AD1A 3WH9A 4UQDA 5EB8A 1WB0A 1QPKA 1GOMA 1J18A 1KBKA 4ATLA 3NDZA 3ZJ6A 4OKDA 4DUWA 2A3AA 3WF1A 2CBVA 3GZAA 4CD4A 1ISYA 1BSIA 2V38A 2XVNA 3VINA 5BCAA 5M03A 1E70M 2D23A 1KR0A 4JCLA 4LGXA 1OGBA 4H2CA 3BMWA 1EQPA 4HZ8A 4QLJA 5AY7A 4HP5A 2Y5EA 2B31A 5D9PA 1ODUA 5A69A 1V0LA 5ABGA 1KXQA 4UOQA 1FHDA 1HP5A 1PEZA 2ZWYA 2J4GA 3QHOA 3L2MA 5AYIA 3A4AA 1XH1A 1BG4A 4W7WA 5GNZA 2WHMA 1UD2A 1E0VA 1W9UA 2XVKA 1QVBA 3RIKA 2DSUA 2WM0A 1HF6A 2VJXA 2X09A 2MANA 3SUTA 4Z2GA 3AS1A 4MB3A 3MUY1 3ZOAA 1UG6A 3AIVA 4BCEA 3OIHA 1E6RA 3J7HA 3MUAA 4OBSA 4TVUA 4WF7A 1UKTA 2WWDA 1IZKA 3MKKA 3ZT5A 2YLAA 4FLOA 2ZXQA 4UFKA 1VB9A 4E2OA 3UCQA 3HJEA 4FF5A 3AS2A 2D24A 3WNLA 1OGSA 1BYDA 1H5VA 1JZ5A 3EDJA 1DWJM 1FH9A 3W38A 1WNOA 3LPGA 3WELA 5A8PA 1G5AA 1BGGA 1E4NA 3WF0A 3WQ4A 4AZHA 5ABHA 2VCAA 1E15A 2WW5A 1JAKA 3CMJA 1LL6A 1HJWA 4QCEA 4X0VA 3UG4A 2VX7A 3EMQA 1E73M 3SCPA 2JEPA 2WPGA 3FHAA 2BVYA 2J77A 4DWSA 1QI3A 2JALA 1B31A 1XGZA 1EQCA 1W1YA 1PJ9A 5HNNA 1E3XA 1K9DA 3PZ9A 5D4YA 6A3HA 3UERA 4XB3A 1OSEA 3MANA 2D0GA 2FHBA 1UR4A 4XV0A 2XGIA 4UQAA 3N18A 4RL3A 1QI0A 3BC9A 4QCFA 3MUIA 4CD8A 5DFAA 3WL0A 4PRWA 1KBBA 2DSZA 3FNDA 4PBGA 2AOSA 1E4MM 1CNVA 1TVPA 2EEXA 3NJ3A 3MUZ1 5D9NA 1ITCA 2J7DA 3UR8A 2ZOXA 3RMEA 2X2YA 2ZX7A 1HJSA 3AJ7A 4NSBA 2ZUNA 3FY1A 1UWQA 4PSPA 4PCSA 3M7SA 2TAAA 4LPCA 3CMGA 4GO8A 3AMDA 1E0WA 4P8UA 2J7HA 5JBFA 3ARYA 2ZE0A 4E8DA 5HBFA 3MSGA 3LPOA 4NI3A 1JYNA 3PZUA 4WSJA 1GVIA 3IAQA 3OBAA 2ZXAA 3WD0A 1KFWA 3ARUA 5A8NA 5BWFA 5E6ZA 2G3IA 4HA1A 3RM9A 2EJ1A 2PWEA 5C71A 3DYMA 1M01A 4BQ5A 3WEZA 4CCDA 1DWHM 2FGLA 1AVAA 2G4FA 2GJXA 1GW1A 2WBKA 3VDAA 4E4PA 5HPCA 4URIA 3AZRA 2YL6A 4CU7A 4YPJA 2GDUA 3CUHA 2WXDM 4YHGA 4MNLA 4D72A 2CPUA 3WMSA 4TOQA 3THDA 1WZAA 3ZSTA 1G94A 3I3DA 3TA9A 5CG0A 3AHTA 4HPGA 2YBUA 2QHAA 1UWTA 1JYVA 1XYZA 2OWWA 8CGTA 2CHNA 2XWDA 5E0FA 2J25A 2PBOA 3ARVA 3TTSA 2YKKA 1XH0A 2V3FA 1VJZA 3RILA 3WF2A 1WCGA 2BY3A 2YA2A 3A4WA 3TTQA 4CGTA 2OSXA 3POHA 1C91A 3ARWA 1NH6A 1OT2A 2UY5A 2VMFA 2VQUA 1CGUA 3GNPA 4H8UA 4JKLA 3F5JA 2WSPA 2D3NA 5A6MA 3AIQA 1OIMA 3NIYA 2G3JA 5EFDA 2E3ZA 1E1EA 3VO0A 3VD7A 1XSKA 1E9LA 4UZSA 5GPRA 5IHRA 1MW1A 1E0XA 4XZWA 2PWFA 2QPUA 3AZTA 4W87A 4AIUA 2Q8XA 1WP6A 2VZSA 3II1A 1HN1A 3CBWA 1E43A 4CU6A 1MXGA 1J0HA 1OD0A 1J0IA 4L4PA 4Z2IA 4GIAA 1MWOA 1XV8A 1CECA 2X0YA 1CLXA 3WDRA 1R7AA 3VIIA 4OZOA 1GONA 4GI9A 1JZ3A 2V3EA 3SCWA 1E6PA 2EPMX 4ATDA 3TP4A 2XFFA 3PTKA 3VDCA 2C7FA 1JYWA 1GZJA 1V6UA 3BAWA 4GQRA 3DYOA 4JHOA 4R27A 3SCTA 4IISA 1GQJA 1W2PA 5CPTA 5ABFA 2X05A 4V27A 2YDRA 1FH7A 4LXFA 2QMJA 4F9DA 2QLYA 2VR5A 3W6LA 5I6SA 1B9ZA 1GHRA 2WCGA 1EO5A 4P7OA 4W93A 3SCQA 3VPLA 1QHOA 3IAPA 5BXPA 5CSUA 2WKLA 4H8VA 3EDKA 4U3CA 3VIFA 2W61A 2YL8A 1MVYA 4QLLA 1W32A 3VD4A 1CTNA 3EMCA 4MNKA 4EANA 4YHEA 2BV9A 3KL0A 2BHUA 3AXHA 1E6SM 1BVNP 3AIBA 4UQ9A 1CGXA 1V6XA 3PZTA 3BAKA 1PPIA 4HMEA 1PX8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AY1 A;  1E4I A;  1HX0 A;  2CKR A;  4M29 A;  1ZB5 A;  2HVM A;  1J11 A;  4H04 A;  3A6O A;  2BHY A;  4GXP A;  4AC1 X;  3HMC A;  5HDR A;  4DWS D;  1E40 A;  5TD4 A;  5JIW A;  1GOR A;  4LYR A;  4CD7 A;  2NT1 A;  1HVX A;  2XVP A;  3AYR A;  1BTC A;  3RJY A;  1HKM A;  3W81 A;  3WNN A;  1UA3 A;  4J3U A;  1KXV A;  3HN3 A;  2ZUV A;  4UFL A;  1B30 A;  3W0K A;  1UH3 A;  1BHG A;  4OUE A;  3B8S A;  1VEP A;  1I1X A;  3BMV A;  3SCN A;  4LYP A;  1RD6 A;  2RGL A;  3GNR A;  4HMC A;  1W3H A;  2OYM A;  1JZ2 A;  1GQL A;  1DTU A;  3WDI A;  4AD5 A;  1Y7V A;  1K9F A;  1WZL A;  2X1I A;  3M07 A;  1HXJ A;  2DIE A;  2GJR A;  2GJP A;  5DMY A;  3I3E A;  3NYD A;  2WKG A;  2D22 A;  2ZID A;  1NWS A;  4C7G A;  2CET A;  3L2L A;  3U7V A;  3VX0 A;  3IAN A;  1EDQ A;  1XCX A;  2XFR A;  4ZEN A;  2WMH A;  2HIS A;  3VD9 A;  3PZI A;  2XJ7 A;  2J7F A;  3WDH A;  5I5R A;  1US3 A;  2YL5 A;  1V3L A;  4MAV A;  2OWC A;  1OM0 A;  4WLC A;  1L8N A;  1K6A A;  1VBR A;  4KGJ A;  5A6J A;  2WZE A;  3SCS A;  4Z2K A;  2XSB A;  3DEC A;  3AHY A;  2Z1S A;  3ZT7 A;  1CGT A;  1XD1 A;  2FHF A;  2WHK A;  1GOQ A;  1JIB A;  6CGT A;  3ZJ8 A;  3IJ8 A;  1HT6 A;  4FLQ A;  4PTM A;  3T2Q A;  4AD4 A;  2YLL A;  2CES A;  3GM8 A;  1BFN A;  2ZXB A;  3PTM A;  5CGT A;  3CUF A;  4AZ6 A;  5CJ5 A;  1ISV A;  1JG9 A;  3T0D A;  5LA2 A;  3PZM A;  3QOK A;  1VJS A;  3ZMR A;  3GXF A;  1UD8 A;  1KCL A;  1VBU A;  4Z2L A;  1UH2 A;  2PWH A;  1UZ1 A;  1NQ6 A;  3F5K A;  3HU7 A;  1LF1 A;  4GZE A;  7TAA A;  1XSI A;  2UY2 A;  3VIM A;  1QHP A;  4AZ7 A;  4OOU A;  1QNP A;  3SUR A;  1M53 A;  5E6Y A;  4P7L A;  4B15 A;  3OG2 A;  1H2J A;  1F4A A;  1SMD A;  5D9O A;  4MB1 A;  3CHF A;  3AS3 A;  5ABF B;  5BRQ A;  4MDP A;  2DPE A;  5I2U A;  2GVY A;  3UR7 A;  2EPO A;  3IJ7 A;  4ZXL A;  1R8L A;  4PMV A;  2VZU A;  5M3W A;  4TUF A;  2PI6 A;  1CEN A;  3BLP X;  3AIE A;  2J8F A;  1XRV A;  1ISW A;  3GBE A;  4WK9 A;  1DWA M;  1A47 A;  1GJW A;  2J78 A;  2WCS A;  4PCT A;  4P7N A;  2W63 A;  1B3X A;  7A3H A;  5I78 A;  4AEE A;  4W85 A;  1HL9 A;  1D7F A;  3F4V A;  1H49 A;  3WMC A;  5I23 A;  5FOO A;  1JFX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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