4LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lzmA00
144LA 176LA 4I7JA 180LA 3CDVA 1L25A 228LA 1QS9A 1ZURA 4W57A 1D3FA 3DN8A 2B6WA 1ZWNA 1L99A 1SSWA 2B6XA 3SB6A 223LA 3DN0A 3GUPA 1G0KA 166LA 257LA 1DYFA 2OTYX 3DN4A 1T8FA 3GULA 1LI2A 3GUOA 2F2QA 1L96A 3DN6A 152LA 1L74A 1P46A 3JR6A 1L0KA 139LA 138LA 1L20A 4W55A 244LA 1P36A 1P56A 2RBQA 3HUAA 1QT3A 1L89A 4DJHA 213LA 1P5CA 239LA 2ANVA 2RBOA 1L60A 262LA 187LA 2RAYX 1L57A 1LYFA 1G0GA 1L14A 3G3XA 3C82A 3C8QA 4EJ4A 1L12A 146LA 1C6JA 1C63A 1L09A 3V2YA 1B6IA 4E97A 1JTMA 2HUKA 3CDQA 1L24A 2Q9EA 1L29A 1L72A 3SBBC 234LA 1QUDA 1LW9A 145LA 235LA 1C65A 1OWYA 2F47A 1PQOA 2RB2X 3SB9A 1QTVA 2RB1X 1L11A 142LA 1C6NA 221LA 1DYGA 222LA 212LA 183LA 3DN3A 2OTZX 1L34A 2OE7X 232LA 1OYUA 256LA 173LA 4YX7C 1L65A 3HH6A 250LA 1CUQA 143LA 2Z6BA 150LA 1P7SA 1P2RA 108LA 3CDRA 2OU0X 7LZMA 2B7XA 1C6HA 1C69A 247LA 1L71A 2LCBA 1L21A 224LA 1JQUA 1L62A 1QTHA 4GBRB 1C6TA 1C67A 1SSYA 214LA 254LA 3OE6A 1OV7A 2B6TA 226LA 1QSBA 233LA 237LA 1L06A 1L01A 190LA 1OWZA 2RB0X 1XJUA 1LGUA 3HUQA 1WTHA 1QTCA 209LA 1OVHA 120LA 196LA 4I7NA 1L33A 164LA 123LA 1L0JA 1LGWA 1L30A 4YXAC 165LA 1L17A 3GUMA 2LC9A 130LA 1L77A 2QARC 3HU9A 1L85A 102LA 206LA 3PDSA 1C66A 1P2LA 218LA 1QTDA 3C7YA 199LA 4EPIA 1L35A 2HUMA 1L45A 3PBLA 3ODUA 3DMZA 4EKRA 4K5YA 1DYCA 1L73A 1L75A 170LA 1LI6A 1T6HA 3LZMA 1XEPA 1CTWA 109LA 1C6PA 2B74A 191LA 1LYIA 4W54A 141LA 3L2XA 1OVJA 4DKLA 3DN2A 249LA 2F32A 125LA 1QT8A 2OEAX 3HT7A 192LA 3SBAA 162LA 201LA 1L46A 3GUNA 1CUPA 4LDOA 119LA 1SX2A 1G0LA 1L05A 1DYBA 3SB7A 167LA 1KY0A 3C81A 1L87A 3QAKA 3OE9A 1T97A 3C8SA 1P37A 2RBNA 4W58A 4ARJA 185LA 1L47A 4W51A 2HULA 181LA 129LA 1L22A 182LA 1L94A 246LA 210LA 229LA 113LA 1PQIA 211LA 1L82A 1CV5A 4LDLA 2RBPA 1CU5A 241LA 4ARQA 198LA 3HT9A 4ZPUA 4DAJA 2RBRA 1L93A 258LA 4YXCA 2B6YA 4AQNA 1CV3A 175LA 4EKPA 1OV5A 3HTGA 4GRVA 1L53A 1LYDA 1LLHA 1C6IA 2B70A 1LYHA 3DMXA 1LYJA 3C80A 4OO9A 1CX6A 220LA 3HH5A 4PJZA 1LYGA 1L79A 1L70A 4I7TA 126LA 2LZMA 1G0JA 4I7PA 161LA 1L52A 1L59A 1CU2A 1C6FA 1KY1A 1L61A 1T8GA 1QUGA 3GUJA 252LA 216LA 1C6GA 1C60A 1L92A 1KW5A 137LA 1L04A 225LA 260LA 1K28A 4EPFA 103LA 1L19A 1D3MA 3HDFA 205LA 2OE4X 1L50A 1L41A 1SX7A 1CU0A 4ARMB 1D3NA 3HT8A 1JTNA 1PQKA 1XJTA 236LA 2O7AA 2O4WA 1L49A 186LA 189LA 3DKEX 2A4TA 1C6KA 1L16A 107LA 111LA 128LA 1QT5A 3EMLA 1P6YA 1C6LA 197LA 122LA 3SB8A 1L95A 1CV4A 2NTGA 200LA 2B72A 1L83A 1L39A 140LA 2ANXA 1L69A 217LA 3CDOA 3GUIA 1L37A 1DYAA 4W53A 4EXMA 1C61A 3HT6A 6LZMA 1CV6A 1SWYA 1DYDA 3UONA 4LZMA 1CVKA 1CV0A 227LA 1G1WA 1L64A 3HTBA 3V2WA 110LA 3G3WA 1G1VA 1QUOA 2RBSA 2Q9DA 1P64A 1G0PA 1PQJA 2O79A 1L88A 1KS3A 4ARLA 1L80A 184LA 1L67A 1L44A 3L64A 1L00A 253LA 1L55A 245LA 3VW7A 1TLAA 1L76A 3HU8A 1CV1A 1L40A 1L97A 3HH3A 3SN6R 2IGCA 3FA0A 1L91A 1LWKA 248LA 168LA 112LA 3G3VA 4LDEA 1LYEA 1C62A 1L58A 4I7SA 4S0WA 1G0QA 4I7QA 4W59A 1L66A 3RUNA 242LA 1L28A 1CX7A 1D3JA 4EKQA 2RAZX 163LA 251LA 1L63A 1QSQA 157LA 118LA 255LA 2B75A 2RH1A 3C7ZA 3HWLA 3K2RA 104LA 3NY9A 155LA 1L27A 1L54A 4ARMA 169LA 4PK0A 1C6BA 1OVKA 2B6ZA 1CU3A 5I14A 261LA 1LGXA 2NTHA 1L90A 3FADA 4I7LA 1L38A 219LA 1C6EA 1L56A 2OU9A 1L10A 151LA 158LA 1L48A 259LA 1L43A 1CU6A 3HTFA 3RZEA 114LA 3HH4A 2CUUA 240LA 2OU8A 188LA 1D2YA 1C6QA 1SWZA 238LA 1QS5A 1G06A 3NYAA 171LA 1C6DA 3FI5A 3C83A 1L42A 1G0MA 4IAPA 3F9LA 2B73A 174LA 1L84A 3DN1A 1G07A 4I7OA 1PQDA 4W52A 1C6MA 1L51A 1QT7A 1L81A 1C6CA 1L08A 4EKSA 1L31A 1L15A 3CDTA 149LA 1L03A 2QB0B 1C6AA 172LA 1PQMA 1QTZA 1L68A 1L07A 1L13A 1LWGA 1NHBA 3OE8A 3HTDA 1LI3A 1L02A 147LA 5LZMA 1QT6A 3F8VA 1D9WA 131LA 1L32A 3C7WA 3HUKA 3NY8A 1KNIA 1QTBA 156LA 1L23A 243LA 1C64A 1L98A 115LA 1EPYA 1T8AA 4ARQB 1QUHA 3GUKA 4ARPA 4I7RA 1KW7A 3SB5A 160LA 1DYEA 1QT4A 195LA 1LPYA 230LA 1I6SA 3C8RA 3DNAA 2L78A 178LA 127LA 1C68A 3OE0A 177LA 1L86A 1P3NA 4I7MA 4W56A 215LA 159LA 1ZYTA 4I7KA 3HDEA 1L36A 1L26A 3DMVA 231LA 1D2WA 3D4SA 148LE 1L18A 2OE9X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQGY 1GFAA 4DYGA 1UBZA 1LZBA 3CDVA 1L25A 1UCOA 1GF7A 1DKKA 4HV2A 3ZEKA 1L99A 2B6XA 2Z18A 5C6LA 3GUPA 1BVXA 1G0KA 257LA 1DYFA 2OTYX 4ETDA 1LI2A 3B0OA 5A3EA 3A67Y 4NGOA 5KXSA 4HP0A 4RW2A 3TXBA 2LZTA 3HUAA 1L89A 3WULA 4DJHA 1REXA 1C10A 1P5CA 4Z46A 2DQAA 4NY5A 5F14A 1LMOA 1JKDA 1L14A 4TUNA 3C82A 3C8QA 146LA 3V2YA 1L09A 4E97A 4DDAA 1OQMA 1BB7A 5KXPA 1LW9A 1C65A 1OWYA 3SB9A 1YAPA 1L11A 183LA 2BQJA 2OTZX 3M3UA 3TXKA 2OE7X 1OYUA 5JENB 1AT5A 173LA 3W6FA 1GF3A 3P66A 4WG7A 5LINA 4H93A 7LYZA 4W94A 3A3RX 2BLYA 1LMCA 2B7XA 5HNLA 4B0DA 2XQOA 4LT0A 1JQUA 4QY9A 1L62A 1LJFA 1C6TA 1G7LC 4WM5A 1G7JC 226LA 4NWHA 4J0LA 5KXLA 5L9JA 3BKVA 237LA 2F2NA 1OWZA 2RB0X 1NF5A 1KXXA 1LGUA 3B0KA 3HUQA 5D5FA 1LZNA 1WTHA 1OVHA 120LA 1PS5A 164LA 1LSDA 1L0JA 1LGWA 4YXAC 165LA 1GEVA 1L17A 3GUMA 2LC9A 5APDA 4LYZA 2YBLA 1L77A 1L85A 3B0IA 4R0FA 1WQQA 206LA 3A91A 1EQ5A 1C66A 3W6DA 199LA 1GF5A 4EPIA 2HUMA 3PBLA 1GBXA 3A95A 3GXRA 3LZTA 4N9RA 1L75A 170LA 1GXV2 4X3BA 1C6PA 3TXHA 1LSCA 191LA 4H94A 4W54A 1OVJA 2LYOA 4HTNA 1GAYA 4H9FA 4G4CA 1XFPL 3QE8A 2XBRA 4IASA 1G7IC 1QT8A 1HELA 5I5QA 3RU5A 2HEFA 4I8SA 4J1AA 4LDOA 1SX2A 1BWIA 1L05A 1LHMA 1DYBA 1RE2A 2ZIKA 1I56A 1T97A 3C8SA 181LA 1GF9A 1L22A 1L94A 4C5FA 2BQEA 4UWVA 1WQNA 211LA 1LJHA 4ML7A 2EIZC 1IY3A 4XJDA 4RLMA 3N9AA 3W3EA 3AZ7A 4ARQA 241LA 4ZPUA 4DAJA 1GB0A 1CNSA 4WM3A 5IELA 1WTMA 4CHXA 5IHGA 4GRVA 5LYZA 3A92A 2MEAA 154LA 1JKAA 1NDGC 3AGIA 3F6ZA 3RNXA 2H9KA 1LYGA 2F30A 126LA 1G0JA 4I7PA 3T6UA 161LA 1L52A 1JWRA 1L59A 1IY4A 5APCA 1QUGA 216LA 4J1BA 1L92A 1IP3A 1GDXA 2DQFC 1IP4A 1IOSA 2G4PA 4H91A 4BAFA 260LA 4H9IA 1KIPC 1ZMYL 4M4OA 103LA 1L19A 1D3MA 4QDNA 205LA 1B7NA 4H9EA 3AYQA 1TCYA 2I26L 1D9UA 3HT8A 1E8LA 5KXMA 236LA 1C6KA 2D4KA 197LA 2BQBA 1LZ8A 3IWRA 2B72A 3A96A 4NG8A 140LA 1L69A 3GUIA 4LT1A 1IX0A 4W53A 1LJKA 1SWYA 1CVKA 3HTBA 3G3WA 1G1VA 1GEZA 2Q9DA 5EBHA 5I53A 1QSWA 1L88A 1XGUC 1L67A 2ZNWY 253LA 245LA 2CJLA 1TLAA 1AT6A 1L76A 1LMPA 4B1AA 4OWBA 4YF2A 5D5CA 5A3ZA 4WLXA 3FA0A 1LWKA 248LA 1H6MA 2YBNA 112LA 4DD7A 1V7SA 5ILFA 2BQCA 1GE1A 1OUAA 1IC5Y 4S0WA 4I7SA 4W59A 3WW5A 242LA 1L28A 3BKHA 1VDQA 4OOOA 2RH1A 1L63A 2W1MA 255LA 3K2RA 1ZVYB 1L27A 5APFA 1NDMC 4PK0A 3RW8A 4TWSA 1D6PA 4L41A 4R6CA 1CU3A 261LA 1L90A 5HMJA 4PGJB 1L38A 219LA 4N5RA 151LA 158LA 1GB8A 2W1XA 2LYZA 4WLDA 2OU8A 4ETCA 5KXYA 4YENA 2MEEA 1TEWA 2I25L 4KXIA 1QS5A 3NYAA 3VWOA 171LA 1I1ZA 2HECA 1VATA 4OWHA 3ZVQB 4IAPA 4XJIA 3DN1A 1GE2A 1VEDA 1L51A 1FDLY 4LYCA 1C6CA 4HPIA 2DQDY 5B05A 1L08A 1GB5A 4TX7A 4DD1A 1LYZA 1TDYA 149LA 1L03A 4Z3MA 3D3DA 194LA 4GN5C 1L07A 4DWXA 2MEGA 4HPEA 1KXWA 4LGKA 4MR1A 5B59A 4HJZA 2ZYCA 1D9WA 3C7WA 1C64A 2YSSC 4ARPA 1JKBA 1KW7A 3HBEX 1IWWA 2ZQ3A 3C8RA 4FJRA 178LA 4DC4A 3OE0A 5LIOA 1B5ZA 4W56A 1GB2A 1YAMA 3HDEA 1REMA 3D4SA 144LA 1IVMA 2EPEA 135LA 1FKVA 2HTXA 228LA 1B5XA 4KT3A 4W57A 1D3FA 1SSWA 1UIHA 223LA 1CJ8A 3DN0A 2LZ2A 1YKXX 166LA 5LA8A 2PC2A 4G49A 3GULA 2MEFA 5M1YA 1IOCA 1B7MA 1L96A 2D91A 1LSNA 3DN6A 152LA 1L74A 1P46A 2HEDA 4II8A 3JR6A 3W6CA 2YBJA 1GWDA 1FLYA 1LZGA 4W55A 5F9UA 4YOPA 3P64A 1WVVA 4NGYA 213LA 4H9AA 1HHLA 2RAYX 1UIBA 1HEOA 4NGZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2DQG Y;  1GFA A;  4DYG A;  1UBZ A;  1LZB A;  3CDV A;  1L25 A;  1UCO A;  1GF7 A;  1DKK A;  4HV2 A;  3ZEK A;  1L99 A;  2B6X A;  2Z18 A;  5C6L A;  3GUP A;  1BVX A;  1G0K A;  257L A;  1DYF A;  2OTY X;  4ETD A;  1LI2 A;  3B0O A;  5A3E A;  3A67 Y;  4NGO A;  5KXS A;  4HP0 A;  4RW2 A;  3TXB A;  2LZT A;  3HUA A;  1L89 A;  3WUL A;  4DJH A;  1REX A;  1C10 A;  1P5C A;  4Z46 A;  2DQA A;  4NY5 A;  5F14 A;  1LMO A;  1JKD A;  1L14 A;  4TUN A;  3C82 A;  3C8Q A;  146L A;  3V2Y A;  1L09 A;  4E97 A;  4DDA A;  1OQM A;  1BB7 A;  5KXP A;  1LW9 A;  1C65 A;  1OWY A;  3SB9 A;  1YAP A;  1L11 A;  183L A;  2BQJ A;  2OTZ X;  3M3U A;  3TXK A;  2OE7 X;  1OYU A;  5JEN B;  1AT5 A;  173L A;  3W6F A;  1GF3 A;  3P66 A;  4WG7 A;  5LIN A;  4H93 A;  7LYZ A;  4W94 A;  3A3R X;  2BLY A;  1LMC A;  2B7X A;  5HNL A;  4B0D A;  2XQO A;  4LT0 A;  1JQU A;  4QY9 A;  1L62 A;  1LJF A;  1C6T A;  1G7L C;  4WM5 A;  1G7J C;  226L A;  4NWH A;  4J0L A;  5KXL A;  5L9J A;  3BKV A;  237L A;  2F2N A;  1OWZ A;  2RB0 X;  1NF5 A;  1KXX A;  1LGU A;  3B0K A; 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