4LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4lzmA00
1G1VA 1C6BA 3F8VA 164LA 1C6IA 144LA 4ARQB 2OU8A 5I14A 3ODUA 1C6QA 191LA 1L93A 1L50A 3EMLA 165LA 1L18A 1OV7A 1L35A 1PQJA 1L23A 3L2XA 255LA 1D2YA 1L72A 1KNIA 1L36A 210LA 4ARMA 1KY0A 1L60A 4DJHA 3G3XA 150LA 2RB0X 1QT5A 245LA 147LA 4W57A 1L95A 3HU8A 1DYCA 1QTBA 2CUUA 148LE 249LA 3HT8A 2B6YA 1G0JA 4GBRB 1L27A 1L57A 1G06A 1L10A 1L53A 2RAZX 1L0KA 1D3NA 1P36A 2RBQA 4I7LA 3SBAA 1L54A 1L24A 1C6JA 1CTWA 3GUJA 1C64A 1SX7A 1EPYA 113LA 1JTMA 1L17A 1I6SA 1G0LA 3HDFA 1L70A 1L15A 1L40A 3GULA 188LA 254LA 4I7MA 1DYDA 1CV1A 1QS5A 4ARPA 3DMZA 1L66A 4LDEA 1L74A 219LA 247LA 1QT6A 1QTVA 151LA 1QS9A 1LI3A 1L82A 239LA 3HUKA 2RBPA 3HH5A 4EKPA 3HT7A 1PQMA 4EPFA 1CV3A 1QSBA 250LA 1D3JA 189LA 3CDRA 4EJ4A 3FA0A 3RZEA 2O7AA 1L04A 4DKLA 1L52A 1P6YA 251LA 2HUKA 2B6ZA 1G1WA 1L34A 140LA 1XJTA 1G0QA 1JQUA 1QT3A 1C6PA 1DYAA 225LA 213LA 3OE8A 1T8FA 1C6MA 1C66A 1DYGA 1L44A 3HT6A 3SBBC 2B73A 2LC9A 1L20A 7LZMA 1TLAA 3DN6A 1LGWA 171LA 1QUHA 4W51A 176LA 1L37A 1L16A 1L0JA 1LI2A 1P2RA 4EKSA 2B6WA 3HTGA 162LA 1L90A 1L85A 1L51A 1CV6A 234LA 3NY8A 1C67A 1L65A 119LA 1C6DA 4EKQA 1L88A 1PQIA 3DN2A 4K5YA 1XEPA 240LA 1G07A 3NY9A 1SSWA 1L43A 1L28A 1L06A 1LYFA 4W54A 5LZMA 155LA 1L38A 4EPIA 3RUNA 3DNAA 4YXAC 1C60A 1P56A 4W55A 2IGCA 3HT9A 2RBSA 1LYJA 4W59A 1L62A 192LA 4E97A 2A4TA 1LI6A 226LA 2B70A 2B72A 238LA 3HH6A 224LA 1D2WA 1C6HA 4W52A 2LCBA 3V2YA 236LA 141LA 103LA 253LA 1P7SA 163LA 4I7PA 1C63A 1L77A 4GRVA 123LA 4W53A 1XJUA 246LA 156LA 3CDOA 142LA 3VW7A 244LA 1L69A 1G0KA 221LA 1SWYA 110LA 143LA 1CUQA 3SB8A 1LPYA 1L87A 1OVJA 3L64A 1QT7A 3GUPA 2F47A 1L80A 1CU0A 3C81A 3GUMA 3C83A 1C6KA 128LA 1QT4A 1OV5A 1C6FA 1L49A 3FADA 181LA 211LA 1SX2A 2B7XA 1C6TA 180LA 2OU9A 149LA 160LA 115LA 1L73A 1G0PA 1L98A 2HUMA 2OU0X 3FI5A 3QAKA 1L45A 1P64A 118LA 1C65A 4DAJA 3OE6A 1OYUA 1L47A 1T8AA 1L30A 1L39A 1QT8A 4LDLA 4YX7C 1C6CA 1L07A 1L94A 1L03A 248LA 1CX7A 1QTCA 199LA 252LA 230LA 111LA 1CU6A 3HTBA 1T8GA 1T97A 2RB1X 1L83A 237LA 4I7OA 1QTZA 3OE9A 186LA 1LLHA 2OE7X 218LA 1L26A 1PQKA 1CV4A 205LA 2B75A 1L84A 243LA 1L48A 1LYEA 1L08A 2RBOA 1LYHA 1G0MA 1L33A 3K2RA 259LA 215LA 2Q9DA 125LA 1KW7A 4ARJA 166LA 212LA 2ANVA 4I7NA 1P2LA 4EXMA 4W56A 3C7ZA 1CUPA 1OVKA 206LA 6LZMA 1L75A 184LA 1B6IA 3C8RA 1C6LA 200LA 4I7KA 1LYDA 4LDOA 174LA 3D4SA 2Q9EA 182LA 2F2QA 2RBNA 1K28A 1P37A 223LA 1G0GA 4PJZA 228LA 2OE9X 102LA 3HWLA 183LA 3GUKA 4I7TA 104LA 120LA 1C6NA 159LA 227LA 1L68A 1L79A 170LA 3CDTA 3HH4A 1OWYA 1SWZA 2F32A 2B6XA 3GUOA 3HDEA 1L71A 3HUAA 196LA 4S0WA 2L78A 139LA 4ARLA 1L41A 3HU9A 3DMVA 1L29A 1L46A 1D3MA 1L58A 257LA 1C6EA 1L32A 1QUDA 1L42A 3G3VA 2RBRA 1LGUA 2QARC 127LA 3PBLA 242LA 256LA 1L19A 1LYGA 1JTNA 201LA 2B6TA 3DMXA 109LA 241LA 1D3FA 2RH1A 161LA 3NYAA 3HTDA 3C8SA 1PQOA 1NHBA 1C61A 1OVHA 187LA 195LA 3C7WA 231LA 177LA 235LA 3GUNA 2OE4X 146LA 2O4WA 2QB0B 3DN1A 4PK0A 1KW5A 3V2WA 107LA 4ZPUA 1P5CA 198LA 1ZURA 1D9WA 1L14A 222LA 138LA 1CV5A 1L00A 197LA 1C6AA 209LA 172LA 4I7SA 1CU2A 157LA 108LA 1KY1A 1L02A 1LW9A 1LGXA 3CDVA 1PQDA 1WTHA 3UONA 1L56A 3C8QA 1QTDA 4IAPA 4W58A 1L97A 114LA 1P46A 3SB6A 214LA 1LYIA 1L63A 175LA 2OEAX 3G3WA 262LA 2HULA 169LA 3HH3A 4I7RA 3DKEX 137LA 173LA 4I7QA 3DN3A 1L09A 1DYBA 1L12A 217LA 1LWKA 168LA 1ZWNA 2RAYX 3CDQA 1CU3A 129LA 1L11A 1QUOA 1T6HA 3C7YA 1C6GA 4OO9A 4ARQA 126LA 1L76A 1L59A 1L86A 1SSYA 3DN4A 216LA 1LWGA 220LA 1QSQA 232LA 131LA 4AQNA 1L64A 1P3NA 130LA 1L05A 2RB2X 1CX6A 1L55A 3SB9A 1L01A 1L99A 2OTZX 1DYFA 1L22A 1C69A 158LA 1L91A 3SB7A 185LA 2OTYX 4ARMB 145LA 1L31A 4I7JA 3GUIA 4YXCA 3PDSA 4EKRA 3OE0A 3LZMA 190LA 1L21A 1L96A 1C68A 4LZMA 3SB5A 178LA 258LA 1CU5A 1L81A 261LA 233LA 2LZMA 1L13A 3DN8A 1DYEA 1CVKA 1L67A 152LA 3DN0A 1L92A 1OWZA 3C82A 2Z6BA 1KS3A 122LA 112LA 3SN6R 1ZYTA 229LA 167LA 3F9LA 1L61A 2NTHA 3C80A 3HTFA 1QTHA 2NTGA 2O79A 3HUQA 1QUGA 2B74A 3JR6A 1L89A 260LA 1C62A 1L25A 2ANXA 1CV0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETCA 3F8VA 164LA 1YL0X 1LAAA 1HFZA 5APCA 1C6QA 1LZ9A 4N9RA 1PS5A 2YBNA 1LZRA 1UIDA 1L72A 1KNIA 2EQLA 1KY0A 1XEKA 1L60A 4RLNA 4DJHA 1LJ3A 2RB0X 1QT5A 1W08A 2BQJA 4KXIA 3K3TA 2HEEA 4XJDA 1DYCA 2X0AA 1QTBA 148LE 3WPKA 1TCYA 4GBRB 1G06A 2RAZX 1UIHA 1GFRA 5A3EA 1YKXX 5I4WA 1NBYC 1GPQC 4NHTA 3SBAA 1C6JA 3GUJA 3IJVA 4H92A 1JTMA 5E9RA 1GF0A 3GXKA 4DDAA 188LA 254LA 3TMVA 4I7MA 2G4PA 2BQCA 1CV1A 1QS5A 3WUMA 2ZNWY 5KXKA 4LT2A 2BQKA 1LSEA 3W6CA 239LA 3F6ZA 2RBPA 3AZ7A 2FBDA 1YQVY 3HT7A 4MR1A 1BWIA 4LGKA 1V7TA 1NWGA 4EPFA 1QSBA 1LSGA 4WL6A 1YAPA 1QUTA 5KKIA 2NWDX 1B7OA 2HUKA 2B6ZA 1G1WA 2VB1A 140LA 1SLYA 4OWHA 4NG1A 225LA 1DYGA 2W1YA 1GBWA 1LMOA 1D6QA 1IWUA 2YVBA 2LC9A 4NIJA 1LZSA 3DN6A 1LGWA 1AT6A 1LMAA 1QUHA 4W51A 5D5FA 2DQJY 4EKSA 2B6WA 1GF7A 162LA 1OUAA 1L51A 2LHMA 1B9OA 2YBMA 1D0MA 1GAYA 1G07A 3LHMA 1LYFA 4NGZA 4WM1A 5LZMA 155LA 5FDJA 2BQBA 4PRQA 1LZEA 2IGCA 4W59A 4TWSA 4WMGA 4DDBA 2B70A 1J1OY 5LA8A 2FYCA 2A7DA 236LA 1P7SA 5HMJA 1L77A 4GRVA 2HUBA 3VW7A 1LMQA 2H9JA 1LPYA 1GE4A 1B5WA 1L80A 1OUCA 2Z2FA 2RSCA 5LVJA 3T36A 1C6FA 181LA 2B7XA 3WVXA 115LA 1G0PA 3AGIA 1CJ7A 3QAKA 1L45A 4DAJA 4HPIA 1GBZA 4B49A 5EBHA 5DM9A 1L30A 1L39A 1QT8A 4PPOA 1L07A 1LSBA 1HEMA 1L03A 248LA 1DQJC 1LYSA 4U3XB 4GCEA 4KPMA 199LA 1T97A 2RB1X 1D0KA 1D6PA 3WW6A 3RT5X 1BWJA 5F81A 218LA 2IHLA 1DPWA 2H9KA 2FYDA 4Z3MA 1IOTA 4PHIA 1CKFA 2BQDA 259LA 3RU5A 1LZBA 2Q9DA 1UIAA 1LSYA 3M18B 4ARJA 166LA 2ANVA 1EQEA 4EXMA 4W56A 3C7ZA 2MEBA 1CKDA 1OVKA 206LA 3AZ6A 6LZMA 4HJVA 1LMNA 4I7KA 1LYDA 174LA 1LHKA 182LA 3HBDA 3HFMY 4J7VA 1QSAA 1G0GA 1REZA 4I7TA 104LA 1LYOA 120LA 1CNSA 1L79A 170LA 1CJ9A 3GUOA 1YAMA 1RJCB 4S0WA 1JIYA 4G4HA 4XYYA 2HECA 5LVGA 2DQHY 1L58A 1T3PA 4EMNA 1C6EA 4J0LA 1L42A 3G3VA 1LGUA 2DBTA 2QARC 3PBLA 4NSIA 5B1GA 4G49A 3DMXA 208LA 241LA 2BQGA 1NHBA 195LA 1GEZA 1WQQA 2EIZC 2YSSC 4NSHA 1B0DA 146LA 3G3BB 1GFJA 1ZMYL 1XGPC 1IORA 1REXA 1ZURA 3B0KA 3WMKA 4PJ2C 1FKQA 138LA 1L00A 1ZV5L 197LA 2ZYPA 209LA 172LA 1UBZA 4GN3A 1CU2A 2BQEA 157LA 1KY1A 1GDXA 1L02A 4OW1A 1KIPC 1LZTA 3CT5A 5KXWA 4TTDA 1QTDA 4W58A 214LA 5ILFA 2Z12A 3ATOA 3DKEX 1VDQA 1OUFA 1LMTA 4I7QA 1LPIA 4TSCA 4OWBA 1ZWNA 2RAYX 1BB7A 4WG1A 1CU3A 5FHWA 1T6HA 1WQRA 4OO9A 126LA 5KXLA 4DWXA 220LA 2BLXA 2EKSC 1IR9A 232LA 1L64A 4H94A 1L05A 4TX7A 4J1BA 1LOZA 1L22A 3B0OA 158LA 1LHHA 3W3EA 3SB7A 2OTYX 4ARMB 2ZQ3A 1LZ6A 2LZ2A 2XTHA 3OE0A 3A34A 2BQLA 3LZMA 1L21A 1L96A 1C68A 3SB5A 178LA 1CU5A 1GD6A 1TAYA 2F30A 5FCPA 4LT0A 1L13A 1G7MC 1DYEA 3DN0A 2Q0MX 4B4IA 1OWZA 3B6LA 3C82A 3WH1A 122LA 4DT3A 4GLAA 3SN6R 4H8ZA 1FKVA 1B5VA 2Y8PA 4HSFA 1QDTA 5KXRA 1C62A 4D9ZA 1BWHA 2XJWA 4LYBA 5KXMA 2LYMA 2YDGA 3LZTA 3TXIA 4ARQB 1DI5A 1L93A 1L18A 7LYZA 1OV7A 1PQJA 3L2XA 1C45A 1L36A 1GB0A 1OUHA 5L9JA 5F14A 3G3XA 3KAMA 1LMCA 3P64A 2DQGY 3CB7A 249LA 1G0JA 1GFAA 1L27A 4NWEA 4ZEEA 1D3NA 1P36A 1RCMA 1JITA 1L24A 1G7JC 113LA 5ILCA 1I6SA 1B5ZA 3HDFA 3TMWA 3TMXA 3GULA 1GFGA 1UICA 1FBIX 1IWTA 1DYDA 1L66A 1AT5A 1L74A 1QTVA 1QS9A 2HU1A 3LZ2A 1GB6A 1FLYA 1GFHA 1C43A 1FLUA 2Z37A 2MECA 3WUAA 3AJNA 4YENA 5IDDA 5B06A 3D9AC 5F9XA 2DQDY 1D3JA 4AXTA 1YAOA 189LA 1QSWA 1QQYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ETC A;  3F8V A;  164L A;  1YL0 X;  1LAA A;  1HFZ A;  5APC A;  1C6Q A;  1LZ9 A;  4N9R A;  1PS5 A;  2YBN A;  1LZR A;  1UID A;  1L72 A;  1KNI A;  2EQL A;  1KY0 A;  1XEK A;  1L60 A;  4RLN A;  4DJH A;  1LJ3 A;  2RB0 X;  1QT5 A;  1W08 A;  2BQJ A;  4KXI A;  3K3T A;  2HEE A;  4XJD A;  1DYC A;  2X0A A;  1QTB A;  148L E;  3WPK A;  1TCY A;  4GBR B;  1G06 A;  2RAZ X;  1UIH A;  1GFR A;  5A3E A;  1YKX X;  5I4W A;  1NBY C;  1GPQ C;  4NHT A;  3SBA A;  1C6J A;  3GUJ A;  3IJV A;  4H92 A;  1JTM A;  5E9R A;  1GF0 A;  3GXK A;  4DDA A;  188L A;  254L A;  3TMV A;  4I7M A;  2G4P A;  2BQC A;  1CV1 A;  1QS5 A;  3WUM A;  2ZNW Y;  5KXK A;  4LT2 A;  2BQK A;  1LSE A;  3W6C A;  239L A;  3F6Z A;  2RBP A;  3AZ7 A;  2FBD A;  1YQV Y;  3HT7 A;  4MR1 A;  1BWI A;  4LGK A;  1V7T A;  1NWG A;  4EPF A;  1QSB A;  1LSG A;  4WL6 A;  1YAP A;  1QUT A;  5KKI A;  2NWD X;  1B7O A;  2HUK A;  2B6Z A;  1G1W A;  2VB1 A;  140L A;  1SLY A;  4OWH A;  4NG1 A;  225L A;  1DYG A;  2W1Y A;  1GBW A;  1LMO A;  1D6Q A;  1IWU A;  2YVB A;  2LC9 A;  4NIJ A; 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