4LZRA

Crystal structure of brd4(1) bound to colchicine
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
AMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLEYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLEDNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALESLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 4-Acyl pyrroles: mimicking acetylated lysines in histone code reading.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 39
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4lzrA01
4IR4A 4TQNA 5EGUA 5CQ3A 2DWWA 5A5QA 5EVAA 5HLSA 4XY8A 4YYKA 4CURA 4Z93A 5D3RA 4E96A 5KO4A 4CL9A 3NXBA 4UYHA 5E9MA 4LR6A 5C89A 5F2PA 4NUDA 5CUEA 4O75A 5EQ1A 5HRWA 5CQ8A 4NS5A 5F25A 2WP1A 2RFJA 5E9KA 4UYGA 4N4IA 3HMFA 3QZVA 4IR5A 4UYFA 4YK0A 5LVRA 5FFYA 3G0JA 3U5KA 4F3IA 4GPJA 3SVGA 4LC2A 1X0JA 3U5PA 4OGJA 5EWDA 5DY7A 3U5LA 2YDWA 5IGKA 4HXPA 5CRMA 5A5NA 3K2JA 5DYUA 4YBMA 4QC3A 4A9OA 4HBXA 5DKCA 2D9EA 4YYMA 5F61A 3O33A 4O70A 5HELA 5C8GA 4O71A 2YYNA 3TLPA 4BW4A 2YW5A 5KHMA 4YYDA 4TU6A 4UIZA 5AMFA 5L8UA 5ENBA 5FE2A 4HXLA 4Q0OA 4QSSA 5HENA 4XUAA 3DAIA 5FFWA 4YBSA 5D25A 5AD2A 4TTEA 5EPRA 5EPSA 5CUDA 3MB3A 3DWYA 5LVQA 5D26A 4YAXA 5E3DA 5EA1A 4UIWA 5L99A 3JVLA 4YYIA 5I88A 4CFLA 4NR8A 4A9IA 5IG6A 5D3NA 4QYLA 3AQAA 4CLBA 4QSUA 5A7CA 5AMEA 5CQ6A 4QSQA 3MULA 5CGPA 2LSPB 3UVWA 3UVYA 4A9MA 5COIA 4KV4A 4HBVA 5LKTA 3P1DA 1F68A 5IGNA 5D3TA 4HXKA 2RI7A 5I83A 4YC9A 4QSWA 5II2A 5CUAA 4A9NA 5A82A 3S91A 2L84A 4YH4A 5D3SA 5A5PA 5CS8A 5LJ2A 4OGIA 5KTXA 5E9LA 2R10A 4MEQA 5CZGA 5E9YA 4N3WA 5EI4A 4MR3A 5DW1A 4A9LA 3JVKA 5A5RA 4O77A 5F1HA 4KCXA 3MB4A 5EWVA 5A5OA 5EPBA 4CUSA 5CRZA 5BT3A 5C85A 5D0CA 3HMEA 5DFCA 5LKZA 4NR9A 1E6IA 4MEPA 5FE5A 5DKDA 4TT4A 4NUCA 4YABA 5LJ0A 5F60A 5CP5A 4QEVA 3UV4A 4NR4A 5ETBA 2L85A 4UIYA 3UV5A 4CFKA 5FE0A 4YH3A 4BHWA 5EM3A 5G4RA 4Z1SA 4TZ2A 5HEMA 3UW9A 5KTWA 2DVQA 5ETDA 5EP7A 4UIVA 3SVFA 2G4AA 2YEMA 5F36A 3I3JA 5CQ7A 5D3PA 4KV1A 5F62A 4LZSA 5L96A 4MEOA 4O7BA 4LYSA 4IOQA 1N72A 1WUGA 4Y03A 3ONIA 5FG4A 3SVHA 5H1TA 5CFWA 4NYVA 4PS5A 5JI8A 4O7CA 1JSPB 4QZSA 5L97A 5DKHA 2DVVA 5A83A 2DVSA 5FE1A 5D3LA 4MR6A 2FSAA 3O36A 5FH6A 3LJWA 5A85A 2L5EA 5C7NA 4NRBA 4IR3A 5L98A 5D3HA 4PKLA 3P1EA 4ZQLA 5DYXA 5H85A 5AD3A 3GG3A 2D82A 4TS8A 5LKUA 4YYJA 3U5JA 4QR3A 4N4HA 2I8NA 4QR5A 5EICA 4TT2A 5EU1A 2NXBA 5DFBA 2OO1A 3MQMA 5E9VA 5E73A 5K29A 2YELA 4Z6IA 5EISA 4QEUA 3HMHA 4QY4A 4BW1A 5I7YA 3QZSA 3JVJA 5IGLA 5IIDA 3ZYUA 4XY9A 5EWWA 4QNSA 3MXFA 4HXMA 4XYAA 5FE8A 5I29A 1JM4B 2RO1A 5DYCA 5EV9A 3U5MA 4X2IA 5A81A 3Q2FA 4ALGA 2E3KA 3FKMX 4O7EA 4QR4A 4O76A 5FBXA 4TT6A 5HJCA 4CUTA 4LYWA 4A9KA 2F6JA 4TZ8A 5LJ1A 4CUQA 5L8TA 4O7FA 5F3AA 4NQMA 3LQJA 4IORA 4NRCA 4PY6A 3O35A 4MR5A 5CQ5A 3G0LA 3LQHA 3U5OA 5TB6A 5CU8A 4HXSA 4NQNA 5DX4A 4YATA 5CTLA 4MR4A 5FH7A 4J0RA 5FFVA 4BW2A 2RS9B 4OUFA 3IU5A 4WIVA 1ZS5A 4TU4A 2RNXA 5DLXA 4IR6A 4O72A 4QB3A 5CUBA 5HFQA 4Z1QA 5CY9A 5FB0A 5CQTA 5DYAA 2YEKA 5I1QA 3P5OA 5E3GA 5EK9A 5ENHA 5D24A 5A5SA 4BJXA 4DONA 5FE7A 4QSTA 4QUTA 4YY6A 4YBTA 4LRGA 2R0YA 3LQIA 2DKWA 4NR5A 4QEWA 4J0SA 4NYWA 5HM0A 4PTBA 5ENFA 4QSXA 5IBNA 5F63A 2DVRA 3UV2A 5DLZA 5E9IA 5ENIA 5LKXA 4UYFB 4XUBA 5FE6A 5HRVA 4NYXA 4QUUA 4Q0NA 2F6NA 4CUUA 2WP2A 4ALHA 4BW3A 5HFRA 5CUGA 3QZTA 2I7KA 4QSRA 3JVMA 3RCWA 5I7XA 5HQ6A 4O7AA 5C87A 3O34A 4A9EA 3IU6A 5H1VA 4LZRA 4HBYA 5IGMA 4RVRA 5ENCA 2KTBB 3S92A 2RNWA 4HXNA 5FG6A 5HQ7A 4QC1A 4MENA 4QSVA 4LYIA 4YY4A 4PCIA 3AADA 4NRAA 2OSSA 1WUMA 3P1CA 4QYDA 3O37A 4UYDA 5TCMA 4NR6A 4FLPA 4UYEA 4C67A 5EWCA 4IOOA 2R0SA 3UVDA 4O78A 3U5NA 4ZW1A 5DBMA 4WHWA 2R0VA 5E0RA 4HBWA 5F5ZA 5I40A 2RNYA 2MJVB 4Z6HA 3UVXA 5F1LA 4CUPA 4NR7A 3MUKA 4O74A 5C4QA 5I80A 5G4SA 5ACYA 4ZC9A 4LZ2A 5E7DA 5D3JA 4N4GA 5FB1A 2GRCA 5BT4A 5D7XA 4C66A 2DATA 5JWMA 2H60A 2N9GA 5EWHA 5FE3A 5ENEA 3P1FA 4N4FA 5CQAA 5DW2A 5ENGA 5LUUA 3D7CA 4UIXA 5HRXA 4UITA 4TYLA 2E7OA 4QSPA 5J0DA 4UIUA 4A9FA 4A9HA 5E74A 5CPEA 5KTUA 5FE4A 5FG5A 1EQFA 4YYGA 5FE9A 2YQDA 4YADA 2OUOA 3LXJA 5BT5A 5HCLA 5H1UA 4J1PA 4WHUA 4LDFA 5CUCA 5I89A 4A9JA 5HQ5A 5FH8A 3Q2EA 4AKNA 5ENJA 5I86A 5KU3A 4PCEA 4J3IA 5II1A 2E7NA 4NUEA 5DFDA 4YYNA 4QBMA 5CQ4A 4HXOA 5FDZA 4NXJA 4HXRA 4YYHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IR4A 4TQNA 5EGUA 5CQ3A 2DWWA 5A5QA 5EVAA 5HLSA 4XY8A 4YYKA 4CURA 4Z93A 5D3RA 4E96A 5KO4A 4CL9A 3NXBA 4UYHA 5E9MA 4LR6A 5C89A 5F2PA 4NUDA 5CUEA 4O75A 5EQ1A 5HRWA 5CQ8A 4NS5A 5F25A 2WP1A 2RFJA 5E9KA 4UYGA 4N4IA 3HMFA 3QZVA 4IR5A 4UYFA 4YK0A 5LVRA 5FFYA 3G0JA 3U5KA 4F3IA 4GPJA 3SVGA 4LC2A 1X0JA 3U5PA 4OGJA 5EWDA 5DY7A 3U5LA 2YDWA 5IGKA 4HXPA 5CRMA 5A5NA 3K2JA 5DYUA 4YBMA 4QC3A 4A9OA 4HBXA 5DKCA 2D9EA 4YYMA 5F61A 3O33A 4O70A 5HELA 5C8GA 4O71A 2YYNA 3TLPA 4BW4A 2YW5A 5KHMA 4YYDA 4TU6A 4UIZA 5AMFA 5L8UA 5ENBA 5FE2A 4HXLA 4AKIA 4Q0OA 4QSSA 5HENA 4XUAA 3DAIA 5FFWA 4YBSA 5D25A 5AD2A 4TTEA 5EPRA 5EPSA 5CUDA 3MB3A 3DWYA 5LVQA 5D26A 4YAXA 5E3DA 5EA1A 4UIWA 5L99A 3JVLA 4YYIA 5I88A 4CFLA 4NR8A 4A9IA 5IG6A 5D3NA 4QYLA 3AQAA 4CLBA 4QSUA 5A7CA 5AMEA 5CQ6A 4QSQA 3MULA 5CGPA 2LSPB 3UVWA 3UVYA 4A9MA 5COIA 4KV4A 4HBVA 5LKTA 3P1DA 1F68A 5IGNA 5D3TA 4HXKA 2RI7A 5I83A 4YC9A 3D1BA 4QSWA 5II2A 5CUAA 4A9NA 5A82A 3S91A 2L84A 4YH4A 5D3SA 5A5PA 5CS8A 5LJ2A 4OGIA 5KTXA 5E9LA 4AKGA 2R10A 4MEQA 5CZGA 5E9YA 4N3WA 5EI4A 4MR3A 5DW1A 4A9LA 3JVKA 5A5RA 4O77A 5F1HA 4KCXA 3MB4A 5EWVA 5A5OA 5EPBA 4CUSA 5CRZA 5BT3A 5C85A 5D0CA 3HMEA 5DFCA 5LKZA 4NR9A 1E6IA 4MEPA 5FE5A 3VKGA 5DKDA 4TT4A 4NUCA 4YABA 5LJ0A 5F60A 5CP5A 4QEVA 3UV4A 4NR4A 5ETBA 2L85A 4UIYA 3UV5A 1PUOA 4CFKA 5FE0A 4YH3A 4BHWA 5EM3A 5G4RA 4Z1SA 4TZ2A 5HEMA 3UW9A 5KTWA 2DVQA 5ETDA 5EP7A 4UIVA 3SVFA 2G4AA 2YEMA 5F36A 3I3JA 5CQ7A 5D3PA 4KV1A 3D1DA 5F62A 4LZSA 5L96A 4MEOA 4O7BA 4LYSA 4IOQA 1N72A 1WUGA 4Y03A 3ONIA 5FG4A 3SVHA 5H1TA 5CFWA 4AKHA 4NYVA 4PS5A 5JI8A 4O7CA 1JSPB 4QZSA 5L97A 5DKHA 2DVVA 5A83A 2DVSA 5FE1A 5D3LA 4MR6A 2FSAA 3O36A 5FH6A 3LJWA 5A85A 2L5EA 5C7NA 4NRBA 4IR3A 5L98A 5D3HA 4PKLA 3P1EA 4ZQLA 5DYXA 5H85A 5AD3A 3GG3A 2D82A 4TS8A 5LKUA 4YYJA 3U5JA 4QR3A 4N4HA 2I8NA 4QR5A 5EICA 4TT2A 5EU1A 2NXBA 5DFBA 2OO1A 3MQMA 5E9VA 5E73A 5K29A 2YELA 4Z6IA 5EISA 4QEUA 3HMHA 4QY4A 4BW1A 5I7YA 3QZSA 3JVJA 5IGLA 5IIDA 3ZYUA 4XY9A 5EWWA 4QNSA 3MXFA 4HXMA 4XYAA 5FE8A 5I29A 1JM4B 2RO1A 5DYCA 5EV9A 3U5MA 4X2IA 5A81A 3Q2FA 4ALGA 2E3KA 3FKMX 4O7EA 4QR4A 4O76A 5FBXA 4TT6A 5HJCA 3ERRA 4CUTA 4LYWA 4A9KA 2F6JA 4TZ8A 5LJ1A 4CUQA 5L8TA 4O7FA 5F3AA 4NQMA 3LQJA 4IORA 4NRCA 4PY6A 3O35A 4MR5A 5CQ5A 3G0LA 3LQHA 3U5OA 5TB6A 5CU8A 4HXSA 4NQNA 5DX4A 4YATA 5CTLA 4MR4A 5FH7A 4J0RA 5FFVA 4BW2A 2RS9B 4OUFA 3IU5A 4WIVA 1ZS5A 4TU4A 2RNXA 5DLXA 4IR6A 4O72A 4QB3A 5CUBA 5HFQA 4Z1QA 5CY9A 5FB0A 5CQTA 5DYAA 2YEKA 5I1QA 3P5OA 5E3GA 5EK9A 5ENHA 5D24A 5A5SA 4BJXA 4DONA 5FE7A 4QSTA 4QUTA 4YY6A 4YBTA 4LRGA 2R0YA 3LQIA 2DKWA 4NR5A 4QEWA 4J0SA 4NYWA 5HM0A 4PTBA 5ENFA 4QSXA 5IBNA 5F63A 2DVRA 3UV2A 5DLZA 5E9IA 5ENIA 5LKXA 4UYFB 4XUBA 5FE6A 5HRVA 4NYXA 4QUUA 4Q0NA 2F6NA 4CUUA 2WP2A 4ALHA 4BW3A 5HFRA 5CUGA 3QZTA 2I7KA 4QSRA 3JVMA 3RCWA 5I7XA 5HQ6A 4O7AA 5C87A 3O34A 3VKHA 4A9EA 3IU6A 5H1VA 4LZRA 4HBYA 5IGMA 4RVRA 5ENCA 2KTBB 3S92A 2RNWA 4HXNA 5FG6A 5HQ7A 4QC1A 4MENA 4QSVA 4LYIA 4YY4A 4PCIA 3AADA 4NRAA 2OSSA 1WUMA 3P1CA 4QYDA 3O37A 4UYDA 5TCMA 4NR6A 4FLPA 4UYEA 4C67A 5EWCA 4IOOA 2R0SA 3UVDA 4O78A 3U5NA 4ZW1A 5DBMA 4WHWA 2R0VA 5E0RA 4HBWA 5F5ZA 5I40A 2RNYA 2MJVB 4Z6HA 3UVXA 4AI6A 5F1LA 4CUPA 4NR7A 3MUKA 4O74A 5C4QA 5I80A 5G4SA 5ACYA 4ZC9A 4LZ2A 5E7DA 5D3JA 4N4GA 5FB1A 2GRCA 5BT4A 5D7XA 4C66A 2DATA 5JWMA 2H60A 2N9GA 5EWHA 5FE3A 5ENEA 3P1FA 4N4FA 5CQAA 5DW2A 5ENGA 5LUUA 3D7CA 4UIXA 5HRXA 4UITA 4TYLA 2E7OA 4QSPA 5J0DA 4UIUA 4A9FA 4A9HA 5E74A 5CPEA 5KTUA 5FE4A 2EJNA 5FG5A 1EQFA 4YYGA 5FE9A 2YQDA 4YADA 2OUOA 3LXJA 5BT5A 5HCLA 5H1UA 4J1PA 4WHUA 4LDFA 5CUCA 5I89A 4A9JA 5HQ5A 5FH8A 3Q2EA 4AKNA 5ENJA 5I86A 5KU3A 4PCEA 4J3IA 5II1A 2E7NA 1ZKRA 4NUEA 5DFDA 4YYNA 4QBMA 5CQ4A 4HXOA 5FDZA 4NXJA 4HXRA 4YYHA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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