4M19A

Dihydrodipicolinate synthase from c. jejuni with pyruvate bound to the active site and lysine bound to allosteric site
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
296
structure length
295
Chain Sequence
KNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Campylobacter jejuni subsp. jejuni
publication title Tyrosine 110 Plays a Critical Role in Regulating the Allosteric Inhibition of Campylobacter jejuni Dihydrodipicolinate Synthase by Lysine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
total genus 118
structure length 295
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2013-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4m19A00
1KFBA 3N73A 3NQGA 1Q45A 2GQAA 4JTTA 5LSMA 5TIMA 3W7MA 4DQWA 3TXZA 1GVFA 5FEXA 3USBA 2PRHA 3W07A 2BZNA 3P81A 4MJZA 1GTEA 3L0NA 3NOEA 5J5RA 1GG0A 2V5LA 4JD4A 4FNTA 4OT7A 3C52A 2WPBA 1TV7A 3RLVA 3LXBA 1VHCA 2B7PA 3PC0A 1T99A 5KINA 3UWQA 2ZZ3A 1SO3A 2O7SA 4HHPA 2Y6ZA 3NQ8A 3DFOA 3QM3A 3LGEA 1AL8A 2E6FA 3I7SA 1FWNA 1EP2A 4HNTA 1T96A 2ZQ0A 3DFQA 3MI2A 2DORA 4LTSA 4XUGA 1ZFJA 4JYDA 3TSMA 3BO9A 2ZBTA 3FIGA 1PIIA 3G1XA 1FBAA 4P2VA 4ALDA 1EB3A 3MO7A 3BARA 3RLUA 3M7WA 3NQCA 3QMTA 3IVUA 3W1MA 5G2WA 3B8DA 1RQHA 2BWGA 4UTMA 2FJKA 4KWWA 3EWUA 3GR7A 1ADOA 3L0GA 4DPPA 4QQ3A 3BGJA 1ALDA 5CGQA 5K9XA 3QC3A 4A2SA 3HGSA 4CNOA 4N4QA 4UTTA 5LGXA 3TC7A 1BWKA 3CT7A 4UCGA 5KSWA 2BX7A 3SR7A 2GVGA 1S5TA 3P8JA 4O11A 2UV8G 1FCUA 3YPIA 5D09A 4U28A 2G95A 2H3BA 4OBTA 2NZLA 5DCEA 3LRMA 4BI5A 1W56A 1I2RA 1OABA 3LCFA 3W22A 1SUXA 3C2EA 3BK0A 4ZQMA 1J5TA 3T4CA 2X1UA 3P7YA 1TJPA 4FHAA 3LTSA 5F4SA 1OFEA 2QAPA 3C3NA 1GVRA 3GX9A 1BTMA 3H55A 2PC4A 3TQKA 1LRTA 1RV8A 3LM7A 4JX6A 1GEQA 4JTFA 1SU5A 3O05A 1ZY9A 3KVJA 1H63A 1K8YA 5AHNA 2RKXA 3A5VA 1H62A 4UTWA 5AYYA 3G1HA 4RLIA 1GT8A 4R7JA 2ALDA 3W1RA 3M9YA 2Y63A 1FWRA 4LC6A 2CWNA 3B4UA 5I3GA 2WO5A 3UD6A 3HGOA 2NUWA 1ZNNA 3C8FA 4NJGA 1XL9A 1XUUA 3IIZA 2CZEA 5AC6A 4I7UA 3M44A 4PH6A 5D32A 4MLRA 3W85A 5K4ZA 2PCQA 5C54A 2VELA 4Y90A 1G7UA 3QZEA 4XKYB 5DY2A 3DI1A 1NAL1 3DZ1A 3FOKA 1B9BA 2QCEA 1FQ0A 4LUIA 2ISWA 2XN0A 2A6NA 5CZJA 1ZAIA 2C0AA 3BPWA 1TCDA 5L6UA 4IQLA 4LS2A 1W5PA 2Y88A 1IXNA 4DBEA 1NEYA 4UTIA 2RHGA 3WK1A 4N9EA 4LV9A 3TXVA 2ZZ2A 1QCWA 4MZ1A 5D37A 1ZHAA 3W74A 1DQXA 1OYBA 3SW6A 3O15A 1P0NA 4BI7A 3W1XA 3MP5A 4MLJA 1QO5A 3W23A 2CZDA 3OHIA 4FXSA 2VEKA 4N9BA 1PCKA 1G4TA 3S6DA 3ABOA 5DY3A 1KV8A 3SSJA 3VFLA 5AB3A 1F7BA 4LVAA 5D02A 5HJLA 1RZMA 1I2QA 4LUJA 4QIUA 1G6CA 2QCHA 4EVZA 4E0CA 2A4AA 1LM1A 2CLMA 3PULA 3S5YA 3BG9A 1KTBA 4O52A 4ZQNA 2BSLA 1EA0A 1A5BA 2FPVA 3C4UA 1O4UA 4H4IA 5HMSA 4PODA 5KMYA 1H51A 5DN1A 3GXTA 4HT3A 2JBMA 1LRNA 4EWND 3T44A 5KZMA 3E02A 4OV9A 1TTPA 4XTDA 2C14A 3UWWA 1ZALA 4KFNA 2Y70A 3N2MA 1VPXA 3O1NA 2NX3A 3LLDA 3PUEA 2WQPA 4E2DA 2R14A 2F84A 1R2TA 3G1SA 4MPQA 4O1CA 4RKAA 4UTKA 4MY1A 2Y85A 3NQVA 3W71A 4LNYA 1GJPA 4U4MA 2QUVA 3PUDA 5F4XA 3G0XA 3S8HA 3MWAA 4GUGA 2X16A 4O1AA 1UUMA 1JCXA 1L6WA 3GKAA 3CIWA 5BNKA 1GOXA 2C3ZA 4O8RA 1EX5A 1ICPA 5I3KA 1L2UA 2WSYA 1MO0A 1GVQA 1AW5A 3FLUA 3LRLA 3TIMA 1A5AA 5H2ZA 1SO5A 4HSNA 2CZFA 3QRHA 1MEIA 1TRIA 4UTLA 3HPXA 1FUYA 3RNDA 3LB0A 1KLZA 3OVRA 3N2XA 4AVFA 3NL6A 3UZ5A 2V82A 3H53A 3O16A 4RCXA 3VI2A 3R2GA 4Q32A 4O0KA 1LCOA 4Y96A 1DL3A 3MP3A 3TCEA 4FIRA 4K7YA 5K4XA 1JUBA 3NM1A 1UCWA 4FNSA 5C55A 3GNDA 1M5WA 3FKRA 4N6FA 3R12A 3HMJG 1AMKA 1P0KA 4LVDA 1OF8A 2A2IA 4JTUA 1JCLA 4BWLA 1GQNA 4KWVA 3N14A 1XDMA 3LOTA 3MW7A 3TW7A 4CQ9A 3U6WA 1ZAHA 1LOSA 1NF0A 3PM6A 2E5DA 5KZDA 5FEWA 3CB8A 1YXDA 3A22A 4K8HA 5E93A 3LCLA 3LCIA 2AAMA 2PRLA 3NNTA 4M6VA 1G67A 3OVQA 3LBCA 4LW7A 3KXQA 2ZZ1A 5I3IA 4IWWA 1YTKA 5IBXA 2BXVA 2ZRUA 1RR2A 1W3NA 4QITA 4LRSA 1OF6A 4OGZA 1G69A 4UFHA 3MJYA 5DXYA 3TW6A 2QUUA 1VS1A 3MHUA 4UTJA 2J88A 4LC8A 2PURA 5BRBA 3A24A 4ADSA 2ZRYA 3MMTA 4YL2A 5DELA 4AF0A 3I7QA 5ABTA 3JRKA 1LDCA 1AL7A 1TYGA 2DZXA 1P4CA 4UFIA 2OCZA 1FWSA 1XUZA 1XBYA 4N2YA 2ZRZA 4RZ6A 3BG5A 4K36A 4GUIA 4A3UA 4ICNA 3W1QA 4LWWA 1TTJA 3NM3A 2R91A 1FCVA 2A1YA 3UY7A 2EAWA 4DELA 3GLCA 4AH7A 1J4EA 4EIVA 3ATYA 5U7SA 4UNLA 2C16A 3P80A 3KFTA 1T0OA 3W73A 3R5EA 1L6YA 4MY8A 3IIOA 3EWZA 4BR1A 3CLMA 4ZQOA 3BV4A 1S5VA 3DH7A 3KVLA 3P84A 4N02A 1TV8A 2H3DA 4MJMA 4R53A 1PS9A 3TAOA 3DENA 4LOCA 1DHPA 1GPWA 3LLFA 4N4PA 3C56A 1JR1A 4UXDA 2HS8A 4KKXA 4WY0F 5EKYA 1B3OA 5EBUA 1SFLA 5G2IA 3SGUA 3EXSA 3WJWA 3LX9A 3TV8A 3QJAA 1KFCA 2H6RA 2CLIA 4GUJA 3KVKA 4K39A 3W76A 3SFKA 4BFAA 1Q6OA 3F4WA 3IEBA 3O63A 1W37A 5FESA 1OX4B 3QYQA 5HR6A 4HSOA 4OHQA 1TPUA 3LHTA 3IV3A 4K37A 4AHQA 4O17A 4O18A 4POCA 5CPOA 1YDOA 3PSVA 3QF0A 1EP3A 3P61A 2P10A 3NVTA 4RZ4A 4FXRA 1OFBA 3E9AA 4NJIA 3C0JA 2NV2A 4EOUA 1DBTA 3GDLA 3LI1A 3GXPA 4JXCA 2QJHA 2YXGA 2A7NA 2YZRA 5LNRA 1FCQA 2FPYA 3NQAA 3SECA 5G5IA 4GE8A 1XC4A 2X1RA 5LGZA 2A6LA 2NUXA 4O54A 4O4WA 1I2NA 1TPH1 3FA5A 3LHYA 3NPXA 1G4SA 6ALDA 1L6SA 4PC8A 2YW4A 2PE4A 3L68A 3SJ3A 1G4EA 3T55A 4Z1DA 3IVTA 3QSRA 4YMZA 3O6CA 3S5OA 3UWYA 5TQLA 3FYPA 1BEUA 3M5ZA 1DKWA 1GYLA 4RJEA 3PVFA 1GTHA 2G96A 2QCMA 5D2TA 4MFEA 4FNUA 3W87A 1KA9F 3STFA 1JCJA 3BW4A 4NQ1A 4IGHA 1ZJIA 3B06A 3HGRA 4O15A 2VFGA 1I4NA 4CNNA 1B4KA 3DI0A 3TX9A 3QW4B 3IGSA 1FXPA 4O4VA 3PBWA 2C1HA 1WQ5A 3NQEA 4HPXA 2B7NA 1ICSA 4R34A 2QDHA 3A5FA 4MVAA 3WJZA 3NPUA 1ML1A 5CPMA 5D2XA 3B0PA 5I3HA 4JIQA 3UQNA 3VKJA 1K7EA 3EWXA 1KM5A 1TPDA 2WSRA 5CPLA 4O53A 3BGGA 3M5XA 3NL3A 1AK5A 1RD5A 1HUVA 5BMXA 4O28A 1B4EA 1LRQA 5FF2A 3TQVA 2QEZA 5LKYA 1PCWA 4O0ZA 1U83A 4YCPA 1X7FA 3M5YA 3C61A 2C19A 2W6RA 1JCMP 3W7PA 3ATZA 4IX2A 1JJKA 1DOSA 1KFEA 1H7OA 4Q33A 4JDYA 1H5YA 4WY0B 1DORA 3W72A 3W3OA 3NQ7A 3NPWA 4BI6A 5HULA 2YYUA 3CM4A 3NL5A 5AYZA 2Z6JA 4K38A 2BTMA 4O10A 3MBFA 4HNVA 3LHZA 4LVGA 3CWNA 3B0UX 2DP3A 2A7PA 2Y62A 4GUHA 1D9EA 3NO5A 1T8XA 2Q3OA 2VFIA 5K7JA 1KM2A 1H7NA 4CCEA 4D2JA 4HNNA 4IMCA 3IVSA 3IIVA 2CLOA 4L4LA 5A8GA 2E6DA 4JTLA 4NNBA 3RU6A 4PTNA 4X2RA 7TIMA 1AW1A 3LDVA 4M7SA 2FPTA 1K7XA 3CIXA 2A7RA 1S5WA 2DZWA 3I68A 3ELFA 4O19A 2YFOA 1GWJA 2B7QA 5HWJA 5KZEA 1RPXA 4PL1A 4IMGA 3ZWTA 3O07A 3CU2A 4NU7A 3G1DA 1TREA 3TMQA 4UTHA 2W79A 3SIZA 1NVMA 4XQ6A 5A5WA 4JEQA 4OWGA 3V1PA 1DVJA 5AOUA 3LCXA 2DZVA 1N55A 2ISVA 4YWIA 3OVPA 4X3ZA 3W7NA 1XBXA 2P1FA 3P82A 1JVNA 1R30A 3F1QA 3W1PA 4ADTA 2ZRXA 3HG3A 1XKYA 2VKZG 2QKFA 3D0CA 5FEZA 2X2GA 4LU0A 1Q6LA 4XWUA 3W7EA 1R47A 4NXSA 3W7HA 4GUFA 1OX5A 3W7OA 4CCCA 4TU1A 3HJZA 1M7OA 1OG0A 3UY8A 1KBJA 3W7JA 3G24A 3W9ZA 4FNRA 4O1BA 1YLVA 1Z44A 5K9DA 4UMCA 4GNJA 4FX7A 2NX1A 5AYXA 3PR2A 4FX8A 4ZL1A 4QNWA 5HQEA 1SO4A 2RFGA 1RVGA 2OT1A 3P8IA 3MUXA 5LNWA 1EP1A 3O06A 2H8ZA 4GC4A 1KFLA 2ZZ4A 2GJNA 1TPWA 3Q94A 3GAYA 4YLWA 2QDGA 4EF9A 4FF7A 3P5ZA 1KW1A 2TMDA 2OT0A 3LTPA 2ZZ7A 1TRDA 1LLWA 4NUWA 5LNSA 2TSYA 3TQ0A 2VEIA 1VYRA 2VENA 4IUOA 4UMBA 2WJZA 1BKSA 3C2RA 2TRSA 1UB3A 1JRCA 1UJPA 1ME8A 3CWOX 1JUKA 3C2FA 1WX0A 2C6QA 3OEXA 2Z6IA 3KAOA 3P5YA 2J24A 3TJLA 3EWWA 3PG9A 1SO6A 1MSSA 3ZWSA 5C6MA 3KX6A 2F7FA 1H7XA 2Y61A 4WQ6A 1D3GA 4JTHA 3BW3A 3N9SA 1QDSA 5CZ0A 4I9AA 1YPIA 3RK8A 1OFPA 3C2OA 2DZPA 5D2VA 2YX0A 3SI9A 4HKPA 5FF0A 3MP4A 3WK0A 2A5HA 2B7OA 1C8VA 3SY5A 4XBKA 1TO3A 4FNQA 1SR9A 3P67A 4AWTA 3GR8A 1X1ZA 6TIMA 2Z0IA 4ADUA 4DF0A 4WUIA 1EEPA 4W9TA 4YCOA 3W7QA 1XCFA 5HR7A 1F74A 3CPRA 2R94A 3ANYA 1WA3A 4DF1A 2QAFA 3GKFA 4FIQA 3TFCA 1IXQA 3W2JA 4Y6GA 3R89A 4L4MA 3AO0A 4M5PA 5G4EA 4NZFA 1H7RA 2WV8A 4WX2A 2V0TA 3UWVA 4IXHA 2CZ5A 4I7VA 2EHHA 4NX0A 3ABQA 1PL9A 4HPJA 3DXIA 1OK4A 1E51A 3B03A 5AHEA 3W6YA 4PA8A 3DGRA 3E96A 3EXTA 3GIYA 3JS3A 5F2IA 5BMWA 3M41A 4OV4A 1X8FA 4I7WA 1G4PA 3PSWA 5FEPA 1R2RA 1VH7A 2E77A 1JULA 1CI1A 2CW6A 1WOBA 3W1NA 1FDZA 3IIXA 2JKEA 3G3DA 3L21A 3SZ8A 1GVOA 1WDWA 4FB7A 4DBDA 3QPYA 2QCDB 2NLIA 1PVNA 5CZSA 4MY9A 2GJLA 1O60A 2NXIA 2ZTKA 5F1UA 2R8WA 2J9YA 4LRTA 1LBFA 1K3UA 4ZVJA 5FF7A 4UNKA 1L9WA 2DU2A 3FS2A 4IXXA 5DBUA 3ZR4A 4JTKA 2H90A 5EY5A 3S1WA 1QO2A 3TJXA 3EWYA 2D73A 5FF3A 1QPNA 2C15A 4UFLA 4A29A 4IJBA 1ICQA 4NX5A 2RH9A 4IMFA 5D38A 3TAKA 1HO4A 1D3HA 2CLHA 4RZ5A 3W7RA 4JYEA 2FB2A 4N6EA 4UUIA 4K7VA 3HG2A 1TPC1 2QCNA 1OJXA 1KFKA 3LERA 1ME7A 4RXFA 4AWUA 3JR2A 2E09A 2EF9A 2ZRWA 1QWGA 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 2CLL A;  1FCB A;  5HWN A;  4CNP A;  3QST A;  5F4W A;  3P62 A;  3L66 A;  4GBU A;  1EWE A;  1W1Z A;  3W7G A;  2EGZ A;  3I7R A;  1Q6R A;  2RDW A;  4DPQ A;  1JCN A;  1F6P A;  3S1X A;  1I2O A;  3QQ1 A;  2JGQ A;  3G3M A;  2ZA1 A;  2Z1B A;  1FDY A;  2O7Q A;  4LT9 A;  1W3I A;  3EKZ A;  1FDJ A;  1FX6 A;  1YPF A;  3U2O A;  3G18 A;  3L9C A;  4Z1A A;  1G7V A;  2ZZ5 A;  4QNE A;  4TO8 A;  4Z0S A;  2JK2 A;  1YXY A;  2YFN A;  4JX4 A;  3M0Z A;  3TA6 A;  3VE9 A;  2NUY A;  3TH6 A;  2B0M A;  3KVM A;  5DLC A;  4B5N A;  4JNM A;  3NQF A;  1FWW A;  5E0K A;  4JS3 A;  1RQB A;  1IF2 A;  4KFO A;  1SW0 A;  5EPD A;  3LCH A;  1SW7 A;  2YYT A;  4M7T A;  3ZFH A;  1VYP X;  1LLZ A;  3V75 A;  1QR7 A;  3UWU A;  3PUO A;  1H7P A;  4UC5 A;  2I9E A;  2X30 A;  2QUT A;  2C18 A;  2ZCG A;  3G0U A;  4JTE A;  2Q8L A;  2HTM A;  1TJR A;  3G1F A;  4AHP A;  3VND A;  4UR7 A;  3TR2 A;  3W7I A;  4X9S A;  2WOQ A;  2GPT A;  2V9D A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NDY A;  4FXF A;  1TWD A;  2GQA A;  4PMR A;  5LSM A;  3CO4 A;  4D8L A;  3BAX A;  2WAG A;  1TVN A;  4DQW A;  3WD3 A;  5FEX A;  3T0T A;  4HP5 A;  3OB8 A;  4KWS A;  1GTE A;  4V27 A;  1UWS A;  4GIY A;  4M3P A;  2V5L A;  1PO9 A;  2XSA A;  4XO6 A;  2WPB A;  3KOZ A;  3PC0 A;  2O7S A;  1XH1 A;  1X1N A;  1PB0 A;  5RUB A;  2E6F A;  3T0C A;  1FWN A;  3M0J A;  1EP2 A;  1J0J A;  3DFQ A;  3MI2 A;  3AYR A;  4LTS A;  2YDQ A;  3QN3 A;  3BO9 A;  2ZBT A;  3WNP A;  3WDH A;  3AIC A;  2I5G A;  2PBO A;  3MO7 A;  3BAR A;  4ZST A;  3M7W A;  3QMT A;  3IVU A;  5HMF A;  1ZZM A;  3RO8 A;  3RYS A;  1R86 A;  1RQH A;  2FJK A;  4NSB A;  3H70 A;  3I6E A;  3BGJ A;  4BY3 A;  1JGM A;  4QDW A;  4E6M A;  4LY4 A;  2HCV A;  5KSW A;  1PSC A;  3SR7 A;  1JPH A;  3TYA A;  2GVG A;  4GIS A;  2HPM A;  4G6C A;  4HZ7 A;  2NZL A;  3S5S A;  1QK0 A;  1US3 A;  2GVY A;  1W56 A;  5DO8 A;  5JBD A;  3AIU A;  3MKK A;  3VCN A;  1HJW A;  3BK0 A;  3C2E A;  3VGE A;  1E6P A;  4CEU C;  3T4C A;  3EKG A;  1Q8A A;  1K9E A;  1W1V A;  2WXD M;  1TJP A;  4GNK B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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