4M3UA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 329
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3uA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3uA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3uA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3uA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3uA03
4IKFA 2YHBA 2AJQA 3TAFA 4FLVA 4CJSA 2KFZA 1RT1A 1LW2A 4ID5A 2WONA 2PYLA 4H4MA 3HPGA 4CGIA 4DLEA 1IO2A 1FKPA 3KD1E 4FCYA 3SUPA 3ZT3A 4CK2A 4J2DA 5EU7A 3VQ6A 3L3VA 4KREA 4DQQA 1WSEA 4AHCA 2QXFA 2Y1IA 1N5YA 4FJ7A 4ELVA 3OYHA 2E6MA 4ZHRA 1TAUA 2P51A 4FJGA 3AVGA 1ZBIA 2HVIA 4LSLA 3B6PA 3S9HA 1S1XA 4KTQA 1ASVA 3OYMA 2XY5A 4KHNA 1RDBA 4DTRA 3D0PA 4HUGA 3U3YA 1NJZA 2G8IA 1C0MA 1W9HA 4O44A 2DY4A 3LANA 2EX3A 3VA3A 4EZ9A 4FJXA 1FXXA 2F8SA 4LD0A 4CFAA 4CGHA 1D8YA 3LZJA 1HQUA 4AILC 1ZBFA 3PV8A 3CM5A 4KTZA 3OS2A 2OYQA 4DFKA 4DMNA 3K58A 3H08A 5FRNA 4FJKA 4CGJA 1LAVA 3C94A 4J2AA 5JS2A 4BDYA 4M3TA 1NOZA 1GOBA 1I39A 2O4GA 1K6YA 4LH5A 1NK7A 2G8HA 4FZXC 3AVIA 4CFCA 4HUFA 3HJFA 1RDAA 4KB1A 3SV3A 1BI4A 4OLAA 4CEOA 3CFOA 4FLWA 4CIEA 3K5LA 2HHVA 1RT6A 3OY9A 2FBXA 3AVBA 2R7YA 4OLBA 3HM9A 4N76A 1BQMA 3QEIA 3OYBA 4E0DA 4FJHA 4RW9A 3VQ8A 4OJRA 4W5NA 1DLOA 1SL0A 1BIUA 1KRPA 2PYJA 3A2FA 4C8NA 1RCHA 4CK3A 2HHTA 4HCBA 5C42A 3LWMA 3C95A 3F73A 2B6AA 3S3NA 4OPJA 3AA5X 4CJFA 1NK0A 4CJ3A 1ZBUA 2E6LA 3NF7A 4FVMA 2VWJA 4CEAA 4CHPA 4ZTJA 2BGGA 2RKIA 1RT4A 5CYMA 1D9FA 4FW1A 1KFDA 4F2RA 4QOZB 2HVHA 3TR8A 3NGZA 3AA2A 4CF0A 3BGRA 2HMIA 3C6UA 4CJRA 5KRSA 1U45A 3DLKA 2HNYA 3SPZA 3RR8A 1D9DA 2O4IA 3AVHA 2F96A 4I9LA 1JXEA 2X78A 1S1WA 3DRSA 2OPSA 4YNQA 1A5XA 1SUQA 2DFHA 2OPRA 3HVTA 3NDKA 4FJNA 1RBVA 1F21A 1JL1A 1TV6A 2BANA 2X74A 3KTQA 1YTUA 1NK5A 3ASMA 1BCMA 2YKNA 2HHWA 1VSDA 3RMAA 2KQ2A 3IRXA 2Z1IA 4CJTA 1L3UA 3HPHA 4I2QA 4QAGA 3KLEA 2Q3SA 4Y1DA 3DLEA 1A5VA 3VQ5A 2XO7A 4DWIA 4IDKA 4Z0UA 4KO0A 1SL2A 2RF2A 4GW6A 1D5AA 1TKZA 3TAGA 4JRPA 2RPIA 2JGUA 3K2PA 5DK5A 3AVFA 4DU4A 4CGFA 1L3TA 3M8QA 3HP9A 3ISNC 3OYCA 3KLGA 3DLHA 4DTJA 1RT5A 2HNDA 1KVAA 3ZSOA 3DLRA 1S1UA 4AHSA 4F3OA 4Z4FA 2D0BA 4CFDA 4F2SA 3RMCA 3VQ9A 1R0AA 2XY6A 1TK5A 2ITGA 4FYDA 4K8ZA 1QSSA 5J2MA 4E7KA 3OYKA 1X9MA 2KFNA 1BQNA 3CFRA 2ZD1A 1Z26A 3TAPA 1B92A 3AO4A 4BACA 4ICLA 3SV4A 5CYQA 1CZBA 4M41A 1KTQA 1RT3A 4BE2A 4CEQA 1NK6A 4ELTA 2FBVA 2YNFA 1HYSA 2KZZA 1BIZA 1N6QA 1UAXA 3TAQA 4RW4A 5KGXA 4CHQA 4OVLA 5I42A 4F8RA 1B9FA 1L3SA 3AVMA 4AHRA 3M8SA 4L8RB 4GVMA 3L2QA 1LV5A 1U04A 1S6QA 3VQEA 3O3FA 3KJVA 4E7JA 4FLYA 3AVAA 4HVJA 1BL3A 3SYZA 4CCHA 5CZ1A 2QKKA 1WSGA 1JKHA 1VRUA 4BWMA 4YFUA 3HO1A 1ITGA 4M42A 3ZSZA 3ZSYA 4Z4IA 4NCGA 3MEGA 3TI0A 4FZYA 4FJ8A 4KHQA 4CEFA 4BDPA 2YKMA 1CLQA 3TABA 4Z4HA 3G10A 3NFAA 4C8KA 4B3OA 2G8FA 3KKSA 3NAEA 2PZSA 3ZSRA 2XHBA 4FK2A 4DFMA 4R5PA 2B5JA 4CIFA 3NH0A 3QEVA 3AO3A 1S6PA 3VN5A 5HRRA 1W0HA 3T19A 1QSLA 2HHSA 3FFIA 1RBRA 3B6OA 5SZTA 3K57A 4B9TA 3C6TA 4CJLA 1A5WA 3NF8A 3SJJA 4CF1A 2P5GA 4KHUA 1VRTA 1J9AA 1C6VA 3M8PA 1U47A 1SL1A 1HNIA 4PY5A 3LDSA 4DLGA 3T3FA 4PWDA 3MECA 3QIOA 3NE6A 2OPQA 1IKYA 1RT2A 3I8DA 3ZSVA 3SNNA 3KD5E 3OS0A 1WAJA 4HTUA 4FXDA 1Q9XA 4DQIA 1T05A 3MXJA 4N47A 4FJIA 4DG1A 3AO2A 4CJ5A 2D0CA 3DLGA 3DOLA 1VSMA 3MEEA 4G1QA 3LZIA 1RBTA 4N56A 2DTUA 3O3HA 4DF8A 4DTMA 1LWEA 1JLGA 2DFFA 3QNNA 4DTPA 3O4QA 3TAMA 3ZSXA 3HVRA 4B9LA 3LAKA 3VQ7A 4E3SA 1EXQA 3AA4A 4CJ4A 4CHOA 1G15A 3M8RA 1RTHA 1HMVA 3L3UA 4I2PA 1X9SA 1MU2A 5HLFA 3HPOA 4J2BA 3SPYA 1HRHA 1S1TA 3IS9A 3P5JA 3QO9A 4O0JA 4OKKA 3VQQA 4W5QA 3OYAA 3T1AA 3VQAA 3K5OA 3QIPA 5E41A 4OPKA 1EETA 1RBUA 4CEZA 1C0TA 5C25A 1WN7A 1DTTA 2YNIA 3KIOA 4FJLA 1WSHA 3LAMA 3IG1A 1Q8IA 4Q5VA 1NK9A 1VSKA 4DU1A 3MEDA 3L2RA 4CEBA 3KLHA 3KK2A 3AO5A 3SQ0A 1O1WA 2NUBA 3LP1A 1JLQA 4NYFA 1HQEA 4CEEA 3HP6A 2QKBA 1C1CA 4FLTA 3ITHA 5T7BA 3AO1A 3OYEA 3S3OA 3S3MA 2KTQA 1VSFA 1UA0A 1IKVA 3NF9A 2QK9A 3P1GA 4CECA 4DTSA 3PO4A 3NCIA 5HRSA 2GUIA 3DYAA 4IG0A 1VSIA 4HCCA 1KFSA 3OVNA 4GMJB 4H4OA 4IFVA 4H8KA 4RG8A 1QHTA 3QNOA 3BDPA 5DMRA 3ZT4A 4O4GA 1UA1A 1RTJA 2A1RA 4DQSA 3PX6A 4DFJA 4FLZA 5C24A 4C8MA 4DFPA 1RBSA 3ZCMA 3LPUA 4CERA 4RW6A 4CE9A 3VQDA 4JRQA 1J53A 2ATQA 3ZT1A 4AHTA 3F9KA 5J2QA 2KW4A 4FJ5A 2FC0A 3KLIA 2GBZA 4MQ3A 5JS1A 1RDCA 1S9EA 1CXQA 4KKOA 4LY7A 4E89A 3V1RA 1RTDA 2X6SA 2Z1GA 5KRTA 3HYFA 3OS1A 4W5TA 1DTQA 4RW8A 2W42A 3L8BA 4I9QA 2Y1JA 3PX4A 5HROA 1IKWA 4BE1A 4NCBA 1KSPA 4CK1A 2P1JA 5D3GA 2G8WA 1WSFA 3O3GA 4CFBA 4KAZA 1CZ9A 4J2EA 3DOKA 4KB0A 2OPPA 3LPTA 1EKEA 4FLXA 4FW2A 2VG6A 1L3VA 4DSIA 3LP2A 3EY1A 1JLFA 2IAJA 4F4KA 3SQ4A 1JLCA 1Y97A 2X6NA 1BI4B 3QINA 5HRPA 1I3AA 1UWBA 3KK1A 3V1QA 1TK0A 1J5OA 3RR7A 3TWHA 2VG5A 1RNHA 2F8TA 3NGIA 3QEXA 3WNFA 4CGDA 4DSJA 4W5OA 4LH4A 4KHSA 1JXBA 1YVUA 4FM0A 4CF2A 1XC9A 3AVCA 4TSXA 1ZBHA 1HYZA 2B4JA 2E4LA 3KLFA 2GV9A 4PQUA 4Y1CA 2IOCA 3AVKA 4CJUA 1NK4A 4DS4A 2I5JA 2G8KA 1GOCA 2G8UA 2XY7A 1VK0A 1FKOA 5KTQA 1XHZA 3JSMA 4KFBA 5J2PA 2YHAA 1TGOA 1KVBA 2IC3A 4FJ9A 3NH1A 3OYNA 2ZE2A 4KRFA 4CJKA 4B9VA 4B9NA 3OYDA 4AHVA 4KI6A 4B8CA 3OYJA 1CXUA 1EP4A 4M3XA 3EYZA 1HNVA 4CESA 1U49A 4I7FA 1WNSA 3PX0A 4IFYA 4W5RA 4CHNA 3OYGA 3AVNA 4IBNA 4CHYA 3V4IA 1S1VA 1Z25A 2A1SA 1NOYA 3WNEA 1TL1A 3TANA 4DSFA 4E19A 1KVCA 4NCAA 4EP5A 4CIGA 4KTWA 3TAEA 4FK4A 1RDDA 4DS5A 4EP4A 4F3TA 3VQPA 1JLEA 3IAYA 1XWLA 4M3YA 3HSTB 4CJVA 4E7HA 3ZSQA 4DQPA 3LP0A 3G0ZA 3VQ4A 1LAWA 1C0UA 3HXMA 3K59A 3VQBA 5I3UA 2BE2A 2OZMA 1TK8A 1VSLA 2D5RA 4B8AB 3NHGA 1RT7A 1BGXT 4NYNA 3MXMA 4FZZA 3THVA 5SWMA 4O0IA 5J1EA 4DF4A 5CY4A 2VWKA 2HHQA 3MAQA 2HB5A 4FJMA 3UIQA 1WSIA 3D45A 4E1NA 1S5JA 3V9UA 1TKXA 3V9SA 3ZT2A 3VA0A 1WSJA 4C8LA 4OKEA 3RTVA 2PY5A 1ZBLA 4PA1A 3ZSWA 3KKRA 4OGCA 4ZTFA 2XRIA 3KK3A 4BWJA 4B9SA 1NJWA 2WOMA 5J2NA 4N41A 3DMJA 4BE0A 1VSHA 1LW0A 5HP1A 1T8EA 4DTOA 3V1OA 4CJWA 1T03A 2ZQBA 1KCFA 3NF6A 3PY8A 1FK9A 4KI4A 4FJJA 4FLUA 3O4NA 5HBMA 4JLHA 1QE1A 3RMBA 1C1BA 1SV5A 1GOAA 1LWCA 5CZ2A 4M3ZA 2D0AA 4HHTA 3DRPA 1REVA 1NKCA 3V9ZA 1TAQA 4CGGA 1SKWA 3VQCA 4DSKA 1BISA 4Z4GA 3TARA 1LWFA 4OKJA 5FRMA 1VSJA 3HL8A 4WE1A 3AVJA 1WAFA 4M3RA 3NH2A 3I0SA 2YV0X 1S9GA 1TKTA 3P83D 4Q0BA 4IG3A 3QERA 4O5BA 5K14A 2ETJA 4HUEA 1RTIA 4KHWA 3ALYA 3MXIA 4Z4EA 3SI6A 4CEDA 2DFEA 1U4BA 3DM2A 2IDOA 4K8XA 4BDZA 4DTUA 3SUQA 2HHUA 1RILA 3AV9A 3EZ5A 2FBYA 2YNGA 3HT3A 1T7PA 3OYFA 4FM2A 4B9MA 1J54A 1VSEA 4UQGA 1EX4A 3OYIA 3SQ2A 1UOCA 2HHXA 1JLAA 2XY8A 5FDLA 3LP3A 3RRHA 3CQ8A 3SUNA 4O55A 1NKEA 4B9UA 3QEWA 2IS3A 1XI1A 1HYVA 1QTMA 3CFPA 4DSEA 2VG7A 2BDPA 3U3GA 2P5OA 1IH7A 3SCXA 1BCOA 2HNZA 3DRRA 4M3UA 3CM6A 3NBPA 4XIUA 4CHZA 4JS5A 4M45A 4LSNA 3ZT0A 2HW3A 1SKSA 1HPZA 1QQCA 4KV8A 3OJSA 3HK2A 3L2WA 4RW7A 3RMDA 1HJRA 1KLNA 3SQ1A 3V6DA 3QLHA 3OYLA 1X1PA 1L5UA 5KGWA 3L2UA 1SKRA 3AVLA 1B9DA 3U6FA 3WNHA 4FK0A 4B08A 3JYTA 1IG9A 2G8VA 4DU3A 4CF9A 2OZSA 1YTAA 1WLJA 4KHYA 2KZMA 4DTNA 3I0RA 3SZ2A 1NJYA 4E1MA 3CYMA 3WNGA 4AH9A 1C1AA 1NJXA 4E7IA 2FBTA 1JL2A 3NGYA 2Z1HA 3V9XA 4CJQA 1NK8A 3PO5A 3E01A 4Z4CA 4OGEA 2OA8A 4ELUA 1QSYA 1TKDA 5KI6A 3RRGA 3K5MA 4KPYA 2JLEA 1KLMA 3K5NA 1YT3A 4CJPA 2IGIA 3PUFA 1TVRA 2YNHA 4N5SA 4DSLA 3QEPA 4DQRA 3RWUA 4AHUA 1Q9YA 3V81A 1TL3A 4FM1A 3LALA 4QCLA 1XHXA 2EHGA 3QETA 2Z1JA 3AA3A 1IKXA 4CJEA 4DTXA 3OJUA 3L2VA 5HRNA 2LSNA 1U48A 3QESA 3ULDA 4M3WA 3DI6A 1JLBA 4MFBA 3DLBA 3LWLA 3V9WA 4E7LA 3CG7A 1X9WA 4PUOA 5FROA 3SUOA 4JS4A 4ID1A 1BHLA 1ASUA 1ASWA 4C8OA 4EZ6A 1ZYQA 1NKBA 1QS4A 2RN2A 4CF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3TU5A 5CYQA 1CZBA 2QWPA 2ZGZA 4K0KK 4BE2A 1HYSA 3WXMB 1BIZA 2WTUA 2YHYA 4RW4A 3CC2N 4AHRA 1BA0A 3L2QA 2QWMA 3O3FA 3KJVA 4HVJA 3PIOL 4CCHA 1BA1A 5CZ1A 5IT9O 1JKHA 2JHPA 3HI0A 4M42A 3ZSZA 1MDUB 3ZSYA 3MEGA 3W3DA 4BDPA 3A5NC 3HGKE 3TABA 1CLQA 3NFAA 4Z4HA 4B3OA 5M1FA 4JI6K 3LDNA 3CMAN 5AQQA 4CIFA 1BDGA 3QEVA 3AO3A 2HHHK 4B1UB 4QNDA 3WEEB 3CJ7A 3K57A 4B9TA 1ATNA 4WFAL 3THXA 3C6TA 5GADP 1A5WA 2ZWHA 4CF1A 4DV7K 2BTFA 1VRTA 4B9QA 5KPRA 3CCLN 3MECA 2OPQA 3I8DA 3N1EA 4CBWA 1WAJA 5BR9A 1NGJA 2RCUA 5AQVA 3VEVA 3MXJA 3GDQA 3ULEB 3DLGA 4CZJA 1QZ6A 4N56A 4G1QA 1RBTA 2DTUA 1NWKA 4AKIA 3QNNA 3SAFA 4FWMA 3LAKA 1I94K 3C6PB 1EXQA 1G15A 2DPNA 3M8RA 3TL8B 3SPYA 3IS9A 1S1TA 3QO9A 4BR7A 4OKKA 1T6DA 3KK7A 4O8KA 3T1AA 3QIPA 3R6MA 4GV3A 5C25A 3LAMA 1NK9A 4JHDB 1KAXA 3MWPA 2MZWB 4DU1A 3MEDA 3MN6A 2Q2RA 2GWJA 3SQ0A 2NUBA 3HP6A 1ZC6A 1C1CA 3ITHA 1M90O 3S3MA 4JKGB 3THWB 1QVFM 3I56N 2QK9A 4DTSA 3SK3A 5HRSA 3V7DB 2GUIA 3DYAA 4X5NA 4IG0A 4HCCA 3O9TA 4GMJB 4DV2K 4IFVA 1QHTA 5DMRA 4O4GA 2IVPA 3SLCA 2O8BA 3AAQA 4JK8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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