4M3UA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 329
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3uA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3uA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3uA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3uA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3uA03
3P1GA 4M45A 3AVFA 4IBNA 4AHUA 3IAYA 1KSPA 1NK8A 3SPYA 4Z4FA 2X6SA 3NGIA 1IKVA 1RDCA 4RW6A 1IH7A 4TSXA 4CJUA 1C0MA 4N76A 1WSFA 4JLHA 5E41A 3CYMA 1NOYA 2KFNA 3OYEA 4CEZA 4B8AB 4DQSA 3SNNA 1HJRA 2D5RA 4BE0A 2YHAA 1A5WA 4FZZA 1SV5A 2HB5A 2HHXA 3BGRA 4CIFA 2HHQA 2G8FA 4O0IA 3K5NA 1BI4A 1RBVA 3VQ7A 2XO7A 4DLGA 1WAJA 4CJTA 3IG1A 3NCIA 4FZYA 3KK2A 4JRQA 3PV8A 1L3VA 4ID5A 3SJJA 1QQCA 1WN7A 4YNQA 4KAZA 1TKXA 1CZ9A 3CG7A 1FXXA 3PX4A 1X9MA 1TKZA 4KB0A 4OLBA 3OYGA 2JGUA 3THVA 3KLIA 4RW7A 1NKEA 1BGXT 1U48A 3HM9A 1NOZA 4ELTA 2P5OA 4PUOA 2IAJA 1HRHA 4N47A 1UWBA 4B08A 1WSJA 3L3UA 4CK3A 1D8YA 1LW2A 3EY1A 3P5JA 4DU3A 4BDYA 2IDOA 3LZIA 3KD5E 3C95A 3M8QA 4LSNA 1KRPA 4GMJB 1CXUA 1ZBFA 4E7KA 2Q3SA 3HPHA 2YKNA 3VQ5A 3EYZA 5J2MA 3TAQA 3D0PA 4CJ5A 4O5BA 4FYDA 1J5OA 1EP4A 3DLEA 1S9EA 2HHSA 1LWEA 4FM2A 4AILC 4K8ZA 3AA4A 1JLCA 3PO4A 2ATQA 1QS4A 3QIPA 2RPIA 4FLYA 1KVCA 3H08A 4HCBA 1KVAA 4DTXA 4KTZA 4QAGA 3ZSYA 1GOBA 1VSLA 1VSDA 3HL8A 1SKRA 2G8VA 3SZ2A 2DY4A 4CIGA 3CM5A 3JYTA 1NK4A 3MEEA 4KHYA 4B9TA 4OLAA 4W5QA 2KTQA 3V1RA 1B92A 4CGDA 4IFYA 3VQPA 2HNYA 3ZCMA 2VWJA 3VQ6A 1HNIA 4NCBA 3TARA 1C0TA 4DSIA 2G8IA 3MXMA 3AVGA 1Y97A 2B4JA 2GBZA 1S5JA 1IKXA 3AA2A 3NF6A 4E1MA 3VN5A 3T3FA 1RBUA 3RMCA 3NGZA 1VSMA 3OYHA 2RN2A 4FJ8A 1RTJA 1WSEA 1LAVA 4DTOA 1J54A 1UA1A 3L8BA 3C94A 1SL0A 4RG8A 3QLHA 3LPUA 4R5PA 1UA0A 3C6UA 3DRSA 1JLFA 1LWCA 1REVA 4DG1A 4QOZB 3DLGA 2ETJA 3ULDA 1LV5A 3OYNA 2BGGA 3HP9A 3B6PA 5KGWA 4F2SA 4EP4A 3NE6A 3DLKA 4Q5VA 4DLEA 4I9QA 3LDSA 3SPZA 3IRXA 2VWKA 3ALYA 2IC3A 4DQQA 3AO2A 3VQ9A 4FJLA 4DQIA 1NKBA 1YTUA 2EHGA 2HMIA 2ZD1A 2KW4A 3AVKA 3ZT0A 3PX0A 4DTMA 4C8KA 2I5JA 1SKWA 1FKOA 4CF0A 3O3HA 5FRMA 4DQPA 3T19A 1RDBA 4MFBA 4LD0A 1MU2A 3KK1A 4ZTJA 2HVIA 1VK0A 1D9DA 2OZMA 3F9KA 1XI1A 2D0AA 4PWDA 1Q8IA 3TAFA 1N6QA 4FK4A 4O55A 3DI6A 4ELVA 4DFKA 3VQDA 1U49A 1A5VA 3LWLA 1TKDA 3CFRA 4FJNA 1EXQA 2OPRA 3KLEA 1X9SA 5D3GA 4N5SA 4KFBA 1NJWA 3V1QA 4KHQA 1RT5A 4Z4GA 2FBXA 4CJ3A 3AV9A 3OYIA 1FKPA 4KREA 4I2PA 1D5AA 4PA1A 3OYBA 3I8DA 2P51A 3OYLA 2DFHA 3SCXA 5C25A 4W5OA 1J53A 4CF1A 3K5MA 3KKRA 4FLZA 1BISA 4HTUA 4KRFA 2HHWA 3VQQA 1ASWA 4ZTFA 1NK6A 1JKHA 1RDAA 4WE1A 1W9HA 1YVUA 1NKCA 2YNHA 4KHUA 4M3ZA 4NCGA 4ID1A 3SV4A 3SQ4A 1QHTA 3AA3A 1RTDA 2HHTA 1HQUA 2QK9A 3QEPA 5EU7A 4GVMA 2OPSA 1TV6A 4HUFA 1JLAA 1K6YA 4CJLA 4CHPA 3V81A 3S3NA 4CHYA 5J2NA 4KB1A 3SI6A 4AHCA 2FC0A 5JS2A 4L8RB 1I3AA 3LAKA 4DFMA 1U04A 5KTQA 2Y1JA 1ZBHA 1JLEA 2FBYA 4FJHA 1HYZA 3VQCA 1RT3A 3O3GA 4DTUA 1VSHA 4HCCA 2KZMA 2GUIA 2DTUA 4DU1A 3QNNA 4KV8A 3DMJA 3QERA 2FBVA 4CGHA 3AO4A 4EP5A 1XC9A 2XRIA 1DTQA 2VG7A 1TL1A 3AVJA 4CF9A 2XY8A 4OPKA 4KI4A 3RRGA 3O3FA 3KTQA 4FM1A 4RW8A 1LWFA 5HP1A 1IG9A 1TK0A 3HSTB 4Z4EA 3WNFA 5HLFA 3LP1A 3K5OA 2B6AA 4LH5A 4CIEA 4CHZA 3V4IA 3OS1A 3L2RA 1ZYQA 3TAEA 4B9NA 3K5LA 2X74A 4W5RA 4NYFA 3OS2A 3UIQA 1VSEA 2YV0X 1L3SA 2E6LA 3OVNA 3PX6A 3V9UA 1NK7A 1QTMA 3CFOA 5CZ1A 1Z25A 3ZT4A 4E19A 4F2RA 1TKTA 1TK8A 4E7IA 1JLQA 4O4GA 3NDKA 2OYQA 3WNGA 4DTJA 3ZSWA 4CF2A 4CJPA 4NYNA 3DLHA 2B5JA 1JLBA 2O4GA 3V6DA 2KFZA 1YTAA 4EZ6A 1RBTA 3OYFA 1X1PA 4AHTA 1RBSA 2BANA 1RILA 1RTHA 2HNDA 4C8NA 3L2UA 5HRPA 4E7JA 1SL2A 3DYAA 4O0JA 3M8RA 1WAFA 3OYCA 4KHWA 3O4QA 3QO9A 1NJZA 4M3RA 2IGIA 5J2PA 3TAGA 4DS4A 4H4MA 4LY7A 3ZT3A 5CY4A 2E6MA 4JRPA 2A1RA 1UOCA 2FBTA 5C42A 4K8XA 1WNSA 3VQ4A 4FK0A 4DSLA 3L2WA 3KD1E 3OS0A 4F3TA 5KRTA 4BE1A 4H4OA 1J9AA 1U47A 5CZ2A 2W42A 3RMAA 1C1BA 4UQGA 1EKEA 2RF2A 1DLOA 3OYKA 3FFIA 3MXIA 2VG6A 5HBMA 3OJSA 3T1AA 4CFCA 5FDLA 3LWMA 4DSKA 4LSLA 4FJIA 1QSYA 4CF8A 4N56A 3OJUA 4O44A 4FJJA 4CFAA 4E0DA 1S1XA 3U3GA 2F8TA 1HMVA 2DFFA 3QEWA 3AVHA 5SZTA 3VA0A 1L3TA 3TWHA 1HYSA 1KTQA 4IG0A 2QKBA 4HHTA 1FK9A 3L2QA 3PUFA 1S1VA 2Z1GA 4FLXA 3LALA 1C1AA 1VSIA 3LAMA 1BIUA 5HRNA 2O4IA 4CGIA 3SQ2A 1T03A 4CHNA 3HP6A 4DQRA 1U4BA 4F3OA 4FLVA 1JXEA 2BE2A 3U6FA 4NCAA 5HROA 2GV9A 4BDZA 1CXQA 4ELUA 4FW1A 5C24A 1ZBLA 3EZ5A 2ZE2A 3HPGA 3VQBA 1HPZA 2Z1HA 4M3TA 4DF4A 3OYAA 3ZT1A 2PYJA 3SQ0A 4FJKA 1JL2A 1RT4A 2HNZA 3F73A 4B9VA 2PY5A 3CQ8A 3ZSXA 3AO5A 2RKIA 4DTNA 4AH9A 4DWIA 1A5XA 4EZ9A 2F8SA 1JL1A 2HW3A 3TABA 4CJWA 4E3SA 3QINA 4FLWA 3SUNA 4M3WA 1WLJA 1BCOA 3ZSQA 3SV3A 4CESA 4I9LA 5DMRA 4B9LA 1C6VA 4HVJA 5HRSA 4AHRA 4CFBA 3QEIA 4E7HA 4CJEA 4DTRA 4G1QA 1NK9A 4CFDA 1BL3A 1BHLA 3WNHA 3KLGA 3RWUA 3SUPA 3ZSRA 3TI0A 2QKKA 4KHNA 4GW6A 4E7LA 4DTPA 4FVMA 4C8MA 3KLHA 1CLQA 4DU4A 2HVHA 3NF9A 2X78A 4FK2A 4FJMA 2P5GA 1ASUA 2OZSA 3TAPA 3KLFA 1G15A 1KLMA 5DK5A 1S6PA 1X9WA 3OYJA 1KFDA 1TAQA 1C0UA 1NJYA 4DS5A 2Y1IA 4OGCA 3V9WA 2ZQBA 3DOLA 2IS3A 2XHBA 3B6OA 1JLGA 3TAMA 2G8HA 4M42A 4J2DA 1I39A 3OYMA 3SYZA 2G8KA 1SKSA 2AJQA 3LP0A 5K14A 1Q9XA 4KHSA 2YNGA 4FW2A 1XWLA 1Q9YA 3AO3A 4M3UA 3ASMA 3TR8A 3KKSA 4DFPA 3KJVA 3BDPA 1RT2A 1GOAA 2XY5A 2YNFA 4BWMA 4CEQA 3SQ1A 1T8EA 1L5UA 4Y1CA 4FZXC 4CGJA 1S1WA 2E4LA 4DSJA 4IKFA 4FJXA 2PYLA 1HNVA 3NBPA 1TGOA 2ITGA 1VSKA 4CHQA 2OA8A 1EETA 4CGGA 4Q0BA 3M8SA 3NFAA 1JXBA 3NF7A 2BDPA 4BWJA 3RR7A 5FROA 1S1UA 3VQAA 2VG5A 4I2QA 3SUOA 4CEOA 3AVBA 3HT3A 4OGEA 2WOMA 3LP2A 1EX4A 1QE1A 1LAWA 1TL3A 1RT1A 2EX3A 4CECA 1ASVA 4W5TA 4LH4A 3RR8A 2D0BA 4RW9A 3CFPA 3HJFA 3V9ZA 5I42A 2QXFA 2DFEA 4CJRA 3LANA 4BE2A 4CERA 4DSFA 5KI6A 1NJXA 3QETA 1WSIA 4IDKA 4E89A 4AHSA 3HK2A 3QIOA 2X6NA 3DOKA 3I0SA 4IG3A 5KRSA 3DRPA 2OPPA 3LP3A 1RT6A 3OY9A 1QSLA 3KK3A 4B9SA 5FRNA 4PY5A 1Z26A 3MXJA 4CGFA 4CCHA 5CYQA 4CEBA 3V9SA 4BACA 3U3YA 4DTSA 4KTWA 5SWMA 4CJVA 2YKMA 2P1JA 1N5YA 4CEAA 4CJFA 3HYFA 1R0AA 4DF8A 3MEGA 3HPOA 1F21A 3DLBA 4J2EA 4KPYA 4OKKA 4DMNA 3V9XA 3AVNA 2HHUA 2F96A 1NK0A 4B8CA 3DRRA 3AVIA 4DFJA 2YNIA 1BIZA 1B9FA 2YHBA 3C6TA 4PQUA 3ZSVA 1WSGA 4E1NA 3HO1A 3NH0A 3S9HA 3AO1A 3ZT2A 3QEXA 2Z1IA 5J1EA 1GOCA 3NGYA 2A1SA 2XY6A 2LSNA 3ZSZA 3DM2A 4ZHRA 3S3OA 3K58A 1TVRA 4IFVA 1ZBUA 5I3UA 4OJRA 4M3XA 4B9MA 4B3OA 1BQMA 4CHOA 1DTTA 3P83D 4HUGA 3S3MA 3M8PA 3WNEA 4FXDA 4Z4CA 4B9UA 3RMBA 3MEDA 3MAQA 4FJGA 1WSHA 4OKJA 1HYVA 4J2BA 2R7YA 4OVLA 4FLTA 3G10A 4W5NA 1VSJA 1HQEA 4I7FA 4ICLA 3I0RA 3DLRA 4CEEA 4KI6A 3K2PA 1RDDA 4Y1DA 4CEFA 1SL1A 2HHVA 1KLNA 3A2FA 3QEVA 2G8WA 1KVBA 4OKEA 4C8LA 4N41A 1NK5A 1KCFA 1W0HA 2D0CA 3AVLA 1S6QA 1B9DA 1RCHA 3VQEA 4CJ4A 3CM6A 4CE9A 2Z1JA 3OYDA 2PZSA 2WONA 4J2AA 1YT3A 5CYMA 3V1OA 2XY7A 2G8UA 4KTQA 2IOCA 3NAEA 3JSMA 3E01A 3RMDA 3ISNC 4YFUA 4XIUA 2KZZA 1VRUA 1D9FA 3PO5A 3TANA 3NH2A 2JLEA 5HRRA 3QESA 1QSSA 5KGXA 3D45A 3LZJA 4C8OA 3ZSOA 1L3UA 1KFSA 4Z4IA 3HVRA 1TK5A 3AVAA 1T05A 4FJ9A 3HXMA 4F8RA 1C1CA 4JS4A 1SUQA 5JS1A 3QNOA 1XHXA 4MQ3A 4JS5A 1S9GA 1IKWA 4FJ7A 4AHVA 4F4KA 1VSFA 4FLUA 3NHGA 3VQ8A 4DSEA 4KKOA 4CJQA 3AVCA 3L3VA 1T7PA 4M3YA 1U45A 3L2VA 4CJKA 1XHZA 4CEDA 3RTVA 1TAUA 3K57A 3O4NA 3PY8A 1IKYA 1LW0A 3KIOA 4Z4HA 1RNHA 1BI4B 1VRTA 4H8KA 3IS9A 1ITGA 4HUEA 1RBRA 2NUBA 2OPQA 3AVMA 3HVTA 4OPJA 3NH1A 3ITHA 1CZBA 4Z0UA 4CK2A 3SUQA 4RW4A 3K59A 3MECA 4FM0A 1O1WA 4CJSA 4BDPA 4FJ5A 1BCMA 5J2QA 4CK1A 1S1TA 3G0ZA 1RTIA 1ZBIA 1IO2A 1RT7A 4M41A 1BQNA 5T7BA 3NF8A 4FCYA 3AA5X 3LPTA 3RRHA 1UAXA 2KQ2A 3VA3A 4KO0A 4QCLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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