4M3UA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dt/dg at position n-3 of primer/template duplex
Total Genus 329
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
329
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Mispairs with Watson-Crick base-pair geometry observed in ternary complexes of an RB69 DNA polymerase variant.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 329
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4m3uA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4m3uA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4m3uA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4m3uA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4m3uA03
2ATQA 1B92A 4FJGA 3CFRA 3TAGA 4FJNA 2Q3SA 3SPZA 1LWFA 1HYZA 1XWLA 4RW6A 4CECA 4OPJA 4HUFA 4KKOA 3LAMA 5HP1A 1SKSA 2DFHA 4FJXA 1KFDA 4FJMA 1TL3A 5D3GA 1ITGA 4DTMA 3VQ4A 1JLFA 1XI1A 4C8MA 3EZ5A 3KLFA 4IG0A 3SUOA 3LPTA 3NCIA 4B08A 1S1TA 4FJIA 1S1UA 4CK3A 4J2AA 4CJLA 4DQPA 1RTDA 1YTUA 4BE1A 4FJHA 3QINA 3RMBA 4HTUA 4BACA 3CYMA 3IS9A 1L3VA 3T19A 5FRNA 2WOMA 1QS4A 1RT7A 1TKXA 3OYFA 3AO5A 4CK1A 1ASVA 2HB5A 3NGYA 3OYGA 2A1RA 4CIFA 5J2PA 4Z4IA 3OYMA 5HRNA 4C8KA 4CF9A 3L8BA 1RBRA 2F96A 4CIEA 3S3NA 3ZT1A 3LZIA 3SNNA 3L2WA 2F8SA 4FVMA 2G8FA 2G8IA 2PZSA 2YHAA 3AA4A 4B9UA 4AHTA 4FM0A 4QCLA 1J53A 3U3YA 4C8OA 4KHSA 3VA3A 4E19A 3EY1A 1QHTA 1QTMA 3HJFA 5CY4A 4LH5A 4FZYA 3DLHA 3P5JA 3O3GA 5DMRA 4B3OA 2Z1HA 4M3UA 4M3WA 3OYIA 3K5MA 1X9WA 1HNIA 3HVTA 3NF8A 3C95A 1B9DA 2G8KA 2Y1IA 3V9UA 3HPOA 1WNSA 3QNOA 3TAMA 3TWHA 1MU2A 4F3OA 3TAPA 4E1NA 4OPKA 1JLQA 2Y1JA 3LDSA 1TKTA 2B6AA 3DLKA 1FKOA 2IOCA 4FW2A 5CZ1A 1NK4A 1TV6A 4PUOA 4FK2A 1HJRA 3NGIA 3AO2A 4GW6A 3C6TA 4CGGA 3V4IA 4CK2A 4CEAA 2Z1IA 4GMJB 3ZSWA 2O4IA 2P5OA 5JS2A 3A2FA 1VSJA 3B6PA 4DLEA 3FFIA 1I39A 2VG5A 4CFDA 4FLVA 4KTWA 3NH2A 1X9MA 4OKKA 1ASWA 3HM9A 1IKVA 3SUNA 4XIUA 3HP6A 3K5LA 4F2RA 1D9FA 4Z4FA 1IO2A 4FJ8A 4IKFA 3OYAA 2P51A 2GBZA 4O44A 1F21A 1JXBA 3OS0A 3LWLA 1GOCA 2PYLA 3BDPA 4DTNA 2P5GA 4CEZA 2KTQA 3SJJA 1VSFA 3DRSA 1NOYA 1SL1A 3NDKA 2IS3A 2LSNA 4CJTA 2BANA 3VQ8A 4KI4A 2E6LA 4KTQA 1NKEA 4DMNA 2XY8A 3O3HA 4KAZA 4E7KA 4CHOA 4HCCA 1QSSA 1KCFA 4O0IA 3AVJA 3C94A 5CYMA 2R7YA 5KGWA 3HVRA 4DS4A 1UA0A 4ELVA 1NK0A 3RR8A 1VSIA 4FLUA 1RTIA 1KVCA 2OZSA 3WNFA 4FM1A 3MXJA 3TABA 3QLHA 3ZCMA 3KK2A 1LAWA 2F8TA 4G1QA 3E01A 1RNHA 2HNZA 1RDCA 2AJQA 1EKEA 3LP0A 1SKWA 4KREA 3K57A 3RMAA 3M8RA 1HPZA 1R0AA 4CE9A 1C1CA 5HRSA 4CHQA 5CYQA 3OYKA 2E6MA 3M8SA 3OYDA 1XHXA 4MFBA 2HHVA 5J2MA 2Z1GA 3QESA 1DLOA 1KVBA 4NYNA 4QOZB 3VQAA 1NK6A 1WSHA 2Z1JA 3K5OA 4EP4A 1A5WA 4DTUA 1Y97A 1IKWA 1KVAA 4E3SA 4FJLA 4EZ9A 1CLQA 3OYCA 3OYJA 4CJ4A 4DSJA 4Z4HA 3ZT4A 4NYFA 3AVGA 3OYEA 3M8PA 1TK5A 1WSEA 4ID1A 2OPSA 2YNFA 4LSNA 1RDBA 3T1AA 3VQPA 1U47A 4HHTA 1UAXA 4RW8A 2XY7A 4W5QA 4DQQA 2X78A 1RBVA 2HMIA 1XHZA 4CHZA 1SKRA 2HHSA 3MXMA 4KHQA 3IAYA 3AVCA 4B8CA 2HHTA 3CFPA 1NOZA 4CEOA 4DTXA 4LY7A 5K14A 1ZBIA 1IKYA 4UQGA 3QIPA 4DF4A 3DLRA 3IG1A 4CJPA 4I7FA 5J2QA 3KLIA 4M3TA 3TAEA 4ZHRA 4DSEA 1RILA 4E0DA 2XY6A 5HLFA 1RT4A 3I8DA 4CIGA 4PWDA 3DLBA 4CF2A 3ISNC 3AA2A 1HNVA 3MEEA 1T03A 3BGRA 3RRHA 1YVUA 5FRMA 2X6NA 1WSGA 4N76A 4ID5A 1CZ9A 3ITHA 3DOLA 2EX3A 2BE2A 1X1PA 3SV3A 4FJ5A 1RBUA 1RBSA 1RDDA 3MEDA 4FW1A 4CGJA 3PX4A 4DU1A 4IFYA 5FROA 2G8WA 1RTHA 3VQ9A 3MEGA 4E7LA 1LWCA 3LAKA 3WNEA 1S5JA 1S1VA 1J9AA 4CJ5A 4FLWA 1NKCA 2OZMA 1YT3A 3CQ8A 4CEEA 1NK7A 1W9HA 2W42A 4AHCA 1T05A 4C8LA 2QXFA 2YNHA 3VQQA 3PO4A 3UIQA 1Z26A 4R5PA 1LAVA 3V1RA 1JLCA 2OYQA 4AHSA 3AVFA 2PYJA 2RF2A 4HVJA 1J54A 1ZBLA 4JLHA 4Z0UA 4F3TA 3AO3A 3QERA 1ZBUA 1S1WA 3QO9A 3HPHA 2DTUA 3SV4A 4FXDA 2VG6A 3V1QA 4ICLA 2B4JA 4LSLA 4OGEA 3ZSQA 1X9SA 2HHUA 1U4BA 2KZZA 2FBYA 1ASUA 3V6DA 1KLNA 1C0TA 1EP4A 1BCOA 2O4GA 4O4GA 4ZTFA 1BQMA 1WSIA 4H8KA 4OLAA 4YFUA 1WSJA 3HXMA 1HQUA 1BGXT 1EETA 4GVMA 2QK9A 4JS5A 1K6YA 4BE0A 4CJSA 2FBVA 1WLJA 4KB1A 1ZBHA 3AVLA 4FJJA 1ZYQA 2KFNA 4H4MA 4JS4A 5J2NA 1KLMA 1VSDA 3QEXA 3ZSVA 3ULDA 1NJZA 3QEPA 3LPUA 3S9HA 5C24A 4LD0A 1JLBA 4E7IA 1S9EA 3KK1A 5CZ2A 1RT1A 1QSYA 1Q9YA 2RKIA 2D0AA 2GV9A 2GUIA 4MQ3A 5HBMA 3NGZA 3PV8A 3VQ5A 4FK0A 3B6OA 3C6UA 1BI4A 1DTTA 1VSEA 4CGIA 4E7HA 3ZSRA 4NCBA 2YV0X 3QETA 1JLAA 3KLHA 3ZSZA 4OVLA 4BE2A 4DTRA 3QEWA 4CFCA 3ZSXA 1RCHA 3QEVA 2JGUA 2DFEA 4M45A 3KJVA 3MXIA 2VWKA 1TKDA 2D0BA 4B9MA 4BDZA 3SYZA 3ALYA 1VK0A 3SCXA 4FJ7A 1O1WA 3HT3A 3THVA 1D8YA 3OYNA 2HNDA 3O4QA 4E89A 4YNQA 3NH0A 4KTZA 1B9FA 4DTSA 3WNGA 1REVA 2D0CA 4IG3A 3MAQA 4E7JA 4CJ3A 4DU3A 3QIOA 3KK3A 1XC9A 2G8VA 1S9GA 4AILC 5KRTA 3U6FA 1JL2A 4B9VA 2OPPA 4CCHA 1CXUA 5SZTA 2DFFA 4Y1DA 4Q5VA 2BGGA 1WAJA 4FLZA 2IDOA 2YNGA 3AVHA 4I2PA 3L2UA 3LANA 4O5BA 3HK2A 3VQEA 3O4NA 4EZ6A 1LW2A 3L3UA 4F4KA 5JS1A 1N5YA 3CFOA 1QQCA 3V9SA 2JLEA 2KQ2A 3G10A 1RT6A 3H08A 1HQEA 4AHRA 4DQSA 3PY8A 5DK5A 1IG9A 1SL0A 2BDPA 5KTQA 3KLGA 3RR7A 1S6PA 1SUQA 3P83D 4DG1A 3SQ4A 1L3UA 3I0SA 1C6VA 4OJRA 2WONA 3HL8A 1RT3A 3DOKA 1Q8IA 4KPYA 4M42A 1NKBA 4ELUA 1KSPA 5C25A 4M3YA 1UA1A 2I5JA 3AVKA 4I9QA 3CG7A 3KKRA 1KFSA 4L8RB 1G15A 1WN7A 2YHBA 4M3RA 4PA1A 1U04A 3SPYA 4I2QA 1JL1A 2FBXA 1NK9A 4DSKA 3AA3A 4K8XA 3KKSA 4CESA 1LWEA 4EP5A 5FDLA 3HO1A 4FLXA 1RT5A 3HYFA 1L3TA 1JLEA 3MECA 4OKJA 5E41A 4AHUA 1L5UA 4KRFA 3RMDA 4CGHA 1VRTA 4QAGA 3TI0A 3L3VA 3VQBA 1TAQA 3V9WA 1NJWA 3WNHA 4B9TA 4CHYA 4DU4A 1UOCA 3ZT3A 3AVMA 3NBPA 4DSIA 1BISA 3LWMA 2HVHA 3D0PA 4RW4A 2HHXA 4N5SA 3SI6A 1T8EA 2QKBA 3U3GA 3QNNA 2XRIA 3OYHA 1LV5A 2OPQA 2KZMA 3K5NA 5HRPA 3NHGA 3AVIA 2FBTA 4FK4A 2ZE2A 4CHPA 1SV5A 4N41A 3OY9A 1KTQA 3K2PA 2B5JA 3AVAA 4DFMA 3RTVA 4BWMA 1C0MA 2XO7A 1W0HA 3AVBA 3M8QA 4LH4A 3OYLA 4J2BA 1BL3A 2OA8A 2EHGA 1JLGA 3DMJA 4KHWA 3AA5X 3P1GA 4DTJA 4KV8A 3JSMA 3PO5A 2ZD1A 1N6QA 2IAJA 3KD5E 2QKKA 1IH7A 1C1BA 4CJVA 4DQIA 1VSMA 2E4LA 4W5TA 3SQ0A 3TAFA 3O3FA 3S3MA 3V81A 3JYTA 2VG7A 3QEIA 4DF8A 4K8ZA 1NJXA 2KW4A 3AO1A 1HYSA 1WSFA 1RTJA 2RN2A 3RMCA 3SQ1A 4JRQA 4M41A 1U49A 3DLEA 3KIOA 4CJRA 3OJSA 4FZZA 4B9SA 4FJKA 1RDAA 1TK0A 2A1SA 2OPRA 5EU7A 2ZQBA 4DFKA 4I9LA 4CJUA 4CGDA 3L2VA 1VRUA 4W5OA 3VQCA 2YKNA 1NK8A 3NF7A 1U45A 1T7PA 4WE1A 3KD1E 3ZSOA 1ZBFA 5HRRA 4RW7A 1RT2A 4CF0A 1BIUA 2D5RA 2X74A 2G8UA 4B9LA 4KB0A 2KFZA 4KHNA 4ELTA 4H4OA 1UWBA 4PY5A 3SUPA 1C1AA 2X6SA 3I0RA 1EXQA 4CHNA 3OS2A 4CF1A 4J2EA 1CXQA 3AO4A 3D45A 1BHLA 4AHVA 4CFBA 3SZ2A 4W5NA 4BDPA 1U48A 3RRGA 3F9KA 2XHBA 4CEBA 1TKZA 1L3SA 2YNIA 4FJ9A 4CJQA 2ETJA 4DLGA 1BCMA 4CF8A 3KTQA 4M3ZA 3DM2A 3DRRA 4B9NA 4DSLA 5KGXA 4Z4EA 4RW9A 1I3AA 4KI6A 3T3FA 1CZBA 3G0ZA 4B8AB 1BQNA 3HP9A 3SUQA 1TL1A 3K58A 4M3XA 4FCYA 1Z25A 4CJKA 5HROA 4CJWA 1BIZA 1JKHA 3NF6A 4DS5A 2YKMA 2G8HA 3PUFA 4DFPA 1QSLA 3V9XA 1Q9XA 4KFBA 4CGFA 3TANA 1JXEA 1A5VA 1VSLA 3TR8A 2XY5A 4KHYA 1C0UA 1VSHA 3VQ6A 4AH9A 3VA0A 4DQRA 3OJUA 4NCGA 1S6QA 3CM5A 4OGCA 4CERA 1BI4B 4FLYA 1QE1A 1S1XA 4IDKA 4DSFA 1WAFA 3K59A 1DTQA 1FK9A 1FXXA 3HSTB 2ITGA 2DY4A 2IGIA 1NJYA 1SL2A 5KI6A 1HMVA 2HNYA 1TVRA 3L2QA 4KHUA 5I42A 4N56A 3NE6A 3LALA 3NH1A 2PY5A 4W5RA 2HHWA 1IKXA 4OKEA 3VQ7A 3CM6A 4NCAA 1D9DA 3DI6A 1EX4A 5C42A 4N47A 1FKPA 3TAQA 4F2SA 4JRPA 4BDYA 3NF9A 3F73A 1HRHA 1D5AA 1TK8A 3DLGA 3TARA 4CEFA 3HPGA 2RPIA 2NUBA 5KRSA 4F8RA 4CFAA 2P1JA 1VSKA 3LP2A 4IBNA 4Z4CA 5I3UA 1NK5A 1RBTA 3L2RA 4CJFA 4RG8A 4PQUA 4BWJA 3OS1A 3VN5A 3LP1A 1A5XA 4Y1CA 4DWIA 3AVNA 3VQDA 4FM2A 2HW3A 4J2DA 5T7BA 2HVIA 3DYAA 4C8NA 3DRPA 4DTPA 4HUGA 4Q0BA 3RWUA 4IFVA 1GOAA 3ZT2A 4DFJA 4HUEA 1TGOA 3OVNA 1YTAA 3IRXA 1LW0A 3NFAA 3ZT0A 3LP3A 2IC3A 3EYZA 3NAEA 4CEQA 3V9ZA 1GOBA 2HHQA 4DTOA 4O55A 3PX0A 3SQ2A 4FZXC 4KO0A 4O0JA 2VWJA 4TSXA 4E1MA 4OLBA 3LZJA 4Z4GA 1KRPA 4FYDA 3V1OA 4CJEA 5J1EA 2FC0A 1J5OA 4ZTJA 3ASMA 1TAUA 3S3OA 3ZSYA 4HCBA 3KLEA 4FLTA 1HYVA 5SWMA 3AV9A 3OYBA 3PX6A 4CEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3VQPA 3CC4N 4HHTA 3FLCO 4RW8A 2XY7A 2QI2A 2X78A 4CZKA 2HHSA 4CZJA 3MXMA 4KHQA 3AVCA 2DPNA 4DTXA 1J6ZA 3A0IX 4DF4A 3ZETA 1YXQA 4CI6A 5MLCQ 4ZHRA 3H3NO 4XEIA 5FPDA 4WCEL 5HLFA 3R1XA 3AA2A 3MEEA 1T03A 3BGRA 1S72N 3TJYA 3CJ9A 5FRMA 1XVGE 1QVFM 5GAEP 2JH9A 3N4PA 1XU3E 2BE2A 3O1BA 3SV3A 3MEDA 1RBSA 1RDDA 4IFYA 3UKUB 1RTHA 1LWCA 2YHXA 5HOOA 1BU6O 3J7ZO 4A61A 4AHCA 4QS8A 3K9KA 3VQQA 2QTDA 4R5PA 1LAVA 4V19S 2RF2A 4HVJA 1IJJA 4H0YB 4Z0UA 4F3TA 5AR0A 1Q18A 3OBYA 1S1WA 3SV4A 2VG6A 3DAWA 1XMOK 2HHUA 1U4BA 2HMPA 4BRCA 3V6DA 1KLNA 4OLAA 3VEXA 1BQMA 2UXDK 1XU5E 1WSJA 1QQMA 2YJFA 2JH8A 1HQUA 3LL3A 4GVMA 1EETA 4CJSA 2FBVA 4JI8K 3AVLA 4FJJA 3DWLA 3SLCA 1NMDA 5AQXA 4JS4A 3ULDA 1NJZA 3LPUA 3S9HA 2OCEA 4E7IA 1KC8O 2HBKA 3O9RA 3VERA 2FF3B 2J4RA 2WBNA 2GV9A 3NGZA 4LFCK 3VF2A 1BI4A 3U9DA 3ZSRA 2YV0X 4KH5A 1RCHA 3QEVA 3KJVA 3MXIA 2VJ5A 1TKDA 2VWKA 5B8HA 2FF6A 5KPRA 3ALYA 4DR7K 4IWVA 3SCXA 3RSEA 3THVA 3OYNA 1KD1O 3GOIA 3NH0A 2OTJN 4WQ4A 5AQPA 1B9FA 4DU3A 3U8XA 2UYTA 4ISFA 4CJ7A 5KRTA 3NVKA 3U6FA 1JL2A 4B9VA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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