4M6DA

Crystal structure of the aptamer minf-lysozyme complex.
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/rna
source organism Gallus gallus
publication title Crystal structure of the aptamer minF-lysozyme complex.
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 42
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4m6dA00
3A92A 2HEFA 4N5RA 2BLYA 1IR9A 4ETDA 2BQAA 4J1AA 4KXIA 2Z2EA 3TMVA 4ANRA 1LJFA 2BQMA 5LA8A 5IELA 2Z19A 2H9KA 2ZNXY 3CT0A 1LSGA 1NDGC 1GDXA 4IATA 4DWXA 1YL1X 1IIZA 1MLCE 5E9RA 1YAQA 1XEIA 4XENA 2YVBA 4ETBA 4PRUA 3TXDA 5LINA 1CJ8A 4QGZA 4DD7A 4M4OA 4KPMA 4DC4A 4J0LA 2DQCY 1LZDA 3E3DA 1LKRA 3N9AA 1UICA 3D3DA 3WXUA 4DD2A 1LYZA 4CGEA 1FBIX 1JUGA 4E3UA 3LYOA 1LHHA 2CGIA 4WOAA 1VFBC 1GF9A 1AM7A 5DM9A 1CNSA 2FBDA 4A7DA 4L41A 4AGAA 1RI8B 1LJ3A 3W6EA 5KKIA 1WTNA 4BAPA 1HMLA 4GN3A 1O23A 1GB7A 2DQHY 2DQDY 5DN4A 3AZ6A 3CSRA 1D0MA 4GCEA 1IOSA 2G4PA 4NGYA 1C46A 4PPOA 1IWZA 1LJ4A 4NG8A 3WH1A 1EQ4A 1GB6A 2XTHA 1AKIA 1XGQC 3D9AC 1KXYA 1IORA 1QSAA 4G9SA 1D9UA 1IWYA 1IWVA 4N8ZA 1LJGA 1I20A 3AJNA 4WMGA 1YROA 2MEBA 1UIGA 3TXEA 1D6PA 1YAPA 5KXWA 4NHIA 1GF0A 4UWUA 3RT5X 5KXNA 5LA5A 1ALCA 2HEBA 4B49A 5IHGA 5AMYA 2EKSC 1GFUA 4OWCA 2BQBA 4G49A 2Q0MX 2MEEA 3CSZA 2VB1A 4NGWA 3OK0A 1C43A 1QUTA 3WU7A 1GB5A 5KXXA 1G7IC 5C6JA 1UIAA 3WMKA 1GF8A 1LJEA 1Z55A 5KJ9A 1VEDA 2ZWBA 5II3A 1DZBX 4N9RA 4LYMA 4ETEA 1G7HC 4NGKA 4WLDA 3W6FA 1VDSA 4DD9A 1IVMA 1IWTA 3N9EA 1GE0A 1FLUA 2Z38A 2ZQ4A 5FELA 5M1YA 1GFEA 1HENA 4GLVA 1OUHA 3ATOA 2BQFA 4XJDA 3WPLA 1B5YA 3WVXA 1RE2A 1LZNA 2BQEA 5B06A 1IP1A 2W1YA 4PJ2C 4ET9A 1GAYA 1GE1A 3P4ZA 1IP3A 1LJJA 2IFFY 4DD0A 2H9JA 4QDNA 5HLLA 4PRQA 2N5ZA 4DT3A 3RW8A 2CJLA 1HC0A 1BB6A 1UIDA 1B7NA 5LYMA 4HJVA 1NF5A 1GF3A 4WL7A 1LKSA 1HEWA 1KIPC 1TAYA 1TBYA 4NSHA 4LFXA 1WQRA 4YF2A 3A91A 1GFJA 1SQ2L 2ZNWY 4WLTA 3TXHA 1G7LC 5HQ1A 2LYMA 1DI5A 2EPEA 3AZ4A 1I56A 3AGGG 4HJYA 4KT3A 3W6BA 3WPKA 5HNLA 4TUNA 1DPWA 1C45A 1C7PA 1EQ5A 1LZYA 4NGLA 4MCKA 3LYZA 2I25L 1WQNA 2HUBA 2MEGA 4LT0A 2RSCA 4ET8A 5ILCA 1LZAA 1GBXA 4H9BA 1B5WA 1GB2A 4W96A 4TSBA 3QE8A 2BQHA 4Z3MA 4XN6A 1A2YC 4N1EI 5I4YA 5LVHA 1GF6A 4W94A 1IP6A 1F0WA 1BWIA 1B7RA 2CDSA 1IO5A 1B2KA 1YQVY 5D5FA 1HFZA 1QTKA 4PHIA 5J7CA 1XGUC 193LA 3WVYA 6LYZA 4ETAA 1T6VL 4NWEA 1GEVA 1LZCA 4U3XB 1VDQA 4TX7A 1B5XA 4OWEA 5KY1A 4HPEA 5FEKA 4XJHA 1LZ5A 2I26L 3AW6A 5I5QA 1WQOA 4ZEEA 2MECA 4NG1A 1LSNA 1EQEA 2W1LA 4QEQA 2BQOA 4NY5A 4P2EA 4WG7A 1IR7A 4I8SA 4RW1A 6LYTA 1JTOL 2GV0A 1QTEA 1LHKA 1LZGA 3HBEX 1XGTC 4RLNA 4WLYA 2FYCA 3TMUA 1OUDA 3TXGA 5HMJA 5I54A 5EBHA 5APCA 3LZ2A 1DI4A 4H9IA 1YAMA 1REYA 4NSJA 5IDDA 1FN5A 3P65A 2AUBA 1GF7A 4IASA 5E4PA 3TXKA 3CB7A 4BAFA 2WARA 1NBZC 1YKZX 3P66A 4OOTA 4YEMA 1OUCA 1F10A 3G3BB 3BKVA 1IP7A 1B0DA 1LMOA 1UIHA 3WW6A 2D4IA 132LA 1F6RA 4LYOA 1ZVHL 4XADA 4YENA 3W6AA 4WM4A 1LSEA 2F30A 1GF4A 1LAAA 5F14A 1HSWA 1B7PA 4HV1A 3CT5A 4WM3A 3A8ZA 1GHLA 1JKDA 1UBZA 3EXDA 3ZVQB 1IR8A 5B1GA 1CKGA 1OUFA 1IP5A 1GFGA 1KIRC 1NMMA 2D6BA 3TXBA 3TMXA 1REMA 2Z12A 1QQYA 1GB0A 1QIOA 2MEDA 1YL0X 4H93A 5L3HA 2A7DA 194LA 4XJGA 1BB4A 1LZBA 2X0AA 4NHSA 4CJ2A 5ILFA 4H9CA 4ETCA 3M18B 5KXMA 3VWOA 3MGWA 1LJIA 1REXA 1GBWA 2LYZA 1LJKA 4NEBA 3B0KA 4H9EA 4GCCA 4D9ZA 1HEOA 4HSFA 5B59A 3A67Y 1GEZA 2ZILA 4GCBA 1LJHA 3WL2A 1LSAA 1QDRA 3A95A 1N4FA 4H9AA 3T36A 5KXKA 2YDGA 2ZYPA 1IC4Y 2EIZC 5FDJA 3ZEKA 1IX0A 5HMVA 1IP4A 3LHMA 4DDAA 2HEDA 1JKBA 1I1ZA 3LYTA 4X3BA 4WM1A 4WM2A 5FHWA 3ZVQA 1LZSA 3GXKA 207LA 3WYHA 1LSZA 4B4JA 1XEJA 5B1FA 2DKVA 4QY9A 1IWXA 1DKJA 4LYCA 4B4EA 1LHJA 5I53A 5LVIA 4WO9A 2LYOA 1JISA 1GPQC 1YAOA 4RLMA 5F9UA 1CJ6A 4I0CA 2Z37A 4NGVA 1BB7A 1BWHA 1FLYA 1KXWA 3J4GA 4H91A 4NHPA 1XGRC 3TMWA 2BAAA 3N9CA 5LYZA 4OWAA 5KXRA 5KXSA 1GE2A 3KAMA 5KXZA 2BQLA 2YSSC 3AGHA 1LMQA 1VAUA 3F6ZA 1LZEA 2MEHA 4C5FA 2EQLA 1J1XY 3ULRA 1QUSA 1ZV5L 1LSYA 2F2NA 1JSEA 2HU3A 3HBDA 5FSTA 1GBZA 4NGZA 4WG1A 4XJFA 4FDYA 4G4HA 5JENB 3AZ5A 4LT1A 2Y8PA 4HTQA 3T6UA 1PS5A 2BQIA 5B07A 1GFRA 4LYTA 5LIOA 3TXFA 3TXJA 5I4XA 1JITA 3OJPA 3AW7A 1LPIA 4G4BA 3W3EA 1LHMA 1FLWA 1LZTA 1KIQC 5LXWA 1B7SA 1OQMA 1BVXA 2YBMA 3AGIA 3B0OA 4G4CA 3B72A 1GFKA 2BPUA 2G4NA 4NHTA 5KXTA 1LSCA 4R6CA 1IWWA 1HEMA 3IJVA 4II8A 1GBSA 1YKXX 2YBJA 5LVKA 3J6KA 1JJ0A 4LZTA 2YBHA 1OUIA 1XEKA 3IWRA 2DQFC 2XBSA 1JKCA 2YBIA 1BVKC 1LZ9A 1UIEA 5DLAA 4DDBA 1WVUA 1IEEA 1IC7Y 1HELA 4DDCA 4EOFA 5KKJA 2D91A 4ML7A 4NSIA 3WUMA 4TSCA 3A3RX 1GD6A 3G3AB 1WVVA 1SLYA 4DYGA 1DPXA 1GFHA 4NSGA 4TTDA 2A7FA 1GBOA 2Z2FA 2XJWA 4CFOA 1JSFA 1BB3A 2I6ZA 1OUGA 5APFA 3P68A 1IY4A 4RDSA 1LSDA 1B7MA 1IY3A 1JJ1A 1F6SA 1LSBA 1VATA 4HP0A 5F81A 4CHXA 1D0KA 4Z41A 1EL1A 4HTNA 2PC2A 4UWVA 3A94A 1B5UA 4H94A 4N0JA 2XBRA 1LZRA 4LYZA 1NBYC 133LA 2LZTA 1GB9A 1GXV2 1CKDA 4BADA 1JTTL 3B0IA 1GFTA 4H1PA 4DD3A 4WO6A 2MEAA 3LN2A 4HTKA 1GFVA 4NHQA 4B4IA 4FJRA 4MR1A 1DKKA 3RNXA 3CSQA 1GE3A 1IP2A 1LZ1A 2BQKA 1GF5A 1B7QA 2W1XA 2FYDA 2YBNA 1LCNA 4LT3A 3TXIA 1LZ8A 3AYQA 1AZFA 1C10A 1LMPA 4Z98A 4PGJB 5LVGA 2H5ZA 4LT2A 2F4AA 2LHMA 3WU8A 4C3WA 4H90A 1W6ZA 2BQDA 5A3EA 3K3TA 1IOQA 3GXRA 1MELL 1FLQA 3A6CY 1B7OA 1UACY 4HJZA 1VDPA 3SP3A 1A4VA 1IWUA 1CJ9A 134LA 1UIBA 1V7TA 1DI3A 1KXXA 1XGPC 1E8LA 3HFMY 154LA 3CT1A 2W1MA 4GLAA 2HEAA 2DQAA 1RJCB 2HEEA 4NGOA 5L9JA 1CKFA 1GWDA 3W6DA 4YOPA 1JJ3A 1LHIA 1G7JC 2ZIJA 3ATNA 4R0FA 5FCPA 2BQNA 2D4JA 4O34A 4NIJA 4GCFA 1LYYA 3A90A 1GDWA 4N1CC 4H8ZA 1OUJA 4EMNA 5DN5A 3LYMA 1YANA 1HSXA 5KXYA 2C8PA 4GN4A 1W08A 1C08C 1H6MA 1NDMC 1NHEA 1JHLA 2C8OA 4HPIA 3A93A 2D4KA 4RW2A 3WULA 1AT5A 1JTPL 3QY4A 4M6DA 1UA6Y 1LMTA 4OWHA 2MEFA 5A3ZA 1LOZA 1D6QA 4OW1A 5L3IA 1XSFA 2YBLA 1QSWA 3A34A 3HBHA 1CKCA 4OWBA 2DQGY 3EMSA 1NQIA 4WM6A 5C6IA 5F9XA 4MSTA 2ZYCA 3WW5A 1OUAA 1GB3A 1LJNA 1LHLA 2BQJA 4LGKA 3EO5A 1WQMA 1UIFA 3RZ4A 1HEQA 1UC0A 1YKYX 1B5ZA 1OP9B 5HNCA 2DQIY 5F16A 1GE4A 1TEWA 3AB6A 4NGIA 3W6CA 3WUNA 2LZ2A 4NGJA 1CJ7A 1HERA 3QNGA 1HHLA 5C6LA 4B1AA 1FKVA 4NFVA 4H92A 1LZ6A 4NWHA 208LA 4KL7A 1GBYA 3LZTA 4Z46A 4GCDA 1H87A 1FKQA 1BQLY 2BQGA 2G4QA 4WM5A 1P2CC 5APDA 1VDTA 2HU1A 1UCOA 1YILA 4J7VA 1YIKA 2MEIA 2DQEY 4CFPA 1WQQA 1PZYA 1B9OA 1BB5A 3B6LA 1HEPA 1DQJC 1WQPA 4DD1A 5KXLA 1AT6A 2Z18A 5LYTA 4TWSA 5APEA 3A3QA 1GB8A 4HV2A 2CWIA 1JIYA 3M3UA 3P64A 5LAFA 1D0LA 1JKAA 1LZ4A 1NKHA 2F4GA 4H8XA 4WL6A 5KXPA 1LMNA 2ZIKA 8LYZA 1REZA 1TDYA 4IJ4A 1LMAA 1JPOA 5K7OA 3AZ7A 1CKHA 1QDTA 1J1PY 2NWDX 5LVJA 1OUBA 1BWJA 1TCYA 4UWNA 1V7SA 4BS7A 1HNLA 1IOTA 1LSFA 1T3PA 1IOCA 2IHLA 5I4WA 5KXOA 1G7MC 1JEFA 1BGIA 1LYSA 2HTXA 3IJUA 2FBBA 3FI7A 4WLXA 1GXXA 4YEOA 1GAZA 2ZQ3A 3RU5A 2DBTA 4LYBA 1LSPA 1IC5Y 1JWRA 5D5CA 2B5ZA 5DL9A 1LYOA 4GN5C 4ZFPA 1HFXA 1GFAA 1UUZC 1ZMYL 2HECA 1NWGA 3WUAA 3CQLA 3WU9A 1LMCA 1RFPA 1B5VA 153LA 1DXJA 3BKHA 2BLXA 5LAGA 1LSMA 1B7LA 4H9HA 4YM8A 3FE0A 5T3FA 3A6BY 1HF4A 4LFPA 3WXTA 4B0DA 1RCMA 4XJIA 1J1OY 4H9FA 3WPJA 3A96A 4XYYA 4ZIXA 1LTMA 4J1BA 2DQJY 7LYZA 1ZVYB 2Z39A 4OOOA 2BQCA 1HFYA 4AXTA 1XFPL 1HMKA 4H8YA 1BHZA 5B05A 1WTMA 4XJBA 135LA 3EBAB 9LYZA 1INUA 1OUEA 1FDLY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
123LA 1IR9A 1P5CA 4J1AA 1P6YA 2BQMA 2B7XA 2O4WA 5IELA 3CT0A 1LSGA 1GDXA 1MLCE 3SB5A 1L59A 238LA 3WXUA 1L94A 4WOAA 1VFBC 1GF9A 1XJUA 5DM9A 4GN3A 2G4PA 1IWZA 1LJ4A 1L40A 4W58A 234LA 1SWYA 1L21A 1I20A 3GUJA 173LA 1DYBA 3TXEA 108LA 4OO9A 4NHIA 4B49A 2XQOA 5IHGA 3F8VA 2QARC 2EKSC 2LZMA 2VB1A 4NGWA 3OK0A 1UIAA 1VEDA 4N9RA 3OE6A 4ETEA 1C6NA 1QTCA 1VDSA 2ZQ4A 3DN6A 1GFEA 4W57A 3HT9A 1GAYA 1L26A 1QTBA 3SB7A 1C6IA 1G0QA 2N5ZA 145LA 5LYMA 1CV4A 1QTDA 3HU8A 1GF3A 237LA 1HEWA 4NSHA 1L53A 1SQ2L 3TXHA 1DI5A 1I56A 3WPKA 1K28A 4TUNA 1DPWA 1LZYA 1WQNA 4ET8A 1B5WA 4TSBA 3QE8A 3L2XA 4XN6A 4I7PA 1L95A 1B7RA 5D5FA 1L83A 1HFZA 3DMVA 1XGUC 3WVYA 4ETAA 1T6VL 1LZCA 4U3XB 1VDQA 4TX7A 4OWEA 1LWGA 5I5QA 1LPYA 1LSNA 2W1LA 4QEQA 1L36A 4RW1A 1JTOL 2GV0A 1QTEA 1L39A 1L63A 2FYCA 171LA 4EKQA 5HMJA 211LA 192LA 1L0KA 5IDDA 1FN5A 1L37A 4IASA 4BAFA 4YEMA 1DYFA 3G3BB 1LMOA 3ODUA 132LA 1L03A 2B75A 2O79A 152LA 199LA 5F14A 1HSWA 3CT5A 1JKDA 4I7SA 1OUFA 1IP5A 2F47A 1L45A 4H93A 2RH1A 2X0AA 4H9CA 3MGWA 1L43A 3B0KA 1HEOA 1C66A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A92 A;  2HEF A;  4N5R A;  2BLY A;  1IR9 A;  4ETD A;  2BQA A;  4J1A A;  4KXI A;  2Z2E A;  3TMV A;  4ANR A;  1LJF A;  2BQM A;  5LA8 A;  5IEL A;  2Z19 A;  2H9K A;  2ZNX Y;  3CT0 A;  1LSG A;  1NDG C;  1GDX A;  4IAT A;  4DWX A;  1YL1 X;  1IIZ A;  1MLC E;  5E9R A;  1YAQ A;  1XEI A;  4XEN A;  2YVB A;  4ETB A;  4PRU A;  3TXD A;  5LIN A;  1CJ8 A;  4QGZ A;  4DD7 A;  4M4O A;  4KPM A;  4DC4 A;  4J0L A;  2DQC Y;  1LZD A;  3E3D A;  1LKR A;  3N9A A;  1UIC A;  3D3D A;  3WXU A;  4DD2 A;  1LYZ A;  4CGE A;  1FBI X;  1JUG A;  4E3U A;  3LYO A;  1LHH A;  2CGI A;  4WOA A;  1VFB C;  1GF9 A;  1AM7 A;  5DM9 A;  1CNS A;  2FBD A;  4A7D A;  4L41 A;  4AGA A;  1RI8 B;  1LJ3 A;  3W6E A;  5KKI A;  1WTN A;  4BAP A;  1HML A;  4GN3 A;  1O23 A;  1GB7 A;  2DQH Y;  2DQD Y;  5DN4 A;  3AZ6 A;  3CSR A;  1D0M A;  4GCE A;  1IOS A;  2G4P A;  4NGY A;  1C46 A;  4PPO A;  1IWZ A;  1LJ4 A;  4NG8 A;  3WH1 A;  1EQ4 A;  1GB6 A;  2XTH A;  1AKI A;  1XGQ C;  3D9A C;  1KXY A;  1IOR A;  1QSA A;  4G9S A;  1D9U A;  1IWY A;  1IWV A;  4N8Z A;  1LJG A; 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 1YIK A;  2MEI A;  2DQE Y;  4CFP A;  1WQQ A;  1PZY A;  1B9O A;  1BB5 A;  3B6L A;  1HEP A;  1DQJ C;  1WQP A;  4DD1 A;  5KXL A;  1AT6 A;  2Z18 A;  5LYT A;  4TWS A;  5APE A;  3A3Q A;  1GB8 A;  4HV2 A;  2CWI A;  1JIY A;  3M3U A;  3P64 A;  5LAF A;  1D0L A;  1JKA A;  1LZ4 A;  1NKH A;  2F4G A;  4H8X A;  4WL6 A;  5KXP A;  1LMN A;  2ZIK A;  8LYZ A;  1REZ A;  1TDY A;  4IJ4 A;  1LMA A;  1JPO A;  5K7O A;  3AZ7 A;  1CKH A;  1QDT A;  1J1P Y;  2NWD X;  5LVJ A;  1OUB A;  1BWJ A;  1TCY A;  4UWN A;  1V7S A;  4BS7 A;  1HNL A;  1IOT A;  1LSF A;  1T3P A;  1IOC A;  2IHL A;  5I4W A;  5KXO A;  1G7M C;  1JEF A;  1BGI A;  1LYS A;  2HTX A;  3IJU A;  2FBB A;  3FI7 A;  4WLX A;  1GXX A;  4YEO A;  1GAZ A;  2ZQ3 A;  3RU5 A;  2DBT A;  4LYB A;  1LSP A;  1IC5 Y;  1JWR A;  5D5C A;  2B5Z A;  5DL9 A;  1LYO A;  4GN5 C;  4ZFP A;  1HFX A;  1GFA A;  1UUZ C;  1ZMY L;  2HEC A;  1NWG A;  3WUA A;  3CQL A;  3WU9 A;  1LMC A;  1RFP A;  1B5V A;  153L A;  1DXJ A;  3BKH A;  2BLX A;  5LAG A;  1LSM A;  1B7L A;  4H9H A;  4YM8 A;  3FE0 A;  5T3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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