4M7YA

Staphylococcus aureus type ii pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
266
structure length
266
Chain Sequence
MKVGIDAGGTLIKIVQEQDNQRTFKTELTKNIDQVVEWLNQQQIEKLCLTGGNAGVIAENINIPAQIFVEFDAASQGLGILLKEQGHDLADYIFANVGTGTSLHYFDGQSQRRVGGIGTGGGMIQGLGYLLSQITDYKQLTDMAQHGDRNTIDLKVRHIYKDTEPPIPGDLTAANFGHVLHHLDADFTPSNKLAAVIGVVGEVVTTMAITVAREFKTENIVYIGSSFHNNALLRKVVEDYTVLRGCKPYYVENGAFSGAIGALYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Type II pantothenate kinase
publication title Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus subsp. aureus
total genus 95
structure length 266
sequence length 266
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2013-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03630 Fumble Fumble
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m7yA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4m7yA01
1GLAG 4BVPA 5KPZA 3J8AA 2P9LB 3GDQA 4GY2B 4BC3A 3CQXA 5EVZA 4CZGA 1Z6RA 3QMLA 1YXQA 4B1ZA 2IVPA 3FZKA 3QDKA 1MWMA 1NGIA 2NRHA 5FPMA 3O4WA 2E20A 2Q2RA 4HTLA 1NGDA 1HKCA 2ZGYA 4XH1A 3JS6A 4B1WB 5AQHA 4M7YA 4CZKA 3CJ7A 3DXMB 5AQJA 3W0LA 4BR2A 2HOEA 4BC4A 3EKSA 3MN7A 4YDUC 1NGHA 4K43A 2P9KB 2QWNA 3G25A 2E1ZA 4EHTA 2IIRA 4BC5A 4EHUA 2BTFA 4RTFD 4CBWA 4BROA 4H0YB 4IJAA 1TUYA 5LJWA 1V4TA 2I7NA 1KAYA 2YJEA 3ZX2A 4BGAA 1NMDA 3VESA 4Z94A 1T6CA 2NLXA 2I7PA 1QHAA 3VENA 4FWQA 4JHDA 4DB3A 3C7NB 3QBXA 3FLCO 3EZWA 1NBWA 1HPMA 3A5MC 5EXWA 3LM9A 4KBOA 3U9DA 3CJAA 1X9JA 4A2BA 2P9IB 3ZEUA 1EQYA 4JNEA 2DPNA 3UE5A 5BN8A 1DEJA 5E26A 5KQ8A 5BN9A 3DAWA 1GLJO 1BDGA 3M3ZA 3QFUA 3MDQA 1E4GT 3VEOA 2YHXA 3CJBA 3U4LA 3VEYA 4H0XB 4FSVA 2OANA 3LDQA 1BUPA 4FWOA 3UKUB 4WQ5C 3ATUA 2H3GX 4CZIA 1C0GA 2GUPA 4MLHA 5LJVA 5TKYA 4BQLA 1BU6O 4F9OA 2ASOA 2GTDA 3A0IX 3SLCA 2QWPA 5AZIA 4DCHA 2ASMA 3MMVA 1G99A 3QB0A 4FPBA 5BRDA 1Z05A 5BPLA 4FL9A 2Q0RA 4XEIA 1HLUA 2YCHA 3L6QA 3H1VX 2QWMA 3IDHA 2IVNA 2E2PA 4DHYA 1ZC6A 3H1QA 3AY9A 3QFPA 5AQTA 3O08A 4CZJA 1QZ6A 3DXKA 4BR7A 2Q1NA 2P9NA 1K8KB 5AFUA 2V52B 3ENOA 3GL1A 3IUCA 4FWKA 2P9SA 5AQUA 5F2RA 1YUWA 3I33A 5AQOA 3HBTA 1ATNA 3WEEB 3O1WA 3AARA 1RDWX 5BR9A 3RSEB 3SK3A 1NGCA 1TYQA 1HX1A 2D4WA 5AQYA 4IWVA 3FZHA 2ASPA 1P8ZA 4BRAA 3FFKB 1S3XA 1V4SA 4CZLA 5AZJA 4EIAA 4BRQA 5FPEA 4BGBA 3O80A 3ZETB 2W41A 4JD2A 1T6DA 1ZBSA 3WXJA 1SQKA 3KVGA 1NGBA 3M6GA 4FWLA 1DKGD 1JCEA 4BRFA 2Q31A 2P9UB 2QM1A 1ATSA 2CGLA 3UB5A 1IG8A 3CHWA 4A62A 4FWPA 5BPMA 1NM1A 5AQGA 1HKBA 1GLLO 5EOYA 5AQPA 5AR0A 5AFUH 3OHRA 3CI5A 2E88A 3D2EA 1JCGA 3A8YA 1QQOA 3EL2A 5E84A 1U2VA 4BREA 3EN9A 5AQZA 4BR0A 3GOIA 3LDPA 4JN4A 4EFHA 3P4IA 2P9LA 4PL8A 3BF3A 1ATRA 3D2FA 4GNIA 2P9PB 5KPRA 5JLHA 1MA9B 5AQLA 3U8XA 1NLVA 4JHDB 4IZ9A 2QXLA 3R9PA 3F9MA 3LM2A 2AP1A 2PAVA 4XH4A 4PKIA 5JICA 4CZFA 1CZAN 4CZEA 1GLCG 4L3QA 4QS8A 3VERA 2GWJA 3DWLA 1U6ZA 3CETA 3H3NO 3DXMA 2F9TA 3HM8A 1GLEG 4NO7A 4H03B 4O8KA 2A6AA 4H0OA 4H5RA 3UKRB 4BRDA 3ATVA 2P9KA 5AQXA 3SMSA 5FPNA 2FSNA 3HTVA 2KHOA 1IJJA 1H1VA 3WXKA 2QWOA 4O5FA 4XH5A 4B9QA 1QZ5A 4MLEA 1RFQA 3JXUA 1GLDG 4FO0A 3O6WA 4NB4A 1NGFA 3WUHA 4FWNA 3CIPA 4RCHA 4CJ7A 3HSCA 3VOVA 4B1VA 1WOQA 3C7NA 2GWKA 3VEXA 2A40A 4H5VA 3CJ1A 3R8EA 2NZTA 5AQNA 4BVOA 3HZ6A 2YI1A 3WT0A 2CH5A 2P9IA 3FR0A 3SJHA 1HJOA 1NGJA 2GEMA 4I6MA 5AQSA 1BA1A 4QS7A 5EY4A 4AM7A 3KHYA 4BRCA 3A5NC 1C0FA 4K25A 4PL7A 2A42A 4H0VB 2J4RA 4JAXA 2YJFA 4H5TA 1J6ZA 3DXKB 4IXCA 3AAQA 5AQFA 5JMVA 2FSJA 3CERA 3LDOA 2E8AA 2P9SB 3MN6A 3CJCA 3UKUA 5LY3A 3LDLA 2HF3A 3CJ9A 3MN5A 4CZHA 3H45C 4AM6A 5BPNA 2CGKA 3ULEA 3GBTA 2E2QA 4WQ4A 4C23A 1TYQB 2ZWHA 4PKHA 4WYBA 3D7EO 5BRHA 1GLFO 2CH6A 5AQKA 3VEZA 2CGJA 4BRKA 2BUPA 1BA0A 2Q97A 2V7YA 4EAHD 3VGMA 2PBDA 4BRIA 3WXIA 2Q0UA 4BRLA 4IJNA 3S41A 4M63C 1NGEA 1BO5O 1NGAA 2E2OA 2FSKA 1E4FT 5AQIA 1X3MA 3BF1A 3FE1A 1K8KA 3WQUA 1ESVA 4K41A 1T44A 4B1XB 4BR9A 5JLFA 2A41A 2W40A 3WEEA 1RGIA 4FWSA 3RSEA 1KAXA 1MWKA 3ENHA 3TPQA 4BQZA 3QICA 4FOEA 1XQSC 4A2AA 3R6MA 3IMXA 5F1XA 4BRPA 3FGUA 4CD3A 3D2FB 3MN9A 3ZETA 4DQ8A 1YAGA 1X3NA 1YVNA 3HI0A 4FWMA 2V7ZA 5BREA 1QQNA 1GLBG 1QQMA 3EKUA 4E1JA 1KAZA 3GE1A 4H5WA 2YHWA 1HUXA 2GELA 1TUUA 4H5NA 3VEVA 2P9UA 1D4XA 2ZF5O 2E1YA 3VPZA 3ZEUB 2QWLA 4QS9A 5F0XA 3FZMA 3BEXA 5EX5A 3FZLA 4BR4A 1BOTO 4H0TB 4CD1A 2ZGZA 3I8BA 2HF4A 4IO8A 3KZBA 5ELZA 1Y64A 5BRFA 3WQTA 5AQWA 3WXLA 2P9PA 5AQMA 3H6EA 3MK6A 5KPTA 1S22A 3CQYA 4CBXA 2V51B 1XUPO 2VWBA 3A5LC 3ZX3A 4B1UB 4PKGA 3ZX0A 4YDUA 1BG3A 3A5OC 2AA4A 4MO4A 4I6MB 1R59O 4CI6A 4Y0WA 1JCFA 1DGKN 3L0QA 3M1FA 4K42A 2FLOA 5AZIB 3AAPA 3U9ZA 4BRHA 4BG9A 4BC2A 5B8HA 3UKRA 4ISFA 3DJCA 4MO5A 4RWTA 3O5BA 2D0OA 1NGGA 4WQ4C 4H0PA 2FF3B 5I9EB 3W3DA 5ADXA 3MCPA 4CZMA 3VGKA 2VYPA 2FXUA 2WUSA 2QW9A 4M7XA 2P9NB 5AQVA 1WUAA 1LCUA 3SMPA 2UYTA 2A5XA 3QBWA 3BP8A 3ULEB 4CBUA 4BRMA 3C0BA 4FWRA 4BG8A 4BR5A 4FPAA 5AQQA 3VF2A 1OKJA 3VGLA 1KXPA 2YHYA 1MDUB 4A61A 4B1YB 3VF4A 1ZXOA 2E2NA 2A3ZA 5FPDA 5AQRA 4LC9B 4WQ5A 5AZJB 3EO3A 3IFRA 4JD2B 2EWSA 2VCPA 1BWFO 2HMPA 3H46O 2QWQA 5KQDA 4FOIA 3ID8A 2D1KA 1XC3A 4ISEA 2Q36A 1SAZA 2FF6A 3GG4A 3LDNA 3B8AX 4BRGA 4BRNA 3O8MA 3VETA 3TU5A 5ADXH 1NWKA 1HKGA 1LOTB 5CE3A 3O1BA 3VF6A 1SZ2A 2IVOA 2ITMA 2D0PA 3L4IA 3VEWA 3LL3A 2QWRA 2F9WA 3FZFA 3BUZB 4HWIA 3D2EB 4J8FA 3H3OB 1Q18A 1U2VB 4ISGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPZA 3E1YA 2P9LB 4GY2B 4BC3A 4Y1DA 3SI6A 4FJ9A 4CZGA 3OA9A 3PV8A 3J80O 3R1XA 4E7KA 3HXMA 4DMNA 5FPMA 1L3VA 2OTLN 5LMNK 3RMBA 2Q2RA 4NCGA 1HKCA 1QS4A 3JS6A 2NRZA 1OVQA 4M7YA 1ASUA 3KD1E 2ETJA 4H4MA 2D0BA 3RRGA 3ISNC 4BWMA 3K2PA 2QKKA 2QWNA 2E1ZA 4O55A 4BC5A 4NYFA 3DMJA 2BTFA 2BE2A 4IJAA 1DTTA 3HVTA 2NLXA 3V4IA 2XHBA 4ID1A 3VENA 2X6SA 3NF8A 4JHDA 4IOCL 3C7NB 5CY4A 3AO3A 4I9QA 4LF9K 3OYNA 1J9AA 2O8CA 5EXWA 3HOSA 2ZM6K 1EQYA 3C6AA 1HPZA 1XC9A 1C1CA 5BN9A 4HUFA 3V9UA 4DV6K 3KIOA 4I7FA 2PYLA 4CEZA 3CFRA 3QNOA 3BGRA 1RBVA 2O8BA 3U4LA 2XY5A 1RT4A 4FWOA 2H3GX 1C0GA 2GUPA 5TKYA 1HQUA 2ASOA 2GTDA 1SKWA 1RDAA 4DCHA 1IKWA 3NGZA 2ASMA 3LWMA 3QB0A 4E7LA 2GV9A 1VSIA 4F2RA 1HLUA 3AO2A 1CZ9A 3HM9A 2E2PA 4DHYA 3OTOK 2XY7A 3QEIA 5FLXO 4DFKA 1WNSA 4CIGA 4CGGA 4BDZA 2EX3A 5EU7A 5AJ3K 3SNNA 5AFUA 2V52B 2VGNA 1JLGA 1M1KO 2YNGA 5AQUA 1OH5A 3SJJA 4A59A 2DY4A 3TI0A 3THXB 4TSXA 3MXIA 1TYQA 4CGDA 1LWCA 4FM1A 3V9XA 3DLHA 4IWVA 2Z1HA 4JKHA 4IO9L 1Z25A 1S3XA 4CZLA 5FPEA 1VK0A 3O80A 2W41A 4MQ3A 4M3UA 4KAZA 4DLGA 2YV0X 4ILHA 3WXJA 4DSKA 1SQKA 3KVGA 1NGBA 3M6GA 2IDOA 3SBGA 2OZSA 4OPAA 3U3GA 2P9UB 3CQ8A 4DQPA 3Q7BA 3V9WA 4HUGA 4O0IA 4OKKA 4DUYK 1C1BA 3NGYA 1NM1A 5AQGA 5JVHL 1NMNA 3I56N 3QESA 4L8RB 2E88A 2Z1IA 4Z4FA 1JCGA 1VQNN 4IDKA 4WF9L 4JRPA 3BZKA 1HNIA 4M41A 3SUQA 4OKEA 2GX9A 3TTCA 1ATRA 1TL1A 2P9PB 4DTRA 3PX6A 1MA9B 3U8XA 4B9VA 3K0SA 4O4GA 1KRPA 3OYGA 3SPYA 4IFEA 4O8UA 3AVAA 1LV5A 3VQEA 4B3SK 1YI2N 2AP1A 2PAVA 2IS3A 4JI7K 4G1QA 2BGGA 3VERA 4CVNE 2IC3A 3O9UA 3AO4A 3AVHA 3CETA 1TK8A 5K14A 3DXMA 5SZTA 2F9TA 4JK8A 3CCLN 1S1UA 3ZYYX 4H03B 2UUBK 4H0OA 3UKRB 3ATVA 5AQXA 3K5OA 5FROA 2FSNA 2KHOA 2B4JA 1TAUA 3DLEA 5HOOA 1LW2A 1VSLA 4O5FA 4IOAL 3JXUA 1GLDG 1JLBA 4FO0A 1RCHA 2B5JA 3WUHA 1Z26A 3K57A 4RCHA 4KKOA 4LSLA 3SUPA 4PQUA 3NH2A 4CIFA 5KRSA 3VEXA 1T8EA 3R8EA 4QCLA 4CF0A 4JI2K 1P90A 4KHUA 3ZSWA 1REVA 3RMAA 5HRRA 4BRCA 5J2NA 2RF2A 2BDPA 1CXUA 1RT5A 2XRIA 2YJFA 3HSTB 4CHZA 3DXKB 5HL7L 4IXCA 4DR2K 5JMVA 4B9SA 2X78A 3CERA 3LDOA 4Q0BA 3IRXA 3LDLA 2HF3A 4CJKA 3MXMA 3ITHA 4CESA 5BPNA 4DV4K 3V1QA 2CGKA 2Y1IA 5MLCQ 3D7EO 1GLFO 2CH6A 5AQKA 3RR7A 4BRKA 1GOAA 2X74A 1BA0A 2YNHA 3CYMA 2QKBA 3LZIA 5A2QO 3V6DA 3VGMA 3LZJA 3PX0A 3AVFA 4IJNA 4UQGA 2UU9K 3SQ0A 3PIOL 3PSIA 1NGAA 3JAMO 1E4FT 1RBRA 5AQIA 1X3MA 3BF1A 4Q5VA 1RTDA 3CC4N 3VQ8A 3LWLA 1XHXA 2WC9A 4BR9A 4K0KK 2A41A 3OYBA 2HHVA 2NRVA 3MEEA 2G8UA 4PA1A 3HK2A 3NVKA 3ENHA 3TPQA 5CYMA 4CK3A 1VQ4N 3S3MA 3IMXA 4CJSA 3F9KA 1NNEA 4OJRA 1DTQA 3FGUA 3SQ1A 1Q9XA 3ZETA 1VQPN 3LP0A 1YAGA 1YVNA 4FWMA 5CHIA 3ULDA 5HP1A 4E1JA 2YHWA 4CGHA 1HUXA 2PY5A 3LDSA 2O8EA 5IT9O 4H5NA 4GVEA 3AO1A 2ZF5O 1QVFM 2QWLA 3CCUN 3FZMA 4FVUA 3BEXA 4DV0K 1NU0A 1ZBHA 4BR4A 1QQCA 4H8KA 2HBLA 1DT9A 4H0TB 4RW4A 2ZGZA 4DV7K 4M3RA 2HF4A 3K5MA 4JKGB 4CIEA 1VRUA 5ELZA 3HPGA 4CFBA 2DFFA 3WXLA 4YFUA 5AQMA 2D0AA 4LY7A 1S22A 4ILGB 1RTHA 4DTNA 3ZX3A 3ZX0A 4C1NK 1Q8IA 4YDUA 4DR7K 4CJRA 3KD5E 1C0TA 1R59O 2ZJQL 4CEOA 4OGCA 2FLOA 4CHYA 2RHKA 4R5PA 1NK9A 4RW6A 3DJCA 3AVMA 4MO5A 2D0OA 2HHUA 1VQ6N 3TAEA 1DLOA 3EZ5A 4FJGA 1Q86O 3NH0A 3VGKA 1ZBUA 2WUSA 1LAWA 3QIPA 5AQVA 3M8RA 1N32K 4HTUA 3Q7CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GLA G;  4BVP A;  5KPZ A;  3J8A A;  2P9L B;  3GDQ A;  4GY2 B;  4BC3 A;  3CQX A;  5EVZ A;  4CZG A;  1Z6R A;  3QML A;  1YXQ A;  4B1Z A;  2IVP A;  3FZK A;  3QDK A;  1MWM A;  1NGI A;  2NRH A;  5FPM A;  3O4W A;  2E20 A;  2Q2R A;  4HTL A;  1NGD A;  1HKC A;  2ZGY A;  4XH1 A;  3JS6 A;  4B1W B;  5AQH A;  4M7Y A;  4CZK A;  3CJ7 A;  3DXM B;  5AQJ A;  3W0L A;  4BR2 A;  2HOE A;  4BC4 A;  3EKS A;  3MN7 A;  4YDU C;  1NGH A;  4K43 A;  2P9K B;  2QWN A;  3G25 A;  2E1Z A;  4EHT A;  2IIR A;  4BC5 A;  4EHU A;  2BTF A;  4RTF D;  4CBW A;  4BRO A;  4H0Y B;  4IJA A;  1TUY A;  5LJW A;  1V4T A;  2I7N A;  1KAY A;  2YJE A;  3ZX2 A;  4BGA A;  1NMD A;  3VES A;  4Z94 A;  1T6C A;  2NLX A;  2I7P A;  1QHA A;  3VEN A;  4FWQ A;  4JHD A;  4DB3 A;  3C7N B;  3QBX A;  3FLC O;  3EZW A;  1NBW A;  1HPM A;  3A5M C;  5EXW A;  3LM9 A;  4KBO A;  3U9D A;  3CJA A;  1X9J A;  4A2B A;  2P9I B;  3ZEU A;  1EQY A;  4JNE A;  2DPN A;  3UE5 A;  5BN8 A;  1DEJ A;  5E26 A;  5KQ8 A;  5BN9 A;  3DAW A;  1GLJ O;  1BDG A;  3M3Z A;  3QFU A;  3MDQ A;  1E4G T; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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